微卫星序列的长度多态性及在大豆研究中的应用

微卫星序列广泛存在于真核生物基因组中,不同的物种中微卫星序列的含量以及占优势的微卫星序列类型各不相同。微卫星序列在复制过程中易于发生长度突变,在进化过程中,微卫星序列的长度变化维持在一定的范围内。由于微卫星标记多态性高、重复性好,操作简单,因此在大豆遗传多样性、大豆遗传图谱构建、大豆QTL以及分子标记辅助育种研究等领域中都有着重要的应用价值。     

水稻ACGM遗传标记在谷子中的可转移性研究与应用

为了检验水稻基因组分子标记在谷子基因组中的可转移性及多态性,选取59份不同的谷子材料,利用基于水稻基因组数据设计的38个扩增共有序列遗传标记（ACGM）进行分析,并采用DARwin5.0.156软件对供试材料进行了分子聚类分析。结果表明：33对引物可以在至少5份以上谷子材料中获得扩增产物,占引物总数的87%。其中,在供试材料之间有多态性的引物共7对,占引物总数的18.4%。供试材料的分子聚类结果表明,采用水稻ACGM标记进行的聚类并没有按谷子的表型数据或生态类型聚在一起,其原因尚需进一步研究。这些结果表明基于水稻基因组序列开发的ACGM标记在谷子中具有较高的可转移性,但与其他作物相比,这些ACGM标记在谷子中的多态性偏低。     

水稻PSM标记的发展及抗虫基因的分子定位

水稻是世界上最重要的粮食作物之一 ,为世界近一半人口提供食物来源。水稻微卫星图谱的构建有利于遗传基础的研究及分子育种。本研究通过发展位置特异性微卫星标记 ,对微卫星标记进行了图谱的整合 ,并利用微卫星等标记对水稻抗稻瘿蚊基因Gm6和抗褐飞虱基因Bph3进行了分子定位。主要研究结果如下 :1、利用网上公布的序列信息进行位置特异性微卫星引物的设计和微卫星图谱的整合。共发展了 198个PSM标记 ,有 10 5个标记的基序为GA/CT重复 ,占 5 3 3% ,绝大多数标记 (98 0 % )的重复序列长度在 2 0bp以上。将原有微卫星标记和本实验发展的PSM标记整合到RGP遗传图谱上 ,整合后总的SSR标记数为 718个 ,新图谱的遗传距离总长度为 15 2 7 2cM ,平均标记密度为每 2 13cM有一个SSR标记 ,其中第 1染色体的标记最密 (1 73cM /个 ) ,而第 11染色体的标记密度最低 (3 32cM /个 )。将本研究发展的微卫星图谱与IRMI发表的高密度微卫星进行了比较 ,结果显示本研究发展的微卫星图谱标记分布比较均匀 ,只有 3个区域标记间遗传间距在 10cM以上 ,5个区域在 8- 10cM ,而IRMI微卫星图谱分别有 17和 12个。2、采用G2 4 17- 2 - 1×抗蚊青占 (2 39株 )和G30 0 4 - 4×抗蚊青占 (2 4 3株 )两个F2 作图群体对水稻抗稻瘿蚊进行了分     

InDel分子标记及其在水稻研究中的应用

InDel (insertion-deletion)分子标记是指根据在近缘物种或同一物种不同个体间基因组同一位点的序列发生不同大小DNA片段的插入或缺失(insertion-deletion)而设计的多态性引物.它具有分布密度大、准确性高,重演性好的特点,已广泛应用于水稻的遗传分析和分子辅助育种研究中.本研究对InDel分子标记的开发利用进行了综述,并着重总结了其在水稻的籼粳分化、遗传多样性分析、基因定位以及功能标记开发等方面的应用进展,旨在为今后更好地开展水稻MAS育种研究提供参考.     

大豆品种间DNA限制性片段长度多态性（RFLP）的分析

用６２个大豆ＤＮＡ分子探针与５种限制性内切酶组合，对大豆基因组ＤＮＡ限制性片段长度多态性（ＲＦＬＰ）进行分析，结果表明，所选用的两对材料，其多态性ＲＦＬＰ标记的频率均高达６０％，可作为ＲＦＬＰ作图较理想的亲本，ＲＦＬＰ标记的多态性类型表现为共显性，少数为显性，其中一些标记揭示了２个或２个以上的独立分离的基因座位，不同限制性内切酶的揭示多态性的能力上差异不显著，在杂交片段长度上差异显著并都大于预期，     

栽培花生品种间SSR标记多态性及特征分析

通过筛选栽培花生间具有多态性的SSR,分析总结多态性SSR的特征,旨在选择性利用SSR标记,推动栽培种花生遗传图谱构建、相关农艺性状的QTL定位和分子标记辅助育种进程。以秦皇岛光秧、石腰豆、印度窄叶、抗019、四粒红和黑花生6个不同植物学类型的中国栽培种花生为材料,选用不同设计类型的1 523个SSR标记筛选品种间多态性SSR,并对其扩增片段长度、重复基序、重复次数等进行分析。结果表明,1 523个标记中,筛选获得43对多态性SSR标记,产生123个多态性标记位点,多态性标记数占2.8%。43对多态性SSR标记中,以ARS××的多态性最高,在6个品种中多态率达6.8%。统计各种质间具多态性的SSR,其中石腰豆与四粒红间多态性最高,共筛选到56个多态性标记位点;秦皇岛光秧与印度窄叶间多态率最低,筛选到21个多态性标记位点。在123个多态性SSR标记位点中,80%多态性SSR位点片段长度为150~300 bp;18.8%多态标记的重复基序为GA,其次为AG、TC,分别占12.5%,12.5%;多态标记中二核苷酸、三核苷酸重复基序的重复次数在15次以上的占60%。     

ISSR分子标记及其在植物研究中的应用

ISSR(inter simple sequence repeat)分子标记是一种以微卫星序列为引物,进行多位点PCR扩增的技术.ISSR技术简易、快捷,同时兼备AFLP(扩增酶切片段多态性)、SSR(简单序列重复)和RAPD(DNA随机扩增多态性)等分子标记方法的优点.引物设计无需预知基因组序列,只要是目标区域的长度在可扩增范围内,就能扩增出微卫星重复序列间的DNA片段.ISSR标记以其高多态性,已被广泛应用于种质收集、品种鉴定、遗传多样性、系截系、遗传作图、基因定位、标记辅助选择、预测基因组SSR基序的丰度以及SSR引物开发等研究.本文对ISSR技术及其在植物研究中的应用进行全面的概述.     

利用分子标记鉴定水稻品种的Wx等位基因及其与直链淀粉含量的关系

应用Wx基因的微卫星标记484/485和PCR-AccⅠ分子标记对93份籼、粳水稻品种（系）的Wx基因的多态性进行了研究，并探讨了不同基因型与直链淀粉含量的关系。484/485扩增结果表明，该微卫星标记表现为3种基因型，即Wx1Wx1、Wx2Wx2和Wx3Wx3，其中籼稻以Wx1Wx1和Wx3Wx3为主，粳稻以Wx2Wx2为主，具有Wx1Wx1和Wx2Wx的品种（系）直链     

首批海岛棉基因组来源的微卫星标记的分离、评价和定位

海岛棉(Gossypium barbadense)是世界上最重要的栽培棉种之一。海岛棉纤维品质优良，是优质棉的重要产源。为了研究海岛棉的遗传多样性，为海岛棉育种提供参考依据，从海岛棉遗传标准系中分离基因组来源的微卫星标记用于海岛棉遗传评价。采用两种方法分离微卫星标记，一是用ISSR (inter simple sequence repeat) 引物扩增Pima3-79，克隆测序后从中开发微卫星标记；二是利用简并引物扩增Pima3-79，克隆测序后从中开发微卫星标记。共挑选1 447个克隆，筛选出239个独立克隆。测序后得到214个单一序列，其中包含微卫星并可用于引物设计的序列70个，获得86对引物。86对引物用于扩增56个海岛棉材料和4个陆地棉材料，16对引物没有扩增，43对引物在所有材料中没有多态性；27对引物在海岛棉和陆地棉之间有多态性，19对引物在海岛棉中表现多态性。利用Jaccard相似系数和UPGMA方法进行聚类分析可以明显区分陆地棉和海岛棉，并且将海岛棉分为4类。14对引物在BC₁群体中表现多态性，产生14个位点。9个位点整合到BC₁连锁图的7个染色体上，4个位于A亚基因组，5个位于D亚基因组。海岛棉微卫星标记扩展了棉花微卫星标记，有助于海岛棉遗传多样性的研究，有利于棉花遗传图谱的进一步丰富。     

水稻微卫星标记与遗传多样性的检测

遗传多样性是种内不同群体之间或一个群体内不同个体遗传变异的总和。千百年来，人类就是利用遗传多样性来培育新的农作物品种以对抗新虫害、新病害以及适应多变的气候和环境条件。检测手段从形态到分子水平的发展使得对遗传多样性的检测产生了质的飞跃，微卫星标记等位基因多态性高，通过PCR对其进行测定简单经济，作为第二代分子标记在检测物种的遗传多样性方面是一类很有应用价值的遗传标记。本文概述了微卫星标记在检测水稻遗传多样性中的应用及其数理统计的方法。     

不同发育时期菊芋块茎DNA提取效果比较研究

为筛选菊芋块茎DNA提取的适宜生育时期,以“青芋1号”菊芋品种为试材,用改良CTAB法对不同发育时期菊芋块茎DNA进行提取,经琼脂糖凝胶电泳及全波长分光光度计检测总DNA的纯度、浓度及质量,选用4条ISSR引物进行PCR验证.结果表明:不同发育时期提取菊芋块茎DNA效果较好,DNA浓度呈现单峰曲线变化,峰值出现在第9周,与琼脂糖凝胶电泳检测呈现的亮度结果一致,PCR验证结果显示,提取的DNA能够满足后续相关分子生物学的要求.     

杨树基因组DNA提纯方法的优化及其RAPD鉴定

(安徽农业大学林学与园林学院，合肥 230036)     

小麦条锈菌DNA提取方法的比较研究

以小麦条锈菌夏孢子为实验材料，分析比较了CTAB法、SDS法、尿素法和CTAB/SDS法4种方法对小麦条锈菌基因组DNA的提取效果。结果表明，利用4种方法提取的小麦条锈菌夏孢子DNA的纯度和得率存在一定差异，单位重量夏孢子分离的DNA量依次为：CTAB法＞尿素法＞CTAB/SDS法＞SDS法，而所获得的DNA纯度依次为：CTAB/SDS法＞CTAB法＞SDS法＞尿素法。以不同分离方法获得的小麦条锈菌DNA为模版，利用特异性微卫星引物RJ17进行PCR扩增和电泳分析，4种方法均能满足SSR反应，但CTAB法更适于SSR反应。     

枳壳基因组DNA提取方法的比较研究

以枳壳（酸橙）叶片为试验材料，分别采用改良CTAB法、CTAB-硅珠法、SDS法、高盐低pH值法和周世良法5种方法提取枳壳基因组DNA，并通过紫外分光光度计、琼脂糖凝胶电泳及SSR-PCR扩增3种方法对所提取的DNA样品进行检测。结果表明，5种方法中SDS法提取的DNA浓度最高（平均为900 ng/ul），纯度最好（OD260/OD280平均值为1.90），且SSR-PCR扩增结果与紫外分光光度计和凝胶电泳检测结果基本一致。因此，SDS法是枳壳DNA最佳提取方法，可用于分子检测试验。     

普洱茶发酵样品细菌和真菌DNA同时提取方法研究

本研究的目的是建立提取普洱茶发酵样品中微生物DNA的方法。首先比较了3种发酵样品中菌体收集方法，其次改进了omega小量植物DNA提取试剂盒的提取方法，以DNA的纯度、提取率和细菌16S rDNA、真菌?-微管蛋白基因PCR扩增为指标，评价提取DNA质量。实验发现茶样（5 g）加Tween-NaCl缓冲液（50 mL），静置30 min，超声波振荡10 min，离心（10 min，12000 r/min）的菌体收集方法和在omega小量植物DNA提取试剂盒中引入液氮研磨、溶菌酶和破壁酶联合裂解细胞的方法提取的DNA纯度好，可以分别扩增出细菌16SrDNA和真菌?-微管蛋白基因。建立了普洱茶发酵样品细菌和真菌DNA同时提取方法，为开展普洱茶固态发酵过程微生物多样性的分子生物学研究奠定了基础。     

一种快速提取小麦基因组DNA的改良CTAB方法

旨在寻求一种微量、快速提取小麦DNA的方法。以小麦幼叶为材料,用改良CTAB法、改良SDS法、沸水浴法提取小麦叶片总DNA,通过琼脂糖凝胶电泳法、紫外吸收法和PCR检测DNA完整性和纯度。改良CTAB法提取小麦基因组DNA质量和纯度高、无降解,每人每天可以轻松提取200个DNA样品,对转基因植株的PCR检测显示扩增目标条带清晰一致,无假阳性,试验结果理想。改良SDS法所提DNA纯度和浓度虽略不如改良CTAB法,但仍然符合实验要求。沸水浴法提取量少且杂质多,PCR无有效扩增,结果不理想。改良CTAB法提供了一种简便、快速微量小麦DNA提取方法,适用于PCR和其他分子生物学研究。     

胡萝卜肉质根线粒体DNA提取方法研究

本研究以胡萝卜根为材料,通过高盐差速离心和蔗糖沉淀差速离心两种方法提取线粒体DNA。通过改变缓冲液、使用DNaseⅠ处理得到了无核DNA污染的线粒体。用SDS和蛋白酶K裂解线粒体,经酚:氯仿:异戊醇抽提除去蛋白,并用RNaseA消化从而得到单纯线粒体DNA。本实验还特别设计了叶绿体特异性引物检测线粒体DNA纯度。结果表明:利用优化后的蔗糖沉淀差速离心法提取胡萝卜线粒体DNA,所得线粒体DNA纯度高、产量高,每克肉质根能够得到27.60μg线粒体DNA。     

以小麦根尖分生组织细胞核及染色体制备高分子量DNA

为了克服以叶片为材提取HMW DNA的局限性，优化了一套简便、实用的提取方法。该法以细胞周期同步化处理的根尖分生组织为材，利用机械匀浆释放细胞核或中期染色体制备悬浮液，再以蔗糖密度梯度离心和流式分选技术分别分离细胞核和染色体，经去蛋白、酶切，透析获得HMW DNA。经检测，来自200条根尖（10个胶块）的HMW DNA的浓度约为4~20 ng/µL，而连接、转化后的BAC克隆平均插入片段超过100 kb。证明该法适用于提取HMW DNA以构建BAC文库。     

黄颡鱼DNA分子标记的研究进展

为了深入了解黄颡鱼在多种DNA分子标记中的应用研究。详细阐述黄颡鱼多个类型的DNA分子标记的原理,优缺点及其研究进展,对其应用前景和存在的问题进行了综述,并对黄颡鱼的DNA分子标记研究提出了建设性意见,为黄颡鱼种质资源的保护与合理开发提供参考资料。     

苦荞麦不同部位干燥后DNA提取效果的比较及薄壳性状关联SSR引物筛选研究

旨在为扩大苦荞麦DNA提取材料范围提供依据,筛选与薄壳性状相关联SSR引物,为苦荞麦特异性状分子标记奠定基础。分别以苦荞麦植株的子叶、嫩茎、嫩叶、老叶、老茎、叶柄为材料,40℃烘箱烘干后,采用植物DNA提取试剂盒,分别提取苦荞麦6个部位的基因组DNA,并进行DNA质量、浓度和纯度检测,利用700对SSR引物进行PCR扩增,筛选与苦荞麦薄壳性状相关联引物。结果表明：子叶提取的DNA浓度最高,为70.6 ng/μL;嫩茎次之,为69.6 ng/μL;老茎和叶柄获得的NDA浓度偏低,分别为20.0 ng/μL和7.2 ng/μL。采用子叶、嫩茎、嫩叶、老叶提取的DNA凝胶电泳条带清晰,采用老茎和叶柄提取的DNA凝胶电泳条带暗。SSR扩增效果除叶柄不能达到扩增要求外,其他没有明显差异都能达到扩增要求,可用于后续的分子实验。采用烘干组织提取DNA浓度虽然没有新鲜组织高,但除叶柄外都不影响后续分子试验。初步筛选出在薄壳和厚壳苦荞麦中具有多样性的SSR引物1对。