DNA序列判别分类模型

[目的]结合生物学知识和数学方法构建DNA序列判别分类模型。[方法]根据氨基酸分子中侧链基的极性性质,从不同序列中氨基酸含量不同提炼出能从碱基含量和碱基排列情况两方面代表序列特征的氨基酸类别信息,用一个四维向量来表征,用马氏距离法和FISHER判别法对给定序列进行分类。[结果]该模型中,2种分类方法所得的样本回代率均达100%,分类一致率为90%。[结论]该模型算法简单,分类结果精度较高,优于仅基于碱基含量的判别分类模型。     

DNA序列判别分类模型

[目的]结合生物学知识和数学方法构建DNA序列判别分类模型。[方法]根据氨基酸分子中侧链基的极性性质,从不同序列中氨基酸含量不同提炼出能从碱基含量和碱基排列情况两方面代表序列特征的氨基酸类别信息,用一个四维向量来表征,用马氏距离法和FISHER判别法对给定序列进行分类。[结果]该模型中,2种分类方法所得的样本回代率均达100%,分类一致率为90%。[结论]该模型算法简单,分类结果精度较高,优于仅基于碱基含量的判别分类模型。     

基因诊断中DNA序列的快速检测法

目的：探讨一种DNA测序方法在临床中的应用。方法：用纯化试剂盒对PCR产物进行纯化．然后用310自动测序仪测定DNA序列。结果：准确测定了一长度为106bp的DNA序列。结论：本方法不但有快速、简便和准确的特点，尤其还对短片段的DNA更显优势．很适合于临床基因诊断中的测序。     

基于Fisher判别法的一种DNA序列分类方法

针对DNA序列分类的分属问题,提出采用Fisher判别法进行分类。根据氨基酸分子的性质,构建DNA序列对应的特征向量空间,然后对训练集中的A、B两类DNA序列提取特征,建立Fisher判别函数。应用该判别函数对测试集中的182个DNA序列进行分类实验,结果表明该方法具有很好的分类准确度。     

基于支持向量机的DNA序列分类系统的设计与实现

针对传统统计方法进行DNA序列分类时要求DNA序列样本的概率分布函数已知，但多数情况下概率分布函数未知这一问题，采用支持向量机这一新的机器学习方法对DNA序列进行分类；以VB和Matlab为主要工具开发了基于支持向量机的DNA序列分类系统。结果表明：该系统能够动态选择DNA训练样本、待测试样本．以及支持向量机模型中的参数，并根据用户的指定条件动态输出计算结果；对于预测一批已知正确分类答案的DNA序列，系统能够自动统计识别率，以观察参数变化对于算法执行结果的影响。支持向量机能够在概率分布函数未知的条件下对DNA序列进行分类。     

植物特异DNA序列应用研究进展

植物特异DNA序列是指在某些植物属、种、基因组或染色体上单独具有的特异存在的DNA序列。几乎所有的高等生物基因组中都有一些物种或基因组特异(有)的DNA序列。研究这些特定序列,对研究物种间在进化过程中的关系及现有物种间的亲缘关系、特异性状表达等方面有着重要的意义。简述了植物特异DNA序列的种类,总结了利用特异DNA序列作为与某一性状基因连锁的分子标记的应用情况,以及特异DNA序列在鉴定外源染色体的来源、某一染色体组或基因组、某一物种或属植物等方面的应用情况,提出了存在的问题与应用前景。     

模糊数学在植物群落分类中的应用

本文应用模糊聚类对山西省太岳山北部绵山地区的部分植被进行了分类，计算结果与实际情况基本吻合，取得了较为理想的结果     

DNA序列分类的Fisher判别法

根据氨基酸分子中的极性性质，构建了DNA序列所对应的5维向量空间，然后对文献中给出的A，B两类序列适当处理，提取特征，建立Fisher判别函数，应用上述判别函数对文献中给出的182个DNA序列进行了分类，得到了较满意的结果。     

matK序列作为DNA条形码在中药鸡骨草中的应用

采用改良的CTAB法提取来自不同地区的9种中药鸡骨草的总DNA,利用豆科植物通用引物对matK序列进行PCR扩增,将扩增得到的序列提交到GeneBank中获得登录号.最后将所有序列进行聚类分析,计算种间及种内遗传距离,建立系统发育邻接树.结果表明,matK序列的全长为889～895 bp;不同植物之间的遗传距离较大,同种植物之间的遗传距离较小,且最大的种内遗传距离小于最小的种间遗传距离.因此,matK序列可以作为豆科植物的DNA条形码.     

ITS2序列作为DNA条形码在苍耳属中的应用

[目的]苍耳(属)(非中国种)植物为检疫性有害生物,该试验尝试以ITS2序列作为DNA条形码对从国外截获的7种苍耳属植物进行物种区分鉴定研究。[方法]试验应用通用引物对其ITS2基因进行扩增,测序得到7种苍耳属植物的ITS2序列,利用MEGA 5.1软件得到的ITS2序列进行比对和分析,并构建系统树。[结果]共发现变异位点242个,其中单突变位点12个。[结论]ITS2序列能从基因位点层面对苍耳属植物进行区分鉴定。     

基于GenBank数据探讨兜兰属植物DNA条形码

为筛选出适合兜兰属植物的DNA条形码序列。本研究基于GenBank中下载的29种兜兰属植物的253条序列,利用遗传距离法及分子系统学方法分析兜兰属植物候选条形码。结果表明,在选取的3个候选序列片段中对兜兰属植物鉴定的成功率最高的是核糖体ITS(nrITS)序列,分辨率为62.96%,其次是叶绿体matK序列,分辨率为50%,最后是叶绿体rbcL序列,分辨率仅为21.43%,因此,本研究推荐nrITS序列作为兜兰属植物的DNA条形码候选序列,叶绿体matK序列作为补充序列。     

木耳属菌株 ITS 序列作为 DNA 条形码的可行性1）

以木耳属22个菌株为供试材料,研究了rDNA-ITS序列作为木耳属条形码的可行性。结果表明：ITS序列作为木耳属条形码的有效长度为420 bp左右,片段长度大小适宜,扩增与测序成功率均为100％。种内ITS序列差异度为0．5％～2．5％,种间序列差异度为4．8％～10．8％,种间序列差异显著高于种内序列差异。在此基础上,以黑耳属为外群构建系统树,结果表明ITS序列可以区分木耳属不同的种。综上所述,ITS序列作为木耳属的DNA条形码是可行的。     

线粒体DNA分子技术在斑点叉尾鮰物种鉴定中的应用

[目的]应对出口水产品国外技术贸易壁垒,建立一种能被国际上普遍接受的进出口水产品中斑点叉尾鮰物种真伪鉴定方法,该方法也有助于我国水产品行业商业欺诈认定裁决工作。[方法]采用酚-氯仿抽提法提取水产品中基因组DNA,利用自行设计的引物D-loop F/D-loopR,对斑点叉尾鮰及大口鲇、革胡子鲶、鲤和鲫等物种的线粒体DNA D-loop和COⅠ区进行PCR扩增测序比对,根据斑点叉尾鮰物种D-loop区的序列寻找其特异性酶切位点,对D-loop区进行酶切鉴定。[结果]]建立的DNA提取技术可以满足水产品中线粒体D-loop扩增的要求,斑点叉尾鮰D-loop对应的最佳退火温度为54.8℃,其在D-loop序列的200 bp处有一特异性酶切位点EcoRⅠ。[结论]建立的斑点叉尾鮰产品中DNA提取、扩增技术及EcoRⅠ特异性酶切图谱方法,不需测序就能够将斑点叉尾鮰与其他近似物种区分开来,该方法适于进出口水产品贸易中斑点叉尾鮰产品的物种真伪鉴定。     

关于模糊收缩列拟阵的研究

首先从普通拟阵、子拟阵、对偶拟阵和子集套出发,利用模糊拟阵的导出拟阵的序列分解和合成性质,生成了模糊收缩列拟阵和模糊约束列拟阵.再通过对某些模糊拟阵的导出拟阵序列取对偶,构造了模糊上对偶拟阵.然后,在研究模糊收缩列拟阵性质的基础上,找到了模糊拟阵是模糊收缩列拟阵的一个充要条件,同时,证明了所有模糊收缩列拟阵都是闭正规模糊拟阵.随后,证明了:所有准模糊图拟阵都有模糊上对偶拟阵,并且利用模糊收缩列拟阵和模糊上对偶拟阵的性质描述了闭模糊拟阵是准模糊图拟阵的充要条件.最后,证实了:在模糊拟阵中,模糊上对偶拟阵、模糊约束列拟阵和模糊收缩列拟阵之间的关联关系类似于在拟阵中,对偶拟阵、约束拟阵和收缩拟阵之间的关联关系.     

基于叶绿体DNA rps16序列的福建泰宁野生铁皮石斛多样性分析

为了解福建泰宁野生铁皮石斛种源的多样性,对75份泰宁野生铁皮石斛及其他石斛属药用植物叶绿体DNArps16序列进行分析。结果表明:75份石斛属药用植物种间平均遗传距离为0.006 6,泰宁野生铁皮石斛种内平均遗传距离为0.00 06。38份泰宁野生铁皮石斛叶绿体DNArps16序列比对后,共得到5个多态性位点,多态性位点数占总数的25%,种内基于K-2P遗传距离最大为0.003 4,表明泰宁野生铁皮石斛叶绿体DNA rps16序列变异较大,多样性较高。此外,在泰宁野生铁皮石斛的5种rps16核苷酸序列中,T2型、T65型、D5型为参比铁皮石斛种质中的独有类型。     

黑麦染色体组中一个新重复序列的发现、定位与应用

 【目的】寻找黑麦基因组中新的重复序列作为特异PCR标记。【方法】以普通小麦中国春、川农18、育成品系R111、绵阳11为对照，以荆州黑麦、秦岭黑麦、非洲黑麦、森林黑麦为材料，用RAPD法筛选到黑麦基因组中的一个高拷贝DNA片段OPD15940，将OPD15940输入到NCBI的BLAST框中进行比对。根据OPD15940设计特异PCR引物D15F和D15R，利用这对引物对小麦族物种进行扩增，验证OPD15940的特异性。进而利用原位杂交技术定位pScD15940在染色体上的位置。【结果】序列比对后发现OPD15940与重复序列Sukkula中近60个53bp的小片段有较高的同源性，但又不同于Sukkula，是一类新的重复序列。通过特异PCR确定仅含黑麦染色质的物种能扩增出OPD15940，因而OPD15940为黑麦所特有。原位杂交结果显示除端部区域外，pScD15940弥散状分布在黑麦整套染色体上。【结论】OPD15940可以作为分子标记检测导入到小麦背景中的黑麦染色体。