鳜原种群体和养殖群体遗传多样性的微卫星分析

本研究利用20对微卫星引物对鳜（Sinipelrca chuatsi）原种群体和养殖群体进行遗传多样性分析。结果表明,在鳜原种群体中检测到多态性位点14个,养殖群体11个。在两个群体中共检测到等位基因数96个,其中原种群体检测到等位基因数53个,每个位点的等位基因数在1～7之间,平均有效等位基因数为2．7390;养殖群体检测到等位基因数43个,每个位点的等位基因数在1-6之间,平均有效等位基因数为2．1284。原种群体的平均观察杂合度0．5708,Nei氏期望杂合度0．5295,平均多态信息含量PIC0．5353;养殖群体的平均观察杂合度0．3839,Nei氏期望杂合度0．4011,平均多态信息含量PIC0．5043。因此,与养殖群体相比,鳜原种群体仍有丰富的遗传多样性。本研究可为鳜种质资源的保护、监测和遗传育种提供分子水平上的数据。     

三种笛鲷的野生群体和养殖群体遗传多样性的微卫星分析

摘要：利用微卫星标记技术,采用10对微卫星引物对南海海域红鳍笛鲷、星点笛鲷、紫红笛鲷3种笛鲷鱼的野生种群（HYE、XYE、ZYE）和养殖种群（HYA、XYA、ZYA）进行了遗传多样性分析。10对微卫星引物在6个群体中共检测到78个等位基因,每个位点的等位基因数目在1~8个之间。6个群体的观测杂合度(Ho)为0.2500~1.0000,平均观测杂合度为：ZYE(0.9550)> ZYA(0.8900),HYE(0.8950)> HYA(0.8400),XYE(0.8450)>XYA(0.8100) ;平均多态信息含量(PIC) 为0.3648~0.7964,各野生群体均大于养殖群体;三种笛鲷鱼的野生群体和养殖群体遗传距离HYE与HYA,XYE与XYA,ZYE与ZYA分别为0.1029,0.0371,0.0135,基因分化系数分别为0.0371,0.0211,0.0352。群体遗传结构分析结果表明：红鳍笛鲷、星点笛鲷和紫红笛鲷的遗传多样性较丰富,养殖群体的遗传多样性较野生群体均有一定程度的降低,野生群体和养殖群体分化较弱。     

白孔雀微卫星DNA遗传多样性及其分类地位

利用14对蓝孔雀(Pavo cristatus)和绿孔雀(P.muticus)的微卫星标记对白孔雀基因组DNA进行扩增,发现都能扩增出特异性条带,每对引物扩增的平均等位基因数为1.71,有7对引物具有较丰富的多态性,其中MCW0080和MCW0098标记期望杂合度分别为0.7207和0.7571,多态信息含量分别为0.658和0.695,表现出丰富的遗传多样性和较高的选择潜力。白孔雀×蓝孔雀和绿孔雀群体的遗传多样性分析结果表明,白孔雀、绿孔雀和蓝孔雀3个群体的杂合度和遗传多样性水平都很低,期望杂合度分别为0.2579、0.2482和0.2744,群体间的遗传分化系数为9.7%,群体间分化极显著(P<0.001),白孔雀与蓝孔雀的亲缘关系最近,Reynolds'遗传距离和基因流分别为0.0295和8.6112,表明白孔雀不是蓝孔雀一个亚种。     

白孔雀微卫星DNA遗传多样性分析及其分类地位的探讨

利用14对蓝孔雀和绿孔雀的微卫星标记对白孔雀基因组DNA进行扩增,发现都能扩增出特异性条带,每对引物扩增的平均等位基因数为1.71,有7对引物具有较丰富的多态性,其中MCW0080和MCW0098最为理想。白孔雀与蓝孔雀和绿孔雀群体的遗传多样性分析结果表明,白孔雀、绿孔雀和蓝孔雀3个群体的杂合度和遗传多样性水平都很低,期望杂合度分别为0.2579、0.2482和0.2744,群体间的遗传分化系数为9.7%,群体间分化极显著(P<0.001),白孔雀与蓝孔雀的亲缘关系最近, Reynolds'遗传距离和基因流分别为0.0295和8.6112。本试验结果支持白孔雀不能成为蓝孔雀的一个亚种而只是一个品系的观点。     

利用微卫星标记分析马氏珠母贝4个养殖群体遗传结构

2007年4月,从马氏珠母贝基础群体选取2、4、32和158个亲本分别繁殖4个子代群体,分别命名为P1、P2、P3和P4。2009年7月,从这4个子代群体随机取样30个个体,利用7对微卫星引物分析其遗传结构。结果表明,7对微卫星引物共检测到22个等位基因,每个座位的等位基因数目为2~4个,平均等位基因数为3个,平均有效等位基因数为2.3193。P1、P2、P3和P4群体平均观测杂合度分别为0.4737、0.5489、0.6767和0.7143;P1、P2、P3和P4群体平均期望杂合度分别为0.4737、0.5489、0.6767和0.7143;P1、P2、P3和P4群体的多态信息含量分别为0.4472、0.4224、0.4726和0.4930。本结果表明4个养殖群体均具有较高的遗传多样性,而且有效亲本数目对子代遗传结构有较大的影响,这为马氏珠母贝的遗传育种提供依据。     

EST-SSR标记对我国斑点叉尾鮰种质资源的研究

采用EST-SSRs对福建和湖北的1984年群体（P1984）、福建与辽宁的1997年群体（P1997）、湖南的2004年群体（P2004）和福建的1984年与1997年群体杂交的F。代群体（P8497）等4个斑点叉尾鮰（Ictalurus punctatus）养殖群体的遗传多样性进行了研究。结果表明,有10对引物可扩增出清晰条带,其中9对引物具有多态性,共获得32个等位基因,4个群体的平均等位基因数（A）为3．00-3．40,平均有效等位基因数（Ac）为1．95～2．30,平均观察杂合度（Ho）为O．4768-0．5982,平均期望杂合度（Ho）为004913-0．5695,平均多态信息含量（PIC）为0．4113-0．4829,群体间的多态性差异不显著,且各群体的遗传多样性处于中等水平。根据群体间遗传相似性系数、遗传距离及UPGMA聚类分析发现,P1997和P2004群体之间的遗传距离最近,P1984和P2004群体之间的遗传距离最远。4个群体有18．75％的位点偏离了Hardy-Weinberg平衡,表明群体各位点的基因频率和基因型频率稳定性较好。F-统计检验发现,P2004和P8497处于不同程度的杂合子过剩状态,P1984和P1997处于杂合子缺失状态。群体间分化程度很弱,遗传变异主要来自群体内个体之间。     

秦巴山区黄牛群体的微卫星DNA遗传多样性

为分析秦巴山区西镇牛、赤崖牛、陨巴牛和宣汉牛4个黄牛(Bos taurus)品种的遗传多样性,本研究以蜀宣花牛和郏县红牛作对照,利用12对微卫星引物对6个黄牛品种的289头黄牛个体进行了遗传多样性检测,统计了各品种的等位基因及频率、有效等位基因数、遗传杂合度、多态信息含量及各群体间遗传距离,并对其进行聚类分析.结果表明,6个黄牛品种在12个微卫星位点共发现110个等位基因,等位基因频率为0.001 6～0.517 3,总群体各位点平均有效等位基因数为2.787 7～7.132 6;各位点多态信息含量为0.5192～0.895 3;平均杂合度为0.667 2～0.724 1.群体间发现特有等位基因11个,基因频率为0.008 1～0.381 6;优势等位基因(P＞0.4) 19个,基因频率为0.403 2～0.820 0;共有等位基因41个,占全部等位基因的37.27％,仅有13个共有等位基因为优势等位基因(P＞0.4),占37.71％.群体间Nei's遗传一致度为0.596 5～0.840 8,标准遗传距离(Ds)为0.173 5～0.524 7.聚类分析结果显示,6个黄牛品种聚为3类,陨巴牛与宣汉牛首先聚在一起,然后同西镇牛聚在一类;赤崖牛与郏县红牛聚为一类;蜀宣花牛自成一类.研究结果表明,12对微卫星标记可用于秦巴山区黄牛遗传多样性的分析,秦巴山区各黄牛品种遗传多样性丰富,选育程度不同,4个黄牛品种虽然地理分布格局相近,自然环境相似,但亲缘关系并非相近,应为来源不同的品种.因此,西镇牛、赤崖牛、陨巴牛和宣汉牛不宜合并为1个品种.本研究所揭示的秦巴山区黄牛品种的遗传分化特点及亲缘关系,为研究品种的遗传共适应特点,预测杂交优势,制定育种战略等提供了科学依据.     

用EST-SSR标记对我国养殖斑点叉尾鮰种质资源的研究

本实验采用EST-SSRs分子遗传标记技术对福州和湖北嘉鱼县的1984年群体（P1984）、福州与辽宁辽中县的1997年群体（P1997）、湖南的2004年群体（P2004）和福州的1984年与1997年群体杂交的F1代群体（P8497)等4个斑点叉尾鮰养殖群体的遗传多样性进行研究。斑点叉尾鮰EST-SSRs是从斑点叉尾鮰ESTs 序列（表达序列标签）中开发的一种新型SSR 标记,这种新型分子标记来源于表达基因,将其用于斑点叉尾鮰遗传研究可直接反映相关基因在不同斑点叉尾鮰群体间的表达差异。本实验检测到两个功能明确的基因位点。实验结果表明有10对引物可扩增出清晰条带,其中9对引物具有多态性,可作为斑点叉尾鮰遗传标记分析,有效的多态性引物占90%,共获得32个等位基因,其中大多数引物有2～4 个等位基因,4个群体的平均等位基因数（A）为3.0000-3.4000, 平均有效等位基因数（ae）为1.9455-2.3024,平均观察杂合度（Ho）为0.4068-0.4732,平均期望杂合度（He）为0.4148-0.4907,平均多态信息含量（PIC）为0.4113-0.4829,群体间的多态性差异不显著,且各群体的遗传多样性处于中等水平。根据群体间遗传相似性系数、遗传距离及UPGMA聚类分析发现,P1997和P2004群体之间的遗传距离最近,P1984和P2004群体之间的遗传距离最远,这验证了四个群体的引入顺序。通过Hardy—Weinberg检验发现,4个群体有18.75％的位点偏离了Hardy—Weinberg平衡, 表明群体各位点的基因频率和基因型频率稳定性较好。通过F-检验发现,P2004和P8497处于不同程度的杂合子过剩状态,P1984和P1997处于杂合子缺失状态。群体间发生分化程度很弱,遗传变异主要来自群体内个体之间。     

利用微卫星DNA标记分析7个绵羊群体遗传多样性与系统发育

摘要:实验室检测了甘肃藏羊、甘南藏羊、湖羊、青海藏羊、小尾寒羊、滩羊、岷县黑裘皮7个绵羊群体268只个体15个微卫星座位等位基因,进而开展了等位基因变异分析、杂合度分析、哈代—温伯格比率检验、遗传距离估算、系统发生树构建和遗传结构推导。结果表明：7个绵羊群体在15个微卫星座位上共发现187个等位基因。哈代—温伯格比率偏差检验中共发现43个“群体-座位”偏离了哈代—温伯格比率,其中湖羊偏离哈代-温伯格比率的“群体-座位”数最多。群体杂合度分析表明青海藏羊群体的遗传多样性较丰富,而湖羊和岷县黑裘皮羊的遗传多样性较低。遗传距离和系统发生树的分析表明,滩羊、小尾寒羊和湖羊亲缘关系较近,类群起源上享有共同的祖先,岷县黑裘皮羊与其它6个绵羊群体遗传关系较远,7个绵羊群体的遗传结构推演为三类。     

江西青岚湖五种淡水蚌遗传多样性的微卫星DNA分析

利用北美Epioblasma capsaeformis（蚌科）和中欧Margaritifera margaritifera L.（珍珠蚌科）两种淡水双壳类的20对微卫星引物对江西青岚湖五种淡水蚌群体进行了PCR扩增，筛选出8对多态性较高的引物，并用这8个微卫星座位分别对三角帆蚌、褶纹冠蚌、洞穴丽蚌、射线裂脊蚌和中国尖嵴蚌五种蚌类群体进行了遗传多样性分析。结果表明：不同蚌类群体的平均等位基因数为2.8750～4.000，平均观测杂合度（HO）为0.4417～0.6333，平均期望杂合度（HE）为0.4430～0.5706，平均多态信息含量（PIC）为0.368～0.498，五个群体表现出较高的遗传多样性。有多个座位在不同蚌类群体中偏离哈代－温伯格平衡。五种蚌类群体间的遗传距离在0.6228与1.4724之间，三角帆蚌和褶纹冠蚌之间的遗传距离最大，射线裂脊蚌和洞穴丽蚌之间的遗传距离最小。     

鸭微卫星标记的筛选及其遗传多样性分析

采用磁珠富集法从AFLP片段中筛选微卫星标记,并对5个福建地方鸭品种的遗传多样性进行检测。基因组DNA用EcoRⅠ/MseⅠ内切酶酶切的同时与接头连接,酶切连接产物与用生物素标记的探针杂交,应用磁珠捕获100~2000bp含有微卫星序列的DNA片段并通过pGEM-T载体转化到大肠杆菌DH5a感受态细胞中,构建富集微卫星序列的基因组文库。随机挑选46个阳性克隆,测序获得14条含有微卫星的DNA序列并递交到GenBank（登录号：FJ599499~FJ599512）。设计合成14对微卫星引物,通过PCR优化从中选择5对引物用于5个福建地方鸭品种的遗传多样性分析。结果显示,5对微卫星引物共检测到31个等位基因,各微卫星基因座的有效等位基因数为1.969 7~2.834 4,多态信息含量和杂合度的平均值分别为0.5133和0.7480,遗传多样性丰富,说明磁珠富集法适合用于鸭微卫星标记的分离与筛选,筛选得到的5个微卫星位点可作为有效的遗传标记用于福建省地方鸭品种遗传多样性的研究。     

Evaluation of genetic diversity in a Camelina sativa (L.) Crantz collection using microsatellite markers and biochemical traits

A genomic DNA library enriched with GA/TC repeats from Camelina sativa variety Calena has been analysed. After sequencing of about 200 randomly selected clones, approximately 60 % of them showed to contain simple or compound microsatellites with a high number of repeats. Among all microsatellite markers analysed 15 primer pairs amplified polymorphic fragments. Forty C. sativa accessions of different origin were genotyped with 15 microsatellite markers that generated 134 alleles with an average of 8.93 alleles per locus. The observed heterozygosity (Ho) among the accessions ranged from 0.0 to 0.15 with an average of 0.0370, whereas the average of expected heterozygosity (He) among accessions was 0.2769. The analysis of the average total heterozygosity (H_T = 0.651), the intrapopulation genetic diversity (H_S = 0.260), the interpopulation genetic diversity (D_ST = 0.391) and the coefficient of genetic differentiation among populations (G_ST = 0.574) demonstrated that 57.4 % of the genetic diversity is among the accessions, while 42.6 % resides within them. Phylogenetic tree of the 40 C. sativa accessions was constructed based on Nei’s genetic distance. The unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA) dendrogram shows, except for CAM108 and CAM170, a clear discrimination among C. sativa accessions grouping them in five subgroups. ANOVA analysis indicates significant differences in some biochemical and agronomic parameters among the C. sativa accessions grouped according to Nei’s genetic distance. The result of the Tukey HSD test demonstrated that the A4 subgroup showed a significant higher TWS and linoleic acid (LA) content, while the subgroup A1 showed a significant higher linolenic and lower LA content compared to the remaining groups.     

江西野生毛花猕猴桃群体SSR遗传多样性研究

为分析江西野生毛花猕猴桃群体遗传多样性,以江西省境内的5个野生毛花猕猴桃雄性群体(72个个体)为试验材料,采用SSR分子标记技术,选取15对多态性引物,利用聚丙烯酰胺电泳对PCR产物进行检测。结果表明,15对SSR引物共检测到86个位点,多态性位点百分率为100.0%;观察到的平均等位基因数为5.733,有效等位基因数为3.002,Shannon信息指数为1.046。表观杂合度介于0.111~0.819之间,预期杂合度介于0.041~0.876之间,遗传分化系数为2.01,野生毛花猕猴桃雄性群体间存在较大的遗传分化。5个毛花猕猴桃雄性群体遗传距离范围为0.102~0.409,遗传相似度范围为0.665~0.903,群体间遗传距离与地理距离无相关性。群体的遗传多样性丰富度依次为庐山>井冈山>南源山>武功山>麻姑山,江西地区供试的野生毛花猕猴桃雄性群体在分子水平上具有丰富的多态性。本研究结果为毛花猕猴桃雄性品种选育、种质创新与利用提供了一定的理论基础。     

Isolation of novel microsatellite loci in Orchesella villosa (Arthropoda, Collembola)

An experimental procedure using biotin-labelled probes and streptavidin-bound magnetic beads (FIASCO) was used to produce a microsatellite-enriched library for the collembolan Orchesella villosa. PCR primers were successfully constructed for seven loci containing, respectively, five pure, one interrupted, and one compound dinucleotide microsatellite repeats. As a preliminary test of their variability, we investigated 15 individuals from 5 locations inside a dismissed mining area in southern Tuscany. All microsatellite loci showed high levels of polymorphism. The mean number of different alleles at each locus across populations was 10.1 and observed heterozygosity per locus was 0.13–0.86. Only 2 out of the 7 loci appeared to be in Hardy–Weinberg equilibrium. The potential application of these loci to test the effects of environmental contamination on the genetic structure of exposed populations is discussed.     

用鲤鱼EST-SSRs分子标记分析长江黑龙江鲤种群结构

从鲤鱼ESTs的数据库（10691个）中进行微卫星序列筛选，共发现微卫星序列127个，占整个ESTs数据库的1.19%，另外从本研究室构建的鲤鱼脑组织cDNA文库中筛选到微卫星序列20个。根据筛选得到的微卫星序列设计引物68对，合成引物40对，其中27对引物能够获得预期的目的片段，20对引物在所检测的群体内及群体间表现出多态性。用此20个多态性标记分析了长江鲤和黑龙江鲤的群体遗传结构，结果表明：长江鲤和黑龙江鲤在多数位点表现出较高的遗传多样性，20个位点的平均有效等位基因数分别为3.9135、3.4820；平均观察杂合度为0.6067、0.5667；平均期望杂合度为0.6737、0.6194；平均多态信息含量为0.6308、0.5714。长江鲤的遗传结构好于黑龙江鲤，两个群体的Hardy-Weinberg偏离指数较小，群体基本保持平衡，群体结构较合理；其中HLJE1、HLJE10位点在长江鲤和黑龙江鲤的扩增结果相差较大，长江鲤的多态性明显高于黑龙江鲤，位点多态信息含量相差一倍以上，可用于群体的鉴别。     

Genetic diversity and population structure of Guinea yams and their wild relatives in South and South West Ethiopia as revealed by microsatellite markers

Genetic diversity and population structure of Guinea yams and their wild relatives collected from south and south west Ethiopia were assessed using microsatellite markers. The total number of alleles amplified for the 7 loci studied was found to be 60, with an average of 8.6 alleles per locus. The average expected heterozygosity for the entire population was found to be 64 % indicating that Guinea yams and their wild relatives in the study area display a high level of genetic diversity. Using allelic richness as a measure of genetic diversity the wild forms exhibited greater allelic diversity than the cultigens. Contrary to what is expected in vegetatively propagated crops, none of the seven loci studied showed a significant excess of heterozygotes. In all the comparisons made, a low mean F_ST (but significant) has been observed, indicating that the majority of microsatellite diversity in the populations under study was found within rather than between populations.