国家玉米主产区预试品种的SSR分析 Ⅰ. 预试品种的真实性和一致性评价

建立简单、快速、准确的品种真实性检测技术体系对于农作物品种管理有重要意义。本文应用SSR技术构建了2004～2005年国家玉米主产区预试参试品种的DNA指纹图谱,并根据SSR指纹图谱分析了参试品种的真实性和一致性。两年参试品种的分子标记差异均在3对引物以上,大多数品种的标记差异在10～12对引物之间,没有发现近似品种。选用19对SSR引物对2005年参试品种的一致性进行了分析,一致性好和比较好的分别占16%和69%,一致性差的和比较差的各占1%。本研究表明,SSR分子标记具备环境的稳定性、品种间变异的可识别性,最小的品种内变异和实验结果的可靠性,同时具有快速、准确、多态性丰富、可操作性强的特点,在玉米品种真实性和一致性的鉴定中具有良好的应用前景     

18个黄淮海地区推广冬小麦品种的遗传多样性分析

为给小麦育种中种质资源的合理使用提供信息参考,利用78对核心SSR引物对参试的18个小麦品种进行了基因组扫描,并通过ntsys 2.11软件对其4个农艺性状、5个品质指标和SSR标记进行了聚类分析。78对引物在18个品种中扩增出268条多态性带,每个引物2~9条,平均3.44条。18个品种可分为2大类群,第Ⅰ类包括13个品种,第Ⅱ类包括5个品种。第II类的农艺和品质指标都比第Ⅰ类高,其中面团稳定时间与第Ⅱ类差异明显,平均为13.2min。聚类结果和品种之间的亲缘关系相吻合。18个品种的遗传相似系数范围为0.55~0.86,平均为0.67。参试小麦品种存在一定的异质性,但差异较小,遗传基础狭窄。     

基于SSR标记评价江西赣东北茶树遗传多样性

遗传多样性评价是茶树种质资源鉴定和新品种选育的重要内容.本研究采用筛选的9对SSR引物对17份江西赣东北茶树种质资源进行了遗传多样性分析,结果表明:9对SSR标记在17个品种中共检测到32个等位基因,平均每个标记3.56个,PIC和遗传多样性指数平均值分别为0.54和1.07,参试品种的Nei's遗传距离(D)在0.14～0.78;当D=0.19时,可将17个茶树品种聚为4类,江西赣东北茶树种质资源遗传多样性丰富.本研究结果为江西省茶树优良地方品种的开发利用提供参考.     

黑龙江省不同年代主栽春小麦品种的遗传多样性分析

为了从分子水平探讨黑龙江省春小麦种质资源的遗传多样性,对黑龙江省34份不同年代主栽春小麦品种进行SSR标记分析,计算遗传相似系数(GS)和位点多态性信息含量(PIC),并利用SSR标记的数据结果对供试品种进行聚类分析.14对SSR引物共扩增出73个等位变异,平均每对引物扩增出5.2个等位变异.遗传相似系数的变化范围为0.32～0.88,总体平均值为0.64.位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.16～0.87,平均0.56.聚类分析表明,SSR标记将34个品种相互区分开并分为五大类,分类结果与品种系谱比较吻合.据此认为,SSR标记揭示出黑龙江省主栽小麦品种具有较高的遗传多样性.     

甘肃省近年来育成冬小麦品种农艺性状的区域表现及遗传多样性分析

为挖掘甘肃省冬小麦种质资源潜力,对74份2003-2014年甘肃省不同生态区域通过审定的冬小麦品种进行了农艺性状和SSR分子标记的遗传多样性分析。结果表明,陇中地区除穗粒重外,其他农艺性状的遗传多样性指数H′值均高于陇南和陇东地区。其中,生育期天数、穗长、穗下节长、穗粒重的H′值在全部区域中均最高,均大于2.0。经主成分分析,前三个主成分(株高因子、产量因子、生育期天数因子)对变异的贡献率达86.303%;陇中地区的品种与陇东、陇南地区在基因库上存在一定差异。利用42对SSR引物对参试品种的多态性进行检测,结果显示,每对引物检测到等位变异1~17个,平均等位变异7个,全部引物共检测到298个等位变异。经聚类分析,参试品种间遗传相似系数(GS)的变异范围为0.486~0.781,平均值为0.605。全部参试品种可分为3个大类,7个亚类。     

大麦品种资源遗传多样性的SSR标记评价

为了有效利用大麦种质资源,利用49对SSR引物,对中国240份和国外60份大麦品种资源进行了遗传多样性研究.结果表明,大麦7条染色体中第五和第六条染色体遗传多样性较高,第三、四、七条染色体遗传多样性比较低.300份材料中,遗传多样性最丰富的是非洲、亚洲和中东的大麦资源;中国西藏、四川、云南及育成品种的遗传多样性较为丰富.基于SSR数据,对300份大麦材料进行了聚类分析,结果聚为三组,来自土库曼斯坦(TKM)的一份材料划分为一组, 43份国外材料划分为一组,其他材料为一组,同一栽培地区的品种基本聚在同一组中.     

棉花遗传多样性分析SSR标记的快速预筛

选用60个棉花基因组SSR标记，40份棉花种质为材料，采用改良DNA混合池的方法，探讨了多态性较好的SSR标记的快速筛选及其在棉花种质遗传多样性分析中的应用效果。结果显示：通过此方法，可以较为快捷地筛选出多态性好的SSR标记。聚类分析表明：筛选出的多态性较好的标记，其聚类分析效果较好，可更好地展现种质资源之间遗传背景的差异。     

石斛兰亲缘关系的SSR分析

利用SSR标记分析石斛兰品种遗传多样性及亲缘关系,为合理利用石斛兰种质资源、培育观赏价值高的石斛兰新品种提供依据.从22对SSR引物中筛选获得11对多态性引物,对28个市场流行石斛兰品种的基因组DNA进行扩增.共获得158条多态性位点,平均每个引物产生14个多态性条位点.材料间遗传相似系数变化范围为0.04～0.85,根据SSR标记的结果,采用UPGMA法进行聚类分析,在相似系数0.295处将28份石斛兰种质分为5类.结果表明,石斛兰品种具有丰富的遗传多样性,遗传基础较宽;SSR标记技术很好地从分子水平上揭示石斛兰品种的遗传背景、亲缘关系.     

大麦DUS测试标准品种的遗传多样性分析及指纹图谱的构建

为对大麦种子的真伪进行有效监控,防止假冒伪劣品种进入市场,也为新品种登记测试以及种质资源遗传多样性分析提供参考,采用SSR标记技术对29个大麦DUS测试标准品种进行了遗传多样性分析和指纹图谱的构建.利用筛选出的28对有多态性的SSR引物共扩增出125个等位基因,每对引物可扩增出3～7个等位基因,平均4.46个等位基因,每对引物在29个品种中的PIC值为0.25～0.81,平均为0.62.聚类分析表明,29个大麦DUS测试标准品种可聚成4类,具有较远的亲缘关系,这些材料首先按照穗棱型进行聚类,表明不同穗棱型品种间存在较大遗传差异.构建了29个大麦DUS测试标准品种在28个SSR位点上的指纹图谱.     

云南青稞(裸大麦)品种亲缘关系的SSR标记研究

为了有效利用云南青稞(裸大麦)种质,用21对SSR引物研究了57份云南及15份国内外青稞(裸大麦)种质的亲缘关系.结果表明,(1)SSR标记共检测到176个等位基因,平均PIC值0.8491,MI值7.1167,H为0.3786,I值0.5584.说明72个青稞(裸大麦)种质之间具有丰富的遗传多样性.(2)品种间的基因分化系数(Gst)在0.0597～0.4339之间,平均为0.1917,每代迁移数(Nm)为2.1078,多样性顺序为:滇西南地区＞滇中温暖区＞滇西北冬作区＞滇西北春作区＞滇东北地区＞滇南地区＞青藏高原地区＞CIMMYT.(3)72个参试种质之间的遗传距离为0.102～0.866,平均0.4890, 8个测验品种与64个参试种质的平均遗传距离表现为:9号＞10号＞12号＞4号＞7号＞6号＞1号＞3号.(4)UPGMA聚类分析将72个参试的种质划分为13个遗传类群6个亚群.第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅶ、Ⅸ、Ⅹ、Ⅻ类群约46.88%的云南种质没有与选定的测验品种聚在一起,67、68、69和71号与8个测验品种之间的遗传距离在0.51以上,这些种质对于开发新的青稞(裸大麦)杂交育种模式具有重要作用.(5)株高、穗粒数、千粒重、冬春性、品种来源等与聚类结果无明显关系.穗棱型被明显分开,二棱青稞(裸大麦)不与六棱聚在一起;约27.50%的四棱与二棱品种聚在一起,62.50%的四棱与六棱品种聚在一起.     

北美温带玉米杂交种选系的遗传多样性研究

利用SSR标记对北美温带玉米杂交种选育的24个自交系和我国生产应用的10类骨干代表系进行遗传多样性评价。结果表明,54对SSR引物在48份玉米自交系间共检测到290个等位基因变异,每对引物检测出3~9个等位基因,平均为5.4个。每个位点的多态性信息量(PIC)变化于0.29~0.86之间,平均为0.70。标记索引系数(MI)变化范围0.86~7.45,平均为3.86。供试北美温带选系和其他类群的玉米种质均具有较丰富的遗传多样性。3个杂交种选系的遗传相似系数中3号选系最小(0.776),说明3号较其余两个杂交种选系的遗传差异大。根据SSR标记聚类分析、主坐标分析和遗传进化分析结果表明,北美温带选系和其他种质的48份玉米自交系划分为6大类群,分类结果与系谱来源基本一致。     

湖北省大豆种质资源的遗传多样性分析

利用SSR标记和UPGMA聚类分析,对64份湖北省大豆种质资源进行遗传多样性分析.结果表明,27对SSR引物扩增出166条多态性带,SSR的遗传多样性指数分布范围,Simpson指数为0.2406～0.9037,平均值0.6960;Shannon-weaver指数为0.4800～2.4684,平均值1.4538.聚类分析将湖北省地方大豆品种分为3个类群,包括鄂中南江汉平原大豆类群,鄂西北大豆类群以及鄂东、鄂南和鄂西混合类群.江汉平原大豆地方品种表现出较高的遗传多样性水平.     

利用SSR标记对中国水稻品种进行遗传多样性评价和品种分类的研究

利用54个水稻SSR标记对来自我国六大稻区22个省(市)在20世纪30~90年代育出,并在水稻育种中具有重要利用价值的94份种质材料进行了研究,用以评价SSR标记在检测DNA多态性、鉴别品种类型及种质资源遗传多样性的作用,了解中国常用育种材料的遗传多样性背景。54个引物对在供试品种上扩增得到311条多态性带,58个位点的平均等位基因数为5.36;各位点的平均多态性信息量(PIC)的变幅为0.452~0.833,平均值为0.647;94×94对基因型的遗传相似系数(SM)变幅为0.009~0.845,平均为0.259。利用UPGMA法进行聚类分析,可将供试材料分成两大类,分别符合于籼、粳类型,符合系数95.7%。结果表明,可以有效利用微卫星标记来检测DNA多态性,并进行品种鉴定及遗传资源多样性的分析;中国水稻品种种内具有较高的遗传多样性,但亚种内遗传多样性偏低,其中籼稻内遗传多样性要比粳稻内遗传多样性高。     

2009-2010年河南、河北、山东三省小麦区试品种（系）的亲缘系数分析

为了解2009-2010年度河南、河北及山东参加区试品种(系)小麦的遗传背景丰富度,追溯了这三个省份供试的85个小麦品种(系)信息,采用亲缘系数(coefficient of parentage,COP)和聚类分析的方法对其进行分析.结果表明,在供试的85个品种(系)的3 570对组合中,所有组合的COP值变异范围为0.000～0.750,亲缘系数总和为77.244,平均值为0.021.聚类分析将这85个品种(系)聚为8类.三个省份中河南参试的品种(系)遗传多样性相对较低,主要因为这些品种(系)是利用豫麦2号及其衍生品种(系)培育而成的;河北、山东参加区试的小麦品种(系)遗传多样性相对较高,主要由于这些地区广泛利用了当地的种质资源,其中山东省小麦品种培育主要选用了20世纪50年代以来生产上比较重要的多个品种,包括鲁麦14、鲁麦23、泰山21号及济南13号的衍生品种莱州95021等.在以后的育种工作中应加强对重要小麦品种(系)的应用及引进新的种质资源.     

33个育成花生品种遗传多样性分析

利用75对SSR标记引物对33个育成花生品种进行遗传多样性分析,结果表明,其中有10对标记引物扩增出多态性,共检测到33个多态等位点,每对引物分别检测出4～8个等位点变异,平均为6.0个,33个花生品种间的遗传相似系数在0.242～1.000之间,平均为0.621。聚类分析结果表明33个参试花生品种在遗传相似系数0.600处分为2个类群,亲本来源相近的品种优先聚在一起。     

利用SSR标记分析福建省选育福云半同胞系茶树品种遗传多样性

利用SSR分子标记技术对福建省选育的福云半同胞系茶树品种遗传多样性进行研究.通过18对SSR引物PCR扩增13个参试品种,共获得108条谱带,其中多态性谱带占67.59％.遗传相似系数分析发现,半同胞系品种间相似系数在0.75～0.91之间,而对照种相似系数在0.68～0.97之间,说明对照种遗传多样性比半同胞系更丰富.13个参试品种聚类结果表明,早春毫等3个对照种与其它品种遗传距离最远,同时这3个品种由于相互间的遗传距离较远而没有聚合成簇:剩余10个品种聚合成2组,其中5个半同胞系全部聚合于Ⅰ组,而母本福鼎大白茶与其它4个对照种聚合于Ⅱ组.从聚类图中进一步看出对照种的遗传多样性比半同胞系丰富.通过分析聚类结果与遗传相似系数发现遗传距离与品种间的地理距离、品种的亲本来源及品种性状特征具有重要的相关性.茶树遗传多样性分析为茶树分子标记辅助选择、茶树杂交育种及遗传改良提供依据,以及为茶树栽培选种及引种提供指导作用.     

亚麻种质资源聚类分析及核心品种抽取方法

对亚麻种质资源进行了聚类分析并探讨了核心品种的抽取方法.以134份亚麻品种为材料,通过14个性状的分析,采用离差平方和法进行聚类,根据树状图,将该亚麻群体分为7个类群,对各类群品种性状进行了分析.根据取样比例,将该群体分为23个组,在各组内,采用随机抽样、按样品间最小遗传距离和最大遗传距离抽样三种方法,构建了3个亚麻核心种质库,并加以比较.结果显示最大遗传距离法构建的核心种质库,能最大限度地保存原群体的遗传多样性.     

糙柱花草遗传多样性SSR分析

为鉴定糙柱花草种质的遗传背景和亲缘关系,提高其利用效率,利用来自不同柱花草种中的16个SSR标记对14份糙柱花草种质进行遗传多样性和聚类分析。结果表明：在16个SSR标记中,10个SSR标记在14份糙柱花草种质间具有多态性。10个多态性SSR标记共检测到32个等位基因,每个标记可检测到2～8个等位基因,平均为3.20个;每个SSR标记的Shannon信息指数(I)和多态性信息含量(PIC)分别为0.191～0.796和0.173～0.769,平均为0.474和0.411。14份糙柱花草种质间的遗传相似系数为0.438～0.938,平均为0.733。聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.74处,14份供试糙柱花草种质可明显被分为3类,其中III类中的CPI 93116柱花草与其他种质遗传关系较远。     

30份特异玉米地方品种的遗传多样性分析

利用分布在玉米10条染色体上的83对SSR引物,分析30份玉米地方品种和2份玉米骨干自交系的遗传多样性。结果表明,有47对引物在32份玉米品种间表现稳定多态性,共检测到475个等位位点,每条引物检测到3～24个,平均为10.1个。32份材料间的遗传相似系数在0.487～0.752之间,平均为0.626。采用UPGMA法进行聚类分析,以遗传相似系数0.63为阈值,可以将30份地方品种划分为4个大类群,该结果与地理来源和表型分类的结果基本一致。     

亚麻种质资源聚类分析及核心品种抽取方法

对亚麻种质资源进行了聚类分析并探讨了核心品种的抽取方法。以134份亚麻品种为材料，通过14个性状的分析，采用离差平方和法进行聚类，根据树状图，将该亚麻群体分为7个类群，对各类群品种性状进行了分析。根据取样比例，将该群体分为23个组，在各组内，采用随机抽样、按样品间最小遗传距离和最大遗传距离抽样三种方法，构建了3个亚麻核心种质库，并加以比较。结果显示最大遗传距离法构建的核心种质库，能最大限度地保存原群体的遗传多样性。