黄瓜23对高多态性SSR标记的筛选与评价

 目前在黄瓜种质研究中仍然缺乏可用的引物。利用黄瓜基因组连锁遗传图谱开发的995对备选SSR引物,挑出在7条染色体上均匀分布且能扩增出清晰稳定单一条带的多态性引物23对,并利用这些引物对黄瓜种质遗传多样性进行了探讨。通过来自不同国家和地区的30份代表性黄瓜种质资源进行SSR扩增分析,从中能够得到153条多态性条带。不同引物分析得到的种质遗传多样性差异较大,供试种质间平均期望杂合度为0.57,平均PIC值（多态性信息量）为0.60。23对引物可以清晰检测出亚洲、欧美和印度群体遗传多样性,较客观地反映了群体结构和地域性差异等信息。     

不同产地人参种质资源RAPD和SSR分析

以15个产地人参种质资源为试材,采用RAPD和SSR分子标记技术对其遗传多样性进行分析。结果表明:2种分子标记均能揭示不同地区人参种质间的遗传多样性。共筛选出11条RAPD随机引物,平均每条引物可扩增出3~17条DNA片段,共扩增出104条清晰条带,多态性条带100条,多态性百分率为96.15%,揭示供试材料间遗传相似系数(GS)为0.505 3~0.989 5,平均值为0.760 4。筛选出5对SSR引物,平均每对引物可扩增出1~8条DNA片段,共扩增出38条清晰条带,多态性条带35条,多态性百分率为92.11%,揭示供试材料间遗传相似系数(GS)为0.400 0~0.960 0,平均值为0.742 1。RAPD和SSR标记的聚类分析在分类上稍有差异,但总体趋势一致,RAPD、SSR及RAPD+SSR均将样品聚为三大类,均能揭示它们之间的亲缘关系,为人参种质资源的收集与利用奠定了基础。     

山葡萄种质资源SSR遗传多样性分析

对360份山葡萄种质资源进行了遗传多样性分析研究。从245对引物中筛选出18对用于供试材料的SSR扩增;单条引物扩增条带为4~13条,平均9.44条;扩增产物长度介于150~1 000 bp,以200~750 bp的扩增片段居多;18对引物共扩增出170条带,其中多态性条带167条,多态性百分率为98.2%;Shannon’s多样性指数(I)为1.778051。某些品种(系)产生了特有SSR标记带,共5条,占2.95%。     

不同生态类型西瓜种质资源遗传多样性的SSR分析

采用SSR分子标记技术对96份不同生态型西瓜种质资源的遗传多样性进行研究。从398对引物中筛选出38对扩增条带清晰、多态性高的引物分析供试材料,共得到7043条清晰可辨条带,其中多态性条带826条,占11.7%。平均每对引物对96份材料扩增出185.34条带,其中21.74条具有多态性。96份材料间的相似系数为0.42～0.99。聚类分析结果表明,野生西瓜与栽培西瓜的亲缘关系较远。在栽培品种内华北生态型、华南生态型和西北生态型西瓜的亲缘关系较近,说明我国西瓜种质资源同源性较高,遗传基础狭窄,有必要引入更多种质资源以拓宽西瓜育种背景。     

基于SSR标记的观赏桃亲缘关系分析

观赏桃种质资源丰富,遗传背景复杂,使用SSR标记进行鉴定评价,以期为观赏桃亲缘关系研究提供借鉴。以34份观赏桃品种、7份桃的近缘种和1份毛桃共42份种质为试材,利用16对位于李属植物参考图谱上的SSR标记进行观赏桃亲缘关系研究。结果表明,筛选出的16对SSR引物共扩增出124个清晰条带,多态性条带百分率为87.99%;...     

30份莲种质资源的RAPD遗传多样性分析

采用RAPD分子标记技术对30份莲(Nelumbo nueifera Gaertn.)种质资源的遗传多样性进行鉴定.筛选出14对有效引物进行PCR扩增,共产生2 146条带,其中有1 516条为多态性条带,各对引物的平均多态性条带为108.29条,扩增条带的多态率达70.64％.对所得到的30份莲种质资源的RAPD图谱...     

丝瓜种质资源遗传多样性的SSR与SRAP分析

利用SSR和SRAP标记对30份丝瓜种质资源进行遗传多样性分析,分别从52对SSR和48对SRAP引物中选取10对和12对多态性好的引物,其中10对SSR引物共扩增出32条多态性带,12对SRAP引物扩增出118条多态性带。30份种质间的平均遗传相似系数为0.761,说明丝瓜间种质遗传背景比较狭隘。聚类分析显示,30份丝瓜种质被划分为普通丝瓜与有棱丝瓜两大类。     

萱草部分野生种和栽培品种亲缘关系的AFLP分析

 借助AFLP标记对35份萱草野生种和栽培品种进行亲缘关系研究, 结果表明, 7对引物组合对萱草共扩增出条带380条, 其中多态性条带357条, 平均多态性达到93.39% , 单对引物扩增条带19～85条, 平均每对引物组合扩增多态性条带51条。7对引物扩增出的多态性条带均超过90.0%。种质资源相似系数为0.3822～0.9656, 平均相似系数为0.7039。UPGMA聚类结果将供试材料分为3类, 即早花、中花和晚花类, 同一产地的品种基本能聚在一起。AFLP标记技术能较好地从分子水平揭示萱草种质资源的亲缘关系。     

菠萝微卫星指纹图谱的构建

初步构建了菠萝种质的SSR指纹图谱,为菠萝种质鉴定提供了依据.从菠萝EST-SSR开发的20对微卫星引物扩增31份不同的菠萝种质,筛选出能够稳定扩增且带型差异明显的SSR引物.挑选5对多态性高、分辨率高、重复性好的SSR引物对,作为标准引物对材料进行扩增.每对引物得到的多态性带数8~15个,平均为11条;引物的多态信息...     

利用荧光标记SSR构建百合种质资源分子身份证

以96份百合种质资源为材料,使用SSR标记进行百合种质分子身份证构建试验。从172对百合SSR引物中筛选出20对多态性好的核心引物,采用四重荧光毛细管电泳技术检测扩增条带分子量的方法对百合资源进行标记分析,获得供试样品相应的扩增带型。采用个位数字和小写英文字母对不同带型进行编码,按照20对引物扩增带型数由少到多顺序串联排序的方式构建供试样品的分子身份证。结果显示：20对SSR引物共检测到69个SSR等位位点和170个带型,平均每对引物对品种扩增的等位位点3.45个,带型8.50个。对带型进行编码的结果表明：96份百合种质资源的SSR分子身份证互不相同,可以将材料完全区分开。     

基于SSR标记的100份葡萄资源亲缘关系和群体遗传结构分析

【目的】通过表型性状鉴定分析,从山西太谷国家葡萄种质资源圃内保存的资源中,筛选出不同葡萄种质资源进行SSR分析,揭示这些不同来源的葡萄种质资源之间的亲缘关系和群体遗传结构,为葡萄种质资源的科学管理和分子标记辅助育种提供参考。【方法】以100份葡萄种质为材料,依据基因组DNA测序挖掘出的SSR引物数据,筛选出33对多态性核心引物,根据标准分子质量记录扩增DNA多态性条带,获得数据矩阵。利用每对SSR引物在100份葡萄种质资源中的等位基因组成,计算33对SSR引物的位点多态性信息含量(PIC)、100份葡萄种质资源个体间的Nei’s遗传距离,并利用MEGA 7.0软件构建NJ邻接聚类树,推断葡萄原始集合与核心集合的遗传结构。【结果】100个样本中的33对SSR标记共检测到423个等位基因,每对引物扩增条带数4～26条,平均扩增条带数为12.82条。葡萄种质资源之间的Nei’s遗传距离为0.4～0.8,占资源总量的97.80%。通过遗传结构分析并预测其最佳分组数K为2,即葡萄核心集合主要分为2个亚群,分别为欧亚种群的鲜食葡萄和杂种群,其中杂种群涵盖了欧美杂种、美洲种、中国野生种及欧亚种的酿酒品种。来自国外的美洲种的砧木和来自山西的野葡萄聚在一起,同时与欧美杂种和酿酒品种也聚为一类。可能是由于人为选种和选用目的的不同造成各品种之间遗传背景的混杂。这一结论还需进一步研究证明。【结论】33对引物将100份葡萄分为两个集群,第一集群主要为葡萄亚种鲜食葡萄品种,第二集群主要包含了欧亚种酿酒品种、欧美杂种、美洲种、中国野生种4个亚种群。     

基于ISSR和SRAP标记的69份红毛丹种质资源DNA指纹图谱构建

利用筛选出的多态性高、谱带清晰的8条ISSR引物和18对SRAP引物分别对海南省保存的69份红毛丹种质资源进行PCR扩增,8条ISSR引物共检测到425条多态性条带,其中品种(系)特异条带47个,平均位点多态性信息含量(PIC值)为0.928,可鉴别的种质资源数25~67份;18对SRAP引物共检测到894条多态性条带,其中品种(系)特异条带69个,平均位点多态性信息含量(PIC值)为0.936,可区分的种质资源数为17~63份。综合各项指标,利用ISSR16和ISSR5引物21个条带用于构建红毛丹种质DNA指纹图谱,该图谱可有效区分69份红毛丹种质资源。     

SSR标记技术在甜瓜杂交种纯度检验中的应用

 以两个甜瓜杂交品种(系) ‘东方蜜1号’和‘01231’及其亲本为材料, 用SSR分子标记技术研究杂种与其双亲之间扩增谱带的多态性, 以甄别真假杂种。所试验的23对SSR引物中有8对引物分别在两个甜瓜杂交种和其双亲之间存在扩增多态性, 表现为: 多数SSR引物对自交系的扩增只出现1条带,但部分引物在某些自交系中扩增出2条带, 杂交种条带均为父母本的互补型, 很适合做杂交种纯度鉴定。用引物M6 对‘东方蜜1号’和引物M17对‘01231’各100粒单种子进行SSR鉴定, 所测纯度分别为100%和96% , 与田间纯度99.6%和96.2%非常接近, 显示出SSR标记技术在甜瓜杂交种子纯度的室内快速检测中有广泛应用前景。     

吉林抚松人参遗传多样性的SSR分析

利用SSR技术对吉林省抚松地区的78份人参样品进行了亲缘关系分析研究。结果表明:同一地区的人参种质资源也存在较大差异,这一差异主要是由其遗传因素决定的;25对引物共扩增227条带条,其中多态性的条带206条,多态性90.75%。     

部分香蕉品种SSR指纹图谱的构建

采用SSR标记技术构建香蕉品种的分子指纹图谱,为香蕉品种鉴定提供依据。以56份香蕉种质为材料,从199对引物中筛选出5对多态性及稳定性较高的SSR引物进行PCR扩增。5对引物在56个品种中扩增出的多态性带数在11～16个,平均为13.8条;引物的多态信息含量(PIC)在0.8490～0.9022,平均0.8727。依据香蕉SSR带型特征,对每个引物生成的不同带型直接编号,简化香蕉SSR带型记录方法,并利用每个品种的带型编号,建立其DNA分子指纹图谱,5对引物可将56份供试香蕉材料完全区分开。表明SSR标记技术可用以鉴定香蕉种质。     

五十八份菊芋种质资源遗传多样性SRAP分析

以58份菊芋种质资源为试材,利用SRAP分子标记技术对其进行遗传多样性研究,为选育耐盐新品种提供参考依据。结果表明:从110对引物中筛选出16对多态性好的引物,共扩增出123条条带,其中多态性条带90条,多态性比率为72.7%。利用NTSYS软件统计分析出菊芋资源间遗传距离为0.01~0.52。应用UPGMA聚类可将58份菊芋资源划分为三大类群,第一大类群分为4个亚类群。表明利用SRAP技术更能充分揭示菊芋资源间的遗传差异,可作为种质鉴定依据。     

不同栽培类型蓝莓遗传多样性的SSR分析

以南方地区的蓝莓品种为主要对象,利用SSR标记分析现有品种种质的遗传多样性。设计合成了56对蓝莓SSR分子标记引物,进行扩增和多态性引物筛选,将多态性好的引物用于66份蓝莓不同类型种质的遗传多样性分析。结果表明,56对引物均能扩增出预期大小条带,其中条带清晰多态性较好的引物为25对,占引物数的44.64%,多数引物扩增的位点数在5~7个。25对引物在66份蓝莓供试种质中检测多态性,共检测到165个等位变异,平均每个位点有6.6个等位变异,PIC值变幅为0.656~0.947,平均值为0.777。多态性最好的引物Vc26可以检测到15个等位基因数目。北高丛、南高丛和兔眼类型66份蓝莓种质的遗传相似系数为0.60~0.96,品种间遗传差异较丰富。利用UPGMA聚类将3种类型种质进行分析,发现除了兔眼类型品种"红粉佳人"外,其余明显分为3个类群,且同一类型的种质基本聚在一起。结合不同类型种质的系谱分析,发现分类与品种种质的遗传成分相似有一定的相关。研究利用SSR分子标记揭示了蓝莓不同类型种质的遗传多样性,对今后杂交育种亲本选择利用有一定借鉴意义。     

三色堇转录组SSR分析及分子标记开发

为解决三色堇(Viola×wittrockiana)缺乏共显性DNA标记的问题,利用MISA软件对其转录组测序获得的167 576条unigene进行筛选,共检测出23 791个SSR位点,出现频率为14.20%,平均分布距离为6.75 kb。SSR位点中主导类型为三核苷酸重复,占总SSR的28.31%;其次是二核苷酸重复,占总SSR的12.86%。AG/CT与GAA/TTC分别是二核苷酸与三核苷酸的优势重复基元,分别占总SSR重复类型的4.01%和1.85%。利用Primer 3共设计出6 863对SSR引物。随机选择30对引物进行PCR扩增,其中18对引物可扩增出清晰、可重复条带,并在42份三色堇资源中表现多态性。基于扩增的多态性SSR信息,42份三色堇种质资源的聚类结果与其遗传背景基本一致。本研究中获得的18对SSR引物可为三色堇遗传图谱构建、功能基因定位等提供有力工具。     

马尾松种质资源遗传多样性的RAPD分析

利用18条RAPD引物对35份马尾松种质资源进行了DNA扩增试验,共产生153条RAPD标记条带,其中多态性带137条,多态性百分率为89.5%,平均每个引物检测到的条带数为8.5条。结合聚类分析,进行马尾松种质资源遗传多样性研究,结果表明RAPD可以准确分析研究马尾松种质资源遗传多样性。     

基于SSR标记的黄桃种质资源亲缘关系分析

利用SSR标记技术对12个黄桃品种（系）进行遗传多样性检测.结果发现,SSR标记能够揭示材料间的遗传多样性,从蔷薇科苹果属35对SSR引物中筛选出8对扩增稳定的特异性引物,构建其指纹图谱.8对SSR引物共扩增出78条DNA片段,其中44条具有多态性,多态性比率为54.6％,材料间的遗传相似系数在0.64 ～0.88之间,平均为0.759.通过聚类,从分子水平对黄桃品种（系）的遗传关系进行分析,并对12份黄桃种质材料进行了SSR标记分类,为黄桃种质资源的研究利用提供参考.