脊尾白虾对低盐胁迫响应的转录组学分析

转录组测序可在各种环境条件下对物种进行高通量测序,通过基因结构分析和功能注释,探讨特定条件下相关基因的功能和表达情况。该研究分别获取低盐胁迫组(盐度0.2)和自然海水组(盐度31)脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)样品,通过Illumina平台进行转录组测序,获得13.92 Gb高质量测序数据,组装得到111 618条转录本和72 734条Unigenes,其中有22 879条Unigenes得到注释,比对到Nr数据库的Unigenes为21 931条;筛选出1 492条脊尾白虾低盐胁迫差异显著表达基因,包括829条上调基因和663条下调基因,其中有810条差异表达基因得到注释。通过差异表达基因GO功能注释和富集分析及KEGG通路富集分析,锁定大量脊尾白虾在自然海水和淡水环境下的差异表达基因,为深入探讨脊尾白虾在低盐胁迫条件下的生理保护机制提供了技术支撑。     

低盐度养殖脊尾白虾试验

转录组测序可在各种环境条件下对物种进行高通量测序,通过基因结构分析和功能注释,探讨特定条件下相关基因的功能和表达情况。该研究分别获取低盐胁迫组 (盐度0.2) 和自然海水组 (盐度31) 脊尾白虾 (Exopalaemon carinicauda) 样品,通过Illumina平台进行转录组测序,获得13.92 Gb高质量测序数据,组装得到111 618条转录本和72 734条Unigenes,其中有22 879条Unigenes得到注释,比对到Nr数据库的Unigenes为21 931条;筛选出1 492条脊尾白虾低盐胁迫差异显著表达基因,包括829条上调基因和663条下调基因,其中有810条差异表达基因得到注释。通过差异表达基因GO功能注释和富集分析及KEGG通路富集分析,锁定大量脊尾白虾在自然海水和淡水环境下的差异表达基因,为深入探讨脊尾白虾在低盐胁迫条件下的生理保护机制提供了技术支撑。

     

低氧–复氧对脊尾白虾呼吸代谢和抗氧化酶活力的影响

以静室呼吸耗氧–复氧为实验组,持续充气组为对照组。于0、1、2、4、5 h及复氧1、4、8 h检测并分析了水体溶解氧(DO)和脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)组织主要呼吸代谢及抗氧化酶活力。结果显示,随着时间的延长,实验组DO不断降低,且显著低于对照组(P<0.05)。脊尾白虾鳃、肝胰腺和肌肉细胞色素C氧化酶(CCO)、琥珀酸脱氢酶(SDH)活力降低;乳酸脱氢酶(LDH)、延胡索酸还原酶(FRD)活力升高,SDH/FRD值降低。复氧后,3种组织SDH、LDH和FRD活力恢复至对照组,肌肉CCO活力升高,在复氧8 h时低于对照组(P<0.05);SDH/FRD值升高。随着时间的延长,3种组织超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)、谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)和谷胱甘肽S转移酶(GST)活力均先升后降,但肝胰腺的过氧化物酶(POD)活力降低,而在鳃和肌肉中呈波动性变化;复氧后,3种组织SOD、CAT、GPX和GST活力均恢复至对照组水平,但鳃和肌肉的POD在复氧8 h时均低于对照组(P<0.05)。研究表明,随着DO的降低,脊尾白虾有氧代谢逐渐降低,无氧代谢逐渐升高。复氧后,有氧代谢能力又逐渐恢复。上述抗氧化酶可能在脊尾白虾应对低氧-复氧中产生的氧化损伤发挥着重要作用。     

脊尾白虾杆状病毒病研究

脊尾白虾是一种野生的经济虾类，广温，广盐，杂食性，分布面极广，繁殖季节长。我们已在其病虾的肌肉，中肠等组织中发现Ｃ亚群杆状病毒，其形态结构及宿主的细胞病理学特征均与引起中国对虾，长毛对虾，日本对虾等养殖对虾病毒性流行病的Ｃ亚群杆状病毒类同。由此认为，脊尾白虾是我国养殖对虾病毒性流行病病原的常年媒介体。     

脊尾白虾家系育苗试验

采用天然纳苗获得的脊尾白虾,经人工强化培育后挑选健康强壮的个体作为亲本,进行家系配对人工育苗.试验设9组,亲虾抱卵孵化后采用小水体培育幼体,幼体初期投喂螺旋藻粉.平均育成率达到67.49%,最高育成率达到73.91%.     

脊尾白虾人工繁育试验

取杭州湾捕得的脊尾白虾抱卵虾,放在小型水泥池中孵化释放,有效孵化率约７０％,孵化的幼体,前期用硅藻和鸡蛋黄作开口饵料,中后期用卤虫幼体和鸡蛋黄,仔虾成活率可达６１％。试验表明,繁育季节选择在５月份以后,水温２５℃左右为好,在此条件下约需１５ｄ出苗,每千克亲虾平均可育出１２．３万尾仔虾。     

沿海滩涂脊尾白虾池塘繁育技术

脊尾白虾（Ｐ．Ｃａｒｉｎｉｃａｕｄａ）是我国沿海的重要经济虾类,由于其肉质细嫩、味道鲜美、营养丰富而深受消费者喜爱。加之这种虾具有环境适应性强、食性杂、生长快和易于繁殖等特点越来越受到水产养殖者的重视。早期这种虾多在沿海港湾养殖,进而又在对虾养殖池中作为搭配品种进行轮养,都取得了显著的经济效益。随着沿海滩涂的开发和大面积框围水面水产养殖业的发展,脊尾白虾的人工养殖规模也在逐年扩大。在这种形势下仅仅依赖捕捞天然虾苗已不能满足生产发展的需要,而工厂化育苗由于受设备条件的限制和养殖成本的制约,近期内作…     

脊尾白虾养殖技术研究

综述了脊尾白虾池塘养殖、秋冬季养殖、混合养殖和低盐度养殖等各种模式的养殖技术以及对脊尾白虾营养生理的研究情况,指出了目前我国脊尾白虾养殖中存在的主要问题,并提出了以后的研究方向。     

脊尾白虾秋季投饵养殖试验

脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)又称白虾,是浙江沿海白虾属中数量最大的种群.具有繁殖力强(一年内可数次产卵),生长速度快(一年可多次养殖),食性杂等特点.味道鲜美,是群众喜食的美味佳肴,具有极高的经济价值,市场供不应求,已成为沿海内塘、低坝高网养殖首选种类之一.     

对虾塘轮养脊尾白虾

<正> 舟山对虾一般10月份左右起捕,次年4～5月份放养,蚂蚁岛三八虾场利用对虾塘这段空闲时间轮养脊尾白虾(Palaemoncarinicauda)仅仅40余天,获得亩产105公斤成果。该场在1987年起捕对虾时,筛选了0.5厘米长脊尾白虾小苗50公斤,约计800～1000万尾,于10月10日放养在塘深为1.5～     

蒽对脊尾白虾存活和免疫的影响

以脊尾白虾(Palaemon carincauda)为研究对象进行葱的毒性试验,设置0、6、9、12、15、18、21和24 mg/L 8个处理,每个处理设3个重复,每个重复10只白虾,96小时试验结果发现,蒽对白虾的24小时半致死浓度为19.62 mg/L、48小时半致死浓度为15.61 mg/L、72小时半致死浓度为11.18 mg/L、96小时半致死浓度为7.21 mg/L,安全浓度为2.95 mg/L。之后在蒽安全浓度下胁迫脊尾白虾,设2个处理,每个处理3个重复,每个重复60只白虾,使用相关酶活性试剂盒测定脊尾白虾0、3、6、12、24、48、96和192小时的超氧化物歧化酶活性、总抗氧化能力、过氧化物酶活性和丙二醛含量,结果发现随着时间的推移,虾体内超氧化物歧化酶活性先升高然后逐渐降低,丙二醛含量上下波动无明显变化,总抗氧化能力先升高后逐渐减小,过氧化物酶活力在波动中逐渐上升。总的来说,蒽会降低脊尾白虾的免疫调节能力。     

低氧胁迫下中华圆田螺的肝脏转录组学分析

为了探究低氧胁迫下中华圆田螺(Cipangopaludina cathayensis)肝脏组织基因的差异表达,本研究通过高通量测序技术,分析中华园田螺低氧胁迫组(2.5 mg/L)和常氧组(6.9 mg/L)某些基因的差异表达,并对差异基因进行生物信息学分析,进一步采用实时荧光定量PCR (RT-qPCR)对关键差异表达基因进行验证。结果显示,测序共获得232 379条基因(unigenes),与对照组比较,低氧胁迫组筛到176个差异基因,包含64个上调基因和112个下调基因。GO功能注释分析显示,差异基因主要富集在生物学过程中的几丁质代谢过程和含氨基葡萄糖的复合代谢过程,细胞组分中的胶原三聚体成分,分子功能中的几丁质结合功能和糖衍生物结合功能。KEGG通路富集分析显示,差异基因主要集中于环境信息处理、遗传信息处理、代谢和生物系统这4大类通路。6个关键差异基因的RT-qPCR结果显示,热休克蛋白70B2和热休克蛋白β-6基因表达量上调,几丁质酶蛋白4、α-1胶原蛋白(XIV)、α-4胶原蛋白(XIV)、5-磷酸酶蛋白基因表达量下调,证实了转录组测序结果的可靠性。本研究发现,低氧胁迫激活了中华圆田螺适应缺氧的生理活动,并获得了低氧胁迫下中华圆田螺肝脏组织中相关功能基因的表达信息,为深入研究中华圆田螺响应低氧胁迫的调控机制提供了基础数据和理论依据。     

新型风味素对养殖脊尾白虾海鲜风味的影响

运用感官分析和GC/MS技术研究了两种新型海洋风味素对养殖脊尾白虾的感官特征和海鲜风味的影响,以及在暂养过程中的吸收规律。在脊尾白虾室内暂养的饲料中添加从海藻中提取的两种新型风味素DBP和TBP,经过一段时间的暂养后分别测定其体内的风味素含量,并进行感官分析,对各个实验组的明度、色调、香味、风味、异味、滋味、味觉、弹性和嫩度等感官指标进行分析比较、打分,并对虾的色泽、嗅觉、味觉、触觉等感官特征进行整体的描述与评价。结果表明:脊尾白虾能通过饲料添加的途径吸收一定浓度的风味素,两种风味素在脊尾白虾体内的累积能力各不相同。在实验条件下,脊尾白虾肉中风味素TBP的最大累积量为754.5ng·g-1,而对DBP的最大累积量为172.2ng·g-1。感官分析表明,通过在暂养过程中添加适量的风味素TBP可提高脊尾白虾的总体口感和海鲜风味。在脊尾白虾肉中的TBP含量在162.6～451.8ng·g-1时,脊尾白虾具有最好的口感和海鲜味。     

高温胁迫条件下大菱鲆肾脏转录组研究

为探索大菱鲆(Scophthalmus maximus)耐高温的分子机制,筛选耐高温相关基因,采用高通量测序平台(IlluminaHiSeq-2500)分别对5个不同高温处理组的大菱鲆肾脏组织开展转录组测序,进行生物信息学分析,包括GO(基因功能注释)、SSR(简单重复序列)分析等。结果显示,通过组装得到Unigenes总数目为68525,长度范围为201~23456 bp,平均长度为1124 bp,N50长度为2316 bp。将Unigenes分别在Nr、Swissprot、KEGG、KOG、GO数据库进行序列比对及功能注释,共注释25498条,其中,Nr数据库注释到的Unigenes最多;按GO功能分类,共分为细胞组分、分子功能及生物学过程3类,包括56个功能组,其中,大量Unigenes与细胞进程、代谢过程、催化活性、生物调节、应激反应相关。将Unigenes进行pathway注释,归属于218条代谢通路,分为5类KEGG途径：代谢途径、遗传信息处理、细胞过程、环境信息和生物系统。进行转录因子分析,共检测到65类转录因子,其中,C2H2锌指蛋白家族的基因数目最多。通过对不同温度胁迫下基因表达谱结果进行分析,不同温度组之间存在着显著差异,在不同温度胁迫组中,20℃组与28℃组存在差异最大,差异基因达到4734个,其中,上调基因3386个,下调基因1348个。本研究建立了大菱鲆热应激肾脏转录组数据库,为大菱鲆高温胁迫分子机理研究提供了参考数据。     

长期高碱胁迫下凡纳滨对虾基因表达差异研究

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)具有较强的环境适应能力,对盐碱水环境有一定的耐受性,但在高pH、高碱环境下的存活率不稳定。为探究凡纳滨对虾对长期高碱胁迫的响应机制,本研究以低碱对照组(LSW：碳酸盐碱度为3 mmol/L,盐度为6,pH为8.1)和高碱胁迫组(AW：碳酸盐碱度为10 mmol/L,盐度为6,pH为8.8)养殖42 d的凡纳滨对虾肠道和鳃组织作为实验材料,通过Illumina平台进行转录组测序,对测序数据进行拼接、注释,进而筛选、分析高碱胁迫下的差异表达基因及调控通路并进行定量PCR验证。结果显示,2个组织共同差异表达基因有243个,其中,98个表达上调,145个表达下调。肠道中差异表达基因主要集中在糖代谢、碳水化合物消化吸收、胆汁分泌、ABC跨膜转运、紧密连接以及免疫调节等途径。鳃中差异表达基因主要集中在谷胱甘肽代谢、碳酸氢盐转运、精氨酸合成、糖代谢以及离子转运等相关途径。进一步筛选获得10个最显著的差异表达基因,经qRT-PCR验证发现,凡纳滨对虾鳃中碳酸酐酶(CA1、CA10)、蜕皮激素诱导蛋白(Eip74EF)、β-半乳糖基转移酶(UGT8)基因在高碱胁迫下均表达下调,而Na+/K+-ATPase-α (NKA-α)、Na+/K+ transporting ATPase interacting (NKAIN)、氨转运蛋白(Rhbg)、苹果酸脱氢酶(MDH)等基因表达上调,与转录组表达趋势一致,推测其可能参与了对虾高碱胁迫下的应激响应。凡纳滨对虾表现出较强的高碱适应性,可能是通过下调鳃中CA的表达,补偿体内碱中毒,上调Rh氨转运蛋白防止氨在体内积累,上调NKA相关基因维持体内渗透平衡;但蜕皮激素诱导蛋白(Eip74EF)显著下调,推测其蜕皮功能受到影响。本研究为深入探讨凡纳滨对虾在长期高碱胁迫条件下的生理响应机制提供了基础数据。     

四种常用渔药对秀丽白虾的急性毒性试验

在室内常温、静水条件下四种药物对太湖秀丽白虾的急性毒性大小依次为高锰酸钾>三氯异氰尿酸>硫酸铜硫酸亚铁合剂(5∶2)>二溴海因粉,其安全浓度分别为0.13、0.14、0.62、21mg/L。高锰酸钾及三氯异氰尿酸对秀丽白虾的毒性较大且安全浓度较低,应慎用。二溴海因毒性最弱,是秀丽白虾疾病防治的良好药物。     

豹纹鳃棘鲈差异流速下肝脏转录组分析

水流速度是影响鱼类生长的重要环境因子之一.为探究豹纹鳃棘鲈(Plectropomus leopardus)在不同流速条件下相关基因的功能和表达情况,利用RNA-Seq技术对差异流速下的豹纹鳃棘鲈肝脏组织进行了转录组分析.挑选相同繁育批次中规格一致的豹纹鳃棘鲈幼苗,分别在正常流速(0.1 m·s?1,Low flow v...     

低氧胁迫下中华绒螯蟹血淋巴细胞的转录组学

为了探究低氧胁迫对中华绒螯蟹血淋巴细胞影响的分子机制,实验通过使用Nova Seq 6 000测序技术,检测了低氧组(1.5±0.5) mg/L和对照组(6.0±0.5) mg/L分别处理24 h后的中华绒螯蟹血淋巴细胞的转录组数据变化。首先,对测序得到的原始数据进行拼接、注释以及筛选,分析获得的128 614个转录本和128 614条基因,平均长度为2 634 bp (N50),Q30> 92%。其次,以1.2倍为阈值,共筛选出1 687个差异表达基因,其中上调基因899个,下调基因788个。GO和KEGG分析发现,低氧胁迫对中华绒螯蟹血细胞的三羧酸循环、糖酵解途径、ECM-受体相互作用、间隙连接、细胞凋亡、酚氧化酶系统以及其他免疫相关基因等产生了显著影响。最后,随机挑选转录组数据中的10个基因进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证,结果显示与转录组数据分析相一致,其中包括6个上调的基因：整合素1、铜/锌超氧化物歧化酶、磷酸肌醇3激酶、磷酸甘油酸突变酶2、PDGF/VEGF相关因子1和relish;4个下调的基因：无脊椎连接蛋白7、热休克蛋白90、线粒体ATP合成酶α和天...     

聚苯乙烯微塑料长期暴露对海水青鳉 (Oryzias melastigma) 亲代生长、繁殖及子代发育的影响

海水青鳉 (Oryzias melastigma) 作为雌雄异体的模式动物,在研究外来污染物毒性效应性别差异上具有优势。运用转录组学技术系统研究了雌、雄海水青鳉肝脏组织中的差异表达基因,结果显示雌、雄青鳉肝脏中共有1 351个显著差异表达基因,其中683个在雌鱼肝脏中高表达,668个在雄鱼肝脏中高表达。雌鱼肝脏中高表达的差异基因主要涉及生殖和性激素合成相关通路,如卵黄蛋白原和雌激素受体。雄鱼肝脏中高表达的差异基因主要涉及能量代谢、细胞骨架和肌肉收缩等相关生物过程,如丙酮酸激酶、肌酸激酶、肌球蛋白和肌钙蛋白等。实时荧光定量PCR验证结果显示,除DNA错配修复蛋白基因以外,其他17个基因差异表达倍数与RNA-seq对应基因差异表达趋势基本一致,表明转录组分析数据基本可靠。研究表明,雌、雄海水青鳉肝脏中基因表达具有差异调控模式,研究获得的差异基因和调控通路将为海水青鳉对外来污染物性别差异响应分子机制研究提供一定的理论基础。     

嗜水气单胞菌感染翘嘴鳜头肾转录组分析

嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)是严重危害翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)养殖生产的主要病原之一,为揭示嗜水气单胞菌感染翘嘴鳜后宿主基因表达水平的变化,筛选免疫相关基因,解析翘嘴鳜应答病原细菌感染的分子机制,本研究以病原嗜水气单胞菌感染翘嘴鳜,于感染24 h后,采集感染组与对照组翘嘴鳜头肾组织,采用Illumina Hiseq 2000进行了RNA-Seq分析,原始数据拼接后组装共获得53 040个单基因(unigene)。基因差异表达分析结果显示,感染组和未感染组翘嘴鳜存在526个差异表达基因,包括254个上调基因和272个下调基因,其中,免疫相关的显著上调的差异基因主要有炎症和免疫原性细胞因子白介素、补体系统、MHCⅠ型抗原提呈、溶菌酶、丝氨酸蛋白酶抑制因子、泛素蛋白连接酶等。GO富集分析发现,差异基因主要涉及免疫应答反应和炎症反应等,经KEGG富集分析显示,89个通路富集显著,免疫相关的代谢通路主要有内吞作用和吞噬体等。此外,实时荧光定量PCR验证结果表明,所选取7个差异表达免疫相关基因与RNA-seq结果具有相似的表达趋势。本研究为揭示翘嘴鳜对病原微生物感染的防御分子机制奠定了理论基础。