中国小尾寒羊FSHR基因部分序列的克隆与分析

利用PCR技术扩增了中国小尾寒羊FSHR基因5′端调控区和部分结构区序列，并通过克隆进行了序列测定。比较研究结果：中国小尾寒羊与澳洲绵羊的FSHR基因在5′端有4个位点发生了单碱基插入／缺失（或缺失／插入）突变，序列间的保守性为97．99％；碱基变异率相应为2．01％。而二者在结构基因扩增区域的碱基变异率仅0．36％。有2个位点的减基变异引起了氨基酸密码改变。     

牛生长激素基因外显子5序列变异及其分子进化特征

通过双向直接测序法测定中国5个牛种生长激素(GH)基因外显子5序列,并且在分析序列变异的基础上探讨GH基因外显子5序列的分子进化特征.序列分析表明,5个牛种GH基因外显子5的遗传变异水平较低,平均核苷酸变异率约为3.48%,而且绝大多数位点的核苷酸替换是同义突变,仅发现1个错义突变位点;从GH基因外显子5序列单倍型构建的分子进化树来看,水牛与普通牛、瘤牛、牦牛及大额牛的分化相对比较明显,其他4个牛种之间并无明显分化,还享有共同的祖先序列.研究结果也说明牛GH基因外显子5在进化过程中由于功能的约束表现相当保守,进化速率缓慢.     

不同牛种GH基因外显子5序列变异研究

在测定牛亚科3个牛种(雷琼牛、巴州牦牛和巴州蒙古牛)GH基因外显子5序列的基础上,分析了不同牛种的序列变异特点,同时引用其它牛种(普通牛、瘤牛、牦牛和水牛)的序列构建分子系统树以探讨牛亚科家畜的系统发生关系.结果表明,在雷琼牛、巴州牦牛和巴州蒙古牛中共检测到5个变异位点,核苷酸取代方式仅有转换和颠换,核苷酸平均突变率仅为1.66%,说明这3个牛种GH基因外显子5多态性较为贫乏;5个变异位点中仅有1个为错义突变,导致亮氨酸和缬氨酸的转换,但该突变在牛种中分布有差异.从构建的系统树来看,普通牛与瘤牛先聚为一类,然后再与牦牛聚在一起,最后才与水牛聚在一起,与已有的分类结果大体一致.本研究的结果支持中国南方可能是一支瘤牛发源地的推论,也支持中国牦牛在起源进化历程中可能与瘤牛发生了基因交流的观点.     

山羊FSHR基因5''''端侧翼序列的克隆与分析

为找寻山羊FSH受体基因的SNP突变位点,进行FSH受体基因的多态性分析和探索该受体基因在山羊多胎中的可能作用,利用比较基因组学的方法,根据绵羊FSH受体基因序列设计引物,以湖南湘东黑山羊基因组为模板,PCR扩增了FSH受体基因5' 端侧翼调控区,通过克隆进行了序列测定及分析,并与牛、绵羊该区段序列进行了比较.结果表明,PCR扩增获得的片段为844 bp,与中国西门塔尔牛该段序列相比,同源性为94.08%,在-364 bp处的左翼发生了多碱基插入,湘东黑山羊该序列有5个碱基的插入,另在-625~-619 bp处的7个碱基缺失;与澳洲绵羊的FSHR基因比较,同源性为93.60%,在-367 bp处的左翼,湘东黑山羊该段序列有2个碱基的插入,在-630,-145,-97 bp 处各有1个碱基缺失.     

山羊FSHR基因5′端侧翼序列的克隆与分析

为找寻山羊FSH受体基因的SNP突变位点,进行FSH受体基因的多态性分析和探索该受体基因在山羊多胎中的可能作用,利用比较基因组学的方法,根据绵羊FSH受体基因序列设计引物,以湖南湘东黑山羊基因组为模板,PCR扩增了FSH受体基因5′端侧翼调控区,通过克隆进行了序列测定及分析,并与牛、绵羊该区段序列进行了比较.结果表明,PCR扩增获得的片段为844 bp,与中国西门塔尔牛该段序列相比,同源性为94.08%,在-364 bp处的左翼发生了多碱基插入,湘东黑山羊该序列有5个碱基的插入,另在-625～-619 bp处的7个碱基缺失;与澳洲绵羊的FSHR基因比较,同源性为93.60%,在-367 bp处的左翼,湘东黑山羊该段序列有2个碱基的插入,在-630,-145,-97 bp 处各有1个碱基缺失.     

牦牛PIT-1基因第5、6外显子部分序列的克隆测序

利用PCR方法扩增了麦洼牦牛PIT-1基因第5、6外显子的部分序列,扩增片段长度为1 285 bp,克隆到PND-18载体中进行测序,结果牦牛与普通牛的PIT-1基因有97%的同源性,共有28处不同,其中在内含子5的347处有18个碱基的缺失,565处有4个碱基的插入；外显子6有一个碱基突变,并导致氨基酸由普通牛的Thr变为牦牛的Arg。对61头麦洼牦牛和30头九龙牦牛PIT-1基因部分序列进行PCR-RFLP分析,均未检测到多态性。     

山羊FSHR基因5’端侧翼序列的克隆与分析

为找寻山羊FSH受体基因的SNP突变位点，进行FSH受体基因的多态性分析和探索该受体基因在山羊多胎中的可能作用，利用比较基因组学的方法，根据绵羊FSH受体基因序列设计引物，以湖南湘东黑山羊基因组为模板，PCR扩增了FSH受体基因5’端侧翼调控区，通过克隆进行了序列测定及分析，并与牛、绵羊该区段序列进行了比较，结果表明，PCR扩增获得的片段为844bp，与中国西门塔尔牛该段序列相比，同源性为94．08％，在-364bp处的左翼发生了多碱基插入，湘东黑山羊该序列有5个碱基的插入，另在-625-619bp处的7个碱基缺失；与澳洲绵羊的FSHR基因比较，同源性为93．60％，在-367bp处的左翼，湘东黑山羊该段序列有2个碱基的插入，在-630，-145，-97bp处各有1个碱基缺失。     

鸡场铜绿假单胞菌外毒素 A 基因遗传变异分析

为探究铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa,PA)毒力因子变异情况，对鸡场分离、鉴定的7株PA分离菌外毒素A(Exotoxin A,ETA)基因进行了遗传变异分析。结果表明，鸡场分离鉴定的7株PA分离菌成熟的ETA结构蛋白基因长1 824和1 839 bp，编码608和613个氨基酸；7株分离菌ETA基因与27株PA参考菌株之间核苷酸和氨基酸的同源性分别为98.9%～100.0%,98.5%～100.0%。7株分离菌成熟的ETA结构蛋白基因共有多处碱基位点发生了变异，其中包括PA-47株第106～110位15个碱基的连续缺失和10处错义突变。7株PA分离菌ETA蛋白共有6种不同的氨基酸变异位点模式；第426位(H)、第440位(H)、第470位(Y)、第481位(Y)、第553位(E)和第558位(W)氨基酸残基均未发生突变，均为有毒形式。本研究结果可为PA致病机理研究提供参考依据。     

关中奶山羊线粒体Cyt b基因遗传多样性研究

测定了关中奶山羊品种10个个体的细胞色素b基因全序列(1 140bp),比较分析了群体中细胞色素b基因的碱基组成和序列间碱基的变异情况,结果表明:在该品种(群体)中细胞色素b基因序列中10个变异位点上观察到17次T-C间的碱基转换,除了有1次T-C间碱基转换发生在密码子第1位点以外,其余的16次碱基转换都发生在密码子第3位点,均为同义突变;观察到5种单倍型,单倍型多样度为0.756。并以绵羊为外群构建系统发生树(NJ树),结果显示:关中奶山羊有2个母系起源,其中支系A占90%(9/10),支系B占10%(1/10)。     

西门塔尔牛HDAC1 基因SNP 检测及其与屠宰性状的相关性分析

通过对37头西门塔尔牛第2条染色体上的组蛋白去乙酰化酶1基因(HDAC1)的Intron 4-Intron5、Intron 10-Intron 11和3′非翻译区进行克隆和序列分析,采用SSCP分析方法和PCR产物直接测序的方法,判定SNP基因型,并分析SNP基因型与屠宰性状的相关性。结果发现,西门塔尔牛的HDAC1基因Intron4-Intron 5以及3′端非翻译区没有突变位点;在HDAC1基因Intron 10-Intron 11区存在1个突变位点,该突变位点位于测序结果的110 bp处,为A/G突变,其中AG杂合子频率(48.6%)与纯合子GG/AA频率(51.4%)大致相当,但G等位基因频率(62%)远大于A等位基因出现的频率(38%)。经在37头西门塔尔牛屠宰样品中的背膘厚屠宰性状比较,AA基因型个体的背膘厚显著低于GG和AG型个体,提示G等位基因对生长具有正效应。     

绵羊微卫星OarJL36和FecB基因的多态及连锁分析

 【目的】阐明微卫星座位OarJL36与小尾寒羊高繁殖力主效基因FecB之间的连锁关系,为绵羊高繁殖力的标记辅助选择提供依据。【方法】分析与FecB基因最紧密连锁的微卫星座位OarJL36在高繁殖力绵羊品种（小尾寒羊和湖羊）与低繁殖力绵羊品种（特克塞尔和多赛特）中的遗传多态性,探讨该微卫星与小尾寒羊FecB基因的连锁不平衡关系。【结果】高繁殖力小尾寒羊和湖羊在骨形态发生蛋白受体IB（bone morphogenetic protein receptor IB,BMPR-IB）基因编码序列第746位碱基处发生了与Booroola Merino绵羊相同的FecB突变（A746G）,低繁殖力特克塞尔和多赛特绵羊则未发生这种突变;小尾寒羊BB、B+、++型频率分别为0.500、0.386和0.114,湖羊BB、B+、++型频率分别为0.800、0.200和0.000;微卫星座位OarJL36在4个绵羊品种463个个体中共检测到10个等位基因和31种基因型,最小等位基因为160 bp,最大等位基因为200 bp;182 bp等位基因在小尾寒羊（n = 308）和湖羊（n = 60）中处于优势等位基因,频率分别为0.696和0.925,在特克塞尔（n = 47）和多赛特绵羊（n = 48）中的频率分别为0.085和0.125,在BB型小尾寒羊（n = 154）和BB型湖羊（n = 48）中该等位基因频率更高,分别为0.916和0.938,而在++型小尾寒羊（n = 35）中的频率为0.129;OarJL36在小尾寒羊、湖羊、特克塞尔、多赛特以及BB、B+、++型小尾寒羊和BB、B+型湖羊中的多态信息含量分别为0.475、0.139、0.661、0.768、0.152、0.588、0.843、0.115和0.212;连锁不平衡分析显示小尾寒羊FecB基因B等位基因与OarJL36微卫星座位182 bp等位基因之间存在较强的连锁关系,但仍有一定的重组（D′=0.614）,而+等位基因与OarJL36微卫星座位上的160、192、196、200 bp等位基因完全连锁（D′=1.000）。【结论】OarJL36微卫星座位182 bp等位基因与小尾寒羊FecB基因B等位基因之间存在较强的连锁关系,是与小尾寒羊多羔主效基因紧密连锁的一个遗传标记。     

小尾寒羊AA-NAT基因克隆及其与繁殖性能的关系

根据牛AA-NAT基因DNA序列和绵羊该基因mRNA序列,设计5对引物(P1～P5),每对引物分别扩增随机选取的8只小尾寒羊,PCR产物克隆测序,序列拼接获得小尾寒羊AA-NAT的DNA序列,总长为2 138 bp。序列比对发现P3的扩增产物中存在C617T的沉默突变。根据获得的小尾寒羊AA-NAT基因的DNA序列设计引物P6,利用PCR-RFLP技术分别在常年发情绵羊品种(小尾寒羊、白杜泊)和季节性发情绵羊品种(滩羊、萨福克和特克塞尔)中检测该位点的多态性。结果发现引物P6扩增片段在滩羊、萨福克和特克塞尔中均检测到CC、CT和TT 3种基因型,在小尾寒羊和白杜泊中只检测到CC和CT 2种基因型;该突变位点不同基因型分布在常年发情绵羊品种和季节性发情绵羊品种间存在显著差异(P<0.05);小尾寒羊CC和CT基因型频率分别为0.24和0.76,CC型母羊平均产羔数比CT型多0.48只(P<0.01)。本研究结果初步表明,AA-NAT基因617位点与绵羊的常年发情可能存在一定关联,C等位基因可能是提高绵羊产羔数的一个潜在有效的标记。     

MTNR1A基因ExonⅡ T/C突变与绵羊季节性繁殖的关联性分析

【目的】分析MTNR1A基因ExonⅡT/C突变与绵羊季节性繁殖性状的关联性,为深入研究MTNR1A基因在绵羊繁殖活动中的作用机制打下基础。【方法】以季节性繁殖的阿勒泰羊和中国美利奴羊(军垦型)及常年繁殖的湖羊和小尾寒羊为研究对象,采用PCR-SSCP及测序技术检测MTNR1A基因ExonⅡT/C突变在4个绵羊品种群体中的分布情况,并分析其与绵羊季节性繁殖性状的关联性。【结果】MTNR1A基因ExonⅡT/C突变致使MTNR1A蛋白的胞内无规卷曲结构域构象发生变化。在4个绵羊品种群体MTNR1A基因ExonⅡ处均可检测到T/C突变,其中阿勒泰羊和小尾寒羊中以TT基因型为主,T等位基因频率分别为C等位基因的3.4和11.2倍;在中国美利奴羊(军垦型)中则以TC基因型为主,TC基因型频率分别为TT和CC基因型的17.6和19.6倍;在湖羊中3种基因型的分布无明显差异。在阿勒泰羊群体中MTNR1A基因ExonⅡT/C突变位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),而在中国美利奴羊(军垦型)、湖羊和小尾寒羊群体中处于极度不平衡状态(P0.01)。【结论】在季节性繁殖的阿勒泰羊和中国美利奴羊(军垦型)及常年繁殖的湖羊和小尾寒羊群体MTNR1A基因ExonⅡ处均可检测到T/C突变,但该突变与绵羊的季节性繁殖性状无关联。     

绵羊BMP15基因FecXL突变的检测

【目的】旨在寻找与产羔数相关的遗传标记,为绵羊高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。【方法】以控制Lacaune绵羊高繁殖力的骨形态发生蛋白15(bonemorphogenetic protein15,BMP15)基因为候选基因,采用PCR-SSCP方法在绵羊(Ovisaries)高繁殖力品种(小尾寒羊和湖羊)和低繁殖力品种(多赛特、特克塞尔、考力代、杜泊、南非肉用美利奴和中国美利奴绵羊)中检测BMP15基因的FecXL突变,同时研究该基因突变对小尾寒羊和湖羊高繁殖力的影响。【结果】这8个绵羊品种都没有发生与Lacaune绵羊相同的FecXL突变(C53Y)。【结论】BMP15基因中影响Lacaune绵羊高繁殖力的突变位点对小尾寒羊和湖羊的高繁殖力都没有显著影响。     

绵羊BMP15和GDF9基因多态性与产羔性能间的关系

本研究采用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术分别对骨形态发生蛋白15（BMP15）基因FecXG突变和FecXL突变、生长分化因子9（GDF9）基因外显子Ⅰ、外显子Ⅱ部分核苷酸多态性及其与小尾寒羊、中国美利奴（新疆型）绵羊多胎品系、肉用品系、体大品系、萨福克、无角陶赛特、中国美利奴（新疆型）和德国肉用美利奴产羔数间的关系进行了分析,结果发现：（1）利用PCR-RFLP技术分析了小尾寒羊等8个品种BMP15 FecXG突变,在该位点未发现多态性;（2）利用PCR-SSCP技术分析了小尾寒羊等8个品种BMP15 FecXL所在区域的多态性,在BMP15基因存在G1047A转换,但并不引起BMP15氨基酸序列的改变,该突变与FecXL（G962A）不同,是在BMP15中新发现的一个突变。G1047A突变对小尾寒羊等7个品种的平均产羔数无显著影响;（3）在小尾寒羊等8个群体的GDF9外显子Ⅰ均未发现多态性;（4）在小尾寒羊等8个群体中发现存在G4突变,该突变对绵羊平均产羔数均无显著影响。以上结果提示：上述2个基因的4个分析区域不宜用于小尾寒羊等7个品种绵羊多羔性状的分子标记位点。     

3个绵羊群体BMPR-IB基因多态性与产羔数的相关分析

[目的]为解决多胎肉用绵羊杂交育种技术的关键问题提供依据。[方法]以BMPR-IB基因作为候选基因,采用PCR-RFLP方法检测其在萨福克羊、小尾寒羊及萨寒F1代杂交羊中的多态性分布,分析其与产羔数的相关性。[结果]在萨福克绵羊中只有1种基因型野生型(++);在小尾寒羊中检测到3种基因型纯合突变型(BB)、杂合突变型(B+)和野生型(++),基因型频率分别为0.14、0.80和0.06。在萨寒杂交绵羊中,检测到2种基因型(B+和++),基因型频率分别为0.99和0.01。3种绵羊的产羔数差异极显著,萨寒杂交羊的多羔率和平均产羔率均明显高于纯种萨福克羊。[结论]BMPR-IB基因的遗传方式符合孟德尔遗传规律。利用小尾寒羊对萨福克羊的繁殖性能进行杂交改良是有效可行的。     

绵羊LHR基因PCR-SSCP多态性与繁殖性状的关联分析

通过聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)分析方法检测绵羊品种(湖羊、晋中绵羊和陵川半细毛羊)促黄体素受体(luteinizing hormone receptor,LHR)基因外显子11核酸序列的单核苷酸多态性,并研究该基因多态性对湖羊性早熟和产羔数的影响。结果表明:在6对引物扩增产物中,只有引物P2和P6的扩增片段具有多态性,引物P2扩增区存在2种基因型,分别为LL和LM型,在3个绵羊品种中均未检测到MM型;引物P6扩增区存在6种不同的SSCP带型,经序列比对分析存在T2053A、A2044T和G2003A的错义突变。湖羊和晋中绵羊P2扩增区基因型分布差异不显著(P>0.05),而与陵川半细毛羊均存在极显著差异(P<0.01);P6扩增区的2 053、2 044、2 003位点各基因型分布在湖羊和晋中绵羊间差异不显著(P>0.05),而与陵川半细毛羊间存在显著差异。P2扩增位点仅陵川半细毛羊的基因分布不符合哈迪-温伯格定律;P6扩增区湖羊和晋中绵羊在各突变位点的等位基因频率处于群体平衡状态,陵川半细毛羊除2 003突变位点基因分布处于群体不平衡状态外,其余突变位点的等位基因频率分布符合哈迪-温伯格定律;LHR外显子11区不同基因型湖羊各胎次产羔数差异不显著(P>0.05),表明LHR外显子11对湖羊的性早熟和高繁殖力性状没有显著影响。     

小尾寒羊MyoG外显子2和MyoD 5'侧翼区的多态性研究

采用PCR-SSCP技术分析了小尾寒羊肌细胞生成素Myo G基因外显子2和生肌决定基因Myo D 5'侧翼区的多态性,结果表明:Myo D 5'侧翼区在小尾寒羊中检测到2种基因型(BB、AB),BB和AB基因型频率分别为0.975 0和0.025 0,A和B等位基因频率分别为0.012 5和0.987 5;小尾寒羊的Myo G外显子2不存在多态性。对Myo D 5'侧翼区的BB基因型测序分析发现,其与牛的Myo D1基因序列(XM_592330.2)相比,发生了2处突变,分别是第960位发生了T→C突变、第972位发生了C→A突变。     

绵羊微卫星300U和FecB基因的多态及连锁分析

旨在阐明微卫星座位300 U与小尾寒羊高繁殖力主效基因FecB之间的连锁关系,为绵羊高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。分析与绵羊高繁殖力主效基因FecB紧密连锁的微卫星座位300 U在高繁殖力绵羊品种(小尾寒羊和湖羊)和低繁殖力绵羊品种(特克塞尔和多赛特)中的遗传多态性,同时探讨该微卫星座位与小尾寒羊FecB基因的连锁不平衡关系。微卫星座位300 U在4个绵羊品种的472个个体中共检测到14个等位基因和52种基因型,最小等位基因为124 bp,最大等位基因为162 bp;小尾寒羊(n=316)、湖羊(n=60)、特克塞尔(n=48)、多赛特(n=48)和小尾寒羊的BB型(n=156)、B+型(n=124)、++型(n=36)以及湖羊的BB型(n=48)、B+型(n=12)群体中优势等位基因分别是160、148、160、150、160、160、138以及148和148 bp,其频率分别为0.294、0.958、0.750、0.271、0.327、0.282、0.236以及0.959和0.958。连锁不平衡分析显示小尾寒羊FecB基因B等位基因与300 U座位160 bp等位基因之间存在一定的连锁不平衡(D′=...     

小尾寒羊和湖羊高繁殖力候选基因BMP15的研究

以控制Romney Inverdale绵羊和Romney Hanna 绵羊高繁殖力的骨形态发生蛋白15(bone morphogenetic protein 15,BMP15)基因为候选基因,采用PCR-RFLP方法检测BMP15基因在高繁殖力绵羊品种(小尾寒羊、湖羊)以及低繁殖力绵羊品种(道赛特羊、萨福克羊)中的多态性,同时研究该基因对小尾寒羊高繁殖力的影响.结果表明,BMP15基因在小尾寒羊、湖羊、道赛特和萨福克绵羊中既没有发生与Inverdale绵羊相同的V31D突变,也没有发生与Hanna 绵羊相同的Q23Ter突变.还表明BMP15基因中影响Inverdale绵羊和Hanna 绵羊高繁殖力的突变位点对小尾寒羊和湖羊的高繁殖力没有显著影响.