高简并引物小温度范围不规则降落PCR在庞大基因家族扩增中的应用

[目的]探讨高简并性引物扩增庞大基因家族基因的特殊方法。[方法]采用高简并引物对鲤鱼基因组DNA分别进行了常规PCR扩增、常规降落PCR扩增以及优化后的小温度范围不规则跳跃降落PCR扩增。[结果]采用常规PCR仅得1条明显条带,得到的基因较少;采用常规降落PCR仅得到弥散性扩增,无明显条带出现;而采用小温度范围不规则跳跃降落PCR则得到了3条明显条带和多个基因,扩增结果理想。[结论]为庞大基因家族扩增条件的优化与选择提供了理论依据。     

高简并引物小温度范围不规则降落PCR在庞大基因家族扩增中的应用（摘要）

[目的]探讨了高简并性引物扩增庞大基因家族基因的特殊方法。[方法]采用常规高简并引物对鲤鱼基因组DNA分析进行了常规PCR扩增、常规降落PCR扩增以及优化后的小温度范围不规则跳跃降落PCR扩增。[结果]采用PCR仅得1条明显条带,得到的基因较少;采用常规降落PCR法仅得到弥散性扩增,无明显条带出现;而采用小温度范围的不规则跳跃降落PCR则得到了得到了3条明显条带和多个基因,扩增结果理想。[结论]为庞大基因家族扩增条件中的优化与选择提供了理论依据。     

牛CD18编码全基因特异引物设计与PCR扩增

为了获得牛整合素CDl8亚单位编码全基因序列以进行牛白细胞粘附缺陷病(BLAD)相关研究,采用DNAstar引物设计软件对网上牛CDl8mRNA编码全基因序列及其限制性内切酶酶切位点进行分析,设计一对PCR扩增引物,经PCR扩增条件优化后,获得含有CD18编码全基因序列的2350bpPCR产物。     

利用CODEHOP设计简并引物克隆镰刀菌果胶酶基因片段

利用CODEHOP(Consensus-degenerate hybrid oligonucleotide primers)设计真菌果胶酶基因片段的简并引物,并对设计的多对引物进行筛选,比较了普通PCR和Touchdown-PCR(TD-PCR)程序的扩增效果,并对产物进行了测序、比对和分析。结果表明:利用CODEHOP设计简并引物可信性强,阳性率高,能够从供试菌株中获得与目的片段大小相近的产物。利用TD-PCR程序扩增比普通PCR扩增效果好。扩增产物序列BLASTX比对和分析结果表明,产物片段编码的氨基酸序列与镰刀菌属来源的果胶酶氨基酸片段相似性均超过90%,说明所扩增的序列即为镰刀菌果胶酶基因片段。     

用滚环扩增与大引物PCR法高效构建定点突变序列

建立了一种简单、快捷的高效定点诱变方法。第一轮PCR反应中,上游引物和突变引物先以1∶10的比例进行不对称PCR,提高大引物突变比例。第二轮PCR反应以滚环扩增产生的单链DNA作为大引物PCR反应的模板,不需要优化PCR反应的条件,通过一般的反应条件就可得到大量PCR产物,并且诱变的成功率可达100%。     

四引物扩增受阻突变体系PCR及其在水稻遗传育种研究中的应用

介绍了四引物扩增受阻突变体系PCR技术,阐述了该SNP基因分型技术的引物设计和反应体系优化方法,综述了该技术在水稻遗传育种研究中的应用,旨在推广这一简单、高效SNP基因分型技术。     

长距离PCR法扩增RHDV全基因组及其序列分析

从人工感染RHDV致死的兔肝组织中提取病毒总RNA,应用特异性引物将病毒RNA反转录成cD-NA,以此为模板用长距离PCR法扩增RHDV全基因组,将成功扩增出的RHDV全基因组克隆到pMD18-T载体中,经PCR鉴定及酶切分析后进行序列测定。测序结果表明,JX97全基因组由7 437个核苷酸组成,包括由9个核苷酸组成5′NCR、59个核苷酸组成3′NCR和一个至少含有27个核苷酸的poly(A)尾。序列比较结果显示,RHDVJX97株的衣壳蛋白与已报道的参考毒株具有较高的序列同源性,均在90%以上,提示所有的RHDV分离株具有较近的亲缘关系。     

简并引物设计与大戟科3种植物WAX基因片段的克隆

在大戟科3种重要经济植物木薯、蓖麻、小桐子中,扩增WAX基因片段。利用CODEHOP方法设计简并引物,同时在3种植物中提取高质量的总RNA并反转录为cDNA,结果扩增在3种植物中得到特异性片段,克隆测序,并采用生物信息学技术进行序列分析。结果证明CODEHOP简并引物设计科学。同时证明WAX基因的保守性较高,在大戟科3个物种中同时得到了WAX基因片段序列信息,具有较高同源性。为以后WAX基因研究奠定重要基础。     

镰刀菌基因组DNA的抽提及特异片段的扩增分析

实验运用改良的SDS碱裂解法对30株镰刀菌基因组DNA进行了抽提,并对rDNA ITS区域进行了特异性扩增。结果表明:被测菌株DNA片段大于20 kb,其OD260/OD280大都在1.6~2.0之间,可见用改进的方法抽提的基因组DNA比较完整,纯度较高。实验采用对镰刀菌属有特异性的寡聚核苷酸为引物,对镰刀菌基因组rDNA基因进行扩增,该引物可以扩增出18S、28S部分片段及ITS区域,电泳检测其片段大小在1 041~1 135 bp之间,且特异性良好,为进一步进行RFLP及核苷酸序列分析奠定了基础。     

鱼类干扰素系统的初步研究

根据哺乳类β-干扰素基因的保守区合成了两对简并引物。用其中的一对(5’TCCTGC／TTGTGC／TTTCTCCACN3’和5’GTCTCAT／GT／ACCAG／CCCAGTGCN3’)作PCR引物。从草鱼(Ctenopharygodon idellus)DNA中扩增获得了一预期大小的片段(约278bp)。Southern杂交的结果表明该片段与人的β-干扰素基因有一定的同源性。     

影响棉籽饼生产单细胞蛋白饲料因素分析

对四种影响棉籽饼生产单细胞蛋白饲料因素作了分析.这四种因素是基础发酵料中棉籽饼的不同配比,发酵料含水率,PH值及发酵过程中对发酵料的翻动次数,结果表明,基础料中棉籽饼占80%,含水率为60%PH值为5.2时对饲料生产及产品粗蛋白质含量影响最大,发酵中翻动次数对产品质量及饲料生产影响不大.     

SARS-COV结构蛋白N的核酸PCR扩增

[目的]探讨SARS-COV结构蛋白的PCR扩增条件。[方法]采用正交试验对SARS全基因组进行PCR反应筛选目标片段,确定退火温度、模板浓度、聚合酶量、引物浓度P、CR延长时间对于PCR反应的影响。[结果]结果表明,在退火温度55~60°C、模板浓度5 mg/ml加入1μl、DNA聚合酶加入0.25μl、引物浓度25 pmol/LP、CR反应时间为60 s时,DNA回收量最高,为4.37μg。[结论]该研究为SARS冠状病毒核酸的转录和复制提供科学依据。     

利用全基因组重测序技术研究182份大麦和青稞的基因组结构变异

为探明大麦(Hordeum vulgare L.)和青稞(Hordeum vulgare var.nudum)基因组结构变异与表型和环境适应差异的遗传机制,以大麦基因组为参考,基于182份大麦和青稞样品的全基因组重测序数据,进行了基因组结构变异分析。结果表明:182份大麦和青稞样品的平均测序深度约为12 X,共获得74 262个结构变异,包含48 078个缺失(65%)、13 461个插入(18%)、7 012个倒位(9%)和5 711个染色体内易位(8%)。大麦参考基因组18.72%(7 440/39 734)的基因位于结构变异区内。许多与基因组结构变异相关的基因参与了光系统和防御反应过程。研究认为,基于182份大麦和青稞的基因组结构变异分析结果将为大麦和青稞建立一个比较完善的结构变异数据集,并将加深对大麦和青稞物种进化和表型差异分子机制的认识。     

柚子皮渣生产单细胞蛋白饲料工艺研究

以柚子皮渣为原料,以康宁木霉、白地霉、酵母菌、产朊假丝酵母为菌体,用卵清蛋白为标准品和双缩脲试剂制定标准曲线,探究单菌株与混合菌株分别固态发酵后产单细胞蛋白的含量。结果表明:白地霉与康宁木霉组合菌发酵效果最好,培养基发酵7d后蛋白质含量达到8.060g,占培养基干重的19%左右。发酵效果受温度、p H值、接种量、培养基含水量等因素影响,用正交实验获得白地霉与康宁木霉最佳发酵条件组合为:最适p H值5.5,最适发酵温度25℃,最适接种量15%,最适培养基含水量65%,且各因素对发酵的影响大小为发酵温度培养基含水量接种量p H。     

杂草稻叶绿体psbA-trnH片段的PCR扩增条件优化

对杂草稻叶绿体psbA-trnH片段的PCR扩增条件进行了优化,建立的最优体系为:20μL反应体积含1μL模板DNA,O.125mM dNTPs.0.5μM 正向引物,1U Taq酶,2.0μL 10 xTaq PCR buffer;退火温度为61℃,在此条件下充分保证了psbA-trnH PCR产物的质量和纯度要求.对该片段进行了直接测序,结果为510bp左右,在NCBI中比较分析表明其测序结果准确可靠.经ClustW分析表明含有丰富的系统学信息.     

基于PCR技术快速制备DNA Marker的研究

DNA Marker是一组分子量大小已知的DNA片段混合物,用于指示核酸电泳中未知样品的分子量大小.基于PCR方法,设计了不同的引物对,以质粒p32a-CP为模板,分别扩增出大小为2 kb、1 kb、750 bp、500 bp、250 bp、100 bp的DNA片段,初次制备出DNA Marker,并参照商品化的DM2000按一定的比例混合各片段进行优化.经1％琼脂糖凝胶电泳检测,所制备的DNA Marker(命名为DL2000)质量稳定、条带清晰、分布均匀,在分子生物学试验中可用于标记DNA大小.     

苹果自交不亲和基因PCR扩增程序优化

通过研究PCR反应体系(DNA、Primer、Mg2+、dNTP、Taq聚合酶、buffer)及退火温度对苹果自交不亲和基因(S基因)扩增结果影响的分析,构建了适合于苹果自交不亲和基因的PCR扩增程序的优化体系。结果表明:在20μL的反应体系中,模板DNA的最适含量为40ng,dNTP最适浓度为0.25mmol/L,而Primer最适浓度为0.4μmol/L,Mg2+的最适浓度为2.5mmol/L,Taq聚合酶最适浓度为1U,buffer最适浓度为1×buffer,最适退火温度为50℃。     

利用废弃物生产单细胞蛋白的资源化技术研究

介绍了单细胞蛋白的优点,详细阐述了单细胞蛋白的生产工艺及原料类型。     

2种基因漂移检测方法对比及其影响因素分析

[目的]针对田间基因漂移常用的PCR检测或蛋白检测方法,确定2种方法检测结果的一致性及其环境影响因素。[方法]通过设计环境因素和对大量样本使用PCR检测和蛋白检测方法,对3个处理（风力处理、蜜蜂处理和空白对照）下3个品种共计1769个样本进行了双重检测。[结果]田间基因漂移存在基因转入但不表达的现象,即PCR检测和蛋白检测结果并非完全一致。环境因素中,风力处理和蜜蜂处理对基因表达无显著影响,但蜜蜂处理的基因表达率高于风力处理。[结论]为基因漂移的精确检测提供了参考。     

含有扩增内标的食品中猪肉和鸡肉成分Taqman探针实时荧光PCR检测方法的建立

【目的】建立含有扩增内标（IAC,Internal amplification control）的用于食品中猪肉和鸡肉成分鉴别的Taqman探针实时荧光PCR检测方法。【方法】分别基于猪的beta actin 基因和鸡的transforming growth factor 基因设计引物和探针;考察引物和探针的特异性与灵敏度;设计并构建扩增内标,优化体系中扩增内标浓度,建立内标实时荧光PCR体系;使用该检测体系对鲜肉和熟肉来源的DNA模板进行检测评价;应用该体系对市售38份样本进行盲样检测。【结果】含有扩增内标的Taqman探针实时荧光PCR体系能有效地进行食品中猪肉和鸡肉成分的快速检测,非目标物种在40个循环内均无出现扩增,检出限均为0.5 ng DNA;该体系对鲜肉和熟肉来源的DNA模板检测无显著差异;对市售食品样本的鉴别验证了方法的实用价值。【结论】该方法准确稳定,可用于食品中猪肉和鸡肉成分的快速检测。