10个山羊品种线粒体DNA的遗传多态性研究

本文用PCR-SSCP分析了来自我国9个省和自治区的9个品种和一个国外品种安哥拉山羊，共计465个个体的线粒体DNA编码区变异情况，然后根据PCR-SSCP的结果挑选出118个个体进行D–Loop第一高变区测序,然后截取测定序列的481bp进行分析，通过这些序列分析来揭示10个山羊品种的系统发育关系。系统建树显示10个山羊品种很明显的分成了4个支系A、B、C 和 D，我们又对所有样本进行分子差异等级分析（AMOVA），品种内的方差组分占77.77%，表明10个山羊品种间没有出现显著的遗传分化，品种间表现弱的遗传结构。通过对118条序列进行歧点分布分析，得出整个山羊群体曾经历过2次群体扩张事件。     

山羊FSHR基因第10外显子的PCR-SSCP检测及其序列分析

利用PCR-SSCP技术检测山羊(Caprahircus)包括西农萨能奶山羊、关中奶山羊、陕南白山羊、安哥拉山羊和波尔山羊173个个体FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性(SNP)。结果未发现SNP位点。测序后获得山羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列,并在NCBI数据库中获得GenBank登录No.DQ069909和DQ069910。通过DNA序列分析发现,FSHR基因第10外显子第120位碱基不存在C→T的转换,也不存在颠换等其它遗传变化。山羊、绵羊(OvisariesL.)和普通牛(Bostaurus)FSHR基因第10外显子序列同源性比较和聚类分析结果表明,山羊、普通牛和绵羊该部分序列的相似性最高为99.3%;在物种间比较中,绵羊和普通牛纯合子该基因外显子序列的不相似性最高为3.4%;据FSHR基因外显子序列构建的分子系统树结果显示,山羊、绵羊和普通牛物种内的个体各自聚为一类;山羊和绵羊先聚为一类,然后再与普通牛聚为一类。提示FSHR基因第10外显子的核苷酸序列适合于物种间的动物分子树的构建。     

of Goat Follicle-stimulating Hormone Receptor (FSHR) Gene

利用PCR-SSCP技术检测山羊(Capra hircus)包括西农萨能奶山羊、关中奶山羊、陕南白山羊、安哥拉山羊和波尔山羊173个个体FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性 (SNP)。结果未发现SNP位点。测序后获得山羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列， 并在NCBI数据库中获得GenBank登录No.DQ069909和DQ069910。通过DNA序列分析发现， FSHR基因第10外显子第120位碱基不存在C→T的转换，也不存在颠换等其它遗传变化。山羊、绵羊 (Ovisaries L.) 和普通牛( Bos taurus) FSHR基因第10外显子序列同源性比较和聚类分析结果表明，山羊、普通牛和绵羊该部分序列的相似性最高为99.3%；在物种间比较中，绵羊和普通牛纯合子该基因外显子序列的不相似性最高为3.4%；据FSHR基因外显子序列构建的分子系统树结果显示，山羊、绵羊和普通牛物种内的个体各自聚为一类；山羊和绵羊先聚为一类，然后再与普通牛聚为一类。提示FSHR基因第10外显子的核苷酸序列适合于物种间的动物分子树的构建。     

用微卫星标记分析中国山羊品种的遗传多样性和群体遗传结构

本研究采用联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)推荐的9对微卫星标记,结合荧光标记PCR技术,检测了我国39个地方山羊(Capra hircus)品种和1个引进山羊品种的遗传多样性,为中国山羊系统分类和遗传资源保护利用提供科学依据.各山羊群体期望杂合度在0.4346～06951之间,遗传分化处于中等水平,FsT为0.115,GsT为0.112.群体间和群体内的遗传变异率分别为13.3%和86.7%;UPGMA聚类结果、主成分分析结果和贝叶斯分组方法基本一致,40个山羊品种可分为5大支系,波尔山羊单独为一个支系,中国山羊分为4个支系:西南支系、华南支系、华中支系和北方支系.中国山羊遗传多样性丰富,遗传变异主要来源于群体内,育种潜力大.     

贵州本地山羊STAT5A基因多态性及其与生长性状关联分析

本研究通过探讨STAT5A基因SNP与山羊生长性状关联性,旨在为山羊选种选育提供更好的科学依据。实验以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究对象,采用DNA池法及PCR-SSCP技术检测STAT5A基因单核苷酸多态性。结果发现,在贵州白山羊和贵州黑山羊STAT5A基因内含子10均检测到1个SNP位点G127A,表现为3种基因型,分别命名为GG、GA和AA。基因型与生长性状关联分析显示,贵州黑山羊基因型GA个体的胸围和体重指标显著高于基因型GG个体（p〈0.05）,而其余3个指标均差异不显著（p〉0.05）;贵州白山羊基因型GA个体的体斜长、胸围和管围指标显著高于基因型GG个体（p〈0.05）,而其余指标均差异不显著（p〉0.05）。研究结果提示：STAT5A基因可能是影响山羊体重、体斜长、管围和胸围的主效基因或与主效基因连锁,G127A位点可望作为提高山羊个体生长性状的分子遗传标记。     

广东养殖尼罗罗非鱼3个不同群体MHC ⅡB基因序列多态性和遗传分化

利用一对特异性引物MHC 2b-snp-sf和MHC 2b-snp-sr,从广东省3个不同罗非鱼养殖地区（以下分别称高要群体,茂名群体,惠州群体）采集的137尾尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus,GIFT strain）的个体基因组中扩增出长度为775-796 bp的片段。克隆后测序,序列分析结果显示：775-796 bp的核苷酸序列中共检测出62个简约信息位点,49个单碱基突变位点。112个多态位点中,增添/缺失位点34个,转换位点44个,颠换位点33个,另外一个位点既出现转换（C/T）又出现颠换（A/T）。137尾个体的751个阳性克隆的测序结果分析表明,751条序列分属于4个等位基因。其中,等位基因Orni-DAB＊0101在3个群体中所占比例最高（85.2%）。等位基因的分布及群体内遗传多样性参数分析表明：高要、茂名群体遗传多样性较丰富,惠州群体遗传多样性较低。群体间的分化指数（FST值）、平均基因流（Nm）、分子方差分析（AMOVA）和平均K2-P遗传距离均表明3个养殖群体间存在广泛的基因交流,未发生群体间的遗传分化。该研究结果提供了广东地区养殖尼罗罗非鱼MHCⅡB基因的部分遗传信息,为尼罗罗非鱼抗病品系的选育提供理论依据。     

用EST-SSR标记对我国养殖斑点叉尾鮰种质资源的研究

本实验采用EST-SSRs分子遗传标记技术对福州和湖北嘉鱼县的1984年群体（P1984）、福州与辽宁辽中县的1997年群体（P1997）、湖南的2004年群体（P2004）和福州的1984年与1997年群体杂交的F1代群体（P8497)等4个斑点叉尾鮰养殖群体的遗传多样性进行研究。斑点叉尾鮰EST-SSRs是从斑点叉尾鮰ESTs 序列（表达序列标签）中开发的一种新型SSR 标记，这种新型分子标记来源于表达基因，将其用于斑点叉尾鮰遗传研究可直接反映相关基因在不同斑点叉尾鮰群体间的表达差异。本实验检测到两个功能明确的基因位点。实验结果表明有10对引物可扩增出清晰条带，其中9对引物具有多态性,可作为斑点叉尾鮰遗传标记分析，有效的多态性引物占90%，共获得32个等位基因，其中大多数引物有2～4 个等位基因，4个群体的平均等位基因数（A）为3.0000-3.4000, 平均有效等位基因数（ae）为1.9455-2.3024,平均观察杂合度（Ho）为0.4068-0.4732,平均期望杂合度（He）为0.4148-0.4907,平均多态信息含量（PIC）为0.4113-0.4829，群体间的多态性差异不显著，且各群体的遗传多样性处于中等水平。根据群体间遗传相似性系数、遗传距离及UPGMA聚类分析发现，P1997和P2004群体之间的遗传距离最近，P1984和P2004群体之间的遗传距离最远，这验证了四个群体的引入顺序。通过Hardy—Weinberg检验发现，4个群体有18.75％的位点偏离了Hardy—Weinberg平衡， 表明群体各位点的基因频率和基因型频率稳定性较好。通过F-检验发现，P2004和P8497处于不同程度的杂合子过剩状态，P1984和P1997处于杂合子缺失状态。群体间发生分化程度很弱，遗传变异主要来自群体内个体之间。     

湖北乌羊与3个地缘邻近山羊品种间的遗传趋异性研究

本研究以波尔山羊(Capra hircus)为外缘,研究湖北乌羊与地缘邻近的酉州乌羊、麻城黑山羊、南江黄羊3个山羊品种间的遗传分化程度及基因流动情况。利用14对单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)位点对5个品种的基因杂合度(allele heterozygosity,h)、香农指数(Shannon-Weiner index,S)和有效等位基因数(the efficient allelic number,Ne)等反映群体遗传多样性的数据进行分析;通过分析湖北乌羊与其他3个地方山羊品种的基因流动(Nm)、遗传分化(genetic differentiation)情况,研究遗传分化和地理距离(D)之间的关系,并利用遗传距离(Ds)构建5个山羊群体的聚类图。结果表明,在5个山羊品种中,湖北乌羊具有最高的遗传多样性,与其他4个品种间的Nm大小在1.571 6~3.178 7之间,表明基因流动较大;群体间分化系数(Fst)在0.072 9~0.137 2之间,呈中度分化。非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)构建的聚类图表明,湖北乌羊与其地缘临近的3个品种间存在较大的遗传分化而自成一支。研究还发现,湖北乌羊与其他3个地方品种间的标准遗传距离与地理距离间存在相关(r=0.934),遗传分化程度与地理距离存在直线相关性。研究结果提示,湖北乌羊与其地地缘临近的3个品种间仍存在较大的遗传分化,且遗传变异丰富,但该种群的快速扩散使其与其他品种间有着较大的基因流动,因此有必要采取保种措施以防止该种质遗传资源被杂交、稀释而丢失。本研究结果为湖北乌羊的保护和选育工作提供了参考依据。     

甜菜品种（系）的ISSR标记数字指纹图谱构建及聚类分析

摘要：本文针对来源于荷兰的4个引进甜菜品种和国内的6个甜菜品系（其中2个为一年生野生甜菜）进行了ISSR指纹图谱构建和聚类分析研究。筛选出稳定性高且多态性好的6个引物用于试验。利用筛选的6条引物ISSR-PCR 共扩增出51个条带, 其中多态性条带百分率为86.3%. 利用该6条引物ISSR-PCR建立的指纹图谱能将试验中的全部甜菜品种都鉴定区分开。只利用2条引物L1和UBC846 扩增的8个多态性条带构建了10个甜菜品种（系）的数字指纹识别码,该数字指纹图谱能完全区分10个甜菜品种（系）,结果显示ISSR 指纹图谱能非常有效的鉴定不同的甜菜品种。利用生物软件NTSYS-pc针对10个试验甜菜品种（系）的ISSR 扩增条带进行遗传相似性聚类分析,结果显示10个甜菜品种（系）的相似系数为0.43与0.83之间,平均为0.62。利用非加权组平均法（UPGMA）进行聚类分析,结果显示10个甜菜品种（系）聚类为2个组和3个亚组。UPGMA 聚类分析能清楚的显示10个甜菜群体间的遗传关系并且聚类结果与10个甜菜群体的特性一致, 说明ISSR标记能用于甜菜不同群体间遗传距离的评估。     

山羊美臀突变基因（CLPG）的多态性鉴定及其与生产性能的关系

Callipyge绵羊的臀部肌肉明显肥大，呈极性超显性遗传。研究克隆了山羊（Capra hircas）美臀突变基因(CLPG) 250 bp的序列(GenBank登录号：EU753362), 对其多态性及其与山羊生产性能的关系进行了分析。结果表明，所扩增片段与绵羊和猪相应片段的同源性分别为96.04%和88.65%。PCR-SSCP分析表明，在该DNA区段存在多态性。测序结果显示，在对应于绵羊（Ovis aries）的CLPG基因没有发现A→G的突变，但在该位点下游147 bp处检测到一个A→C的颠换，记为SNP216。对波尔山羊(n　=63)、莱芜黑山羊(n　=70)、鲁波杂交山羊(n　=40)、鲁北白山羊(n　=29)和内蒙古阿拉善白绒山羊(n　=115)共5个群体的多态性进行了检测，结果表明：除鲁北白山羊以外，A等位基因均为优势等位基因；波尔山羊、莱芜黑山羊、鲁北白山羊和鲁波杂交山羊群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P　＞0.05），而内蒙古阿拉善白绒山羊群体显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P　＜0.01）；不同基因型的内蒙古阿拉善白绒山羊的初生重、从出生到断奶时的增重及产绒量的最小二乘均值差异不显著（P　＞0.5）。