6个野鸭群体的遗传多样性及其与绍兴麻鸭的亲缘关系分析

为了探讨野鸭的遗传多样性和与家鸭的亲缘关系,本研究利用短串联重复序列(short tandem repeat,STR)分型技术对绿头野鸭(Anas platyrhynchos)、西湖野鸭(A.platyrhynchos)、奉化野鸭(A.platyrhynchos)、斑嘴野鸭(A.poecilorhyncha)、针尾野鸭(A.acuta)和赤嘴潜鸭(Netta rufina)6个野鸭群体(共计269只),以及家鸭品种绍兴麻鸭(A.platyrhynchos domestic)60个个体在11个位点上的遗传多样性进行了检测.结果表明,在7个群体中共检测到了141个有效等位基因(effective number of alIeles,Ne),平均有效等位基因为12.821,期望杂合度(expected heterozygosity,He)为0.856,多态信息含量(polymorplism information content,PIC)为0.845.11个位点均为中高度多态位点,适用于鸭的遗传多样性分析.7个群体的遗传多样性丰富,PIC在0.310～0.960之间.F-统计量分析显示,所有位点的Fst在0.047～0.469之间,平均为0.171,表明群体间的遗传变异较大.Nei氏遗传距离分析及系统发育树显示,绿头野鸭、西湖野鸭、奉化野鸭和绍兴麻鸭遗传距离较近,与赤嘴潜鸭、斑嘴野鸭和针尾野鸭的遗传距离较远,同时这3个群体间的遗传距离也较远,并且赤嘴潜鸭单独聚为一类.此外,绍兴麻鸭与绿头野鸭遗传距离远小于其与斑嘴野鸭的遗传距离,提示绍兴麻鸭起源于绿头野鸭的可能性更大.本研究通过对6个野鸭品种的遗传多样性及与绍兴麻鸭的亲缘关系分析,进一步完善了野鸭与家鸭的遗传结构.     

江西野生毛花猕猴桃群体SSR遗传多样性研究

为分析江西野生毛花猕猴桃群体遗传多样性,以江西省境内的5个野生毛花猕猴桃雄性群体(72个个体)为试验材料,采用SSR分子标记技术,选取15对多态性引物,利用聚丙烯酰胺电泳对PCR产物进行检测。结果表明,15对SSR引物共检测到86个位点,多态性位点百分率为100.0%;观察到的平均等位基因数为5.733,有效等位基因数为3.002,Shannon信息指数为1.046。表观杂合度介于0.111~0.819之间,预期杂合度介于0.041~0.876之间,遗传分化系数为2.01,野生毛花猕猴桃雄性群体间存在较大的遗传分化。5个毛花猕猴桃雄性群体遗传距离范围为0.102~0.409,遗传相似度范围为0.665~0.903,群体间遗传距离与地理距离无相关性。群体的遗传多样性丰富度依次为庐山>井冈山>南源山>武功山>麻姑山,江西地区供试的野生毛花猕猴桃雄性群体在分子水平上具有丰富的多态性。本研究结果为毛花猕猴桃雄性品种选育、种质创新与利用提供了一定的理论基础。     

静宁鸡和固原鸡品种划分的分子遗传基础

甘肃静宁鸡和宁夏固原鸡具有相似的形成历史，被合并为静原鸡收录在中国家禽品种志。当地对此持有不同的看法，认为这两个品种不应合并为一个品种，而应为两个不同的品种。研究利用26个微卫星标记对两群体进行分析，计算两群体中各标记的等位基因数、有效等位基因数、杂合度以及群体间的Nei氏遗传距离、遗传相似系数和分化系数。结果表明，静宁鸡中各标记的观察等位基因数目为1～16，平均为5．962，平均有效等位基因数目为3．254；固原鸡中各标记的观察等位基因数目为1～14，平均为5．615，平均有效等位基因数目为3．222。静宁鸡中各标记观察杂合度为0～0．839，平均为0．558；固原鸡中各标记观察杂合度为0～0．867，平均为0．515。静宁鸡和固原鸡间的遗传距离为0．0876，遗传相似系数为0．9161。说明两群体具有相似的血缘、相似的遗传基础，中国家禽品种志将这两个品种合并为一个品种是有一定道理的。研究为解决类似的品种定名争执提供了新的方法。     

用微卫星标记分析中国山羊品种的遗传多样性和群体遗传结构

本研究采用联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)推荐的9对微卫星标记,结合荧光标记PCR技术,检测了我国39个地方山羊(Capra hircus)品种和1个引进山羊品种的遗传多样性,为中国山羊系统分类和遗传资源保护利用提供科学依据.各山羊群体期望杂合度在0.4346～06951之间,遗传分化处于中等水平,FsT为0.115,GsT为0.112.群体间和群体内的遗传变异率分别为13.3%和86.7%;UPGMA聚类结果、主成分分析结果和贝叶斯分组方法基本一致,40个山羊品种可分为5大支系,波尔山羊单独为一个支系,中国山羊分为4个支系:西南支系、华南支系、华中支系和北方支系.中国山羊遗传多样性丰富,遗传变异主要来源于群体内,育种潜力大.     

中国家鸭的分子遗传多样性及其起源探讨

本研究测定了我国重点保护的8个家鸭品种及斑嘴野鸭的线粒体DNA D-loop区667bp序列,分析了这8种家鸭的遗传多态性和起源。遗传多态性分析结果显示A、G、C、T碱基平均含量分别为25.5%,15.3%,33.4%,25.8%;变异类型为转换和颠换,未发现缺失与插入。确定了20种单倍型,Hap2（A7）为家鸭的主体单倍型型,平均单倍型多样度为0.67136,平均核苷酸多样度为0.00192,攸县麻鸭单倍型多样度、核苷酸多样度最高,8个品种之间双参数遗传距离为0.00056-0.00414,其中连城白鸭和攸县麻鸭之间遗传距离最大。38种单倍型系统发生研究表明,8种家鸭都单一地起源于绿头鸭。     

秦巴山区黄牛群体的微卫星DNA遗传多样性

为分析秦巴山区西镇牛、赤崖牛、陨巴牛和宣汉牛4个黄牛(Bos taurus)品种的遗传多样性,本研究以蜀宣花牛和郏县红牛作对照,利用12对微卫星引物对6个黄牛品种的289头黄牛个体进行了遗传多样性检测,统计了各品种的等位基因及频率、有效等位基因数、遗传杂合度、多态信息含量及各群体间遗传距离,并对其进行聚类分析.结果表明,6个黄牛品种在12个微卫星位点共发现110个等位基因,等位基因频率为0.001 6～0.517 3,总群体各位点平均有效等位基因数为2.787 7～7.132 6;各位点多态信息含量为0.5192～0.895 3;平均杂合度为0.667 2～0.724 1.群体间发现特有等位基因11个,基因频率为0.008 1～0.381 6;优势等位基因(P＞0.4) 19个,基因频率为0.403 2～0.820 0;共有等位基因41个,占全部等位基因的37.27％,仅有13个共有等位基因为优势等位基因(P＞0.4),占37.71％.群体间Nei's遗传一致度为0.596 5～0.840 8,标准遗传距离(Ds)为0.173 5～0.524 7.聚类分析结果显示,6个黄牛品种聚为3类,陨巴牛与宣汉牛首先聚在一起,然后同西镇牛聚在一类;赤崖牛与郏县红牛聚为一类;蜀宣花牛自成一类.研究结果表明,12对微卫星标记可用于秦巴山区黄牛遗传多样性的分析,秦巴山区各黄牛品种遗传多样性丰富,选育程度不同,4个黄牛品种虽然地理分布格局相近,自然环境相似,但亲缘关系并非相近,应为来源不同的品种.因此,西镇牛、赤崖牛、陨巴牛和宣汉牛不宜合并为1个品种.本研究所揭示的秦巴山区黄牛品种的遗传分化特点及亲缘关系,为研究品种的遗传共适应特点,预测杂交优势,制定育种战略等提供了科学依据.     

湖北乌羊与3个地缘邻近山羊品种间的遗传趋异性研究

本研究以波尔山羊(Capra hircus)为外缘,研究湖北乌羊与地缘邻近的酉州乌羊、麻城黑山羊、南江黄羊3个山羊品种间的遗传分化程度及基因流动情况。利用14对单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)位点对5个品种的基因杂合度(allele heterozygosity,h)、香农指数(Shannon-Weiner index,S)和有效等位基因数(the efficient allelic number,Ne)等反映群体遗传多样性的数据进行分析;通过分析湖北乌羊与其他3个地方山羊品种的基因流动(Nm)、遗传分化(genetic differentiation)情况,研究遗传分化和地理距离(D)之间的关系,并利用遗传距离(Ds)构建5个山羊群体的聚类图。结果表明,在5个山羊品种中,湖北乌羊具有最高的遗传多样性,与其他4个品种间的Nm大小在1.571 6~3.178 7之间,表明基因流动较大;群体间分化系数(Fst)在0.072 9~0.137 2之间,呈中度分化。非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)构建的聚类图表明,湖北乌羊与其地缘临近的3个品种间存在较大的遗传分化而自成一支。研究还发现,湖北乌羊与其他3个地方品种间的标准遗传距离与地理距离间存在相关(r=0.934),遗传分化程度与地理距离存在直线相关性。研究结果提示,湖北乌羊与其地地缘临近的3个品种间仍存在较大的遗传分化,且遗传变异丰富,但该种群的快速扩散使其与其他品种间有着较大的基因流动,因此有必要采取保种措施以防止该种质遗传资源被杂交、稀释而丢失。本研究结果为湖北乌羊的保护和选育工作提供了参考依据。     

白孔雀微卫星DNA遗传多样性及其分类地位

利用14对蓝孔雀(Pavo cristatus)和绿孔雀(P.muticus)的微卫星标记对白孔雀基因组DNA进行扩增,发现都能扩增出特异性条带,每对引物扩增的平均等位基因数为1.71,有7对引物具有较丰富的多态性,其中MCW0080和MCW0098标记期望杂合度分别为0.7207和0.7571,多态信息含量分别为0.658和0.695,表现出丰富的遗传多样性和较高的选择潜力。白孔雀×蓝孔雀和绿孔雀群体的遗传多样性分析结果表明,白孔雀、绿孔雀和蓝孔雀3个群体的杂合度和遗传多样性水平都很低,期望杂合度分别为0.2579、0.2482和0.2744,群体间的遗传分化系数为9.7%,群体间分化极显著(P<0.001),白孔雀与蓝孔雀的亲缘关系最近,Reynolds'遗传距离和基因流分别为0.0295和8.6112,表明白孔雀不是蓝孔雀一个亚种。     

微卫星标记在白壳蛋鸡品系鉴定中的应用

利用10个微卫星标记，通过计算平均遗传杂合度、有效等位基因数以及DA遗传距离并进行聚类，对引进国外的新杨白壳蛋鸡配套系祖代鸡的4个系进行品系鉴定，结果表明：在LEI0252座位上A、B系和C、D系可被完全区分开；D系与B系的平均座位杂合度和平均有效等位基因数均高于A系与C系；由聚类结果可将4个系分为两类，C、D系和A、B系各为一类。     

利用微卫星标记分析6个山羊品种遗传多样性

利用微卫星标记技术,分析了山西黎城大青羊、吕梁黑山羊、阳城白山羊、新疆南疆山羊、新疆北疆山羊以及宁夏中卫山羊6个地方山羊品种的分子水平上的遗传多样性,结果表明:19个微卫星位点均为中度和高度多态位点,平均多态信息含量(PIC)达0.6859"0.7083;6个品种平均位点杂合度在0.3832"0.4277之间。遗传分化系数表明:BM203、BM023、BMS6526和BM8754个位点的遗传分化系数(GST)估算值较大,分别为0.0475、0.0491、0.0107和0.0262,BM3033值最小,为0,表明前4个位点在不同品种间的基因分化占总群杂合度的4.75#、4.91#、1.07#和2.6#;其它位点遗传分化系数(GST)值不高,遗传变异主要存在于各个品种内,品种间遗传变异不大。以Nei氏标准遗传距离的UPGMA和N-J聚类结果表明,吕梁黑山羊与阳城白山羊具有较近的亲缘关系,黎城大青羊与新疆南疆山羊具有较近的亲缘关系;以共祖距离的UPGMA和N-J聚类结果,阳城白山羊与新疆南疆山羊亲缘关系较近,山西地方山羊与新疆山羊有可能存在一定的基因交流。     

用EST-SSR标记对我国养殖斑点叉尾鮰种质资源的研究

本实验采用EST-SSRs分子遗传标记技术对福州和湖北嘉鱼县的1984年群体（P1984）、福州与辽宁辽中县的1997年群体（P1997）、湖南的2004年群体（P2004）和福州的1984年与1997年群体杂交的F1代群体（P8497)等4个斑点叉尾鮰养殖群体的遗传多样性进行研究。斑点叉尾鮰EST-SSRs是从斑点叉尾鮰ESTs 序列（表达序列标签）中开发的一种新型SSR 标记,这种新型分子标记来源于表达基因,将其用于斑点叉尾鮰遗传研究可直接反映相关基因在不同斑点叉尾鮰群体间的表达差异。本实验检测到两个功能明确的基因位点。实验结果表明有10对引物可扩增出清晰条带,其中9对引物具有多态性,可作为斑点叉尾鮰遗传标记分析,有效的多态性引物占90%,共获得32个等位基因,其中大多数引物有2～4 个等位基因,4个群体的平均等位基因数（A）为3.0000-3.4000, 平均有效等位基因数（ae）为1.9455-2.3024,平均观察杂合度（Ho）为0.4068-0.4732,平均期望杂合度（He）为0.4148-0.4907,平均多态信息含量（PIC）为0.4113-0.4829,群体间的多态性差异不显著,且各群体的遗传多样性处于中等水平。根据群体间遗传相似性系数、遗传距离及UPGMA聚类分析发现,P1997和P2004群体之间的遗传距离最近,P1984和P2004群体之间的遗传距离最远,这验证了四个群体的引入顺序。通过Hardy—Weinberg检验发现,4个群体有18.75％的位点偏离了Hardy—Weinberg平衡, 表明群体各位点的基因频率和基因型频率稳定性较好。通过F-检验发现,P2004和P8497处于不同程度的杂合子过剩状态,P1984和P1997处于杂合子缺失状态。群体间发生分化程度很弱,遗传变异主要来自群体内个体之间。     

鸭微卫星标记的筛选及其遗传多样性分析

采用磁珠富集法从AFLP片段中筛选微卫星标记,并对5个福建地方鸭品种的遗传多样性进行检测。基因组DNA用EcoRⅠ/MseⅠ内切酶酶切的同时与接头连接,酶切连接产物与用生物素标记的探针杂交,应用磁珠捕获100~2000bp含有微卫星序列的DNA片段并通过pGEM-T载体转化到大肠杆菌DH5a感受态细胞中,构建富集微卫星序列的基因组文库。随机挑选46个阳性克隆,测序获得14条含有微卫星的DNA序列并递交到GenBank（登录号：FJ599499~FJ599512）。设计合成14对微卫星引物,通过PCR优化从中选择5对引物用于5个福建地方鸭品种的遗传多样性分析。结果显示,5对微卫星引物共检测到31个等位基因,各微卫星基因座的有效等位基因数为1.969 7~2.834 4,多态信息含量和杂合度的平均值分别为0.5133和0.7480,遗传多样性丰富,说明磁珠富集法适合用于鸭微卫星标记的分离与筛选,筛选得到的5个微卫星位点可作为有效的遗传标记用于福建省地方鸭品种遗传多样性的研究。     

三种笛鲷的野生群体和养殖群体遗传多样性的微卫星分析

摘要：利用微卫星标记技术,采用10对微卫星引物对南海海域红鳍笛鲷、星点笛鲷、紫红笛鲷3种笛鲷鱼的野生种群（HYE、XYE、ZYE）和养殖种群（HYA、XYA、ZYA）进行了遗传多样性分析。10对微卫星引物在6个群体中共检测到78个等位基因,每个位点的等位基因数目在1~8个之间。6个群体的观测杂合度(Ho)为0.2500~1.0000,平均观测杂合度为：ZYE(0.9550)> ZYA(0.8900),HYE(0.8950)> HYA(0.8400),XYE(0.8450)>XYA(0.8100) ;平均多态信息含量(PIC) 为0.3648~0.7964,各野生群体均大于养殖群体;三种笛鲷鱼的野生群体和养殖群体遗传距离HYE与HYA,XYE与XYA,ZYE与ZYA分别为0.1029,0.0371,0.0135,基因分化系数分别为0.0371,0.0211,0.0352。群体遗传结构分析结果表明：红鳍笛鲷、星点笛鲷和紫红笛鲷的遗传多样性较丰富,养殖群体的遗传多样性较野生群体均有一定程度的降低,野生群体和养殖群体分化较弱。     

10个山羊品种线粒体DNA的遗传多态性研究

本文用PCR-SSCP分析了来自我国9个省和自治区的9个品种和一个国外品种安哥拉山羊，共计465个个体的线粒体DNA编码区变异情况，然后根据PCR-SSCP的结果挑选出118个个体进行D–Loop第一高变区测序,然后截取测定序列的481bp进行分析，通过这些序列分析来揭示10个山羊品种的系统发育关系。系统建树显示10个山羊品种很明显的分成了4个支系A、B、C 和 D，我们又对所有样本进行分子差异等级分析（AMOVA），品种内的方差组分占77.77%，表明10个山羊品种间没有出现显著的遗传分化，品种间表现弱的遗传结构。通过对118条序列进行歧点分布分析，得出整个山羊群体曾经历过2次群体扩张事件。     

Genetic Diversity in Tunisian Ceratonia siliqua L. (Caesalpinioideae) Natural Populations

The last two centuries witnessed the human-caused fragmentation of Tunisian Ceratonia siliqua L. (Caesalpinoideae) populations which were often represented by scattered individuals. Seventeen populations growing in four bioclimatic zones: sub-humid, upper semi-arid, mean semi-arid and lower semi-arid zones, were sampled for allozyme diversity to assess their genetic diversity and structuration using eight isozymes revealed by starch gel electrophoresis. The species showed high diversity within populations. The average number of alleles per polymorphic locus was 1.98, the percentage of polymorphic loci was 83.4% and the mean observed heterozygosity (Ho) and expected heterozygosity (He) under Hardy–Weinberg equilibrium were respectively 0.247 and 0.316. A substantial level of inbreeding within populations induced by Wahlund effect, was observed (F_IS = 0.231). High diversity resulted from the great number of genotypes in the ancestral population before fragmentation, favoured by the outbreeding of the species. High differentiation and low gene flow were detected among populations (F_ST = 0.200) and among pairs of ecological zones (0.113< F_ST <0.198). However, the differentiation coefficient of the four zones was low (F_ST = 0.085) and similar to the average F_ST for forest trees. Population structuration depends on geographic distance between sites rather than bioclimate, indicating that structuration has occurred slowly and that climatic conditions have had little effect. Nei's genetic distances (D) between populations were low and ranged from 0.004 to 0.201. Mean D value for all population was 0.087. The UPGMA clustering established for all populations through Nei's genetic distances did not clearly show that, for the majority of populations, grouping had resulted from ecological factors or geographic location. The substantial differentiation and the high genetic similarities between populations indicate that populations have been recently isolated as a result of anthropic pressure. In-situ conservation strategies must first focus on populations with a high level of genetic diversity and rare alleles. Appropriate conservation action should take account of bioclimatic zones. Ex-situ preservation should be based on a maximum number of individuals collected within populations in each ecological group and their propagation in different bioclimates by means of cuttings.     

Genetic diversity and relationships of common apricot (Prunus armeniaca L.) in China based on simple sequence repeat (SSR) markers

The common apricot (Prunus armeniaca L.) is adaptable to the diverse geographical areas throughout northern China where the original center for common apricot is worldwide. The diversity of 94 apricot samples, including 66 typical Chinese local cultivars, four kernel-using apricots, thirteen cultivars of Xinjiang (belong to Central Asian groups), ten exotic cultivars and one black apricot (Prunus dasycarpa Ehrh.) accession, were investigated using 21 simple sequence repeat markers. Totally, 662 genotypes were identified in the set of tested 93 common apricot cultivars, with an average of 31.52 genotypes per locus. The allele diversity per locus, with an average allele number of 15.14, and the heterozygosity rates, with an average expected heterozygosity value for the sample set of 0.792, were found to be higher than those in previous studies, implying that Chinese apricot germplasms presented a high level of genetic diversity. The clustering analysis and principal coordinate analysis outlined the genetic relationships of apricot cultivars tested from different geographical distributions. The results supported the traditional classification of apricot germplasm based on the ecological types, and showed that the richest diversity existed in the northern China and northwestern China local cultivars among common apricot germplasm resources tested. This study will facilitate the understanding of the evolution relationships and the conservation strategies of the genetic diversity in apricot in China.     

江西青岚湖五种淡水蚌遗传多样性的微卫星DNA分析

利用北美Epioblasma capsaeformis（蚌科）和中欧Margaritifera margaritifera L.（珍珠蚌科）两种淡水双壳类的20对微卫星引物对江西青岚湖五种淡水蚌群体进行了PCR扩增，筛选出8对多态性较高的引物，并用这8个微卫星座位分别对三角帆蚌、褶纹冠蚌、洞穴丽蚌、射线裂脊蚌和中国尖嵴蚌五种蚌类群体进行了遗传多样性分析。结果表明：不同蚌类群体的平均等位基因数为2.8750～4.000，平均观测杂合度（HO）为0.4417～0.6333，平均期望杂合度（HE）为0.4430～0.5706，平均多态信息含量（PIC）为0.368～0.498，五个群体表现出较高的遗传多样性。有多个座位在不同蚌类群体中偏离哈代－温伯格平衡。五种蚌类群体间的遗传距离在0.6228与1.4724之间，三角帆蚌和褶纹冠蚌之间的遗传距离最大，射线裂脊蚌和洞穴丽蚌之间的遗传距离最小。     

白孔雀微卫星DNA遗传多样性分析及其分类地位的探讨

利用14对蓝孔雀和绿孔雀的微卫星标记对白孔雀基因组DNA进行扩增,发现都能扩增出特异性条带,每对引物扩增的平均等位基因数为1.71,有7对引物具有较丰富的多态性,其中MCW0080和MCW0098最为理想。白孔雀与蓝孔雀和绿孔雀群体的遗传多样性分析结果表明,白孔雀、绿孔雀和蓝孔雀3个群体的杂合度和遗传多样性水平都很低,期望杂合度分别为0.2579、0.2482和0.2744,群体间的遗传分化系数为9.7%,群体间分化极显著(P<0.001),白孔雀与蓝孔雀的亲缘关系最近, Reynolds'遗传距离和基因流分别为0.0295和8.6112。本试验结果支持白孔雀不能成为蓝孔雀的一个亚种而只是一个品系的观点。     

12个地方鸡种遗传多态性的AFLP指纹分析

利用6对AFLP引物组合对中国12个地方鸡种进行了遗传检测，构建了各个品种的AFLP DNA指纹图谱，根据AFLP分析结果, 统计了每个引物组合在各个品种中检测到的多态性条带和特异性条带，计算了12个地方鸡种的遗传相似系数和遗传距离，并据此构建了UPGMA聚类关系图，分析了所研究鸡种的遗传关系。结果表明：6对AFLP引物组合在12个地方鸡种中共检测到279条多态性条带，平均每个引物组合产生46.5条多态性标记，同时在每个品种群体中还检测到了数量不等的特异性条带，其中寿光鸡和东乡黑鸡最多，为9条，旧院黑鸡和兴义矮脚鸡最少，为1条。12 个鸡种聚为3类，鸡种间的遗传相似系数及聚类结果与所保存的地方鸡种的地理分布、现实状况是相吻合的。从而表明AFLP指纹用于我国地方鸡种遗传多态性分析、品种的鉴定及品种间的亲缘关系分析是可行的。