清远麻鸡CAPN1基因单核苷酸多态性研究

摘 要：清远麻鸡属于小型优质鸡种,为探讨其优良肉质形成的分子机理,本研究以隐性白羽鸡作为对照,以CAPN1基因作为影响鸡肌肉嫩度性状的候选基因,采用PCR-SSCP方法对清远麻鸡和隐性白羽鸡的CAPN1基因外显子4部分序列、内含子4和外显子5部分序列进行单核苷酸多态性分析,共检测到AA、AB、AC、BB、BC和CC 6种基因型。测序结果发现,AA型个体序列与Genbank上登录的序列一致;BB型个体在2418处存在5 bp的缺失突变,在2446处存在T/C突变,在2484处存在C/T突变,在2508处存在C/T突变;CC型个体在2418处存在5 bp的缺失突变,在2446处存在T/C突变,在2484处存在C/T突变。统计了不同基因型在不同品种鸡中的频率分布,结果表明基因型频率和基因频率在两个鸡种中的分布存在显著差异。     

中国荷斯坦牛HSP70基因3＇-非翻译区多态性与耐热性的关联分析

用PCR-SSCP和测序技术研究了541头中国荷斯坦奶牛热休克蛋白70(HSP70)基因的3'-非翻译区的多态性,并研究了多态性对奶牛产奶性状和耐热性状的影响。设计引物扩增片段大小549 bp,通过PCR-SSCP技术发现参与试验的奶牛出现了3个复等位基因:A、B和C,6种基因型:AA、AB、AC、BB、BC和CC基因型。测序发现复等位基因是由3个新的突变引起的,第6 400、6 600和6 601位碱基分别发生了G/C、C/T和G/A突变。χ2适合性检验表明,该群体在这三个位点的突变没有达到Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01)。中国荷斯坦牛BB基因型个体红细胞钾含量和产奶量下降率显著低于其他基因型个体(P0.05),表明BB型的中国荷斯坦牛耐热性能优于其他类型。BB基因型个体305 d产奶量高于其他5种基因型的个体,进一步说明BB基因型可能在选育高产抗热应激奶牛中得到应用。     

猪SLA-DQA基因外显子4多态性分析

采用PCR-SSCP及克隆测序技术对大白、长白、杜洛克共210头仔猪SLA-DQA基因第4外显子进行多态性检测,以探讨猪SLA-DQA基因的遗传特性。结果显示:共获得4种等位基因(A、B、C、D),6种基因型(AA、AB、CC、CD、BB、BC)。6种基因型在杜洛克猪中都被检测到,而在大白猪中只检测到AA、AB、CC 3种基因型,在长白猪中未检测到BC基因型。A等位基因和AA基因型的频率在3个群体中最高,为优势基因和优势基因型。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,共发现3个核苷酸突变位点(5 126 bp A→G,5 158 bp A→T,5 233 bp G→A),其中,5126 bp处A→G导致氨基酸由异亮氨酸变为缬氨酸。经χ2适合性检验,3个猪品种在此位点上都偏离了Hardy-Wein-berg平衡状态(P<0.05)。群体遗传学分析发现:长白猪、大白猪多态信息含量(PIC)分别为0.3233,0.4548,属于中度多态(0.250.5);各基因型在三品种中的分布差异显著。研究结果证实,猪SLA-DQA基因第4外显子具有丰富的遗传多态性。     

高原型藏绵羊KAP基因多态性与部分产毛性状的关系研究

利用PCR-SSCP技术研究了高原型藏绵羊KAP3.2、KAP7基因部分序列和KAP8基因外显子的多态性;采用最小二乘线性模型,分析了多态位点与毛长和产毛量性状的关联性;通过多态位点与经济性状的遗传相关预测了选择反应,确定了各性状的优势标记位点。研究表明：三个基因座都存在多态性,均检测到AA、AB和BB三种基因型。KAP3.2和KAP7基因AA型的毛长性状均显著高于BB型(P<0.05);KAP3.2基因AA型的产毛量性状显著高于AB型和BB型(P<0.05), KAP8基因AB型的产毛量性状显著高于AA型和BB型(P<0.05); 毛长和产毛量性状上,KAP3.2基因的选择反应最大;KAP3.2可作为毛长和产毛量性状的优势标记基因。     

甘肃高山细毛羊和湖羊HIF-2α基因遗传特性与高原低氧适应性分析

为探讨HIF-2α基因核苷酸序列变异与绵羊高原适应的相关性,以540只(甘肃高山细毛羊200只,湖羊340只)绵羊为研究对象,采用PCR-SSCP技术分析HIF-2α基因第11外显子和内含子部分区段在甘肃高山细毛羊和湖羊中单核苷酸多态性(SNPs)。结果显示:HIF-2α基因扩增片段在2个绵羊品种中共检测到4种等位基因(A、B、C和D)和10种基因型(AA、BB、CC、DD、AB、AC、BC、AD、BD和CD),存在6个SNPs位点,其中外显子11检测到5个SNPs位点(G/A、G/C、C/T、T/C、G/A、),内含子11检测到1个SNPs位点(G/A),甘肃高山细毛羊未检测到DD基因型。2个绵羊品种的优势基因型均为AB,基因型频率分别为34.50%和16.47%。HIF-2α基因在2个绵羊品种中具有丰富的多态性,且等位基因频率在品种间存在极显著差异(P0.01)。推测在高海拔低氧适应过程中,HIF-2α基因的基因型可能受到了选择,随着长期的高海拔低氧环境的选择,有利于低氧适应的基因型在高海拔绵羊品种中受到选择并富集,携带基因型AA、BB和AB的绵羊可能更加适应高海拔低氧环境,而携带基因型CD、BD和DD的绵羊对高海拔低氧环境适应的能力可能较差。     

绵羊PRKAG3基因SNPs与肉质性状的相关性分析

为从分子水平研究甘肃境内典型养殖模式下甘肃高山细毛羊、小尾寒羊、藏羊、蒙古羊和滩羊5个绵羊品种的PRKAG3基因多态性与屠宰性能和肉品质的相关性,探讨以PRKAG3为候选基因,提高绵羊屠宰性能和肉品质的可能性。采用PCR-SSCP技术对5个绵羊品种的PRKAG3基因外显子4,5和内含子4多态性进行检测,并就PRKAG3基因多态性与9月龄屠宰性能和肉品质进行相关性分析。结果表明,在PRKAG3基因2 689 bp处发生了AG的突变,位于第4内含子第23 bp处,表现出3种基因型,AA、AB和BB。纯合度(Ho)分别为0.67,0.69,0.76,0.69,0.59,杂合度(He)分别为0.333 3,0.306 1,0.244 9,0.307 7,0.408 2,有效等位基因(Ne)分别为1.62,1.66,1.69,1.48,1.79,多态信息含量(PIC)分别为0.31,0.32,0.33,0.27,0.34。除藏羊外其他4个绵羊品种均处于Hardy-Weinberg平衡状态。关联分析表明,5个绵羊品种PRKAG3基因此变异位点的3个基因型间失水率性状差异显著(P0.05);BB基因型个体的胴体重显著高于AA型(P0.05),滩羊为极显著(P0.01),BB基因型个体的眼肌面积显著大于AA型(P0.05)(藏羊除外)。因此说明PRKAG3基因可作为候选基因用于绵羊产肉性能和肉品质的分子标记辅助选择。     

甘肃高山细毛羊及其杂种羊GH基因第3内含子多态性与生长性状的相关性

为给甘肃高山细毛羊生长标记候选基因的筛选提供参考依据,研究了绵羊GH基因第3内含子突变对甘肃高山细毛羊生长性状可能产生的影响。采用PCR-SSCP技术检测甘肃高山细毛羊及其与特克赛尔、邦德和澳洲美利奴羊的杂交品种GH基因第3内含子多态性,分析GH基因第3内含子突变对羔羊初生重、3月龄重、断奶重及日增重的影响。结果表明,甘肃高山细毛羊及其杂种羔羊GH基因第3内含子第98 bp处有一个CT突变,共有AA、AB和BB 3种基因型,甘肃高山细毛羊和对照组杂种羊的GH基因第3内含子PIC值均为0.25~0.50,为中度多态。其中BB型为优势基因型。等位基因存在与缺失对体重及日增重的关联分析表明,存在等位基因B的甘肃高山细毛羊的3月龄重、断奶重及日增重均显著或极显著高于缺失等位基因B的个体(P0.05或P0.01),缺失等位基因A的特甘细绵羊在初生重、断奶重及日增重方面显著高于存在等位基因A的个体(P0.05)。邦甘细绵羊中,存在等位基因B的个体3月龄重、断奶重、日增重均显著高于等位基因B缺失个体。相关性分析表明,甘肃高山细毛羊不同基因型与初生重间关联度不显著,BB型甘肃高山细毛羊3月龄重和断奶重均显著高于AA型(P0.05),AA型甘肃高山细毛羊日增重与BB型也显著相关(P0.05)。对照组中,特甘细羊BB型的初生重、断奶重及日增重均显著或极显著高于AA型特甘细(P0.05或P0.01)。邦甘细、澳甘细不同基因型与体重及日增重均无相关性(P0.05)。结果显示GH基因第3内含子可作为甘肃高山细毛羊生长标记候选基因。     

5个绵羊品种BMPR-IB基因第7外显子多态性分析

为了探索绵羊多胎性的分子机理以及为绵羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。采用PCR-SSCP方法,对不同繁殖力的5个绵羊品种（特克赛尔羊、无角陶赛特羊、德国美利奴羊、小尾寒羊、藏羊）BMPR-IB基因第7外显子进行多态性检测。结果表明：5个绵羊群体均存在2种基因型,AA型和AB型;测序结果表明：AB型个体在该基因编码区第846位点发生C→T的突变,出现C/T的杂合。5个绵羊品种的优势基因型均为AA型,优势等位基因均为A基因。特克赛尔羊、无角陶赛特羊、德国美利奴羊多态信息含量均处于0.25~0.5之间,属于中度多态,小尾寒羊、藏羊属于低度多态(PIC<0.25);χ2适合性检验表明：除特克赛尔羊之外,其余4个绵羊品种均处于Hardy-weinberg平衡状态;显著性检验分析表明：该突变位点在不同繁殖力母羊群体中的分布有一定的差异。其中,特克赛尔羊、无角陶赛特羊以及德国美利奴羊3个品种的绵羊相互之间分布差异不显著(P>0.05),特克赛尔羊、无角陶赛特羊与小尾寒羊之间差异显著(0.010.05)。该突变位点可以作为控制绵羊繁殖力的潜在分子标记位点。     

西门塔尔牛bLF-exon11基因多态性及其与乳房炎易感性和部分乳性状的相关分析

为了探讨西门塔尔牛乳铁蛋白基因第11外显子多态性,及其与乳房炎和部分乳性状的关系,利用PCR-SS-CP和DNA测序技术,对118头健康牛和38头感染乳房炎牛个体,进行了第11外显子的基因多态性分析。结果发现,健康牛和感染乳房炎牛个体的第11外显子基因型和基因频率分布差异均极显著(P<0.01),感染牛中AA基因型和A基因频率均极显著高于健康牛(P<0.01)。而且,AA基因型个体SCS显著高于AB和BB型个体(P<0.05),AA型个体的乳蛋白极显著高于AB型(P<0.01)、显著高于BB型(P<0.05),而BB型显著高于AB型(P<0.05)。这表明乳铁蛋白基因第11外显子的A基因,可能是一个西门塔尔牛乳房炎的易感基因。     

猪ESR、FSH-β和PRLR基因合并基因型对产仔数的影响

摘 要: 本试验以辽宁省三个引进猪种：长白、大白和杜洛克为对象,采用PCR-RFLP方法检测ESR、FSH-β和PRLR基因的多态性,分析三个基因的单基因及合并基因型对产仔数的影响。结果表明,ESR 、FSH-β和PRLR基因都存在AA、AB和BB三种基因型,在各猪群内基因型分布差异不显著(P＞0.05),各基因均处于遗传平衡状态。单基因分析表明,ESR 和FSH-β基因型产仔数的最小二乘均值具有按AA、AB 、BB递增的趋势,BB型为优良基因型,而PRLR基因的优良基因型为AA型。ESR 、FSH-β和PRLR基因的合并分析表明BBBBAA为最优合并基因型,合并后效应显著（P＜0.05)或极显著（P＜0.01),且合并基因型的遗传效应高于单基因型效应。因此,可以利用合并基因型对猪的产仔数进行标记辅助选择。     

巴美肉羊INHA和INHBA基因多态性与产羔数关系研究

为了研究INHA和INHBA这两个基因对巴美肉羊产羔数的影响,采用PCR-SSCP技术检测抑制素α亚基(α-inhibin,INHA)和βA亚基(βA-inhibin,INHBA)基因在巴美肉羊中的单核苷酸多态性。结果发现,引物1,4,6扩增片段有多态性,其余3对引物的扩增片段均不存在多态性。引物1,巴美肉羊有2种基因型AB型和AA型,平均产羔数AB型比AA型多0.17只(P<0.01)。引物4,巴美肉羊存在3种基因型(CC、DD和CD),巴美肉羊平均产羔数DD型比CC型多0.44只(P<0.01)。引物6,巴美肉羊有3种基因型(EE、FF和EF),EE型比EF型平均产羔数多0.21只(P<0.01),结果表明,抑制素α亚基(α-inhibin,INHA)和βA亚基(βA-inhibin,INHBA)基因是影响巴美肉羊产羔数的重要基因。     

河南地方绵羊品种RBP4基因的多态性研究

采用PCR-SSCP方法分析了RBP4基因在大尾寒羊和小尾寒羊中的多态性,以期探索该基因对于河南地方绵羊品种繁殖力的影响。结果表明：在2个绵羊品种中RBP4基因检测出2个基因型即BB和AB,没有检测到AA基因型。在小尾寒羊和大尾寒羊中BB基因型频率分别为0.840和0.583,AB基因型频率分别为0.160和0.416。在小尾寒羊和大尾寒羊中A等位基因频率分别为0.080和0.209,B等位基因频率分别为0.920和0.791。研究为进一步从分子水平探索河南地方绵羊品种的高繁殖力遗传机制提供了参考。     

庄河大骨鸡IGF-Ⅰ基因多样性与产肉性能关联的分析研究

为了探究庄河大骨鸡IGF-Ⅰ基因的多样性与产肉性能相关的遗传标记。以庄河大骨鸡为试验材料,利用PCR-RFLP分子遗传标记技术分析了IGF-Ⅰ基因5′非编码区域的多样性与产肉性能的关系。结果表明：该基因存在AA、AB、BB 3种基因型,基因型的频率分别为0.445、0.300、0.255,A基因和B基因频率分为0.595和0.405;BB型个体的活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腿肌重、平均日增重和料肉比分别显著的高于AA型和AB型(P<0.05),其他性状差异不显著(P>0.05);AB型和AA型各性状间不差异(P>0.05)。IGF-Ⅰ基因的BB型对鸡的产肉性能有显著影响,但是,其是否可以作为庄河大骨鸡产肉性能的重要遗传标记还需做进一步研究。     

牦牛MSTN基因内含子Ⅱ遗传多样性研究

利用PCR-SSCP技术研究了5个牦牛群体共计401头个体的MSTN基因第2内含子的多态性.结果表明:牦牛MSTN基因第2内含子存在多态性,测序发现该片段第192 bp处有一个A 到G的单碱基突变.所检测的5个牦牛群体中,除新疆巴州牦牛群体未检测到AA基因型,其他4个群体中均发现AA、AB和BB 3种基因型,大通牦牛、甘南牦牛、青海高原牦牛群体中均以BB型为优势基因型,而天祝白牦牛和新疆巴州牦牛则以AB为优势基因型.不同牦牛群体中均检测到A,B两个等位基因,并且B基因频率均高于A基因频率,B等位基因为各牦牛群体中的优势等位基因.各群体经过χ~2检验,在该基因座上,甘南牦牛、天祝白牦牛、青海高原牦牛3个群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),大通牦牛、新疆巴州牦牛两个群体处于不平衡状态(P＜0.05).分析了5个牦牛群体的遗传结构,发现大通牦牛的基因杂合度、有效等位基因数、多态信息含量等均最低,分别为:0.171,1.207,0.157;而天祝白牦牛的基因杂合度,有效等位基因数、多态信息含量等均最高,分别为:0.490,1.961,0.370;新疆巴州牦牛的基因杂合度、有效等位基因数、多态信息含量等均略低于天祝白牦牛.     

内蒙古地区3个马品种ELA-DRA* exon2的PCR-SSCP分析

为了检测内蒙古地区3个马品种ELA_DRA*exon2的多态性,通过PCR_SSCP技术内蒙古地区3个马品种(三河马、锡尼河马和巴尔虎马)各50匹的ELA_DRA*exon2进行检测,用12%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳将已变性的PCR扩增产物分离,并用银染法显色。结果表明,150匹马中共出现6种基因型:3种纯合子分别记为AA,BB和CC型,均为3条带;3种杂合子分别记为AB,BC和AC型,均为4条带。其中A等位基因频率最高,B次之,而C只在三河马中出现。因此说三河马ELA_DRA*exon2的多态性比锡尼河马和巴尔虎马丰富。