太行菊DNA提取和ISSR标记的筛选与优化

为了探索太行菊DNA的适宜提取方法,获得适用于太行菊的ISSR标记,以太行菊为试验材料,采用常规CTAB法、改良CTAB法和SDS法提取太行菊总DNA,利用提取的太行菊DNA对ISSR引物进行了筛选和优化。结果表明,改良CTAB法提取的DNA产率高且稳定,无明显降解,杂质少。以改良CTAB法提取的DNA为模板,应用ISSR引物对总DNA进行扩增,进而从测试的50条ISSR引物中选出了扩增效率高,条带丰富的15条引物。通过设置温度梯度对每条引物的反应条件进行了优化。最后,使用引物UBC848对部分群体样品进行检测,得到了效果稳定、重复性好的扩增结果。上述结果表明,通过温度梯度筛选出的ISSR引物适用于太行菊的群体遗传学研究。     

太行花DNA提取的优化和适用分子标记检测

比较了常规CTAB法、改良CTAB法和SDS法对太行花叶片总DNA的提取效果,并对改良CTAB法提取的DNA在多种分子标记中的适用性进行了测试。结果表明：常规CTAB法提取的DNA难以完全溶解,且有褐化现象;SDS法提取的DNA产率及纯度都很低;改良CTAB法提取的DNA产率高且稳定,无明显降解,杂质少,OD260/OD280比值在1.8左右。以改良CTAB法提取的DNA为模板,应用叶绿体和线粒体通用引物扩增出了特异性的高效产物,ISSR和RAPD引物对总DNA的扩增也获得理想结果。因此,改良CTAB法适用于太行花总DNA提取,其产物能满足核、叶绿体和线粒体基因组分子实验的要求。     

云南岩白菜资源的DNA提取和ISSR引物筛选

提取滇产岩白菜资源的基因组DNA并进行ISSR引物的筛选,为用ISSR标记研究云南岩白菜资源的遗传多样性奠定基础。DNA提取采用改良的CTAB法,质量检测采用琼脂糖凝胶电泳法和紫外分光光度计法,ISSR引物选用加拿大哥伦比亚大学开发的100条引物。结果表明,从18份云南岩白菜资源的幼叶中提取了基因组DNA,浓度在1 387.5～12 000 ng/μL之间,A260/A280的值在1.61～1.85之间,琼脂糖凝胶电泳检测呈一条带;从100种ISSR引物中筛选出了22种扩增结果好的引物。所提DNA质量较高,该提取方法适用于从酚类和蛋白质含量高的植物材料中提取DNA;22个ISSR引物可用于岩白菜资源的遗传多样性研究。     

一种快速提取小麦基因组DNA的改良CTAB方法

旨在寻求一种微量、快速提取小麦DNA的方法。以小麦幼叶为材料,用改良CTAB法、改良SDS法、沸水浴法提取小麦叶片总DNA,通过琼脂糖凝胶电泳法、紫外吸收法和PCR检测DNA完整性和纯度。改良CTAB法提取小麦基因组DNA质量和纯度高、无降解,每人每天可以轻松提取200个DNA样品,对转基因植株的PCR检测显示扩增目标条带清晰一致,无假阳性,试验结果理想。改良SDS法所提DNA纯度和浓度虽略不如改良CTAB法,但仍然符合实验要求。沸水浴法提取量少且杂质多,PCR无有效扩增,结果不理想。改良CTAB法提供了一种简便、快速微量小麦DNA提取方法,适用于PCR和其他分子生物学研究。     

五味子的DNA提取及RAPD鉴定研究

采用CTAB、SDS、改良CTAB法对五味子总DNA提取进行研究,并对总DNA进行电泳分析和含量测定,结果表明以改良CTAB法提取五味子叶片DNA纯度最好,以此DNA为模板可获得条带清晰、重复性好的RAPD扩增结果。从14条重复性好的引物中共扩增出67条带,平均每个引物4.8个片段,多态性位点数为58,比例为86.6%。UPGMA聚类分析的结果与五味子形态学分类结果相似,10份五味子优系在遗传相似系数0.69处可划分为3个类群,该RAPD技术体系可以很好地用于10份五味子种质资源的鉴定。     

利用改良CTAB法提取澳洲坚果成熟叶片高质量DNA

澳洲坚果的成熟叶片中次生物质含量很高,因此给DNA的提取造成很大困难.CTAB法可有效去除多糖等杂质,但常规CTAB法的提取效果并不好.为此,我们在此基础上进行改进.采用改良后的CTAB法提取了7个澳洲坚果样品的总DNA.结果表明:使用CTAB free缓冲液进行前处理可去除大部分的杂质.所获得的DNA纯度较高,OD260/OD280均在1.7～1.9之间,RNA消化彻底,DNA无明显降解,进行ISSR分析(UBC-835)条带清晰,多态性好.说明该方法获得的基因组DNA适合于进行以PCR为基础的DNA多态性的研究.     

枫香ISSR-PCR反应体系的优化及引物筛选

为探索最适的枫香叶片DNA提取方法、最优ISSR引物和最佳ISSR-PCR扩增反应体系,本试验采用改良十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、十二烷基硫酸钠(SDS)法、高盐低pH法和试剂盒法提取枫香叶片DNA;采用三因素五水平(DNA模板用量,2×Taq Master Mix用量引物浓度)正交试验构建并优化枫香的ISSR-PCR反应体系;对100条ISSR引物进行筛选及其退火温度优化。结果表明：改良CTAB方法提取的DNA浓度高,且电泳条带清晰无污染;SDS和试剂盒方法提取DNA的浓度低,电泳条带亮度低;高盐低pH值法提取的DNA的电泳条带模糊且降解拖尾现象严重。DNA模板浓度为20 ng、Taq Master Mix用量为10μL、引物浓度为0.6μmol/L、ddH₂O为7.8μL时扩增程序的条带最清晰、多态性最好。筛选出17条重复性强、条带清晰明亮、多态性高的ISSR引物及其最适退火温度,其中扩增位点数最多的为引物UBC-834、UBC-836和UBC-853,扩增位点均为13个,以UBC-878为ISSR引物时的扩增反应中,当退火温度在46.9℃的时候能够扩...     

青藏高原珍稀藏药水母雪莲药材DNA微量提取方法优化

本研究采用改良CTAB法、改良SDS法、高盐低p H法提取自然风干的水母雪莲植株的基因组DNA,并对提取方法进行优化筛选出适合于水母雪莲药材DNA的提取方法。研究表明改良CTAB(CTAB浓度为2%,PVP浓度为1%,β-巯基乙醇浓度为2%)法所提取的基因组DNA得率较高,且使用氯仿/异戊醇抽提两次时提取出的DNA质量较好,能够满足ISSR分析要求。在此基础上对实验材料进行预处理,优化获得了完全适用于水母雪莲风干药材DNA提取的一整套提取流程。该方法能够有效去除次生代谢产物对DNA提取的影响,且对原材料消耗较少,可以应用于后续水母雪莲种质资源鉴定和遗传多样性分析。     

几种内生真菌DNA提取方法的比较

通过三种内生真菌DNA提取方法的比较,即CTAB法、SDS法、改良的CTAB法,结果表明三种方法都能得到目的DNA,而且得率都不错,但改良的CTAB法效果最好,DNA纯度高且质量也好。用改良的CTAB法所提取的DNA作为模板,进行PCR扩增,得到了清晰的单一的扩增普带,完全可用于酶切、测序等后续实验。     

黄山木兰叶片基因组DNA提取方法的比较研究

以珍贵渐危植物黄山木兰的嫩叶为材料,利用改良CTAB法、SDS法、高盐低p H法和Bio Teke试剂盒法提取基因组DNA,通过超微量紫外分光光度计检测、琼脂糖凝胶电泳、限制性内切酶消化和EST-SSR引物扩增法系统地检测DNA的质量及得率。结果表明,在DNA纯度和得率方面,改良CTAB法提取的DNA结果最佳,Bio Teke试剂盒法提取的DNA纯度较好但得率较低,SDS法和高盐低p H法提取的DNA有明显的蛋白质杂质、多糖及其他次生代谢物和RNA的污染;酶切消化结果中改良CTAB法和Bio Teke试剂盒法表现良好;EST-SSR引物扩增结果中唯有改良CTAB法提取的DNA扩增目的基因条带数目最多且清晰。综合分析,改良CTAB法是最适合黄山木兰叶片基因组DNA提取的方法。     

不同发育时期菊芋块茎DNA提取效果比较研究

为筛选菊芋块茎DNA提取的适宜生育时期,以“青芋1号”菊芋品种为试材,用改良CTAB法对不同发育时期菊芋块茎DNA进行提取,经琼脂糖凝胶电泳及全波长分光光度计检测总DNA的纯度、浓度及质量,选用4条ISSR引物进行PCR验证.结果表明:不同发育时期提取菊芋块茎DNA效果较好,DNA浓度呈现单峰曲线变化,峰值出现在第9周,与琼脂糖凝胶电泳检测呈现的亮度结果一致,PCR验证结果显示,提取的DNA能够满足后续相关分子生物学的要求.     

金龟甲基因组DNA提取方法比较研究

摘 要：为了筛选适宜金龟甲RAPD-PCR的基因组DNA提取方法,于2009年在青岛农业大学实验室内,分别采用改良的SDS法、平衡酚法、裂解液法和CTAB法提取棕色鳃金龟(Holotrichia titanis Reitter)的基因组DNA,通过DNA沉淀性状观察、产量和质量分析,以及随机引物PCR (RAPD-PCR)比较,筛选最优的金龟甲基因组DNA提取方法。研究结果表明,改良的SDS法提取的基因组DNA产量较高,但纯度较低,并且降解严重,RAPD-PCR扩增谱带弥散较严重;裂解液法提取的基因组DNA纯度较高,降解程度较低,但产量最低,RAPD-PCR扩增谱带弥散较严重,并且存在非特异扩增现象;CTAB法提取的基因组DNA不仅产量和纯度较低,降解严重,而且RAPD-PCR扩增结果不稳定,具非特异扩增现象;平衡酚法提取的基因组DNA产量和纯度高,降解轻微,RAPD-PCR扩增结果稳定,扩增谱带弥散轻微。因此,在上述4种方法中,平衡酚法是最适合PAPD-PCR的金龟甲基因组DNA提取方法,裂解液法和改良的SDS法次之,CTAB法最差。     

利用改良CTAB法提取木薯基因组DNA

摘要：采用改良CTAB法提取木薯基因组DNA,该方法提取的基因组DNA琼脂糖凝胶电泳条带清晰,无拖尾现象。结果表明,DNA浓度在710.0 ng/μl～967.5 ng/μl 之间,OD260/OD280在1.73～1.92之间,该方法具有简便、快速、高效等特点,所提取的基因组DNA质量和纯度较高,适用于进一步的SSR、ISSR等分子标记分析。     

基于DNA条形码技术的海南龙血树和剑叶龙血树分子鉴定

海南龙血树(Dracaena cambodiana)和剑叶龙血树(Dracaena cochinchinensis)是传统名贵中药血竭在中国的重要基源植物,但其在苗期至成株期之间难以用传统分类学进行鉴定,而DNA条形码技术为这一科学问题的解决提供了可能。本研究利用已经通过形态学鉴定的海南龙血树和剑叶龙血树叶片开发了两种龙血树的DNA条形码,发现ITS2具有较大的变异度,可与来自叶绿体的trnL-trnF作为鉴定的分子标记,并基于变异最大范围构建了分子标记的示意图。为探究龙血树的分子生态学上的进化地位,基于两种龙血树的ITS2序列与其同源的41个物种的ITS2序列构建了分子进化树,发现龙血树属植物与龙舌兰科、百合科组成分支的亲缘关系近于含有天门冬科的分支,此结果为海南龙血树和剑叶龙血树的种质资源鉴定提供了分子标记,并为龙血树属在百合纲确切分类地位的确定提供了理论和技术支持。     

一种适于PCR扩增的蓖麻基因组DNA提取方法

报道了一种从蓖麻叶片中提取DNA的改良SDS方法,该方法提取的DNA经琼脂糖凝胶电泳检测,获得的DNA条带较亮且无明显拖尾现象。利用ISSR引物对提取的蓖麻基因组DNA进行PCR检测,能够获得清晰稳定的条带。说明该方法提取的蓖麻基因组DNA能够满足PCR反应的需要。     

可口革囊星虫体壁总RNA提取的有效方法

为了从可口革囊星虫体壁中提取高质量的RNA,以便深入开展分子生物学研究。采用改良Trizol法、Trizol法和十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法3种方法提取可口革囊星虫体壁中总RNA,并通过琼脂糖凝胶电泳比较不同方法提取总RNA的效果。结果表明：改良Trizol法提取的总RNA经电泳后能看到清晰完整的28S rRNA、18S rRNA和5S rRNA条带,无拖尾现象;而Trizol法和CTAB法提取的总RNA电泳条带完整性较差,缺少28S rRNA。传统的Trizol法和CTAB法不适用于可口革囊星虫体壁总RNA的提取;改良Trizol法提取的总RNA电泳条带清晰、完整性好,质量符合cDNA合成、RT-PCR扩增等后续实验要求,适用于提取可口革囊星虫体壁总RNA。     

甜瓜ISSR-PCR反应体系的正交优化研究

为在最短时间内找到甜瓜ISSR-PCR反应四个主要因素的最优水平,确定甜瓜ISSR-PCR最优反应体系进行本研究。采用CTAB法提取甜瓜基因组DNA,获得完整性好且纯度较高的DNA样品。利用统计软件MINTAB创建4因素3水平的正交试验设计,PCR结果用MINITAB进行方差分析。结果显示引物浓度对PCR反应结果影响最大,Taq DNA聚合酶对PCR结果影响最小,并对各因素水平间进行因素内多重比较分析,最终建立最优化的反应体系（20 μL）：1×buffer,100 ng DNA模板,Taq DNA聚合酶1 U,引物0.4 mmol/L,dNTP为0.1 mmol/L。