胡枝子属植物ITS序列研究与系统发育分析

用PCR产物直接测序法对10种胡枝子属植物和1个外类群的ITS序列进行了测定.结果表明,10种胡枝子ITS序列全长在612～622 bp之间,其中ITS1长度在243～228 bp之间,变异较大,ITS2长度在215～220 bp,5.8S的长度均为165 bp,比较保守.序列比对结果发现有76个变异位点,占比对序列长度的11.93%.构建了胡枝子属植物ITS序列的系统发育树,并探讨了参试胡枝子种质的亲缘关系.     

基于ITS和trnL-F序列的青藏高原棘豆属植物分子系统学研究

【目的】探讨青藏高原棘豆属植物的系统学关系,为该属植物的研究提供分子系统学方面的资料。【方法】以青藏高原16种棘豆属植物27个地理种群标本为试材,提取其总DNA后,分别对ITS序列和trnL-F序列进行PCR扩增、纯化及测序,并对所测序列进行同源性比对,用Kimura 2-parameter距离模型计算各序列间的进化距离,以乌拉特黄耆(Astragalus hoantchy)和多枝黄耆(A.polycladus)为外类群,利用MEGA软件构建基于ITS序列和trnL-F序列的青藏高原棘豆属植物的系统发育进化树。【结果】ITS序列对位后长度为710bp,有58个简约信息位点,G+C平均含量为54.3%,该序列的平均进化距离为0.016,但进化距离总体较小。trnL-F序列对位后长度为867bp,有94个简约信息位点,G+C平均含量为33.7%,该序列的平均进化距离为0.018,总体进化距离较ITS序列大。ITS序列较叶绿体trnL-F序列含有较多的系统发育信息。在基于2个序列构建的系统发育树中,大花棘豆亚属除少数居群外均形成单系分支,说明以心皮有无隔膜来划分棘豆属属下分类系统可以较好地获得分子系统学的支持;但在其他亚属及组水平上,并不构成单系。【结论】棘豆属各类群间系统发育信息含量明显较低,说明棘豆属物种分化发生较晚,尤其是在青藏高原这样一个始于第三纪造山运动的年轻区域,其棘豆属物种的新近起源和形态的快速分化还难以在遗传水平上固定下来。     

基于nrDNA ITS对23种兜兰属植物的分子系统学分析

采用PCR直接测序法,测定23种兜兰属植物的内部转录间隔区(ITS)序列,并结合GenBank中所查到的德氏兜兰(AJ564372)、波瓣兜兰(AY530916)及麻栗坡兜兰(AJ564357)的核糖体DNA(nrDNA)ITS区序列进行比对,确定23种兜兰的ITS1、5.8S及ITS2的界限。结果表明:23种兜兰植物的nrDNA ITS序列长度为717～787 bp;G+C含量为48.6%～51.5%,其中ITS1和ITS2长度分别为393～451 bp及155～180 bp,包括211个变异位点;109个信息位点。基于贝叶斯法和最大简约法构建系统聚类树,结果表明,2种方法构建的树基本一致,整个树分为2个分支3个亚组,表明基于nrDNA ITS序列能够鉴定分析兜兰属植物种间的亲缘关系。     

药用石斛rDNA ITS序列分析

为准确进行药用石斛资源鉴定,阐明属内的种间关系,以32个药用石斛样品基因组DNA为模板,采用rDNA ITSPCR扩增、测序、分子遗传进化分析等方法,研究了供试药用石斛间的遗传多样性.结果表明:32个石斛样品的ITS序列(只包含ITS1、5.8S rDNA ITS和ITS2)长度变化范围在632～645 bp之间,ITS1长度为225～234 bp,GC含量为43.8％～53.1％,变异位点198个、占总位点81.48％,简约信息位点138个、占总位点56.79％;ITS2长度为240～247 bp,GC量为47.0％～55.9％,变异位点183个、占总位点72.90％,简约信息位点123个、占总位点49.00％.建立了28种药用石斛(共32份)rDNA ITS区碱基全序列数据库,为石斛的分子鉴定提供了依据.     

基于ITS和trnl-trnF序列的新疆扁桃种质资源亲缘关系研究

为探究新疆扁桃种质的亲缘关系,以新疆‘纸皮’与‘阿曼尼沙’等24个扁桃种质为材料,对其叶片及果实的植物学性状进行对比分析。提取总DNA后分别对ITS与trnl-trnF序列进行PCR扩增、纯化及测序,将所测序列进行拼接及同源性比对。利用MEGA5软件构建基于ITS和trnl-trnF序列的不同扁桃种质间的系统发育树。通过植物学性状对比发现,‘矮丰’的叶形指数最高为4.12,‘叶尔羌’的出仁率为72.9%,在供试24个扁桃种质中最高。经相关生物信息学软件分析表明,ITS序列长度为608~610bp,包括42个变异位点和9个简约信息位点,G+C含量为61.16%~61.90%。trnl-trnF序列长度为915~933bp,其变异位点和简约信息位点丰富,分别为457个和332个,分别占总长的48.8%和35.7%,G+C含量较低,为32.46%~32.94%。基于ITS和trnl-trnF序列的系统发育树表明,ITS序列间的遗传距离为0.000~0.008,trnl-trnF序列间的遗传距离为0.000~0.400,‘双薄’与‘双软’具有相同的遗传背景。     

桑属IIS、trnL-F、rps16序列与进化分析

[目的]分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列,探讨系统学价值.[方法]67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对,并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析,计算其长度、G+C(或A+T)含量、变异位点、信息位点,将3个序列合并,以构树、柘树为外类群,采用MP法分析进化关系.[结果]桑ITS(包括5.8S)基本序列长度为576 bp,变异范围为576-590 bp,G+C含量为59.55%--62.25%,40个信息位点;trnL-F(包括tRNA-Leu内含子)基本序列长度为923 bp,变异范围为920-924 bp,A+T含量为65.87%-66.31%,23个信息位点;rps16内含子基本序列长度为929 bp,变异范围为923-929 bp,A+T含量为67.28%-67.49%,17个信息位点.3个序列的最适碱基进化模型分别为(GTR+G)、(GTR)和(GTR+G),可能的分支概率-混合卡方概率值分别为0.000001、0.027175和0.000222,3个片段合并最适碱基进化模型为(GTR+G),基于模型用MP法分析,在2 538个位点中,有80个信息位点.分支图结果表明,首先将黑桑(M.nigra)分出,其它桑种分成2支,第一支包括长穗桑、瑞穗桑、蒙桑、鬼桑、鸡桑、山桑、白桑和广东桑,第二支包括华桑、奶桑和川桑.[结论]桑属traL-F和rps16序列信,息位点有限,单独研究桑属系统学,价值不大,与ITS序列合并研究,则能增加分支图的信息位点,使分支图更近于似然.基于ITS、trnL-F、rps16序列MP分支图,新疆黑桑为最原始类型,乌克兰等栽培种为进化类型.     

几个中国大麦属物种核rDNAITS区序列分析

对8份来源于中国和7份国外的不同大麦属物种核rDNAITS区进行了序列分析,并采用邻接法构建了其系统发育树状图。结果表明,大麦属物种的ITS区序列长度为596～600bp,其中ITS1、5.8S和ITS2分别有43、4和54个变异位点。ITS区揭示的遗传分化距离变化范围为0～0.1121,平均值为0.0561。以雀麦属为外类群,采用邻接法进行系统发育关系分析发现,大麦属不同物种间聚类关系与其地理来源无关;各物种或亚种按照其亲缘关系与染色体组的划分进行聚类,其中具有H和I染色体组的物种各聚为一个分支。     

亚洲谷精草属植物研究(Ⅰ)

讨论谷精草属 (Eriocaulon L.) 世界性及亚洲分布的E. setaceum, E. australe, E. exangulare, E.willdenovianum, E. decemflorum, E.wightianum, E.cinereum, E. alpestre 8个种的分类问题. 补充纠正了E. alpestre Koern. 的形态描写.10个种(变种)处理为同物异名.     

几种槭属植物亲缘关系的ITS序列分析

为了选择适宜挪威槭"皇家红"嫁接的砧木,笔者对槭属植物的8个种(含变种)核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列进行了PCR扩增和序列分析,扩增出约750bp左右的的序列(包含完整的ITS1、5.8S和ITS2序列及部分18S和26S rRNA基因片段.各样品的ITS1长度为221～236bp,ITS2为231～237bp,含有多个特异性信息位点.并利用ITS序列为依据对8种槭属植物系统发育进行分析,从分子水平上阐明了8种槭属植物的亲缘关系,为挪威槭"皇家红"嫁接生产中适宜砧木的选择提供了理论依据.     

基于ITS序列探讨新疆石竹属植物的系统发育

[目的]探讨新疆野生石竹的系统发育和种间亲缘关系.[方法]采用CTAB+硅珠法提取总DNA, 并对nrDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S rDNA和ITS-2)进行了序列测定.采用邻位相接法(NJ)和最大简约法(MP)进行聚类分析.[结果]新疆石竹属植物的ITS序列总长度为610～614 bp,ITS-1和ITS-2序列长度为235～238 bp和214～215 bp.5.8 S序列很保守,长度均为161 bp.在整个ITS序列中,共有119个变异位点,17个信息位点,分别占整个ITS序列长度的19.71; 和2.77;.[结论]齿瓣组和纟 遂瓣组分别聚成一支构成姊妹群,其支持率分别为90;和98;.并对种间亲缘关系进行了分析.     

基于rDNA-ITS的中国外来香蕉穿孔线虫种群的系统发育分析

为揭示传入中国的香蕉穿孔线虫群体间的遗传差异,分析其亲缘和进化关系,明确中国香蕉穿孔线虫的来源和传入途径,分别扩增了多雌繁殖群体和相应种群的单雌繁殖群体后代rDNA-ITS,对扩增产物进行测序,通过序列比对分析其遗传变异,并构建系统发育树研究其亲缘和进化关系。结果表明:供试香蕉穿孔线虫20个种群的rDNA-ITS序列大小为705~713bp,序列同源性比较高,相似性在95%以上,序列变异率为0~7.5%;各群体ITS1和ITS2序列大小分别为273~276bp和151~152bp,各种群间的序列相似性分别达到98.58%和98.35%以上;单雌繁殖群体与相应的多雌繁殖群体的序列相似性非常高,有8个种群的2个繁殖群体序列相似性达到100%,其他种群的2个繁殖群体序列相似性达97%以上;基于ITS序列构建穿孔属线虫的系统发育树说明,所有香蕉穿孔线虫聚在一个大枝,分成4小分枝,其中寄主为红掌的RsW种群单独聚为一枝,遗传距离较远,寄主为绿宝石的RsH遗传距离相对其他种群也较远,寄主分别为天鹅绒竹芋和孔雀竹芋的RsP和RsS种群的遗传距离则相对较近,这说明传入中国的香蕉穿孔线虫种群可能直接来源是欧洲的竹芋科和天南星科观赏植物,而前者的最初来源可能是苏丹的香蕉,后者的最初地理来源较复杂。     

基于ITS2序列的12种苔藓植物亲缘关系分析

以尖叶薄鳞苔为外类群,利用ClustalX 2.0和MEGA 4.1软件对12种苔藓植物的ITS2序列进行比对和分析,构建分子系统树.结果表明,12种苔藓植物的ITS2序列长度在432-493bp之间,排序后总长度为540 bp,其中变异位点305个,信息位点200个.12种苔藓植物的遗传距离在0.016～0.472之间,平均遗传距离为0.309.利用MP法建立的系统树显示,12种苔藓植物分为3组,其中7个丛藓科物种聚为一组,3个青藓科物种聚为一组,2种灰藓科植物聚为一组,序列分析结果与形态学分类结果一致,表明ITS2可用于苔藓植物的亲缘关系分析.     

小麦孢囊线虫江苏群体的形态学与分子特征鉴定

【目的】明确小麦禾谷类作物孢囊线虫（cereal cyst nematodes,CCN）江苏群体的种类组成及群体间遗传变异情况,为抗病品种的选育、利用以及病害综合防治提供依据。【方法】对江苏省的13个代表性CCN群体进行孢囊、阴门锥和2龄幼虫的形态观察和形态测计并与相似种进行比较;PCR扩增上述群体的rDNA-ITS区并克隆测序,构建基于ITS序列的系统发育进化树。【结果】通过形态观察和形态测计值的比较,所测定的江苏群体均与已报道的禾谷孢囊线虫（Heterodera avenae）中国群体的测计值相接近;系统进化关系分析显示CCN江苏群体、国内其它地区以及国外禾谷孢囊线虫群体均处于同一大的进化分子簇,且国内和国外群体分别处于不同的进化分支。【结论】所测定的13个江苏省CCN代表性群体均为禾谷孢囊线虫,各群体间形态及ITS序列变异较小,江苏省目前尚未发现菲利普孢囊线虫（H. filipjevi）。     

锦香草及其近缘种的亲缘关系ITS序列分析

为厘清锦香草及其近缘种的亲缘关系,为其杂交育种提供数据基础,收集我国锦香草及其近缘种短毛熊巴掌与长柄熊巴掌等样品46份,对供试样品核糖体基因(nrDNA)的内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列进行分析,并构建系统进化树,对其系统发育关系进行研究。结果表明:供试材料的ITS1、ITS2和5.8S的序列长度分别为246、230、160~161 bp;ITS1与ITS2序列存在变异位点426个,信息位点232个;5.8S序列存在202个变异位点,信息位点84个。根据ITS序列构建进化树:供试材料可分为2支,锦香草与短毛熊巴掌在进化树中聚为一支,分支内部互相嵌入;长柄熊巴掌单独聚成一支。以上结果显示,锦香草、短毛熊巴掌亲缘关系较近,它们与长柄熊巴掌亲缘关系较远,该结果支持《Flora of China》将短毛熊巴掌处理为锦香草的异名,长柄熊巴掌为独立种。     

传统中药材麦冬的DNA条形码鉴定

该文分析了DNA条形码序列(ITS、psb A-trnH、matK、rbcL和trn L-F)对采自10个不同产区的麦冬进行PCR扩增及测序。结果表明,ITS序列变异位点为11 bp且较稳定。叶绿体序列的变异位点较低。本研究构建了ITS及联合叶绿体片段与ITS的系统发育树,4个叶绿体片段各自构建的系统发育树结果不理想,以ITS构建的系统发育树为主。广西桂林、贵州贵定与浙江余杭聚为一支;四川什都、四川珙县与广东肇庆聚为一支;云南麻栗坡与云南石林聚为一支;江西庐山与湖南桑植聚为另一分支,位于发育树基部;以上分支均得到G+C含量和遗传距离的支持,种内具有较近的亲缘关系。ITS序列具有稳定的变异位点和鉴定位点,能够准确的鉴定不同产地的麦冬,基于ITS构建的系统发育树能够较好的区分其亲缘关系。     

利用ITS序列探讨锦鸡儿属(Caragana Fabr.)植物系统关系(英文)

[目的]利用ITS序列探讨锦鸡儿属(Caragana Fabr.)植物系统关系。[方法]以锦鸡儿属11个系29种为代表材料,选择性扩增nrITS序列并双向测序,结合黄耆亚族Astralinae(Adens)Benth其他6属7个代表种的nrITS序列进行最大简约性(MP)和最小进化(ME)的系统发育分析。[结果]锦鸡儿植物ITS序列长度在611-614bp之间,与外类群排序后长度为655bp,共有170个可变位点,其中107个简约信息位点,简约信息位点在总排序序列中达16.3%,可以为属内及属间系统关系提供有力的分子证据;锦鸡儿属在系统发育上不是一个单系类群,与丽豆属(Calophaca Fish.exDC.)植物具有极为相近的亲缘关系;Sect.tragacanthoides的种在MP和ME进化树中位置分散,其组的分类有待进一步研究。卷叶锦鸡儿(C.ordosica,新种)虽然形态上与垫状锦鸡儿(C.tibetica)相似,但它与荒漠锦鸡儿(C.roborovskyi)遗传学关系紧密;C.davazamcii是一个独立的种。[结论]ITS序列在锦鸡儿属内及属间的系统学研究中具有重要的参考价值。     

桑属ITS,TrnL-F,rps16序列分析及12个特殊桑资源评鉴

 【目的】分析桑属ITS,TrnL-F,rps16序列，探讨系统学价值，建立系统进化树，并对12个特殊桑资源进行评鉴，为开发利用提供理论依据。【方法】用67份桑资源，经DNA提取、PCR扩增、测序，测序结果用软件拼接、比对、除去非序列碱基，计算长度、G+C%含量、变异位点、信息位点、以构树、柘树为外类群，MP分析，根据分析结果，结合桑资源研究积累，对12个特殊桑资源进行评鉴。【结果】桑ITS(包括5.8S)基本序列576 bp ,变异范围576-590 bp，G+C% 59.55-62.25，40个信息位点；TrnL-F（包括tRNA-Leu内含子）基本序列923 bp , 变异范围920-924 bp, G+C%33.69-34.13，23个信息位点；rps16内含子基本序列929 bp ，变异范围923-929 bp，G+C%32.51-32.72，17个信息位点。最适碱基进化模型分别为(GTR+G),(GTR),(GTR+G),可能的分支概率，混合卡方概率值分别为0.000001 ,0.027175,0.000222, 三片段合并最适进化模型(GTR+G)，基于模型，MP分析， 2538个位点，80个信息位点。分支图首先将黑桑M. nigra分出，其它桑种分成两支，第一支桑(mulberry)，包括长穗桑、瑞穗桑、蒙桑、鬼桑、鸡桑、山桑、白桑、广东桑，第二支乔木桑(arbor)，包括华桑、奶桑、川桑。12个特殊桑资源，神农华桑♀（优质木材桑）分在第二支，乔木特性，其它11个特殊桑资源分在第一支，具桑(mulberry)特性。【结论】桑属TrnL-F;rps16序列信息位点有限，单独研究桑属系统学，价值不大，与ITS序列合并，能增加分支图的信息位点，使分支图更具客观性，更近于似然。基于ITS,TrnL-F;rps16序列MP分支图，新疆黑桑为最原始类型，乌克兰等栽培种是进化类型。桑属可根据分支的亲缘关系，结合桑资源研究积累，评鉴特殊桑资源。     

基于ITS2序列的秤星树等冬青属8种药用植物的分子鉴别

[目的]建立ITS2区段的秤星树及其同属几种药用植物的分子鉴别方法。[方法]以秤星树等几种药用植物为材料,采用离心柱型试剂盒提取总DNA,采用一对通用引物对ITS2区段进行PCR扩增和测序;HMMer法对测序结果进行注释得到ITS2序列;MEGA软件分析,寻找差异位点,构建系统发生树。[结果]测序后注释得到的秤星树等8种冬青属药用植物ITS2比对序列为254 bp,种间存在85个差异位点。[结论]ITS2区可用于鉴别秤星树与同属几种药用植物。     

不同来源辣椒疫霉菌的系统发育分析

运用PCR直接测序法,对9个辣椒疫霉菌株和1个外类群大豆疫霉菌株的nrDNA的ITS区(包括ITS1、5.8SrDNA和ITS2)进行序列测定。结果表明,不同来源的辣椒疫霉菌的ITS序列总长度为750~753bp。采用PAUP软件进行系统发育分析表明:来自辣椒寄主和土壤的辣椒疫霉菌各自聚为一组,与其地理来源没有明显的相关性。     

湖北省桑属植物亲缘关系RAPD分析

[目的]采用RAPD和ITS方法分析湖北省桑属植物亲缘关系。[方法]利用RAPD分析湖北省桑属植物的亲缘关系,并与ITS分支图进行比较,研究湖北省桑属植物亲缘关系。[结果]两者在分析桑属的亲缘关系时,均把桑属分为2大支。其中,RAPD多态性高,适合居群遗传多样性分析;但RAPD资料属等位基因频率资料,不同种的RAPD扩增产物往往并不同源,不宜假定外类群,无法确定树根。ITS为核糖体基因内转录间隔区的差异,位点的变异往往能反映出桑属种间的差异,宜假定外类群,进行分支分析。但ITS资料并不能把桑属所有桑种分开。[结论]在研究桑属的亲缘关系时,先用ITS进行粗略的分类后,再用RAPD进行细分的结果较准确。