牛糖基化依赖细胞黏附分子1基因(G1yCAM1)的遗传多态性分析

以中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛为研究材料.利用CRS-PCR、PCR-SSCP及DNA测序技术检测了糖基化依赖细胞黏附分子l基因(GlyCAMl)的遗传多态性.结果表明,在牛ClyCAMl基因外显子3的第2081(A/C)和内含子3的2417(C/T)位点存在突变.两位点在3个牛群中的等位基因频率A/B分别为0.7525/0.2475、O.6112/0.3888和0.3375/0.6625;0.9046/0.0954、O.8383/0.1617和0.7875/0.2125;经х2适合性检验,3个牛群在内含子3的突变达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>O.05),在外显子3鲁西黄牛和渤海黑牛达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>O.05),中国荷斯坦牛的突变在此位点未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P相似文献   

牛CXCR1基因编码区单核苷酸多态性的研究

本研究采用巢氏PCR、DNA测序和CRS-PCR方法,研究中国荷斯坦牛、鲁西黄牛、渤海黑牛的CXCR1基因编码区的单核苷酸多态性（SNPs）,发现了819（G/A）、995（G/A）和1008（C/T）3个SNPs,其中995（G/A）和1008（C/T）为首次报道的两个位点,995（G/A）导致氨基酸的改变Arg422His。CXCR1基因819（A/G）、995（A/G）、1008（C/T）3个位点在中国荷斯坦牛、鲁西黄牛、渤海黑牛群体的优势等位基因相同,分别为G、G、C,其等位基因频率分别为0.63/0.73/0.71、0.60/0.85/0.71、0.74/0.76/0.71。经χ2适合性检验,鲁西黄牛在995（A/G）和1008（C/T）位点达到Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）;渤海黑牛的所有位点均达到Hardy-Weinberg平衡状态,荷斯坦牛在3个位点均未达到Hardy-Weinberg平衡状态（P<0.05）。3个品种牛在819（A/G）和1008（C/T）位点均表现为中度多态（0.25相似文献   

牛CXC趋化因子受体1基因(CXCR1)编码区单核苷酸多态性

采用巢式PCR、DNA测序和CRS-PCR方法,研究了牛(Bos taurus)3个品种中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛的chemokine(C-X-Cmotif)receptor1(CXCR1)基因编码区的单核苷酸多态性(SNPs).发现了819(G/A)、995(G/A)和1008(C/T)3个SNPs,其中995(G/A)和1008(C/T)为首次报道的2个位点,995(G/A)导致氨基酸的改变Arg422His.CXCR1基因819(A/G)、995(A/G)和1008(C/T)3个位点在中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛群体的优势等位基因相同,分别为G、G和C,其等位基因频率分别为0.63/0.73/0.71、0.60/0.85/0.71和0.74/0.76/0.71.经适合性检验,鲁西黄牛在995(A/G)和1008(C/T)位点达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);渤海黑牛的所有位点均达到Hardy-Weinberg平衡状态,荷斯坦牛在3个位点均未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05).3个品种牛在819(A/G)和1008(C/T)位点均表现为中度多态(0.25相似文献   

中国荷斯坦牛和鲁西黄牛mtDNA D-loop序列多态性分析

为了从母系遗传角度深入阐明中国荷斯坦牛和鲁西黄牛的群体遗传多样性以及起源进化,本研究采用PCR测序法测定了9头中国荷斯坦牛和11头鲁西黄牛的线粒体DNAD-loop区的部分序列,并经剪切后进行生物信息学软件分析。结果表明,20个个体D-loop区共711bp,共检测到19种单倍型和50个多态位点。核苷酸多样性（Pi）为0.02133±0.00454,单倍型多样性（Hd）为0.994±0.019,平均核苷酸差异数（k）为15.14620。构建的NJ网络进化树共分为两大支系,其中部分鲁西黄牛与瘤牛聚为一支,而中国荷斯坦牛和部分鲁西黄牛与普通黄牛聚为一支。说明中国荷斯坦牛和鲁西黄牛群体遗传多样性均较高;鲁西黄牛同时含有瘤牛和普通黄牛的血统,而中国荷斯坦牛只含有普通黄牛的血统。     

奶牛IGFBP-3基因部分序列PCR-SSCP多态性与产奶量和生长性能的相关性

采用PCR-SSCP技术,对荷斯坦奶牛及荷斯坦公牛冻精杂交改良的黄牛后代(回交二代)共105头奶牛胰岛素样生长因子结合蛋白3(IGFBP-3)基因内含子2部分序列和外显子3全部序列进行了多态性研究,分析了该基因与奶牛生产性状的相关性.结果表明:IGFBP-3基因第2内含子共存在2个等位基因3种基因型,A、B基因频率为O.7667和O.2333,AA、AB和BB基因型频率分别为0.6000、O.3333和0.0667.该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态,遗传杂合度(H(e))和多态信息含量(PIC)分别为O.3578和为O.2937.测序结果显示,与普通黄牛该基因序列(AF305712)相比,B等位基因在第8 515碱基处发生了G→A的转换,而A等位基因在此处与AF305712序列相同.此外,A、B等位基因在第8 634碱基位置(属第3外显子区)均为c,而普通黄牛在此处为T碱基,该突变为同义突变.最小二乘法分析表明,AA基因型305 d产奶量和12月龄体重极显著高于AB和BB基因型(P<0.01);AA型12月龄体长和体高均极显著高于AB型(P<0.01),而BB型与AB型和AA型差异不显著;不同基因型的胸围和腹嗣差异不显著.     

牛BoLA-DRB3基因多态性及其序列分析

BoLA-DRB3基因是主要组织相容性复合物(Major Histocompatibility Complex, MHC)基因家族中的Ⅱ类基因，它是该基因家族中最主要的功能基因，所编码的MHC抗原与免疫应答，与抗病性密切相关。其第2外显子是编码抗原的主要功能区。本试验采用PCR-RFLP方法对鲁西牛、南阳牛、晋南牛3个群体的DRB3基因第2外显子扩增产物进行多态性分析，检测到A、B和C 3个等位基因，出现6种基因型。χ2适合性检验结果表明鲁西牛和晋南牛在该酶切位点均达到了Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05），而南阳牛未达到Hardy-Weinberg平衡状态（P<0.01）。结合测序，结果显示在DRB3基因第2外显子的第154、155、156和157位的碱基产生突变使得产生HaeⅢ酶切多态。序列比对后发现有13.70％的核苷酸发生突变，相对应有14.61％的氨基酸发生了替代。     

荷斯坦奶牛热休克蛋白70基因3＇-侧翼区遗传变异与耐热性的关系

本实验采用PCR-SSCP和测序技术对荷斯坦奶牛和鲁西黄牛两个群体共673个个体热休克蛋白70基因(HSP70)的3'-侧翼区的遗传变异,及该突变对奶牛产奶性状和耐热性状的影响进行研究.研究结果表明设计引物扩增片段大小500 bp,扩增产物具有多态性.供试的72头鲁西黄牛和601头荷斯坦奶牛均发现3种基因型,为从、AB和BB型.测序分析发现热休克蛋白70基因(HSP701的3'-侧翼区存在1个新突变,T→C.关联分析结果表明,BB基因型荷斯坦奶牛个体,乳脂率、乳蛋白率和305 d产奶量,相对于AA基因型的个体都要高;红细胞钾含量和产奶量下降率比AA类型个体要低,且达显著水平(P<0.05).鲁两黄牛B基因基因频率为74.31%,而荷斯坦奶牛B基因基因频率却比较低,为14.89%.由于鲁西黄牛耐热性显著强于荷斯坦奶牛,且耐热性最高的BB型奶牛产奶量下降率显著低于耐热性差的AA型奶牛.等位基因B可作为选育抗热应激奶牛潜在的分子遗传标记.     

牛BoLA-DRB3基因第2外显子多态性及其序列分析

BoLA-DRB3基因是牛主要组织相容性复合物(major histocompatibility complex,MHC)基因家族中的Ⅱ类基因,它是该基因家族中最主要的功能基因,所编码的MHC抗原与免疫应答和抗病性密切相关。其第2外显子编码抗原的主要功能区。实验采用PCR-RFLP方法对鲁西牛、南阳牛和晋南牛3个群体的BoLA-DRB3基因第2外显子扩增产物进行多态性分析,检测到A、B和C3个等位基因,出现6种基因型。χ2适合性检验结果表明,鲁西牛和晋南牛在HaeⅢ酶切位点均达到了Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而南阳牛未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.01)。结合测序,结果显示在BoLA-DRB3基因第2外显子的第154、155、156和157位的碱基产生突变使得产生HaeⅢ酶切多态。序列比对后发现有13.70%的核苷酸发生突变,相对应有14.61%的氨基酸发生了替代。     

牛过氧化物酶体增殖激活受体α(PPARα)基因第5外显子多态性与胴体、肉质性状的相关性

利用PCR-SSCP结合DNA测序方法对牛（Bostaurus）6个品种（秦川牛、南阳牛、郏县红牛、鲁西牛、安格斯和夏南牛）共计717个个体的过氧化物酶体增殖激活受体α（PPARα）基因第5外显子的SNP位点进行检测,并分析了该SNP位点与秦川牛的部分胴体、肉质性状的相关性。结果显示,在PPARα基因第5外显子的138bp处发生T→C突变。卡方检验结果显示,秦川牛和南阳牛处于Hardy-Weinberg不平衡状态（P〈0.05）;南阳牛、郏县红牛、安格斯和鲁西牛处于Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）。多态信息含量（PIC）显示,这6个品种均属于中度多态（0.25〈PIC〈0.50）。相关分析结果显示,在背膘厚和眼肌面积指标中AA型个体对于秦川牛肉质有显著影响（P〈0.05）;而在系水力指标中BB型个体显著优于AA和AB型个体（P〈0.05）。这些结果提示,该位点突变可能是影响牛肉背膘厚、眼肌面积和系水力的主效QTN或与之紧密连锁,可作为肉牛产肉性状的辅助选择标记。     

中国荷斯坦牛κ-酪蛋白基因两SNP位点基因型组合对产奶性状的影响

研究κ-酪蛋白基因单核苷酸多态性及其组合与中国荷斯坦牛泌乳性状的关联性,为进一步加快高乳蛋白及高乳脂率奶牛育种进程提供参考依据。采用PCR-RFLP、CRS-PCR和DNA测序技术,对435头中国荷斯坦牛的κ-酪蛋白基因的外显子4和5上两个SNP位点进行了研究,计算其基因频率和基因型频率,确定其基因型组合,并对其基因型和基因型组合与泌乳性状进行了关联分析。结果发现,在435头试验牛群中,共有8种基因型组合。单个SNP位点关联分析表明：T10996A突变位点3种基因型间TA基因型个体乳脂率极显著高于AA基因型个体(P＜0.01), TA基因型个体乳蛋白率显著高于AA基因型个体(P＜0.05)。T12980C突变位点的3种基因型间TC基因型个体乳脂率极显著高于TT基因型个体(P＜0.01),TC和CC基因型个体乳蛋白率显著高于TT基因型个体(P＜0.05)。T10996A/T12980C两种基因型组合分析中,在乳脂率上,TTCC基因型组合个体最高,TATC基因型组合个体位居第三位;在乳蛋白率上,TATC基因型组合个体显著高于AATT基因型组合个体(P＜0.05)。【结论】κ-酪蛋白基因不同基因型和基因型组合与中国荷斯坦牛乳脂率和乳蛋白率存在相关性,但与产奶量和脂蛋白比不相关。     

牛LPL基因的遗传变异与肉品质性状的关联分析

脂蛋白脂肪酶(lipoprotein lipase，LPL)是脂肪代谢过程中的关键酶，LPL基因被确定为影响相关肉质性状的重要候选基因。本研究利用PCR-RFLP技术对安格斯牛、海福特牛、中国西门塔尔牛、夏洛来牛、鲁西牛和西门塔尔×蒙古牛杂交牛6个品种的238头个体LPL基因进行多态性分析。结果表明，扩增片段大小为378bp的片段存在MspⅠ酶切多态性，263bp处发生A/G突变。 实验中所有牛品种在该基因座位都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。除安格斯牛外，其它群体均处于中度多态（0.250.05）     

荷斯坦牛BoLA-DRB3基因外显子2多态性及其与体细胞评分关系的研究*

采用PCR-RFLP技术用限制性内切酶BstYⅠ对河北省489头荷斯坦母牛和40头荷斯坦公牛BoLA-DRB3基因外显子2的284 bp扩增产物进行多态性分析。荷斯坦母牛经BstYⅠ酶切产生3种基因型AA、AB和BB,其频率分别为0.078、0.380和0.542;荷斯坦公牛经BstYⅠ酶切产生2种基因型AB和BB,其频率分别为0.250和0.750;荷斯坦母牛和公牛在该酶切位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（母牛：χ2=0.45,P=0.799>0.05;公牛：χ2=0.82,P=0.665>0.05）;用最小二乘法分析BoLA-DRB3基因外显子2与荷斯坦母牛体细胞评分(somatic cell score,SCS)的关系,结果表明AA基因型SCS最小二乘均值极显著低于AB基因型所对应的值（P=0.0098<0.01）,极显著低于BB基因型所对应的值（P=0.00009<0.0001）;AB基因型SCS最小二乘均值极显著低于BB基因型所对应的值（P=0.0096<0.01）;对乳房炎抗性而言,AA是最有利基因型,BB是最不利基因型。本研究结果可为奶牛乳房炎抗性标记辅助选择提供科学依据。     

鸭脂联素基因多态对肉质和血清生化指标的影响

脂联素在调控动物脂质代谢过程中起着重要作用。根据鸭脂联素基因序列设计1对特异引物扩增兴义鸭和三穗鸭脂联素基因内含子1和部分外显子2,采用SSCP法和DNA直接测序技术检测其多态,分析多态对鸭肉质和血清生化指标的影响。结果显示,在2个鸭群体中均检测到3种基因型BB、BC和CC,等位基因B和C,B均为优势等位基因,多态信息含量均表现为中度多态,卡方检验显示基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡状态（p〉0.05）;不同基因型序列比对发现2个SNPs：内含子1的295C〉T突变和外显子2的456T〉C沉默突变;最小二乘分析显示,BB基因型个体的肌内脂肪、血清白蛋白、血清甘油三酯和血清总胆固醇显著高于CC基因型个体（p〈0.05）,表明该多态座位可能对鸭脂肪沉积有一定影响。     

7个牛品种PON1基因的EcoRⅤ和AluⅠ酶切多态性分析

对氧磷酶是一种与高密度脂肪酸高度相关的脂酶,且被认为在脂肪代谢和心血管病发生方面起着关键的作用。本研究旨在对对氧磷酶１基因的酶切多态性与牛的生长和胴体性状进行关联分析。基于这一目标,应用RFLP技术对18头安格斯,23头晋南牛,20头利木赞,28头鲁西牛,26头秦川牛,29头西门塔尔牛和29头夏洛莱牛进行了基因型分型,SAS 9.1的GLM过程中的Duncan’s 检验对不同基因型之间进行了多重比较分析,结果表明,EcoRⅤ位点与体重、日增重、眼肌面积和嫩度之间存在显著生物学相关,并且AG基因型个体与其它基因型相比在日增重和嫩度上存在显著差异（p< 0.05）,而AA基因型个体相对于其它基因型具有较大的眼肌面积（p< 0.05）。而AluⅠ位点则与体重、净肉重和嫩度之间具有显著的生物学意义（p< 0.05）.且AA型个体相对来说均优于其它基因型个体（p< 0.05）。品种间的比较表明,除实验牛始重相对趋于一致外,国外肉牛专门化品种在其它方面均优于国内品种。因此,本实验所研究的两个位点可作为牛肉多汁性（嫩度）的标记,为肉牛的选种提供生物学基础。     

催乳素受体基因多态性及其与济宁青山羊高繁殖力关系的研究

设计8对引物，采用PCR-SSCP技术检测催乳素受体(prolactin receptor，PRLR)基因外显子3至外显子9和内含子9在高繁殖力山羊品种（济宁青山羊）和低繁殖力山羊品种（辽宁绒山羊、安哥拉山羊）中的单核苷酸多态性，同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响。结果表明：8对引物中，只有扩增内含子9的P8引物的扩增区域具有多态性，其余7对引物的扩增片段都不存在多态性。对于P8扩增片段，在济宁青山羊、辽宁绒山羊和安哥拉山羊中都只检测到AA型和AB型。 测序表明AB型与AA型相比有1处突变（209A→G），该突变位于PRLR的第9内含子。济宁青山羊2 种基因型之间产羔数的最小二乘均值差异不显著（P>0.05）。这些结果初步表明检测的PRLR基因位点对济宁青山羊高繁殖力没有显著影响。     

转化生长因子β1基因(TGF-β1)外显子2的单核苷酸多态性及其与两个山羊品种产羔数的相关分析

为寻找与山羊(Capra hircus)产羔数密切相关的分子标记,加快山羊育种进程,研究转化生长因子β1基因(TGF-β1)遗传多态性与山羊产羔数的相关性,根据牛的TGF-β1基因序列设计3对引物,采用PCR-SSCP.和DNA测序技术检测山羊TGF-β1基因外显子2和内含子3的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数的关系。结果表明,在波尔山羊和陕南白山羊中,仅第二外显子148bp位点碱基发生A→G的突变,导致苏氨酸(Thr)变为丙氨酸(Ala);多态位点均以A为优势等位基因,基因频率分别为0.530和0.648。在波尔山羊的1～3胎产羔数中,AB型个体的产羔数显著高于BB和AA型个体(P<0.05);在第四胎产羔数和平均产羔数中,AB型个体的产羔数显著高于AA(P<0.05),显著高于BB(P<0.05);BB型个体的平均产羔数显著高于AA型(P<0.05)。在陕南白山羊中,AB型个体的2～4胎产羔数和平均产羔数显著高于AA和BB型个体(P<0.05);在第一胎中,AB型个体显著高于AA型个体(P<0.05)。研究结果表明TGF-β1基因多态位点与产羔数显著相关,可以用于山羊分子遗传育种的候选基因。