中国西门塔尔牛SCD1基因多态性与肉质性状的相关分析

利用Illumina HD SNP技术对484头中国西门塔尔牛SCD1基因的遗传变异及其与部分肉质性状的相关性进行了分析.结果表明,该群体中存在7个SCD1基因的SNP位点.SCD1基因第4内含子存在A8605G、A9229G与A10050C 3个SNP位点;第5内含子存在1个SNP位点A12304G;3' UTR区存在A13655G、C14790T与A15565G 3个位点.A8605G位点的B等位基因为优势等位基因,频率为0.748,其他位点等位基因频率在0.4 ～0.6之间.x2检验结果显示,SCD1基因的所有SNPs均处于哈代-温伯格平衡状态(P＞0.05).SCD1基因的7个SNPs位点全部为中度多态,杂合度和有效等位基因数均较高.SCD1基因SNP多态性与肉质性状的关联分析表明,SCD1基因对肌内脂肪含量、剪切力、大理石花纹等级和脂肪颜色有一定的影响,可以作为改善牛肉质量进行标记辅助选择的重要候选基因.     

糖皮质激素受体（GR）基因内含子7长度多态性与猪脂肪性状相关研究

应用特异PCR技术检测了猪糖皮质激素受体（GR）基因内含子7长度多态性,并分析其与脂肪性状的相关性。结果表明：凉伞猪、龙潭猪群体中GR基因内含子7长度多态性发现有A和B两个等位基因存在,该两种等位基因A/B频率在两个群体中分别为0.2286/0.7714和0.2008/0.7992。B等位基因是群体中的优势等位基因,该基因座在两群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态。建立混合模型方程组分析该长度多态对猪脂肪性状的效应,结果显示,猪GR基因内含子7长度多态的不同基因型与肌内脂肪、肩部膘厚、腰部膘厚、6～7肋膘厚、板油质量等性状显著相关（P<0.05）。表明猪GR基因内含子7长度多态对猪脂肪沉积有一定的影响。     

鸭POU1F1基因第2内含子多态性及其遗传效应

为探究褐色菜鸭POU1F1基因的多态性及其遗传效应,本试验采用PCR-SSCP方法检测了褐色菜鸭POU1F1基因的多态性,分析了多态位点不同基因型与褐色菜鸭生产性状的关联性。结果表明：POU1F1基因第2内含子存在3种基因型即AA型、Aa型和aa型,序列比对存在2个突变位点即A3980T和A3988G,该位点属低度多态,?2检验结果表明该基因座位处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);关联分析显示：AA基因型个体的蛋形指数和四周龄体重均显著高于aa型(P＜0.05),但三种基因型对其他性状无显著影响(P>0.05)。推测该片段的多态位点可能对四周龄体重和蛋形指数有一定的影响,POU1F1基因第2内含子可作为褐色菜鸭生产性能的优势分子标记。     

GnRHR基因多态性与崂山奶山羊产羔数的关联分析

为阐明GnRHR基因的多态性与崂山奶山羊产羔数的关系,设计7对引物,采用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术检测GnRHR基因在不同产羔数崂山奶山羊的单核苷酸多态性,并分析其与产羔数的关系。结果显示：该基因存在2个多态位点,A261G突变对于初产母羊 GA型产羔数比 AA型多0.06只,比 GG型多0.04只,差异不显著( P>0．05);对于经产母羊GA型产羔数比AA型多0.35只,差异显著(P<0.05),比GG型多0.45只,差异不显著(P>0．05)。 G55A位点共检测到GG和GA这2种基因型,其中对于初产母羊GG型比GA型产羔数多0.13只,经产母羊GG型比GA型产羔数多0.19只,但差异均不显著(P>0.05)。因此,GnRHR基因A261G突变位点可能是影响崂山奶山羊产羔性能一个潜在的有效分子标记。     

甘肃肉牛CAST基因的多态性及其与肉质性状的相关性研究

为研究甘肃肉牛CAST基因的多态性及与肉质性状的相关性。利用PCR-RFLP对甘肃肉牛CAST基因多态性检测并利用最小二乘法拟合线性模型探索不同基因型与肉质性状间的关系。结果表明：在CAST基因3个SNP位点中发现T750C、A557G、G556T、351处DelGTT的T/C;相关分析表明：Hga I位点的各基因型与肉质性状均差异不显著;Hpy188III位点的剪切力值,AT基因型显著高于AA基因型;Acl I位点在剪切力值上Hh基因型显著高于HH基因型,HH基因型在失水率上显著高于hh基因型。鉴定了CAST基因是影响肉质性状的候选基因。     

马铃薯StDRO1基因的多态性鉴定及其与根系性状的关联分析

为鉴定与马铃薯根系性状相关联的StDRO1基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,本研究对110份同源四倍体马铃薯材料StDRO1基因的编码区进行了克隆和测序,筛选其SNP,并对StDRO1的SNP位点与马铃薯总根表面积、总根体积和平均根系直径等主要根系性状参数进行了关联分析。结果显示,StDRO1第2外显子上检测到1个SNP位点,命名为G64C;第3外显子上检测到10个SNP位点,分别命名为G152A、A214G、A297G、C314T、A337T、T353C、T560A、C577A、C620A和C625A;在第4外显子上检测到1个SNP位点,命名为T793A。关联分析结果表明,StDRO1基因G152A位点在总根体积表现为GA类基因型>GG类基因型(P<0.05);C314T位点在平均根系直径表现为CC类基因型>CT类基因型(P<0.05); A337T位点在总根表面积、鲜重和干重均表现为AT类基因型>AA类基因型(P<0.05),而在平均根系直径则表现为AA类基因型>AT类基因型(...     

甘肃地方肉牛群体瘦素基因(LEP)部分序列SNPs及其与胴体品质和肉质性状的相关性分析

本研究旨在寻找与肉牛胴体肉质等主要经济性状相关的分子标记,为甘肃地方肉牛新类群的选育提供分子遗传学理论依据。利用PCR-SSCP技术检测甘肃地方肉牛LEP基因第2外显子及第3内含子部分序列多态性,并分析其多态性与胴体品质和肉质性状的相关性。结果表明：LEP基因第2外显子存在AA和AB两种基因型,基因型频率分别为0.5217和0.4783;测序结果显示：在该基因1180 bp处存在一个C→T碱基突变,导致所编码的氨基酸由精氨酸变为半胱氨酸;该群体的多态信息含量处于0.25~0.5之间,属于中度多态（PIC〉0.25）;胴体和肉质性状相关性统计分析表明：该位点AA基因型与宰前活重、胴体重、净肉重、屠宰率和净肉率显著相关（P〈0.05）,AB基因型与失水率、板油重、大理石花纹等级和肉色等级显著相关（P〈0.05）,该位点SNP与胴体背膘厚、眼肌面积、蒸煮损失、剪切力、pH值差异不显著（P〉0.05）。初步判断该位点可作为影响胴体品质和肉质性状的遗传标记位点之一。     

猪CACNA2D1基因3''''UTR单核苷酸多态性与肉质性状的效应研究

CACNA2D1基因定位在猪的第9号染色体上,其位置与影响肉质性状的QTL重叠,可作为肉质性状的候选基因.采用PCR-SSCP技术,对160头金华×皮特兰资源家系F2猪CACNA2D1基因3'端非翻译区片段进行扩增分型,共产生2种等位基因,3种基因型.通过测序发现,在CACNA2D1基因3'端非翻译区(序列DQ981407)有一单核苷酸替换(C→A).对不同标记基因型与肉质性状的最小二乘分析表明,AA基因型猪大腿肌肉的pH45值、大腿肌肉导电率和肌内脂肪含量的最小二乘均数比BB基因型分别高0.169,0.26和0.021,差异显著(P＜0.05);A等位基因的加性效应分别为0.084 5,0.133 5和0.010 5.     

猪CACNA2D1基因3′UTR单核苷酸多态性与肉质性状的效应研究

CACNA2D1基因定位在猪的第9号染色体上,其位置与影响肉质性状的QTL重叠,可作为肉质性状的候选基因。采用PCR-SSCP技术,对160头金华×皮特兰资源家系F2猪CACNA2D1基因3′端非翻译区片段进行扩增分型,共产生2种等位基因,3种基因型。通过测序发现,在CACNA2D1基因3′端非翻译区(序列DQ981407)有一单核苷酸替换(C→A)。对不同标记基因型与肉质性状的最小二乘分析表明,AA基因型猪大腿肌肉的pH45值、大腿肌肉导电率和肌内脂肪含量的最小二乘均数比BB基因型分别高0.169,0.26和0.021,差异显著(P<0.05);A等位基因的加性效应分别为0.084 5,0.133 5和0.010 5。     

猪的RBP4基因部分序列的克隆及多态性分析

在猪的RBP4基因的第1外显子和第3外显子处设计引物,成功扩增了该基因的第1内含子和第2内含子,与人和鼠的同源性分别为80%和78%,说明扩增正确。采用PCR-RFLP法对大白猪、杜洛克、长白猪、民猪和杂种猪的RBP4基因进行多态性检测。结果表明:该基因经限制性内切酶MspⅠ酶切后获得3种带型:AA,BB和AB型;除大白猪与民猪、长白猪与杂种猪外,其余各猪种间RBP4基因的基因型频率分布均差异极显著(P<0.01);该基因在长白、大白和杂种猪的MspⅠ位点处于群体不平衡状态,在杜洛克和民猪处于群体平衡状态;基因多态信息含量(PIC)计算,大白、长白、杜洛克、民猪和杂种猪均表现为中度多态性(0.5>PIC>0.25),民猪的B等位基因为优势基因,推测B等位基因与猪的高产性状相关。     

清远麻鸡PGC-1α基因多态性与肉质性状的相关性分析

[目的]PGC-1α基因是影响肉品质的关键基因。本文对清远麻鸡PGC-1α基因的多态性进行了研究,希望找出对肉品质有较大影响的突变位点,为下一步进行蛋白质功能验证打下基础。[方法]利用PCR-SSCP和PCR-LDR方法找出清远麻鸡PGC-1α基因的多态性位点,将所测得的肉品质指标脂肪含量、剪切力和胸肌失水率按照不同基因型进行方差分析与多重比较,分析不同基因型对肉品质的影响。[结果]筛查出了清远麻鸡的两个多态性位点SNP1和SNP2,均为G到A的突变。其中SNP1为内含子的突变,SNP2为外显子8上的有义突变。SNP1对肉品质没有显著影响,SNP2对胸肌系水力有显著影响。母鸡的肉品质要高于公鸡的,其中剪切力指标性别之间差异极显著。至于SNP2,AG型的肉品质要好于AA型和GG型的。     

绵羊PRKAG3基因SNPs与肉质性状的相关性分析

为从分子水平研究甘肃境内典型养殖模式下甘肃高山细毛羊、小尾寒羊、藏羊、蒙古羊和滩羊5个绵羊品种的PRKAG3基因多态性与屠宰性能和肉品质的相关性,探讨以PRKAG3为候选基因,提高绵羊屠宰性能和肉品质的可能性。采用PCR-SSCP技术对5个绵羊品种的PRKAG3基因外显子4,5和内含子4多态性进行检测,并就PRKAG3基因多态性与9月龄屠宰性能和肉品质进行相关性分析。结果表明,在PRKAG3基因2 689 bp处发生了AG的突变,位于第4内含子第23 bp处,表现出3种基因型,AA、AB和BB。纯合度(Ho)分别为0.67,0.69,0.76,0.69,0.59,杂合度(He)分别为0.333 3,0.306 1,0.244 9,0.307 7,0.408 2,有效等位基因(Ne)分别为1.62,1.66,1.69,1.48,1.79,多态信息含量(PIC)分别为0.31,0.32,0.33,0.27,0.34。除藏羊外其他4个绵羊品种均处于Hardy-Weinberg平衡状态。关联分析表明,5个绵羊品种PRKAG3基因此变异位点的3个基因型间失水率性状差异显著(P0.05);BB基因型个体的胴体重显著高于AA型(P0.05),滩羊为极显著(P0.01),BB基因型个体的眼肌面积显著大于AA型(P0.05)(藏羊除外)。因此说明PRKAG3基因可作为候选基因用于绵羊产肉性能和肉品质的分子标记辅助选择。     

Influence of single-nucleotide polymorphisms in the gene encoding granule-bound starch synthase I on amylose content in Vietnamese rice cultivars

Amylose content is one of the most important factors influencing the physical and chemical properties of starch in rice. Analysis of 352 Vietnamese rice cultivars revealed a wide range of variation in apparent amylose content and the expression level of granule-bound starch synthase. On the basis of single-nucleotide polymorphisms (SNP) at the splicing donor site of the first intron and in the coding region of the granule-bound starch synthase I gene, Waxy gene, alleles can be classified into seven groups that reflect differences in apparent amylose content. The very low and low apparent amylose content levels were tightly associated with a G to T in the first intron whereas intermediate and high amylose was associated with a T genotype at SNP in exon 10. The correlation between the combination of T genotype at SNP in the first intron, C in exon 6, or C in exon 10 was predominant among low amylose rice varieties. Our analysis confirmed the existence of Wx^op allele in Vietnamese rice germplasm. The results of this study suggest that the low amylose properties of Vietnamese local rice germplasm are attributable to spontaneous mutations at exons, and not at the splicing donor site.     

庄河大骨鸡IGF-Ⅰ基因多样性与产肉性能关联的分析研究

为了探究庄河大骨鸡IGF-Ⅰ基因的多样性与产肉性能相关的遗传标记。以庄河大骨鸡为试验材料,利用PCR-RFLP分子遗传标记技术分析了IGF-Ⅰ基因5′非编码区域的多样性与产肉性能的关系。结果表明：该基因存在AA、AB、BB 3种基因型,基因型的频率分别为0.445、0.300、0.255,A基因和B基因频率分为0.595和0.405;BB型个体的活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腿肌重、平均日增重和料肉比分别显著的高于AA型和AB型(P<0.05),其他性状差异不显著(P>0.05);AB型和AA型各性状间不差异(P>0.05)。IGF-Ⅰ基因的BB型对鸡的产肉性能有显著影响,但是,其是否可以作为庄河大骨鸡产肉性能的重要遗传标记还需做进一步研究。     

8个鸭群体MC1R基因A399G位点变异分析

为了检测鸭MC1R基因的多态性,并分析其多态性在家鸭、白番鸭、半番鸭各品种中的分布情况,以8个鸭品种/群体共769只鸭为研究对象,采用PCR产物直接测序的方法寻找MC1R基因编码区可能存在的SNP突变位点。结果发现,MC1R基因编码区399 bp处发生了A→G的碱基突变,经分析为限制性内切酶Hin61的识别位点。针对该酶切位点,利用PCR-RFLP方法鉴定A399G位点的基因多态性。结果显示：（1）该位点对羽色未造成影响。半番鸭中,该位点在黑羽半番鸭中表现一种基因型AG,在白羽半番鸭中虽存在AG和GG 2种基因型,但GG频率相当低,只有0.019,差异不显著(P＞0.05);半番鸭母本中,该位点在羽色极端且亲缘关系相近的莆田黑鸭和小型白羽半番鸭母本中只呈现单一基因型GG。（2）该位点对品种产生极显著影响。该位点基因型在白番鸭、家鸭内均呈单态分布,其中白番鸭的基因型全为AA,而家鸭的基因型全为GG;该位点在半番鸭群体中呈低度多态,基因型AG占绝对优势(0.982),GG几乎为零(0.018)。经卡方独立性检验,MC1R基因A399G突变位点各基因型分布在家鸭、番鸭、半番鸭各品种中的分布差异极显著(P＜0.01),这从本质上有效鉴定和区分家鸭、白番鸭和半番鸭三类鸭群体,并为番鸭保种提供了新的方法。     

庄河大骨鸡ghr、igf-1基因的PCR-RFLP分析及基因聚合与产肉性能的关联分析研究

为了探究庄河大骨鸡ghr、igf-1基因聚合与产肉性能相关联的分子标记。利用PCR-RFLP标记技术和最小二乘法分析了ghr、igf-1的多态性及其2基因的聚合基因型与17周龄庄河大骨鸡产肉性能的关联。结果表明：ghr基因和igf-1基因均存在3种基因型且处在哈代温伯格平衡状态;聚合基因型GGTT、GHTT和GGKT的活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、胸肌重、平均日增重显著的高于其他各基因型(P<0.05)。聚合基因型GGTT、GGKT、GHTT对庄河大骨鸡的产肉性能有显著影响,但是否能作为庄河大骨鸡选育的重要理论依据还有待进一步研究。