东海海区东方鲀属鱼类的杂交现象

从东海海区采集的15尾东方鲀属鱼类中的11尾个体,兼具点状和条状花纹,很可能是东方鲀属鱼类的杂交后代。线粒体基因COⅠ显示这些个体与菊黄东方鲀(Takifugu flavidus)和双斑东方鲀(T.bimaculatus)关系最为接近,然后是横纹东方鲀(T.oblongus),最后是暗纹东方鲀(T.obscurus)。利用EPIC标记(Exon-primed intron-crossing markers)技术调查了此15尾个体及本实验室收集的菊黄东方鲀、双斑东方鲀和暗纹东方鲀的内含子序列,显示此15尾个体与菊黄东方鲀、双斑东方鲀和暗纹东方鲀关系均非常接近,难以区分。进一步通过比较此15尾东方鲀属鱼类的体色以及背鳍、臀鳍和胸鳍的鳍条数,可以明确这些个体中至少部分是菊黄东方鲀与双斑东方鲀、或与暗纹东方鲀、或与横纹东方鲀的杂交体,但也不排除部分个体是横纹东方鲀与菊黄东方鲀、或与双斑东方鲀、或与暗纹东方鲀的杂交体,表明东海海区存在东方鲀属的杂交体或天然杂交现象。     

豫北泥鳅线粒体DNA 16S rRNA和12S rRNA基因序列的遗传多样性分析

为了评价豫北地区泥鳅种质资源的多样性,以采自新乡地区泥鳅种群中的11个个体为材料,利用PCR技术扩增其线粒体16S rRNA和12S rRNA基因的部分序列,利用 Clustalw 2．0和DNAsp 4．10软件分析了不同个体间的差异和遗传多样性。结果表明：16S rRNA和12S rRNA基因种内个体间的差异分别为0．25％和0．97％,二者的分化程度较低;16S rRNA的进化速度约为12S rRNA基因的4倍。16S rRNA和12S rRNA种群群体的单倍型间平均遗传距离分别为0.0027、0.0016,单倍型多样度指数分别为0.873、0.327,核苷酸多样性指数分别为0.00265和0.00081,平均核苷酸差异数分别为1.636和0.327。可见,豫北泥鳅种群具有较低的遗传多样性。     

暗纹东方鲀leptin基因的克隆、SNP筛选及其与生长性状的关联分析

为明确暗纹东方鲀Takifugu obscurus瘦素(Leptin)基因的基本性质,并探究leptin基因的多态性及其与暗纹东方鲀生长的相关性,随机选择6尾健康的3月龄暗纹东方鲀幼鱼作为基因克隆的试验样本,采用RT-PCR方法克隆leptin基因的cDNA序列,随机选择同期繁殖、同塘养殖的178尾8月龄鱼,采用直接测序法筛选leptin基因中与生长相关的SNP位点。结果表明:克隆得到的leptin cDNA序列长为661 bp,包括459 bp的开放阅读框,共编码152个氨基酸,Leptin氨基酸序列含19个氨基酸的信号肽序列,推测该蛋白为亲水的稳定蛋白;暗纹东方鲀Leptin氨基酸序列与红鳍东方鲀Leptin氨基酸序列一致性最高,为96.7%,与不同种属的其他鱼类相似性较低,与草鱼氨基酸序列的一致性仅为25.25%,但不同物种的Leptin存在较高的三级结构相似性;在暗纹东方鲀leptin基因上筛选得到2个分型稳定的SNP位点(T24G、T193A),其中,T24G位点不同基因型个体间的体质量存在显著性差异(P<0.05),GG基因型个体体质量显著小于TG和TT基因型(P<0.05);将2个SNP位点的不同基因型进行组合,经关联分析获得优势双倍型D5,D5型个体的3个生长性状值最高,体质量显著高于D2、D4型个体(P<0.05),极显著高于D6型个体(P<0.01),体长和体全长显著高于D6型个体(P<0.05)。研究表明,T24G位点的TG和TT基因型及双倍型D5是暗纹东方鲀优势生长的基因型,可作为暗纹东方鲀辅助育种的候选分子标记。     

暗纹东方鲀HTR4基因的分子特征及其生长相关SNP位点筛查

【目的】明确暗纹东方鲀（Takifugu fasciatus）5-羟色胺受体4（5-hydroxytryptamine receptor 4，HTR4）的分子结构、表达特征和功能，并探究HTR4基因SNP位点与暗纹东方鲀生长的相关性。【方法】采用分段克隆方法,分别扩增HTR4基因的3′RACE、5′RACE以及中间保守区域，将其拼接后获得暗纹东方鲀HTR4基因cDNA全长序列，对其进行生物信息学分析；利用实时荧光定量PCR技术，分析HTR4基因在暗纹东方鲀脑、肾脏、肝脏、脾脏、心脏、卵巢、中肠、鳃、皮肤和肌肉等10种组织中的分布，以及其在卵巢5个不同发育时期（Ⅰ~Ⅴ期）的脑、肾脏、肝脏、脾脏、心脏、中肠、鳃和肌肉等8种组织中的表达模式；利用Sanger测序法，筛查HTR4编码区生长性状相关的SNP位点。【结果】暗纹东方鲀HTR4 cDNA全长2 302 bp，开放阅读框长度为1 170 bp，共编码389个氨基酸，包含5个外显子；氨基酸序列比对及系统进化树分析结果显示，暗纹东方鲀与红鳍东方鲀HTR4的一致性最高（99.53%），亲缘关系最近；三维结构预测显示，HTR4蛋白在鱼类中较为保守。荧光定量PCR结果表明，HTR4基因在暗纹东方鲀10个不同组织中均有表达，其中在脑组织表达量最高，其次是中肠，肌肉组织表达量最低；HTR4基因在卵巢5个不同发育时期的8个不同组织中均有表达，其中在卵巢发育的Ⅳ时期表达量最高。SNP位点筛查结果表明，暗纹东方鲀HTR4基因第4外显子1 202 bp处存在1个同义突变SNP位点（c.1202 C>G），关联分析表明该位点与暗纹东方鲀肥满度性状显著相关（P<0.05），其中CC基因型个体肥满度较高。【结论】HTR4基因在暗纹东方鲀生长发育中发挥了重要作用，可作为优良候选基因，在一定程度上可为暗纹东方鲀生长性状新品种的选育提供分子标记。     

梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的比较分析

运用PCR技术,扩增了梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段,并比较分析了其种间的序列差异。获得16S rRNA基因的540～560 bp碱基序列,出现26个碱基的插入与缺失位点;获得COⅠ基因的602～604 bp碱基序列,出现2个插入缺失位点;16S rRNA和COⅠ基因的序列中G平均含量最低,且（A＋T）含量高于（G＋C）含量,与其他鱼类中的16S rRNA和COⅠ基因片段研究结果相一致。在16S rRNA基因片段中,梭鱼出现1种单倍型,鲻鱼为2种单倍型;在COⅠ基因片段中,梭鱼样品中检测到3个单倍型,鲻鱼样品中检测到5个单倍型。以Takifugu poecilonotus为外群,构建的NJ系统发育树,基于16S rRNA和COⅠ基因序列获得的NJ系统树基本一致,鲻鱼和梭鱼种内个体分别聚为一支,显示16S rRNA和COⅠ基因适合于梭鱼和鲻鱼的物种鉴定。     

两种养殖模式下的暗纹东方鲀肌肉营养成分比较

采用生化分析方法对暗纹东方鲀单养（单养组）和暗纹东方鲀-凡纳滨对虾-空心菜生态立体种养（种养组）两种养殖模式下的暗纹东方鲀肌肉进行营养成分分析和比较。结果显示：两种养殖模式下暗纹东方鲀肌肉中常规营养成分、氨基酸组成和含量及脂肪酸组成差异不显著；单养组C16∶1、C18∶1n9c含量和单不饱和脂肪酸总量（∑MUFA）显著高于种养组；种养组多不饱和脂肪酸总量（∑PUFA）显著高于单养组。说明不同养殖模式对暗纹东方鲀肌肉中MUFA、∑MUFA及∑PUFA产生显著影响。     

Cyt b和12S rRNA基因进化速度对构建系统进化树的影响

[目的]论证线粒体Cyt b和12S rRNA基因不同进化速率影响构建的系统树拓扑结构。[方法]从GenBank下载了蛇亚目12科15种蛇线粒体全序列,提取Cyt b和12S rRNA基因序列,选用GTR＋I＋G核苷酸替代模型,基于最大似然法,用PAUP4.0软件分别构建2个基因的系统关系树。[结果]在选用相同的软件、建树方法和研究物种的情况下,构建的系统树拓扑结构差异主要是因为线粒体Cyt b和12S rRNA基因进化速率不同产生的。[结论]在分子系统进化研究中,要针对不同的研究物种和研究目的,选择合适的基因构建系统进化树。     

3个线粒体基因在红鳍东方鲀和暗纹东方鲀中的比较分析

由于形态学无法更精准地鉴别部分红鳍东方鲀和暗纹东方鲀,因此需要通过分子手段鉴别此类无法直观辨认的东方鲀。该研究以15尾红鳍东方鲀和30尾暗纹东方鲀为材料,使用NCBI上红鳍东方鲀和暗纹东方鲀的线粒体全基因组中3个基因COⅠ、COⅡ、COⅢ保守区域通过Primer 5.0进行引物设计。将45个样品在摸索得到的最适条件下进行扩增并测序,对测序结果进行检验,分析种间差异并进行碱基组成性分析,得出COⅠ上有9个SNPs,COⅡ上有4个SNPs,COⅢ有10个SNPs,使用MEGA-X进行进化树分析得出,该研究所设计的引物可以有效地鉴别2种东方鲀。     

暗纹东方纯微卫星筛选和群体遗传多样性分析

为了解长江野生暗纹东方纯群体遗传多样性现状,采用已发表的16对红鳍东方鲀微卫星引物对暗纹东方鲀基因组DNA进行PCR扩增,结果有10对微卫星引物(占总数62.5％)能扩增出特异性条带.利用这10对微卫星引物对采自长江常熟江段30尾暗纹东方纯群体进行扩增分析,共获得51个等位基因,每个位点等位基因数在2到10之间,平均为...     

暗纹东方鲀几种组织中可培养细菌的组成分析

采用16S rDNA特征序列PCR-DGGE法,分析了不同饵料饲养的暗纹东方鲀的表皮、肠道和河鲀毒素累积组织(肝和卵巢)中可培养细菌的群落组成.根据分子系统发育分析,共鉴定出45种可培养细菌,在这些细菌中,以变形细菌的gamma亚群占多数,其它分别隶属于低GC含量革兰氏阳性菌和高GC含量革兰氏阳性菌.摄食不同饵料的暗纹东方鲀,其肠道、表皮或河鲀毒素累积组织中的细菌菌落组成是不同的,但不管是摄食人工配合饲料或天然饵料,在暗纹东方鲀的肠道、表皮或河鲀毒素累积组织中,均发现已有报道的可产河鲀毒素的细菌类群,表明饵料来源对暗纹东方鲀的河鲀毒素产生不是必需的.     

棉蚜种群数量的动态分析

【目的】为棉蚜防治提供参考依据。【方法】于1990-04~10对大田棉蚜种群数量进行调查统计,对棉蚜种群数量的周期性及趋势性进行分析。【结果】棉蚜种群数量的趋势性曲线可以用一个多项式来拟合;棉蚜的在一年之内的周期可以分为两段:前55 d可看作一个周期,后128 d可看作一个周期,并根据周期相角重新给出棉蚜种群数量的周期函数。【结论】建立了棉蚜种群数量的一般动态模型,该模型由趋势项和周期项组成。     

约束选择指数的通径分析及决策分析

建立了约束选择指数的通径分析化模型,分析其实质为约束选择指数的相关遗传力分解模型。进而运用通径分析的决策分析方法对约束选择指数进行决策分析,定义各性状对聚合遗传值的决策系数,各性状的决策系数代表其对聚合遗传值的综合决定作用。通过各性状的决策系数可以确定主选性状、限制性状和辅助性状, 使育种者在育种时,可直接选择个体的表型就能达到使复合育种值进展最大的目的。     

Microcomputers and phylogenetic analysis

The programs discussed above show how microcomputers have added to the arsenal of systematic biologists. This is a rapidly developing field, and there are no doubt major changes on the horizon. Swofford is working on a new version of PAUP that will have some of the interactive features of MacClade (and will not require a math coprocessor) and there are efforts under way to make PAUP available on Macintosh. PHYLIP has undergone a steady evolution since its release, and Felsenstein has plans to continue that policy. A microcomputer descendant of the large mainframe program PHYSYS, authored by James S. Farris, is supposed to be forthcoming before the end of the year. Just as this review was being completed, J. Rohlf and R. Sokal of the State University of New York at Stony Brook unveiled a beta-test microcomputer version of their phenetic program package, NT-SYS. Inasmuch as it was not in release form and does not include algorithms specifically designed to do phylogenetic analysis, it has not been included here (although some phenetic techniques, such as UPGMA, produce results similar to parsimony trees under certain assumptions).     

竹子栽培文献计量分析与可视化图谱分析

采用文献计量学方法,对Web of Science核心版收录的1980-2014年间发表的竹子栽培研究的文献进行了全面的统计分析,通过CitespaceⅡ软件,从文献共被引的角度对文献作者聚类、研究机构聚类、关键词共现等作可视化图谱分析。分析结果表明:①中国、印度、日本和美国是竹子栽培研究的主要国家,中国在该领域研究具有绝对的优势和地位;②中国科学院、浙江农林大学、中国林业科学研究院等单位为竹子栽培研究发文量最多的几个机构,其中以中国科学院的国际合作度和影响力最大,这些机构走在了国际竹子栽培研究的前列;③学者多从竹子组织培养、快速繁殖、植株再生、体外开花、基因与克隆、生长模式与因素等方面展开研究;④竹子基因组序列、系统发育、基因鉴定等代表着竹子栽培研究的新的热点和方向。图7表6参7     

番茄果实硬度与多个性状间相关分析及通径分析

番茄果实硬度是番茄重要商品性状之一。为选育硬度较高番茄品种,文章分析硬度差异较大的两种番茄杂交后代F2,测量F2代380株番茄果实横径、纵径、果形指数、心室数、果肉厚等形态性状及可溶性固形物、果实硬度、果肉硬度、黏度、单果重等品质性状,对番茄硬度与其他品质及形态性状作相关分析及通径分析。结果表明,果肉硬度、可溶性固形物、果形指数、果肉厚、纵径与果实硬度呈正相关,心室数、黏度、横径、单果重与果实硬度呈负相关,且表型相关和遗传相关基本一致,其中果肉硬度、可溶性固形物对番茄果实硬度贡献呈极显著正效应,心室数、黏度对番茄果实贡献呈极显著负效应。     

运用聚类分析和主成分分析筛选猪的血清指标

对猪的16个生物学指标进行了聚类分析和主成分分析。结果表明,首选磷酸肌酸激酶为测定比较指标,其次是乳酸脱氢酶和游离脂肪酸,根据测定程序和研究深度可进一步考虑测定5′-核苷酸酶,谷胱甘肽-S转移酶、谷丙转氨酶等指标。由此可以根据聚类分析和主成分分析的分类结果。只测定有“代表性”的指标,而不需要测定所有指标。将两种分析方法一致筛选出的磷酸肌酸激酶、乳酸脱氢酶、5′-核苷酸酶和游离脂肪酸作为血清代表性指标,建立肉质性状与生物学指标的最优回归方程,预测猪的肉质性状。     

茄子形态学性状主成分分析及聚类分析

对55个茄子种质资源的植株、果实等18个形态学性状进行了主成分和聚类分析.结果表明,果型指数变异系数较高,为74.41%,果形指数、主茎颜色、果表色、果实纵径、果实横径是茄子形态学变异的主要来源;果形因子、生长势因子、熟性因子、外观品质因子、光合因子和单果重6个主成分代表81.071%变异;依据种质问遗传距离将供试材料聚为圆茄、卵圆茄和长茄3个大类群.     

Alignment uncertainty and genomic analysis

The statistical methods applied to the analysis of genomic data do not account for uncertainty in the sequence alignment. Indeed, the alignment is treated as an observation, and all of the subsequent inferences depend on the alignment being correct. This may not have been too problematic for many phylogenetic studies, in which the gene is carefully chosen for, among other things, ease of alignment. However, in a comparative genomics study, the same statistical methods are applied repeatedly on thousands of genes, many of which will be difficult to align. Using genomic data from seven yeast species, we show that uncertainty in the alignment can lead to several problems, including different alignment methods resulting in different conclusions.