SSR和AFLP分析玉米遗传多样性的研究

利用SSR，AFLP两种分子标记方法研究了23个玉米种质材料的遗传多样性，并对这两种分子标记系统进行了比较。利用筛选出的40对SSR引物，检测到了202个等位基因。用12对AFLP引物组，检测到了444条有多态性的带。SSR和AFLP分子标记均有很高的多态性，SSR位点的平均多态性信息量（PIC）值达0．60，而AFLP多态性带比例是72％。两种分子标记结果将玉米种质划分为5组，与系谱分析基本一致，两种分子标记划分的结果也相近。研究认为SSR，AFLP两种分子标记系统均适合于玉米种质的遗传多样性研究。     

SSR和形态标记在叶用莴苣品种鉴定上的应用

利用SSR标记和形态学标记对27个叶用莴苣品种进行DNA指纹图谱分析和遗传多样性分析。从50对引物中筛选出22对引物对叶用莴苣资源进行指纹图谱构建和遗传多样性分析。形态学鉴定主要调查了26个主要的指标,主要包括叶片性状和植株性状。变性聚丙烯酰胺和毛细管电泳相结合的结果显示共扩增出187种多态性基因型,平均每对引物扩增出8.31种。引物多态信息量(PIC)分布范围为0.42～0.92,平均为0.75。用形态标记和分子标记对27个品种进行聚类分析的结果表明,分子标记聚类分析的结果均可将27份材料分为4组,而形态标记可将材料分为2组,本研究结果为叶用莴苣的品种鉴定提供了科学依据。     

豇豆种质资源遗传多样性和亲缘关系的SRAP和SSR分析

为从分子水平上揭示豇豆种质资源间的亲缘关系，为其种质资源搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础，利用SRAP和SSR分子标记对41份来自中国和马来西亚的豇豆种质资源进行遗传多样性研究。从65对SRAP引物和10对SSR引物中分别筛选获得稳定清晰且多态性强的31对SRAP引物和5对SSR引物，对41份栽培豇豆资源的DNA进行SRAP-PCR和SSR-PCR扩增。2种PCR扩增共获230条扩增条带，其中SRAP检测到196条扩增条带，平均每对引物扩增等位基因数为6.3条，多态性片段为161条，多态性比例为82.14%；SSR检测到34条带，平均每对引物扩增等位基因数6.8条，多肽性片段为25条，多态性比例为73.53%，表明本研究搜集的豇豆种质间的遗传多样性比较丰富。基于SRAP和SSR标记的结果，利用UPGMA构建了41份豇豆资源的聚类树状图，其遗传相似系数为0.1667~0.9516，大多在0.674以上。结果表明，SRAP和SSR分子标记能有效地将41份豇豆资源分开，且部分种质间的遗传距离较远，这为豇豆资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据。

     

利用SSR分子标记进行海岛棉遗传多样性研究

中国农科院棉花所陈光等利用SSR分子标记，对20世纪50年代我国引入海岛棉以来培育的45个国内品种（系）及8个国外品种的遗传多样性进行研究。通过256对SSR引物的筛选，选择24对扩增效果好的引物对53个海岛棉种质资源进行遗传多样性的检测分析，共检测出106个等位位点，每对引物等位位点数在2～8之间，平均为4.4。     

23个中山杉品种及其父母本的指纹图谱构建

本研究利用81对SSR引物和6对SRAP引物组合对23个中山杉品种及其父母本共26个基因型进行了遗传分析及指纹图谱构建。研究表明,至少利用7个SSR位点组合可有效区分22个基因型,所有81个SSR标记均不能准确区分中山杉149与302以及中山杉406与407,在此基础上,利用筛选出的2对SRAP标记可将未区分的4个无性系加以区分,最终构建了26个基因型的DNA指纹图谱,各基因型间遗传相似系数在0.40~0.96之间,通过聚类分析可将26个基因型分为两大类。研究结果为中山杉品种区分、鉴定及分子育种提供了重要的工具。     

基于EST-SSR标记的湖北茶树种质资源遗传多样性分析

利用EST-SSR标记对76份湖北茶树种质资源遗传多样性和指纹图谱进行了研究。60对引物76份资源共检测到等位基因207个,平均每对引物产生3.45个;共检测到472个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有7.87个,遗传多态性信息含量为0.02~0.84,平均0.44,表明SSR标记具有较高的多态性,以及湖北省茶树种质资源多态性属于中度偏高。     

基于EST-SSR的木薯分子标记遗传连锁图谱的构建

此实验以木薯推广品种‘KU50’为母本，‘SC124’为父本通过杂交得到包含240个单株的F1分离群体，利用300对EST-SSR引物，20对SSR和20对SRAP引物组合对亲本和部分群体株系进行多态性分子标记筛选，共获得具有多态性的引物110对。在此基础上，利用这110对多态性引物对该F1群体进行分子标记的多态性分析，共获得269个多态性标记。利用JoinMap 3.0软件对这269个多态性标记进行分组和遗传图谱构建，最后获得了一张包含140个标记的木薯分子遗传连锁图谱，其中EST-SSR标记111个，SSR标记22个，SRAP标记7个；共21个连锁群，其中连锁群1和3（LG1、LG3）上的标记位点最多（15个），LG21标记位点最少（2个）。此遗传连锁图谱的总长度为1314.775 cM，单个连锁群最长为132.904 cM（LG3），最短为0.431 cM（LG19），标记间平均长度9.391 cM。     

基于SSR的四川花生遗传多样性分析

[目的]研究旨在了解四川花生资源的遗传多样性及表型性状与分子标记的关联分析,为花生分子育种及资源库构建提供理论依据。[方法]鉴定分析57份不同来源花生资源材料的4个农艺性状及4个品质性状,并利用SSR标记研究57份花生材料的遗传多样性,对SSR标记与表型性状进行聚类及关联分析。[结果]表型性状鉴定结果显示花生资源的8个性状中,6个变异较大、多样性较好。67对SSR引物中,有效引物39对,获得多态性条带53条,平均每个引物扩增1.36条,平均Nei"s 基因多样性0.2288、平均Shannon"s 指数0.3695,最远遗传距离为0.51。SSR分子标记聚类分析将57份资源聚为2大类群,GLM分析发现多个与蛋白质含量、株高、含糖量的关联标记。[结论]研究结果表明,四川不同区域间花生遗传多样性较丰富,品种类型单一,聚类及关联分析结果可为四川花生突破性新品种选育的亲本选择提供提供重要参考。     

利用SSR分子标记构建‘太湖糯’、‘苏御糯’及部分优质糯稻的DNA指纹图谱

为了探明国内部分优质糯稻资源的遗传背景，从分子水平揭示其遗传多样性，同时为优质糯稻资源的种质鉴定和创新利用提供理论依据，以太湖稻区地产优质糯稻太湖糯、苏御糯和国内其他地区部分糯稻共14个品种为研究材料，利用SSR分子标记进行了DNA指纹图谱的构建，并进行聚类分析，研究其亲缘关系。结果表明，从35对国标中公布的水稻SSR引物中筛选出17对核心引物，在这14个糯稻品种中共检测到63个多态性片段。利用这17对核心引物进行聚类分析，发现供试14个品种的遗传相似系数在0.619以上，表明14个糯稻品种具有较丰富的遗传变异；并利用其中6个引物，经PCR扩增获得的23条清晰、稳定、重复性好的多态扩增条带，建立了14个糯稻品种的DNA指纹图谱。     

青海省审定小麦品种SSR遗传多样性分析及分子身份证的建立

小麦是青海省重要的粮食作物,本研究从分子水平上明确青海省审定小麦品种的遗传多样性现状并建立其分子身份证,为青海省小麦育种和资源保护提供理论依据。利用从520对SSR引物中筛选出的212对具有清晰扩增条带的引物,对青海省66个育成小麦品种进行研究。结果表明,19对引物扩增结果表现为单态,193对引物扩增结果表现为多态,共扩增出724个等位变异,变异范围为2~10个。多态性引物的多态信息含量（polymorphism information content,PIC）变化范围为0.03~0.86,平均为0.51。A、B、D 3个基因组的平均等位变异丰富度（allelic richness,R_s）和平均遗传多样性指数（Nei’s genetic diversity index,H_e）均为A>B>D。小麦的7个同源群中,第2同源群多样性指数最高,第7同源群多样性指数最低。在多样性研究的基础上,利用23对引物组合,构建了66个小麦品种的分子身份证,可将它们完全区分开,为青海省小麦品种的鉴定提供参考。     

Molecular diversity and population structure of the Ethiopian lentil (<Emphasis Type="Italic">Lens Culinaris</Emphasis> Medikus) genotype assessment using SSR markers

Knowledge of genetic diversity in germplasm is essential for formulating effective germplasm collection, conservation, utilization strategies in and crop improvement programs. It also provides an opportunity to take corrective steps infusing new genes to avoid risks associated with a narrow genetic bases. Genetic diversity analysis of 119 lentil genotypes of including 83 germplasm and 36 exotic genotypes from International Center for Agricultural Research in the Dry Areas was studied using 27 primers of simple sequence repeat (SSR) marker. Molecular analysis of variance showed variations of 82% within and 18% of the among population variance was explained. Degree of polymorphism observed among the populations was 100%. A total 122 alleles were detected, with 2 to 7 alleles per locus, with a mean of 4.52 alleles per locus. The estimated gene diversity value for 27 loci was 0.64. The average Shannon’s information index value of 1.19 was obtained showed the existence of high genetic variation within the genotypes. The genetic similarity indices ranged from 0.21 to 1.00. The SSR markers showed an average polymorphic information content (PIC) value of 0.58. Cluster analysis grouped the genotypes into five major clusters as distinct genetic populations. Diversity analyses revealed the existence of a high level of genetic variation among genotypes. This molecular diversity information provides a basis for future germplasm collection, utilization, and conservation strategies in gene banks and introducing exotic germplasm to widen the genetic base of the current lentil breeding population.     

基于SSR分子标记的玉米自交系遗传多样性分析

了解新选育自交系遗传背景，确定其所属的杂种优势群，是组配杂交组合，选育新的杂交种的关键措施。此研究利用SSR标记技术分析了46份玉米自交系的遗传多样性，结果表明：12对稳定的SSR引物共检测出45个等位基因变异，每个SSR的多态性信息量（PIC）的变幅为0.31~0.76，平均为0.57，显示了较高的多态性。聚类分析显示46个玉米自交系可划分为5个类群，每一类群内所包含的自交系与系谱分析的结果基本一致。研究结果还表明，快捷、准确鉴定种质资源亲缘关系的SSR分子标记技术可以广泛应用于育种实践，提高玉米优势组合选配的效率。     

基于SSR标记的雪茄烟种质资源指纹图谱库的构建及遗传多样性分析

为从分子水平研究我国雪茄烟种质资源的遗传多样性差异并建立雪茄烟品种的DNA指纹图谱数据库,本研究利用43对多态性好的SSR引物对220份雪茄烟种质进行遗传多样性分析,筛选出14对核心引物对雪茄烟种质进行指纹图谱的构建。结果表明,43对SSR引物在220份雪茄烟种质材料中共扩增出243个等位基因,平均每个标记5.65个,变幅为2~13,每个位点的多态性信息量(polymorphism information content,PIC)变化为0.2078~0.9087,平均为0.6360。有效等位基因数(number of effective alleles,N_e)范围为1.3081~11.7876,平均有效等位基因数为3.9077;观测杂合度(observed heterozygosity,H_o)变化范围为0.0828~0.7639,平均为0.3191;预期杂合度(expected heterozygosity,H_e)的变化范围为0.2361~0.9172,平均为0.6809;种群平均Shannon遗传多样性指数(Shannon genetic diversity index,I)为1.3756,遗传距离在0.0233~0.9286之间,平均遗传距离0.6816。聚类分析表明,在遗传距离为0.74处,可将供试雪茄烟资源分为3个类群。Structure群体遗传结构分析和主成分分析将所有的供试材料划分为2个类群。根据引物的分析和表型鉴定结果,确定良种、辅善和满耳朵,山东大叶和牡丹江05-1,Florida513和CA0701为异名同种,一个品种保留一份种质,剩余216份不同种质。从43对SSR引物中筛选出14对可区分所有供试材料的SSR引物作为核心引物构建了216个雪茄烟品种的指纹图谱。我国雪茄烟种质资源具有较高水平的遗传多样性,本研究构建的雪茄烟种质资源SSR指纹图谱库及遗传分析的结果在分子水平上为筛选、鉴定优质雪茄烟种质资源、挖掘重要基因以及拓宽雪茄烟遗传育种基础等工作提供科学依据。     

利用SSR标记划分糯玉米的杂种优势群

利用SSR标记研究了30份糯玉米(Zea mays ceratinaKulesh)自交系的遗传变异。用21对扩增带型稳定的引物,从供试材料中检测出101个等位基因变异,每对引物检测等位基因2~10个,平均4.81个,平均多态性信息量0.60。经遗传多样性和聚类分析把供试糯玉米自交系划分为6个类群。     

Consequences of a decentralized participatory barley breeding programme on changes in SSR allele frequency and diversity in one cycle of selection

Changes in allele type, allele frequency and genetic diversity because of selection by individual farmers and breeders were assessed using simple sequence repeats (SSRs) during one cycle of selection in a decentralized participatory barley breeding programme. Selection by both breeders and farmers resulted in the loss of a number of alleles in the majority of the locations, with more alleles lost in the heterogeneous breeding materials than in the fixed genotypes, indicating selection against undesirable traits uncovered in the heterogeneous breeding materials that are presumably linked to SSR alleles. After selection, significant allelic frequency changes were observed at several loci in both the germplasm groups. As the selection was conducted independently in each location, an allele had a chance of being selected in more than one location, and therefore considering the whole study area the allelic composition and diversity of the original genetic materials was maintained after the selection. The study showed the importance of decentralized participatory plant breeding in maintaining genetic diversity that helps stabilize and sustain production in unpredictable production conditions.     

基于SSR标记的芋头种质资源遗传多样性分析及抗疫病鉴定

为了了解不同来源芋头种质资源的遗传多样性及其对疫病的抗性，本研究从100对SSR引物中筛选出21对多态丰富的SSR引物，并将其用于109份芋头资源的遗传多样性分析，同时采用人工接种芋头疫霉菌的方法对这些资源进性行了抗性评价。结果表明，21对SSR引物在109份芋头资源中共扩增出71个等位基因，变幅在2~4个，平均有效等位基因数3.38；观测杂合度(Ho)变化范围为0.0481~0.8900，平均为0.3483；预期杂合度(He)的变化范围为0.0841~0.6709，平均为0.3794；种群平均Shannon遗传多样性指数为0.6733；遗传距离在0~1之间，平均遗传距离为0.6014。在分支距离为0.49处，可将供试芋头资源分为3个类群。60%以上的抗性资源集中于I和II类群。本研究可为筛选、鉴定优良芋头种质资源及遗传育种工作提供科学依据。     

抗条锈、抗穗发芽六倍体人工合成小麦Cereta/Aegilops tauschii783的SSR标记分析

Cereta/Aegilops tauschii783是由CIMMYT引进的硬粒小麦/节节麦人工合成种,具有高抗条锈和高抗穗发芽等优良特性.本文选用小麦A、B、D染色体组的91对SSR引物将人工合成小麦Cereta/Aegilops tauschii783与绵阳26在分子水平上进行了比较分析,结果表明：91对引物中有88对引物能扩增出清晰条带;88对引物中除3对引物外,86对引物（96.59%）均能揭示出Cereta/Aegilops tauschii783与绵阳26之间的差异.人工合成小麦Cereta/Aegilops tauschii783与育成小麦品种遗传差异很大,是丰富现代小麦遗传多样性的优异基因源;利用人工合成小麦Cereta/Aegilops tauschii783与绵阳26构建SSR标记群体,可有效标记双亲优良基因.     

甜瓜SSR引物在西葫芦中的通用性研究

本文分析了25对甜瓜SSR引物在西葫芦基因组中的可转移性，以期为西葫芦分子遗传育种研究提供分析工具。结果表明，约24%的甜瓜SSR引物可在西葫芦基因组中有效扩增。多态性分析发现6对引物中有4对在34份西葫芦种质中可以检测到多态性，等位变异数从3~6不等，平均为4。UPGMA 聚类分析表明，来自市场主栽F1的纯化材料和双单倍体材料之间多样性较差，说明现有栽培品种基因谱较窄；而从国家蔬菜种质资源库引进的材料多样性比较丰富，对这些材料的整理和重新评价有助于发掘新的基因源，为西葫芦杂交育种提供新材料。     

中国88个马铃薯审定品种SSR指纹图谱构建与遗传多样性分析

为对马铃薯品种鉴别、优良杂交组合选配提供分子水平上的依据，利用SSR标记构建了中国2000—2007年审定的88个马铃薯品种的指纹图谱并进行了遗传多样性分析。以138对SSR引物对16份遗传差异较大的马铃薯材料的基因组DNA进行了扩增，筛选出10对多态性高、谱带清晰的引物。利用10对SSR引物对全部供试材料进行扩增及电泳检测，共检测到135个等位位点，其中133个为多态性位点，多态性比率达98.52%。每对SSR引物扩增出的等位位点数7~22个，平均13.5个，多态性信息量变化范围为0.7604~0.9375，平均0.8501。通过对电泳检测结果的统计分析，利用S180、S25、S7、S151、S184及S192等6对引物构建了88份供试材料的SSR指纹图谱。聚类分析表明，在相似系数0.620处，所有供试材料被被聚为一类，在相似系数0.652处，81.8%的材料仍然聚在一起，从分子水平上表明供试材料遗传基础非常狭窄。聚类分析结果与供试材料系谱来源有较好一致性，同一栽培区域育成的品种在不同程度上聚在一类。