虾夷马粪海胆CYP51基因cDNA的克隆及其SNPs分析

采用RT-PCR、PCR-SSCP等分子生物学技术和关联分析等方法对虾夷马粪海胆Strongylocentrotus intermedius CYP51基因的cDNA序列进行了克隆和单核苷酸多态性分析.结果表明:虾夷马粪海胆的CYP51基因包括一个1491 bp的开放阅读框,编码496个氨基酸;其开放阅读框的第161个核苷酸处存在1个单核苷酸多态性,即核苷酸发生了A→G突变.关联分析结果表明,该单核苷酸多态性与虾夷马粪海胆的体质量、性腺质量之间存在显著相关性(P＜0.05).本研究中首次克隆了虾夷马粪海胆CYP51基因的cDNA序列并进行了SNPs分析,研究结果可为虾夷马粪海胆的分子标记辅助育种提供参考.     

虾夷马粪海胆CYP17基因的克隆及其表达差异

采用分子生物学方法成功克隆了虾夷马粪海胆Strongylocentrotus intermedius CYP17基因。该基因的cDNA全长为1 570 bp,其中开放阅读框1 482 bp,编码493个氨基酸;CYP17蛋白的相对分子质量约为55 540,等电点为8.068,信号肽断裂位点位于第18和第19个氨基酸残基之间;虾夷马粪海胆的CYP17氨基酸序列与紫球海胆S.purpuratus的同源性为97%,与光棘球海胆S.nudus的同源性为96%。用RT-PCR技术对CYP17基因在虾夷马粪海胆生殖腺不同发育时期的表达差异进行了分析。结果表明:在虾夷马粪海胆3个家系的雄性个体生殖腺中,CYP17基因在1-3家系的表达量最高,依次为10-3家系、6-2家系,而在雌性个体生殖腺中,CYP17基因在10-3家系的表达量最高,依次为1-3家系、6-2家系;在4-1家系海胆3个不同发育时期,CYP17基因在雄海胆性腺中的表达量随着日龄的增加而增加,而雌海胆性腺在发育第430天到第447天时表达量略有增加,发育到第512天时表达量明显增加。本研究表明,CYP17基因在海胆雌、雄个体生殖腺中转录水平上的表达差异明显,雄性的表达量明显高于雌性。     

虾夷马粪海胆NLR家族基因片段的克隆及表达特征分析

采用同源克隆和半定量RT-PCR方法,对虾夷马粪海胆Strongylocentrotus intermedius NLR家族基因片段进行了克隆和组织表达特征分析。将紫球海胆S. purpuratus的9组NLR家族聚类的编码区序列进行比对后,根据保守区域设计引物扩增虾夷马粪海胆中相应的基因,通过测序获得了9组不同NLR聚类基因片段,每组各10个测序结果,通过基因序列及氨基酸序列比对分析,发现存在长度及序列结果上的差异,这说明每组NLR家族聚类都存在多个家族成员。同时选取虾夷马粪海胆的不同组织提取RNA,反转录后使用同样的引物进行半定量RT-PCR分析,结果表明, NLR基因在虾夷马粪海胆的管足、肠、围口膜、体腔细胞、性腺中存在高效表达,且在围口膜及性腺中表达量最高,表明NLR基因在虾夷马粪海胆中普遍表达,并存在表达差异。研究表明, NLR基因在海胆免疫过程中起着重要作用。     

团头鲂hepcidin基因单核苷酸多态性及与抗病性状的相关性

为了解hepcidin(铁调素)基因的多态性及其与抗病性状的相关性,以团头鲂(Megalobrama amblycephala)为研究对象,从公共数据库中获得hepcidin基因序列,对团头鲂进行嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)人工感染来区分易感和抗病个体,采用PCR扩增及测序技术筛选hepcidin基因序列中的SNP(单核苷酸多态,single nucleotide polymorphisms)位点,对SNP位点运用高分辨率熔解曲线法(high-resolution melting,HRM)进行分型,分析其多态性及与抗病性状之间的关系。结果在hepcidin基因上共筛选出2个SNP位点,其中1个位点位于内含子部分,1个位于3′非编码区。经过统计分析发现,位于3 371bp(A/G)的这一SNP位点的基因型频率和等位基因频率在易感和抗病组间差异极显著,位于217bp(A/G)位点的基因型频率和等位基因频率在易感组和抗病组间差异显著。据此推测hepcidin的这2个SNP位点多态性与团头鲂抗病性状相关。     

团头鲂MHCⅡ α基因的SNP位点开发、鉴定及与抗病性状关联分析

用嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)感染团头鲂(Megalobrama amblycephala)区分抗病和易感组,通过PCR扩增及测序在MHCⅡα基因上筛选单核苷酸多态位点(single nucleotide polymorphisms,SNP),利用高分辨率熔解曲线法和限制性内切酶酶切法对SNP进行分型,分析其多态性及与抗病性状之间的关系。在MHCⅡa基因上共筛选出35个候选SNP位点,占MHCⅡa基因总碱基的1.45%,包含30个转换位点、5个颠换位点。其中外显子部分有16个,内含子部分7个,5′非编码区有1个,3′非编码区有11个。有13个SNP位点位于编码区,占总氨基酸位点的5.56%,位于839bp的T/A颠换和1 663bp的A/G转换是无义突变,其余11个SNP位点为有义突变。α1结构域的SNP位点分别占总碱基和总氨基酸位点的4.88%和10.98%,明显高于α2结构域的1.08%和3.22%。MHCⅡα基因的21个抗原结合位点(peptide binding region,PBR)中,有4个位点变异,变异率为19.05%;而non-PBR的变异率仅为8.20%(5/61)。用SPSS软件对分型成功的5个SNP位点在易感和抗病组各100尾中的基因型频率和等位基因频率进行了统计。通过卡方检验分析发现位于1 395bp(T/A)位点的基因型频率和等位基因频率在易感和抗病组中差异极显著,位于221bp(G/T)和1 859bp(G/T)位点的基因型频率和等位基因频率在易感组和抗病组中差异显著。本研究结果表明团头鲂MHCⅡα基因的多态性和抗细菌性败血症性状显著关联。     

虾夷马粪海胆群体的遗传多样性及微卫星标记与生长性状的相关性分析

为了明确性腺性状和分子标记之间的关系,在海胆选育工作中提高性腺性状,利用微卫星标记对海胆各生长性状及性腺颜色进行相关分析。选用28个虾夷马粪海胆多态性微卫星分子标记对虾夷马粪海胆自交F1代家系群体的进行了检测分析,结果表明:共检测到80个等位基因,平均等位基因数为2.857 1个;平均有效等位基因数为0.827 0个; 观测杂合度平均值0.515 0,期望杂合度平均值为0.530 4;平均多态信息含量（PIC）为0.402 6,卡方检验显示其中有9个位点发生了偏离(P<0.01)。采用一般线性模型(GLM)进行连锁显著性检验,发现与壳高、体重和体积显著相关（P<0.05）的微卫星标记各1个,分别为TS131、TS38和TS105;与海胆颜色L*值（暗-亮）显著和极显著相关的微卫星标记分别为4个 (TS38、TS85、TS105、TS108)和1个(TS41);与海胆颜色a*值（绿-红）显著和极显著相关的微卫星标记各1个(TS101 TS41);与海胆颜色b*值（蓝-黄）显著相关的微卫星标记3个(TS41、TS114和TS128);与海胆口器重显著和极显著相关的微卫星标记各1个(TS114和TS46)。该研究结果可以为虾夷马粪海胆的相关性状进一步QTL定位提供参考数据,并为虾夷马粪海胆的养殖和选育提供理论指导。     

大口黑鲈IGF-I基因内含子1、3和4序列多态性研究

根据大口黑鲈IGF-I基因的cDNA序列设计引物,克隆IGF-I基因内含子核苷酸序列,采用PCR产物直接测序方法,在中国养殖群体和美国野生群体中筛选IGF-I基因内含子上的多态位点.应用RFLP、CRS-RFLP和SSCP技术建立多态位点的检测方法,同时比较分析其中4个多态位点在两个群体中基因频率分布.结果表明:(1)IGF-I基因内含子1、3和4序列长分别为1 317 bp、712 bp和1 941 bp;(2)在3个内含子上共发现7个多态位点,其中在内含子1的208和1070位为G-A突变;内含子3的第40个碱基为一个 "A" 的插入-缺失突变,第307位为C-T突变,683位是G-A突变;内含子4上的696碱基处有一个20 bp的插入-缺失突变,在1 563位为G-A突变,表明大口黑鲈IGF-I基因序列上存在较多的SNPs;(3)内含子1上SNP G1070A的A等位基因能为Hind III限制性内切酶识别,采用RFLP技术分型.根据内含子1上SNP G208A侧翼序列,设计错配引物,使错配碱基和A等位基因共同形成Taq I酶切位点,建立CRS-RFLP检测方法.内含子4上SNP G1563A采用SSCP检测方法,同时对内含子4上的插入-缺失突变进行PAGE电泳分型.试验结果显示,RFLP、CRS-RFLP和SSCP三种SNP检测方法简单易行,适于在水产动物SNP标记研究中推广应用;(4)在中国养殖群体中,只有内含子1上的SNP G1070A具有多态性,其它3个多态位点只在美国野生群体中存在多态,证实中国养殖群体的遗传多样性相对较低.     

虾夷马粪海胆F3代群体数量性状相关性与通径分析

为更全面地分析虾夷马粪海胆F3代的生长与性腺品质,研究测量了虾夷马粪海胆F3代群体12个家系82枚海胆的体尺性状和性腺主要营养成分,其中体尺性状包括壳性状（壳高、壳径、壳湿重、壳干重）,口器性状（口器高、口器宽、口器重）,体重和性腺湿重;营养成分性状包括性腺中的总脂肪含量、总蛋白含量和4种高不饱和脂肪酸含量(C20:4、C20:5、C22:5 、C22:6)。计算了F3代虾夷马粪海胆不同性别体尺性状、营养成分的均值、标准差和变异系数,并对数量性状间的相关关系进行了分析。结果显示：虾夷马粪海胆F3代群体各性状中,雌性群体各性状指标略优于雄性群体,但不同性别间均无显著性差异(P>0.05)。F3代虾夷马粪海胆各体尺性状之间均存在极显著的相关性(P<0.01),其中壳径与体重之间相关性最大(0.878),而口器性状与体重的相关性相对较小。营养成分方面,C20:4(AA)和C20:5(EPA)之间相关性极为显著(P<0.01);C22:5和C22:6(DHA) 之间显著相关(P<0.05),即同碳原子数的不饱和脂肪酸的含量相关显著。营养成分性状与壳高、壳径和体重的相关性均不显著(P>0.05),且多为负相关,在选择育种时应分别考虑。研究结果为虾夷马粪海胆选育潜力评估和下一步选种提供依据,为富含高不饱和脂肪酸虾夷马粪海胆培育奠定理论基础。     

大口黑鲈IGF-I基因内含子1、3和4序列多态性研究

根据大口黑鲈IGF-I基因的cDNA序列设计引物,克隆IGFI基因内含子核苷酸序列,采用PCR产物直接测序方法,在中国养殖群体和美国野生群体中筛选IGF-I基因内含子上的多态位点。应用RFLP、CRS—RFLP和SSCP技术建立多态位点的检测方法,同时比较分析其中4个多态位点在两个群体中基因频率分布。结果表明：（1）IGF-I基因内含子1、3和4序列长分别为1317bp、712bp和1941bp;（2）在3个内含子上共发现7个多态位点,其中在内含子1的208和1070位为G—A突变;内含子3的第40个碱基为一个“A”的插入-缺失突变,第307位为C—T突变,683位是G—A突变;内含子4上的696碱基处有一个20bp的插入-缺失突变,在1563位为G—A突变,表明大口黑鲈IGF-I基因序列上存在较多的SNPs;（3）内含子1上SNPG1070A的A等位基因能为HindIII限制性内切酶识别,采用RFLP技术分型。根据内含子1上SNPG208A侧翼序列,设计错配引物,使错配碱基和A等位基因共同形成TaqI酶切位点,建立CRS—RFLP检测方法。内含子4上SNPG1563A采用SSCP检测方法,同时对内含子4上的插入-缺失突变进行PAGE电泳分型。试验结果显示,RFLP、CRS—RFLP和SSCP三种SNP检测方法简单易行,适于在水产动物SNP标记研究中推广应用;（4）在中国养殖群体中,只有内含子1上的SNPG1070A具有多态性,其它3个多态位点只在美国野生群体中存在多态,证实中国养殖群体的遗传多样性相对较低。     

北方海区经济海胆性腺脂肪酸组成与β-胡萝卜素含量的比较研究

海胆性腺中脂肪酸含量丰富,β-胡萝卜素含量高,是一种营养价值较高的食物来源,不同种、不同群体间、不同性别海胆性腺中二者的组成与含量存在差异。对我国北方海区4种经济海胆(虾夷马粪海胆、光棘球海胆、马粪海胆和海刺猬)以及大连黑石礁、旅顺、獐子岛3个群体的光棘球海胆性腺中的脂肪酸组成及β-胡萝卜素含量进行了测量和分析。结果显示:不同种海胆、同种海胆的不同群体及不同性别海胆性腺中脂肪酸、β-胡萝卜组成与含量均存在差异。不同种海胆间,光棘球海胆性腺中脂肪酸种类最多为31种,虾夷马粪海胆性腺中种类最少为24种;不同群体的光棘球海胆间,黑石礁群体性腺中脂肪酸种类最多为29种,旅顺群体最少为26种。雄性、雌性马粪海胆性腺中β-胡萝卜素含量均显著高于其他3种雌性海胆(P<0.01)。3个群体的光棘球海胆性腺中,黑石礁群体雄性性腺β-胡萝卜素含量显著低于其他2个群体(P<0.05);獐子岛群体雌性性腺中β-胡萝卜素高于其他2个群体,差异极显著(P<0.01)。上述结果为进一步开展海胆杂交及海胆优良品种的选育奠定了基础。     

葡萄EST-SNP位点的信息与特征

为了从不同基因型葡萄组织的表达序列标签(EST)中得到候选单核苷酸多态性(SNP)位点,从NCBI的dbEST数据库中下载来源于9个不同葡萄基因型的不同组织EST序列42 493条,利用CAP3软件拼接得到6 126个重叠群(contig),将拼接结果导入QualitySNP进行SNP筛选;同时,为提高候选SNP位点的可靠度,降低小规格contig开发SNP的假阳性率和大规格contig开发SNP的假阴性率,设置候选SNP位点的次要等位基因频率至少为30%,SNP侧翼序列保守度至少为5bp。结果表明:仅在1 195个contig中存在候选SNP位点,共5 032个,其中包括1 800个颠换类型,2 896个转换类型,336个单碱基的插入与缺失(indel),SNP的平均出现频率为4.2SNP.contig-1。利用CAPS(酶切扩增多态序列)分子标记和重测序方法对其中几个候选SNP位点进行验证表明,符合人工筛选原则且来自于小规格contig的候选SNP位点检测结果较好,可靠度最高。     

柑橘溃疡病抗性SNP验证及其相关钙依赖性蛋白激酶基因诱导表达

【目的】前期根据转录组数据挖掘柑橘单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）位点,通过关联分析获得14个与柑橘溃疡病耐/感性关联的SNP。以此为基础,本研究利用柑橘杂交群体验证这些位点与柑橘溃疡耐/感性的相关性,以期获得显著相关的SNP,并对其相关的基因进行柑橘溃疡病菌（Xanthomonas citri subsp. citri,Xcc）和植物激素诱导表达分析。【方法】以抗病和敏感柑橘品种及其杂交F₁代群体共143个材料为试材,采用离体叶片针刺接种法进行溃疡病抗性鉴定;利用高分辨率熔解曲线（high resolution melting,HRM）技术,对F₁群体进行SNP分型;使用DPS软件对F₁群体的溃疡病耐/感性表型和SNP基因型进行相关分析;实时荧光定量PCR（quantitative real-time PCR,qRT-PCR）分析其中一个SNP相关的柑橘钙依赖性蛋白激酶基因（calcium-dependent protein kinase gene,CDPK）的诱导表达模式。【结果】供试杂交F₁代群体的病斑面积在0.75—3.29 mm²;病情指数在30.2—100,而抗病品种‘金弹’病情指数为11.1,敏感品种‘冰糖橙’病情指数为100。病情指数较低的杂交后代,其亲本至少有1个为耐病性品种,母本耐病性强的居多。根据病情指数确定免疫材料1个,高抗17个,中抗31个,中感38个,高感56个。SNP分型结果显示,14个SNP位点在143个供试材料间均有多态性,可分为3种不同的基因型,2种纯合型和1种杂合型。简单相关分析结果表明,多个SNP位点的基因型与病斑面积及病情指数相关性显著。典型相关分析结果显示,其中5个SNP位点与病斑面积相关性较高,相关系数绝对值均>0.2,其编号分别为HP31、HP42、HP85、HP87、HP170,可利用这5个SNP位点的基因型预测柑橘溃疡病耐性的强弱。其中SNP位点HP31位于CsCDPK（CAP ID: Cs4g10370）的编码区,对柑橘离体叶片接种溃疡病菌诱导处理6、12、24、48和72 h后进行基因相对表达量分析,发现‘金弹’（高抗）、‘新生系3号椪柑’（中抗）和‘冰糖橙’（高感）中该基因的表达量均呈先升后降趋势,且均在48 h其相对表达量达到最高;接菌处理后12 h,‘金弹’中该基因的相对表达量为对照的3倍,而‘新生系3号椪柑’和‘冰糖橙’中无明显差异。此外,CsCDPK受水杨酸（SA）、茉莉酸甲酯（MeJA）和脱落酸（ABA）诱导表达,且在不同溃疡病耐/感性品种中该基因诱导表达的模式不同。【结论】获得5个与溃疡病耐/感性显著相关的SNP,可用作柑橘溃疡病耐/感性筛选标记。SNP位点HP31相关的CsCDPK受溃疡病菌和SA、MeJA和ABA诱导表达,该基因可能在柑橘应答溃疡病菌侵染的信号转导过程中具有重要功能。     

基于SLAF-seq技术的白皮松SNP分子标记开发

  目的  在白皮松全基因组范围内开发大量特异性SNP分子标记,为白皮松关键基因定位、分子标记辅助选择和种质资源评价提供足够多的分子标记资源。  方法  本研究以5个群体的共52份白皮松资源为材料,选择火炬松基因组为参考基因组,利用特异性位点扩增片段测序技术（SLAF-seq）,在多态性SLAF标签上开发大量特异性SNP位点,并过滤出一批高质量SNP位点用于白皮松不同群体的遗传多样性分析。  结果  通过序列对比分析,共获得23 597 049个SLAF标签,其中具多态性的SLAF标签有370 659个,共开发得到1 291 290个白皮松群体SNP。在缺失率小于20%、次要等位基因频率（MAF）大于5%的条件下,对所有SNP位点进行过滤,共得到346 840个高一致性的白皮松群体SNP,占SNP总量的26.9%,其中包含9个仅在北京鹫峰（JF）群体中存在变异的SNP位点、148个仅在陕西蓝田（LT）群体中存在变异的SNP位点、425个仅在甘肃麦积山（MJS）群体中存在变异的SNP位点、1 466个仅在陕西午子山（WZS）群体中存在变异的SNP位点、4个仅在山西柏洼山（BWS）群体中存在变异的SNP位点。基于过滤后的346 840个SNP分子标记在5个白皮松群体中进行的遗传多样性分析表明,白皮松不同群体间的遗传多样性存在显著差异,其中MJS和WZS群体的遗传多样性水平相对较高,JF群体的遗传多样性水平相对较低。  结论  研究结果表明,利用SLAF-seq技术可以实现全基因组范围内大量SNP标记位点的开发,且开发的SNP标记在白皮松不同群体中表现出较为丰富的遗传多态性,为白皮松种质资源鉴定、QTL定位、遗传连锁图谱构建以及重要性状的关联分析等研究奠定了基础,对今后白皮松种质资源保护和分子标记辅助选择育种具有重要意义。      

基于HRM获得与桃Tssd紧密连锁的SNP标记

【目的】植物中,SNP标记具有分布广泛、分辨率高、共显性和多态性高等特点,是遗传研究的常用分子标记。桃全基因组测序完成,获得了大量SNP位点。利用现有的SNP数据进行简单、快速的SNP基因分型是基因定位、品种鉴定和图谱构建等后续研究的基础。文章拟建立采用高分辨率熔解曲线进行不同类型SNP的基因分型方法,以获得与桃温度敏感半矮生型基因紧密连锁的分子标记。【方法】以普通生长型(ST)单株97-32-46为母本,温度敏感半矮生型单株03-94-2(Tssd)为父本进行人工杂交,利用其分离群体96个后代单株为研究材料。在定位目标基因的区间内开发连锁和不同类型的SNP标记的基础上,采用高分辨率熔解曲线进行SNP的基因分型并获得与目标性状紧密连锁的SNP标记。【结果】明确了DNA模板和Mg~(2+)是影响基因分型的关键因子,并确立了反应体系最佳浓度区间。在15μL反应体系中模板DNA的量低于5.0 ng时或Mg~(2+)浓度低于1.6μmol·L~(-1)时则不能完成PCR扩增和基因分型;根据亲本基因型和表型一致的SNP位点设计引物,扩增片段长度在140 bp左右。高分辨率熔解曲线分析可对由单个核苷酸变异引起的4种不同类型的SNP(A/T、A/G、A/C和C/G)进行基因分型,并正确区分了温度敏感半矮生型和普通生长型,与进行Sanger测序鉴定的结果一致。采用96孔板对温度敏感半矮生型和普通生长型各48个分离后代单株进行了PCR扩增和基因分型,确定了遗传距离。分型结果表明高分辨率熔解曲线分析技术可以将96个样杂交后代单株分为温度敏感半矮生型和普通生长型2种,正确地区分了A/A基因型和A/T基因型。在96个样品中仅1个没有成功扩增,在温度敏感半矮生型和普通生长型中各存在1个重组单株。获得与温度敏感半矮生型基因紧密连锁的SNP标记,遗传距离为2.11 cM。【结论】建立了基于高分辨率熔解曲线分析的SNP基因分型。尽管高分辨率熔解曲线分析技术无法区分两种不同纯合类型的SNP变异,但仍不失为区分已知变异SNP的有效方法。在已经获得桃大量SNP的基础上,该体系可用于桃的基因定位、遗传多样性和品种鉴定等研究。     

应用高分辨率熔解曲线技术分析水稻分子标记基因型

 【目的】验证高分辨熔解曲线（high-resolution melting curve analysis，HRM）技术在水稻分子标记分析中应用的可行性和可靠性，应用该技术对水稻重组自交系（RIL）群体及其亲本进行SSR、InDel和SNP标记基因型分析。【方法】以粳稻品种丽江新团黑谷（LTH）和籼稻品种三黄占2号（SHZ-2）及其衍生的RIL群体为材料，以纯合亲本LTH作为参比基因型，利用HRM技术分析一个G/A转换的SNP标记以及非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）难以分辨的一个SSR标记和一个InDel标记的基因型。【结果】通过加入适量的参比DNA，HRM能够分辨2个纯合亲本及其衍生的纯合体和杂合体RI系的分子标记基因型，并且以加入20%模板量的参比DNA对3种基因型的分辨最好。利用该方法对作图群体的部分RI系进行分子标记基因型分析，结果与变性PAGE的分析结果完全吻合。【结论】验证了HRM应用于水稻SSR、InDel以及SNP标记分析的可行性和可靠性。相对于凝胶电泳分析，HRM具有分辨率高、高效、快速、操作简单、安全等优点，是一种在水稻分子标记分析中很有应用前景的技术。     

基于转录组SNP构建油茶主要品种资源的分子身份证

【目的】近年来,油茶（Camellia oleifera）产业发展迅速,已成为中国四大油料之一。油茶良种不断涌现,但品质参差不齐,“同名异物、同物异名”等现象时有发生。建立油茶品种资源的单核苷酸多态性（single-nucleotide polymorphism,SNP）分子标记数据库,筛选重要SNP位点,开发油茶品种资源DNA指纹图谱,构建油茶品种资源的分子身份证,为品种鉴别、品种追溯等提供分子水平鉴别技术支撑。【方法】以221份普通油茶品种资源为材料,提取未成熟种子RNA,进行转录组测序。以二倍体南荣油茶基因组为参考,识别供试油茶品种资源的SNP位点并基因分型,利用SNP数据分析油茶群体及亚群的遗传多样性,分析SNP位点的观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量（PIC）等信息,筛选核心SNP位点并采用Sanger测序验证,得到最优SNP位点组合后,结合品种资源基本信息构建油茶品种资源分子身份证。【结果】从油茶转录组中共检测到1 849 953个高质量SNP位点。群体遗传多样性分析发现,油茶群体观测杂合度为0.2966,期望杂合度为0.2462,固定指数为-0.2048,PIC为0.2...     

云杉天然群体基因分化与种质资源异地保存抽样策略

采用聚丙烯酰胺垂直板凝胶电泳和水平淀粉凝胶电泳对云杉全分布区10个天然群体的300个个体进行酶电泳分析,研究天然群体的等位基因数量和频率分化,共测定8种酶系统,得到17个清晰酶位点和27个等位基因.10个群体检测到的等位基因数均值为24.7个(变幅为23～27个).据基因频率进行分类,检测到全域基因和广域基因数量分别为19个和7个,分别占总基因的70.37%和25.93%;特有基因只有1个,即铁布群体的Idh-2-C,占总基因的3.7%.10个群体基因频率的均值没有太大差异,相同位点的广域基因频率在群体间均存在差异.通过计算机模拟建立云杉天然群体种质资源保存的群体和群体内个体两个层次的基因捕获曲线.群体的等位基因频率与地理生态因子的相关分析表明:Fdh-2-B基因频率与生态梯度值呈显著负相关(r=-0.661 1*).构建了云杉天然群体核心种质保存的抽样策略,经综合分析,抽取全分布区内铁布、卓尼、阿坝、小金、热务沟、凤县和曲谷7个群体,每个群体保存25个拟式无亲缘关系的个体,可以保护云杉种内95%～99%的基因资源.     

津鲢的同工酶分析(英文)

[目的]对津鲢进行同工酶分析。[方法]使用水平式淀粉凝胶电泳法,对选育品种津鲢进行AAT、EST、α-GPD、GPI、IDH、LDH、MDH、ME、PGM和PROT共10种同工酶及蛋白质的电泳分析,并以购自湖北省荆州市的鲢人工繁殖群体进行比较。[结果]以肌肉和肝脏作为检测用组织,共检测出18个基因座位;在津鲢群体中有变异的基因座位为GPI*和PGM*,荆州鲢群体中有变异的基因座位为GPI*;津鲢与荆州鲢的多态基因座位(最高基因频率≤0.99)比例和平均杂合度预期值分别为11.11%、5.56%和0.0150、0.0011,群体间Nei遗传距离为0.00059;2群体GPI*基因座位最高基因频率间的χ2检验结果表明这2个群体间呈极显著差异。[结论]为津鲢的大面积推广奠定理论依据。     

虾夷马粪海胆(Strongylocentrotus intermedius)体腔液的酚氧化酶活性分析

分别测定虾夷马粪海胆血浆和体腔细胞溶解上清液(CLS)中的酚氧化酶(PO)活性以及不同刺激物对其酚氧化酶原系统(proPO)的激活效果,并初步分析了患病虾夷马粪海胆体腔液中酚氧化酶活性的变化。结果显示：虾夷马粪海胆体腔液的PO主要分布于血浆中,且个体差异较大,血浆中PO活性为48.28±6.69 U,CLS中PO活性为2.24±1.81 U;proPO存在于体腔细胞中,含量较少,其被1 mg/mL Trypsin及100 mmol/L MgCl2激活后,PO活性分别提高2.24 U和7.86 U,LPS、SDS、CaCl2和甲醇等对酚氧化酶原无明显激活效果;虾夷马粪海胆感染细菌后体腔液的酚氧化酶活性为12.90±2.03 U,相较于健康海胆（30.63 ±2.21 U）显著降低（P＜0.05）,而在100 mmol/L MgCl2作用下酚氧化酶活性提高4.19±1.96 U,相较于健康海胆（2.76±1.15 U）明显升高（P＜0.05）。研究结果为虾夷马粪海胆及其他棘皮动物的免疫防御机制的深入研究提供了基础。