怀菊转录组中SSR位点信息分析

以转录组测序数据为基础,利用MISA软件对简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)进行检测及分析,分析怀菊转录组中的SSR位点信息,并设计SSR引物,为后期SSR标记的开发和物种遗传多样性检测等提供参考。结果表明,共检测到8 553个SSR位点,它们分布在7 369条Unigene中,出现频率为2.83%,SSR位点的发生频率为2.44%;其中单核苷酸重复基序最多、其次为三核苷酸重复基序。怀菊转录组基序长度主要集中于12～19 bp,多具有中等多态性。对SSR序列设计引物,共得到25 662对引物可供今后使用。总之,怀菊SSR位点类型丰富,具有良好的多态性潜力及可开发性。     

银杏转录组数据中EST-SSR位点的生物信息学分析

银杏(Ginkgo biloba L.)是雌雄异株植物,其植株价值因性别不同而异。银杏转录组数据中EST-SSR位点的生物信息学分析将为银杏遗传学研究开展提供重要的理论与方法支持。首先通过高通量测序技术获得银杏大、小孢子叶球转录组数据,然后开展数据拼接组装与EST-SSR位点挖掘及相应的生物信息学分析。转录组数据处理及拼接组装后共获得108 307条unigenes,然后利用MISA软件发掘银杏转录组数据中的SSR位点,最终从8 178条unigenes中检索出9 668个SSR位点。其中,单核苷酸重复的数量最多,有5 663个;其次是二核苷酸和三核苷酸,重复数量分别为2 471、1 438个;四核苷酸至六核苷酸重复的数量相对较少,共有96个。银杏转录组EST-SSR位点共包含147种重复基元。在单核苷酸重复中,A和T是优势重复基元类型,分别有2 808、2 685个;在二核苷酸重复基元中,AT与TA数量较多,分别为469、383个,所占比例为34.48%。此外,设计得到6 809对银杏EST-SSR位点特异引物。银杏转录组EST-SSR位点的发掘将为银杏遗传图谱构建、遗传性状分析、幼年期性别鉴定方法的建立等提供有力的理论与方法支持。     

基于非洲菊转录组测序的SSR位点信息分析

为深入开发非洲菊SSR分子标记,进而推动非洲菊遗传多样性研究,以云南红非洲菊的转录组序列为基础,对SSR位点进行挖掘。结果表明:通过MISA软件从60 563条unigenes检测出14 928个SSR位点,分布于11 932条unigenes中,出现频率为24.65%,平均分布距离为3.43kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的63.44%、21.54%和14.06%。14 928个SSR位点由73种重复基序构成,(A/T)、(AG/CT、AC/GT)、(AAT/ATT、AAG/CTT)分别是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸优势重复基元,分别占总SSR重复类型的62.31%、18.13%和6.93%。利用Primer 3.0对SSR序列设计引物9 535对,成功率为63.87%。非洲菊转录组SSR位点丰富,分布密度大,具有较高的多态性潜能,可作为开发SSR标记的有效来源,为非洲菊遗传多样性研究,分子标记辅助育种、遗传图谱构建以及功能基因挖掘等提供科学依据。     

红螯螯虾转录组中的SSR位点信息分析

对红螯螯虾转录组测序数据进行分析,并开发引物通过PCR扩增和毛细管电泳检测,进行了引物多态性和通用性分析。从67 369条Unigenes中共检测到22 727个简单重复序列(SSR)位点,并对包含SSR序列的Unigenes进行功能注释。结果表明,红螯螯虾转录组中微卫星序列的类型较为丰富,其中二核苷酸和三核苷酸重复类型出现频率较多,分别占总SSR出现频率的52.67%和44.25%;四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复类型出现频率较少,分别占总SSR出现频率的2.62%、0.23%和0.24%。SSR重复类型共有68种,其重复次数的范围为5～84次。筛选出SSR引物5对,对浙江本地及台湾2个群体的60个样品进行遗传多样性分析,每对引物平均产生5.6个多态性片段。本研究结果为深入开发红螯螯虾功能性SSR标记奠定了基础,也为开展红螯螯虾分子标记辅助选育提供支持。     

基于高通量测序的北柴胡根转录组SSR位点信息分析

以北柴胡根为试材,采用高通量转录组测序方法,获得uingene序列信息,研究分析SSR分布、基元特征,设计、验证EST-SSR引物的有效性,为开发、丰富EST-SSR分子标记奠定基础。结果表明：从北柴胡根转录组中共筛选到31 176个SSR位点,分布于21 732条unigenes,出现的频率为20.08%,分布密度为3.20个/10 kb,主要重复基元类型以二核苷酸最为丰富,共21 056个,占SSR位点总数的67.54%;其次是单核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR的19.05%和12.07%;四核苷酸～六核苷酸重复基元数量均较少。不同核苷酸基序类型共有131种基元,重复基元次数在5～11次的数量最多,占SSR总数的91.7%,且长度基本小于15 bp,其中AT/AT和AC/GT这两种基元在二核苷酸中出现频率最高。2 064条和1 004条含有SSR位点的unigenes分别注释到GO和KEGG通路,获得注释的基因功能主要与基础代谢相关。从22 090对具有潜在多态性的EST-SSR引物中,随机挑选20对引物对3个北柴胡种质DNA进行PCR扩增,扩增成功率最高达85%。北柴胡根转录组S...     

紫芽六堡茶转录组SSR位点序列分析

以广西梧州紫芽六堡茶为研究对象,运用MISA软件对转录组测序获得的165 570条unigene序列(总长度为240 177 233 bp),进行SSR位点搜索.使用Excel软件对SSR位点的出现频率、基元类型、基元组成、平均距离等进行处理分析.结果表明,共在10 058条unigene中找到符合条件的SSR位点11...     

茶树转录组中SSR位点的信息分析

利用茶树全转录组的高通量测序获得的127 094条Unigenes来发掘茶树转录组SSR功能性标记。在这些序列中共搜索出12 242个SSRs,分布于10 325条Unigenes中,出现频率为9.63%。茶树转录组SSRs的平均长度为16 bp,平均分布频率是1/3.68 kb。在茶树转录组的SSRs中,二核苷酸重复是主要的类型,占总SSRs的63.78%。茶树转录组SSRs共包含181种重复基元,二核苷酸重复基元CT/AG和TC/GA是优势重复基元类型,分别占总SSRs的23.84%和23.58%。同时对这些SSR的可用性进行了评价。     

茶多酚对壬基酚所致白鲫鱼胚胎发育毒性的改善作用

【目的】壬基酚（nonylphed,NP）为环境雌激素污染物,研究 NP 对白鲫鱼胚胎发育的毒性影响, 同时探讨茶多酚对 NP 所致白鲫鱼胚胎发育毒性的改善作用。【方法】利用不同浓度 NP 对白鲫鱼尾芽期胚胎进 行染毒,以清水为对照,观察胚胎发育情况,通过比较染毒处理胚胎孵化率及孵化仔鱼畸形率的变化情况来分 析 NP 对白鲫鱼胚胎发育的毒性影响,在 NP 基础液中加入不同浓度的茶多酚,以 NP 基础液为对照,通过比较 茶多酚组中胚胎孵化率及孵化仔鱼畸形率的变化情况来判断茶多酚的改善效果。【结果】与溶剂乙醇对照相比,中、 低浓度（0.04 ～ 0.40 mg/L）NP 能显著性降低白鲫鱼胚胎的孵化率,同时显著提高孵化仔鱼的畸形率,且畸形率 随着 NP 浓度的升高而升高;高浓度（4.00 mg/L）的 NP 对胚胎发育毒性极强,染毒 24 h 即可导致胚胎停育。在 NP 中加入 0.35 ～ 35.00 μg/L 茶多酚后,3.50 μg/L 茶多酚处理白鲫鱼的孵化率得到了显著提高,其余浓度处理 的孵化率与 NP 对照没有显著差异。0.35 ～ 35.00 μg/L 茶多酚均能显著性降低孵化仔鱼的畸形率。【结论】NP 对白鲫鱼胚胎具有一定的发育毒性,而添加适量的茶多酚能改善 NP 引发的白鲫鱼胚胎发育毒性。     

三种群银鲫的RAPD分析初报

利用２０个随机引物对产于方正、彭泽和淇河地区的三个银鲫种群进行了ＲＡＰＤ检测结果显示１４个引物的扩增效果良好,单一引物扩增的ＤＮＡ片段数在２￣１３条之间,片段长度在３００￣４０００ｂｐ之间。根据ＲＡＰＤ结果,进行了银鲫种群内、种群间的遗传差异分析。１４个引物中,引物ＯＰＶ－０７、ＯＰＶ－１４和ＯＰＶ－２０等对三种群银鲫扩增出的指纹图谱差异显著,可作为银鲫种群鉴定的分子标记。     

三种群银鲫的RAPD分析初报

利用２０个随机引物对产于方正、彭泽和淇河地区的三个银鲫种群进行了ＲＡＰＤ检测结果显示１４个引物的扩增效果良好,单一引物扩增的ＤＮＡ片段数在２￣１３条之间,片段长度在３００￣４０００ｂｐ之间。根据ＲＡＰＤ结果,进行了银鲫种群内、种群间的遗传差异分析。１４个引物中,引物ＯＰＶ－０７、ＯＰＶ－１４和ＯＰＶ－２０等对三种群银鲫扩增出的指纹图谱差异显著,可作为银鲫种群鉴定的分子标记。     

银鲫与普通鲫早期胚胎发育的比较研究

为了解黑龙江水系银鲫Carassius auratus gibelio和普通鲫C.auratus auratus的胚胎发育过程,对银鲫(3n♀×3n♂,SS)和普通鲫(2n♀×2n♂,DD)的胚胎发育过程进行了比较观察。结果表明:SS(DD)成熟的卵子呈浅黄色,卵膜透明,圆形,有黏性,卵径为1.3¹.7 mm(1.21.7 mm(1.2¹.6 mm);水温为(23±1)℃条件下,SS(DD)受精后1 h 08 min(1 h 03 min)进入卵裂期,受精后2 h 54 min(5 h 02 min)进入囊胚期,受精后8 h 06 min(6 h 49 min)进入原肠胚期,受精后10 h 25 min(10 h 51 min)进入神经胚期,受精后14 h 22 min(16 h 20 min)进入器官形成期,59 h 31 min(59 h 05 min)后出膜。研究表明,SS和DD均具有正常的早期胚胎发育过程,这为进一步了解SS和DD的遗传背景和生殖方式提供了生物学依据。     

异育银鲫PTX3基因的克隆与表达分析

为研究Pentraxin 3(PTX3)在鱼类中的作用,克隆得到异育银鲫(Carassius auratus gibelio)PTX3基因,并对其序列结构特征和表达模式进行分析。异育银鲫PTX3序列由3个外显子和2个内含子构成,编码453个氨基酸。异育银鲫PTX3蛋白的前22aa为信号肽,241~453aa为PTX结构域;在PTX结构域有一个非典型的Pentraxin信号。同源进化分析发现,异育银鲫PTX3与其他鱼类聚为一支,且与斑马鱼最为相似(79%);两栖类和哺乳类各自聚为一支。实时荧光定量PCR结果显示,PTX3在异育银鲫的心脏、肝脏、脾脏、头肾、体肾、鳃、脑、肌肉、肠、血液、性腺等11个组织中都有表达。在嗜水气单胞菌攻毒后,肝脏、脾脏、头肾、肠和血液中PTX3mRNA水平都显著上调。在感染后3h,脾脏中PTX3 mRNA水平即出现显著上调;感染后6h,血液中PTX3mRNA水平即达到了峰值。这些结果表明,PTX3作为急相反应蛋白在鱼类受到病原侵袭中发挥免疫保护作用。     

鲫鱼对除草剂阿特拉津的生物富集效应研究

采用半静态水质接触染毒法,研究鲫鱼(Carassiusauratus)肝脏、肾脏和肌肉对不同质量浓度(0、0.1、0.5、1.0、5.0和10.0mg·L-4)阿特拉津的富集效应.结果表明,阿特拉津在鱼体中的富集速度较快;在试验所选浓度下,鲫鱼肝脏、肾脏和肌肉均在染毒后19d即对阿特拉津达到富集稳态,但各个器官对阿特拉津的富集能力都较低.阿特拉津在肝脏、肾脏和肌肉中的富集系数均随着染毒浓度的增加而变小,呈现显著的负相关关系;其在肝脏、肾脏和肌肉中的最大和最小富集系数分别出现在最低(0.1 mg·L-1)和最高(10.0mg·L-1)浓度组,最大富集系数分别为:13.08、11.00和6.02,最小富集系数分别为:5.22、4.37和2.94.而且,当阿特拉津暴露浓度相同时,鲫鱼不同组织器官对阿特拉津的富集能力存在差异,表现为:肝脏>肾脏>肌肉.     

野鲫、异育银鲫和复合四倍体银鲫的倍性鉴别

通过比较二倍体野鲫、三倍体异育银鲫和复合四倍体银鲫等不同倍性鲫的染色体组型及红细胞核的形态大小差异,探讨了不同倍性鲫细胞遗传特征及其倍性鉴别的快速方法.结果表明:(1)二倍体野鲫体细胞染色体数为100,核型公式为22 m+ 34 sm+22 st+22 t,染色体臂数NF= 156;三倍体异育银鲫体细胞染色体数为 156 (其中6条为超数染色体),核型公式为33 m+51 sm+33 st+33 t+6 mc,染色体臂数NF=234+6 mc;复合四倍体银鲫体细胞染色体数为206 (其中6条为超数染色体),核型公式为44 m+68 sm+44 st+44 t+6 mc,染色体臂数NF= 312+6 mc.(2)二倍体野鲫、三倍体银鲫和复合四倍体银鲫的红细胞核长径、短径和核体积均依倍性增加而显著增大(P<0.05),其中,又以核体积增大最为显著,银鲫复合四倍体、异育银鲫三倍体的核体积分别为二倍体野鲫的2.0倍和1.65倍.通过在Coulter Counter颗粒分析仪上测量红细胞核体积可实现二倍体野鲫、三倍体银鲫和复合四倍体银鲫的快速鉴别.(3)在复合四倍体银鲫中还观察到较高比例(约占10%)的哑铃型红细胞核现象.     

鲫外周血淋巴细胞的分离及观察

采用密度为1.085g/mL的聚蔗糖-泛影葡胺(Ficoll-hypaque)分离液在20℃,800g,离心20min的情况下,可将鲫外周血中的淋巴细胞有效地分离出来,每毫升外周血可分离到的淋巴细胞数量平均为4.88×106个,淋巴细胞回收率为76.21%～93.79%,细胞存活率≥96%。     

银鲫消化酶的研究

对处于不同生长阶段银鲫的蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶、纤维素酶的活性分布进行了初步研究。结果表明：在鱼苗、鱼种、幼鱼、成鱼和亲鱼5个生长阶段，胰蛋白酶和脂肪酶活性基本保持不变，纤维素酶活性呈上升趋势，淀粉酶活性从鱼苗到成鱼不断提高，但在亲鱼阶段降低。胰蛋白酶和淀粉酶活性分布均以中肠最大，纤维素酶活性则在肝胰脏中最大。在肝胰、前肠、中肠、后肠，胰蛋白酶的最适pH值分别是7.5、7.5、8.5、8.0；脂肪酶的最适pH值均为7.5。淀粉酶的最适pH值均为6.5；纤维素酶在肝胰脏的最适pH值是4.8，在前肠、中肠、后肠最适pH值均有两个峰值，分别为3.6和4.8。