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[目的]选择合适的小球藻种属鉴定基因,对高产油微藻进行分子鉴定。[方法]从分子鉴定常用的4条基因核基因组rDNA的18SrRNAgene、内转录间隔区(ITS)、内转录间隔区2(ITS2)和叶绿体rbcL基因中筛选出最为适用的小球藻鉴定基因,并对从自然水体中分离筛选出的5株油脂含量在30%以上的小球藻(Chlorellasp.)进行了分类鉴定。[结果]ITS序列变异程度高,片段长度短,序列长度在种间变异较大,而在小球藻种内高度保守,且种间距离(0.4396±0.1359)远大于种内距离(0.0457±0.0843),适用于小球藻属内种的鉴定。应用ITS序列分别将5株高产油藻鉴定为1株C.vulgaris、2株C.sorokiniana藻和2株Chlorellasp.。[结论]为建立藻类的鉴定基因库提供了参考。 相似文献
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[目的]拟从分子水平对菜用枸杞进行鉴定。[方法]利用nrDNA ITS(核糖体DNA基因内转录间隔区)碱基序列测定的方法对5份菜用枸杞资源进行碱基序列测定并分析序列差异。[结果]首次获得5种菜用枸杞nrDNA ITS区碱基序列,整个ITS序列长度变异范围为628~632 bp,平均为630 bp,共有79个变异位点,占12.5%,保守位点553,占87.5%。基于nrDNA ITS序列差异的品种聚结果与依据形态指标的是划分结果相符。[结论]nrDNA ITS区测序分析可作为分子水平鉴定菜用枸杞不同种质来源的又一途径。 相似文献
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[目的]为出芽短梗霉的进一步开发利用提供理论依据。[方法]采用平板稀释法从土壤中分离出1株出芽短梗霉,用YPD培养基培养菌丝体,显微成像获得菌丝微观形态,利用分子生物学方法对其rRNA基因内转录区段(ITS区)进行克隆测序,并与Genbank中已知序列进行比较。[结果]ITS区PCR扩增产物测序结果表明,所扩增序列的长度为606 bp,与Genbank中短梗霉的同源率为98%~99%,与Aureobasidium pullulans wb 149、A.pullulans HK58-1(2)属于同一单独分枝;形态及分子鉴定结果表明,出芽短梗霉培养成功。[结论]该研究采用经典与现代分子技术相结合的方法鉴定出了1株出芽短梗霉,为出芽短梗霉的分类鉴定提供了依据。 相似文献
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对紫薇属植物细胞核核糖体DNA转录间隔区(nrDNA ITS)序列进行分析,为紫薇植物的鉴定提供分子依据。通过提取紫薇幼苗总DNA,对nrDNA ITS序列进行PCR扩增测序,应用软件BioEdit、DNAMAN 进行序列分析, MEGA计算遗传距离,构建基于K2P模型的NJ系统发育树。测序得到2条nrDNA ITS序列,长度均为615 bp。序列分析结果显示,序列1与紫薇ITS序列相似性达99.03%,遗传距离为0.003,聚类分析归为一支;序列2与毛紫薇ITS序列相似性达98.55%,遗传距离0.007,聚类分析归为一支。试验结果说明,基于nrDNA ITS序列分析法,能够对紫薇属植物进行准确的分子鉴定,从而为紫薇属的种类鉴定和种间亲缘关系提供分子生物学理论依据。 相似文献
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《(《农业科学与技术》)编辑部》2008,(1)
ITS区序列指DNA基因内的转录间隔区序列,包括ITS1、ITS2及5.8S3个区段。ITS区序列测定分析能够鉴别同属植物相似种以及药用植物混淆种。笔者以枸杞属内不同种间ITS序列为切入点,对枸杞nrDNA ITS序列进行分析研究,为从分子水平鉴定枸杞品种提供参考。1材料与方法1.1试验材料供试 相似文献
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[目的]探讨DNA条形码技术对两面针真伪鉴定的可行性,为两面针种质资源的鉴定提供参考.[方法]对两面针及其常见混伪品和同属近缘种(10种31份样品)进行DNA提取、PCR扩增和双向测序,所得序列经CodonCodeAligner软件处理和人工校对,采用TaxonGap法比较rbcL、trnH-psbA和ITS2等3条序列的物种鉴定力大小;选择适用条形码在不同物种样品范围内进行分析,检查种内种间距离变化情况.[结果]ITS2和tmH-psbA两条序列对10个试验物种的鉴定效率均为100.0%,rbcL在实验物种范围内不存在最小种间遗传距离;ITS2序列在样品鉴定范围由12个物种33个数据扩大为33个物种132个数据时,鉴定成功率从100.0%下降至84.8%,种内变异大于种间变异的比例由71.4%上升至90.1%.[结论]ITS2和trn H-psbA序列可作为两面针真伪鉴定的标准条形码,实际应用中应注意确定物种鉴定样品数及种内充分取样. 相似文献
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[目的]对采自内蒙古根河地区的灰紫香蘑进行组织分离与鉴定.[方法]分别选取菌盖处、菌褶与菌柄交界处和菌柄处进行组织分离,将分离物进行ITS序列分析,计算遗传距离,并采用邻接法构建NJ系统发育树.[结果]菌褶与菌柄交界处为最佳分离部位,菌丝生长速度快、洁白细密、污染率低;其次,子实体自然风干3d后再进行分离可有效降低菌丝污染程度;最后分离物经ITS序列测定,系统发育分析证实其为灰紫香蘑.[结论]该方法获得了灰紫香蘑的纯培养菌株,为进一步开发和利用灰紫香蘑提供了科学依据. 相似文献
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【目的】对新疆霍城县大西沟采集的两种形异羊肚菌(XJURML4和XJURML5)进行分类鉴定。【方法】用真菌专一引物ITS1f和ITS4扩增两菌ITS区并进行序列分析。【结果】XJURML4 ITS片段1130 bp(EU086775),XJURML5 ITS片段1127 bp(EU086776)。两菌的ITS2区100%相似,而ITS1区仅有4 bp差异。BLAST比对测序结果发现XJURMIA和XJURML5与近缘种宽圆羊肚菌(Morchella esculenta(L.:Fr.)Pers.var.rotunda Pers.:Fr.)的同源性为99.28%和98.65%;NJ法构建进化树分析ITS序列,两菌也跟宽圆羊肚菌类聚在一起。随机引物OPA3进行RAPD扩增,共产生出六条带,二条相同,剩余四条为多态性条带,表明两菌基因组上也有差异。【结论】ITS区序列和进化树分析、OPA3-RAPD标记技术均表明两菌是宽圆羊肚菌种内的新变种,而与传统形态学鉴定结果不一致。 相似文献
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[目的]对严重危害斑石鲷鱼苗的卵鞭虫病病原——渤海分离株(Bohai-1407 isolate)进行分子生物学鉴定和系统发育分析。[方法]设计4对特异性引物,应用PCR方法克隆并测定渤海分离株的核糖体DNA(rDNA)序列;应用Blast比对分析渤海分离株rDNA的结构;依据rDNA序列,分别构建10种胚沟科鞭毛虫和19株眼点淀粉卵涡鞭虫分离株/克隆的系统发育树,分析渤海分离株的系统分类地位。[结果]扩增出了渤海分离株的4个DNA片段,拼接出长度为6 530 bp的r DNA操纵子序列;该操纵子由74 bp的部分外转录间隔区(ETS)、1 813 bp的小亚基(SSU)、352 bp的内转录间隔区1(ITS1)、159 bp的5.8S、698 bp的内转录间隔区2(ITS2)和3 388 bp的大亚基(LSU)串联而成,3'端还有46 bp的部分非转录间隔区(NTS);渤海分离株与眼点淀粉卵涡鞭虫宁德株(Ningde1412)的rDNA序列相似性高达99.5%;依据SSU序列建立了包含10种胚沟科鞭毛虫的系统发育树,渤海分离株与世界各地分离到的眼点淀粉卵涡鞭虫聚类在一起,将其鉴定为眼点淀粉卵涡鞭虫;依据ITS1和ITS2序列建立了包含19株眼点淀粉卵涡鞭虫的2个系统发育树,渤海分离株与从美国弗罗里达盐水池塘中分离到的墨西哥湾分离株FL_21(DQ490260.1)总是聚类在一起。[结论]斑石鲷卵鞭虫病的病原——渤海分离株可以鉴定为眼点淀粉卵涡鞭虫,该分离株与墨西哥湾分离株FL_21的亲缘关系最近。 相似文献
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【目的】明确香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense 4个生理小种的系统发育关系。【方法】利用PCR扩增该病菌4个生理小种的核糖体DNA内转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS),利用AIu I、Hpa II和Taq I 3种限制性内切酶对这些小种的ITS产物进行RFLP分析。【结果】PCR扩增结果表明:来自4个生理小种的8个菌株均可扩增得到568 bp的ITS单一片段,但这些生理小种间的片段没有明显的多态性;对这些生理小种ITS产物进行RFLP分析发现,不同生理小种之间的差异很小。【结论】PCR-RFLP技术不适用香蕉枯萎病菌生理小种的分析鉴定。 相似文献
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[目的]鉴定周口地区番茄白粉菌的形态学及分子生物学.[方法]通过显微学对周口地区的番茄白粉病菌分生孢子及孢子梗的形态、大小进行观察对比,并分析了核糖体DNA转录间隔区(ITS)和进化树.[结果]在扫描电子显微镜下病菌分生孢子呈圆柱形或椭圆形,无支链;目的序列同来自日本番茄上的O.neolycopersici(AB094991)和来自美国番茄上的O.neolycopersici(AB163915)同源性最高聚为一支,与来自韩国绣球花上的O.hortensiae(JQ669944)等由于寄主植物不同而另聚为一条分支.[结论]不同物种的白粉菌间的遗传距离较远,来自周口地区的番茄白粉菌为O.neolycopersici. 相似文献
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为准确鉴定收集的4株蝉花(Cordyceps cicadae)并比较其产透明质酸能力,利用内转录间隔区(ITS)序列及随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对蝉花菌株CC1502、CC1504、CC1601和CC1602进行分子水平鉴定分析。结果表明:ITS序列不能区分4个蝉花菌株;随机引物AP-A20、AP-D18和AP-H18能够对4个菌株进行差异性扩增,获得RAPD多态性条带。聚类分析结果表明,菌株CC1504与其他3个菌株的遗传相似性最低,而菌株CC1601和CC1602的遗传相似性最高。液体发酵结果显示,菌株CC1502和CC1504能够产生透明质酸,葡萄糖和蛋白胨分别为最佳碳源和氮源。蝉花菌株CC1502产透明质酸的能力最强,产量可达2.45mg·mL~(-1),具有良好的开发潜力。 相似文献