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相似文献
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1.
利用SSR标记评价甘蔗品种遗传多样性   总被引:5,自引:0,他引:5  
[目的]探讨甘蔗品种的遗传多样性。[方法]利用15对多态性SSR引物对20个广西主栽甘蔗品种的基因组DNA进行分析,研究现代甘蔗品种的遗传亲缘关系及各品种间的遗传距离。[结果]利用15对多态性SSR引物对20个甘蔗品种的基因组DNA进行扩增,共获得185条谱带。平均每个引物扩增出12.33条谱带,其中多态性条带占87.6%。供试甘蔗品种之间的遗传相似系数为0.554~0.826,平均值为0.679。根据UPGMA聚类分析结果,20个供试甘蔗品种可分为2个类群。[结论]20个供试甘蔗品种具有丰富的遗传多态性。SSR标记能较好地揭示供试甘蔗品种之间的遗传差异和亲缘关系。  相似文献   

2.
利用SSR标记分析小麦强优势组合亲本遗传差异   总被引:9,自引:0,他引:9  
利用SSR标记对小麦(黑麦)异源重组系异源2号组配的22个强优势杂交组合亲本进行了遗传差异检测分析。结果表明,被测材料间SSR标记多态性较高。69对引物中,52对引物(占75.36%)扩增产物具多态性,共扩增得到155条带。其中,123条带具多态性,占79.35%。每个多态性引物可扩增出1-6条带,平均可扩增2.3条多态性带。父本异源2号与其强优势组合母本间SSR遗传距离平均值0.30,高于母本间遗传距离平均值0.21,聚类结果也显示其单独聚为一类。由此证实,异源2号与母本间确实在分子水平上存在较大遗传差异。SSR遗传距离与亲本各性状表型差异及F1各性状杂种优势间相关均不显著。据此认为,可能难以直接利用SSR遗传距离预测杂交组合的杂种优势。  相似文献   

3.
SSR标记是进行植物遗传多样性研究的理想技术。研究应用2007年Bindler等[14]公布的的烟草SSR标记分析了13个云南省烟草主栽品种的遗传多样性。通过对92对分布于烟草24个连锁群的SSR标记引物筛选,发现20对在这些品种之间存在多态性。20个SSR位点上共检测到52个等位基因,平均每对引物等位基因数为2.6个。根据SSR标记多态性计算了不同品种之间的遗传距离(GD),13个品种之间遗传距离介于0.0090~0.4286之间,平均距离为0.2237,说明品种间遗传差异较小。SSR标记技术将在烟草的基因标记定位及分子辅助育种中发挥重要的作用。  相似文献   

4.
以4个蔺草代表性品种(鄞蔺1号、农林4号、岗山和太草)为材料,采用SSR引物对基因组DNA进行PCR扩增。结果表明,67对SSR引物在4个品种中均有扩增条带。其中引物RM24在鄞蔺1号和其它3个品种之间具有明显差异。而引物RM267和RM330在农林4号和其它3个品种间表现多态性差异。因此,SSR引物RM24可初步作为区分我国蔺草品种与其它国家或地区品种的DNA指纹标记。  相似文献   

5.
微卫星标记对籼稻品种遗传多样性分析   总被引:1,自引:1,他引:0  
从水稻全基因组12条染色体上的439对SSR引物中选取30对,对国内外的12个籼稻品种进行遗传多样性研究。结果显示,试验选取的30对SSR引物中有29对具有多态性,多态性位点百分率为96.7%。这些多态性引物在12个材料中共扩增出137条多态性条带,平均每对SSR引物可检测到2~8个等位基因,平均4.7/位点。等位基因有效数(Ae)变幅为1~5.539,平均为3.47。多样性指数中,香浓多样性指数(I)为0~0.819,平均0.651;而Nei基因多样性指数变幅为0~1.907,平均1.3。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,利用SSR标记可将12份材料分为2个类群,国内和国外两个群体。说明SSR标记在区分水稻品种的生态型及遗传多样性研究方面具有重要作用,进一步证实了SSR标记是研究水稻种质资源分类、地理分布、生态类型的有效手段  相似文献   

6.
利用单核苷酸多态性标记(SNP)构建镇油6号等15个油菜品种(系)的指纹图谱,分析它们之间的遗传相似性,并通过聚类分析明确它们之间的关系;利用SSR标记分析5个品种的遗传相似系数,SNP标记与SSR标记的遗传相似系数间的相关系数为0.82,达显著水平,表明2种方法所得的指纹图谱间具有较高的一致性,但SNP标记指纹图谱所含差异位点信息较多,比SSR标记图谱更好。  相似文献   

7.
为了鉴定马铃薯品种的亲缘关系,采用10对SSR分子标记引物,对19份贵州马铃薯生产品种进行SSR分子标记及遗传多样性分析。结果表明:10对SSR引物中5对获得60条清晰条带,其中49条为多态性条带,多态性比率为81.67%,平均每个引物的多态性条带数为9.80条。19份马铃薯品种的遗传相似性系数为0.43~1.00。经聚类分析,在遗传相似系数为0.56处全部参试材料聚在一起,在遗传相似系数为0.63处可明显聚为3个类群。第Ⅰ类群包括11份材料,第Ⅱ类群包括7份材料,第Ⅲ类群只有1个材料。在相似性系数0.65处,57.89%的参加品种聚在一起,表明参试品种的遗传背景较为狭窄。  相似文献   

8.
【目的】比较SSR和SCoT分子标记在美洲黑杨×青杨派杂种无性系遗传差异性分析上的应用性。【方法】利用SSR和SCoT标记,对9个美洲黑杨×青杨派杂种无性系及3个亲本的遗传差异性进行分析。【结果】筛选出的12对SSR引物对供试杨树材料共扩增出94条清晰条带,其中多态性条带85条,多态性比率达到90%,标记指数为3.19;筛选出的14条SCoT引物对供试杨树材料共扩增出清晰条带127条,其中多态性条带95条,多态性比率达到75%,标记指数为2.72。聚类分析表明,SSR和SCoT分子标记得出12个无性系的遗传相似系数分别为0.44~0.80和0.40~0.87,平均遗传相似系数分别为0.62和0.64;在相似系数平均值处,SSR和SCoT分子标记将12个杨树材料分别分为3大类和5大类。Mantel检测显示,2种分子标记在12个无性系间的遗传相似性显著相关(r=0.501 3,P=0.003)。【结论】这2种分子标记均适合美洲黑杨×青杨派杂种无性系鉴定和遗传多样性研究,但SSR标记的多态性比率和标记效率均高于SCoT标记。  相似文献   

9.
小白菜种质遗传多样性与亲缘关系的SRAP 和SSR 分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
利用SRAP和SSR标记对小白菜进行遗传多样性分析,从666对SRAP、160对SSR引物中筛选出59对多态性明显、条带清晰、稳定可靠的引物,对41份小白菜材料进行扩增,共扩增出519条带,平均每对引物扩增出6.2条,扩增出多态性条带数171条,多态性比例为32.9%。利用聚类软件进行分析,41份小白菜种间遗传距离在0.58~0.87之间,在遗传相似系数0.58处可将41份小白菜材料分为两大类。研究表明,小白菜品种具有丰富的遗传多样性,大多数小白菜种质资源之间的亲缘关系与其地理来源有较大的相关性。SRAP标记适用于分析种质的遗传距离,从种质资源保存的角度分析,SSR标记能够较全面地保证种质资源遗传多样性。  相似文献   

10.
 【目的】探讨中国甘蓝型油菜遗传多样性和遗传基础。【方法】采用SRAP(sequence-related amplified polymorphism)标记对建国以来不同时期选育的130个品种进行分析。【结果】25个SRAP引物组合共扩增到509个谱带、123个多态性带;多态性带的比例为24%。每对引物组合的谱带数和多态性带数分别为20.4个和4.9个。在遗传距离为0.12处,将130个甘蓝型油菜品种(系)分为A、B、C、D 4个类群,其中78.5%的品种归入C类。C类又可在遗传距离0.10处分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ 5个亚群,又有58.5%的品种归入Ⅲ亚群。说明我国近60%的甘蓝型油菜品种遗传多样性较匮乏。遗传基础分析结果表明,20世纪80年代前育成的甘蓝型油菜品种的遗传基础最窄,80年代最宽,90年代略有下降。进入21世纪,品种间的遗传基础进一步下降。差异显著性测验结果表明,1991~2000年间与2000年以后育成的品种间的平均遗传距离差异不显著,80年代前育成品种与80年代育成的品种平均遗传距离间差异达到0.01显著水平,80年代与90年代育成的品种间遗传距离差异达到0.05的显著水平。我国育成的品种间的遗传距离与引进品种间的遗传距离差异达到0.01的极显著水平。【结论】SRAP标记是一种经济、有效和可靠的分子标记手段。  相似文献   

11.
利用优化的InDel技术体系对19份上海地区主栽番茄新品种进行遗传多样性分析和指纹图谱构建。结果表明,19份番茄品种在遗传相似性系数为0.38时被分为2个主簇,供试品种遗传相似性系数在0.38到0.86之间,说明这些品种具有丰富的遗传多样性,聚类分析结果为番茄亲本选择选配提供了理论依据。利用5对InDel引物组合构建的指纹图谱将19份供试品种区分开,其中引物sli555可直接鉴定出品种‘浦珍’,引物sli608可直接鉴定出品种‘宇宙3号’和‘浦粉1号’,引物Indel F331可直接鉴定出品种‘凯旋’和‘改良粉妃’,表明InDel标记是一种构建番茄品种指纹图谱的理想标记,研究结果为番茄新品种的审认定、新品种保护权申请等工作提供了参考。  相似文献   

12.
RAPD and SSR were applied to assess genetic diversity in 61 tomato varieties from different species (Solanum lycopersicum L., hirsutum. Humb L., pimpinellifolium Miller L., chilense Dun. L., chmielenskii L., peruvianum Miller L., parvuflorum Miller L.). 2 062 and 869 clear fragments were amplified by RAPD and SSR, respectively. On the other hand, more polymorphic products were found by SSR as compared to RAPD, i.e., 100 and 43.84%, respectively. In addition, a higher value of the average similarity coefficient and lower PIC value were reflected in RAPD (0.79, 0.407) compared to SSR (0.56, 0.687). It can be inferred that SSR was a higher effective marker than RAPD to assess genetic diversity in tomato accessions. Similarly, the genetic base of tomato varieties in Chinese market was narrow. It is suggested that wild tomato varieties should be used to enrich the genetic base of the cultivated tomato varieties.  相似文献   

13.
以结球白菜BY和芜菁MM为亲本建立的小孢子培养DH系作为图谱构建群体,利用筛选获得的86对SSR引物和66对InDel引物进行分离分析,并整合已有的55个SSR标记,构建包含10个连锁群、175个标记位点的分子连锁图谱,图谱总长度902.9cM,标记间的平均图距为5.7cM,每个连锁群上的标记数为9~28个,平均图距为3.2~8.8cM,连锁群长度为66.0~113.3cM。  相似文献   

14.
应用高分辨率熔解曲线技术分析水稻分子标记基因型   总被引:5,自引:0,他引:5  
赵均良  张少红  刘斌 《中国农业科学》2011,44(18):3701-3708
 【目的】验证高分辨熔解曲线(high-resolution melting curve analysis,HRM)技术在水稻分子标记分析中应用的可行性和可靠性,应用该技术对水稻重组自交系(RIL)群体及其亲本进行SSR、InDel和SNP标记基因型分析。【方法】以粳稻品种丽江新团黑谷(LTH)和籼稻品种三黄占2号(SHZ-2)及其衍生的RIL群体为材料,以纯合亲本LTH作为参比基因型,利用HRM技术分析一个G/A转换的SNP标记以及非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)难以分辨的一个SSR标记和一个InDel标记的基因型。【结果】通过加入适量的参比DNA,HRM能够分辨2个纯合亲本及其衍生的纯合体和杂合体RI系的分子标记基因型,并且以加入20%模板量的参比DNA对3种基因型的分辨最好。利用该方法对作图群体的部分RI系进行分子标记基因型分析,结果与变性PAGE的分析结果完全吻合。【结论】验证了HRM应用于水稻SSR、InDel以及SNP标记分析的可行性和可靠性。相对于凝胶电泳分析,HRM具有分辨率高、高效、快速、操作简单、安全等优点,是一种在水稻分子标记分析中很有应用前景的技术。  相似文献   

15.
传统的籼粳分类采用程式指数法,需要大田种植、鉴定,所需时间长。利用分子标记可以快速、准确鉴定籼粳成分。Lu等开发了1套34对InDel标记,用于快速鉴定籼粳的成分。为了进一步验证该方法的准确性,利用734对SSR标记和34对InDel标记分别对籼粳杂交后代材料进行籼粳成分鉴定,结果2套标记鉴定结果较为吻合,证明该套InDel标记完全可以用于水稻籼粳成分的快速准确鉴定。  相似文献   

16.
基于荧光检测技术的小麦品种SSR鉴定体系的建立   总被引:6,自引:3,他引:3  
【目的】建立基于SSR荧光标记的小麦品种DNA指纹鉴定体系,为中国小麦育成品种鉴定提供高通量技术手段。【方法】收集已定位到小麦21条染色体上的SSR标记引物,通过PCR扩增和变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测技术,筛选在中国小麦育成品种中多态性高的标记,对筛选出的引物5′末端利用6-FAM、HEX、ROX和TAMRA 4种荧光染料之一进行标记,利用DNA分析仪对扩增产物的峰型进行评价并检测不同等位变异的扩增片段大小,选择峰型简单易读、多态性高、较均匀分布到21条染色体上的标记,确定不同位点等位变异的大小及相应的参照品种,建立基于荧光SSR标记的高通量小麦品种鉴定体系。【结果】利用2 438对SSR标记对8份植物学性状差异大的小麦育成品种进行初步筛选,共筛选出260对多态性较高、扩增稳定的SSR引物。利用上述260对引物对48份小麦品种继续进行复筛,选出130对扩增稳定、多态性高、带型好的SSR引物。对这些引物的正向5′末端分别标记6-FAM、HEX、ROX和TAMRA荧光后,利用DNA分析仪进行检测评价,最终选择了42个PCR扩增稳定、峰图简单、多态性高、连锁群分布均匀的SSR荧光标记。根据DNA分析仪检测到的每个标记的不同等位变异大小,为相应位点的不同等位变异进行了命名,并为每个等位变异选取了相应参照品种。根据每个引物标记的荧光和扩增的片段大小范围对42对引物进行合理搭配,在同一毛细管内对多个荧光标记进行检测,提高了DNA指纹数据采集效率,降低了检测成本。利用该体系对1 625份小麦育成品种进行DNA指纹数据采集,在42个位点中共检测到434个等位变异,每个位点的等位变异个数在3—23,平均10.3个;每个位点的PIC值范围为0.240—0.829,平均0.610。利用1 625份小麦育成品种DNA指纹数据,构建了中国小麦育成品种的DNA指纹数据库。【结论】筛选出42对SSR标记引物,建立了基于荧光SSR标记的小麦品种鉴定体系,可用于高通量小麦品种DNA指纹鉴定。  相似文献   

17.
以65份自育的大白菜自交系为试验材料,进行多样性分析和类群划分。利用26对SSR分子标记分析供试材料遗传多样性,并利用SSR分子标记聚类方法进行大白菜自交系的组群划分研究。SSR标记多样性分析表明,平均Nei基因多样性指数为0.541 5,平均Shannon多态性指数为0.913 5,说明供试材料有较高的遗传多样性。SSR分子标记聚类将65份大白菜自交系划分为5个类群。SSR标记聚类结果真实地反映了种质资源内在基因组的多样性,可以将系谱来源相同的材料聚类在同一类群,对于杂种优势预测和亲本选择均有指导意义。  相似文献   

18.
利用SSR分子标记分析番茄的遗传多样性   总被引:9,自引:0,他引:9  
简单重复序列(SSR)是进行遗传多样性研究的一种有效分子标记。选用来自国内外的番茄材料共36份,利用番茄的SSR引物进行扩增,采用聚类分析方法对供试材料进行了遗传多样性分析。从400对SSR引物中筛选到24对多态性高、扩增稳定、重复性好的引物,利用NTSYS软件进行聚类分析结果显示,36份材料被聚成7大类。  相似文献   

19.
以含小麦雌性不育系(S)的由小麦品种(系)组成的含S种质双向极端小群体和不含小麦雌性不育系的品种双向极端小群体各60个品种(系)为目标群体,以小麦基因组中42个多态性SSR标记为背景控制标记,用STRUCTRE软件进行结构评估,并用TASSEL软件的MLM模型检测小麦基因组中均匀分布的210个多态性标记与小麦雌性育性D.F.(国内法育性)和I.F.(国际法育性)两种表型值的关联程度,再在含S种质(或品种)组成的较大群体中验证初选的关联标记,并对候选位点进行标记加密。结果发现背景控制标记间不存在明显的连锁不平衡。品种双向极端小群体和含S双向极端小群体中分别发现13个SSR标记和35个SSR标记与小麦雌性育性表型极显著关联;经关联分析,在两个极端小群体里发现的45个标记中,有17个标记在较大品种群体和含S种质群体中得到验证,除两个大群体中共同与性状关联的标记外,11个标记为小麦雌性不育系所在的含S种质群体分析中发现的新突变位点或互作位点,结合标记加密分析结果,最终发现的候选关联标记不仅支持了2D和4A位点与表型的关联,而且找到2B或3B等新的表型关联位点。  相似文献   

20.
选用分布于水稻12条染色体上的249对SSR引物,对9个不同类型水稻品种进行DNA扩增,筛选到具有3条以上特异扩增条带的SSR引物39对,其中能揭示籼粳多态性的引物有6对。用筛选到的引物在9个不同水稻品种间的扩增结果,初步分析了SSR标记的多态性及用于水稻指纹分析、籼粳分化分析和聚类分析的潜力。  相似文献   

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