利用 ｍｔＤＮＡＤ-ｌｏｏｐ序列为遗传标记分析槟榔江水牛的群体遗传特征

槟榔江水牛是近年在云南西部发现的中国第一个本土河流型水牛群体，具有较高种用价值，但其重要遗传背景信息还不清楚。本文采用 ＰＣＲ产物直接测序法对 ８６头槟榔江水牛 ｍｔＤＮＡＤ-Ｌｏｏｐ序列进行了突变检测，并以 ＧｅｎＢａｎｋ上已发表的 ７０条河流型和 １１２条沼泽型水牛 ｍｔＤＮＡＤ Ｌｏｏｐ序列为对照，对所得数据进行群体遗传和系统发育分析。结果在槟榔江水牛中检测到 ３３种单倍型，１１２个多态位点。其中单一变异位点 １４个，简约信息位点 ９８个。槟榔江水牛 ｍｔＤＮＡＤ Ｌｏｏｐ序列 Ｔ，Ｃ，Ａ，Ｇ的平均含量分别为 ２８.４３％，２４.８２％，３１.９６％，１４.７９％，单倍型多样度为 （０.９４８±０.０１２），核苷酸多样度为 （０.０３８１±０.００１６），序列间平均核苷酸差异数为３３.２８８，群体内平均遗传距离为 （０.０４３±０.００５）。系统发育、中介网络图和群体遗传关系分析表明，槟榔江水牛含有两个差异显著的母系世系组分，其中一个为河流型世系，在群体中占 ６１.６３％；另一个为沼泽型世系，在群体中占３８３７％，而其沼泽型世系可进一步分为 Ａ，Ｂ，Ｃ３个支系，其中，Ｃ为在水牛中新发现的支系，其频率极低。结果揭示了槟榔江水牛群体遗传多样性丰富，但该群体存在一定的沼泽型水牛基因渗入。     

中国大豆育成品种群体遗传结构分化和亚群特异性分析

 【目的】研究中国大豆育成品种总群体的遗传结构分化及其地理生态亚群和育成时期亚群的遗传多样性、特异性及其相互关系,为中国大豆育种主干亲本遴选提供遗传背景依据。【方法】从1923－2005年育成的1 300个品种中抽选378份中国大豆育成品种组成代表性样本,选用大豆核基因组64个SSR标记,采用Structure Version 2.2软件,进行群体遗传结构分析、亚群体分化分析和遗传多样性与遗传特异性分析。【结果】中国大豆育成品种群体由7类血缘组成,遗传上明显分化为不同的地理生态亚群和育成时期亚群,各有其不同的血缘构成特点;各地理生态亚群具有其特有、特缺和互补等位变异,体现了其遗传来源的相对生态特异性;随着品种育成时期的推进,不同时期有不同血缘的种质加入,各育成时期亚群具有其特有、特缺和互补等位变异,体现了育种发展的特点。中国大豆育成品种群体与中国地方品种群体、中国野生大豆群体相比,其遗传基础因源于有限祖先亲本数的瓶颈效应而相对狭窄;分省亚群中黑龙江、江苏亚群的等位变异数可以向其他亚群提供的补充等位变异数均依次最多,其亲本来源较宽、遗传基础较广。分时期亚群平均等位变异数随着时期的推移各亚群等位变异数增加,遗传多样性程度增高,近期育成品种的遗传基础宽于历史上前期育成的品种。【结论】研究结果证明中国大豆育成品种群体存在遗传结构上的地理生态分化和育成时期分化,因而各亚群具有相对遗传特异性,体现在血缘构成和特有、特缺及互补等位变异上,这构成了未来大豆育种中亚群间种质或基因交流的遗传基础。     

中国野生大豆群体特征和地理分化的遗传分析

【目的】从分子标记等位变异水平上探讨中国野生大豆群体的遗传特征、连锁不平衡特点和地理生态分化的遗传机制,并以重要生态性状全生育期为代表解析性状地理分化的遗传基础。【方法】从全国24个省区不同地理生态型的野生大豆材料中抽选174份组成代表性样本,选用204个SSR标记,利用TASSEL及STRUCTURE 2.2软件进行群体连锁不平衡（linkage disequilibrium,LD）和群体遗传结构分析。在此基础上对群体的地理分化、亚群体特异性及全生育期位点等位变异的地理分化进行遗传分析。【结果】中国野生大豆群体蕴含丰富的遗传变异,20条连锁群中,I和C2连锁群有相对较多的位点平均等位变异和遗传分化。不论是共线性组合,还是非共线性组合,都有一定程度的LD存在,说明历史上发生过连锁群间的大量重组;野生群体D ′平均值为0.34,高值多,比栽培大豆高,说明野生群体发生过更多的重组,保留下较高的LD。采用H-W平衡模型将野生群体聚成4类,模型聚类亚群划分与地理生态分类相关、有交叉,推测各地理亚群体发生过材料的迁移。各地理亚群经长期自然选择,各位点等位基因的频率发生变化,还有新生的与绝灭的,因此,各地理亚群间产生明显的等位基因分化。与地理生态性状全生育期关联的有15个位点160个等位变异,其中,亚群特有等位变异共58个,来自14个位点,同一位点可以在多个亚群体产生不同的特有等位变异,其效应从南至北逐渐下降,这说明生态区间不仅有强烈的遗传分化,而且是有规律的遗传分化。【结论】中国野生大豆群体遗传多样性高,共线、非共线位点间连锁不平衡程度高,4个生态亚群体间位点高度遗传分化,产生大量地区特有等位变异,全生育期还表现由南向北降效的规律性遗传分化。     

江苏省两个日本沼虾群体的遗传多样性ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对江苏长江和太湖2个地区青虾(Macrobrachium nipponense)群体的遗传多样性进行了分析.结果显示,77个ISSR引物中有6个引物能扩增出清晰条带,6个引物对2个群体各24个样品扩增出44个位点.青虾长江和太湖两群体的多态位点比率均为63.64 0A,Shannon's指数分别为0.348 0、0.346 5.Shannon's指数估算和AMOVA分析均显示日本沼虾的遗传变异主要来自于群体内个体间.日本沼虾UPGMA系统树表明:两个地区日本沼虾群体的遗传多样性均处于较高水平;日本沼虾江苏长江和太湖两个群体间存在一定的遗传分化.     

松江鲈群体遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP分子标记技术对辽宁鸭绿江水域丹东段和河北秦皇岛渤海海域两个松江鲈Trachidemusfasciatus群体的遗传多样性进行分析研究.结果表明:用6对选择性引物,从两个群体的63个个体共扩增出360个位点,多态位点214个;松江鲈丹东和秦皇岛两群体的多态位点比率为50.28%、50.00%,平均杂合度和Shannon's指数分别为0.1690、0.1733和0.2534、0.2592,说明两个群体遗传多样性在同一水平上;Shannon's指数和AMOVA分析均显示松江鲈的遗传变异主要来自于群体内个体间,而群体间无明显的遗传分化;松江鲈UPGMA系统树没有依据群体分别聚类,未出现明显分支,无明显遗传差异;群体的显性基因型频率分布显示两个群体的遗传结构相似.     

狼亚种分化的RAPD分子证据

对来自我国东北、内蒙、甘肃、新疆等１０个地区的２１只狼（Ｃａｎｉｓ ｌｕｐｕｓ）应用ＲＡＰＤ方法进行亚种分化研究。筛选出２５个随机引物。通过对ＲＡＰＤ产生的谱带进行比较。找出共享片段，计算共享度和遗传距离。并进行聚类分析，做出聚类图，确定亲缘关系和分类地位。研究结果表明：（１）中国南北方狼有分化。在ＤＮＡ序列上存在着明显差异；（２）把所研究地区的狼划分为５个亚种，即：云贵群体（云南群体和贵州群体）和东南群体（福建群体、浙江群体和广东群体）亚种；东北群体、河北群体亚种；甘肃群体亚种；内蒙群体亚种；新疆群体亚种。     

亚洲部分家牛群体血红蛋白位点的遗传分化

根据收集的亚洲１０国７０个家牛群体血红蛋白位点的基因频率，剖析了各家牛总群体的遗传分化程度。结果表明：总群平均基因多样度、基因分化系数、Ｓｈａｎｎｏｎ信息测值及固定指数，都反映出孟加拉国和印度尼西亚两国牛总群体的遗传分化程度较大，印度牛总群体的遗传分化程度较低。各总群的遗传变异来源在亚群内与亚群间分布不同，各总群的等位基因纯合度与其平均有效等位基因数呈明显的反变关系。     

不同体色翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)群体遗传结构研究

采用微卫星分子标记技术分析黄色(HS)、黑斑色(HB)、红纹色(HW) 3个不同体色翘嘴鳜群体的遗传多样性及遗传结构。3个不同体色群体平均观测杂合度在0.540～0.687之间；平均期望杂合度在0.562～0.631之间，各群体均具有较高的遗传多样性。遗传距离、相似度、遗传分化系数、聚类树分析均显示HB与HW群体间遗传关系较近。STRUCTURE群体结构分析显示，3群体被分为2个亚群，HS群体集中在亚群I，HB、HW群体集中在亚群II。30个位点中的大多数位点偏离Hardy-Weinberg平衡，应增加选育群体的有效数量，防止种质衰退。符号检验和Wilcoxon符号秩次检验中HW群体显著或极显著偏离突变-漂移平衡，需进一步扩大选育群体。总体来说，3个不同体色翘嘴鳜群体遗传多样性较高，可作为开发新体色翘嘴鳜品系的基础群体。     

滇东南水牛线粒体DNA控制区遗传多样性分析

 为了从母系遗传角度阐明滇东南水牛的群体遗传特征,本文采用PCR产物直接测序的方法对随机采集的35头滇东南水牛样品的线粒体DNA控制区序列进行了检测,并结合已发表的数据对所得序列进行了群体遗传和系统发育分析。结果在滇东南水牛中共检测到47个核苷酸多态位点,其中单一变异位点8个,简约信息位点39个,共定义了17种单倍型。在所分析的滇东南水牛序列中,碱基T,C,A和G的平均含量分别为28.00%,25.5%,31.7%,14.8%,单倍型多样度为0.815±0.066,核苷酸多样度为0.01134±0.00306,序列间平均核苷酸差异数是9.926,群体内遗传距离为0.011±0.002。系统发育和遗传差异分析显示：滇东南水牛与河流型水牛存在较大差异,检测的所有个体均属于沼泽型水牛mtDNA世系,但其由A和B两个支系组成,B支系又可进一步分为B1和B2两个亚支系。结果表明,滇东南水牛mtDNA遗传多样性较低,其存在两个母系血统来源,受河流型水牛基因渗入较小。     

基于SRAP分子标记的流苏树天然群体遗传多样性研究

  目的  揭示我国不同地区流苏树（Chionanthus retusus）天然群体的遗传多样性，更好地为合理保护和开发利用提供科学依据。  方法  采用相关序列扩增多态性（SRAP）分子标记技术对不同地区的7个流苏树天然群体的62份样品进行了遗传多样性和群体遗传结构研究。  结果  （1）7个流苏树天然群体具有较高的遗传多样性，8对SRAP引物共扩增出1 728条清晰条带，其中1 649条具有多态性，PPB（多态性条带比例）为95.43%；群体间的有效等位基因数为 1.213 7，Nei’s基因多样性指数为 0.153 7，Shannon’s信息多样性指数为0.268 0。（2）流苏树天然群体存在较高水平的种群内遗传变异和较低水平的群体间遗传变异（Gst = 0.133 6），7个流苏树天然群体间存在较高水平的基因交流（Nm = 3.243 7）。（3）流苏树群体间的遗传相似系数介于0.898 0 ~ 0.973 6之间，平均值为0.934 4，经Mantel检验（r = 0.288，P = 0.205）及群体间的聚类证明群体间的遗传距离与地理距离之间无明显相关性；62份流苏树初级种质聚类结果表明大部分种质表现为同一群体的多数个体聚在一起，部分种质存在不同群体间的个体聚在一起的现象，表现出群体间遗传变异相对稳定而种群内的遗传变异水平相对较高的特点，与基因多样性分析结果一致。  结论  综合多因素分析推测，太行山地区可能是我国流苏树种质资源的主要产区。      

东亚4个黑山羊群体mtDNA D-环遗传多样性及其起源

为了研究地方山羊品种的起源与分化,了解其遗传背景,为山羊资源的合理利用提供基础资料,利用PCR产物直接测序法对3个中国黑山羊群体和1个韩国黑山羊群体共39个个体的mtDNAD-环部分序列进行了测定和分析。测定的序列经排列比对后选取441bp分析,发现了55个多态位点,单一多态位点11个,简约信息位点44个,确定了29种单倍型,单倍型多样度为0.984。构建系统发育树将29种单倍型分成了明显的3个分支,角猾羊聚入A分支。同时利用群体间的单倍型的错配分布和遗传距离分析了各群体的亲缘关系。结果表明:4个黑山羊群体遗传多样性丰富,至少拥有3个不同的母系起源,角猾羊是家山羊的一个母系祖先。     

贵州黑山羊mtDNA Cytb基因遗传多样性分析

[目的]研究分析了贵州黑山羊mtDNACytb基因的遗传多样性,为贵州黑山羊遗传资源的保护、开发及利用奠定分子遗传学方面的基础。[方法]测定贵州黑山羊品种16个个体的细胞色素b基因全序列,分析其碱基组成和序列间碱基的变异。[结果]在该品种(群体)中观察到6次T-C间发生碱基转换,其中有5个碱基替换发生在密码子第3位点,有1个碱基替换发生在密码子第1位点,且所有的变异均为同义突变;观察到4种单倍型。单倍型多样度(H)为0.442,核苷酸多样度(π值)为0.145%+0.159%。以绵羊为外群构建分子系统发生树,结果初步提示,贵州黑山羊有两个母系起源,其中支系A占81.25%(13/16),支系B占18.75%(3/16)。[结论]贵州黑山羊有两个母系起源(支系A和支系B),且该品种线粒体DNA多态度较为贫乏。     

中国长江中下游地区鹅种种群动态分析*

 通过资源调查摸清我国长江中下游地区6个鹅品种的保存现状，同时结合微卫星标记对种群结构和动态进行了检测。结果显示，6个鹅品种均处于正常保种状态； 群体平均杂合度最高的是太湖鹅（0.690），最低的是武冈铜鹅（0.567），各鹅种的平均杂合度为0.640。用UPGMA法进行聚类分析，将6个鹅品种聚为3类，四川白鹅、武冈铜鹅、道州灰鹅、酃县白鹅聚为第1类；溆浦鹅为第2类；太湖鹅为第3类。根据资源调查及分子研究结果提出了保种意见。     

Buffered tree population changes in a quaternary refugium: evolutionary implications

A high-resolution pollen record from western Greece shows that the amplitude of millennial-scale oscillations in tree abundance during the last glacial period was subdued, with temperate tree populations surviving throughout the interval. This provides evidence for the existence of an area of relative ecological stability, reflecting the influence of continued moisture availability and varied topography. Long-term buffering of populations from climatic extremes, together with genetic isolation at such refugial sites, may have allowed lineage divergence to proceed through the Quaternary. Such ecologically stable areas may be critical not only for the long-term survival of species, but also for the emergence of new ones.     

中国5个地区家养双峰驼的遗传多样性研究

为了科学评价、保护和利用骆驼遗传资源,采用10个微卫星位点对40峰阿拉善骆驼、40峰河西骆驼、60峰北疆骆驼、60峰东疆骆驼和60峰南疆骆驼共260个个体进行群体间、群体内遗传水平变化研究,并对群体结构进行遗传多样性分析。检测得到129个等位基因。5个群体的多态信息含量(PIC)为0.578~0.665,观察杂合度(Ho)的范围为0.187~0.261,期望杂合度的变化范围为0.612~0.699。依据Da遗传距离构建的UPGMA系统发生树表明,5个地区家养双峰驼可以分为两个分支,阿拉善骆驼、河西骆驼、东疆骆驼聚为一支;北疆骆驼和南疆骆驼聚为一支。结果表明,河西骆驼和阿拉善骆驼显示了最密切的关系,而阿拉善骆驼和南疆骆驼之间有最远的遗传距离。     

小麦孢囊线虫江苏群体的形态学与分子特征鉴定

【目的】明确小麦禾谷类作物孢囊线虫（cereal cyst nematodes,CCN）江苏群体的种类组成及群体间遗传变异情况,为抗病品种的选育、利用以及病害综合防治提供依据。【方法】对江苏省的13个代表性CCN群体进行孢囊、阴门锥和2龄幼虫的形态观察和形态测计并与相似种进行比较;PCR扩增上述群体的rDNA-ITS区并克隆测序,构建基于ITS序列的系统发育进化树。【结果】通过形态观察和形态测计值的比较,所测定的江苏群体均与已报道的禾谷孢囊线虫（Heterodera avenae）中国群体的测计值相接近;系统进化关系分析显示CCN江苏群体、国内其它地区以及国外禾谷孢囊线虫群体均处于同一大的进化分子簇,且国内和国外群体分别处于不同的进化分支。【结论】所测定的13个江苏省CCN代表性群体均为禾谷孢囊线虫,各群体间形态及ITS序列变异较小,江苏省目前尚未发现菲利普孢囊线虫（H. filipjevi）。     

油松育种系统遗传多样性研究

保持林木育种群体较高的遗传多样性是对林木进一步选择和改良的前提 ,而评价育种系统中遗传多样性变化的工作则很少 .该文以一油松育种系统中 6个群体为研究对象 ,借助水平淀粉凝胶电泳的同工酶分析方法 ,用筛选出的ACP ,ADH ,GOT ,CAT ,MDH ,PGM ,SKD ,MNR ,LAP共 9种酶系统 15个位点 ,分析了各群体间和群体内的遗传多样性状况 .研究结果表明 :①各群体内均有较高的遗传多样性水平 ;②种子园无性系群体的遗传多样性水平高于天然林 ;③种子园不同时期产生的两个自由授粉子代群体的遗传多样性与天然林子代群体相似 ;④遗传多样性参数在P0 到F2 三个世代间表现出递增趋势 ,说明改良群体可以维持较高的遗传多样性水平 ;⑤ 3个亲代群体的多数位点遵循Hardy Weinberg平衡 ,而 3个子代群体则与之相反 .该文对油松改良过程群体的遗传多样性变化及影响因素作了讨论 ,分析了群体是否遵循Hardy Weinberg平衡的原因 ,探讨了如何维持和提高种子园遗传多样性和遗传效率 ,提出了进一步研究的建议 .     

武夷山杉阔混交林种群生态位特征

对武夷山保护区杉阔混交林中 1 1个主要乔木种群的生态位特征进行分析 .结果表明 :在杉阔混交林中 ,不同公式计算出的生态位宽度值之间存在着显著正相关关系 .主要种群的生态位宽度和重要值之间也存在着显著正相关关系 .重要值较大的种群对生境的适应性也较强 ,其生态位宽度较大 .杉木、木荷、丝栗栲、马尾松种群属宽生态位种 .大多数种对的生态位重叠较大 ,对资源的共享趋势明显 ,群落稳定性较好 .宽生态位种与其它种群的生态位重叠机会大 ;反之 ,则小     

Analysis of genetic distribution and population genetic structure of the MyoD gene in 10 pig breeds

Restriction fragment length polymorphism (RFLP) data was applied to analyze the distribution of the MyoD gene in 10 pig breeds and pig breed crosses. The population genetic information about genetic distribution, variation, and heterozygosity of the MyoD gene in different breed populations were analyzed. Based on the allele frequency, genetic distance and evolution distance among each breed populations were calculated and Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean (UPGMA) phylogenetic tree was gained based on the evolution distances between populations. The results indicated that the distribution of the MyoD genotype kept in Hardy-Weinberg equilibrium in most tested groups but not in Duroc (D) and Duroc6(Landrance × Yorkshire) (DLY) population. Generally, the genetic diversity of the MyoD gene was abundant and these tested breed populations had high genetic variations. The evolution of the MyoD gene was under natural selection pressure. On the phylogenetic tree, 10 pig breeds were divided into 4 clusters. The first cluster consisted of four breeds developed from Landrace. The second cluster was two indigenous Chinese pig breeds. The third cluster was three breeds developed from Duroc. The fourth cluster was a Tibetan pig breed. The constitution of the topology of the phylogenetic tree was consistent with the breeding history of each pig breed. From this experiment, we can conclude that some RFLP data obtained from functional gene can be used in the genetic deviation research between some closely related species or between different populations in certain species. __________ Translated from Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica, 2007, 38(1): 1–7 [译自: 畜牧兽医学报]     

湖南省部分病圃稻瘟菌的遗传多样性的RAPD分析

2001年在湖南省安化,桃江和松柏3县稻瘟病圃内采集稻瘟病标样并分离鉴别其交配型和中国稻瘟病菌的致病型.用经过筛选的13对RAPD引物分析了其中44个菌株的遗传多样性,采用UPGMA法聚类,用DPS 2000软件进行分析,将测试菌株区分为6个不同的遗传宗谱,在遗传距离＜8.42处的遗传宗谱Ⅳ和Ⅴ的优势群体中,分别包含11个菌株,而归属于宗谱Ⅲ的仅包含有1个具有特殊遗传背景的菌株.交配型1.1和交配型1.2的中国不同致病型菌株可归属为同一宗谱,在同一遗传宗谱内又可存在不同的生理小种.研究结果证实了湖南省病圃稻瘟病菌的遗传多样性和致病复杂性.