威氏绿绒蒿不同时期类黄酮与金属离子含量的变化分析

以威氏绿绒蒿(Meconopsis wilsonii)花蕾期、开裂期、全展期的花瓣为材料,采用紫外分光光度法、火焰原子吸收法对不同时期花瓣中类黄酮含量和金属离子含量进行测定,以期发现类黄酮、金属离子与威氏绿绒蒿花瓣呈色之间的关系。结果表明,威氏绿绒蒿花瓣类黄酮含量随花瓣发育的总体变化规律为前期增加、后期减少,类黄酮含量在各个时期存在显著性差异(P<0.05)。金属元素含量以K、Ca、Mg居多,Cu元素含量始终维持在最低水平;其中Fe、Ca、K 3种元素与花色显色呈正相关,含量变化整体呈先下降后上升趋势,同时类黄酮含量变化与此3种元素含量变化一定程度上存在相似性,在花蕾期白色阶段(B1时期) 3种元素含量较其他时期都高,随类黄酮含量积累至花蕾期粉紫色阶段(B2时期) 3种元素含量减少,推测Fe、Ca、K 3种元素与类黄酮结合形成复合物;Zn元素在各时期变化并不明显,推测Zn元素一定程度上参与花色形成,并不是主要参与者。本研究通过对威氏绿绒蒿不同时期花瓣中类黄酮含量和金属离子含量进行测定,进一步深化对其花色形成的认知,以期为绿绒蒿花色研究提供理论依据。     

基于转录组数据解析大花君子兰花瓣花青素代谢差异

大花君子兰是世界上重要的观赏植物,其花瓣颜色在花蕾不同发育时期具有显著差异。本研究通过对花蕾3个不同发育时期花瓣进行高通量转录组测序,进而探讨君子兰花瓣发育过程中与其花色相关的基因表达情况。结果表明,共获得167 078条转录本,平均长度为673 bp,有67 512条Unigenes在各数据中被注释。GO功能富集中有24 162条基因被注释,分为分子功能、细胞组分和生物过程3大类和50个亚类。KEGG代谢通路注释中,12 930条被成功注释,主要富集与花青素合成相关的通路,包括苯丙素生物合成途径、类黄酮生物合成途径、异黄酮生物合成途径、花青素生物合成途径和苯丙氨酸代谢生物合成途径。君子兰花蕾在3个发育时期时花青素合成途径中一些关键酶(如CHS, CHI, DFR)和调控基因(MYB和bHLH)的表达量出现了显著差异。     

基于转录组学的不同色系蝴蝶兰花色苷差异积累分析

蝴蝶兰花色丰富且极具变化,是研究花着色机制的理想材料。本研究利用RNA Sequencing(RNA-Seq)技术比较三种不同色系蝴蝶兰花器官转录组,鉴定蝴蝶兰花色苷合成的相关基因,从转录组水平揭示蝴蝶兰花色苷生物合成的分子调控机制。选取白花蝴蝶兰(PAPW)、红花蝴蝶兰(PAPR)和黄花蝴蝶兰(PAPY)为试验材料,对其花苞及盛开花朵分别釆样,分别提取三个样品的总RNA,利用Illumina Hiseq 2 000进行测序分析,过滤处理后分别得到总Clean reads片段为60 031 912、57 685 822和55 765 402个,GC含量分别为47.78%、47.36%和49.48%,平均长度约为575 bp,N50长度为940 bp,对获得的All-unigenes进行功能注释,注释到Swiss-Prot、Nt、KO、Nr、GO和KOG数据库的Unigenes分别是22 321、19 199、8 671、28 952、20 152和10 380个;PAPR和PAPW相比差异基因共有642个,上调基因有354个,下调基因有288个;PAPY和PAPW相比差异基因共有2 459个,上调基因有132个,下调基因2 327个;KEGG代谢分析表明,2个对比组中的差异基因富集在不同代谢通路中。PAPR和PAPW差异基因主要富集在类黄酮生物合成,苯丙氨酸代谢和钙信号通路等代谢通路,其中类黄酮生物合成中差异基因为8个(7个上调,1个下调)。PAPY和PAPW差异表达基因主要富集在DNA复制,烷、哌啶和吡啶生物碱和细胞凋亡等代谢通路,其中,参与到淀粉与蔗糖代谢中的差异基因最多,有34条(1个上调,33个下调)。这些信息为蝴蝶兰不同花色苷形成相关关键基因的研究提供了重要依据。     

金线莲应答高温胁迫的转录组学特征分析

为了研究高温胁迫下金线莲转录组表达特征，分析其热激响应机制。以正常培养和高温胁迫(45^oC)的金线莲(NYJ2)为材料，利用Illumina HiSeq^TM2000平台进行测序，通过Trinity软件进行De novo组装。结果共获得75688个unigene，有28323个unigene在Nr、KOG、KEGG和Swisspro数据库中得到功能注释，注释率为37.42%。其中，17532个unigene在KOG数据库中可归类到25个功能家族；10108个unigene被KEGG数据库注释到128个代谢途径中；17485个unigene被GO数据库的生物过程、分子功能和细胞组成三大功能注释到47个条目中。777个unigene在高温胁迫前后差异表达显著，其中胁迫后上调表达为362个，下调表达为415个，获得响应热胁迫的基因24个，包括热激蛋白的基因1个，PSⅠ和PSⅡ相关的基因15个、叶绿体rbcL基因3个、PLD基因2个，CAT编码基因、GAPDH基因、CYP编码基因各1个。本研究从转录组水平分析了金线莲对热胁迫的响应，这些数据将为功能基因的鉴定奠定基础，为培育耐高温金线莲品系提供了参考依据。     

杜鹃花品种大鸳鸯锦花瓣条纹形成的色素基础和差异表达基因的挖掘

为解析杜鹃品种大鸳鸯锦花瓣粉色条纹形成的分子机制，挖掘与粉色条纹形成相关的关键基因，选取大鸳鸯锦盛花期花瓣，对花瓣白色区域与粉色条纹区域的色素分别进行测定，同时，利用Illumina HiSeq^TM测序平台对它们的转录组进行测序分析，并采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术对测序结果进行验证。结果表明，大鸳鸯锦花瓣粉色条纹的形成是由花色苷积累引起的。花瓣粉色条纹区域与白色区域共鉴定出7 086个差异表达基因(DEGs),其中上调表达基因3 802个，下调表达基因3 284个。与花色苷形成相关的花青素生物合成、苯丙素生物合成和类黄酮生物合成途径在花瓣粉色条纹区域中更为活跃。根据DEGs的GO和KEGG富集分析结果，从与花色苷生物合成代谢相关及其调控途径共筛选出31个DEGs,其中26个为花青素合成代谢结构基因，5个为转录调控基因(3个MYB和2个bHLH);26个花青素合成代谢结构基因共编码9种酶，其中20个基因在花瓣粉色条纹组织中的表达水平明显高于白色花瓣组织；通过NCBI同源搜索发现2个R2R3-MYB和1个bHLH与已知调控果实或叶片中花青素合成有关的同...     

基于转录组测序分析的黄精种子休眠解除相关差异基因研究

旨在获得黄精转录组数据库并挖掘参与其种子发育和休眠解除相关基因,以休眠解除前后的黄精种胚为试材,利用新一代高通量测序手段对供试样品进行转录组测序,并进行系统的生物信息学分析。黄精种子休眠解除前后样品中共得到79716个差异表达基因,上调的表达基因有60074个,下调的表达基因有19642个。休眠解除前后的黄精种胚中共有130284个差异表达基因被GO功能注释到生物进程、分子功能和细胞组分3个大类56个亚类,注释的差异表达基因与代谢过程、生物调控、细胞组分合成和酶催化活性等密切相关。KEGG代谢通路结果表明,共有65038个差异表达基因,涉及138个代谢通路,主要参与碳代谢、次生代谢产物的生物合成和多糖的代谢。基于KEGG数据库中注释结果,共发现15条与黄精种胚休眠解除相关的代谢通路。黄精种子发育与休眠解除过程,大量的种胚形态建成、多糖分解及蛋白质合成差异基因参与表达,并涉及到多个代谢途径的相互作用,构成复杂的休眠解除调控网络。     

贵州山核桃转录组文库构建与测序

为探讨贵州山核桃(Carya cathayensis Sarg.)转录组功能基因信息,首次使用Illumina Hiseq 2500平台对贵州山核桃进行转录组测序分析,共获得43241968个reads片段。经序列组装共计获得98117条unigene,总长度高达80841463 bp,74.22%的unigene长度集中在1~1000 bp之间。功能注释结果显示,有58464个unigene在NR数据库获得注释,注释到葡萄科的占总的unigene 28.7%。另外对获得注释的序列信息进行初步分析,选取生物学特征重要基因(生长相关基因)和油脂合成相关基因进行初步筛查,分别获得15个和16个基因,填补了贵州山核桃转录组功能基因信息空白,为进一步开展贵州山核桃重要品质基因挖掘和功能标记开发奠定了重要的分子基础。     

‘西伯利亚’百合转录组中油菜素甾醇合成基因及信号转导元件

油菜素甾醇(BRs)在植物生长发育的许多过程中都发挥着重要作用。为了获得百合中BR信号相关的基因信息,对‘西伯利亚’百合高通量测序的转录组数据进行分析,共在Nt,GO,KEGG,KOG和Nr数据库中注释到了94 345条unigene,5个数据库同时注释的基因为5 396条。在差异表达基因中筛选到参与BRs合成的基因DET2,CPD,DWF4,CYP90D1和CYP85A1,其中DWF4和CYP85A1在花药中表达量较高,DET2和CYP90D1在花瓣中表达量较高,CPD在叶片中表达量较高。同时,还筛选到了参与BR信号传导的5个基因,BRI1在叶片中的表达量低于花瓣和花药,而PP2A在叶片中的表达量高于花瓣和花药。BZR1在花瓣中的表达量最高。     

药用植物紫红獐牙菜的转录组信息分析

紫红獐牙菜是重要的民族药,本研究采用高通量测序技术对紫红獐牙菜进行转录组测序并分析。结果显示,完成的15个样品的转录组测序,获得112.17 Gb Clean data,各样品Clean data均达到6.18 Gb,Q30碱基百分比在94.96%及以上。组装后共获得47 106条unigene,其中长度在1 kb以上的unigene有18 971条。通过与KEGG、GO、KOG、COG等多个数据库进行比对,对unigene进行功能注释,共获得35 375条unigene。GO数据库中注释到的26 570条unigene,可分为生物学过程、细胞组分和分子功能三大类共44个亚类。以KEGG数据库为参考,21 321条基因被注释,参与的代谢通路分为5大类,分别是细胞过程、环境信息处理、遗传信息处理、代谢和有机系统,其中与代谢相关的通路最多,约占所用通路的72.5%;KEGG代谢通路分析发现紫红獐牙菜中1 147条unigene参与到22个次生代谢标准通路中,有77条unigene参与编码环烯醚萜苷类合成通路中的25个关键酶。此外,紫红獐牙菜转录组中找到9 027个SSR重复位点,6种SSR...     

枣裂果相关的基因筛选

为了解枣果实开裂与基因表达的关系,并筛选出与裂果相关的基因,本研究以易裂品种‘伏脆蜜’为材料,利用Illumina测序平台对裂果和非裂果部位果皮进行转录组测序分析,结果表明裂果部位和非裂果部位两个样品中分别获得10 025和10 041个表达基因,其中9 802个基因在两个样品中都有表达,有223个基因在裂果部位中特异表达,有239个基因在非裂果部位中特异表达;在裂果果皮部位对比非裂果果皮部位中筛选出差异表达基因161个,其中上调表达基因39个,下调表达基因122个。通过对基因功能和KEGG代谢通路上基因差异表达筛选,主要在合成木质素的通路上发现2个基因(gene16874和gene17086);在植物激素信号转导中,发现1个AUX/IAA (gene26281)、1个ARF (gene22744)和1个SAUR (gene7576)及1个JAZ(gene2607)基因;在植物病原体相互作用代谢通路中,2个CML (gene19427和gene19466)基因;在淀粉和蔗糖代谢通路中,有1个β-淀粉酶(gene32293)基因和1个Endoglucanase 12 (gene3673)基因。结合转录组数据分析和利用RT-qPCR验证,上述10个差异表达基因在裂果果皮中都高表达,说明这10个基因可能参与裂果的发生过程。     

低温胁迫对冰菜转录组水平响应分析

利用二代高通量测序技术对低温胁迫处理的冰菜进行测序,构建冰菜转录组数据库.分别得到24.13 Gb有效数据和24045条Unigene的注释,得到DEGs 1902个(T0 vs T1)和2134个(T0 vs T2).T0 vs T1组和T0 vs T2组分别有40和41个功能小类化归GO数据库;分别有20和24个功能分类注释到KOG数据库;155和272条基因注释到KEGG数据库,并分别富集在74和105条代谢通路.T0 vs T1组DEGs主要注释到植物信号转导等4个代谢通路;T0 vs T2组DEGs注释到苯丙醇类生物合成等11个代谢通路,其中正向影响代谢途径:丙酮醇类生物合成、嘌呤代谢、谷胱甘肽代谢、脂肪酸代谢、类黄酮代谢、氨基酸的生物合成代谢途径等;负向影响代谢途径:植物-病原互作、植物激素信号转导、淀粉和蔗糖代谢等途径.通过对淀粉和蔗糖代谢途径关键基因分析表明:低温胁迫1 h (T1),海藻糖6-磷酸合酶、海藻糖-6-磷酸酯酶、β-淀粉酶、葡萄糖-1-磷酸腺苷酰转移酶、糖原磷酸化酶等5个关键基因表现为上调表达,未见下调表达基因;低温胁迫36 h (T2),海藻糖-6-磷酸合酶、己糖激酶、β-淀粉酶等3个关键基因上调表达,葡萄糖内酯-1,3-β-葡萄糖苷酶基因下调表达.选取淀粉和蔗糖代谢途径中8个DEGs,经RT-qPCR分析,8个DEGs的相对表达量与转录组表达水平相符.     

长瓣兜兰花2个不同时期转录组分析

为了更好地认识长瓣兜兰,并开发其园艺价值,以长瓣兜兰花器官为材料,利用RNA-seq技术对长瓣兜兰花蕾和花朵进行转录组测序。结果表明,共获得95 659条unigene。将unigene比对到NR、KOG、Swissprot、KEGG等数据库进行注释,共发现有61 629条unigene得到注释,占全部unigene的64.43%。长瓣兜兰转录组unigene在CDD、KOG、NR、NT、PFAM、Swissprot、TrEMBL、GO、KEGG等数据库中被注释的基因数目分别为33 589、28 405、45 568、56 635、23 870、52 141、44 973、54 934、4 893。注释结果显示,长瓣兜兰与油棕同源的序列最多。GO注释中可将其分成3大类71个小组,KOG数据库注释可将其分成25个功能类别;根据KEGG注释和通路富集结果,共有4 893条unigene参与了23类327个代谢途径。经MISA软件对unigene进行SSR检测,发现在95 659条unigene中有7 613条有SSR,共搜索到8 160个SSR位点,其长度范围分布在10～230 bp之间,平均长度为66.95 bp。SSR丰富度最高的是二核苷酸,占比为33.72%,其次为一核苷酸和三核苷酸,分别占比32.12%和26.11%。本研究通过对长瓣兜兰进行转录组测序,获得了大量基因序列,了解了长瓣兜兰花器官基因的大致表达情况,为长瓣兜兰花器官发育相关基因的发掘与利用、SSR分子标记的开发以及其基因组的测序与组装提供了参考,也为后续在分子生物学层面对长瓣兜兰开展深入研究奠定基础。     

基于转录组测序技术挖掘大豆蛋白质合成相关基因

通过转录组测序技术挖掘蛋白质合成相关基因,为解析蛋白质合成机制奠定基础。以遗传背景相近但蛋白含量差异较大的大豆高蛋白品系冀HJ117(蛋白质含量52. 99%)及其回交亲本冀豆12(蛋白质含量46. 48%)为研究材料,利用转录组测序技术和生物信息学分析,以期挖掘大豆籽粒蛋白质合成相关基因。通过对转录组数据中冀HJ117和冀豆12差异表达基因的分析筛选,共得到336个差异表达基因,其中冀HJ117较冀豆12有195个上调表达基因,141个下调表达基因。通过GO功能富集分析,发现在分子功能类型中注释的差异基因主要与催化和连接等功能相关; KEGG显著富集分析发现差异表达基因主要富集在蛋白质内质网合成途径中,该途径共筛选到34个差异表达基因,其中33个基因在冀HJ117中表达量较高。从该途径中筛选出9个候选基因,采用荧光定量PCR方法检测其表达量,表达趋势与RNA-Seq检测结果基本一致,证实了RNA-Seq数据的可靠性。RNA-Seq测序结果获得了与蛋白质合成相关基因的基本信息,蛋白质内质网合成途径可能是冀HJ117与冀豆12蛋白质含量产生差异的重要通路。     

花蕾型和普通型灰毡毛忍冬花冠开裂过程的转录组比较分析

为探索花蕾型灰毡毛忍冬花冠不开裂、花蕾期长等特性背后的分子机制,本研究以花蕾型品种‘龙花’和普通型品种‘白云’为实验材料,利用RNA-Seq技术对灰毡毛忍冬花冠开裂过程3个不同时期的花进行转录组比较分析。结果显示,各样品的Clean reads介于18685062~28236097条之间,拼接共得到146481个Unigenes,N50为1415 bp,平均长度为952 bp,其中66449个Unigenes得到功能注释,占Unigene总数的45.36%。相比于‘龙花’‘,白云’共有5525个Unigenes在花冠开裂初期差异表达;9559个Unigenes在中期差异表达,13420个Unigenes在末期差异表达。对上述差异基因进行GO分析,分别有37个、58个、59个GO类别在‘白云’花冠开裂过程初期、中期和末期被显著富集。差异基因KEGG分析显示分别有7个、5个和1个代谢通路在‘白云’花冠开裂初期、中期和末期显著富集,主要涉及淀粉和蔗糖的代谢、植物激素信号转导、苯丙素生物合成、核糖体等代谢通路。此外,还在转录组数据中挖掘得到13个MADS-box基因在两个品种间的花冠开裂过程中有差异表达。本研究可为后续灰毡毛忍冬花冠开裂关键基因的挖掘、克隆与功能分析提供参考,为探明灰毡毛忍冬花冠开裂的分子机理以及灰毡毛忍冬优良新品种的分子遗传育种提供科学依据。     

槟榔果实不同发育时期的转录组分析及差异基因的筛选

为了探知槟榔(Areca catechu L.)果实发育过程及挖掘其主要次生代谢产物生物合成途径相关的关键酶基因,本研究以3个不同时期的槟榔果皮和种子为研究材料,利用高通量测序技术测序,组装共获得78320条unigenes,其中35 399条unigenes在NR、Swiss-Prot、KOG、KEGG四大数据库得到注释。在错误发现率FDR<0.05、差异倍数FC (Fold Change)≥2的条件下,G140和S140的差异表达基因共有21 065个,其中上调的有11 811个,下调的有9 254个;G110和S140次之,共有20 613个unigenes,其中上调的有8 314个,下调的有12 299。KEGG分析中共有570个DEGs被注释到次生代谢标准生物合成通路。其中,有149个DEGs被注释到苯丙烷生物合成途径,分别有37个DEGs被注释到莨菪烷类、哌啶和哌啶生物碱生物合成和异喹啉生物碱生物合成途径。RT-qPCR结果表明转录组数据真实可靠。本研究初步筛选了与槟榔主要次生代谢物生物合成相关的关键酶基因,为槟榔基因功能鉴定、次生代谢途径解析及调控机制的研究提供理论...     

基于转录组测序筛选黄牛低氧适应性相关差异基因

为探明藏黄牛对低氧适应的相关差异表达基因并分析差异表达基因功能和代谢通路,以藏黄牛和三江黄牛心脏组织为研究对象,提取总RNA,建立测序文库后利用Illumina HiSeqTM 4000进行测序,经生物信息学分析筛选出差异表达转录本,并对差异表达基因进行GO富集和KEGG通路分析,最后采用荧光定量PCR(RT-qPCR)验证测序数据的准确性。结果表明:藏黄牛相比于三江黄牛得到显著差异表达基因608个,其中上调基因467个,下调基因141个,推测表达量较高的B2M、COX7C、NFATC1、ECE1、CAST基因是与低氧适应性相关的基因;差异转录本GO功能富集分析可知,在分子功能、细胞组分、生物过程分别富集到327,253,2 191个条目,其中富集程度最高的条目分别是细胞发育过程、结合与转录因子活性、细胞前缘。KEGG分析结果表明,差异转录本显著富集在8条通路,筛选低氧适应性候选基因NFATC1是MP-PKG信号通路与T细胞受体信号通路成员,推测其通过cGMP-PKG通路与T细胞受体信号通路参与低氧适应性调控。采用高通量测序技术对藏黄牛和三江黄牛心脏组织进行转录组测序分析,获得大量差异表达基因,为研究动物低氧适应性机制奠定基础。     

棉花无腺体近等基因系差异表达基因分析

为了揭示棉花腺体发育的分子机制,本研究利用RNA-Seq对棉花无腺体性状近等基因系Z12/Z12YW的幼嫩叶片进行转录组测序,寻找差异表达基因。转录组测序结果表明,与有腺体棉Z12相比,无腺体棉Z12YW中共有306个基因表达发生变化,其中282个基因下调,24个基因上调。差异表达基因GO(Gene ontology)功能注释显示,细胞组分、胞外基质组分的功能变化以及细胞杀伤生物学过程在腺体形成过程中发挥重要作用;COG(Cluster of orthologous groups)功能和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路显著性富集发现,棉酚等萜烯物质的合成主要受甲羟戊酸途径上游基因的表达调控。此外,本研究共筛选到13个差异表达转录因子,可能在腺体发育和棉酚合成过程中发挥关键作用。     

高抗旱性二倍体马铃薯材料转录组分析及抗旱基因的初步挖掘

为探究不同干旱胁迫时间处理下,二倍体马铃薯材料对干旱胁迫响应的分子机制,挖掘抗旱相关基因。以高抗旱二倍体资源A90为试验材料,利用转录组测序技术对PEG-6000胁迫下不同时间的差异表达基因进行分析,通过GO富集、KEGG通路分析与转录因子预测参与马铃薯干旱胁迫响应的差异表达基因,初步挖掘抗旱调控关键基因;并通过RT-qPCR对3个抗旱候选基因进行逆境胁迫表达分析。结果表明：A90在20%PEG-6000胁迫处理3,6,24 h与对照相比,共有2 519个差异表达基因,这些基因主要富集在植物激素信号转导、谷胱甘肽代谢、苯丙烷生物合成、戊糖和葡萄糖醛酸相互转化等抗旱相关过程中。并且显著富集在通路上的340个共差异表达基因中有53个基因注释到了RLKs、AP2/ERF和Tify等15个转录因子家族中,其中StST/K1、StERF1和StTify1的表达量较高,有可能是抗旱调控关键基因。基因StST/K1和StERF1受到干旱和低温胁迫主要在材料的根和叶中上调表达,基因StERF1在盐胁迫下在材料的根、茎和叶中均上调表达;基因StTify1在受到干旱在材料的茎和叶中上调表达,受到盐胁迫在材...     

棉花种子质量突变体ims-15及其近等基因系种子发育期转录组分析

为了解析棉花种子质量突变体ims-15千粒质量降低的相关机制,以该突变体和其近等基因系Ji737系为试验材料,利用Illumina平台测定了开花后30 d种胚的转录组,并利用实时荧光定量PCR技术对测序结果进行验证。共筛选获得4 239个差异表达基因,其中,在ims-15中上调表达基因2 229个(52.6%),下调表达基因2 010个(47.4%)。GO功能富集分析表明,差异表达基因显著富集在生物过程中的细胞壁高分子代谢、光合作用-光能捕获、细胞壁高分子代谢、光合作用等7个条目,分子功能中的叶绿素结合、四吡咯结合、铁离子结合等4个条目和细胞组分中的光系统、类囊体、光合膜等9个条目,其中光合作用相关条目注释到的差异基因中下调基因占比达85.11%,且光能捕获、叶绿素结合和光系统Ⅰ等3个条目注释到的差异基因均为下调基因。KEGG富集分析表明,光合作用-天线蛋白、类黄酮生物合成、植物激素信号转导、苯丙素的生物合成、MAPK信号途径、糖酵解/糖异生、淀粉和蔗糖代谢等20个代谢通路显著富集,其中光合作用-天线蛋白通路的富集程度最高且该通路注释到的18个差异表达基因均在ims-15中下调表达,植物激素信号转导通路中富集到的差异基因最多。此外,发现有大量转录因子如WRKY、Dof和AP2/EREBP等家族成员影响种子粒质量的形成。qRT-PCR和RNA-seq数据相关系数R~2=0.955 9,验证了RNA-seq结果的可靠性。基于各项分析结果,明确了一些与种子质量发育密切相关的代谢途径,尤其胚性光合作用途径在种子质量形成中起重要作用;发现了植物激素信号转导途径和转录因子在种子质量形成中起着重要调控作用。     

水分胁迫条件下"洛旱2号"小麦根系的基因表达谱

为探讨小麦水分胁迫反应的分子调控机制，以抗旱小麦品种“洛旱2号”根系为材料，采用Affymetrix小麦基因芯片比较了20％PEG6000溶液处理后根系及对照的基因表达谱。结果表明，洛旱2号根系中受水分胁迫诱导而上调和下调表达的基因分别有3743个（4074个探针组）和4573个（5043个探针组），下调表达的基因远远多于上调表达的基因，其中上调2倍以上的1593个（1716个探针组），下调2倍以上的2238个（2451个探针组）。通过Affymetrix的NetAffx Analysis Center查询和NCBI的BLASTx分析，差异表达2倍以上的基因中有619个已注释了功能，利用MIPS数据库将注释基因分为10类，包括生物代谢、逆境胁迫反应、细胞组分生成、蛋白合成、细胞信号交流、细胞运输、转录相关、细胞分裂和蛋白质加工等。差异表达16倍以上的基因中有32个已注释了功能，其中与逆境胁迫反应相关的基因16个，与生物代谢相关的基因5个。利用实时定量RT-PCR对8个代表性候选基因在水分胁迫条件下的差异表达特性分析表明，其结果和芯片杂交分析的结果基本一致。