温州盘菜地方品种鉴定与指纹图谱的分子标记分析

利用基因组DNA的RAPD、ISSR与SRAP等3种分子标记技术，以日本芜菁品种作为外类群，对来自于温州不同地区具有代表性的10个盘菜品种进行品种鉴定与遗传多样性分析。10个RAPD引物共产生多态性条带70条，多态率为71．7％；12个ISSR引物共产生142条清晰带，其中多态性条带70条，多态率为49．3％；8个SRAP引物组合共产生105条谱带，其中多态性谱带78条，多态性比率为74．3％，表明品种间存在较高的多态性。用单个引物NAURP299、NAUISR43以及SRAP引物组合mel／em2，都可以将11个品种完全区分开来。基于3种标记的聚类分析结果表明，11个材料可以分为3大类，一定程度上能够揭示品种之间园艺学性状的相似性及亲缘关系远近。     

基于SSR和SRAP标记的苦瓜品种鉴定及亲缘关系分析

本研究应用SSR和SRAP 2种标记对11个苦瓜品种进行鉴定和亲缘关系分析。结果发现,应用筛选的8对SSR引物共扩增条带860条,多态性条带占68.0%,10对SRAP引物共扩增条带961条,多态性条带占79.4%。SSR标记检测到品种间遗传相似系数介于0.344~0.779,平均值为0.652;SRAP标记检测到品种间遗传相似系数介于0.373~0.700,平均值为0.625。聚类分结果发现,在遗传相似系数为0.54和0.52时,SSR和SRAP 2种标记都可以将11个品种分为相同的两组。每对SSR和SRAP引物能平均区分3.1和3.7个品种。最少用3对SSR引物或3对SRAP引物组合就可成功区分11个苦瓜品种。研究结果表明,SSR和SRAP标记均可高效地被用于苦瓜的品种鉴定和亲缘关系分析。     

利用SRAP标记分析彩色棉与白色棉的遗传差异

利用SRAP分子标记技术对彩色棉遗传多样性进行研究，应用NTSYS软件对30种供试棉花材料的SRAP-PCR结果进行分析，从中筛选得到29对条带清晰的多态性引物，共产生1067条清晰条带，多态性条带132条，平均每个引物组合得到4.55条多态性条带。聚类分析29对引物组合的扩增结果，Jaccard’s相似系数在0.5405-0.9109之间，利用SRAP标记可以判明彩色棉和白色棉的遗传差异，可有效地应用于彩色棉的遗传多样性及亲缘关系的研究。     

红花品种遗传多样性的SRAP分析

利用相关序列扩增多态性SRAP(Sequence-related amplified polymorphism)技术对8份国内不同来源以及8份国外不同国家的,共计16份红花栽培种进行遗传多样性分析。选用20对多态性较高的引物组合对材料进行PCR扩增,而后进行聚丙烯酰胺凝胶电泳,获得多态性条带。共获得354条清晰的条带,其中,135条为多态性条带,多态性比率为38.14%。遗传相似系数在0.3~0.9之间,平均相似系数为0.65,表明红花种内不同栽培种之间具有较高的遗传多样性和相似性。     

利用新开发的SSR标记分析花生栽培种的多态性

采用12份花生栽培种材料,对通过建库、筛库、杂交富集的策略开发设计出来123对SSR引物进行评估，并基于品种间简单匹配系数进行聚类分析。研究表明有44对SSR引物能产生多态性片段，总共获得176条带，其中107条（60.8%）为多态性带。平均每对引物产生4条带，2.43条为多态性带，多态性条带的比率为11.1%~100%，PIC值为0.245~0.886，平均为0.677；根据聚类结果显示，在简单匹配系数值为0.85处，根据SSR带型12个花生品种可分成3个品种群（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ）。研究结果表明，新开发的44对SSR引物在分析花生栽培种DNA多态性方面非常有用。     

苦荬菜种质资源SRAP遗传多样性与亲缘关系分析

本研究利用SRAP分子标记技术研究30份苦荬菜(Ixeris polycephala)间遗传关系和遗传多样性,从209对引物组合里筛选出32对条带清晰,多态性好的引物组合。扩增总条带数430条,多样性条带381条,多态性百分率88.60%;栽培驯化新品系平均遗传相似系数0.837,苦荬菜品种平均遗传相似性系数为0.805,POPGENE分析得知基因多样性指数变幅0.128 3~0.260 3,Shannon指数变幅0.189 8~0.394 3,其中栽培驯化新品系多态性条带、基因多样性指数、Shannon指数要略高于苦荬菜品种,说明栽培驯化新品系与苦荬菜品种有一定的相似性,其遗传多样性水平要略高于苦荬菜品种;UPMGA聚类分析将30份苦荬菜划分为6个类群,6个苦荬菜品种与18个栽培驯化新品系划分在第I类群,野生种被划分在其余5个类群中,聚类分析与主成分分析结果相对一致。基于SRAP标记分析不同类型间苦荬菜遗传关系,为牧草新品种选育优良杂交组合提供重要的理论依据。     

7个粳稻SSR和SRAP分子标记遗传距离比较及其与产量性状杂种优势的关系

本研究选用产量性状有显著差异的7个粳稻品种,按照Griffing双列杂交方法Ⅳ配制21个杂交组合,用SSR和SRAP分子标记分析亲本遗传距离及其与粳稻产量性状杂种优势问的关系,并比较分析两种分子标记在估算遗传距离时的差别.结果表明,每对SSR引物产生1～11条多态性带,平均3.8条,而每对SRAP引物组合产生1～15条多态性带,平均5.2条.SRAP引物所扩增的条带数和多态性何点数分别是SSR引物的3.3倍和1.3倍.两种分子标记对遗传相似系数较小的品种进行聚类分析时可获得一致的结果,但对遗传相似系数较大的品种进行聚类分析时所得结果并不一致;粳稻产量性状杂种优势的表现大小因件状和杂交组合不同而异;F_1杂种产量性状的表现与亲本自身的性状特点和互补关系密切,用SSR和SRAP分子标记遗传距离难以预测粳稻杂种后代的产量表现和杂种优势强弱.     

豇豆种质资源遗传多样性和亲缘关系的SRAP和SSR分析

为从分子水平上揭示豇豆种质资源间的亲缘关系,为其种质资源搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础,利用SRAP和SSR分子标记对41份来自中国和马来西亚的豇豆种质资源进行遗传多样性研究。从65对SRAP引物和10对SSR引物中分别筛选获得稳定清晰且多态性强的31对SRAP引物和5对SSR引物,对41份栽培豇豆资源的DNA进行SRAP-PCR和SSR-PCR扩增。2种PCR扩增共获230条扩增条带,其中SRAP检测到196条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数为6.3条,多态性片段为161条,多态性比例为82.14%;SSR检测到34条带,平均每对引物扩增等位基因数6.8条,多肽性片段为25条,多态性比例为73.53%,表明本研究搜集的豇豆种质间的遗传多样性比较丰富。基于SRAP和SSR标记的结果,利用UPGMA构建了41份豇豆资源的聚类树状图,其遗传相似系数为0.1667~0.9516,大多在0.674以上。结果表明,SRAP和SSR分子标记能有效地将41份豇豆资源分开,且部分种质间的遗传距离较远,这为豇豆资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据。     

西瓜二倍体及同源多倍体SRAP多态性分析

本文采用SRAP分子标记对不同倍性西瓜的多态性进行了分析.用25对引物组合对西瓜不同倍性材料中扩增,其中18对引物组合共获得676条谱带,平均每对引物组合产生37.6条谱带.其中多态性谱带共12条,5条为2×特有带,4条为3×特有带,3条为4×特有带.结果表明不同倍性西瓜之间SRAP多态性较低.     

豇豆种质资源遗传多样性和亲缘关系的SRAP和SSR分析

为从分子水平上揭示豇豆种质资源间的亲缘关系，为其种质资源搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础，利用SRAP和SSR分子标记对41份来自中国和马来西亚的豇豆种质资源进行遗传多样性研究。从65对SRAP引物和10对SSR引物中分别筛选获得稳定清晰且多态性强的31对SRAP引物和5对SSR引物，对41份栽培豇豆资源的DNA进行SRAP-PCR和SSR-PCR扩增。2种PCR扩增共获230条扩增条带，其中SRAP检测到196条扩增条带，平均每对引物扩增等位基因数为6.3条，多态性片段为161条，多态性比例为82.14%；SSR检测到34条带，平均每对引物扩增等位基因数6.8条，多肽性片段为25条，多态性比例为73.53%，表明本研究搜集的豇豆种质间的遗传多样性比较丰富。基于SRAP和SSR标记的结果，利用UPGMA构建了41份豇豆资源的聚类树状图，其遗传相似系数为0.1667~0.9516，大多在0.674以上。结果表明，SRAP和SSR分子标记能有效地将41份豇豆资源分开，且部分种质间的遗传距离较远，这为豇豆资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据。

     

适合甜菜品种鉴定的SRAP核心引物的筛选

为筛选适合甜菜品种纯度鉴定的SRAP核心引物,以12个进口国外甜菜品种为材料,对546对SRAP引物组合进行扩增,利用8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离,选择适合甜菜品种纯度鉴定的SRAP核心引物组合。结果从546对SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富、重复性好的引物组合23对,这23对引物组合共扩增出177条多态性条带,引物的PIC值均大于0.6。平均每对引物扩增7.7条多态性条带,从理论上讲,这些核心引物完全可以实现对现有甜菜品种的鉴定。     

高丹草种质资源SRAP指纹图谱构建及遗传多样性分析

利用SRAP分子标记技术构建了22份高丹草品种的指纹图谱。该指纹图谱可以准确区分供试的所有22个高丹草品种,置信概率达到99.9 999%,为高丹草品种划分提供了基础。利用筛选出的19个多态性较好的SRAP引物组合对22个高丹草品种进行遗传多样性分析鉴定,共扩增出450个位点,其中多态性位点369个;平均每个引物组合产生23.6个位点和19.4个多态性位点,平均多态性水平为82.2%。通过采用UPGMA方法进行聚类分析,遗传相似系数在0.66～0.94之间,以遗传相似系数0.674为阈值,可将供试材料分为2个类群。     

利用SRAP引物组合构建甜菜品种的指纹图谱

为了构建甜菜品种的指纹图谱,通过对183对SRAP引物组合的筛选,筛选出多态性好、条带清晰易于识别的SRAP引物组合两对(EM4-ME8和EM7-ME10)。利用筛选出的两对引物组合构建17份已经登记品种的指纹图谱,结果表明,引物组合EM7-ME10可以鉴别15个品种,扩增产生15种不同的带型；引物组合EM4-ME8可以鉴别14个品种,扩增产生14种不同的带型；这两对引物组合结合到一起就可以鉴别全部的17个品种。利用SRAP引物组合构建甜菜品种指纹图谱的成功为快速鉴定甜菜品种的真实性提供了一个新的解决办法,也为保护农民和育种家的权益提供了一个新的思路。     

甜瓜作图亲本相关序列扩增的多态性分析

以中国甜瓜地方品种自交系4G21(香瓜)和3A832(哈密瓜)为作图亲本,利用SRAP(Se-quence-relatedAmplifiedPolymorphism)分析了甜瓜作图亲本的多态性,结果表明:在184个SRAP引物组合中有176个扩增出多态性条带,不同引物组合扩增的多态性条带的变异幅度在1～15之间,共扩增出614个,平均每个引物组合扩增出3.34个,说明SRAP标记揭示甜瓜作图亲本多态性的效率很高。     

Genetic diversity and population structure of four Iranian alfalfa populations revealed by sequence-related amplified polymorphism (SRAP) markers

In the present study, genetic diversity of 48 individual plants from four Iranian cultivated populations of alfalfa (Medicago sativa L.) was evaluated using sequence-related amplified polymorphism (SRAP) markers. Fourteen SRAP primer combinations produced 193 fragments of which 95 were polymorphic. The number of polymorphic fragments detected per primer combination ranged from 3 to 10 bands with an average of 6.78 bands. Average polymorphic information content (PIC) was 0.343 for all primer combinations. Although the AMOVA (analysis of molecular variance) results showed a significant difference in the genetic diversity among the populations (P < 0.0001), the genetic variation mainly caused by the variation of intra population accounted for 93.17% of the total genetic variation. Unweighted pair-group method arithmetic average (UPGMA) analysis of the marker data clearly separated the populations of subtropical (Yazdi) and semi-cold (Hamadani and Nikshahri) as well as Kodi, an improved population. It can be concluded that SRAP markers are useful for studying diversity and relationships among and within alfalfa populations.     

87份中熟棉种质资源亲缘关系和遗传多样性研究

为了阐明不同中熟棉种质资源间的亲缘关系,为优势杂交组合选配亲本材料,最终得到目标优良种质及审定品种,利用SRAP分子标记技术对87份中熟棉品种（系）进行遗传多样性分析。从80对引物组合中筛选出多态性引物,用于供试材料的PCR扩增。结果显示,筛选出的17对多态性引物共扩增出168个位点,其中90个位点呈现多态性,平均每对引物产生5.29个多态性位点,多态率达53.57%。利用NTSYS-pc2.11软件数据分析显示,87份材料之间的相似系数为0.61~1.00,平均值为0.82。当遗传相似系数为0.73时,可将87份棉花材料分为两大类,其中第Ⅰ类群包含65个材料,第Ⅱ类群包含22个材料。遗传多样性分析表明本文中选用的中熟棉种质资源遗传基础比较狭窄,今后结合分子标记结果选用亲缘关系较远的材料作为杂交亲本,创制新的中熟棉种质资源。     

桃遗传多样性的SRAP和SSR标记分析

采用相关序列扩增多态性(SRAP)和简单序列重复多态性(SSR)分子标记,对47份桃(Prunus persica)品种的遗传多样性进行了分析.选用带型清晰的19对SRAP引物和5对SSR引物对47份桃品种的基因组DNA进行扩增,共检测到82个多态性位点.平均每对引物组合产生3.4个多态性位点.应用NTSYS-PC (Version 2.1) 软件采用平均距离法(UPGMA)进行聚类分析.结果表明,47份桃品种的相关系数为0.501～0.842,从总体来看,所选取的47个桃品种相关系数相对较低,遗传多样性比较丰富.对聚类结果分析显示,大部分具有亲缘关系的品种及形态学、生物学特征相近的品种聚在一类,说明聚类分析结果与系谱及生物学特征具有一定的相符性.该研究结果对桃种质资源的鉴定,杂交亲本的选择具有一定的参考价值.     

运用SRAP分子标记鉴定辣椒杂交种纯度

以辣椒品种航椒4号和航椒5号及其亲本H09-4、H09-2、WS-3、B-2-2为试验材料,运用SRAP分子标记技术研究了辣椒杂种与其亲本之间扩增条带的多态性,鉴定和分析了航椒4号和航椒5号辣椒品种的真实性。结果表明,所试验的18对SRAP引物中有13对引物分别在2个辣椒杂交种和其亲本之间存在扩增条带的多态性,平均每个引物组合扩增的清晰条带数为23.5条,多态性比率为58.9%,其中有4条偏母型引物,5条偏父型引物,2条互补型引物,2条其他型引物。用互补型引物DC1-EM9和ME5-EM20对航椒4号和航椒5号进行了各100粒种子SRAP鉴定,所测纯度分别为100%和97.3%,与田间纯度100%和99.5%非常接近,表明了SRAP分子标记技术是鉴定辣椒一代杂种纯度的有效方法,具有准确、可靠、快速的特点,在辣椒杂交种子纯度室内快速检测中有很大的应用前景。     

主要樱桃番茄品种的分子鉴别

采用RAPD、RGA和SRAP分子标记技术对10个主要樱桃番茄品种进行了分子鉴别的研究。14个RAPD随机引物扩增后共产生了29个多态性位点；1对RGA引物产生了10个多态性位点；1对SRAP引物产生了5个多态性位点。分析单引物的品种鉴别能力发现，RGA和SRAP标记具有较高的鉴别效率。通过双引物组合分析发现，利用RAPD引物S311和RGA引物组PK1＋PK2可以将10个樱桃番茄品种区分开来，获得了各品种独特的核酸指纹。另外，在标记位点较多的情况下聚类结果基本上可以反映各品种之间生物学性状的相似性及亲缘关系的远近，但当标记位点数过少情况下，在一定程度上将使聚类结果失去本意。