东北荷包猪MC4 R基因的多态性分析

[目的]分析荷包猪MC4 R基因TaqI酶切位点多态性,为了解其遗传特点奠定基础。[方法]利用PCR-RFLP技术研究荷包猪保种群体MC4 R基因型分布情况,并与国内外猪种的MC4 R基因频率进行比较。[结果]不同品系猪的MC4 R基因的Asp298Asn突变分布差别显著。荷包猪MC4 R基因优势基因型为AA,基因型频率为66.67%,而BB基因型未能检出。荷包猪MC4 R基因型与国内梅山猪、民猪和莱芜猪等稍有不同,与国外汉普夏、大白、皮特兰等差别较大,总体显示国内地方猪种298Asp基因为优势基因,而外种猪基因Asp298Asn突变率显著高于我国地方猪种。[结论]该研究为荷包猪资源保存、品种选育和开发利用提供了科学依据。     

多浪羊NCOA1基因多态性与产羔数的相关分析

分析研究了新疆多浪羊核受体辅激活蛋白基因(Nuclear receptor coactivator1 gene, NCOA1)的多态性及其与产羔数的相关性。结果表明:NCOA1基因存在两个多态位点,分别为内含子12的g.166 397 A>C突变位点和外显子17的g.187 501 G>A突变位点; g.166 397 A>C突变位点的优势基因为A等位基因,基因频率为0.968; g.187 501 G>A突变位点的优势基因为B等位基因,基因频率为0.643,且在该突变位点发生了错义突变,由原编码的丝氨酸(Ser)改变为谷酰胺酸(Gln);在多浪羊NCOA1基因的g.166 397 A>C突变位点,AA基因型个体的产羔数显著高于BB基因型个体的(P<0.05);在多浪羊NCOA1基因的g.187 501 G>A突变位点,BB基因型个体的产羔数显著高于AA和AB基因型个体的(P<0.05)。由此推断NCOA1基因可以作为多浪羊多羔性状的候选基因。     

我国部分引进猪种IGF2和RYR1基因主效位点的遗传变异分析

胰岛素样生长因子2(Insulin-like growth factor2,IGF2)是一类多功能细胞增殖调控因子。它在胎儿生长发育、肿瘤细胞增殖、肌肉生长等方面具有重要的调控作用。猪IGF2基因第3内含子3072G>A突变是迄今少数几个被确证的影响农业动物数量性状的主效突变位点(Quantitative Traits Nucleotide,QTN)。兰定尼受体基因(RYR1)c.1843C>T突变位点是造成猪应激综合症的主效基因位点。本研究采用PCR-RFLP及PCR-SSCP的方法,检测了深圳、江苏、江西等4个猪场5个引进猪种(品系)的323头种猪个体在IGF2的第3内含子3072G>A位点突变和RYR1基因的c.1843C>T突变位点的基因型,以此指导猪的育种实践,提高猪产肉量和经济效益,剔除氟烷应激敏感基因,选育抗应激种群。     

宣和猪FGF14基因多态性及其对生长性状的影响

为了探讨宣和猪FGF14基因外显子4的多态性及其对猪群生长性状的影响,通过PCR产物直接测序对366头宣和猪FGF14基因外显子4区域的SNP位点进行检测,结合宣和猪的生长性状记录,分析了单个位点基因型及两个位点单倍型组合对7个生长性状的影响.结果表明:在宣和猪外显子4上检测到T493A和A589G这两个紧密连锁的位点...     

鹌鹑MC4R基因编码区群体遗传变异检测分析

 根据GenBank数据库提供的鹌鹑黑素促黑素受体4（MC4R）基因序列,设计出5对扩增引物,采用PCR SSCP分段检测方法对朝鲜鹌鹑MC4R基因外显子区域的多态性进行了检测,并对存在多态性的DNA片段进行了序列测定。SSCP分析的结果显示,第4号引物扩增的基因片段具有明显的多态性,并检测到了3种基因型（AA型,AB型,BB型）。将测序结果与GenBank数据库中鹌鹑MC4R基因序列进行比对,发现了一个单核苷酸多态性（SNP）位点：855bp位点存在一个T→C同义转换突变。基因型AA,AB和BB的频率分别为0.1933,0.6867和0.1200;等位基因A和B的频率分别为0.5367和0.4633;多态信息含量（PIC）和杂合度（H）分别为0.3736和0.4974;χ2检验的结果表明,该突变位点的基因频率未处于Hardy Weinberg平衡状态（P<0.01）。     

海南黄牛IGF2R基因单核苷酸多态性及其生物信息学分析

【目的】明确海南黄牛胰岛素样生长因子2受体基因（IGF2R）遗传多态性及其在海南黄牛群体中的遗传分布情况，为进一步揭示IGF2R基因对海南黄牛生长性状的调控机理提供理论依据，也为分子标记辅助选择提供新的候选位点。【方法】构建海南黄牛DNA混池，通过PCR扩增和测序技术对海南黄牛IGF2R基因编码区（CDS）进行基因多态性分析，并以Chromas序列比对筛选出错义突变SNP位点；应用PCR-RFLP对202头海南黄牛个体进行基因型鉴定，同时对筛选到的SNP位点进行连锁不平衡及单倍型分析，评估海南黄牛群体中各单倍型的分布情况；通过生物信息学方法分析各单倍型和SNP位点对海南黄牛IGF2R基因CDS区mRNA二级结构、蛋白理化性质及蛋白二级结构的影响。【结果】在海南黄牛IGF2R基因CDS区共检测到4个错义突变SNPs位点，分别为SNP1（g.63977A>G）、SNP2（g.63999T>C）、SNP3（g.69772G>A）和SNP4（g.94987A>C），其中SNP1、SNP2和SNP3位点间呈强连锁不平衡状态。4个SNPs位点在海南黄牛群体中均表现为中度多态性，且处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。海南黄牛群体中存在4种单倍型（F>0.01），分别是H1（ATG）、H2（GCA）、H3（ACA）和H4（GCG）；各单倍型及SNP4突变型对海南黄牛IGF2R基因CDS区mRNA二级结构及其最小自由能均有影响。海南黄牛IGF2R蛋白为亲水蛋白，存在跨膜结构和信号肽，其二级结构主要由无规则卷曲和延伸链构成，α-螺旋和β-转角的占比较小。【结论】在海南黄牛IGF2R基因CDS区共检测到4个错义突变SNPs位点，在海南黄牛群体中均表现为中度多态性，且处于Hardy-Weinberg平衡状态。海南黄牛IGF2R基因SNP位点突变对其mRNA二级结构及稳定性均会造成影响，致使IGF2R蛋白二级结构肽链构象发生改变，进而对海南黄牛生长性状的调控造成影响。     

鸡GARS-AIRS-GART基因多态性及其与肉质性状的关联性研究

【目的】探讨GARS-AIRS-GART基因对鸡肉质风味性状的影响。【方法】以大恒优质肉鸡品系为研究对象,利用PCR-SSCP和测序方法对GARS-AIRS-GART基因的多态性进行研究。【结果】研究结果显示:GARS-AIRSGART基因外显子4有1个SNP位点位于6545处(A→C突变),该位点为错义突变并导致氨基酸序列第173位点由天冬氨酸(Asp)突变为谷氨酸(Glu)。GARS-AIRS-GART-6545SNP位点对鲜味氨基酸含量和肌苷酸含量有显著影响(P<0.05),NN型表现为高肌苷酸含量。【结论】由此推测GARS-AIRS-GART基因可能是影响鸡肉质性状的主效基因或与控制这些性状的QTL连锁。     

猪IGFBP2基因多态性及其对苏姜猪肉质性状的影响

【目的】探讨IGFBP2基因潜在的遗传变异及其与苏姜猪肉质性状之间的关系。【方法】采用PCR-RFLP技术检测IGFBP2基因在苏姜猪、姜曲海猪、杜洛克猪中的MspⅠ酶切遗传多态性,采用单因素方差分析法分析该多态位点对苏姜猪肉质性状的影响。【结果】在3个猪种试验群体,IGFBP2基因第2内含子内均发现了1个MspⅠ酶切多态性,存在A、B等位基因,AA、AB、BB基因型,优势等位基因为B,优势基因型为AB,多态信息含量均呈现中度多态。苏姜猪试验群体IGFBP2基因AA、AB型个体大理石纹显著高于BB型(P0.05),AA型个体五分制肉色和色差仪测得的a值均显著高于AB、 BB型(P0.05)。【结论】苏姜猪试验群体IGFBP2基因第2内含子内PCR-RFLP-MspⅠ多态性与部分肉质性状间存在一定程度的显著性相关,可以作为与猪肉质性状相关的候选基因加以研究。     

鸡基因MC3R和MC4R的 RFLP多态性及其与胴体性状的相关性

采用PCR-RFLP方法,检测黑素皮质素受体3基因(MC3R)和受体4基因(MC4R)在济宁百日鸡、汶上芦花鸡和莱芜黑鸡中的多态性,并分析各多态位点不同基因型与鸡胴体性状的相关性,在3个供试群体中共检测到2个突变位点,分别在MC3R基因1424nt处(A→G)和MC4R基因923nt处(G→T),并据此分别建立了2个基因的DdeⅠ和FbrⅠ限制性内切酶检测体系.MC3R基因多态位点对活体重(P=0.0418)和胸肌重(P=0.0126)有显著影响;MC4R基因多态位点对肌间脂宽(P=0.0366)有显著影响.多重比较结果表明,在MC3R基因多态位点产生的3种基因型中,MN基因型个体的活体重和胸肌重均显著高于基因型MM个体和NN个体(P0.05),屠体重和半净膛重均显著高于MM个体,全净膛重显著高于MN个体;MC4R基因多态位点产生的3种基因型中,AB基因型个体的屠体率和肌间脂宽均显著高于基因型BB个体(P0.05).     

猪MyoD1基因多态性与肉质性状的相关分析

MyoD基因家族能促使肌肉转化,影响着肉质品质.为了研究MyoD1与肉质性状间的关系,采用PCR-SSCP技术分析杜长大三元杂交猪MyoD1基因第1外显子的单核苷酸多态性.为了将第1外显子(长630 bp)全部扩出,故将第1对引物设在MyoD1基因的5'UTR上.结果显示:MyoD1基因5'UTR的119 bp处发现G＞A的突变,第1外显子387 bp处发现C＞T突变,经检测这2个突变均为AA和AB基因型,2个变异位点在群体中都是AA型为优势基因型,且都处于Hardy Weinberg平衡状态.在5'UTR上的突变对猪肌肉的肌内脂肪和pH的影响差异显著(P＜0.05),而在第1外显子上突变对本试验所研究的肉质性状影响均不显著(P＞0.05).