洪国藩等在世界上首次构建水稻基因组物理图

洪国藩等在世界上首次构建水稻基因组物理图在中国科学院国家基因研究中心洪国藩研究员的领导下，经３年多的艰苦奋战，采用独立制定的高效“指纹—锚标”战略，在世界上首次成功构建了高分辨率的水稻基因组物理图。这是我国在生命科学领域的又一重大突破，这一大科学研究...     

基因组印记的研究进展

基因组印记(genomic imprinting),又称遗传印记(genetic imprinting),是基因表达的一种调控机制,属于表观遗传学,包括DNA甲基化修饰和组蛋白甲基化修饰.阐述了印记基因的基本特征(可逆性、成簇分布、时空性、组织特异性和保守性),其可能的形成机制,为研究动、植物遗传育种奠定了分子基础.     

甘蔗杆状病毒基因组片段整合入杂种甘蔗基因组的证据

为研究甘蔗杆状病毒Sugarcane bacilliform virus(SCBV)的基因组片段是否整合进杂种甘蔗Saccharum inter-specific hybrids基因组,以采自广西甘蔗研究所的1株杂种甘蔗植株叶片总DNA为模板,根据已报道的甘蔗杆状病毒基因组序列设计多条特异引物.经PCR扩增、产物克隆及序列分析,获得1个全长为5 364 bp的核苷酸序列.该序列具有SCBV基因组结构特征,含有2个完整的ORF,与GenBank中已报道的2个SCBV分离物之间的核苷酸及氨基酸序列同一性均大于70%,但该序列与完整的SCBV基因组全序列相比,不具备完全的ORF3,缺失了对病毒复制过程极为重要的功能性基因RNase H的序列区段.通过Southern-blot杂交分析,初步推测其为一段整合入杂种甘蔗基因组中的SCBV基因组序列.     

水稻功能基因组

继完成籼稻基因组测序、粳稻第4号染色体测序后,在水稻抗病(白叶枯病、稻瘟病)、耐盐、抗旱、高效利用氮磷、分蘖、脆秆、茎秆伸长、不定根生长等基因克隆取得进展。已经分离克隆出与抗逆、抗病、高产相关的40个功能基因。研制成功水稻全基因组芯片(包含55 791基因信息),利用该     

基于流式细胞术和基因组Survey的绣球基因组大小及特征分析

绣球花序饱满、花型多样、花色丰富,是重要的观赏植物.很多绣球品种种植在酸性含铝的土壤中时,花序可由红色变为蓝色、紫色或蓝紫色,使其更受消费者喜爱.但绣球基因组信息缺乏,基因资源开发和分子机制研究相对滞后.利用流式细胞术和基于K-mer分析的基因组Survey技术估测绣球主栽品种"Bailer"(商品名:Endless SummerTM,中文名译为无尽夏)的基因组大小.流式细胞术分析结果表明,以豌豆(Pisum sativum L.)为对照的流式细胞术估测"Bailer"基因组大小为2.17 pg(约2.12 Gb);Illumina HiSeq PE测序产生212.41 Gb的有效数据,K-mer分析结果显示,修正后的基因组大小为1.96 Gb;根据K-mer分析,该基因组具有明显的杂合峰,杂合度和重复率分别为1.97％、72.80％.此外,经组装,该基因Contigs总数为7418139(N50为249 bp),总读长为1.49 Gb,Scaffolds总数为7071975(N50为289 bp),总读长为1.52 Gb,GC含量为38.75％.综上所述,推测绣球"Bailer"基因组大小约为1.96～2.12 Gb,属杂合度较高的复杂基因组.结果可为绣球全基因组测序及相关研究提供了理论依据.     

哺乳动物的基因组印记研究进展

综述了哺乳动物的基因组"印记"的最新研究进展.阐述了印记性状的特点、基因组印记的可能机制及一些最新定位的"印记"基因,并论述了基因组"印记"在遗传学、育种学、发育生物学和物种进化研究中的生物学意义.     

绵羊基因组的研究新进展

<正>日前,绵羊基因组的研究已进入了国际基因组测序的日程。事实上,由于国际市场绵羊产品需求量少而使得商业化绵羊基因组资源比其它种类的家畜基因组资源开发速度慢,规格也低。Orla Keane博士在爱尔兰农业与食品发展部Teagasc的一个研究与创新杂志《TResearch》上撰文指出,国际绵羊基因组协会的形成宣告了绵羊基因组研究的一个新纪元。国际绵羊基因组协会利用新开发的DNA芯片为来自全世界的74个品     

油菜基因组DNA的提取

采用一种新的方法从油菜（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｃａｍｐｅｓｔｒｉｓ）中提取了基因组ＤＮＡ。其分子量、纯度和产率都较高，可用于限制性酶切和基因组文库的构建等。     

六出花基因组DNA的提取

通过采用Doyle CTAB改良方法Ⅰ、Doyle CTAB改良方法Ⅱ、Doyle CTAB改良方法Ⅲ、Doyle CTAB改良方法Ⅳ、SDS(十二烷基硫酸钠)法和高盐沉淀法对六出花叶片基因组DNA进行提取,经紫外分光光度计分析及琼脂糖凝胶电泳检测对所提取DNA的浓度、纯度、产率进行比较分析,结果表明:提取DNA质量效果最好的方法是Doyle CTAB改良方法Ⅲ,得到的DNA产率为4 081.7 μg/g,其电泳条带也最为清晰;而提取DNA质量效果最差的方法是Doyle CTAB改良方法Ⅳ,其产率为723.3 μg/g.     

家蚕基因组文库的构建

家蚕（Ｂｏｍｂｙｘｍｏｒｉ）单倍体（ｎ＝２８）的碱基数为４．８×１０￣５ｋｂ。从５龄第３天的家蚕后部丝腺中提取总ＤＮＡ，用ＭｂｏⅠ部分酶解所得的ＤＮＡ片段克隆在载体入Ｃｈａｒｏｎ４０上。重组分子经体外包装形成活的噬菌体颗粒，得到的重组噬菌体数为２．５５×１０￣５ｐｆｕ，达到了建库的要求。用ＤＩＧ标记的探针进行原位杂交鉴定以及小样提取ＤＮＡ酶切检测插入片段，均显示了该基因文库的真实性。     

基于家系基因组测序对骡基因组结构多样性分析

为分析马(Equus caballus)和驴(Equus asinus)杂交后两套结构和功能完善的独立基因组在骡基因组中整合后的结构多样性，本研究以马属动物三成员家系的全基因组序列为研究对象，分别以纯血马基因组和驴基因组为参考，识别驴、马和骡的InDel、SNP和CNV；通过生物信息分析，分析骡的de novo SNP及其突变频率、识别骡特异性CNV，并进行功能分析。结果显示:1)驴、马和骡分别获得100.01、103.78和114.36 Gb 的高质量Illumina基因组测序数据。2)以纯血马基因组为参考，识别的InDels、SNPs和CNVs分别为402 533~2 110 786、5 012 403~23 819 055和2 126~3 761；以驴基因组为参考，识别的InDels、SNPs和CNVs分别为527 351~2 279 875、3 212 499~23 549 224和3 572~7 812。3)骡de novo SNPs分别为555和419，其突变频率为1.72×10^-7~2.21×10^-7。4)获得骡特异性CNVs分别为396和859，总长度分别为2.15和3.77 Mb。5)变异相关基因主要和机体的免疫及癌症过程相关。综上，骡基因组发生了高频率的de novo SNPs和特异性CNVs，这些结构变异可能对马和驴异种杂交不相容以及骡的遗传适应性具有重要意义，为进一步开展马和驴异种杂交的遗传基础及其分子机制的研究提供候选遗传位点。     

叶绿体基因组的转化研究

叶绿体基因组的转化研究日益为人们认识并重视,成为细胞遗传工程研究的新方向.转化的筛选标记基因主要有四种:突变型16S rRNA基因、NPT II基因、荧光标记基因、aadA基因.本文着重介绍了叶绿体转化中载体导入的方法、转化后的同质化和叶绿体转化的优点.     

哺乳动物的基因组印记研究进展

综述了哺乳动物的基因组“印记”的最新研究进展。阐述了印记性状的特点、基因组印记的可能机制及一些最新定位的“印记”基因,并论述了基因组“印记”在遗传学、育种学、发育生物学和物种进化研究中的生物学意义。     

玉米基因组DNA的提取

玉米鲜叶不经冻干处理直接用ＣＴＡＢ法提取ＤＮＡ，其分子量和纯度均较高，可用于限制酶切、基因文库构建及基因组分析等。     

茉莉花基因组DNA的提取

以茉莉花的嫩叶和花蕾作为实验材料,采用改良后的CTAB提取法提取DNA,经紫外分析仪和琼脂糖电泳检测所提取的DNA浓度和纯度,发现提取的DNA质量好、浓度高,且用花蕾提取的效果比嫩叶更好。