野生型工业酿酒酵母Miseq测序方法的建立

新一代测序方法在基因组学研究应用日趋广泛,已经成为工业酿酒酵母菌株基因组学研究的重要技术平台,但对工业酿酒酵母新一代测序技术方法缺乏详细报道。Miseq是小型新一代基因组测序仪,本文报道我们自建的野生型工业酿酒酵母基因组Miseq测序方法。该方法包括：制备分离a型和α型交配型的单倍体菌株、采用电泳和分光光度法方法监控基因组文库建立、优化上机文库浓度后测序。其中电泳和分光光度法方法为首创的文库质量监控简易方法,质控检测得到酿酒酵母工业菌株测序条件为：菌株的基因组文库DNA片段大小为250-850bp且主要集中在350-550bp,文库浓度范围为7-13ng/μL;上机测序文库的优化浓度为20pM。     

高通量测序技术在微生物分子生态学研究中的应用

微生物在众多的自然和人工生态系统中发挥着核心的作用,但能够被培养分离的微生物在大部分生态系统中只占极少一部分,极大地限制了人们对微生物组成、功能及其潜在应用的认识。分子生物学方法,尤其是高通量测序技术应用到微生物生态学研究中,为认识微生物多样性、群落结构组成及其生态功能提供了有利手段。高通量测序作为一种新兴的免培养分子生物学技术,具备检测快速、准确、信息全面丰富等特点。随着高通量测序技术的不断升级换代,测序通量、读长和准确度的不断提升以及成本的大幅下降,该技术在过去十几年间被迅速应用于土壤、水体和肠道等微生物区系的研究中。本文简述了基于高通量测序技术的PCR产物测序技术和宏基因组学测序技术的原理、发展历程、数据分析方法与应用,以及宏基因组学测序技术在病毒学领域的应用,以期为微生物分子生态学研究提供参考。     

全基因组测序方法用于突变研究

美国斯托瓦斯医学研究所研发了一种“全基因组测序法”定位果蝇突变基因的方法。这项新的技术方法能大幅度减少寻找果蝇的突变基因所花费的时间和精力。     

人类基因组测序在疾病预防和治疗中的应用(英文)

由于在 DNA 测序技术上的重大突破,基因组测序已经成为了医疗中重要的工具。1000 基因组项目和 ENCODE 项目对于基因组中变异和功能提供了全面的注释,这对于测序技术在医疗中的应用将会有巨大的助益。如今测序技术在检测造成罕见孟德尔遗传疾病的突变上取得了巨大的成功。此外,对于癌症基因组的测序能够全面地检测基因组中的各种变异,这为癌症带来了更加准确的分类和更加靶定的治疗方案。相对而言,基因组测序在常见疾病和病毒细菌治疗上的应用还十分有限,但其前景仍非常光明。更加重要的是,了解基因组的信息不仅可以帮助疾病治疗,还能够在疾病预防中发挥巨大的作用(比如,婴儿基因遗传病的提前检查预测)。整个社会仍然需要解决诸如高成本,测序数据处理中对大量计算处理的高硬件需求和不成熟的交流渠道来真正的使测序技术完全在临床医疗中发挥出其作用。但是,这些问题都极可能在不远的将来由新的测序技术,云计算和更好的教育一一解决。本综述着重于介绍了最近几年基因组测序在疾病治疗和预防方面的新应用和新成果。     

云计算在高通量测序数据分析中的应用

高通量测序技术在DNA测序发展历程中具有里程碑的意义。本文首先介绍了高通量测序及其主要应用。高通量测序应用广泛,产生的数据具有数据量大、序列短等特点。高通量数据分析面临巨大挑战。一方面,我们可以不断改进算法,来提高软件运行的效率,另一方面,我们可以利用更多更快的硬件资源提高数据处理的效率。云计算具有低成本、高自动性、高灵活性等特点,可作为高通量数据分析的一种解决方案。云计算已经在高通量数据分析中有广泛的应用。本文介绍了几款常用软件和综合分析平台,为选择和使用和该类软件提供指导。     

科学家完成金小蜂基因组测序

近日,美国罗切斯特大学生物学教授John H.Werren和贝勒医学院基因组测序中心的Stephen Richards领导完成了3种寄生性金小蜂（Nasonia vitripennis,N.giraulti和N.longicornis）的基因组测序。     

果树叶绿体基因组测序及系统发育研究进展

叶绿体是植物细胞中进行光合作用的细胞器,含有相对独立的基因组信息,这些遗传信息在揭示物种起源、进化及不同物种间的亲缘关系等方面具有重要价值。同时,叶绿体转基因技术因其定点整合、高效表达及安全性好的优势成为植物基因工程的研究热点之一。本文归纳了果树叶绿体分离、叶绿体DNA提取以及测序的发展历程,基于叶绿体全基因组测序结果探讨了果树叶绿体基因组的组成、结构特点及其与系统发育的关系,旨在进一步了解果树叶绿体基因组的研究现状、发展趋势和应用前景。     

桉树EST—PCR产物测序方案的优化

EST—PCR产物测序是EST标记开发的重要步骤。本研究利用乙醇-醋酸钠法、清洁试剂盒、虾碱磷酸酶（SAP）-核酸外切酶Ⅰ（ExoⅠ）法和凝胶回收试剂盒4种方法，对6个桉树EST-PCR产物的纯化效果和测序结果进行了比较，推荐乙醇-醋酸钠法为首选的纯化方法；利用测序试剂盒Bigdye Terminator V3．1，对1／2、1／4、1／8、1／16和1／32标准用量（8．0μL）的测序结果的分析表明，1／16和1／32用量仍可有效测序，均可作为优先的测序试剂用量。同时，也发现EST-PCR扩增谱带单一、明亮的序列与设计的目标EST具有较好的同源性，开发SNP和Indel标记的潜力极大，但较弱的谱带则可能是非特异性扩增的产物。乙醇-醋酸钠法纯化和Bigdye Terminator1／16或1／32用量的测序方案，具有成本低和操作简便的优点，适合96孔板或384孔板大规模EST—PCR产物的测序。     

基于Illumina测序技术挖掘Bt杀虫基因资源

苏云金芽孢杆菌作为应用最为广泛的生物农药,已经成为化学合成农药必要的补充或替代品,其杀虫蛋白基因已成功的应用到转基因抗虫作物中。本文基于海南五指山和吊罗山热带原始雨林区土壤样品筛选分离的Bt菌株资源,利用第二代测序技术Illumina对分离的特异Bt菌株的杀虫基因进行全面分析,鉴定出新型Bt杀虫蛋白基因25个,其中包括5个新型的营养期杀虫蛋白基因（vip）和3个新型cyt基因。本研究表明第二代DNA测序技术可以高效用于挖掘Bt杀虫基因资源,而获得的新型杀虫蛋白基因将进一步丰富我国能够应用的杀虫基因种类。     

全基因组测序(WGS)在畜禽群体进化和功能基因挖掘中的应用

全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)是指通过高通量测序技术对物种个体或群体的基因组进行测序,并通过生物信息学技术对序列特征进行分析,以在全基因组水平探究物种的进化规律和筛选功能基因,主要包括从头测序(de novo)和重测序(re-sequencing).WGS具有信息全面、精确、高效等优点,尤其能对未知基因和未知结构变异进行高效探索,随着高通量测序技术的发展,WGS成本快速降低,使其迅速超越传统策略,成为当前群体进化分析和功能基因挖掘的最主要研究策略,并在畜禽中得到广泛应用.目前已经对鸡(Gallus gallus)、猪(Sus scrofa)、牛(Bos taurus)、绵羊(Ovis aries)、山羊(Caprahircus)、马(Equus caballus)、鸭(Anas platyrhynchos)和狗(Canis lupus)等畜禽进行了大量WGS研究,探究了畜禽进化规律,并挖掘出许多关键功能基因.此外,WGS在未来畜禽泛基因组的构建和全基因组选择育种中也将有广泛的应用.本文主要对WGS的特征和发展进行了介绍,概述和讨论了其在畜禽群体进化和功能基因挖掘中的应用,并简述了其关键要点和应用前景,以期为WGS在畜禽中得到进一步的应用提供理论参考.