3个木薯品种的叶绿体基因组16S rRNA-23S rRNA基因间隔序列的特征分析

以华南6、8、10号木薯为材料,通过PCR克隆3个木薯品种的叶绿体16S-23S基因间隔序列,与其他17种植物的该序列进行亲缘关系分析。从进化树可以看出,该序列进化分析符合Webster分类系统,同科植物可以很好的聚为1类。此外,3个木薯品种的16S-23S基因间隔序列相似性高达99.94%;大戟科间的序列相似性为97.52%;其他植物科内的序列相似性不低于96%。该研究还分析了3个木薯品种16S-23S基因间隔序列的基因分布,该序列的基因分布情况一致,包含16S rRNA 5′端,trnI基因,ycf68基因,trnA基因,23SrRNA3′端,ISR-B,发现该序列的保守性较强,个别碱基差异并不影响基因分布,该研究可为后期木薯叶绿体遗传转化体系建立提供理论依据。     

扁核木属植物叶绿体基因组特征分析

扁核木属（Prinsepia）植物在中国分布有4个种,均具有极高的食用和药用价值。为解析扁核木属植物的叶绿体基因组特征,基于现已发表的扁核木属植物叶绿体基因组,利用相关生物信息学手段进行其叶绿体基因结构、SSR、密码子偏好性和序列变异情况分析,并构建系统发育树。结果表明,2种扁核木属植物叶绿体基因组大小介于159 179~ 168 206 bp之间,平均GC含量为37.3%,从编码基因数目来看,仅相差2个tRNA,而蛋白编码基因和rRNA数目均一致,种间具有较高的保守性;在扁核木和蕤核叶绿体全基因组序列中各检测出分散重复49个,其中以正向重复和回文重复为主,占比达73%~82%,而串联重复数目分别为49个和58个,经简单重复序列SSR分析,分别在2种植物叶绿体基因组序列中分别筛选出100个和84个SSR位点,且多是以A/T碱基为主的单核苷酸重复类型;扁核木属植物叶绿体基因组密码子偏好性分析发现GC3的碱基含量显著低于GC1和GC2,说明密码子偏好以A、U结尾,ENC取值均大于48%,表明其密码子偏性较弱,中性绘图和PR2-plot分析发现自然选择是影响扁核木属植物密码子使用偏好性的主要原因,通过建立高、低基因表达库,以RSCU值为参考,确定了6个扁核木属最优密码子。经叶绿体基因组序列变异分析,根据核苷酸多态性指数Pi>0.015筛选出trnH-GUG-psbA,psbZ-trnG-UCC-trnfM-CAU-rps14和psaJ-rpl33-rps18等3个高变区,以蕤核叶绿体基因组为参考,在扁核木叶绿体基因组编码区发现存在大量的插入、缺失和SNP突变位点,并在蕤核叶绿体基因组中发现了多个该物种的特有基因。基于叶绿体基因组的trnS-trnG间隔区构建的系统发育树显示,4种扁核木属植物可分为南系（扁核木、台湾扁核木）和北系（蕤核、东北扁核木）两类。研究结果可为扁核木属植物的系统发育、分类鉴定及其资源的开发利用等相关研究提供理论基础。     

红芽芋及荔浦芋叶绿体基因组测序及比较分析

为明确红芽芋、荔浦芋叶绿体基因组的基本特征及其差异，本研究以江西铅山红芽芋和广西荔浦芋为研究对象，采用改良CTAB法提取2种芋新鲜叶片基因组DNA，利用高通量测序技术获得2种芋全长叶绿体基因组序列，并进行SSR检测、序列比对、遗传多样性滑窗分析和系统发育树构建分析。结果表明，红芽芋和荔浦芋的叶绿体基因组全长分别为162 478 bp和162 453 bp，均呈现典型的环状双链四分体结构，二者均注释到131个基因，包括蛋白编码基因86个，tRNA基因37个，rRNA基因8个，其中具有2个拷贝的基因18个，具有内含子的基因23个。简单重复序列（SSR）位点分析发现，红芽芋和荔浦芋基因组序列分别含有130和124个SSR，二者SSR序列中A/T碱基含量分别占63.08%和61.29%，基于其SSR位点分析开发出15条具有多态性的SSR引物。红芽芋和荔浦芋叶绿体基因组共检测到236个SNP位点，26.7%的SNP位点发生在编码区，其中有25个基因发生错位突变，这些基因的变异可能促进了2种芋之间的性状变异。与天南星亚科已公布的13个属代表植物叶绿体基因组进行比较，其基因结构、种类和数量都比较保守...     

茶树cpDNA测序及基于cpDNA序列的山茶属植物亲缘关系研究

叶绿体基因组在物种鉴定、系统进化分析及亲缘关系研究等领域应用前景广阔。本文应用Illumina高通量测序技术对龙井43（Camellia sinensis cv. Longjing 43）的叶绿体全基因组进行测序;利用叶绿体trnL-trnF序列研究茶树及其近缘植物的亲缘关系。结果表明,龙井43叶绿体基因组全长为157 096 bp,反向互补重复区（Inverted repeat, IR）为26 080 bp,小单拷贝区（Small single copy region, SSC）、大单拷贝区（Large single copy region, LSC）分别为18 283 bp、86 653 bp。共注释叶绿体基因133个,其中蛋白编码基因86个,rRNA基因8个,tRNA基因39个。对所选植物的trnL-trnF序列进行比对,序列长度变异范围为481~501 bp,序列最长为岔河大茶,最短为金花茶,基于此序列构建亲缘关系树,山茶属茶组植物聚成一个组。研究结果对茶树优良品种培育及山茶属植物亲缘关系的研究具有重要价值。     

黑喉石斛叶绿体基因组特征及比较分析

本研究结合Illumina高通量测序和Nanopore测序技术,对黑喉石斛（Dendrobium ochreatum）的叶绿体基因组（cpDNA）进行测序,组装得到其cpDNA全长序列并绘制结构图谱。黑喉石斛cpDNA全长154 935 bp,注释共得到125个基因,其中有unigenes 103种,包含73种蛋白编码基因,26种tRNA基因和4种rRNA基因。特征分析结果表明：黑喉石斛cpDNA中共存在58个SSR （simple sequence repeat）位点,大部分为单核苷酸重复和二核苷酸重复类型,碱基组成以A/T碱基类型为主;其偏好的密码子共32个,其中有30个以A/U碱基结尾。以黑喉石斛与其他13种石斛的cpDNA构建系统发育进化树,结果显示,鼓槌石斛（D. chrysotoxum）和梳唇石斛（D. strongylanthum）与黑喉石斛具有较近的亲缘关系,IR/SC边界分析结果也映证了此结论。以黑喉石斛为参照,与3种近缘石斛的cpDNA进行全序列长对比,结果显示,4种石斛的序列变异主要发生在单拷贝区,基因间隔区的变异明显高于基因编码区。     

福建水生植物浮萍的形态学和分子系统学鉴定及遗传多样性研究

在福建53个市县(区)收集获得119份浮萍种质。通过叶片大小、根系和叶脉数等形态性状初步鉴定为4个属:少根紫萍属(Landoltia)、多根紫萍属(Spirodela)、无根萍属(Wolffia)、浮萍属(Lemna)。利用叶绿体atp F-atp H间隔序列和rp S16内含子序列进行系统发育分析。结果表明,119份浮萍种质分别属于4个种Landoltia punctata,Spirodela polyrhiza,Wolffia globosa,Lemna aequinoctialis。利用DnaSP 5.10.01软件分析结果显示,福建浮萍种质存在丰富的遗传多样性,且rpS16比atp F-atpH多样性大,两者的核苷酸多态性指数分别为0.051 23和0.031 53,每kb平均核苷酸差异数为44.675和20.374,群体突变率分别为0.051 64和0.036 40,单倍型多态性指数分别为0.617和0.577。稀脉萍、无根萍和多根紫萍基于atpF-atpH和rp S16序列的单倍型数为4、2、2。另外,闽南地区浮萍遗传多样性高于闽北地区,其核苷酸多态性指数、每kb核苷酸变异数以及群体突变率分别是闽北地区的2倍以上。     

2种枇杷属植物的trnH-psbA条形码序列变异及其近缘属系统发育初步研究

选用枇杷野生近缘种‘栎叶枇杷’和栽培种‘早钟6号’、‘香妃’,对其叶绿体基因组trnH-psbA基因间隔区进行PCR克隆与测序,利用生物信息学方法分析其序列特征,并构建苹果亚科内19个属的系统发育树。结果表明:trnH-psbA序列长323~392 bp(GenBank登录号:KF022254、KF022255、KF022256),G+C含量30.10%~33.13%,共有1个核苷酸替换(substitution)和2个插入/缺失(indel);基于trnH-psbA DNA条形码序列的分子系统进化分析结果表明,苹果亚科内形成2个大的分支,枇杷属与石斑木属的亲缘关系最近(平均遗传距离为0.055)。此结果表明叶绿体基因trnH-psbA序列可有效地进行枇杷属内物种鉴别及属间分类,是枇杷属植物DNA条形码研究的标准基因之一。     

濒危植物秀丽兜兰叶绿体基因组特征与系统发育分析

秀丽兜兰（Paphiopedilum venustum）具有较高的观赏价值和保护生物学价值，野外资源濒临灭绝，叶绿体基因组（cpDNA）具有基因组小、结构稳定、高度的保守性等优点被广泛用于植物系统发育和物种鉴定，了解秀丽兜兰的叶绿体基因组结构，对揭示兜兰属植物的系统进化关系具有重要意义。本研究通过二代高通量测序技术获得秀丽兜兰叶绿体全基因组序列，利用GeSeq、blast和hmmer软件对叶绿体基因组进行注释，采用MISA、CodonW、fasttree等生物信息学软件对其基因组结构、基因数目、序列重复、密码子偏好性和系统发育进行分析。结果表明：秀丽兜兰叶绿体基因组结构保守，具有典型的环状四分体结构，一对反向重复区（IRs）将大单拷贝区（LSC）和小单拷贝区（SSC）分开，全长158 298 bp,GC含量为35.4%，共注释得到129个基因，包括79个蛋白编码基因，38个tRNA基因、8个rRNA基因和4个假基因；检测到78个SSR位点，以单核苷酸重复和二核苷酸重复为主，分别占84.62%和10.26%，无五核苷酸重复，并且大多由A或T构成；确定了高频密码子32个，90.6%都以A或...     

‘六月早’蜜柚叶绿体基因组及其特征分析

‘六月早’蜜柚（Citrus maxima ‘Liuyuezao’）为国内重要的柚品种琯溪蜜柚早熟芽变品种。以‘六月早’蜜柚为材料,利用二代测序进行全基因组重测序,从中组装获取叶绿体基因组并对其进行注释。结果表明：组装获得的‘六月早’蜜柚的叶绿体基因组全长160 186 bp,四分体结构由大单拷贝区（large single copy, LSC）、小单拷贝区（small single copy, SSC）和反向重复区（inverted repeat, IR）组成,3个分区的长度分别为87 939、18 395、26 926 bp。注释得到133个基因,其中包含89个编码基因,37个tRNA和8个rRNA。共识别到31个短串联重复序列,101个SSR位点。将已公开发表的29个芸香科叶绿体基因组使用最大似然法进行系统发育关系的构建,结果表明,‘六月早’蜜柚与甜橙（C. sinensis）、柠檬（C. limon）和C. platymamma的亲缘关系较近。     

木薯干旱胁迫响应基因MeGSTU7自然变异分析

在2个木薯品种中检测MeGSTU7基因在不同干旱胁迫阶段的表达量变化，并克隆测序了60个木薯品种的基因区DNA序列，分析基因核苷酸多态性及其自然变异，并将核苷酸多态性与干旱胁迫表型关联分析，挖掘优等位变异。结果表明，干旱胁迫条件下，2个品种的MeGSTU7的表达量均上调。MeGSTU7基因区核苷酸变异丰富，共有23个SNP位点，A/G突变为主；外显子区总计10个同义突变，12个非同义突变；外显子区在品种资源群体中有4种主要单倍型，所有的单倍型分为两大类，分子进化分析表明，MeGSTU7的外显子区的两端受到很强的正选择作用；Q+K+MLM混合线性模型关联分析结果表明，1个Indel和2个SNP与干旱胁迫下地上部鲜重耐旱系数显著关联，并筛选得到了优等位变异。     

Wild tuber-bearing species ofSolanum and incidence ofPhytophthora infestans (Mont.) de Bary on the western slopes of the volcano Nevado de Toluca. 1.Solanum species

Summary During the period 1982–87, wildSolanum species were surveyed in an area of 15000 ha by observations and collections along five long (10 km) transects covering altitudes from 2900 to 3900 m, and twelve short (300 m) transects. The sevenSolanum species,demissum (dms), verrucosum (ver), iopetalum, brachycarpum, x edinense, stoloniferum and an unidentified species, possibly a sterile hybrid betweendms andver, grew patchily and their many small colonies formed part of a complex plant community that changed in composition with altitude and topography. The most frequent species wasdms (80%), while other species often grew in mixed colonies with it. As the altitude increased, so did the distances between colonies, whereas species diversity decreased and above 3500 m onlydms was found. Most species propagated both clonally, through tubers on long stolons, and sexually through botanical seed.     

余甘生物学功能的作用机制研究（综述）

余甘(Phyllanthus emblica L.)具有抗肿瘤、抗衰老、抗突变、降血脂、降血压、保肝、抑菌、抗炎等功效,目前,我国对余甘的研究较为零散,开发利用较少.综述余甘生物学功能的作用机制及余甘活性单体的研究进展,提出余甘功效作用机制的研究仍停留在药效现象观察和细胞水平机理的研究上,未深入到分子水平和基因水平的研究;对余甘的研究和开发利用进行展望,提出今后应加强余甘单体和多糖的药效和药理研究,为余甘进一步的药理研究及新药、保健品的综合开发奠定理论基础.     

温敏核不育系360S的特征特性及其组合制种技术

介绍了温敏核不育系360S的主要特征特性，提出了该不育系所配组合在贵州低海拔地区的高产制种技术。     

水稻光温敏核不育系1161S的选育

1161S是以培矮64S作母本与133S杂交，经4a8代的系谱选择和测交筛选育成的水稻光温敏核不育系，2006年2月通过湖南省农作物品种审定委员会审定。该不育系株叶形态好，群体不育性稳定，不育起点温度为23．5℃，开花集中，柱头外露率达87．8％。所配组合生育期适中，株叶形态好，米质较优，产量较高；其中两优1169（1161S／9311）、隆平602（116ls／蜀恢527）分别于2004和2006年通过江西省品种审定。     

籼型优质光温敏核不育系1892S的选育

1892S是安徽省农科院水稻研究所用培矮64S的变异单株选育的中籼光温敏核不育系,2004年8月通过安徽省技术鉴定。1892S不育期间败育彻底,不育性稳定,不育株率100%,花粉不育度和套袋自交不实率均为99.97%;不育起点温度较低(23.5℃),在合肥不育期30 d以上;开花习性好,异交结实率高达60%以上;对白叶枯病和稻瘟病的抗性分别为中抗和抗;米质优,达国标GB/T 17891-1999优质稻谷3级标准;所配组合杂种优势强,其中皖稻153(1892S/RH003)于2005年1月通过了安徽省品种审定。     

利用核不育莜麦ZY基因育成新品系S016

S106莜麦新品系是首次利用核不育莜麦ZY基因育成的。经3年品种比较和2年区试，比同类主栽品种“品五号”增产12．1％-19．4％，且抗旱耐瘠性强，是河北北部张、承两市及华北同类型区旱地条件下种植的优良新品系。     

优质籼型水稻温敏核不育系228S的选育与利用

228S是广东华茂高科种业有限公司用安农S为母本,与高州镇江野生稻杂交,F2代筛选不育株再与培矮64S杂交选育而成的籼型水稻温敏核不育系,2005年10月通过广东省科技厅组织的技术鉴定。228S在茂名的稳定不育期比培矮64S长5~6 d,不育期不育性稳定,株叶形态好,稻米品质达国标优质稻谷2级标准,开花习性好,对"九二○"敏感,繁殖制种产量高。所配组合茂杂29(228S/茂恢29)2006年12月通过广东省品种审定。     

S3307浸种对玉米幼苗根系生长及根系内源激素水平的影响

用S3307浸种的结果表明：玉米品种铁单10号幼苗的根长、根数、根干重、根冠比都提高；与对照相比根系内的IAA、ZRs、GA1,3含量都降低，但IAA／ZRs值上升。     

新资源光温敏核不育系B06S开花习性的观察

通过比较观察光温敏核不育系B06S、香125S、培矮64S、595S和恢复系桂99、中辐906的开花习性,发现B06S单穗开花天数短(6.4 d),集中开花时间为抽穗后第1～5天,每日开花时间早(开花高峰在09:00-10:00),颖花张开时间长(5 h左右),张颖角度大(29.5°),柱头外露率高且生命力强,闭颖率和包颈率低,制种易获高产.     

大麻沤麻液中细菌的分离和鉴定

为了解大麻沤麻液中细菌菌群构成,确立麻液分离菌的种属地位,本研究以大麻原茎沤麻液为菌种筛选的来源,利用传统可培养法分离得到24株细菌,并通过16S rDNA序列与细菌菌落形态、菌体的显微形态鉴定、生理生化鉴定相结合的方法对菌株进行鉴定,同时构建24株分离细菌与常规已知菌的系统发育树,初步确立菌株种属地位。研究结果表明：24株细菌共分11属,15种,其中主要以芽孢杆菌属居多,占25%,包括巨大芽孢杆菌（Bacillus megaterium）,蜡样芽孢杆菌（Bacillus cereus）,地衣芽孢杆菌（Bacillus licheniformis）和炭疽芽孢杆菌（Bacillus anthracis）。另有其他菌属,如宋内志贺菌（Shigella sonnei）,大肠埃希氏菌（Escherichia coli）,吉氏库特氏菌（Kurthia gibsoni-i）,肺炎克雷伯氏菌臭鼻亚种（Klebsiella pneumoniae subsp.）等。