甘南牦牛H-FABP基因CDS区多态性及生物信息学分析

应用PCR产物混合样本DNA池法检测甘南牦牛心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因CDS区多态性,并应用生物信息学方法分析甘南牦牛H-FABP蛋白质特性.结果表明:甘南牦牛H-FABP基因CDS区序列与九龙牦牛相同,而与普通牛对比在第3外显子存在*76G>A的同义突变;甘南牦牛H-FABP氨基酸序列没有明显的疏水性区域,也未形成跨膜螺旋区及信号肽,推测其主要在细胞质中发挥生物学作用;甘南牦牛H-FABP基因编码产物二级结构是以α-螺旋和β-折叠为主的mixed型;氨基酸序列与普通牛、山羊、马、人、小鼠、大鼠、鸡、草雀及绿鸭9个物种间同源性较高,与其实际亲缘关系远近一致.     

绵羊生长激素基因第4外显子的多态性分析

采用PCR-SSCP技术检测包括蒙古羊、小尾寒羊、德国美利奴羊以及德美寒杂交一代在内的绵羊生长激素(GH)基因第4外显子的多态性.结果表明:在1188~1502 bp片段上,德国美利奴羊及杂交后代中,AA型个体占多数,而小尾寒羊则以BB型个体为主.对这个片段的纯合型(AA,BB)分别进行克隆测序发现:1188~1502 bp片段上,AA型在第1406位发生了T→C的突变.实验结果证实绵羊生长激素基因第4外显子存在序列多态性.     

猪品种ESR和PRLR基因的PCR-SSCP多态性分析

采用聚合酶链式反应-单链构象多态性分析(PCR-SSCP)方法,对国外引进猪品种杜洛克猪、长白猪、大约克夏猪和东北地方猪品种东北民猪、丹东黑猪共计305头母猪进行了雌激素受体基因(Estrogen receptor gene,ESR)和催乳素受体基因(Prolactin receptor gene,PRLR)的多态性检测,并对其遗传多样性进行了分析。结果表明,两个基因位点在5个猪品种中均存在着多态性,5个猪品种的ESR基因和PRLR基因位点的期望杂合度分别在0.2581～0.4967和0.4007～0.4885,多态性信息含量分别在0.2248～0.3734和0.3204～0.3692。各个猪品种均表现出了中度的多态性。     

藏绵羊孕酮受体基因第4外显子多态性分析

以391只藏绵羊为研究对象,采用PCR-SSCP技术分析孕酮受体(PGR)基因第4外显子在藏绵羊中单核苷酸多态性(SNPs),探讨PGR的生理功能及其对藏绵羊繁殖力的影响。结果表明:PGR基因扩增片段在藏绵羊品种中存在PCR-SSCP多态性,序列比对分析发现2个SNPs位点,全为颠换。在该群体中发现3种基因型,分别为AA、BB和AB,其中AA为优势基因型,A为优势等位基因。χ2独立性检验表明,PGR基因扩增片段上各基因型呈极显著差异。     

甘南牦牛CYGB基因的克隆及生物信息学分析

【目的】探讨甘南牦牛CYGB基因的分子结构特征及生理功能。【方法】提取甘南牦牛血样基因组DNA,以其为模板PCR分段扩增后拼接得到CYGB基因,测序后进行生物信息学分析。【结果】克隆出甘南牦牛CYGB基因,其长度为8 484bp,含有4个外显子和3个内含子,外显子长度分别为143,232,164和34bp,内含子长度分别为5 175,280和2 379bp,可编码190个氨基酸残基,氨基酸编码存在明显的密码子偏倚现象。与普通牛相比较,甘南牦牛CYGB基因存在73处核苷酸变异位点,其中2处发生在外显子2区域,氨基酸序列未发生改变;71处发生在内含子区域。甘南牦牛CYGB拥有"three-over-three"类型的螺旋"三明治"折叠结构。系统发育树分析表明,甘南牦牛CYGB与黄牛、绵羊等物种之间存在较高的同源性。【结论】成功克隆了甘南牦牛CYGB基因,为进一步研究牦牛CYGB的遗传特性和生理机制奠定了基础。     

牦牛GH基因多态性的PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术对天祝白牦牛和青海高原牦牛的生长激素基因(GH基因)5个外显子及部分内含子序列进行遗传变异分析,以探讨牦牛GH基因的遗传特性.结果表明:2个牦牛群体GH基因第1、第2和第4外显子无多态性,第3内含子1694bp处均发生T→C转换,形成A、B2个等位基因,并检测到AA、AB和BB共3种基因型;天祝白牦牛第5外显子2373bp处发生G→T碱基颠换,形成C、D2个等位基因,检测到CC和CD2种基因型,但碱基改变并未引起氨基酸变化,因此这种碱基转换为沉默突变;天祝白牦牛和青海高原牦牛均为低度多态,经Hardy-Weinberg平衡检验2个牦牛群体均处于非平衡状态.     

牛LAP3基因内含子12和外显子13单核苷酸多态性

采用单链构象多态性(single-strand conformation polymorphism,SSCP)、创造酶切位点PCR(created restriction site-PCR, CRS-PCR)、限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism, RFLP)以及直接测序方法,研究中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛LAP3基因第12内含子和第13外显子的单核苷酸多态性(SNP)。共检测到5个SNP,分别为24 794（T/G）、24 803(T/C)、24 846（T/C）、24 564（G/A）和25 415（T/C）,其中24 564（G/A）为首次报道的位点。经PCR-SSCP结合测序图谱发现24 794（T/G）、24 803(T/C)、24 846（T/C）位点完全连锁,但该连锁位点在鲁西黄牛群体中未检测到。5个SNP位点在中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛群体的优势等位基因相同,分别是T、T、T、G、T,其等位基因频率分别是T（CH 0.579/LY 1/BB 0.722）、T（CH 0.579/LY 1/BB 0.722）、T（CH 0.579/LY 1/BB 0.722）、G(CH 0.584/ LY 0.775/BB 0.500)和T(CH 0.596/LY 0.796/BB 0.750),多态信息含量均在0.25至0.5之间,属于中度多态。     

甘南藏羊GH基因第4外显子多态性与肉用性能的相关性分析

为探索GH基因与绵羊肉用性能的相关性,利用PCR-SSCP方法,对甘肃甘南‘欧拉型’、‘甘加型’和‘乔科型’藏羊(共154只)GH基因第4外显子进行了多态性检测,并从其中随机选择62只(‘欧拉羊’22只、‘甘加羊’22只、‘乔科羊’18只)进行肉品质测定及相关性分析.结果表明:甘南藏羊GH基因在第4外显子存在AA和AB 2种基因型,AB型个体在1 286bp处存在T/C的杂合;检测到的多态位点与肉用性能相关性分析表明,‘欧拉羊’的AA型个体的屠宰率和剪切力显著高于AB型个体(P<0.05),但AB型个体的背最长肌在宰后24h时的pH值显著大于AA型(P<0.05),‘甘加羊’与‘乔科羊’不同基因型各指标间均差异不显著(P>0.05).     

牦牛PRKAG3基因部分序列多态性分析

采用PCR-SSCP技术,对甘南牦牛、大通牦牛和天祝白牦牛的PRKAG3基因第3、第9内含子的多态性进行检测.结果表明,牦牛PRKAG3基因在第3、第9内含子中均存在多态位点,2个位点分别存在AA、AB和EE、EF基因型.其中,A和E为优势等位基因,2个位点在3个牦牛群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态.独立性检验结果表明,在1806 bp处天祝白牦牛与甘南牦牛之间差异显著(P＜0.05),大通牦牛与甘南牦牛、天祝白牦牛之间差异不显著(P＞0.05);在4487 bp处大通牦牛和天祝白牦牛、甘南牦牛之间差异极显著(P＜0.01),天祝白牦牛与甘南牦牛之间差异不显著(P＞0.05).     

牦牛MSTN基因第2外显子的遗传变异分析

研究采用PCR-SSCP方法分析了牦牛MSTN基因第2外显子遗传变异特征.结果表明:在第2外显子以及80bp的部分第1内含子和102bp的部分第2内含子,共556bp的区域中存在5处点突变,表现AA、BB、AB、AC 4种基因型,由A、B和C 3个复等位基因控制.各基因型频率分别为0.884 0、0.001 4、0.106 0和0.008 6.序列分析表明等位基因B在位于第2外显子411bp处发生A→G突变,导致编码的第235位氨基酸由组氨酸突变为精氨酸,其余4处突变位于等位基因C上,即位于第1内含子31bp处的G→A突变和65bp处的核苷酸缺失以及第2内含子529bp处的A→G突变,还有一处是位于第2外显子第121bp处的T→C沉默突变.     

牦牛MSTN基因内含子2多态性及与生长性状的相关性

采用PCR-SSCP技术对大通牦牛、甘南牦牛和天祝白牦牛(共277头)肌肉抑制素基因(MSTN)内含子2的部分序列进行了多态性研究,分析该基因与牦牛生长性状的相关性.结果表明,牦牛MSTN基因内含子2存在2个等位基因和3种基因型.在该基因座上,甘南牦牛、天祝白牦牛呈Hardy-Weinberg平衡状态,大通牦牛呈不平衡...     

海南地方猪POU1F1基因多态性与体质量的相关性

采用 PCR–SSCP、PCR–RFLP 技术,对海南五指山猪封闭群及其近交系、海南黑猪2个品系(临高猪、屯昌猪)的 POU1F1基因外显子4、外显子5、外显子6、内含子3的多态性进行研究.结果表明:猪 POU1F1基因外显子5、外显子6不存在多态性,内含子3、外显子4存在2个等位基因和3种基因型;在外显子4基因座上,五指山猪、临高猪、屯昌猪呈 Hardy–Weinberg 平衡状态,五指山猪近交系呈不平衡状态,4个猪种群的遗传多态性均处于中度多态(0.250.5);利用 SPSS 软件分析五指山猪 POUIF1基因内含子3和外显子4基因的多态性与其3个生长阶段体质量的相关性,发现引物 P1与 P4不同基因型个体体质量的差异均不显著     

牛Myostatin基因单核苷酸多态性分析

Myostatin基因即肌肉生长抑制素,是一种肌肉生长的负调控因子。应运PCR-SSCP和测序的方法对中国秦川牛、南阳牛以及国外引入品种皮埃蒙特牛双肌基因的第三外显子进行了多态性分析。结果表明:第三外显子938处G→A的单核苷酸的突变造成了南阳牛、皮埃蒙特牛第三外显子扩增片段多态性,秦川牛则不然。     

牦牛PIT-1基因第5、6外显子部分序列的克隆测序

利用PCR方法扩增了麦洼牦牛PIT-1基因第5、6外显子的部分序列,扩增片段长度为1 285 bp,克隆到PND-18载体中进行测序,结果牦牛与普通牛的PIT-1基因有97%的同源性,共有28处不同,其中在内含子5的347处有18个碱基的缺失,565处有4个碱基的插入;外显子6有一个碱基突变,并导致氨基酸由普通牛的Thr变为牦牛的Arg。对61头麦洼牦牛和30头九龙牦牛PIT-1基因部分序列进行PCR-RFLP分析,均未检测到多态性。     

麦洼牦牛群体4个新微卫星位点遗传多态性分析

【目的】利用4个新分离的牦牛基因组多态微卫星位点,分析麦洼牦牛的遗传多态性及群体的遗传分化特征。【方法】以130个麦洼牦牛个体基因组DNA为模板,PCR扩增Bogr203、Bogr204、Bogr205和Bogr215 4个微卫星位点序列,通过测序进行基因分型,根据基因型计算各个位点的多态性,并推断麦洼牦牛群体的遗传分化特征。【结果】麦洼牦牛群体在4个微卫星位点具有较高的遗传多态性,平均观察杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)分别达到0.626,0.800和0.751;通过Structure软件能够较明确地将麦洼牦牛群体区分为2个亚群,这与麦洼牦牛分布地域广泛有较大关系,但各个亚群的牦牛个体及其分布区域还需要进一步研究。【结论】麦洼牦牛品种具有较高的遗传多态性,并可能分化为至少2个亚群。     

牦牛CAPN1基因intron 1多态性及其与胴体和肉质性状的关联性

采用PCR SSCP技术检测甘南牦牛、天祝白牦牛及大通牦牛钙蛋白酶1（CAPN1）基因单核苷酸多态性（SNPs）,并分析SNPs对甘南牦牛部分胴体及肉质性状的影响。结果表明,3类群牦牛在CAPN1基因第1内含子区检测到g.100+606G>T突变,形成了AA、BB和AB 3种基因型,检测区域表现为中度多态; CAPN1基因第1内含子突变影响不同年龄段甘南牦牛肌肉嫩度、失水率和眼肌面积,AA基因型个体嫩度剪切力值较低而眼肌面积较高,其中3岁和5岁牦牛AA型个体嫩度剪切力显著低于BB或AB型（P<005）,4岁和5岁牦牛AA型个体眼肌面积显著高于BB或AB型（P<005）;另外6岁牦牛AA型个体失水率显著高于BB和AB型（P<005）。CAPN1基因g.100+606G>T突变可用为甘南牦牛此类性状潜在的遗传标记之一。     

麦洼牦牛和九龙牦牛乳蛋白遗传多态性的研究

利用聚丙烯酰胺凝胶电泳对109头麦洼牦牛和100头九龙牦牛乳蛋白多态性进行分型，并采用最小二乘法分析乳蛋白多态性与泌乳性能及乳蛋白组分之间的相关性。结果表明：β-CN、κ-CN和α-La呈单态，基因型分别为AA、BB和BB型；而αs1-CN和β—Lg呈多态，αs1-CN D基因为优势基因，在麦洼牦牛和九龙牦牛中的频率分别为0．8073和0．600O，β—Lg座位优势基因为β-Lg E，在麦洼牦牛和九龙牦牛中的频率分别为O．977O和O．970O；麦洼牦牛和九龙牦牛群体平均杂合度分别为0．1021和0．1867；在2个品种牦牛群体中，除αs1-CN基因座对九龙牦牛乳脂率有显著影响外，其余乳蛋白基因座对泌乳性能及乳蛋白相对百分含量均无显著影响。     

用PCR－单链构象多态性分析HLA－DRB基因

用ＰＣＲ－单链构象多态分析法对９例ＨＬＡ－ＤＲ血清学特异性不同的血痕样本作ＨＬＡ－ＤＲＢ基因分析，结果显示各个样品均具独特的电泳图型。对ＤＲ血清学特异性一定的样品，电泳图型具有良好的重复性。     

藏绵羊基因OLA-DQA2第2外显子多态性分析

 【目的】针对藏绵羊腐蹄病所带来的死亡现象,选择与该病相关的基因OLA-DQA2为研究对象,分析群体中该基因的遗传多态性及变异特征,为进一步寻求抗病分子育种提供依据。【方法】采用PCR-SSCP检测216只表型正常和患病藏绵羊OLA-DQA2基因第2外显子的多态性,克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,构建系统发育树以明确藏绵羊OLA-DQA2基因等位基因之间的遗传关系。【结果】藏绵羊DQA2基因第2外显子中表现了15个基因型。发现藏绵羊群体中OLA-DQA2基因第2外显子有8个新等位基因,分别命名为OLA-DQA2*H、*I、*J、*K、*L、*M、*N和*O,使绵羊基因库中该座位的等位基因数量从23个增加到31个。序列分析中发现71个核苷酸多态位点,这些多态位点主要由点突变形成,其中转换39个(占54.9%),颠换23个(占32.4%)。【结论】藏绵羊DQA2基因第2外显子具有丰富的遗传多态性,群体中可能蕴藏着更多的抗性遗传资源。     

7个绵羊品种PGR基因第4外显子多态性分析

为探索绵羊PGR基因第4外显子的多态性,采用PCR-SSCP技术,对‘德克塞尔羊’、‘无角陶赛特羊’、‘小尾寒羊’、‘蒙古羊’、‘德国美利奴羊’、‘滩羊’和‘藏羊’7个绵羊品种共计414个个体的PGR基因第4外显子进行了遗传多态性检测分析.结果表明:绵羊PGR基因第4外显子存在多态性,发现了AA、BB和AB 3种基因型.不同基因型PCR产物测序结果显示,该多态的产生是由于PGR基因第4外显子扩增序列的第227bp处发生了C→T的碱基突变.基因型和基因频率统计结果表明,‘小尾寒羊’同时存在AA、BB和AB 3种基因型,‘无角陶赛特羊’和‘德国美利奴羊’只存在AA基因型,而其他品种存在AA和AB 2种基因型;在所检测的品种中,AA基因型为优势基因型,A等位基因均为优势等位基因.χ2适合性检验结果表明,7个绵羊品种在该基因座位都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05).不同基因型在7个绵羊品种间分布的独立性检验结果表明,在该位点,‘无角陶赛特羊’与‘藏羊’之间表现为差异极显著(P<0.01);‘无角陶赛特羊’与‘蒙古羊’和‘滩羊’之间,‘德国美利奴羊’与‘滩羊’和‘藏羊’之间均表现为差异显著(P<0.05);‘无角陶赛特羊’与‘德国美利奴羊’只发现同一种基因型,不存在差异;其他绵羊品种之间均表现为差异不显著(P>0.05).多态信息含量(PIC)分析结果表明,‘无角陶赛特羊’和‘德国美利奴羊’在该位点没有多态,其他属低度多态.