共查询到20条相似文献,搜索用时 93 毫秒
1.
2.
真菌是挖掘高效纤维降解酶的核心微生物。厌氧真菌能特化出氢化酶体和纤维小体结构,提高厌氧环境下自身的能量供应;也能特化出厚的细胞壁或孢子样结构增强对不良环境的适应。畜种和消化道类型、日粮结构均能影响消化道真菌的组成。基于核糖体18S/28S r RNA基因和转录组间隔区(internal spacer region,ITS)的分子标记技术为厌氧真菌数量和区系研究提供了更为精准的手段,使厌氧真菌的研究逐渐深入。28S r DNA的D1/D2区域是厌氧真菌高通量分析的首选。由于目前组学分析数据库中缺少真菌的信息,以及很难直接从消化道内容物中获取足量的真菌DNA/RNA用于宏基因组/宏转录组分析,所以基于宏基因组学/宏转录组学技术揭示消化道内真菌生理和功能的研究非常有限,是今后真菌研究应重点突破的领域。 相似文献
3.
患病北极红点鲑的病原分离与鉴定 总被引:1,自引:0,他引:1
对2004年5月四川省某养殖基地养殖的北极红点鲑患病鲑进行了病理学检查和病原分离,从病灶处分离到细菌和真菌。分离到的细菌经API生化鉴定为杀鲑气单胞菌杀鲑亚种(Aeromonas salmonicidasubsp.salmonicida)。用引物AP1和AP2对纯化后的细菌进行PCR扩增,结果扩增出长度为421 bp的DNA片段,对扩增片段进行克隆、测序,用NCBI-BLASTn在GenBank中搜寻相似序列,结果与杀鲑气单胞菌各株A层蛋白部分编码基因有99%以上的序列同源性。用引物EUS-F和EUS-R对分离到的真菌进行PCR扩增,结果扩增出长度为755 bp的DNA片段,对扩增片段进行克隆、测序,用NCBI-BLASTn在GenBank中搜寻相似序列,结果与水霉属各株的DNA片段(包括18S核糖体RNA基因部分序列、内转录间隔区1全序列、5.8S核糖体RNA基因全序列、内转录间隔区2全序列和28S核糖体RNA部分序列)有93%-100%的同源性;而与属于丝囊霉菌属的EUS各株相对应的DNA片段仅有60%的序列同源性。因此判定所分离的真菌为水霉。杀鲑气单胞菌是引起疖疮病和溃疡病等病的病原菌,而水霉广泛存在于水中,当鱼受伤后,水霉孢子容易从患病部位侵入鱼体,加重感染。因此判断该病主要是由杀鲑气单胞菌引起,而水霉则引起继发感染。 相似文献
4.
柞蚕微孢子核糖体基因和转录间隔区的序列及系统进化分析 总被引:3,自引:0,他引:3
【目的】研究柞蚕微孢子(Nosema antheraeae)的核糖体基因,转录间隔区(ITS)以及它们的排列顺序,为柞蚕微孢子的分类和系统进化分析提供分子生物学方面的依据。【方法】采用特异引物进行PCR扩增,克隆和测序。用DNAStar软件,用Clustal W 的比对方法得到遗传距离和系统进化树。【结果】得到柞蚕微孢子的核糖体小亚基rRNA(SSU rRNA),转录间隔区(ITS),5S rRNA的全长,得到核糖体大亚基rRNA(LSU rRNA)的部分序列。【结论】柞蚕微孢子的核糖体基因排列顺序为LSU-ITS1-SSU-ITS2-5S与Nosema bombycis 相同,是一种比较特殊的排列方式。将微孢子SSU rRNA基因和ITS结合起来分析微孢子的亲缘关系是一个新的尝试。 相似文献
5.
6.
7.
从湖南省寄来茄子病样中分离出引起茄子烂秆病的病原真菌,对该菌进行了形态学观察、致病性测定及分子鉴定。结果表明,病原菌形态学鉴定为拟茎点霉(Phomopsis vexans)。对菌株HNQJ的核糖体RNA基因内转录间隔区(rDNA-ITS)进行PCR扩增和序列测定,并在GenBank中进行比对分析,根据rDNA-ITS序列分析结果结合病株症状和病菌的形态学特征,认为湖南茄子烂秆病的病原菌为拟茎点霉。 相似文献
8.
9.
棉花疫病菌和辣椒疫病菌核糖体基因ITS区域的克隆和序列分析 总被引:14,自引:1,他引:13
采用真菌核糖体基因转录间隔区域(ITS)通用引物,PCR扩增棉花疫病菌、辣椒疫病菌核糖体基因的ITS1和ITS2,并对PCR产物进行了克隆和序列比较。结果表明:棉花疫病菌的ITS1和ITS2分别由206和453个碱基组成,而辣椒疫病菌则分别由174和432个碱基组成。棉花疫病菌两个菌株之间ITS1和ITS2的同源性均高达100%,而棉花疫病菌和辣椒疫病菌ITS1同源性为70.9%,其中中间区域52 相似文献
10.
抗植物真菌病害基因种类繁多,其介导的抗性机理各不相同。在试验研究中应用比较成功的主要有9类,分别是:细胞毒素RNA酶基因、RNA酶抑制剂编码基因、几丁质酶基因、β-1,3-葡聚糖酶基因、核糖体失活蛋白基因、植保素合成酶基因、抗真菌蛋白基因、过氧化物酶基因和病程相关蛋白基因。 相似文献
11.
对采自河南许昌的表现丛枝症状的泡桐样品进行了病原鉴定,并通过序列同源性分析确定了其分类地位。采用16SrDNA基因的通用引物R16mF2/R16mR1、R16F2n/R16R2和延伸因子(EF-Tu)tuf基因的通用引物fTufu/rTufu,对样品总DNA进行PCR扩增,分别得到了约1.2kb和840bp的特异条带。经克隆测序,并在NCBI网站比对分析,确定所得序列分别为植原体特定的16SrDNA和tuf基因序列。将测得序列与已报道的翠菊黄化组植原体序列进行同源性比对,并构建系统进化树,显示河南许昌的泡桐丛枝病植原体属于16SrⅠ-D亚组。 相似文献
12.
为了阐明猪胸膜肺炎放线杆菌16S rDNA基因的遗传变异情况,选择猪胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae,APP)的16S rDNA基因设计引物,应用聚合酶链反应(PCR)扩增APP的16S rDNA基因的部分序列,将该产物克隆到pMDI8-T载体上,重组质粒通过菌落PCR鉴... 相似文献
13.
云纹石斑鱼和赤点石斑鱼杂交子一代线粒体相关基因的母性遗传特征分析 总被引:1,自引:0,他引:1
郑乐云 《上海海洋大学学报》2014,23(3):351-358
对云纹石斑鱼和赤点石斑鱼及其正反杂交子代的3种线粒体基因(COⅠ、16S rDNA、Cyt b)和核基因Tmo-4c4进行序列分析,其中16S rDNA序列中有明显的插入缺失位点,而其他3个基因序列无插入缺失变异。在12个分析样本中,COⅠ同源序列(387 bp)中共检测到41个核苷酸多态性位点,16S rDNA(529 bp)中有21个核苷酸多态位点,Cyt b(383bp)中有49个核苷酸多态位点。Tmo-4c4(467 bp)有8个核苷酸多态位点。序列差异分析和遗传距离比较结果显示,正反杂交子一代的3个线粒体基因序列与母本基因序列的同源性都为100%,与父本的基因序列同源性分别为COⅠ:90%和89.4%;16S rDNA:96%和96%;Cyt b:87%和87.2%。核基因Tmo-4c4正反交子一代与母本的序列同源性为98.9%~99.6%之间,与父本的同源性为98.7%~99.4%之间,没有明显的遗传差异。以上结果表明了云纹石斑鱼和赤点石斑鱼杂交子一代在3种线粒体基因上严格按照母性遗传的规律,而核基因Tmo-4c4没有明显的遗传偏向性。 相似文献
14.
以碱加热裂解法从山西农业大学污水直接和间接排放处理池自然水样中分离细菌总DNA ,以细菌 16SrRNA基因特异性引物扩增 16SrRNA基因片段。采用T -A克隆系统克隆分子量为 1339bp的PCR产物 ,构建了rDNA亚克隆文库。用三种识别六碱基的限制性内切酶两两组合消化重组质粒。共分析了两个处理池自然水样各 30个rDNA重组质粒 ,分别发现 4种和 8种细菌rDNA基因型。各基因型频率的分布变化比较大 ,最高和最低的频率分别为 0 2 5和 0 0 1。部分基因型频率间差异显著 ,遗传多样性指数分别为 0 4和 0 9。 相似文献
15.
辽宁地区养殖淡水鱼感染嗜水气单胞菌的流行病学调查 总被引:2,自引:0,他引:2
通过RS选择性培养基和针对16S rDNA与气溶素基因的双重PCR检测技术,对采集于辽宁省不同地区、不同鱼类、不同症状病鱼感染的嗜水气单胞菌进行了系统的流行病学调查,并对致病性嗜水气单胞菌进行了毒力验证试验及对抗菌药物的敏感性试验。结果发现,51株临床样本中有26株分离菌扩增得到685 bp大小的目的片段,证明为嗜水气单胞菌,占分离细菌总数的50.98%,占绝对的优势,其中以出血症状为主的病鱼分离的菌占23.99%,以肠炎为主症状的病鱼分离菌占17.99%,以烂鳃症状为主病鱼分离菌占9%。26株嗜水气单胞菌中有17株同时扩增出252 bp大小的气溶素基因(aerA),表明这17株分离菌为致病性嗜水气单胞菌。人工感染试验结果表明,致病性嗜水气单胞菌均有毒力且毒力大小差异明显。药敏实验结果显示,嗜水气单胞菌不同分离株对抗生素的敏感性差异很大,对先锋V耐药率高达90%,对新生霉素、红霉素、利福平、四环素耐药率也相对较高,分别为56.2%,42.7%,37.5%,31.1%,而对氟哌酸、链霉素、庆大霉素则较敏感。该结果对建立片区病原库,揭示辽宁地区淡水养殖鱼类感染的嗜水气单胞菌的地理分布、毒力大小、耐药性差异,进而弄清嗜水气单胞菌的表型、基因型差异具有重要理论参考意义。 相似文献
16.
17.
为了解新疆芽胞杆菌的种类及其多样性情况,将采集于新疆4个地点的14份土样用稀释平板计数法进行芽胞杆菌分离,用MIDI鉴定系统和16SrDNA测序法进行种类鉴定。结果发现,从新疆土样中共分离到53株,13种芽胞杆菌,分别为巨大芽胞杆菌、蜡状芽胞杆菌、枯草芽胞杆菌、嗜碱芽胞杆菌、粘性芽胞杆菌、地衣芽胞杆菌和萎缩芽胞杆菌。通过16SrDNA序列的系统发育树分析发现,分离的菌多数和模式菌株亲缘关系较近,也有少数几株菌与模式菌株亲缘关系较远,可能是由于芽胞杆菌属中各个种之间具有较近的亲缘关系,在种的系统发育上也存在一定的交叉,各菌株间序列差异较小。根据土壤中芽胞杆菌多样性研究发现,不同土壤标本内的芽胞杆菌含量差异显著表现为阿拉尔市>新疆喀什>阿克苏>塔克拉玛干沙漠。而每个地点中同种芽胞杆菌的含量差异也较显著,如:蜡样芽胞杆菌在阿克苏的含量为5.230×105 cfu.g-1,而在塔克拉玛干沙漠的含量仅仅为0.7×103cfu.g-1。新疆芽胞杆菌较丰富,不同地点芽胞杆菌在种类和数量上都有很大差异,每个地点都含有独特的芽胞杆菌。 相似文献
18.
为了解陕北土壤中芽胞杆菌的种类及其多样性,将采集于陕北5个地点的土壤样品利用温度筛选法、稀释平板计数法进行芽胞杆菌分离,用16S rDNA基因测序法进行种类鉴定。结果发现,从采集的土壤样品中共分离到31株芽胞杆菌,共19种芽胞杆菌,其中部分菌株为国内少见报道的菌株。通过16S rDNA基因序列的系统发育树分析发现,分离的菌株基本上和模式菌株亲缘关系较近,在种的系统发育上也存在一定的交叉,各菌株间序列差异较小。对土壤样品中芽胞杆菌多样性的研究中发现,不同土壤样品中的芽胞杆菌含量差异明显,表现为采自洛川毛主席故居土壤样品>采自黄陵黄帝陵墓土壤样品>采自宜川壶口瀑布土壤样品>采自富县石泓寺土壤样品>采自宝塔山宝塔下土壤样品,每个土壤样品中同种芽胞杆菌的含量差异也较明显,每个采集地点都含有特有的芽胞杆菌,说明陕北土壤中芽胞杆菌较丰富。 相似文献
19.
有机磷化合物作为一类高效广谱的杀虫剂被广泛使用,在使用的同时也造成了大面积的环境污染。本研究从被农药高度污染的土壤中筛选到了一株对甲基对硫磷农药有高效降解能力的细菌,通过16S rDNA鉴定为苍白杆菌(Ochrobactrum sp.)。克隆该菌的有机磷降解酶编码基因mphxw,构建原核表达载体,其表达产物具有正常生物学活性,同时纯化了重组酶。 相似文献
20.
应用荧光原位杂交技术,通过设计位于5.8S rDNA、18S rDNA和非转录IGS区域的3条探针CAAG1191、CAAG1845和CAAG3602,分别对散鳞镜鲤Cyprinus carpio var.scattered mirror和松浦鲤Cyprinus carpio Songpu的45S核糖体DNA(ribosomal DNA,rDNA)进行染色体定位及共定位.结果表明:45S rDNA均位于两品种鲤一对近端着丝粒染色体的短臂末端,具有染色体特异性,表明45S rDNA序列的探针能够在鲤细胞遗传学研究中用于标识其所在染色体,并与鲤遗传连锁图谱中长度为227 cM的1号连锁群相对应;两品种鲤的染色体数目均为2n=100,45S rDNA在鲤基因组内仅定位于一对同源染色体,不存在复制位点,证实了鲤基因组在全基因组复制事件之后又经历了重新二倍化过程. 相似文献