褪黑素合成酶AANAT/ASMT基因过表达绵羊生物安全评价研究

旨在研究乳腺过表达褪黑素合成酶基因AANAT和ASMT(HIOMT)绵羊的生物安全性,基于本实验室前期建立的乳腺过表达褪黑素合成酶基因AANAT和ASMT(HIOMT)绵羊模型,追踪阳性转基因绵羊的生长性状数据,分析血液及尿液生理生化指标,对肠道微生物、乳中褪黑素水平及乳成分进行检测。结果表明:1)阳性转基因绵羊0、6和12月龄的体重、体长、身高和胸围4项生长指标与普通绵羊均无显著差异(P0.05);2)阳性绵羊血液总蛋白、白蛋白、球蛋白、胆固醇含量和各类型细胞数量以及尿液中亚硝酸盐、蛋白质和葡萄糖含量等指标均属正常,且与普通绵羊均无显著差异(P0.05);3)菌群测序结果表明,阳性绵羊及普通绵羊肠道微生物群落组成及优势菌群均无显著差异(P0.05);4)转基因绵羊血液褪黑素表达水平与普通绵羊无显著差异(P0.05),夜间褪黑素水平显著高于白天(P0.05);乳中褪黑素水平极显著高于普通绵羊(P0.01),乳糖含量显著高于对照羊(P0.05),体细胞数极显著低于普通绵羊(P0.01)。综上所述,乳腺过表达AANAT和ASMT(HIOMT)转基因绵羊的生长发育、诸多生理生化指标、肠道微生物菌群等与对照组绵羊相比均无显著差异。此外,转基因绵羊乳中褪黑素和乳糖含量较高,体细胞数含量较低,可能是乳腺中褪黑素发挥抗炎作用,降低了乳中体细胞数。     

不同年龄奶水牛瘤胃菌群多样性研究北大核心CSCD

本研究旨在利用16S rRNA高通量测序技术分析不同年龄奶水牛瘤胃菌群多样性,探究其随年龄增长变化的规律。选择4个年龄组,即Y组(12月龄,胎次=0)、M组(3~5岁,胎次=1)、E组(6~8岁,胎次=2)和O组(9岁及以上,胎次≥3),各组奶水牛分别为9、7、4和5头,采集瘤胃液并提取总DNA,经PCR扩增后对16S rDNA的V3~V4区进行高通量测序。结果表明:alpha多样性分析结果发现,随着年龄增长,奶水牛瘤胃菌群数量呈现显著下降的趋势(P=0.07),菌属相对丰度显著减少(P<0.05);beta多样性分析发现,不同年龄奶水牛的瘤胃菌群结构存在明显的不同,并随年龄增加个体间的瘤胃菌群结构差异逐渐增大。门水平下,本试验所有年龄奶水牛瘤胃的优势菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria);属水平下,普雷沃氏菌属_1(Prevotella_1)相对丰度在4个年龄组均最高,优势菌属和次级优势菌属的相对丰度随奶水牛年龄的增长呈现相互聚拢的趋势。不同年龄奶水牛瘤胃中存在着差异显著的特征性菌属,12月龄奶水牛瘤胃中以乳酸菌属(Lactobacillus)和糖酵菌属(Saccharofermentans)为主,其相对丰度随着年龄增长而显著减少(P<0.05);3~5岁奶水牛瘤胃中则以未分类梭菌目菌属(unclassified_o_Clostridiales)和未排位双歧杆菌科菌属(norank_f_Bifidobacteriaceae)为主,相对丰度显著高于12月龄和9岁及以上年龄(P<0.05);9岁及以上年龄奶水牛瘤胃中的未分类普雷沃氏菌科菌属(unclassified_f_Prevotellaceae)和候选单胞生糖菌属(Candidatus_Saccharimonas)相对丰度高于12月龄和3~5岁。共性网络物种关联分析结果显示,奶水牛瘤胃菌群间的相关性和紧密性随着年龄增加而逐渐下降。综上所述,随着奶水牛年龄增长,其瘤胃菌群数量和相对丰度显著减少,优势菌群和亚优势菌群呈现一定的年龄特征变化;奶水牛瘤胃存在着一些年龄特征菌属,其菌群结构紧密性随年龄增加而减弱,表明宿主年龄增长可影响瘤胃菌群结构和功能的稳定。     

瘤胃保护性5-羟基色氨酸对绵羊肠道内容物褪黑素含量及菌群结构的影响

本试验旨在研究不同水平瘤胃保护性5-羟基色氨酸对绵羊胃肠道内容物中褪黑素含量及细菌多样性的影响,探究通过5-羟基色氨酸调节绵羊胃肠道细菌多样性的可能性。试验选取3岁、平均体重为(47.79±3.70)kg的健康哈萨克母羊15只,按体重相近原则随机分为3组,每组5只,分别为对照组和Ⅰ、Ⅱ组,每天每只羊的粉状精料饲喂量为1.2%(以体重计),玉米青贮为1.8 kg,混合干草自由采食,在此基础上,Ⅰ、Ⅱ组试验羊分别饲喂111、222 mg/(kg·BW)瘤胃保护性5-羟色氨酸,进行25 d的饲养试验。试验结束当天晨饲后6 h后立即宰杀全部绵羊,取其空肠、回肠、结肠、盲肠内容物测定褪黑素含量及菌群结构。结果表明,Ⅰ组结肠内容物,Ⅱ空肠、结肠内容物中褪黑素含量均极显著高于对照组(P<0.01),Ⅰ、Ⅱ组回肠、盲肠内容物中褪黑素含量均低于对照组,但差异不显著(P>0.05)。Ⅰ、Ⅱ组空肠和盲肠内容物细菌菌群ACE、Chaol指数均低于对照组(P>0.05)。3组盲肠、结肠内容物中细菌多样性在门、属水平上均无显著差异(P>0.05)。而与对照组相比,Ⅰ组空肠内容物细菌中厚壁菌门相对丰度显著增加(P<0.05),无壁菌门相对丰度显著降低(P<0.05);在属水平上,Ⅱ组空肠内容物中Aeriscardovia属相对丰度显著增加(P<0.05)。在回肠内容物中,Ⅰ、Ⅱ组疣微菌属Ruminococcaceae-NK4A214相对丰度显著高于对照组(P<0.05),而梭状芽胞杆菌属、Romboutsia的相对丰度均显著低于对照组(P<0.05)。综上所述,瘤胃保护性5-羟基色氨酸使成年绵羊结肠内容物中褪黑素含量增加,但对肠道菌群多样性无显著影响。     

四川白鹅不同肠段菌群多样性比较研究

试验利用Illimina MiSeq高通量测序对70日龄四川白鹅十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物进行微生物多样性分析。结果显示:①4个肠段微生物群落的α多样性(菌群丰度上)存在显著差异(P0.05);②4个肠段的菌群结构在6个菌门和13个菌属的相对丰度存在显著差异(P0.05);③盲肠微生物在7个菌属(脱硫弧菌属、拟杆菌属、拟杆菌属、相炭疽杆菌属、瘤胃球菌属、韦荣球菌属和Butycricimonas菌属)的相对丰度都显著高于其他3个肠段(P0.05),但是空肠的链球菌属和回肠的SMB53菌属的相对丰度均显著高于其他3个肠段(P0.05)。结果提示:鹅不同肠段的菌群组成存在显著差异,回肠和空肠微生物都参与粗纤维的消化,盲肠消化粗纤维的能力要强于其他3个肠段。     

放牧条件下补充酵母硒对绵羊胃肠道微生物区系的影响

【目的】探讨放牧条件下补充酵母硒对绵羊胃肠道微生物区系的影响。【方法】选择体重相近、健康的7～8月龄杜泊寒羊14只,采用单因素完全随机试验设计分成两组,每组7只。一组为对照组,不添加硒,另一组为硒添加组,硒(酵母硒)添加水平为0.2 mg/d。在自然放牧条件下进行为期30 d的饲养试验,分别于试验第15和30天采集瘤胃液和粪样,采用16S rRNA测序方法分析绵羊瘤胃以及后肠道微生物区系的变化。【结果】主坐标分析结果表明,补硒第30天后两组绵羊瘤胃及后肠道微生物在OTU和属水平上具有显著的组间差异(P<0.05)。物种差异判别分析结果表明,饲养第15天时在门和属水平有8种瘤胃微生物具有显著的组间差异(P<0.05),但这些物种的丰度均低于1%;饲养第30天时在门和属水平上有17种瘤胃微生物具有显著的组间差异(P<0.05),其中相对丰度大于1%的有厚壁菌门、拟杆菌门、普雷沃氏菌属1、瘤胃球菌科NK4A214、拟杆菌目BS11;与对照组相比,硒添加组瘤胃中厚壁菌门、瘤胃球菌科NK4A214、拟杆菌目BS11的相对丰度显著提高(P<0.05),拟杆菌门、普雷沃氏菌属...     

瘤胃保护性5-羟基色氨酸对绵羊肠道内容物褪黑素含量及菌群结构的影响

本试验旨在研究不同水平瘤胃保护性5-羟基色氨酸对绵羊胃肠道内容物中褪黑素含量及细菌多样性的影响,探究通过5-羟基色氨酸调节绵羊胃肠道细菌多样性的可能性。试验选取3岁、平均体重为(47.79±3.70)kg的健康哈萨克母羊15只,按体重相近原则随机分为3组,每组5只,分别为对照组和Ⅰ、Ⅱ组,每天每只羊的粉状精料饲喂量为1.2%(以体重计),玉米青贮为1.8 kg,混合干草自由采食,在此基础上,Ⅰ、Ⅱ组试验羊分别饲喂111、222 mg/(kg·BW)瘤胃保护性5-羟色氨酸,进行25 d的饲养试验。试验结束当天晨饲后6 h后立即宰杀全部绵羊,取其空肠、回肠、结肠、盲肠内容物测定褪黑素含量及菌群结构。结果表明,Ⅰ组结肠内容物,Ⅱ空肠、结肠内容物中褪黑素含量均极显著高于对照组(P0.01),Ⅰ、Ⅱ组回肠、盲肠内容物中褪黑素含量均低于对照组,但差异不显著(P0.05)。Ⅰ、Ⅱ组空肠和盲肠内容物细菌菌群ACE、Chaol指数均低于对照组(P0.05)。3组盲肠、结肠内容物中细菌多样性在门、属水平上均无显著差异(P0.05)。而与对照组相比,Ⅰ组空肠内容物细菌中厚壁菌门相对丰度显著增加(P0.05),无壁菌门相对丰度显著降低(P0.05);在属水平上,Ⅱ组空肠内容物中Aeriscardovia属相对丰度显著增加(P0.05)。在回肠内容物中,Ⅰ、Ⅱ组疣微菌属Ruminococcaceae-NK4A214相对丰度显著高于对照组(P0.05),而梭状芽胞杆菌属、Romboutsia的相对丰度均显著低于对照组(P0.05)。综上所述,瘤胃保护性5-羟基色氨酸使成年绵羊结肠内容物中褪黑素含量增加,但对肠道菌群多样性无显著影响。     

不同品种羔羊胃肠道微生物发育规律的比较研究北大核心CSCD

本试验旨在探究相同饲养条件下不同品种(道赛特羊、湖羊和小尾寒羊)羔羊瘤胃和直肠的细菌和真菌差异,为阐明不同品种羔羊胃肠道微生物发育规律和精准饲养管理提供基础数据。选取同一产房、胎次和性别相同的1日龄不同品种羔羊30只,其中道赛特羊、湖羊和小尾寒羊公羔各10只,相同饲养管理模式下进行120 d饲养试验。采集瘤胃液和粪便样品,测定细菌和真菌区系。结果表明:1)小尾寒羊瘤胃细菌的PD whole tree指数显著高于湖羊(P<0.05),湖羊直肠真菌的辛普森指数显著高于道赛特羊(P<0.05)。2)主坐标分析(PCoA)和相似性分析(ANOSIM)表明,不同品种羔羊在20、90日龄瘤胃细菌,70日龄直肠细菌,20、70、90日龄瘤胃真菌,90、120日龄直肠真菌中的群落均存在显著差异(P<0.05)。3)道赛特羊直肠细菌中螺旋体门和密螺旋体属相对丰度表现出升高的趋势(P=0.086)。小尾寒羊瘤胃细菌中理研菌科RC-9肠道群和克里斯滕森菌科R-7群相对丰度显著高于道赛特羊和湖羊(P<0.05),瘤胃真菌中子囊菌门相对丰度显著低于道赛特羊和湖羊(P<0.05),瘤胃细菌中普雷沃氏菌属相对丰度表现出降低的趋势(P=0.063)。综上所述,在相同饲养条件下,3个品种羔羊的胃肠道菌群的多样性和组成均存在差异,小尾寒羊具有较高的瘤胃细菌多样性,湖羊具有较高的直肠真菌多样性,道赛特羊直肠细菌中螺旋体门和密螺旋体属相对丰度较高,小尾寒羊瘤胃细菌中普雷沃氏菌属相对丰度较低以及理研菌科RC-9肠道群和克里斯滕森菌科R-7群相对丰度较高,胃肠道微生物区系结构差异可能是导致不同品种羔羊生产性能差异的原因之一。     

基于16S rDNA测序分析柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响

为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上,与对照组相比,感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物...     

复合益生菌对早期断奶仔猪肠道抗炎作用及菌群结构的影响

益生菌在临床上防治动物腹泻有显著效果,为探讨其作用机制,将早期断奶仔猪分为2组,每组10头,对照组饲喂基础日粮,试验组在基础日粮中添加1‰复合益生菌,试验期60 d,期间观察各实验动物腹泻情况并记录腹泻指数,试验结束时每组随机选4头取盲肠食糜及结肠组织,利用Illumina MiSeq高通量测序分析盲肠内容物微生物结构,并用荧光定量PCR方法检测结肠组织TLR/MyD88/NF-κB信号通路相关基因转录水平。结果显示,试验组肠道菌群丰度与对照组比较有很大变化:在门水平上,试验组拟杆菌门(Bacteroidetes)平均丰度显著降低了7.05%(P0.05),变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)平均丰度提高了4.28%,1.73%,1.50%;在属水平上,试验组乳杆菌属(Lactobacillus)的平均丰度显著降低了18.85%(P0.05),而瘤胃球菌属(Ruminococcaceae)的平均丰度显著提高了8.79%(P0.05),肠杆菌属(Enterobacteriaceae)、梭菌属(Clostridiales)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、链球菌属(Streptococcus)的平均丰度也分别上升了4.02%,3.94%,3.39%,3.01%。同时,试验组IL-10的表达量显著高于对照组(P0.05),而MyD88、TLR4、NF-κB、IL-6、IL-8、TNF-α表达量均显著低于对照组(P0.05)。试验组腹泻指数较对照组均有所下降,其中试验15,45 d差异显著(P0.05)。可见复合益生菌增加了肠道微生物的丰度及有益菌的含量,并通过下调TLR/MyD88/NF-κB信号通路的转录抑制肠道炎症的发生,可有效防治动物腹泻。     

核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响

试验旨在研究核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群丰度和多样性的影响,初步揭示核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响。选取240只1日龄本地土杂鸡,随机分为2组,1个对照组和1个试验组,每个组设4个重复,每个重复30只。试验组于28日龄开始在饮水中添加核桃青皮水提物,6周后,每个重复采集10份肉鸡肛门棉拭子,利用Illumina Miseq测序平台对微生物16S rDNA V3-V4区扩增产物进行双端测序,分析微生物群落结构多样性。高通量测序结果显示,所有样本共含有个17菌门和48个菌属;多样性指数分析结果表明,饲喂核桃青皮水提物的肉鸡肠道菌群丰富度增加。从门水平分析,厚壁菌门(Firmicutes)丰度升高了2.21%(P0.05),变形杆菌门(Proteobacteria)丰度降低了2.22%(P0.05);从属水平上分析,大肠杆菌属(Escherichia)丰度降低了5.35%(P0.05),肠球菌属(Enterococcus)丰度升高了9.63%(P0.05)。本研究结果表明,饲喂核桃青皮水提物后肉鸡肠道菌群多样性显著增加(P0.05),据此推测,核桃青皮水提物能有效调节肉鸡肠道菌群并有益于肠道健康。     

对以纤维素为唯一碳源条件下瘤胃细菌群落动态变化的研究

本试验使用以纤维素为唯一碳源的培养基培养瘤胃细菌,然后利用宏基因组技术分析瘤胃细菌群落在不同时间点的动态变化。将瘤胃微生物菌液接种到由厌氧稀释液和纤维素配制的纤维素选择性培养基中,连续培养50 h,分别在10、20、30、40和50 h取样,提取DNA,进行16S rRNA基因测序,分析细菌群落多样性和丰度变化。结果显示,不同时间点α多样性指数Ace差异显著(P0.05),其中30 hα多样性显著高于40、50 h(P0.05);β多样性指数分析显示,40和50 h的菌群组成与10和20 h的菌群组成差异显著(P0.05),30 h是细菌群落演替的时间点;已知的纤维降解菌属如丁酸弧菌属(Butyrivibrio)、假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio)、梭菌属(Clostridium)的丰度均呈逐渐增加的趋势。纤维杆菌属(Fibrobacter)在不同时间点的丰度没有差异(P0.05)。在培养过程中发现,潜在的纤维降解菌Acholeplasma,Alkaliphilus,Blautia,GW_34的丰度随培养时间增加逐渐增加,并均在50 h丰度显著高于10 h (P0.05)。根据微生物菌群的多样性、丰富度、已知纤维降解菌和其他潜在纤维降解菌的丰度变化,确定30～40 h为下一步富集分离纤维降解菌的参考时间段,该结果为下一步稀释培养分离新的纯纤维降解菌提供了理论依据。     

饲粮蛋白质水平对藏系绵羊瘤胃真菌菌群结构及功能的影响北大核心CSCD

本研究旨在探究饲粮蛋白质水平对藏系绵羊瘤胃真菌菌群结构及功能的影响。试验选取18只12月龄健康、平均体重为(31.71±0.72)kg的藏系绵羊羯羊,随机分为3组,每组6只,分别饲喂代谢能相近而蛋白质含量不同(LP组,10.06%CP;MP组,12.10%CP;HP组,14.12%CP)的饲粮,试验为期120 d,包括15 d的预饲期和105 d的正试期。结果表明:1)LP组藏系绵羊的终末体重、平均日增重和平均日采食量均显著低于MP组和HP组(P<0.05),而料重比显著高于MP组和HP组(P<0.05)。2)3组18个瘤胃液样品共产生1547415条有效序列,聚类后共得到4073个OTUs。饲粮蛋白质水平并没有对藏系绵羊瘤胃真菌多样性指数产生显著性影响(P>0.05)。3)在门分类水平上,藏系绵羊瘤胃真菌优势菌门为子囊菌门、担子菌门、被孢霉亚门和新美鞭菌门等;在属分类水平上,瘤胃真菌优势菌属为青霉属、无茎真菌属、枝孢属、镰孢霉属和链格孢属等。4)采用LEfSe方法对各个分类水平上丰度有显著差异的微生物进行比较分析,共筛选到33个符合生物标记物的真菌菌群。5)基于FUNGuid对藏系绵羊瘤胃真菌群落的营养型进行功能预测,发现腐生营养型是最主要的营养型。以上结果表明,适当提高饲粮中蛋白质水平可以显著提高藏系绵羊的生长性能,但对瘤胃真菌菌群的多样性和结构组成并未产生明显的影响。     

饲粮中添加酵母培养物对舍饲牦牛瘤胃发酵参数及微生物区系的影响

本试验旨在研究饲粮中添加酵母培养物(YC)对舍饲牦牛瘤胃发酵参数及微生物区系的影响。试验选取4岁、初始体重为(180.31±29.73)kg的健康麦洼公牦牛36头,随机分为4组,每组9个重复,每个重复1头牦牛,分别饲喂YC添加水平为0(Ⅰ组)、0.5%(Ⅱ组)、1.0%(Ⅲ组)和1.5%(Ⅳ组)的全混合日粮。预试期10 d,正试期80 d。结果表明:1)随着饲粮YC添加水平的升高,瘤胃微生物蛋白(MCP)含量显著升高(P<0.05),pH有呈线性降低的趋势(P=0.058),氨态氮(NH3-N)含量有呈二次曲线变化的趋势(P=0.055),乙酸比例及乙酸/丙酸呈显著线性降低(P<0.05),丙酸和丁酸比例呈显著线性增加(P<0.05),总挥发性脂肪酸(TVFA)含量无显著变化(P>0.05)。2)舍饲牦牛瘤胃微生物多样性指数除Chao指数外,其余各指数组间无显著差异(P>0.05)。3)门水平上,4组的优势菌门均为拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门。随着饲粮YC添加水平的升高,疣微菌门的相对丰度呈显著线性升高(P<0.05),Saccharibacteria的相对丰度呈显著线性降低(P<0.05),互养菌门的相对丰度呈显著二次曲线变化(P<0.05),变形菌门和纤维杆菌门的相对丰度有呈二次曲线变化的趋势(P=0.065,P=0.064)。属水平上,普雷沃菌属、拟杆菌目BS11和理研菌科RC9为优势菌属,随着饲粮YC添加水平的升高,克里斯滕森菌科R7的相对丰度呈显著线性降低(P<0.05),与pH和NH3-N含量呈显著正相关(r>0.500,P<0.05),奎因氏菌属的相对丰度呈显著线性降低(P<0.05),与TVFA含量呈显著正相关(r=0.460,P<0.05),瘤胃球菌科UCG-001和瘤胃球菌科UCG-014的相对丰度呈显著线性降低(P<0.05),与pH呈显著正相关(r>0.500,P<0.05),瘤胃球菌科UCG-011和瘤胃球菌属2的相对丰度呈显著二次曲线变化(P<0.05)。综上所述,在舍饲牦牛饲粮中添加YC显著影响了瘤胃中微生物的丰富度,影响门和属水平微生物的组成,进而对瘤胃发酵参数产生影响。     

单宁与饲用纤维素酶对湖羊瘤胃微生物菌群的影响

试验旨在利用高通量测序技术研究添加单宁与饲用纤维素酶对湖羊生长育肥期瘤胃微生物菌群结构的影响,为单宁和饲用纤维素酶在反刍动物生产中更好地利用提供理论依据。选用3月龄生长发育良好、平均体重(19.85±1.45)kg的肉用湖羊36只,随机分成对照组和3个处理组,对照组饲喂基础日粮,处理组分别在基础日粮中加入0.1%单宁(单宁组)、0.1%饲用纤维素酶(纤维素酶组)和0.1%单宁+0.1%饲用纤维素酶(混合组),每组3个重复,每个重复3只湖羊。试验期70d,其中过渡期7d,预试期7d,正饲期56d。试验结束后,采集湖羊瘤胃液,提取细菌总DNA,进行PCR扩增后用Illumina Hi Seq 2500测序平台进行高通量测序。结果表明:(1)12个湖羊瘤胃微生物样品测序共获得957 440对序列,平均每个样品产生55 997条clean tags,过滤嵌合体后共产生502 965条effective tags;各组湖羊瘤胃微生物样品的AvgLen均在419～420之间;(2)各组间湖羊瘤胃微生物的Ace指数和Chao1指数差异均不显著(P>0.05);与对照组相比,单宁组、纤维素酶组和混合组湖羊瘤胃微生物的香农指数显著提高(P<0.05);纤维素酶组湖羊瘤胃微生物的辛普森指数较对照组显著降低(P<0.05);(3)在门水平上,单宁组湖羊瘤胃内拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度比对照组显著降低(P<0.05);单宁组、纤维素酶组和混合组湖羊瘤胃内厚壁菌门(Firmicutes)丰度较对照组均呈下降趋势,但差异不显著(P>0.05);(4)在属水平上,单宁组湖羊瘤胃内普雷沃菌属-1(Prevotella_1)丰度降低,与对照组、纤维素酶组差异均显著(P<0.05),但与混合组差异不显著(P>0.05);单宁组和纤维素酶组湖羊瘤胃内瘤胃菌属(Rumen_bacterium)丰度较对照组和混合组提高,且与混合组的差异显著(P<0.05)。综合试验结果,在湖羊日粮中同时加入单宁和饲用纤维素酶可以提高湖羊瘤胃内菌群的多样性和丰度,影响瘤胃菌群结构,缓解单宁对拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)菌落的抑制;同时混合添加可以缓解单独添加单宁对纤维素分解的抑制作用;在门水平上各组湖羊瘤胃内优势菌群均为拟杆菌门和厚壁菌门;在属水平上各组湖羊瘤胃内优势菌群均为理研菌科-RC9(Rikenellaceae_RC9_gut_group)、细菌(Bacterium)、普雷沃菌属-1和瘤胃菌属。     

不同纤维来源饲粮和细胞壁降解酶对猪肠道微生物菌群多样性的影响

本试验旨在利用末端限制性片段长度多态性技术研究不同纤维来源饲粮和细胞壁降解酶对猪肠道微生物菌群多样性及其组成结构的影响。试验选用8头平均体重为(35.0±2.5)kg的"杜×长×大"三元杂交生长猪,统一安装回肠末端T型瘘管,随机分为4组,每组2个重复。试验分4期,每期每组猪按4×4拉丁方设计饲喂小麦麸、小麦麸加酶、大豆皮和大豆皮加酶4种试验饲粮之一。每期预试期15 d,正试期6 d。试验结果表明:1)大豆皮饲粮组猪回肠食糜微生物的多样性显著高于小麦麸饲粮组(P0.05)。2)小麦麸饲粮组显著提高猪回肠食糜中普氏菌属(Prevotella)和乳酸杆菌属(Lactobacillus)的丰度(P0.05),而大豆皮饲粮组则显著提高猪回肠食糜中瘤胃球菌属(Ruminococcus)及粪便中拟杆菌属(Bacteroides)、毛螺菌属(Lachnospira)的丰度(P0.05)。3)添加细胞壁降解酶显著提高各饲粮组猪回肠食糜中Lachnospira、真细菌属(Eubacterium)及粪便中Lachnospira的丰度(P0.05),但也同时降低了回肠食糜中Lactobacillus、Prevotella及粪便中Lactobacillus、Bacteroides和克雷伯氏菌属(Klebsiella)的丰度(P0.05)。综上所述,纤维饲粮可显著提高猪肠道内非淀粉多糖降解菌的丰度,而细胞壁降解酶则可选择性改变肠道微生物菌群的多样性及其组成。     

亚急性瘤胃酸中毒湖羊瘤胃液中菌群和B族维生素丰度变化的关联分析

【目的】本试验旨在探讨湖羊亚急性瘤胃酸中毒(subacute rumen acidosis, SARA)对瘤胃液中微生物菌群结构和B族维生素表达丰度的影响,同时分析二者之间的相关性。【方法】选用体况良好的湖羊12只,随机均分为2组,每组6只,对照组饲料精粗比为3∶7,SARA组饲料精粗比为7∶3建立SARA模型。通过16S rRNA测序技术分析菌群结构变化,利用液相色谱-串联质谱(LC-MS)方法分析瘤胃液中B族维生素的表达丰度,并用Pearson法分析二者相关性。【结果】对照组湖羊瘤胃菌群多样性指数(Shannon和Chao1)显著高于SARA组,菌群多样性显著高于SARA组(P<0.05)。在细菌门水平,对照组放线菌门(Actinobacteria)、Candidatus＿Saccharibacteria、软壁菌门(Tenericutes)丰度显著高于SARA组(P<0.05);在细菌属水平,对照组双歧杆菌属(Bifidobacterium)、夏普氏菌属(Sharpea)、产丁酸盐菌属(Saccharibacteria)、未分类的瘤胃球菌属(unclassified＿R...     

五指山猪和长白猪断奶仔猪肠道免疫性能及微生物多样性比较分析

【目的】探讨早期断奶对五指山猪和长白猪小肠肠道免疫性能及微生物多样性的影响差异。【方法】选择生长发育及营养状况良好、28日龄断奶的长白猪与五指山猪各6头,于50日龄采集小肠各段组织、内容物、黏膜,依次采用石蜡切片(HE染色)、16S rDNA V3-V4区基因高通量测序、实时荧光定量PCR测定,比较两品种间肠道形态学、肠道菌群及肠道黏膜免疫相关基因mRNA相对表达量的差异。【结果】(1)五指山猪空肠绒毛高度显著低于长白猪(P<0.05)。(2)长白猪十二指肠与回肠微生物多样性均较五指山猪更丰富(P<0.05)。(3)在门水平上,五指山猪空肠、回肠中厚壁菌门(Firmicutes)的丰度均显著高于长白猪,但变形菌门(Proteobacteria)出现相反的表达趋势(P<0.05)。在属水平上,五指山猪回肠中乳杆菌属(Lactobacillus)的丰度显著高于长白猪(P<0.05)。(4)黏膜免疫相关基因表达量的检测结果显示,长白猪十二指肠中抑炎因子白细胞介素10(IL-10)和紧密连接蛋白闭锁小带蛋白1(ZO1)的mRNA表达量均显著高于五指山猪(P<0.0...     

霉菌毒素吸附剂-植物精油复合物和霉菌毒素吸附剂-有机酸复合物对蛋鸡盲肠菌群的影响

为研究霉菌毒素吸附剂（MA）与植物精油（EO）或有机酸（OA）的复合物对蛋鸡盲肠微生物多样性、菌群结构及物种丰度的影响,试验选取270只29周龄的健康罗曼蛋鸡,随机分为3组,每组6个重复,每个重复15只。对照组（CON组）饲喂基础饲粮,试验组分别饲喂在基础饲粮中添加0.65 g/kg MA-OA复合物（MOA组）和0.70 g/kg MA-EO复合物（MEO组）的试验饲粮。预试期7 d,正试期70 d。结果表明：（1）各组间盲肠菌群α多样性指数均无显著差异（P > 0.05）。β多样性分析显示,与CON组相比,MOA组盲肠菌群结构分布相对零散,物种相似度较低。（2）在门水平上,与CON组相比,MEO组、MOA组绿湾菌门相对丰度显著降低（P < 0.05）,梭杆菌门相对丰度有一定降低（P > 0.05）。（3）在属水平上,与CON组相比,MOA组、MEO组理研菌属相对丰度有提高的趋势（P =0.099）,肠球菌属相对丰度有降低的趋势（P =0.097）|MOA组帕拉普氏菌属相对丰度显著降低（P < 0.05）,瘤胃梭菌属_1相对丰度显著提高（P < 0.05）,不动杆菌属和丁酸球菌属相对丰度有提高的趋势（0.05≤P < 0.10）。（4）LEfSe分析显示,与CON组相比,MOA组乳酸杆菌属、瘤胃梭菌属_1、未明确克里斯滕森菌科和理研菌属显著富集。由此可见,饲粮中添加MA-OA复合物能够在一定程度上提高蛋鸡盲肠微生物多样性,优化肠道菌群结构。 [关键词] 霉菌毒素吸附剂|有机酸|植物精油|肠道菌群|蛋鸡     

高通量测序研究甲苯咪唑对黑猩猩肠道菌群的影响

为了探讨甲苯咪唑对黑猩猩肠道菌群结构与多样性的影响,试验收集5只健康成年黑猩猩用药前及用药1 d、3 d、7 d 4组的新鲜粪样,采用高通量测序技术对用药前后肠道菌群结构组成和多样性进行生物信息学分析。结果表明:1)服用甲苯咪唑前后的4个时间点之间,肠道菌群Alpha多样性未发生显著差异(P0.05)。2)在门水平,用药7 d组螺旋体门(Spirochaetes)显著低于用药前组(P0.05),WPS-2门(Wittenberg polluted soil 2)显著低于用药1 d组(P0.05),放线菌门(Actinobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)显著低于用药3 d组(P0.05)。3)在属水平,假单胞菌属(Pseudomonas)、RFN20属、YRC22属、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、罗斯氏菌属(Roseburia)、普式粪杆菌属(Faecalibacterium)、氨基酸杆菌属(Acidaminobacter)、密螺旋体属(Treponema)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)之间差异显著(P0.05)。说明甲苯咪唑驱虫用药不会引起黑猩猩肠道菌群多样性的改变,但对门和属水平上一些菌群的丰度均存在显著影响。     

单宁与饲用纤维素酶对湖羊瘤胃微生物菌群的影响

试验旨在利用高通量测序技术研究添加单宁与饲用纤维素酶对湖羊生长育肥期瘤胃微生物菌群结构的影响,为单宁和饲用纤维素酶在反刍动物生产中更好地利用提供理论依据。选用3月龄生长发育良好、平均体重(19.85±1.45)kg的肉用湖羊36只,随机分成对照组和3个处理组,对照组饲喂基础日粮,处理组分别在基础日粮中加入0.1%单宁(单宁组)、0.1%饲用纤维素酶(纤维素酶组)和0.1%单宁+0.1%饲用纤维素酶(混合组),每组3个重复,每个重复3只湖羊。试验期70d,其中过渡期7d,预试期7d,正饲期56d。试验结束后,采集湖羊瘤胃液,提取细菌总DNA,进行PCR扩增后用Illumina Hi Seq 2500测序平台进行高通量测序。结果表明:(1)12个湖羊瘤胃微生物样品测序共获得957 440对序列,平均每个样品产生55 997条clean tags,过滤嵌合体后共产生502 965条effective tags;各组湖羊瘤胃微生物样品的AvgLen均在419～420之间;(2)各组间湖羊瘤胃微生物的Ace指数和Chao1指数差异均不显著(P0.05);与对照组相比,单宁组、纤维素酶组和混合组湖羊瘤胃微生物的香农指数显著提高(P0.05);纤维素酶组湖羊瘤胃微生物的辛普森指数较对照组显著降低(P0.05);(3)在门水平上,单宁组湖羊瘤胃内拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度比对照组显著降低(P0.05);单宁组、纤维素酶组和混合组湖羊瘤胃内厚壁菌门(Firmicutes)丰度较对照组均呈下降趋势,但差异不显著(P0.05);(4)在属水平上,单宁组湖羊瘤胃内普雷沃菌属-1(Prevotella_1)丰度降低,与对照组、纤维素酶组差异均显著(P0.05),但与混合组差异不显著(P0.05);单宁组和纤维素酶组湖羊瘤胃内瘤胃菌属(Rumen_bacterium)丰度较对照组和混合组提高,且与混合组的差异显著(P0.05)。综合试验结果,在湖羊日粮中同时加入单宁和饲用纤维素酶可以提高湖羊瘤胃内菌群的多样性和丰度,影响瘤胃菌群结构,缓解单宁对拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)菌落的抑制;同时混合添加可以缓解单独添加单宁对纤维素分解的抑制作用;在门水平上各组湖羊瘤胃内优势菌群均为拟杆菌门和厚壁菌门;在属水平上各组湖羊瘤胃内优势菌群均为理研菌科-RC9(Rikenellaceae_RC9_gut_group)、细菌(Bacterium)、普雷沃菌属-1和瘤胃菌属。