农作物种子检测中SSR与SNP分子标记方法的比较分析

介绍了SSR与SNP两种分子标记方法在农作物种子检测中的应用，从检测原理、常用检测平台和方法应用三个方面进行比较分析。两种分子标记检测农作物种子真实性和种子纯度、一致性、特异性，方法简单快速，区分灵敏度高，易实现自动化，试验结果准确可靠，且便于数据整合、比较分析。SSR分子标记法通过测定核苷酸序列长度不同区分品种，引物数量少，结果准确，适合小样品量种子检测；SNP分子标记方法利用碱基组成不同区分品种，位点多，通量高，适合大量样本进行品种分析。     

DNA分子标记技术在农作物种子质量检验中的应用

种子质量是农业生产中的重要元素,它包括种子真实性和品种纯度2个方面。目前检测种子质量大致主要有3种方法：大田鉴定法,生化标记鉴定法和DNA分子标记鉴定法。大田鉴定法和生化标记鉴定法在实践过程中存在着一些无法解决的问题,使得它们的应用受到一定的局限性。DNA分子标记技术是随着分子生物学的发展而发展起来的一种新型的鉴定方法。它具有简便、快速、准确的特点,弥补上述2种传统鉴定法的缺点。本文对几种生产中常用的DNA分子标记技术根据其特点进行了分类,介绍了每种标记方法的基本概念,基本原理,并对其应用过程中优缺点进行了简要概括;主要就每种标记技术在种子真实性和品种纯度检测应用方面对前人的研究进行了详细综述;列举了理想的作物种子真实性和品种纯度鉴定方法应该满足的基本要求。DNA分子标记技术在农作物种子真实性和品种纯度鉴定方面存在的问题主要是,目前还没有建立专门针对杂交种纯度检测的分子标记,这也制约了分子标记应用的普遍性。DNA分子标记技术与大田鉴定法和生化标记鉴定法相比具有独特之处,故在农作物种子真实性和品种纯度检验中成为首选的方法。但是其更为广阔的应用前景还有赖于DNA分子标记技术的进一步发展。     

棉花单核苷酸多态性标记研究进展

单核苷酸多态性标记已在农作物研究中得到广泛应用并取得重大进展。为了便利棉花SNP(Single nucleotide polymorphism)标记的研究和应用,介绍了利用基因芯片、简化基因组测序、重测序等在棉花中开发SNP标记的方法 ,综述了SNP标记在棉花遗传图谱构建、数量位点的定位和分子标记辅助育种、基因组测序以及系统进化等研究中的应用。并对异源四倍体棉花中SNP标记开发时,同源序列位点和部分同源序列位点上的SNP标记辨别问题进行了系统探讨,对其快捷的开发、检测方式和在数量基因定位中的应用前景进行了展望。     

SNP分子标记及其在作物品种鉴定中的应用

作物品种鉴定是优良品种选育和推广的重要保障,而合适的检测方法是对品种进行准确鉴定的关键。随着分子标记技术的发展,第3代分子标记SNP逐渐应用到品种鉴定领域。本研究概述了SNP分子标记的特点,分析了高分辨率熔解曲线、竞争性等位基因特异性PCR、基因芯片、测序法、靶向测序基因型检测等5种作物研究中常用的高通量检测方法的特点及适用性,梳理总结了SNP标记在品种真实性鉴定、纯度检测和亲缘关系分析与分类等方面的研究与应用情况,以期为后续利用SNP分子标记进行品种鉴定提供技术参考。     

SSR 标记荧光毛细管电泳在种子检测中常见问题分析

SSR 分子标记荧光毛细管电泳在农作物种子质量检测中常用于种子真实性检测、种子纯度鉴定和指纹数据库的构建。试验过程中模板 DNA 浓度、特异峰型的统计分析以及仪器设备运行和维护、试验结果与指纹数据库的比对等关键环节都直接影响待测样品的结果判定。就检测中遇到的问题进行分析，并提出相应的解决方法，以期为农作物种子质量检测荧光毛细管电泳技术平台提供参考。     

分子标记技术在农作物种子检测中的应用

种子质量对国家农业经济的发展至关重要，随着生物技术的发展，分子标记技术在农作物种子质量检测中扮演着越来越重要的角色。本文介绍了几种分子标记技术的原理及优缺点，详述其在种子质量检测中的应用，最后对其应用前景进行了展望，以期提高农产品种子质量检测水平，促进现代种业发展。     

SNP及其在肉牛育种中的应用进展

单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)作为第三代分子标记,具有位点丰富、代表性强和遗传稳定等特点,已成为分子标记研究领域的焦点。本研究综述了SNP特点、检测方法及其在肉牛生长发育性状、繁殖性状、胴体与肉质性状的应用,作为分子标记辅助选择的候选基因,加快肉牛育种进程。     

利用重组自交系群体定位玉米种子活力相关生理性状的QTL

种子是农作物生产的物质基础,种子质量直接影响农业生产的成效.种子活力是衡量种子质量和应用价值最重要的指标之一,活力高的种子发芽迅速整齐、幼苗均匀、生长健壮,同时可以节约播种量,减少劳力投入,降低生产成本,提高农业生产效益.QTL定位和克隆是解析玉米农艺性状遗传基础的重要手段.本研究以基于豫537 A×沈137构建的一个RILs群体的212个家系为材料,利用SNP分子标记技术构建的高密度的分子遗传连锁图谱,采用复合区间作图法定位了超氧化物歧化酶活性、过氧化物酶活性、过氧化氢酶活性、丙二醛含量等玉米种子活力相关生理指标的QTL,共检测到11个QTLs,分别分布在第1、2、4、6、7、8条等6条染色体上,单个QTL的贡献率介于5.52％～12.10％之间,这些QTL的确定有助于开展分子标记辅助选择种子活力相关性状.     

SNP分子标记的研究及其应用进展

SNP标记作为第三代分子标记,在分子遗传学、药物遗传学、法医学以及疾病的诊断和治疗等方面发挥着重要作用。介绍了SNP标记的定义与特点,对近年来以SNP标记为基础构建的Bin图谱、高通量SNP芯片分型以及以SNP标记为基础进行群体进化研究等三方面的应用概况进行了简述。提出了SNP标记现阶段发展存在的问题,并对其发展前景予以展望。     

主要农作物品种鉴定方法要“新、老”结合

SSR分子标记检测技术已广泛应用于植物品种鉴定和纯度检测,农业部出台了一系列利用SSR分子标记鉴定主要农作物品种的行业标准,这些标准对种子行业发展、市场管理和质量监控功不可没,但对其结果的判定仍需正确认识。传统的植物品种田间小区种植鉴定虽然费时、费力,但这一方法具有合法性、科学性、准确性的特点,仍是作为主要农作物品种鉴定最可靠的方法。只有将“新、老”两种方法有效地结合起来,并科学、灵活地执行,才能使标准真正地为种业发展服务。     

农作物种子检测中常用的电泳方法的比较分析

摘要：种子质量是农业生产的重要因素,质量检测是其中的关键环节,随着种子检测技术的发展,电泳方法越来越多地应用到种子质量检测中。目前在农作物种子质量检测中常用的电泳方法有四种,不同电泳方法的要求和适合的检测项目不同,针对各种电泳方法的优缺点,讨论其适用范围,从而为农作物种子质量检测技术平台提供参考。     

农作物种子检测中常用电泳方法的比较分析

种子质量是农业生产的重要因素,质量检测是其中的关键环节,随着种子检测技术的发展,电泳方法越来越多地应用到种子质量检测中。目前在农作物种子质量检测中常用的电泳方法有4种,不同电泳方法的要求和适合的检测项目不同,针对各种电泳方法的优缺点,讨论其适用范围,从而为农作物种子质量检测技术平台提供参考。     

SNP标记在玉米分子育种中的应用

SNP是第三代分子标记技术,在玉米分子育种方面具有广泛的应用。对SNP标记的概念、特点和相关的SNP技术类型进行介绍,并从玉米遗传多样性分析、构建遗传图谱及QTL分析、全基因组关联分析、品种真实性和纯度鉴定等方面的应用进行了论述。为SNP分子标记在玉米分子育种中的利用提供一些参考。     

基于EST-SSR和SNP标记的大麦麦芽纯度检测

大麦麦芽作为啤酒酿造的主要原料之一,其纯度决定了麦芽原料的均一性,进而影响加工工艺和啤酒品质。为高效准确地鉴定麦芽纯度,在啤酒企业进行麦芽原料采购和质量监测时提供参考依据。本研究分别利用EST-SSR和SNP标记定性检测了按比例预混的麦芽样品纯度,并利用SNP标记定量检测了4份送检的麦芽盲样纯度。结果表明,EST-SSR标记能定性检测混杂度高于10%的麦芽样品,而SNP标记能够有效鉴定混杂度低至5%的麦芽样品。SNP标记对纯度定量检测的单次抽样的测定值与真实值之间的误差在3%以内。比较发现,本研究所用的两类分子标记均可用于麦芽样品的纯度检测,但基于KASP技术的SNP标记可以满足麦芽纯度的快速定量检测需要。     

植物SNP数据库及转化CAPS的方法

单核苷酸多态性(SNP)在植物基因组中广泛存在,基于SNP的分子标记也正越来越广泛地应用到植物基因定位、图位克隆及分子标记辅助育种等方面。模式植物拟南芥和水稻的全基因组序列测定已经完成,拟南芥有两种生态型完成了全序列测定,水稻有两个品种完成了全序列测定。许多植物有来自不同品种或不同组织器官或生长发育阶段的大量的EST序列。这些序列是植物SNP开发的重要资源。利用生物信息学手段对全基因组序列或EST序列进行分析已经形成了许多SNP位点数据库,这些数据库的建立为基于SNP的基因功能研究及分子标记开发提供了宝贵的资源。本文对植物SNP位点开发涉及的数据库资源及已经形成的SNP位点数据库进行了总结,并讨论了将SNP位点转化成CAPS或dCAPS标记的方法和相应的工具软件。     

牡丹(Paeonia sect.Moutan)分子标记研究进展

DNA分子标记在牡丹中得到广泛应用,取得了丰富的成果。本研究以分子标记的应用领域为线索,从遗传多样性研究、种质鉴定、栽培种质起源与关系分析、遗传图谱构建等方面总结了分子标记在牡丹各项研究中应用的进展。对未来研究的重点方法及领域进行了探讨,指出牡丹分子标记的开发应以SSR、SNP等为重点,应用领域以品种DNA指纹图谱和分子标记辅助选择育种为重点。本研究旨在推动分子标记技术在牡丹育种中的应用,以提高牡丹的育种效率。     

SNP检测方法的研究进展

作为近年来最有发展潜力的第三代分子标记,单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)在遗传分析中得到了广泛应用。目前SNP的检测方法大致可以分为两大类:一大类是以单链构象多态性(SSCP)、变性梯度凝胶电泳(DDGE)、酶切扩增多态性序列(CAPS)、等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)等为代表的以凝胶电泳为基础的传统经典的检测方法。另一大类是以直接测序、DNA芯片、变性高效液相色谱(DHPLC)、质谱检测技术、高分辨率溶解曲线(HRM)等为代表的高通量、自动化程度较高的检测方法。本文综述了两大类SNP检测方法中主要检测技术的原理和应用,并分析在实际应用中各种检测技术的优缺点。     

SNPS在大豆等作物遗传及改良中的应用

单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)是指DNA序列上的单个碱基变异,它具有分布广、多态信息量大、易于检测和统计分析等优点,被称为继RFLP和微卫星标记后的第三代基因遗传标记。单核苷酸多态性是等位基因间序列差异最为普遍的类型,可作为一种高通量的遗传标记。已建立PCR扩增目标序列及其产物测序和电子SNP(eSNP)等多种发现和检测SNP的方法。大豆等作物也已开展了SNP分析。一些栽培作物种质的多样件不断减少,其结果连锁不平衡(linkagedise鄄quilibrium,LD)增加,这有利于目的基因座上SNP单元型(haplotype)与表型的相关性分析。SNP已在作物基因作图及其整合、分子标记辅助育种和功能基因组学等领域展示了广泛的应用价值。     

基于黄麻转录组序列SNP位点的CAPS标记开发与验证

黄麻CAPS分子标记的开发,可以为黄麻遗传多样性分析、种质资源鉴定和分子标记辅助选择等研究提供有效方法。本试验以黄麻179和爱店野生种为材料,采用IlluminaHiSeq4000测序技术进行转录组测序,对其SNP位点进行分析,设计了与木质素合成基因4CL、COMT及转录因子MYB相兲的SNP引物,在此基础上,应用dCAPS Finder2.0软件开发了CAPS标记,幵对其有效性进行了验证。结果表明:(1)组装后的黄麻unigene序列共72,674条,序列总长度为29,705,997 bp,检测到的SNP位点总数为67,567个,平均每440 bp有1个SNP。(2)获得了39对分别与4CL、COMT和MYB相兲的SNP引物,从中筛选获得26对CAPS标记引物,开发成功率为66.7%,其中11对CAPS标记具有多态性,多态性比例为43.2%。(3)开发的CAPS标记能较好地将12份不同类型的黄麻种质区分开来,表明CAPS是适用于黄麻研究的较理想的分子标记方法,为黄麻遗传基础研究提供了可靠工具。     

分子标记技术在农作物品种鉴定中的应用

分子标记技术在农作物品种鉴定中发挥越来越重要的作用。主要介绍了分子标记技术发展历程,常见的分子标记原理、特点及在农作物品种鉴定中的应用,并对其今后在农作物品种鉴定中的应用进行了展望。