内蒙古白绒山羊GHR和GDF9基因多态性及其与生产性状的相关性分析

【目的】探究生长激素受体(GHR)和生长分化因子9(GDF9)基因多态性与内蒙古白绒山羊生产性状的相关性。【方法】采集452只阿拉善品系内蒙古白绒山羊雌性个体(其中包括382只18月龄左右的育成羊和70只36月龄左右的成年羊)的耳组织并测定其体质量和体尺数据。提取试验羊耳组织的DNA,通过InDel分型和琼脂糖凝胶电泳技术鉴定出452只内蒙古白绒山羊GHR和GDF9基因的多态性,利用SPSS 23.0分析软件探讨其与生产性状的相关性。【结果】在内蒙古白绒山羊GHR基因第1内含子中检测到9-bp插入缺失标记(InDel)位点(NC_022312:g.42801_42809delCTGTGGCAT),该位点属于低度多态(PIC0.25)且处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05);在GDF9基因3′调控区检测到12-bp InDel位点(NC_022299.1:g.66028950insTACTTTCAACAA),该位点属于中度多态(0.25PIC0.50)且处于哈代-温伯格非平衡状态(P0.05),2个InDel位点均存在纯合插入型、杂合型和纯合缺失型3种基因型。在育成羊中,GHR基因第1内含子中9-bp InDel位点纯合插入基因型个体体质量、体长、胸围和胸宽均值显著大于杂合基因型个体(P0.05);在成年羊中该位点两种基因型间各生长指标差异不显著(P0.05)。在育成羊中,GDF9基因3′调控区12-bp InDel位点杂合基因型和纯合缺失基因型个体体质量、体高和胸围均值极显著大于纯合插入基因型(P0.01);在成年羊中,GDF9基因该InDel位点纯合插入基因型个体体质量、胸围和管围均值显著大于纯合缺失基因型(P0.05)。【结论】GDF9基因3′调控区12-bp InDel位点和GHR基因第1内含子中9-bp InDel位点多态性与内蒙古白绒山羊体质量和部分生长性状具有显著或极显著的相关性。     

草鱼柠檬酸合酶基因SNP筛选及与生长性状的关联分析

根据草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST-SNP库中预测的柠檬酸合酶基因的1个Contig序列,设计引物扩增该基因的部分序列,然后采用PCR产物直接测序法筛选SNP突变点。测序的序列经比对后,共筛选到2个在内含子10上的SNP突变点:A-386G和C-499G。随机选择同批繁殖和同塘混养的144尾草鱼对2个SNP位点用Snapshot方法进行检测和分型,并统计基因型频率。A-386G位点的AA基因型占47.10%,AG基因型占38.41%、GG基因型占14.49%;C-499G位点的CC基因型占31.85%,CG基因型占46.67%,GG基因型占21.48%,均属于中度多态位点。利用一般线性模型(GLM)分析2个SNP位点与草鱼6个生长性状(体质量、体长、体高、头长、尾柄长和尾柄高)的相关性,结果显示,A-386G和C-499G位点的不同基因型在这6个生长性状均值有差异,但均不存在显著差异。将这2个SNP不同基因型两两组合,一共组成7种双倍型(去掉频率小于3%的组合D2和D5),GLM相关分析表明5种双倍型在5个生长性状(体质量、体长、体高、尾柄长和尾柄高)上均存在差异,其中在头长上存在显著差异,D6双倍型(A-386G/AG和C-499G/GG)在6个生长性状上均值均最大,属于生长优势双倍型。本研究显示,筛选到的柠檬酸合酶基因上的2个SNP位点具有用于草鱼生长性状的分子辅助育种的潜力。     

西藏牦牛MyoD1基因多态性及与生长性状的关联性分析

【目的】本研究旨在对西藏牦牛MyoD1基因多态性与体高、体重、体斜长、胸围和管围等生长性状进行关联性分析,以期获得对牦牛重要经济性状具有显著效应的遗传标记。【方法】本研究利用DNA池直接测序、PCR-RFLP与生物信息学技术,对西藏帕里(PL)、斯布(SB)、申扎(SZ)和类乌齐(LWQ)4个牦牛类群(品种)共148头个体的MyoD1基因内含子2及外显子3部分序列进行遗传多态性分析,统计基因和基因型频率,进行Hardy-Weinberg平衡性检测,计算纯合度、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数等遗传多态指标,分析不同基因型与体高、体重、体斜长、胸围和管围等生长性状的关联性。【结果】①西藏牦牛MyoD1基因外显子3上存在(C1710T)XmaI酶切位点,多态性检测均存在CC、CT和TT 3种基因型,T/C频率分别为:0.308/0.692、0.400/0.600、0.605/0.395和0.527/0.473,处于中度多态。②适合性检验表明,西藏4个牦牛类群MyoD1基因多态位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。③利用最小二乘拟合线性模型,对各标记基因型生长发育指标(体高、体斜长、胸围、管围和体重)进行差异显著性检验,申扎牦牛该位点TT和CT基因型在生长性状上差异显著(P0.05),CT基因型胸围均高于CC和TT基因型。【结论】可以将MyoD1上的C1710T基因座作为牦牛经济性状选育的一个重要遗传标记,用于育种改良。     

秦川肉牛FGF2基因多态性与其生长和肉质性状的关联分析

【目的】研究秦川肉牛FGF2基因的多态性及其与肉牛生长和肉质性状的关联性。【方法】选取18~24月龄的健康秦川肉牛384头,测定其生长和肉质性状指标,采集血样,采用DNA技术检测FGF2基因全部外显子中的单核苷酸突变位点,对突变位点进行基因型分型,研究其单核苷酸基因多态性(SNP),并以一般线性模型(GLM)分析该SNP位点与秦川肉牛生长和肉质性状的关联性。【结果】在第1、2外显子上未发现突变位点,在第3外显子上存在4个SNP突变位点:SV1(g.A54740T),SV2(g.A54758C),SV3(g.T56809C)和SV4(g.C59443T)。其中,SV1有AA、AT和TT 3种基因型,SV2有AA、AC和CC 3种基因型,SV3有TT、TC和CC 3种基因型,SV4有CC、CT和TT 3种基因型。相比其野生基因型,SV1位点突变会降低体斜长、体高、腰高、胸深、胸围、腰角宽、尻长和体质量性状(P0.05);SV2、SV3和SV4位点突变会改善这些性状(P0.05);SV1位点突变会降低坐骨端宽性状(P0.05),但SV3和SV4位点突变会改善坐骨端宽性状(P0.05);SV4位点突变会改善背膘厚性状(P0.05);SV2和SV4位点突变会改善眼肌面积性状(P0.05);SV1突变会改善肌间脂肪性状(P0.05)。【结论】FGF2基因对秦川肉牛生长性状和肉质性状有一定影响,可作为秦川肉牛现代分子选育的候选参考基因。     

内蒙古绒山羊PRDM6基因插入/缺失(InDel)检测及其与生长性状的关联分析

PRDM6属于PRDM蛋白家族的一员,PRDM6基因编码1个转录抑制因子,具有与DNA、RNA、蛋白质结合的能力,同时还具有组蛋白赖氨酸N-甲基转移酶活性.全基因组关联分析结果显示,PRDM6基因遗传变异与骨密度和体质量等性状显著相关,且该基因插入/缺失(Indel)遗传变异还被发现与陕北白绒山羊的多个生长性状显著相关.因此,本研究将PRDM6基因作为研究对象,以期挖掘到与内蒙古绒山羊生长性状相关的关键遗传变异位点.结合Ensembl数据库提供的山羊PRDM6遗传变异信息和已发表文章中的遗传变异位点,本研究探究了2个InDel位点(rs656578433、rs651603667)多态性及其在内蒙古绒山羊群体中的分布规律.发现在本研究检测的群体中,只有第一内含子区的12 bp InDel(rs651603667)存在多态性.不同基因型与生长性状的关联分析结果显示,rs651603667存在3种基因型,即纯合插入型(Ⅱ)、杂合型(ID)和纯合缺失型(DD),频率分别为0.399、0.444、0.159.在育成羊群体中,此rs651603667突变与体质量、胸深显著相关(P<0.05);在成年羊群体中,rs651603667突变与体长、髋宽显著相关(P<0.05),和体高、胸深极极显著相关(P<0.01);此外,皮尔逊(Pearson)相关分析结果显示,该突变位点显著影响的生长性状均与体质量存在极显著相关(P<0.01).综上,PRDM6基因12 bp InDel突变位点与内蒙古绒山羊体长、髋宽和体高、胸深具有显著或极显著相关性,可作为内蒙古绒山羊生长性状选育的有效分子标记.     

猪MyoD1基因多态性与肉质性状的相关分析

MyoD基因家族能促使肌肉转化,影响着肉质品质.为了研究MyoD1与肉质性状间的关系,采用PCR-SSCP技术分析杜长大三元杂交猪MyoD1基因第1外显子的单核苷酸多态性.为了将第1外显子(长630 bp)全部扩出,故将第1对引物设在MyoD1基因的5'UTR上.结果显示:MyoD1基因5'UTR的119 bp处发现G＞A的突变,第1外显子387 bp处发现C＞T突变,经检测这2个突变均为AA和AB基因型,2个变异位点在群体中都是AA型为优势基因型,且都处于Hardy Weinberg平衡状态.在5'UTR上的突变对猪肌肉的肌内脂肪和pH的影响差异显著(P＜0.05),而在第1外显子上突变对本试验所研究的肉质性状影响均不显著(P＞0.05).     

FTO基因多态性及其与2个绵羊群体生长性状的相关性

【目的】本文探讨了FTO基因多态性与不同绵羊群体生长性状的相关性。【方法】采用飞行质谱技术检测了FTO基因在杜泊羊和滩寒杂交群体中的多态性及其与生长性状的相关性。【结果】FTO基因的rs160915957位点的AA基因型个体体重在杜泊和滩寒绵羊群体中分别为极显著(P0.01)和显著(P0.05)低于GG型个体。GG型绵羊胸围最大,且GG型杜泊羊胸围显著大于滩寒羊GG型个体(P0.05)。GG型个体在2个群体中的体斜长最大,同一群体不同基因型间差异不显著(P0.05);不同基因型间,滩寒群体绵羊体高大于杜泊羊,但只有AA型个体在2个群体间显著差异(P0.05)。此外,GG型个体的杜泊羊胸宽最大,AA型的最小,这与滩寒群体相反,但均没有显著性差异(P0.05)。FTO基因的rs160915957位点不同基因型对绵羊其他性状的影响差异不显著。【结论】FTO基因的rs160915957位点对杜泊及滩寒绵羊群体的体重、体斜长及胸围等具有显著影响。FTO基因是否是影响绵羊生长性状的主效基因尚待进一步探讨,但FTO基因的rs160915957位点多态性将为不同绵羊群体后代的体重、胸围等性状的选择提供参考依据。     

猪POU1F1基因启动子区多态分析及其与生长性状的关联

 【目的】获得猪POU1F1基因启动子区的多态信息，揭示其在不同品种中的分布特点，阐明其与生长性状的关联性。【方法】采用PCR克隆、DNA测序和PCR-RFLP技术进行POU1F1基因启动子区多态分析，利用一般线形模型分析其与生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因1.5 kb的启动子区域内发现5个多态位点；其中，5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因频率在引入品种猪中最高，在培育品种中中等，在中国地方品种最低。一般线形模型分析表明，该多态位点与猪的生长性状存在显著相关。多重比较分析发现，AA基因型个体的体高、体长、胸围和体重显著高于AB和BB基因型个体（P＜0.05），而AB和BB基因型个体的体高、胸围和体重差异不显著（P＞0.05），但AB基因型个体的体长显著高于BB基因型个体（P＜0.05）。【结论】5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因是生长性状的优势等位基因，是生长性状可能的分子标记。     

Polymorphism amongst several CPA4 gene sequences and correlation analysis of growth traits in grass carp

[目的]筛选出更多与草鱼生长相关的SNP位点标记,为草鱼分子育种研究提供理论依据.[方法]根据草鱼EST数据库中属于消化酶的羧肽酶A4基因的cDNA序列设计引物,采用PCR产物直接测序法,对含预计SNP位点的cDNA序列进行扩增、测序,并寻找新的SNP位点.[结果]cDNA上预计的SNP位点不存在,但在内含子3上检测到两个SNP位点,分别位于内含子的第40、241个碱基处,命名为A40G位点和G241T位点.经创造酶切位点的限制性片段长度多态检测(CRS-RFLP),发现A40G位点AA型占50.3％、AG型占23.8％、GG型占25.9％,G241T位点的GG型占48.6％、GT型占47.9％、TT型占3.5％.利用一般线性模型(GLM)将两个SNP位点与草鱼6个生长性状进行关联分析,结果表明,A40G位点的GG型个体在体重、体长、体高均高于AA型和AG型,但差异不显著(P＞0.05)；G241T位点TT型个体最重,GG型最轻,但差异不显著( P＞0.05)；A40G和G241T两个位点组成的7种双倍型个体的体重、体长、体高、尾柄高等重要生长性状差异也不显著(P＞0.05).[结论]在草鱼羧肽酶A4基因的内含子3上发现两个SNP位点(A40G位点和G241T位点),每个SNP位点都可分为3种基因型,但两个SNP位点的不同基因型以及由其组成的双倍型与草鱼的重要生长指标均不存在显著相关.     

PRLR基因InDel检测及其与陕北白绒山羊生长性状的关联分析

[目的]探究催乳素受体(prolactin receptor, PRLR)基因InDel突变对绒山羊种群生长特性的影响。[方法]以陕北白绒山羊为研究对象,采用PCR扩增和测序技术法检测分析陕北白绒山羊PRLR基因的多态性,利用独立样本t检验和单因素方差法分析PRLR基因不同基因型与陕北白绒山羊生长性状之间的相关性。[结果]在所检测的1 176只陕北白绒山羊群体中,PRLR基因第2内含子存在1个16 bp InDel突变,形成了纯合插入型(II)、杂合型(ID)与纯合缺失型(DD)3种基因型;在育成羊群体中,该InDel突变与生长性状无显著关联(P>0.05),在成年羊群体中,InDel突变与管围性状显著相关(P<0.05);在育成羊和成年羊全部群体中,InDel突变仍与管围性状显著相关(P<0.05)。[结论]PRLR基因16 bp InDel突变可能会对陕北白绒山羊生长发育产生显著影响,该位点可作为陕北白绒山羊辅助育种的候选分子标记。