3个鸡种GARS-AIRS-GART基因第21号外显子的SNPs检测

采用PCR．SSCP和DNA测序法对安卡鸡、文昌鸡和如皋鸡中GARS-AIRS-GART基因的第21号外显子进行SNPs检测。结果发现该外显子含4个核苷酸多态位点：G29943A、C29968T、T30011C和C30017T,其中3处为非同义突变,分别为：29943处天冬氨酸（Asp）→天冬酰胺（Asn）、30011处色氨酸（Trp）→精氨酸（Arg）、30017处精氨酸（Arg）→半胱氨酸（cys）;另一处为同义突变。对多态位点进行单倍型分析,发现12种单倍型,其中两种单倍型（5号和6号）的频率超过10％,分别为0．3300和0．1628,1号、3号、9号和10号单倍型频率介于1％～10％之间,其余都小于l％。另外共检测到11种基因型,存在5种等位基因,安卡鸡的D和E等位基因的基因频率较高,基因型与其它两个鸡品种之间都存在着极显著的差异（p〈0．01）,表明我国地方鸡种和外来鸡种在遗传组成上存在着差异。本研究将为鸡肉品质相关研究积累基础数据,为今后深入开展肉品质的开发利用奠定理论基础。     

牛LPL基因的遗传变异与肉品质性状的关联分析

脂蛋白脂肪酶(lipoprotein lipase，LPL)是脂肪代谢过程中的关键酶，LPL基因被确定为影响相关肉质性状的重要候选基因。本研究利用PCR-RFLP技术对安格斯牛、海福特牛、中国西门塔尔牛、夏洛来牛、鲁西牛和西门塔尔×蒙古牛杂交牛6个品种的238头个体LPL基因进行多态性分析。结果表明，扩增片段大小为378bp的片段存在MspⅠ酶切多态性，263bp处发生A/G突变。 实验中所有牛品种在该基因座位都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。除安格斯牛外，其它群体均处于中度多态（0.250.05）     

猪UCP3基因多态性及其与脂肪沉积、肉质性状的相关分析

在QTL定位的基础上选取猪解偶联蛋白3(UCP3)作为控制脂肪沉积性状和肉质性状的候选基因。对猪UCP3基因的部分编码区进行了测序，在395 bp处发现了1个cSNP位点。该cSNP位点发生G→A突变，并导致相应编码氨基酸由甘氨酸→精氨酸的改变。该位点可以被限制性内切酶SmaⅠ识别。利用PCR-RFLP方法，对186头大白×梅山F2资源家系进行UCP3片段SmaⅠ位点分析，发现AA、AB和BB三种基因型，其中A等位基因频率0.56，B 0.44。经统计分析发现，在该F2群体中，UCP3 SmaⅠ位点多态性与脂肪沉积性状中胸腰椎间膘厚、臀部膘厚显著相关；与肉质性状中的肌内脂肪、系水力和失水率显著相关。UCP3 SmaⅠ位点主要表现为加性效应，基因型AA降低膘厚，提高系水力和降低失水率，但同时也降低肌内脂肪含量。     

不同肉牛品种中乙酰辅酶A:二酰甘油酰基转移酶基因(DGAT1)遗传多态性及对胴体性状的影响

本研究采用PCR-SSCP方法研究了3个黄牛(Bos taurus)品种(鲁西牛、晋南牛和秦川牛)及4个杂交肉牛(夏洛莱×鲁西牛、安格斯×鲁西牛、利木赞×鲁西牛和西门塔尔×鲁西牛)群体乙酰辅酶A:二酰甘油酰基转移酶基因(DGAT1)第17 exon和3'UTR的多态性.在3'UTR有5个碱基突变位点,分别位于8 402 bp(C→T)、8 414 bp(A→C)、8 445 bp(T→C)、8 465 bp(A→G)和8 545 bp(G→A),并且8 402 bp处碱基突变属首次发现.x2检验的结果表明,在该基因座位7个群体均处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05或P<0.01).经DUNCAN'S检验表明在该基因座位上BB基因型个体的宰前体重、胴体重、眼肌面积、膘度和日增重均显著高于CC基因型的个体,而CC基因型个体的大理石花纹、背膘厚度和肌内脂肪含量均显著高于BB型个体.研究表明,DGAT1基因的等位基因B与肉牛的眼肌面积等胴体性状相关,等位基因C与大理石花纹、背膘厚度、肌内脂肪含量等肉质性状相关.     

牛过氧化物酶体增殖激活受体α(PPARα)基因第5外显子多态性与胴体、肉质性状的相关性

利用PCR-SSCP结合DNA测序方法对牛（Bostaurus）6个品种（秦川牛、南阳牛、郏县红牛、鲁西牛、安格斯和夏南牛）共计717个个体的过氧化物酶体增殖激活受体α（PPARα）基因第5外显子的SNP位点进行检测,并分析了该SNP位点与秦川牛的部分胴体、肉质性状的相关性。结果显示,在PPARα基因第5外显子的138bp处发生T→C突变。卡方检验结果显示,秦川牛和南阳牛处于Hardy-Weinberg不平衡状态（P〈0.05）;南阳牛、郏县红牛、安格斯和鲁西牛处于Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）。多态信息含量（PIC）显示,这6个品种均属于中度多态（0.25〈PIC〈0.50）。相关分析结果显示,在背膘厚和眼肌面积指标中AA型个体对于秦川牛肉质有显著影响（P〈0.05）;而在系水力指标中BB型个体显著优于AA和AB型个体（P〈0.05）。这些结果提示,该位点突变可能是影响牛肉背膘厚、眼肌面积和系水力的主效QTN或与之紧密连锁,可作为肉牛产肉性状的辅助选择标记。     

梅山猪等5个群体中钙蛋白酶抑制蛋白基因的多态性及其与肉质和背膘厚的关系

钙蛋白酶抑制蛋白(calpastatin，CAST)是钙蛋白酶系统的内源性抑制剂，并且已被确定能影响宰后肉的嫩度。采用PCR-RFLP技术，分析了CAST基因在5个实验群体110头猪中的多态性分布及其与肉质性状和背膘厚间的相关。结果表明, CAST基因存在4个多态位点，且在5个群体中的分布存在极显著差异。在A、B位点上，基因型效应仅对肌肉嫩度有显著影响(P <0.05)，而基因效应中基因的加性效应显著(P<0.05)，显性效应不显著；在C位点上，基因型效应对所有性状的影响都未达到显著水平(P >0.05)。在D位点上，基因型效应只对背膘厚有显著影响(P<0.05)，而基因效应中，基因的显性效应极显著(P<0.01)，加性效应不显著。因此, 可以把CAST基因作为影响猪肉质性状和屠体性状的候选基因。     

DGAT1基因K232A突变位点在3个中国荷斯坦母牛群体中的基因型频率分布及其与产奶量的相关性

二脂酰甘油酰基转移酶1(acylCoA:diacylglycerol acyltransferase,DGAT1)基因是影响奶牛产奶性状的主效基因之一,其第八外显子上的第232位的赖氨酸转化为丙氨酸(K232A)的错义突变是影响产奶量、乳脂和乳蛋白含量的因果突变。本研究利用GenBank中已公布的牛DGAT1基因DNA序列,于K232A位点两端设计引物,采用PCR-RFLP方法鉴定来自新疆和江西的3个中国荷斯坦母牛群体共454个个体DGAT1基因K232A突变位点的基因型,使用SAS9.0软件分析供试群体基因型分布及其与产奶量的相关性。研究结果表明:K等位基因为441bp的PCR扩增片段,A等位基因为完全切开的202bp和239bp两片段。新疆1、新疆2和南昌金牛3个荷斯坦母牛群体在该位点上K等位基因的频率分别为51.9%、42.4%和27.2%;A等位基因的频率分别为48.1%、57.6%和72.8%。DGAT1基因K232A突变位点与三个母牛群体日平均产奶量的相关性分析发现在3个群体中KK型个体产奶量均低于AA型个体,但不同基因型个体间产奶量差异在统计学上没有显著差异。本研究为进一步探讨DGAT1基因在中国奶牛群体中的遗传效应及分子标记辅助选择培育良种奶牛提供参考。     

与PPAR基因连锁的5个微卫星标记与猪肉质性状的相关性*

从已公布的猪13号染色体连锁图谱中选择与PPAR(peroxisome proliferator activated receptor)基因连锁的5个微卫星位点，在苏太猪群体中对这些位点进行群体遗传学特性分析。结果表明, 各位点等位基因数6~9个，杂合度0.59~0.81，多态信息含量0.51~0.76；背膘厚与嫩度、系水力和肌内脂间的相关系数分别为-0.358、0.020和0.311，且背膘厚与嫩度及肌内脂间的相关性达到极显著水平(P <0.01）。方差分析结果显示, 微卫星位点SW482对背膘厚影响显著(P <0.05)；SW937对系水力影响达到极显著水平(P <0.01)；其它位点S0222、S0281和S0021对各性状影响均未达到显著水平(P >0.05)。     

金华猪&#215;皮特兰猪F2的肉质及相关组织学特性与CAST和MyoG基因PCR—Msp Ⅰ多态性的关系

选择具有优良肉质的本地金华猪与肉质较差的引进品种皮特兰猪杂交的金皮F2（金华猪&#215;皮特兰猪）为研究对象,检测其CAST（calpastatin）和MyoG（myogenin）基因的PCR-MspⅠ多态性,并结合肌球蛋白重链（MHC）免疫组织化学方法,研究猪背腰最长肌的肌肉组织学特性,并对其进行图像分析。结果表明,金皮R猪背腰最长肌MHCs阳性纤维（慢肌）的比例为7．62％,MHCf阳性纤维（快肌）为92．38％。CAST基因的PCR扩增产物长度为1404bp,酶切后分为A（628＋499＋277bp）和B（499＋371＋277＋257bp）两种等位基因;MyoG基因的PCR扩增产物长度为1050bp,酶切后分为C（462＋408＋180bp）和D（408＋290＋180＋162bp）两种等位基因。AA、AB和BB基因型频率分别为0．1795、0．5897和0．2308,A和B的基因频率分别为0．4743和0．5256。CC、CD和DD的基因型频率为O．3671、0．5696和0．0633,C和D的基因频率分别为0．6519和O．3481。统计结果表明,AA、AB、AB、CC、CD和DD基因型对眼肌面积、系水率、pH值、导电率等屠宰性状均无显著的影响。CAST基因的不同基因型对肌纤维的轴比有显著影响（P〈0．05）,AA基因型有产生较多轴比大（近似椭圆形）的肌纤维的倾向,而BB则控制形成更多的轴比小（近似于圆形）的肌纤维。具有AA基因型的个体有更多的肌间结缔组织,而具有BB基因型的个体的肌间结缔组织较少（P〈0．05）,AB基因型的个体介于两者之间。MyoG基因MspⅠ酶切后的各种基因型对肌肉的肌纤维大小和密度有显著影响,具有DD基因型的个体的肌纤维面积较大,而具有CC基因型者肌纤维密度最大。     

猪黑素皮质激素受体-4基因(MC4R)启动子克隆及其分析

本研究旨在对猪黑素皮质激素受体-4基因(MC4R)的转录调控机制进行初步探讨.首先通过PCR方法扩增MC4R基因5’上游启动区l 234 bp(-1 264～-31 bp)的片段,再利用生物信息学方法对这一区域内潜在的转录起始位点进行了预测,最后采用步移缺失获得了11段长度不等的启动子片段,并分别克隆到荧光素酶(LUC)报告基因表达质粒(pGL3-Basic)中.同时,通过双荧光素酶报告活性分析检测MC4R基因启动子区不同长度片段在猪上皮型肾细胞(PK15)中瞬时转染后的活性.结果表明,猪MC4R 5’端-682 bp处存在1个潜在的转录起始位点(TSS),细胞检测结果显示-514～-486bp区域内存在控制MC4R基础转录活性的顺式调控元件,推测该序列内的热休克转录因子(HSF)结合位点可能对MC4R基因的表达调控及功能行使具有重要作用.     

IGFBP5基因部分编码序列的SNP快速筛查及其突变对猪生产性能的影响

摘要：胰岛素样生长因子（IGFs）是一类重要的生长因子,具有促进细胞生长、分裂和分化的作用,而IGFBPs对IGFs的代谢与分布起着关键作用,研究发现IGFBPs有独立于IGF之外的生物活性,并且受到翻译后的多种修饰。本研究采用基因池PCR扩增直接测序法,快速寻找到了IGFBP5基因编码序列+534处SNP座位的G/A突变,以此建立了PCR-RFLP的基因分型方法。然后利用该方法检测了300头金华×皮特兰杂交F2代猪,结果显示有GG、GA、AA 3种基因型,它们的基因型频率分别为0.064、0.589和0.348, G基因频率为0.358,A基因频率为0.642,采用一般线性模型分析结果表明,IGFBP5不同的SNP基因型对断奶体重和肌肉系水力有不同的遗传效应（p<0.05）。     

杂种和纯种猪之间脂肪组织差异表达基因的分离、克隆和序列分析

实验选取中国地方品种梅山猪和外国品种大白猪进行正反向杂交产生杂种梅大和大梅猪，用mRNA差异显示技术，分析了亲本和杂种猪背部皮下脂肪组织间基因差异表达。结果发现，在10条5＇端随机引物和10条3＇端锚定引物共100对引物组合的差异显示扩增下，共获得l500多条可重复的扩增条带，选取其中能够重复出现的40条差异表达带（在4组样本中不能同时出现的条带）进行重扩增、克隆并测序。通过GenBank／BLAST比对发现，其中有4条EST分别与GenBank序列同源性较高，其余36条属于新的EST，将这36条EST提交GenBank获得注册号，并选取其中的3条进行半定量RT-PCR验证并检测其相对表达，其中2条表现不同程度的差异，l条没有明显差异。为提高DDRT-PCR真阳性，实验中的4种组合各屠宰6头以建立RNA池，采取低高严谨结合的退火温度进行差异显示扩增以及只回收在2次PCR扩增均能重复出现的条带。结果表明，所获得的36条新的EST在亲子代之间的差异表达方式不尽相同，这些差异表达的基因可能与脂肪组织杂种优势的形成有关。     

猪OPN基因与繁殖性状的关联分析

摘要：OPN（osteopontin）基因是近年来在猪的繁殖性状上发现的一个候选基因,本试验以长白猪,大白猪和北京黑猪为研究对象,研究OPN基因多态性与猪的繁殖性状之间的关联。经特异性产物的扩增,结合测序发现,OPN基因的第6内含子存在305bp的缺失突变,从而产生多态。在长白猪和大白猪中发现了AA、AB和BB 共3种基因型,在2个群体中处于中度多态,且已达到Hardy-Weinberg平衡状态。而在北京黑猪群体中没有多态,只有BB基因型。利用SAS 8.0 软件采用最小二乘法拟合线性模型,将不同基因型与总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)和初生重(WB)进行了关联分析,结果表明：长白猪初产母猪AA型个体的TNB、NBA显著的高于AB和BB型个体(P＜0.05),经产母猪AB型个体的TNB和NBA显著的高于AA型与BB型个体(P＜0.05),A等位基因对TNB、NBA和WB均表现为正效应。在大白猪中,不论是初产母猪还是经产母猪,其BB和AB型个体的TNB、NBA高于AA型个体,但其差异不显著(P＞0.05),B等位基因对TNB、NBA都表现为正效应。     

金皮猪肉质组织学特性与CAST基因、MyoG基因PCR-MspI多态性的关系研究

本实验选择具有优良肉质的本地金华猪与肉质较差的引进品种皮特兰猪杂交所产的金皮F2代为研究对象,检测金皮F2代猪CAST（calpastatin, CAST）基因、MyoG(Myogenin, MyoG)基因的PCR-MspI多态性,并结合肌球蛋白重链（MHC）免疫组织化学方法,研究猪背腰最长肌的肌肉组织学特性,并对其进行图像分析。结果发现,金皮F2代杂交猪背腰最长肌MHCs阳性（慢肌）纤维的比例为7.62%, 快肌纤维为92.38%。CAST基因的PCR扩增产物为1404bp的片段,酶切后分为A(628bp+499bp+277bp),B（499bp+371bp+277bp+257bp）两种等位基因;MyoG基因的PCR扩增产物长度为1050bp,酶切后分为A（462 bp +408 bp +180 bp）和B（408bp+290bp+180bp+162bp）两种等位基因。.AA、AB和BB基因型频率分别为 0.1795、0.5897和0.2308,A和B的基因型频率分别为 0.4743和0.5256。CC、CD和DD的基因型频率为0.3671,0.5696和0.0633, C和D的基因型频率分别为0.6519和0.3481。统计结果表明,AA、AB、AB、CC、CD、DD基因对眼肌面积,系水率、pH值、导电率等屠宰性状均无显著的影响。CAST基因的不同基因型对肌纤维的轴比有显著影响（P<0.05）,AA单型有产生较多轴比大（近似椭圆形）肌纤维的倾向,而BB则控制形成更多的轴比小（近似于圆形）的肌纤维。具有AA单型的个体具有更多的肌间结缔组织,而具有BB单型的个体的肌间结缔组织较少（P<0.05）,AB单型的个介于两者之间。MyoG基因MspI酶切后的各种基因型对肌肉的肌纤维大小和密度具有显著影响,具有DD基因型的个体的肌纤维面积较大,而具有CC基因型者肌纤维密度最大。     

六个品种猪胰岛素抵抗素基因单核苷酸多态性分析

目的 探讨胰岛素抵抗素基因是否存在单核苷酸多态性,及其与肥胖、脂肪沉积的相关性。方法 本试验选择纯种蓝塘猪、陆川猪、临高猪、长白猪、大白猪、杜洛克,采用PCR-SSCP方法,结合相关测定指标做进一步基因分析。结果 在供试的6种纯种猪中抵抗素基因启动子检测到CC、TT、CT 3种基因型,内含子-1有EE、FF、GG、EF、EG、FG 6种基因型,内含子-2有LL、MM、NN、LM、LN、MN 6种基因型,外显子-2有CC、GG 2种基因型,基因频率与脂肪沉积量分析表明两者存在相关。结论 抵抗素基因存在单核苷酸多态性,且与脂肪沉积调控有关。     

基于近邻法聚类和改进Hough算法的猪胴体背膘厚度检测

为了解决猪胴体背膘厚度在人工测量中准确率、效率低以及存在对样本造成污染的问题,该文基于计算机视觉和图像处理技术提出一种检测背膘厚度的算法。算法主要分成背膘部分检测和测量部位的直线检测。前者通过图像分割、特征点的检测以及漫水填充等方法实现,能准确提取猪胴体背膘部分。后者在图像预处理后,首先通过感兴趣区域(region of interest,ROI)提取猪胴体肋排区域;然后利用设定好的浮动窗口进行全幅图像的扫描,通过平滑后的平均灰度线特征提取肋骨的目标像素点;最后,基于近邻法利用目标像素点间的邻近关系对其进行聚类,找到胴体第6、7根肋骨,并采用基于已知点的Hough变换提取测量直线,将测量部位的直线映射到背膘部分,则可实现对猪胴体背膘厚度准确测量。试验结果表明,在对背膘厚度测量误差小于2 mm时,检测准确率可达92.31%,该文提出的方法能对猪胴体背膘厚度的测量位置进行准确定位和测量。     

Changes in the fatty acid profile of the subcutaneous fat of swine throughout fattening as affected by dietary conjugated linoleic acid and monounsaturated fatty acids

The fatty acid profile of the subcutaneous fat of pigs and its evolution throughout fattening as affected by dietary conjugated linoleic acid (CLA), monounsaturated fatty acids (MUFA), and their interaction (CLAxMUFA) were studied. Three levels (0, 1, and 2%) of an enriched CLA oil (28% cis-9, trans-11 and 28% trans-10, cis-12 CLA) were combined with two levels of MUFA (low, 19% average; and high, 39% average) for pig feeding (288 gilts). Subcutaneous shot-biopsies were taken from 48 animals at the beginning of the trial (S1, 70 kg), 14 days later (S2, 80 kg), and at slaughter (S3, 107 kg). Inclusion of CLA in the diet caused an increase during fattening in cis-9, trans-11 CLA, trans-10, cis-12 CLA, and saturated fatty acids (SFA) contents of pig backfat and a decrease in MUFA and polyunsaturated fatty acids (PUFA). MUFA supplementation also led to a MUFA enrichment of backfat. The interaction CLAxMUFA affected the SFA content. The rates of accumulation of CLA isomers, SFA, and MUFA throughout the trial did not follow a linear behavior, such rates being higher from S1 to S2 than from S2 to S3. These rates were also influenced by dietary CLA and MUFA levels. The increase in the ratio of saturated to unsaturated fatty acids of backfat caused by dietary CLA might be balanced by supplementation of pig diets with MUFA.