基于线粒体COI基因序列的大豆食心虫不同地理种群遗传分化

为揭示大豆食心虫Leguminivora glycinivorella不同地理种群间的遗传分化情况,通过测定19个地理种群214头老熟幼虫的线粒体COI基因序列,利用MEGA 6.0和Dna SP 5.0软件对不同地理种群间序列变异和遗传分化进行分析。结果表明,在214条408 bp的COI基因序列中发现46个变异位点,获得49种单倍型。总群体单倍型多样度为0.8277,固定系数为0.59,基因流为0.17。总群体Tajima’s D检验结果不显著,说明在较近时间内大豆食心虫未经历群体扩张。大豆食心虫不同地理种群间基因交流较少,贵阳种群、都安种群与其它地理种群分化明显,整体的遗传多样性和遗传分化程度较高,地理距离是影响不同地理种群间遗传距离的重要因素。     

海南橡胶树白粉菌的群体遗传结构研究

白粉病是海南橡胶树上发生最严重的叶部病害,为了明确海南橡胶树白粉菌群体的遗传结构,本研究对海南7个市(县)的橡胶树白粉菌的ITS序列进行分析。结果表明,95个病菌样品可推导出5种单倍型,其中单倍型H1包含样品数为88个,且在7个市(县)均有分布;三亚种群的单倍型多样性和核苷酸多样性最高。总体和各地理群体的中性检验结果显示,群体扩张遵循中性进化,群体大小保持相对稳定。遗传分化指数(Fst)表明三亚种群与白沙、儋州、海口和琼中等四市(县)种群的遗传分化较大。AMOVA分析显示,遗传变异主要发生在种群内,占总变异的89.66%。因此海南橡胶树白粉菌菌株间虽存在一定的遗传分化,但整体遗传多样性偏低。     

北京及周边地区九个地理种群的亚洲小车蝗mtDNA ND6基因及其部分侧翼序列分析

为明确北京地区亚洲小车蝗Oedaleus asiaticus Bey-Bienko的迁飞来源,选取包含完整线粒体DNA的ND6、tRNA-Thr基因及侧翼ND4L、CYTB基因部分序列作为目的片段,采用DNA序列法分析来自北京及周边省市9个地理种群155个亚洲小车蝗样本的序列碱基组成、种群遗传多样性、种群结构及单倍型网络进化等。结果表明:在目的序列中共检测到多态性位点16个,鉴定出单倍型20种,分别占碱基总数和总样品量的1.88%和12.90%;核苷酸多样性为0.0012,单倍型多样性为0.66,种群间遗传分化系数绝对值≤0.51,种群内个体间遗传变异占总变异的86.88%,各种群遗传变异与空间距离间无显著相关性,供试样本总体上遗传变异程度相对较低。北京密云种群鉴定出的独享单倍型H14由单倍型H10经2次突变获得,H10被锡林郭勒和乌兰察布种群共享;北京密云与河北滦平、围场及内蒙古乌兰察布种群间基因流Nm绝对值分别为3.749、1.387和0.912,均高于密云种群与其它种群间的Nm绝对值;结合亚洲小车蝗在北京及周边地区出现的先后时序可知,内蒙古锡林郭勒、乌兰察布及河北滦平、围场是北京地区亚洲小车蝗的最主要迁飞来源。     

海南橡胶树暹罗刺盘孢菌群体遗传结构分析

暹罗刺盘孢菌Colletotrichum siamense是引起海南橡胶树炭疽病的重要病原之一,为了明确海南橡胶树暹罗刺盘孢菌群体的遗传结构,本研究对海南5个市(县)的橡胶树暹罗刺盘孢菌的ITS序列进行分析。结果表明,58个病菌样品可推导出11种单倍型,其中单倍型H11包含样品数最多且在5个市(县)均有分布,其次为单倍型H4,在4个市(县)有分布。遗传分化指数(Fst)表明保亭种群与其他种群的遗传分化较大。AMOVA分析显示,遗传变异主要发生在种群内,占总变异的93.9%。对所有地理种群病原菌ITS序列的核苷酸不配对进行分析,表明病菌未经历过大规模的种群扩张。系统发育分析表明,来自相同地区的病菌单倍型并没有聚在一起。研究结果表明海南橡胶树暹罗刺盘孢菌种群具有丰富的遗传多样性。     

福建省烟粉虱不同地理种群遗传结构特征

为明确福建省烟粉虱种群遗传结构特征,基于福建省烟粉虱不同地理种群中40个代表性的线粒体COI基因序列,分析了种群遗传多样性、遗传分化及分子变异情况,并构建了单倍型系统发育树与网络图。结果显示:在590 bp长度的mt COI基因序列中有效位点558个,其中187个核苷酸位点存在变异;序列核苷酸中A、T、C、G含量分别为42.32%、24.36%、20.25%、13.06%,其中A+T的含量为66.68%,表现出明显的A+T偏向性;共检测出11个单倍型,其中Hap3、4、7、9、11为特殊单倍型;种群多样性指数为0.838,核苷酸多样性指数为0.093,表明遗传多样性水平较高;AMOVA分析表明种群遗传变异主要来自种群内,总种群遗传分化系数仅为0.027,种群遗传分化较低。表明福建烟粉虱种群基因交流未受地理距离明显影响,种群遗传分化不显著。     

我国小麦落选短体线虫群体遗传多样性分析

 为了明确我国落选短体线虫群体的遗传多样性,利用mtCOI基因标记对落选短体线虫9个地理群体的遗传结构及遗传分化进行分析。结果显示,9个地理群体中共得到101条mtCOI序列,发现28个碱基变异位点,形成14个单倍型。其中,H1单倍型最常见,为7个地理群体的59个个体共有,推测其可能为祖先单倍型。全部地理群体在物种水平呈现中等遗传多样性(H_T = 0.706±0.131),聚类分析显示其可分为类群Ⅰ与类群Ⅱ两个类群,AMOVA分析揭示落选短体线虫整体水平的遗传分化主要来源于种群间。Mantel检验表明落选短体线虫群体的遗传距离与地理距离存在正相关性,但是不同种群之间的遗传分化程度与地理距离没有显著关系。中性检验和错配分布检验均揭示落选短体线虫在整体水平和两个类群上的群体历史动态都处于相对稳定的状态。     

甘肃省二斑叶螨地理种群的遗传分析

为探讨甘肃省二斑叶螨Tetranychus urticae种群遗传多样性及遗传分化,通过mtDNA-COI基因DNA条形码技术对采自甘肃省8个不同生境35个二斑叶螨地理种群的582个样品进行序列分析及地理种群的遗传分化分析。结果表明,获得二斑叶螨mtDNA-COI基因片段大小为424 bp,其中保守序列336个,变异位点66个,简约信息位点45个,单突变位点21个;碱基(A+T)含量明显高于(C+G)含量,有明显的A/T碱性偏倚性;在35个地理种群中共检出16个单倍型,单倍型指数为0.906;Mantel检测结果表明种群间的遗传距离与地理距离无显著相关性;35个地理种群间的遗传分化指数Fst为0.012,种群间变异为1.200。表明二斑叶螨的遗传变异主要来自于种群内部,种群间还未发生明显的遗传分化。     

引起油茶炭疽病胶孢炭疽菌种群遗传结构研究

 胶孢炭疽菌是引起油茶炭疽病的主要病原之一。目前对于该病原菌种群的遗传结构尚未见报道。研究病菌种群的遗传结构对制定科学的防治方法具有重要意义。本研究比较中国6个省12个不同地区的126个胶孢炭疽菌的ITS序列的差异,以期研究各不同群体的单倍体型多样性,不同地区群体之间的遗传关系,以及遗传距离与地理距离的线性关系。遗传分析发现,得到的126个胶孢炭疽菌样品ITS序列可定义为27种单倍体型。27种单倍体型中,一个主要的单倍体型(Haplotype12)含有78个样品,且基本上每个样品采集地都有分布。遗传分化指数(Fst)表明病菌不同地理种群间的遗传分化较大。AMOVA分析显示,种群间的遗传变异占总变异的6%,种群内部变异占总变异的94%。Mantel测试显示地理距离与遗传距离没有显著的线性关系。对所有地理种群病原菌ITS序列的核苷酸不配对进行分析,发现油茶炭疽病菌未经历过大规模的种群扩张过程。系统发育分析表明,来自不同地区的油茶炭疽病菌散乱的分布在系统树中。研究结果表明油茶炭疽病菌种群具有丰富的遗传多样性。     

油茶暹罗刺盘孢菌群体遗传结构分析

暹罗刺盘孢菌是油茶炭疽病病原之一,在我国多个油茶产区均有分布。研究油茶暹罗刺盘孢菌群体遗传结构可为全面、有效防治油茶炭疽病害提供理论依据。本研究对分离自海南、江西、湖南、广西4省(自治区)6个地区暹罗刺盘孢菌菌株的ITS、CAL和GAPDH 3个基因的序列进行群体遗传结构分析。根据拼接的上述3个基因的序列,57个暹罗刺盘孢菌菌株可定义为13个单倍型,其中单倍型H7为主要单倍型,分布于本研究所涉及的所有地区。病菌不同地理种群间的遗传分化较大,AMOVA分析显示,遗传变异主要发生在种群内,病菌未经历过大规模的种群扩张。研究结果表明油茶炭疽病原暹罗刺盘孢菌种群具有丰富的遗传多样性。     

小尺度空间果生刺盘孢遗传多样性分析

 本研究将来自16个油茶品种的247个Colletotrichum fructicola的多基因序列进行遗传多样性分析,结果表明,247个C. fructicola多基因序列有21个单倍型,其中Hap2占总数的54.7%,Hap4占总数的34%,为两个主要的单倍型,来自所有16个油茶品种。基本上每一个油茶品种都存在C. fructicola独特的单倍型。遗传分化系数(Fst)表明不同品种来源菌株种群间存在一定的遗传分化。对所有品种种群进行中性检测及核苷酸不配对分析,发现小尺度空间的果生次盘孢菌经历大规模的种群扩张,群体间存在有效基因流。系统发育分析表明,来自不同品种的菌株散乱地分布在系统发育树中。     

基于mtDNA-COⅠ的云南西花蓟马的遗传分析

西花蓟马是我国重要的入侵害虫之一, 为了解其不同地理种群的遗传分化, 测定了云南6个地理种群141个个体的mtDNA-COⅠ基因片段。结果表明：在比对的433 bp基因片段中, 变异位点19个, 共检测出5个共享单倍型, 单倍型间出现了明显的遗传分化, 证实了云南西花蓟马为一个复合种群。地理种群间的遗传距离较低, 遗传距离与地理距离无显著相关性。各地理种群西花蓟马的遗传分化指数 Fst 为-0.021 19, 种群间变异多为负值, 表明云南西花蓟马种群遗传变异主要来自于种群内部, 种群间未发生明显的遗传分化。     

基于DNA条形码技术的湖南省柑橘主产区实蝇幼虫分子鉴定

为明确湖南省柑橘主产区的实蝇入侵为害现状,从该省7个市(自治州)22个地点收集柑橘蛆果中的幼虫,利用DNA条形码技术对其进行分子鉴定,并以DNA条形码序列作为分子标记探究橘大实蝇Bactrocera minax的20个中国地理种群(湖南省6个组群共16个种群、其它3省市4个种群)以及1个印度地理种群间的亲缘地理关系,分析橘大实蝇在我国的遗传进化关系。结果表明,仅采集自邵阳市城步苗族自治县柑橘蛆果中的5头幼虫被鉴定为蜜柑大实蝇B. tsuneonis,其余21个地点采集的595头幼虫均被鉴定为橘大实蝇。21个橘大实蝇地理种群的平均单倍型多样性为0.75,核苷酸多样性为0.0032,核苷酸差异数为2.13,中国所有地理种群均具有较高的遗传多样性;单倍型网络进化图显示湖南、重庆、贵州种群共享的单倍型H3为原始单倍型,表明其为比较原始的种群;AMOVA分析结果显示种群内个体间遗传变异占总体变异的59.04%,是遗传变异的主要来源;遗传分化结果表明湖南省6个组群间均出现了中度至高度的遗传分化,FST在0.0521～0.7795之间。表明DNA条形码技术可用于蜜柑大实蝇和橘大实蝇幼虫的分子鉴定及其种群遗传进化分析。     

黄淮麦区小麦全蚀病菌群体的遗传多样性分析

为了解小麦全蚀病病菌的群体组成和遗传多样性,采用8对多态性较好的微卫星标记,对我国黄淮麦区的116个小麦全蚀病菌株进行了分析。8个SSR标记的平均等位基因数为4.25个,多态性信息含量的平均值为0.66。供试菌株的平均有效等位基因数和基因遗传多样性指数分别为1.46和0.27,漯河群体的遗传多样性水平最高,周口群体最低。不同群体间遗传距离均较小,为0.0199~0.1153,其中徐州和周口群体间的遗传距离相对较大,而周口和驻马店群体间的遗传距离相对较小。分子方差分析结果显示,小麦全蚀病菌群体间和群体内均存在着一定的遗传分化,群体间的遗传变异占总变异的10%,群体内遗传变异占90%。6个群体间的基因流为3.5。根据SSR多态性,对来源不同菌株的UPGMA聚类分析结果显示,小麦全蚀病菌群体结构与地理来源有一定的关系。     

北方春玉米区长岭发垫刃线虫的分布及遗传多样性分析

 为明确长岭发垫刃线虫(Trichotylenchus changlingensis)的分布,2018年对黑龙江、吉林、辽宁、河北、内蒙古、甘肃6省(自治区)118个地块的玉米根际土壤中长岭发垫刃线虫进行分离及鉴定,结果表明:在6个省(自治区)20个地块的土样中分离到该线虫,分离比例为17.0%。同时采用ISSR分子标记技术对分离到的20个种群进行遗传多样性分析。结果共筛选出16条引物,扩增出93条多态性条带,多态性比率为93.55%。基因分化系数(Gst)为0.4771,遗传变异的47.71%存在于种群间,52.29%存在于种群内。基因流(Nm)值为0.5479,说明所调查地区种群间存在基因流,基因流动较小,但种群间已发生一定程度的遗传分化。UPGMA 聚类分析结果表明,这20个种群具有丰富的遗传多样性,但群体间的遗传关系远近与地理距离无显著相关性。     

东北地区亚洲玉米螟不同寄主植物种群线粒体基因遗传多样性

为了解不同寄主植物对亚洲玉米螟Ostrinia furnacalis(Guenée)寄主专化性及遗传多样性的影响,以东北地区取食4种寄主植物的亚洲玉米螟种群为研究对象,选取其线粒体COⅠ和COⅡ基因作为分子标记,通过序列比对分析,研究了亚洲玉米螟种群间的遗传多样性、基因流水平及分子变异。结果显示,亚洲玉米螟线粒体基因具有较丰富的遗传多态性;COⅠ和COⅡ基因总寄主植物种群Fu’s Fs检验结果分别为-1.82和-2.04,种群历史呈扩张趋势,基因流Nm分别为6.38和3.24,说明各种群间基因交流水平较高;遗传变异主要来自于种群内部;亚洲玉米螟的单倍型在BI树和NJ树上的分布拓扑结构与寄主植物间无对应关系。研究表明,取食不同寄主植物的亚洲玉米螟种群间的遗传多态性较高,基因交流频繁,且尚未发生遗传分化。     

大赖草种群遗传多样性的AFLP分析

采用荧光AFLP标记对大赖草(Leymus racemosus(Lam.)Tzvel)的6个天然种群进行了遗传多样性和遗传结构进行分析,6对选择性扩增引物共扩增出1269条清晰的条带,其中多态性位点1203个(PPL=80.61％).在物种水平上,Nei's遗传多样性指数H=0.188,Shannon多态性信息指数I=0.313;在种群水平上,H =0.177;I=0.288.遗传分化系数Fst为0.1009,表明有10.09％的遗传变异存在于种群之间,基因流Nm为4.4554＞1,说明种群间基因交流可以阻止由于遗传漂变导致的遗传分化,遗传分化呈现均质化的趋势.PCoA聚类结果表明,大赖草种群间的遗传距离与地理距离有一定的相关性,但未达到显著水平.该研究结果显示,遗传多样性水平不仅与物种本身特性和研究方法有关,濒危植物并不一定表现为遗传变异水平的降低而濒危,还与人类活动与气候环境密切相关.     

山东省小麦禾谷孢囊线虫rDNA-ITS序列特征和基于ISSR的遗传多样性分析

小麦孢囊线虫病(CCN,Heterodera avenae)已成为山东省小麦生产上的一种重要病害,研究CCN群体间和群体内的遗传多样性可以为其综合防治提供理论依据。本实验研究了山东省17地市34个群体的r DNA-ITS区,并采用ISSR分子标记技术对其中10个地市的27个种群做了遗传多样性分析。结果表明,在r DNA-ITS系统发育树中,山东省34个小麦孢囊线虫群体与H.pratensis、H.australis及中国H.avenae群体亲缘关系较近。3个ISSR引物共扩增出31条条带,多态性条带百分率(PPB)为100%。菏泽、潍坊、烟台群体遗传多样性较高,枣庄、威海、淄博、滨州群体遗传多样性相对较低。M antel检测和聚类结果表明,群体间的遗传分化与地理距离并无显著的相关性,AM OVA分析结果显示,在总的遗传变异中17.7%的变异发生在群体间,82.3%的变异发生在群体内。研究结果显示山东省H.avenae具有较高的遗传多样性,且群体间已发生了一定程度的遗传分化。     

山东省不同地理种群棉铃虫的遗传结构

为明确棉铃虫Helicoverpa armigera（Hübner）在山东省不同地理种群的遗传分化及遗传多样性，对采集得到的山东省14个棉铃虫种群共109个样本进行线粒体细胞色素氧化酶亚基（I mito‐chondrial cytochrome oxidase I，mt COI）及亚基II (mitochondrial cytochrome oxidase I，mt COII）基因片段测序，并进行遗传多样性分析，探究其在山东省的种群遗传变异情况。结果表明，棉铃虫mt COI及mt COII基因拼接（1 306 bp）共有18个单倍型Hap1~Hap18，其中Hap2和Hap3单倍型包含的个体数量最多，分别为37个和20个。莱阳种群的单倍型多样性最高，为1.000，莱西种群的核苷酸多态性最高，为0.004 5，14个棉铃虫种群的总体固定系数F_ST值为0.028，说明棉铃虫种群之间几乎没有遗传分化。GENEPOP分析表明种群间遗传距离和地理距离无显著相关性。表明山东省不同地区棉铃虫遗传分化较低，各地区种群间没有显著的遗传差异。     

内蒙古地区黄柳遗传多样性的RAPD分析

黄柳是内蒙古中东部地区重要的固沙先锋植物。采用RAPD分子标记技术,对内蒙古境内黄柳4个天然种群的遗传多样性和遗传结构进行了分析。用13个引物对4个种群的36个个体进行扩增,共检测到153个位点,其中有128个多态位点,多态位点百分比(PPB)达83.66%,种群内的多态位点百分比变化范围为88.24%-96.08%,说明黄柳种群的遗传多样性较为丰富。遗传分化系数(Gst=13.79%)表明黄柳的遗传变异主要以种群内的遗传变异为主(86.21%),种群间的基因流较大(Nm=3.13)。对黄柳种群间的遗传距离与地理距离做相关性分析,发现二者呈极显著正相关关系(r=0.953,P<0.01)。黄柳的繁育方式和种群间频繁的基因流等因素可能是造成上述结果的主要原因。应就地保护和合理利用黄柳的遗传资源,以维持其较高的遗传多样性。     

内蒙古亚洲小车蝗种群遗传多样性和遗传分化的ISSR分析（英文）

亚洲小车蝗Oedaleus asiaticus Bei-Bienko是我国北方草原和农牧交错区的主要害虫。为评价内蒙古地区亚洲小车蝗种群的遗传多样性和遗传分化,应用ISSR标记方法对内蒙古15个亚洲小车蝗种群遗传多样性及遗传分化进行了分析。结果表明,7条引物扩增出85条ISSR条带,均为多态性条带。多态性比例(P)、Nei’s遗传多样性指数(H)和香农多样性指数(I)分别为82.59%、0.2319和0.3421,表明亚洲小车蝗种群具有较高的遗传多样性。基因流(Nm)和基因分化系数(Gst)分别为1.2298和0.3352,表明亚洲小车蝗不同地理种群具有明显的遗传分化。遗传距离与地理距离呈极显著正相关关系。表明地理距离和地形差异可能是形成亚洲小车蝗种群遗传分化的主要原因。