应用微卫星技术对野鲤和两种鲤选育品系的遗传多样性分析

用自行设计的１６对微卫星引物研究了野鲤、高寒鲤和荷包红鲤抗寒品系的群体内遗传变异及相互间的。微卫星分析结果表明：野鲤、高寒鲤和荷包红鲤抗寒品系平均扩增条带分别为４．９１、２．８２和２．４５,平均杂合度观测值分别为０．６４、０．４０和０．３８。表明野鲤的遗传多样性水平最高,高寒鲤次之,荷包红鲤抗寒品系最低。说明了人工繁育和养殖实践会造成物种遗传多样性的降低。本试验共发现了１个群体特异性标记２０９ｂｐ     

基于微卫星标记的拟鲤遗传多样性及群体遗传结构分析

利用16对多态性微卫星标记对新疆额尔齐斯河干流北湾河段、支流哈巴河以及乌伦古湖拟鲤(Rutilus rutilus)3个地理群体的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示,16个微卫星位点的平均多态信息含量PIC、期望杂合度He和等位基因数AN分别为0.902 9、0.916 8和18.937 5,遗传参数均反映出3个群体较高的遗传多样性水平。乌伦古湖群体的遗传多样性水平略低于哈巴河和北湾群体。主成分分析表明,影响乌伦古湖群体与哈巴河和北湾群体间遗传多样性差异的主要因素可能为盐度。遗传分化指数和UPGMA聚类分析显示3个群体间均未发生种群遗传分化。分子变异分析(AMOVA)显示个体间的变异贡献率为88.47%,仅少部分变异来源于群体间(1.83%),表明拟鲤3个群体间的遗传变异水平较低。     

利用微卫星标记分析4个番鸭品系的遗传多样性

为研究番鸭的遗传多样性以及品系间的遗传关系,选用3对微卫星引物对4个番鸭品系(Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,Ⅳ)的等位基因数、等位基因频率、群体多态信息含量、基因杂合度和遗传距离进行了分析。结果表明,3个微卫星基因座共检测到8个等位基因,基因频率分布在0.033 4~0.766 6;平均杂合度为0.485 2~0.559 6,品系Ⅰ平均基因杂合度最高,为0.559 6,品系Ⅲ平均基因杂合度最低,为0.485 2;平均多态信息含量为0.295 4~0.338 8,4个品系均属于中度多态。聚类分析表明,品系Ⅲ和Ⅳ的遗传距离最远,为0.419 5,表明两者的亲缘关系较远;品系Ⅰ和Ⅱ的遗传距离为0.307 1,两者的亲缘关系较近。     

利用微卫星标记分析长鳍鲤、锦鲤和龙凤鲤的遗传多样性

利用20对微卫星标记埘长鳍鲤、锦鲤和龙凤鲤3个鲤鱼群体的遗传多样性和遗传结构进行分析.结果表明:3个群体在20个位点上分别检测到108、164、154个等位基因,各群体等位基因数2～16个不等,平均有效等位基因数分别为4.496、5.695和5.606.3个群体平均期望杂合度分别为0.769、0.806、0.801,多态信息含量分别为0.703、0.761和0.757,遗传多样性指数分别为0.764、0.803和0.799,群体间遗传分化系数为0.071.结果说明3个群体遗传多样性较为丰富.     

微卫星分子标记对德国镜鲤两家系遗传多样性的比较分析

利用35个微卫星分子标记对黑龙江松浦实验站2个家系德国镜鲤的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ae)等进行遗传检测,根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离,χ2检验估计Hardy-Weinberg平衡,并与其亲本的各项遗传指标进行比较。2个家系共检测到108个等位基因,平均每个基因座扩增得到3.0857个等位基因,片段长度在136~383 bp之间。结果显示,2个家系的多态性指标均适中,多态信息含量分别为0.4376、0.3254,多态性扩增的基因座的有效等位基因数在1.0339~4.6997个不等,平均有效等位基因数依次为2.2706、1.8432,无偏期望杂合度在0.183 1~0.8006之间,平均值分别为0.5123、0.3881。但连锁不平衡分析表明,这2个家系在较大的选择压力下,已偏离Hardy-Weinberg平衡,讨论了出现这种现象的可能原因。     

元江鲤种群遗传多样性

选择12对微卫星标记检测了于2011年采集自元江(红河上游中国江段)5个样点192尾鲤的群体遗传多样性。共检测到201个等位基因,每个位点等位基因2-27个。各群体各位点平均等位基因(N_A)12.25-14.67个,平均有效等位基因(N_E)8.28-9.73个,平均观察杂合度(H_O) 0.7765-0.8037,平均期望杂合度(H_E)0.7761-0.8080,平均多态信息含量(PIC) 0.7534-0.7843。元江鲤种群192个个体各位点N_A、N_E、H_O、H_E、PIC分别为16.50、11.26、0.7927、0.8049、0.7966,种群遗传多样性水平高。元江鲤群体之间遗传分化小,可作为一个种群管理单元进行管理。增殖放流要防止遗传多样性丧失。     

用微卫星标记分析四品系(群)矮脚鸡的遗传多样性

采用10个微卫星座位对100日龄兴义矮脚黄羽、麻羽、黑羽和矮脚黄鸡四品系矮脚鸡(各50只)遗传多样性进行研究,结果表明:四品系(群)矮脚鸡在10个微卫星座位上共检测到71个等位基因,各座位上等位基因数为5～10个,平均为7.100个.兴义矮脚鸡各群体杂合度较大(在5.2～5.4),矮脚黄鸡群体杂合度较小(为0.3612).10对引物在四品系矮脚鸡中的平均多态信息含量在0.52765～0.82428,说明四品系(群)矮脚鸡均有丰富的遗传多样性.兴义矮脚鸡各群体与矮脚黄鸡群体间的遗传距离都较远,表明它们品系遗传特征相差均较大,有各自不同的遗传背景.     

显微介导远缘基因鲤家系的建立及遗传多样性分析

运用显微介导远缘杂交技术,将未经遗传修饰的中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)总DNA直接导入受体鲤(Cyprinus carpio L·)内,以期通过这种基因组水平的远缘杂交技术改善受体鲤的品质。创建的远缘基因鲤提高了鲤的品质,丰富了鲤的遗传基础。本研究对48尾显微介导远缘基因鲤亲鱼进行标记取样,通过20个具有多态的鲤微卫星引物分析,选出在中度遗传距离(0.5～0.6)的亲本进行繁殖,从子代群体中选出品质性状优良的3个家系为研究对象。利用微卫星标记,分别对3个家系进行了遗传背景分析。结果表明,3个家系的平均有效等位基因数(Ne)分别为2.153 5、2.384 0和2.411 0;平均观测杂合度(Ho)分别为0.482 5、0.430 0和0.445 0;平均期望杂合度(He)分别为0.519 5、0.572 0和0.570 0;平均多态信息含量(PIC)分别为0.430 0、0.471 5和0.494 5。其遗传多样性处于中度多态(0.25PIC0.5)偏高水平。3个家系的基因分化系数(GST)为0.074,家系之间属于中度分化水平。     

藏马微卫星标记遗传多样性研究

为研究西藏藏马种群的微卫星多态性,应用生物素标记的微卫星探针与藏马基因组酶切片段杂交,通过链霉亲和素包被的磁珠捕获150～1 000 bp含有微卫星序列的DNA片段,连接到pEASY-T1载体中,构建藏马基因组微卫星富集文库。结果表明:从2 380个转化子中随机挑取112个阳性克隆进行测序后,经筛选比对发现,从62个微卫星中筛选出39个在马属基因组卫星库中未被检测到的微卫星;成功设计了10对藏马微卫星引物,经聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法检测到3个具有多态性的微卫星标记,其中有2个多态性信息含量(PIC)值均大于0.5。因此,这3个微卫星标记可应用于藏马遗传多态性检测、种群遗传结构等方面研究,为藏马遗传连锁图谱的构建、辅助育种、群体遗传学分析、基因组结构分析以及分子进化研究等提供依据。     

北京鸭与樱桃谷鸭遗传多样性的微卫星分析

用双重抑制PCR技术分离7对鸭的特异微卫星引物,对北京鸭A、B、C 3个系和樱桃谷鸭进行了遗传多样性分析。结果表明,所用的7对引物中4对呈高度多态,3对呈中度多态。群体平均杂合度最高的是北京鸭A系,达0.578 0;杂合度最低的是樱桃谷鸭,为0.561 6。在DA遗传距离上,北京鸭B系与樱桃谷鸭最近,为0.024 4。北京鸭A系与北京鸭C系遗传距离较远,为0.094 6。在UPGMA聚类图上,北京鸭B系先和樱桃谷鸭聚在一起,然后和A系聚在一起,最后再和C系聚在一起。说明北京鸭经过不同方向选育后,C系和A、B系之间出现了差异。本研究结果与育种实际相符合,也从另一方面说明了品系的遗传特征能够由各微卫星位点的多态性得到真实的反映。     

Analysis of genetic diversity among seven goat populations in the middle and lower valley of Yangtse River and southeast coastal regions in China

The genomes of seven native goat populations were screened by using microsatellites as molecular markers; the populations were Yichang white, Matou, Xiangdong black, Fuqing, Daiyun, Huanghuai and Yangtse River Delta white goats. A total of 23 microsatellite markers were used and genetic diversities and genetic distances were also determined. The results showed that only 21 loci showed polymorphism in all populations. BM0203 was a homozygotic locus in every population, but more than one allele was found among all populations. Alleles of BM6444 were homozygotic in Xiangdong Black and Yichang White goats, but more than one allele was detected in other populations. Average heterozygosity of all populations was 0.819 0, and the mean polymorphism information content (PIC) of all seven populations was 0.630 5–0.691 9. An unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA) dendrogram was constructed on Nei’s standard genetic distance. Matou and Xiangdong black were grouped at first, then Fuqing, Daiyun, Yangtse River Delta white and Huanghuai goats joined them respectively. Finally, Yichang white goats clustered with all of the above. Translated from Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica, 2006, 37(1): 1–6 [译自: 畜牧兽医学报]     

级进杂交绵羊微卫星基因杂合度与生长性能的关系

利用10个微卫星基因座对陶赛特绵羊及其与新疆细毛羊级进杂交一代、二代和三代4个绵羊群体进行了遗传学检测，计算出各个群体的平均杂合度和平均生产性能的数值，分析群体杂合度与生产性能间的相关系数和变化趋势。结果表明：随级进杂交程度的增加，群体的杂合度逐渐降低，趋向于陶赛特群体的杂合度；微卫星标记杂合度与各个时期的体重、体高、体长和管围间呈正相关，其中杂合度与各个时期的体长呈显著正相关，而与各个时期的胸围呈负相关。微卫星基因杂合度对各个时期生长性能的相关效应在不同级进杂交群体问存在一定的差异。由此得到3点启示：（1）基因杂合度与生长性能间不是简单的相关关系；（2）级进杂交可使有害基因与中性标记连锁遗传，从而部分或全部抵消杂合优势的表现，甚至出现杂合劣势；（3）不同时期基因间的互作对于性状的作用是不一样的。     

中国地方鸡种资源不同保种方法的分子检测

采用13对高度多态的微卫星标记对我国7个受国家重点保护的地方鸡种的原地保护和异地保存两种活体保种方法的保种效果进行了检测，计算了各品种的遗传杂合度和多态信息含量，比较了各品种在不同保种方法之间的遗传参数。结果表明：7个品种在两种保种方法中都有高度多态性，但异地保存的品种的多态性较原地保护的品种的多态性要多；虽然两种方法的保种效果较好，但是原地保护和异地保存之间在同一品种内的遗传变异并不相同。     

中国地方鸡种资源不同保种方法的分子检测*

 采用13对高度多态的微卫星标记对我国7个受国家重点保护的地方鸡种的原地保护和异地保存两种活体保种方法的保种效果进行了检测,计算了各品种的遗传杂合度和多态信息含量,比较了各品种在不同保种方法之间的遗传参数。结果表明:7个品种在两种保种方法中都有高度多态性,但异地保存的品种的多态性较原地保护的品种的多态性要多;虽然两种方法的保种效果较好,但是原地保护和异地保存之间在同一品种内的遗传变异并不相同。     

Correlation of Individual Heterozygosity of Microsatellite Marker Loci with Heterosis of Growth Traits in Pig Populations

To investigate the correlation of individual heterozygosity and heterosis of three traits in crossbred F1 pig populations, the F1 populations were built by random mating Yorkshire x Meishan （YM, n = 82）, and its reciprocal （MY, n =47） and two straightbred populations （Yorkshire = 34, Meishan = 55） were used as control groups. The heterosis of birth weight （BWT）, average daily gain （ADG）, and feed conversion ratio （FCR） were acquired as well. In the research, the significant marker loci for the heterosis of the three traits were observed by one-way ANOVA （P〈0.01） in a total of 39 marker loci on SSC4, SSC6, SSC7, SSC8, and SSC13, and the numbers of the significant marker loci were 12 （BWT）, 18 （ADG）, and 17 （FCR）, respectively, based on which the general heterozygosity （GH） was divided into significant marker loci heterozygosity （SH） and insignificant marker loci heterozygosity （IH）. Furthermore, the trends of alteration in heterosis with the stepwise increase in heterozygosity by 0.05 were explored. This was done by the regression analysis of the three kinds of heterozygosity against heterosis of the three traits. The results showed that, for BWT, the heterosis increased with the increase in GH （r=0.9337, P=0.0021） and SH （r=0.9165, P=0.0102）; for ADG, the heterosis increased with the increase in IH （r=0.7012, P=0.0353） and GH （r=0.7470, P=0.0537, near significant）; for FCR, the heterosis of feed efficiency increased with the increase in IH （r=0.8721, P=0.0022）. The results indicated that the correlation was not always higher or more significant for SH with heterosis than it was for IH or GH with heterosis, and it might be because of the reciprocal cancellation of the positive effect and negative effect of QTL linked to the significant marker loci.     

猪个体基因杂合度对胴体性状的影响

134头F2 代杂种猪 (大白×梅山 )在平均体重 88kg时屠宰。用分布在 1、 2和 6号染色体上的 2 4个微卫星座位估计个体基因杂合度 ,分析 1 3个胴体性状随个体基因杂合度增加的变化规律。结果表明 ,屠宰率、胴体重、花油率、板油率、腰部膘厚、胸部膘厚、肩部膘厚、皮率、瘦肉率和脂肪率在各个体基因杂合度 (hi)水平间无显著差异(P >0 0 5 )。胴体长、眼肌面积和骨率在各hi 水平间差异显著 ,hi 小于 0 6时皮率与骨率随hi 增加逐渐降低 ,大于 0 6时随hi 增加而增加 ,而瘦肉率的变化趋势与皮率和骨率恰恰相反。眼肌面积随hi 增加而上下波动。胴体长则随hi 水平的增加而逐渐降低。hi 在 0 6 0～ 0 6 5时 ,胴体长和眼肌面积性状值较高 ,而骨率达最低值 ,表明在生产中可以将个体基因杂合度控制在 0 6 0～ 0 6 5 ,从而综合利用这些性状 ,以提高猪的胴体生产性能     

五指山猪3个近交家系内微卫星等位基因的遗传变化

 【目的】探索五指山猪近交3个不同家系F14-F18等位基因的遗传学规律,为大型动物近交系培育提供依据。【方法】利用14对微卫星DNA引物,以五指山小型猪（Wuzhishan Miniature pig,WZSP）F13-F18世代的3个近交家系为研究对象,通过估算基因杂合度（H）、多态信息含量（PIC）和等位基因数（N）等参数,检测近交3个家系微卫星等位基因的纯合度,以及随近交代数的推进每个星座上等位基因的变化规律。【结果】WZSP近交系Ⅰ系F14-F16的14个微卫星座平均每个位点等位基因数为2个、平均杂合度为0.40、多态信息含量为0.26;Ⅱ系F15-F18的平均等位基因数为1.92,平均杂合度分别为0.32,多态信息含量为0.25;Ⅲ系F14-F17的平均等位基因数为2.17,平均杂合度为0.44,平均多态信息含量为0.32。【结论】随近交代数的推进,每个星座上等位基因数越来越少,基因的纯合度越来越高,但WZSP近交系微卫星等位基因的纯合度有一定的限度,与近交鼠有所不同;在近交系3个家系各个世代中有少数几个基因座,如Sw874和Sw936等一直处于高度杂合状态,这可能与WZSP近交家系的种质特异性有关,推测与这些基因座处于同一连锁群的某些功能基因在维持极高近交水平下WZSP的基本生存能力中起着关键作用。3个近交群体间的分化系数在0.07以上,已各自成为独立家系;3个家系的近交程度不完全一致,基因的纯合度亦不同,Ⅱ系最高、14个微卫星座中7个纯合,其次为Ⅰ系和Ⅲ系。     

放疗后复发鼻咽癌微卫星不稳定和杂合性缺失改变的研究

目的比较放疗后复发鼻咽癌（NPC）与初诊NPC中染色体微卫星不稳定（MSI）和杂合性缺失（LOH）发生情况。方法选择1p、3p、3q、4q、9q、11q、13q、14q的12个微卫星多态性位点,显微切割分离22例初诊和18例放疗后复发NPC组织和正常组织,提取DNA,经PCR扩增及聚丙烯酰胺凝胶电泳和硝酸银染色,进行MSI及LOH分析研究。结果（1）8个位点发生了LOH：复发癌与初诊癌相比,LOH发生率在D1S2697位点为28.6%比20.0%,在D13S133位点为30.0%比20.0%,在D9S1682位点为7.7%比9.1%;D5S433和D14S65位点只在复发癌中发生LOH,分别为33.3%和6.7%;D13S263、D4S350、D14S258位点只在初诊癌发生LOH,分别为20.0%、33.3%、16.6%。（2）11个位点发生了MSI：4个位点在复发癌和初诊癌中都发生MSI,4个位点只在复发癌中发生MSI,3个位点只在初诊癌中发生MSI。结论 D1S2697、D13S133、D5S433位点可能含有与放疗后复发NPC相关的肿瘤抑制基因,放疗后复发NPC中MSI发生率呈增高趋势,提示部分放疗后复发NPC与原发癌可能属不同细胞克隆起源。     

微卫星DNA检测近交系五指山小型猪(WZSP)群体遗传结构

通过评价五指山小型猪(WZSP)近交系世代间的群体遗传结构和遗传变异的变化,为该品种早日用于实验动物研究提供可靠的理论依据.本试验先后采集五指山小型猪(WZSP)近交系F14～F16共50个个体DNA材料,利用不同染色体上的9个微卫星DNA标记对WZSP近交系群体中的3个家系进行了研究.试验结果证实,所检测的微卫星基因座有1～3个等位基因,各基因座等位基因频率在0.1250～1.0000之间,杂合度处于0.0000～0.6226之间,多态信息含量为0.0000～0.5480;平均杂合度为0.3849,平均多态信息含量为0.3270.3个家系在9个微卫星基因座的平均杂合度和平均多态信息含量分别为0.2934、0.2075、0.3005和0.2227、0.1588、0.2408.结果表明,WZSP已成为一个稳定的遗传群体,WZSP实验动物化培育已取得长足的进展.同时也从分子遗传学水平上证实WZSP近交繁育的可靠性,为WZSP近交系的开发利用提供了理论依据.