蜡样芽孢杆菌启动子片段克隆及转录活性分析

为研究蜡样芽孢杆菌基因的转录调控特征,通过鸟枪法和蓝白斑筛选,获得57个蜡样芽孢杆菌启动子片段,并以β-半乳糖苷酶为报告基因,比较了这些启动子片段在大肠埃希菌中的转录活性。对转录活性较高的4个启动子克隆片断进行测序、序列比对、特征分析,发现这4个克隆序列具有启动子元件、核糖体结合序列特征,其中2个克隆序列在枯草芽孢杆菌也表现出活性,表明兼有蜡样芽孢杆菌、大肠埃希菌、枯草芽孢杆菌RNA聚合酶σ因子序列识别特征。     

顺反子序列bioI-orf2-orf3在枯草芽孢杆菌染色体中的整合

将来源于枯草芽孢杆菌的顺反子序列bioI-orf2-orf3克隆到含氯霉素基因的大肠杆菌-枯草芽孢杆菌穿梭质粒pE 3中,并在顺反子序列上游插入一个强麦芽糖启动子Pglv,构建成枯草芽孢杆菌整合载体pLHX8,电转化枯草芽孢杆菌受体菌1A747。从5μg/m l的氯霉素抗性平板上挑取两株转化子,通过基因组PCR鉴定,确定顺反子序列已经整合到枯草芽孢杆菌染色体上。     

黄鳝肠道益生菌HY-136的鉴定与系统发育分析

对分离自健康黄鳝肠道118株菌进行点种法病原菌拮抗试验,结合产酶能力分析试验结果,得到了对病原菌拮抗作用显著和产酶能力较强的拟选菌株HY-136.通过对该菌株进行形态观察,常规生理生化鉴定和应用API 50 CHB鉴定盒鉴定,结果表明该菌与枯草芽孢杆菌属的形态及生理生化特征相似;进一步利用PCR技术对该菌株16S rRNA序列作测定与分析,序列结果在GenBank中进行Blast同源序列检索,并用Mage4.0软件与芽孢杆菌属的其它菌种进行序列分析比对,结果表明其与已报道的枯草芽孢杆菌序列(登录号为EU346662)具有99.8%的同源性,且二者在所构建的系统发育树上处于同一个分支.确定菌株HY-136为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis).     

具有稻瘟病菌拮抗活性的枯草芽孢杆菌的分离与鉴定

采用梯度稀释分离法,从黄河稻区水稻根际土壤中分离出耐高温芽孢菌722株。通过真菌生长抑制试验,获得具有稻瘟病菌拮抗活性的菌株27株。通过形态学观察和生理生化指标鉴定,获得具有稻瘟病菌拮抗活性的枯草芽孢杆菌疑似菌株7株。挑取其中抑菌活性最强的1株进行16SrDNA鉴定,将其16SrDNA基因序列与GenBank中基因序列进行同源性比较,发现与枯草芽孢杆菌16SrDNA有99%同源性,判定此菌为枯草芽孢杆菌,命名为BS501a。     

一株芽孢杆菌16S rRNA的基因序列测定和系统进化分析

从河南黄河稻区土壤中分离出一株具有较强稻瘟病菌拮抗活性的芽孢杆菌菌株BS501,经过形态观察、生理生化特性检测和电镜技术,确定其为芽孢杆菌属细菌,为进一步确定其分类学地位,扩增了 BS501基因组的16S rDNA.并将测序结果提交GenBank数据库(登录号:FJ755787).利用BLAST软件将该序列与枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等芽孢菌属细曲及大肠杆菌16S rDNA序列进行同源性比对.系统进化树表明,BS501与芽孢菌属细菌存进化关系上组成一个大的分支,与枯草芽孢杆菌最为接近,与大肠杆菌较远.同源性分析表明该序列与枯草芽孢杆菌PRE23同源性达99%,证实该菌株的分类学地位为枯草芽孢杆菌.     

枯草芽胞杆菌果糖基转移酶基因的克隆及其序列分析

利用自行设计的引物,在枯草芽孢杆菌基因组内获得果糖基转移酶基因,基因和相应蛋白序列分析发现.该基因共1 422个碱基,编码473个氨基酸,与GenBank注册的sacB基因序列有89%的相似性;全长序列有152突变碱基,共造成18个氨基酸的错义突变,但没引起酶保守活性位点的关键氨基酸突变.这结果为后期表达特异连接α1→2糖苷键的果糖基转移酶或者该基因的定点突变打下基础.     

短小芽孢杆菌胶原蛋白酶基因COla的克隆及序列分析

根据芽孢杆菌(Bacillus)胶原蛋白酶基因序列保守区域设计一对兼并引物,采用PCR法获得胶原蛋白酶产生菌短小芽孢杆菌(B.pumilus) Col-J株胶原蛋白酶基因保守片段.序列分析表明,该片段与枯草芽孢杆菌(B.subtilis)基因组序列AL009126中编码胶原蛋白酶基因序列高度同源.参考该序列,获得了短小...     

顺反子序列bioⅠ-orf 2-orf 3在枯草芽孢杆菌染色体中的整合

将来源于枯草芽孢杆菌的顺反子序列bioⅠ-orf 2-orf 3克隆到含氯霉素基因的大肠杆菌-枯草芽孢杆菌穿梭质粒pE 3中,并在顺反子序列上游插入一个强麦芽糖启动子Pglv,构建成枯草芽孢杆菌整合载体pLHX8,电转化枯草芽孢杆菌受体菌1A747.从5μg/ml的氯霉素抗性平板上挑取两株转化子,通过基因组PCR鉴定,确定顺反子序列已经整合到枯草芽孢杆菌染色体上.     

枯草芽孢杆菌生物素操纵元的初步改造

为了克服生物素生物合成中的抑制作用,提高生物素操纵元基因本底水平的表达,分别构建了整合表达载体pGJj01和pGJj02,通过双交叉整合的方式先后将线性化的pGJj01和pGJj02整合到枯草芽孢杆菌AS1094的染色体上,构建了枯草芽孢杆菌GJZ01,用强启动子P43-1替换掉生物素操纵元自身的启动子Pbiotin,并在bioB和bioI基因间加入强终止子和强启动子P43-2。经PCR和Southern检测表明,整合构建正确。试验可为下一步研究生物素操纵元基因表达提供良好的宿主菌素材。     

枯草芽孢杆菌中的σ因子

在原核生物中,启动子是RNA聚合酶结合以起始转录mRNA合成的地方,RNA聚合酶与启动子的特异结合取决于σ因子。本文对大肠杆菌和枯草芽孢杆菌中RNA聚合酶进行了比较,并对枯草芽孢杆菌中σ因子的类型、功能以及各类型σ因子所识别启动子的序列特征进行了归纳。     

琅琊鸡Mx基因3'端部分序列PCR-RFLP与序列分析

[目的]为琅琊鸡分子标记辅助选择、抗病育种提供依据。[方法]利用PCR-RFLP技术对琅琊鸡Mx基因3’端片段的HaeIII的酶切多态性进行分析。[结果]琅琊鸡群体中存在Mx基因Haem酶切位点的多态性,且均有A、B2个等住基因,基因频率分别为0．562和0．438。Mx基因Hoe III酶切位点的基因型分布在琅琊鸡群体中极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P〈0．01）。对多态片段进行克隆测序分析,结果表明,该扩增片段长度大小为357bp,多态片段存在长度为31bp的碱基缺失。[结论]在山东省地方鸡种琅琊鸡眠基因3’端序列中发现存在Hoe III-RFLP。     

TAIL-PCR方法克隆约氏黄杆菌aroA基因序列（摘要）

[目的]研究草鱼烂鳃病病原约氏黄杆菌芳香氨基酸代谢途径的合成基因aroA基因的全序列。[方法]以草鱼烂鳃病病原M165菌株基因组DNA为模板,分别利用5′和3′的3个特异性巢式引物与随机引物,通过热不对称交错PCR（TAIL-PCR）扩增菌株M165的aroA序列基因,并对其序列进行分析。[结果]电泳检测结果表明,扩增产物与预期扩增结果相符;测序结果分析表明,aroA基因序列全长1230bp,编码410个氨基酸。aroA蛋白序列与Flavobacterium johnsoniae的aroA蛋白质序列,具有高度同源性。[结论]TAIL-PCR方法为基因全序列的克隆提供了一种简便、高效的方法。aroA基因全序列的获得为进一步阐明aroA等营养相关因子对鱼类烂鳃病病原的致病力的影响奠定基础。     

(k,q)-平坦数列研究

一个环形数列是指将前n个正整数排成一圈。对于一个给定的环形数列,用S(n,k,q)表示其所有连续k项和的q次方的和,LS(n,k,q)记为所有S(n,k,q)中的最小值。当一个环形数列的S(n,k,q)值达到LS(n,k,q)时,称此数列为(k,q)-平坦数列。给出了(k,q)-平坦数列几个性质,并给出了(2,2)-平坦数列的证明和LS(n,2,2)的值。借助于计算机,找出了7≤n≤12,3≤k≤5的(k,q)-平坦数列。     

Sequence analysis on microcomputers

Overall, each of the program packages performed their tasks satisfactorily. For analyses where there was a well-defined answer, such as a search for a restriction site, there were few significant differences between the program sets. However, for tasks in which a degree of flexibility is desirable, such as homology or similarity determinations and database searches, DNASTAR consistently afforded the user more options in conducting the required analysis than did the other two packages. However, for laboratories where sequence analysis is not a major effort and the expense of a full sequence analysis workstation cannot be justified, MicroGenie and IBI-Pustell offer a satisfactory alternative. MicroGenie is a polished program system. Many may find that its user interface is more "user friendly" than the standard menu-driven interfaces. Its system of filing sequences under individual passwords facilitates use by more than one person. MicroGenie uses a hardware device for software protection that occupies a card slot in the computer on which it is used. Although I am sympathetic to the problem of software piracy, I feel that a less drastic solution is in order for a program likely to be sharing limited computer space with other software packages. The IBI-Pustell package performs the required analysis functions as accurately and quickly as MicroGenie but it lacks the clearness and ease of use. The menu system seems disjointed, and new or infrequent users often find themselves at apparent "dead-end menus" where the only clear alternative is to restart the entire program package. It is suggested from published accounts that the user interface is going to be upgraded and perhaps when that version is available, use of the system will be improved. The documentation accompanying each package was relatively clear as to how to run the programs, but all three packages assumed that the user was familiar with the computational techniques employed. MicroGenie and IBI-Pustell further complicated their documentation by mixing instructions for the version based on floppy disk operation with that for the hard disk version.(ABSTRACT TRUNCATED AT 400 WORDS)     

牛SRY序列的体外扩增

建立了用PCR(polymerase chain reaction)技术扩增牛SRY序列的方法.在牛、猪、山羊和绵羊的SRY同源序列高度保守区设计一对引物,两条引物均为22NT,对公牛SRY序列的163 bp进行体外扩增.提取牛基因组DNA,用作PCR扩增的模板,采用3×2×3因子组合,建立了PCR扩增牛SRY序列的最适条件.应用设计的引物和最适条件扩增了20头牛的DNA样品.结果表明,公牛样品均出现预期的SRY特异性扩增带,大小为163 bp,而母牛样品不能扩增出特异带.因此所扩增的序列为公牛特异的SRY序列,且片段大小与设计的序列完全一致.     

小麦叶片的逆向衰老

【目的】揭示小麦叶片逆向衰老规律,探讨其理论意义和实践价值。【方法】从2005年起进行了小麦叶片逆向衰老顺序和正常衰老顺序的比较试验,对冠层温度和一些重要生物学参数进行测定。【结果】自然界存在小麦叶片逆向衰老现象,具此现象的小麦其部分茎生叶片的衰老顺序和大多数小麦的正常衰老顺序不同,即最晚衰老的叶片不是旗叶而是倒2叶;和这种叶片逆向衰老状态相对应,在结实后期出现顶层叶黄、邻层叶绿的叶色结构,和一般小麦的顶层叶绿、邻层叶黄完全相反;叶片的叶绿素含量、可溶性蛋白质含量、蒸腾速率、净光合速率也在生育期向前推进中出现旗叶被倒2叶反超的异常状况,另外,这类小麦结实期的冠层温度总是显示出以冷结尾（冷尾态）或全程偏冷（冷型态）的特征;由于生理过程的特殊性,导致这类小麦倒置茎上的粒重明显高于正置茎,并由此带动其籽粒亦比一般小麦为重,这和“接力式”灌浆机制密切相关,不同于一般小麦的旗叶作为向籽粒输送养分的主源其作用贯穿于结实全过程的灌浆模式。【结论】这项研究为小麦结实和衰老理论的探讨、小麦产量的进一步提升以及冷型、冷尾小麦的培育提供了一种新的思路和途径。     

DNA序列分类模型

通过研究DNA序列链之间的关联程度,构造出模糊矩阵.再利用模糊聚类方法进行聚类.运行该模型时,只要输入几个待定参数及阈值λ就可以将含有很多DNA序列链的集合进行分类.     

重复知盲现象中的序列位置效应

采用汉字作为实验材料探讨重复项目处在刺激序列中不同位置时的重复知盲效应. 结果发现: ①当重复项目呈现在刺激序列两端时, 正确率显著低于其呈现在刺激序列中间位置, 产生"序列位置效应"; ②与干扰汉字位于重复项目之前相比, 干扰汉字位于重复项目之间的正确率相对较低. 研究表明, 重复知盲效应的产生可能受知觉和记忆两个加工水平的共同影响, 而且对重复项目注意资源投入的多少在一定程度上影响重复知盲效应的强度.     

重复知盲现象中的序列位置效应

采用汉字作为实验材料探讨重复项目处在刺激序列中不同位置时的重复知盲效应.结果发现：①当重复项目呈现在刺激序列两端时,正确率显著低于其呈现在刺激序列中间位置,产生“序列位置效应”;②与干扰汉字位于重复项目之前相比,干扰汉字位于重复项目之间的正确率相对较低.研究表明,重复知盲效应的产生可能受知觉和记忆两个加工水平的共同影响,而且对重复项目注意资源投入的多少在一定程度上影响重复知盲效应的强度.     

DNA序列判别分类模型

[目的]结合生物学知识和数学方法构建DNA序列判别分类模型。[方法]根据氨基酸分子中侧链基的极性性质,从不同序列中氨基酸含量不同提炼出能从碱基含量和碱基排列情况两方面代表序列特征的氨基酸类别信息,用一个四维向量来表征,用马氏距离法和FISHER判别法对给定序列进行分类。[结果]该模型中,2种分类方法所得的样本回代率均达100%,分类一致率为90%。[结论]该模型算法简单,分类结果精度较高,优于仅基于碱基含量的判别分类模型。