渝棉1号优质纤维QTL的标记与定位

利用陆地棉遗传标准系TM-1和优质品种渝棉1号组建了(TM-1×渝棉1号) F₂和F_2:3分离群体。通过5 544对SSR引物对亲本进行筛选，获得178个多态性标记，用其中138个构建了总长为959.7 cM的遗传图谱，覆盖棉花基因组的19%。应用复合区间作图法分析了该组合的F₂单株和F₃家系纤维品质性状，共检测到12个纤维品质数量性状基因座(QTL)，包括1个纤维长度的、4个纤维强度的、3个马克隆值的、3个整齐度的和1个伸长率的，分别解释各性状表型变异的6.1%、5.31%~14.62%、7.88%~19.17%、7.4%~11.71%和8.26%。研究还发现Chr.23和Chr.24是优质纤维QTLs的富集区。     

鲁棉研15号纤维品质性状QTL定位研究

 以陆地棉（Gossypium hirsutum L.）杂交种鲁棉研15号的F₂群体为作图群体，利用SSR标记和JoinMap3.0软件构建遗传连锁图谱；利用复合区间作图法分别对随机组成的3个鲁棉研15号的F_2:3家系亚群体进行纤维品质性状QTL定位。构建的遗传连锁图谱包含116个多态位点，25个连锁群，全长892.25 cM，覆盖棉花总基因组的20.05%，平均每个连锁群4.64个标记，标记间平均距离7.76 cM；根据已有图谱的定位结果，19个连锁群与染色体建立了联系。在3个F_2:3家系亚群体中共检测到46个QTL，其中16个为纤维长度（FL）QTL、7个为纤维强度（FS）、12个为麦克隆值（FM）、6个为伸长率（FE），5个为整齐度指数（FU）。发现在A_h05、A_h08、A_h09、D_h02染色体上QTL有成簇分布的现象，并在3个亚群体中检测到一些受环境影响较小、稳定遗传的QTL。这些QTL可以在今后应用于分子标记辅助选择。     

玉米SSR连锁图谱构建与株高及穗位高QTL定位

用玉米自交系组合R15×掖478的F₂群体构建连锁图谱，并通过1年2点随机区组试验设计，考察玉米229个F_2:4家系成株期的株高和穗位高。所建连锁图谱上共拟合146个SSR标记位点，覆盖基因组1 666 cM，标记间平均距离为11.4 cM。用复合区间作图法进行QTL分析，共检测到8个控制株高的QTL，分别位于第2、3、4、5和8染色体；3个控制穗位高的QTL位点，位于第4染色体。单个株高QTL的贡献率变幅为6.67%~11.59%，单个穗位高QTL贡献率变幅为10.46%~12.15%。     

转基因抗虫棉产量相关性状QTL的分子标记及定位

 采用亚洲棉渐渗的纤维强度突出的陆地棉优质新品系0-153与陆地棉转基因抗虫新品系sGK9708为亲本，构建了F₂及F_2∶3分离群体。利用3869对SSR引物筛选亲本，得到125对多态性引物。进一步对183个F₂群体单株分析得到150个多态性标记位点，其中100个标记位点连锁，构建20个连锁群，共覆盖660 cM，占棉花总基因组的14.67%，每个连锁群平均包含5个标记位点，标记间平均相距6.6 cM，其中13个连锁群确定了对应的染色体。利用F₂和F_2:3数据，通过复合区间作图，共检测到28个产量及相关因素的QTLs。这些控制产量性状的QTLs只存在于5个连锁群上，成簇分布。与皮棉产量性状有关的2个QTLs，均与其它多个产量相关性状的QTLs在同一个连锁区段内，增效基因遗传效应方向一致，有必要研究其在标记辅助选择中的效果。本研究没有检测到在多世代表现稳定的QTL。因此，需要培育重组自交系，进一步明确产量性状有关QTL的遗传效应。     

ET-ISJ标记的开发及陆地棉遗传图谱构建

根据植物结构基因外显子拼接位点的保守序列,设计扩增外显子的ET-ISJ (exon targeted intron-exon splice junction)标记引物。利用1 280对ET-ISJ引物组合,在陆地棉品种渝棉1号和T586中,筛选获得69对多态性引物组合,占引物组合的5.4%。用多态性ET-ISJ引物组合检测(渝棉1号×T586)F_2:7重组近交系群体,得到70个位点。以70个ET-ISJ标记位点与523个SSR、59个IT-ISJ、29个SRAP和8个形态标记进行连锁分析,构建的遗传连锁图谱包括59个连锁群和673个位点(68个ET-ISJ、510个SSR、58个IT-ISJ、29个SRAP和8个形态标记)。连锁图覆盖3 216.7 cM,占棉花基因组的72.3%,标记间平均长度为4.8 cM。68个ET-ISJ标记分布于20条染色体。研究表明ET-ISJ标记多态性较高、稳定性好,可有效用于棉花与其他植物遗传连锁图谱构建。     

新疆棉花纤维品质性状的QTL分析

 以自育高品质中长绒棉品种（新陆中9号提高系）9-1696为母本，与主栽品种中棉所35为父本配置单交组合，筛选出12对SSR引物在F₂群体和B1群体进行纤维长度、整齐度、比强度和伸长率4个纤维品质性状的QTL分析,采用区间作图法（LOD>2.0），在F₂群体中检测到6个与纤维品质性状连锁的QTL位点。其中，检测到纤维长度、纤维整齐度、伸长率各1个QTL位点，比强度检测到3个QTL。在B₁群体中检测到2个QTL，分别与比强度和纤维长度连锁。     

陆地棉优质纤维QTL的分子标记筛选及优质来源分析

利用陆地棉优质品系7235、渝棉1号做亲本, 以7235 × 渝棉1号的F2与F2:3分离群体为材料, 开展不同来源棉花高强纤维QTL微卫星标记筛选, 为进一步进行优质纤维QTL聚合育种提供基础。通过5 514对SSR引物对亲本进行多态性筛选, 获得117个多态性标记, 用其中80个标记构建了总长为1 147.8 cM的遗传图谱; 应用复合区间作图法分析了该组合的F2单株和F2:3家系纤维品质性状, 共检测到36个纤维品质数量性状基因座(QTL), 其中与纤维长度、比强度、细度、伸长率及整齐度相关的QTL各6、8、7、8和7个, 分别解释各性状表型变异的3.4%~14.4%、5.0%~42.4%、6.5%~11.7%、5.1%~19.4%和6.9%~14.0%。通过分析来源于7235和渝棉1号高强QTL的染色体分布, 表明两亲本在D7、D8、D9染色体上都存在控制纤维比强度的QTL, 其中存在于D7和D8染色体上来自双亲的QTL紧密连锁, 成簇分布在染色体上的一定区间内。而在D7和D9染色体上也发现双亲完全相同的优质QTL, 其优质供体可能来自陆地棉优质品系PD4381。进一步分析了获得的QTL在聚合育种中的应用潜力。     

大豆脂肪及脂肪酸组分含量的QTL定位

脂肪及脂肪酸组分的改良是大豆油脂品质育种的主要方面。本研究旨在构建遗传图谱，定位大豆脂肪及脂肪酸组分的QTL，为大豆油脂品质育种提供参考。以Essex×ZDD2315的114个BC₁F₁单株为作图群体，构建了250个SSR标记和1个形态标记，具有25个连锁群的遗传图谱，覆盖大豆基因组2 963.5 cM，平均每个连锁群上10.0个标记，标记平均间距11.8 cM。用BC₁F₃家系3个重复的表型平均值代表相对应的BC₁F₁单株表型值，采用Win QTL Cartographer 2.5复合区间作图法（CIM）检测到18个控制脂肪及脂肪酸组分含量的QTL，位于9个不同的连锁群上，表型贡献率为9.6%~34.5%；多区间作图法（MIM）检测到与CIM区间相同的7个QTL（fat-1, pal-1, st-1, ole-1, lin-1, lin-4和lio-2），区间相近的2个QTL（ole-4和lin-5），位于6个不同的连锁群上，表型贡献率为8.2%~39.3%。CIM法检测到的其他9个QTL有待进一步验证。大豆脂肪及脂肪酸组分含量的主效QTL数量不多，效应大的不多，可能还受许多未能检测出来的微效基因控制，育种中既要注意主效QTL的利用，又要考虑微效多基因的积聚。     

玉米种子休眠性的QTL定位

选用两个种子休眠性差异较大的普通玉米自交系R08与A318组配的F2群体共331个单株，构建了包含137个SSR标记的分子遗传连锁图谱，覆盖玉米基因组2 076.7 cM，平均图距15.2 cM。采用复合区间作图法对F_2:3家系种子休眠性数据进行分析，共检测到7个QTL，分别位于玉米第1、3、5和10染色体上。7个QTL的贡献率在2.45%~26.     

陆地棉高品质品系纤维品质性状QTL的分子标记及定位

为进一步挖掘利用高品质品系NM03102的优异纤维品质性状的基因,利用陆地棉鲁棉研21作为母本、NM03102为父本构建了F2和F2∶3分离群体。通过7892对SSR引物对亲本进行筛选,获得222对多态性引物,进一步对195个F2群体单株分析得到242个标记位点。其中,182个标记位点连锁构建37个连锁群,共覆盖1661.6 cM,每个连锁群平均包含4.9个标记位点,标记间平均相距9.1 cM,其中35个连锁群被定位到了20条染色体上。利用F2和F2∶3纤维品质数据,通过复合区间作图法,共检测到20个纤维品质性状QTL。其中,1个纤维强度的QTL和1个纤维整齐度的QTL与已有的报道一致,1个纤维强度的QTL和1个麦克隆值的QTL在两世代中稳定存在,这为标记辅助选择奠定了基础。     

Construction of a genetic linkage map and QTL analysis of fiber-related traits in upland cotton (Gossypium hirsutum L.)

A genetic linkage map with 70 loci (55 SSR, 12 AFLP and 3 morphological loci) was constructed using 117 F₂ plants obtained from a cross between two upland cotton cultivars Yumian 1 and T586, which have relatively high levels of DNA marker polymorphism and differ remarkably in fiber-related traits. The linkage map comprised of 20 linkage groups, covering 525 cM with an average distance of 7.5 cM between two markers, or approximately 11.8% of the recombination length of the cotton genome. The present genetic linkage map was used to identify and map the quantitative trait loci (QTLs) affecting lint percentage and fiber quality traits in 117 F_2:3 family lines. Sixteen QTLs for lint percentage and fiber quality traits were identified in six linkage groups by multiple interval mapping: four QTLs for lint percentage, two QTLs for fiber 2.5% span length, three QTLs for fiber length uniformity, three QTLs for fiber strength, two QTLs for fiber elongation and two QTLs for micronaire reading. The QTL controlling fiber-related traits were mainly additive, and meanwhile including dominant and overdominant. Several QTLs affecting different fiber-related traits were detected within the same chromosome region, suggesting that genes controlling fiber traits may be linked or the result of pleiotropy.     

T1 locus in cotton is the candidate gene affecting lint percentage, fiber quality and spiny bollworm (Earias spp.) resistance

A genetic linkage map of chromosome 6 was constructed by using 270 recombinant inbred lines originated from an upland cotton cross (Yumian 1 × T586) F₂ population. The genetic map included one morphological (T₁) and 18 SSR loci, covering 96.2 cM with an average distance of 5.34 cM between two markers. Based on composite interval mapping (CIM), QTL(s) affecting lint percentage, fiber length, fiber length uniformity, fiber strength and spiny bollworm resistance (Earias spp.) were identified in the t₁ locus region on chromosome 6. The allele(s) originating from T586 of QTLs controlling lint percentage increased the trait phenotypic value while the alleles originating from Yumian 1 of QTLs affecting fiber length, fiber length uniformity, fiber strength and spiny bollworm resistance increased the trait phenotypic value.     

陆地棉转录因子的染色体定位

利用植物转录因子PTFD数据库1 116条陆地棉转录因子DNA序列设计的1 455对SSR引物，筛选陆地棉品种/品系渝棉1号、中棉所35、7235和T586，获得66对多态性引物。它们涉及到27个转录因子家族的64个转录因子，其中渝棉1号与中棉所35间23对多态性引物，渝棉1号与T586间30对多态性引物，渝棉1号与7235间33对多态性引物。以多态性引物检测对应重组近交系群体，共获得93个位点。其中，(渝棉1号×中棉所35)群体23个位点，(渝棉1号×T586)群体32个位点，(渝棉1号×7235)群体38个位点。利用转录因子SSR位点与实验室已定位的SSR位点进行遗传连锁分析，将84个位点定位于23条染色体上，其中32个位点分布于A染色体组，52个位点分布于D染色体组。     

陆地棉产量相关性状的QTL定位

中棉所28和湘杂棉2号分别是以中棉所12×4133和中棉所12×8891配制而成的两个陆地棉强优势杂交种。以其F₂为作图群体，筛选6000多对SSR引物，利用两群体间27个共有多态位点，通过JoinMap 3.0软件整合了一张包含245个多态位点、全长1847.81 cM的遗传图谱。利用Win QTLCart 2.5复合区间作图法分别对两群体8个产量相关性状在F₂和F_2:3中进行QTL定位，在中棉所28群体多环境平均值的联合分析中检测到16个QTL，三环境分离分析中检测到43个QTL；在湘杂棉2号群体分别检测到20个和66个QTL。在A3、D8、D9等染色体上有QTL成簇分布现象，同时在两个群体中发现一些不受环境影响且稳定遗传的QTL。对考察的8个性状在两个群体中发现12对共有QTL，控制果枝数、衣分和籽指的QTL增效基因位点均来源于共同亲本中棉所12。综合分析推测中棉所12的育种价值主要是通过提高后代的结铃性来实现的。研究结果为棉花产量性状的分子设计育种提供了有用的信息。     

Genetic mapping of quantitative trait loci for fiber quality and yield trait by RIL approach in Upland cotton

The improvement of cotton fiber quality has become more important because of changes in spinning technology. Stable quantitative trait loci (QTLs) for fiber quality will enable molecular marker-assisted selection to improve fiber quality of future cotton cultivars. A simple sequence repeat (SSR) genetic linkage map consisting of 156 loci covering 1,024.4 cM was constructed using a series of recombinant inbred lines (RIL) developed from an F₂ population of an Upland cotton (Gossypium hirsutum L.) cross 7235 × TM-1. Phenotypic data were collected at Nanjing and Guanyun County in 2002 and 2003 for 5 fiber quality and 6 yield traits. We found 25 major QTLs (LOD ≥ 3.0) and 28 putative QTLs (2.0 < LOD < 3.0) for fiber quality and yield components in two or four environments independently. Among the 25 QTLs with LOD ≥ 3, we found 4 QTLs with large effects on fiber quality and 7 QTLs with large effects on yield components. The most important chromosome D8 in the present study was densely populated with markers and QTLs, in which 36 SSR loci within a chromosomal region of 72.7 cM and 9 QTLs for 8 traits were detected.     

利用海岛棉染色体片段导入系定位衣分和籽指QTL

以染色体片段导入系IL-15-5和IL-15-5-1构建的F2和F2:3分离群体,利用SSR标记对数量性状衣分和籽指QTL进行了定位。应用复合区间作图法分析两个组合的774个F2单株和F2:3家系衣分和籽指,检测到2个衣分的QTL,1个籽指的QTL。衣分QTLqLP-15-1在两世代中都被检测到,位于相同的分子标记置信区间JESPR152～NAU3040,置信的遗传距离分别为5.40cM和3.20cM;qLP-15-2只在F2:3中被检测到,位于分子标记NAU5302～NAU2901之间,置信的遗传距离为0.08cM。籽指QTLqSI-15-1在F2和F2:3中都被检测到,分别位于分子标记NAU2814～NAU3040和JESPR152～NAU3040,置信的遗传距离分别为6.70cM和5.70cM。利用染色体片段导入系能准确地定位产量组分的QTL,为棉花产量的分子设计育种奠定基础。