首页 | 本学科首页   官方微博 | 高级检索  
相似文献
 共查询到10条相似文献,搜索用时 31 毫秒
1.
高产水稻土细菌多样性的培养法与非培养法比较研究   总被引:2,自引:0,他引:2  
崔中利  刘娟  曹慧  骆永明  赵其国 《土壤》2008,40(6):903-908
利用细菌的通用引物扩增江西余江县高产水稻土红壤细菌总DNA和平板培养细菌混合总DNA的16S rDNA基因片段,在此基础上分别建立两种16S rDNA文库(文库a和文库b)。从两个文库中各随机挑选100个克隆,扩增出阳性克隆中的插入片段后选用HhaⅠ和RsaⅠ两种四碱基酶进行ARDRA(amplified rDNA restriction analysis)分析。统计比较分析发现,文库a的Shannon-Wienner指数、Simpson指数、丰富度、均一度分别为4.432、0.987、18.885和0.973,均高于文库b中相应的多样性参数(分别为2.271、0.758、5.736和0.501),即平板培养方法所展现的细菌群落结构多样性低于土壤中原始的多样性。结果表明,传统培养方法存在着很大的局限性,必须结合新的分子生物学技术手段才能更全面完善地认识土壤微生物群落结构多样性,以期充分利用其中丰富的微生物资源。  相似文献   

2.
应用PCR技术快速筛选和鉴定Nitrosomonas属细菌   总被引:1,自引:0,他引:1  
李霜  沈珈琦  范伟平 《土壤学报》2005,42(6):1050-1052
化能自养氨氧化细菌(Amanonia-oxidizing bacteria,AOB)能将氨氧化为亚硝酸盐,这一反应是硝化过程中的限速步骤,在污水氨氮脱除中有着重要作用。氨氧化细菌主要由Nitrosomonas、Nitrosospira、Nitrosolobus、Nitrosovibrio、Nitrosococcus等种属组成,其中Nitrosomonas为主要的和常见的氨氧化细菌。由于化能自养菌具有生长速率低和生物量低等特点,使得采用常规的筛选和鉴定方法极为耗时和繁琐。AOB细胞产生的氨单加氧酶(Ammonia monooxygensse,AMO)在有氧条件下能将氨氧化成羟氨,是氨氮脱除的重要环节。AMO操纵元由amoA、amoB和amoC三个结构基因构成,其中由于amoA具有一定的序列保守性,而被作为AMO功能的标记。目前将amoA基因作为对污水或污泥等复杂体系中微生物菌群及相关分子生态学的研究较多,而将其作为具有氨氧化功能细菌筛选指标的研究鲜有报道。本文以活性污泥中富集培养分离获得的菌株作为研究对象,采用PCR技术对Nitrosomonas属细菌的amoA和16S rDNA进行扩增,快速筛选和鉴定具有氨氧化功能的细菌,并采用常规方法进行对比和验证。  相似文献   

3.
为了了解盐碱池塘养殖鲤肠道细菌群落组成及多样性,提取鲤(Cyprinus carpio L.)肠道细菌基因组DNA,选用细菌通用引物对16S rRNA基因进行了PCR扩增,构建了细菌16S rRNA基因克隆文库。通过对阳性克隆子进行限制性片段长度多态性分析(RFLP),选出有代表性的克隆子进行测序、BLAST比对分析和构建系统发育树。本研究从16S rRNA基因文库中共筛选出176个阳性克隆,经RFLP分析得到28个不同分类操作单元(operational taxonomic unite,OTU)(GenBank登录号:JX262557~JX262584),文库覆盖度为88.6%。16S rRNA序列系统发育分析发现,盐碱塘养殖鲤肠道细菌归属于变形细菌门(Proteobacteria)(包含Alpha和Gamma亚群)、厚壁细菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和梭杆菌门(Fusobacteria)4个门,分别占克隆总数的89.9%、7.9%、1.1%和1.1%。其中,变形细菌门的α-变形菌纲(占克隆总数的88.1%)为优势类群,气单胞菌属为优势菌属。本研究揭示了盐碱池塘养殖条件下健康鲤肠道细菌群落组成。  相似文献   

4.
比较分析中国东部不同季风气候区中海伦黑土(HL)、封丘潮土(FQ)和鹰潭红壤(YT)3种土壤氨氧化细菌amoA基因多样性。采用非培养方法直接从土壤中提取微生物总DNA,用氨氧化细菌amoA基因特异引物扩增总DNA,构建了3种土壤amoA基因文库,并对文库进行限制性长度多态性(RFLP)分析。HL、FQ和YT的amoA基因文库克隆数量分别为49、50和48个,相应的RFLP类型数为10、10和14个OTUs,其中有4个OTUs为三种土壤共有;YT中氨氧化细菌amoA基因多样性指数最高,FQ最低;HL和FQ群落的相似为70%,HL与YT的相似度为50%,而FQ和YT之间仅为42%,说明氨氧化细菌具有地理分布的规律:17个amoA基因序列可以被聚成6个cluster,分属Nitrosospira和Nitrosomonas两个属。三种农田土壤中均存在丰富的氨氧化细菌,表明氨氧化细菌在农田土壤氮素循环中具有重要作用。  相似文献   

5.
油井采出液中微生物群落结构的T-RFLP分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
应用末端标记限制性片段长度多态性(Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism,T-RFLP)和克隆文库分析,以微生物群落16SrRNA基因(16S rDNA)为目标,对大庆油田过渡带油井采出液(于2005年7月和10月取样)中的微生物群落结构进行了解析和比较。T-RFLP分析表明,2005年7月和10月油井采出液中古菌群落结构较为单一,随时间变化不大;而细菌群落结构较为复杂,不同时间群落中的优势菌有明显的差别。古菌和细菌16S rDNA片段测序和系统发育分析表明,大庆油田过渡带油井采出液古菌群落中的优势菌均为产甲烷菌;细菌群落中的优势菌则与β、γ、δ、ε变形杆菌(Proteobacteria)、拟杆菌(Bacte-roidetes)和脱铁杆菌(Deferribacteres)有较高的相似性,细菌群落中检出了大量的未培养微生物(Deep-branching lineages)。  相似文献   

6.
应用PCR-RFLP和rRNA分析法研究了户用沼气池厌氧活性污泥细菌的多样性。采用直接提取法提取了户用沼气池微生物宏基因组DNA,构建了细菌的16S rDNA克隆文库。随机挑取了144个准确含有16S rDNA的阳性克隆进行PCR-RFLP分析,聚类得到46个OTUs(operational taxonomic units),其中3个OTUs是优势类群,分别占14%,10%和9%,21个OTUs只含有单个克隆。随机挑取了26个克隆进行测序,并构建了系统发育进化树。结果表明:农村户用沼气池中细菌种类较为丰富,占优势的类群分别为Firmicutes(28%)、Delta-proteobacteria(18%)和Bacteroidetes(17%),大多数16S rDNA序列与GenBank数据库中未培养细菌相似性最高(91%~99%),为进一步研究、利用沼气池能源提供了基础资料。  相似文献   

7.
饲喂纳豆枯草芽胞杆菌对荷斯坦犊牛瘤胃细菌区系的影响   总被引:3,自引:0,他引:3  
本研究选取8头(60日龄)犊牛随机分为对照组和处理组,对照组犊牛饲喂开食料,处理组在开食料中添加纳豆枯草芽胞杆菌(Bacillus subtilis)(1×10~6 CFU/g日粮)菌液,于断奶后2个月进行屠宰,采集瘤胃食糜构建16S rDNA克隆文库,随机挑取克隆进行测序,对照组16S rDNA克隆文库共有111个克隆,可分为88个操作分类单元;处理组16S rDNA克隆文库中有142个克隆,可分为131个操作分类单元.序列分析和多样性指数分析表明,两组犊牛瘤胃细菌区系多样性存在显著差异.拟杆菌门(Bacteroidetes)和壁厚菌门(Firmicutes)是两克隆文库中主要的代表菌群.对照组和处理组中的拟杆菌门分别占文库中总克隆数的38%和25%,而壁厚菌门分别占47%和57%.与瘤胃球菌相关的克隆在对照组克隆文库中分别占5%,而在处理组文库中分别占10%.RT-PCR结果显示,处理组中白色瘤胃球菌(R.albus)(log_(10)7.7/mL)和黄色瘤胃球菌(R.flavefaciens)(log_(10)8.1/mL)的数量比对照组(分别为log_(10)7.2/mL和log_(10)7.7/mL)分别增加了3倍和2.4倍.研究结果提示,饲喂纳豆枯草芽胞杆菌有助于促进断奶后犊牛瘤胃中细菌区系的建立,促进纤维分解菌群的定植和生长.  相似文献   

8.
天目山国家级自然保护区是公认的基因库。毛竹入侵天然林并替代原天然林,导致地上植物多样性下降。为了解毛竹入侵天然林后地下土壤微生物多样性的变化,分别采集了毛竹纯林、竹阔混交林和原始天然阔叶林下的土壤样品,应用建立于16S rDNA V3区片段的变性梯度凝胶电泳(DGGE)和克隆测序比对来研究土壤细菌结构的变化。结果表明,3块林地土壤16S rDNA V3区片段高达30条以上,不同林分下土壤16SrDNAV3区片段的DGGE带谱差异不大,但各有特征条带。毛竹林与阔叶林土壤的细菌结构相似度高于其与竹阔混交林的相似度。通过DGGE条带的克隆测序比对发现,调查区土壤细菌主要属于变形菌门(Proteobacterium)、厚壁菌门(Firmicutes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线细菌属(Actinobacterium)和一些未命名的菌种,并且多数属无法纯培养的物种。本试验结论为:天目山自然保护区内土壤细菌多样性丰富,不同林分下的土壤细菌有各自的特征种,但非优势种;毛竹入侵未导致土壤细菌结构以及多样性发生显著变化。  相似文献   

9.
10.
为了解有机肥施用对于红壤中反硝化细菌群落结构的影响,设置了4个处理:CK(不施肥)、LM(低量有机肥)、ML(高量有机肥+石灰)和HM(高量有机肥)进行研究,并通过末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)和克隆文库的DNA测序估计了nirK基因的多样性。结果表明:各处理分别挑选的288个阳性克隆子可分为78个类型,各处理nirK文库中的优势类群属于同一种类型,在CK处理中的占比为51%,在其他3个处理中的占比依次为33%、32%和27%。4个文库之间两两的相似性在37.50%~45.34%,系统进化树分析表明,51个OTUs测序结果中6个OTUs与苍白杆菌属的相似性最高,占测序总数的11.8%;其余45个OTUs属于未培养类型,占测序总数的88.2%。有机肥添加有助于提高nirK基因的多样性,并且出现了红壤原始环境中未出现的反硝化细菌类型。  相似文献   

设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司  京ICP备09084417号