水稻黑条矮缩病毒基因组片段6编码一种非结构蛋白

水稻黑条矮缩病毒(Rice black-streaked dwarf virus,RBSDV)是引起我国水稻黑条矮缩病和玉米粗缩病的病原.引起玉米粗缩病的RBSDV湖北分离物10条基因组dsRNA全序列已被确定,其中基因组片段6(S6)全长序列为2 645 bp,只含有一个阅码框(82～2 460 nt),编码一个分子量约为89.6 kDa的蛋白(P6).为进一步研究该蛋白的生物学功能,在大肠杆菌中表达了RBSDV基因组片段6编码的P6蛋白并制备了相应的抗血清.Western blotting分析显示,P6抗血清不与纯化的RBSDV粒子蛋白发生反应,而在被RBSDV感染的玉米叶片和带毒的传播介体--灰飞虱中可检测到P6.此结果表明,RBSDV-S6编码的蛋白是一种非结构蛋白.     

江苏水稻黑条矮缩病病毒的RT-PCR分析和快速检测

为了明确江苏新发生的矮缩病害为水稻黑条矮缩病,采用RT-PCR和序列测定方法对其病原进行了精确鉴定。根据水稻黑条矮缩病病毒基因组序列的信息,设计扩增RNA聚合酶基因、外壳蛋白基因和RNA沉默抑制子基因以及核心蛋白基因部分编码区的4对引物,提取感染水稻黑条矮缩病病毒的水稻植株总RNA并进行RT-PCR扩增,可以在感病植株中分别扩增出水稻黑条矮缩病病毒基因组特有的4个条带,测序结果表明,来源于江苏南京的分离物的4个基因部分编码片段与已登录的对应基因片段核苷酸序列同源性达99％以上,共发现7个碱基的突变。经生物信息学分析发现7个单碱基突变都是同义突变,氨基酸序列没有改变。根据以上结果确认该病病原为水稻黑条矮缩病病毒。利用该方法可以对水稻和其他寄主进行早期病毒检测。     

水稻黑条矮缩病毒的研究进展

水稻黑条矮缩病毒(Rice black streaked dwarf virus,RBSDV)属于呼肠孤病毒科斐济病毒属第二组成员,其引起的水稻黑条矮缩病在中国稻区造成巨大的经济损失。文章简述了水稻黑条矮缩病的危害情况及病毒特性、病毒各个编码蛋白的研究现状、应用基因工程控制病害等方面的研究进展,为今后对水稻黑条矮缩病的研究提供参考。     

南方水稻黑条矮缩病毒P6抗体的制备及应用

为了建立快速准确检测田间介体白背飞虱带毒率的方法,利用Gateway 重组技术将与病毒早期复制有关的P6 基因的N端993 bp 构建原核表达载体pDEST17-P6,并将诱导表达的目的蛋白免疫注射新西兰大白兔制备多克隆抗体。结果表明：Western blot 检测制备的P6 抗体可特异性检测SRBSDV侵染水稻的P6 蛋白,免疫荧光标记技术可检测南方水稻黑条矮缩病毒(Southern rice black streaked dwarfvirus,SRBSDV)侵染白背飞虱体内的P6 蛋白,且P6 抗体可直观高效准确地用于免疫荧光标记检测昆虫带毒率。以上研究表明,所制备的P6 抗体可用于SRBSDV的田间介体昆虫带毒率快速检测,有助于病毒病害的监测和预报。     

江苏大豆上分离的豇豆轻斑驳病毒基因组序列克隆及特征分析

为明确豇豆轻斑驳病毒江苏分离物的基因组结构特征,阐明其分类地位及进化特点,选择采自江苏的CpMMV大豆分离物作为研究对象,针对病毒基因组序列设计了4对特异性引物,以病样总RNA反转录后获得的cDNA为模板,通过分段法对其基因组序列片段进行了PCR扩增,扩增产物克隆至T载体经验证后进行序列测定,获得的序列片段经拼接组装得到病毒全基因组序列。序列分析结果显示,CpMMV江苏分离物基因组核苷酸序列全长8 194 bp,编码6个蛋白,5′端和3′端各含有一个非编码区(UTR),长度分别为72,117 nt;在编码的6个蛋白中,CP与其他分离物之间的同源性较高(96.5%～100.0%),相对保守;而RdRp(81.1%～98.2%)、TGB1(81.0%～97.0%)、TGB3(80.9%～95.6%)同源性相对较低,在不同分离物中表现较好的多样性;基于全基因组序列的系统进化分析结果显示,江苏分离物与已公开的其他CpMMV分离物同源性较高,共同聚类到一个大分支上,其中与中国安徽分离物同源性最高(98.2%),与海南分离物次之(96.0%),而与美国、巴西、印度、墨西哥、肯尼亚等国外分离物同源性...     

抗水稻黑条矮缩病RNA干扰载体的构建及遗传转化

水稻黑条矮缩病是由水稻黑条矮缩病毒引起的水稻病害,该病可导致病株生长迟缓、矮化、抽穗结实困难,严重影响了水稻的生产。在水稻黑条矮缩病毒基因组不同双链RNA序列的基础上,分别设计了5对特异性引物,通过RT-PCR获得了相应片段,结合基因沉默的方法,分别构建RNA干扰载体,并进一步将发夹结构构建入以玉米泛素Ubi为启动子、以bar基因为选择标记的改造后的植物双元表达载体pCA1300-Ubi中,经农杆菌介导对黄淮稻区主栽水稻品种圣稻13进行遗传转化,成功获得了5个含有水稻黑条矮缩病干扰片段的植物双元表达载体,经农杆菌介导获得了部分水稻转化植株。旨在为下一步对水稻黑条矮缩病的研究及抗病水稻新品种的培育提供材料。     

南繁区水稻病毒病调查与鉴定

南繁区是中国传统的冬季育制种基地,其中水稻是主要的育制种作物之一。2014年1月至2015年11月,连续两年对南繁区三亚、陵水、乐东等地水稻病毒病的发生情况进行6批次调查。分子检测结果显示,为害南繁区水稻的RNA病毒主要有3种,分别为水稻齿叶矮缩病毒(RRSV)、水稻南方黑条矮缩病毒(SRBSDV)和水稻草状矮缩病毒(RGSV),检出率分别为30.46%,7.61%和0.51%。RRSV为害最为严重,在个别田块发病率达到60%,造成绝收。结果显示在南繁育制种区域水稻病毒病冬、春季的发生率高于夏、秋季;三亚、陵水、乐东等地稻田的病毒病发病率大于其它地区。该研究使我们对海南南繁区水稻病毒病的发生形成初步的认识,为将来进一步探究该地区水稻病毒病的发生规律打下基础。     

华南农业大学发现miRNA介导病毒与水稻互作

<正>南方水稻黑条矮缩病毒(SRBSDV)是最近出现的一种水稻病毒,已经蔓延整个亚洲。这种毁灭性的病毒引起水稻植株在不同生长阶段,产生各种症状。microRNA(miRNA),一群21~24 nt的RNA分子,是植物发育过程和应激反应过程的重要调节剂。SRBSDV感染必然会影响水稻miRNA的表达丰度,然而,尚未有报道说明这种新出现的病毒与宿主miRNA之间的相互作用。华南农业大学的周国辉教授带领的     

水稻条纹病毒楚雄分离物一个重组RNA序列分析

测序鉴定水稻条纹病毒（Rice stripe virus, RSV）云南楚雄分离物（YCX07）的重组片段YCX07R。该片段由RSV RNA2的3'端序列与RNA3的3'端序列重组而成,具有RSV基因组结构特征,采取双义编码策略,即在正、负链的5'端分别存在一个阅读框,编码两个重组蛋白YCX07R-5P、YCX07R-3P。推测重组系由RNA流产性复制引起或重组的两个片段通过重组点直接联结形成。     

福建地区草莓斑驳病毒全基因组测序和分子变异分析

为了深入解析草莓斑驳病毒(strawberry mottle virus,SMoV)的分子变异以及遗传多样性,采用小RNA高通量测序结合RACE和RT-PCR技术获得了福建地区SMoV基因组全长序列。SMoV基因组RNA1和RNA2分别为7034 nt和6354 nt,均含有1个ORF,分别编码多聚蛋白P1和P2;SMoV福建分离物同其他15个SMoV分离物的同源性分析表明,RNA1核苷酸和多聚蛋白P1氨基酸同源性分别为79.2%~96.8%和89.0%~99.5%;RNA2核苷酸和多聚蛋白P2氨基酸同源性分别为77.9%~97.8%和89.9%~98.9%。SMoV福建分离物各编码蛋白同其他15个SMoV分离物的同源性分析表明,仅病毒基因组连接蛋白最为保守,其他各蛋白核苷酸序列和氨基酸序列变异均较大。福建分离物和中国部分分离物聚在一个大分支上,和中国分离物DGHY3亲缘关系最近。SMoV中国福建分离物的基因组结构与其他分离物相一致,其核苷酸序列和氨基酸序列分子变异较大,并且和中国其他分离物具有较丰富的遗传多样性,在进化上有一定的地理相关性。     

气象因素对南方水稻黑条矮缩病的影响及预测模型的创建

南方水稻黑条矮缩病是近年来在中国南方稻区新发生的一种重要病毒性病害。为了明确气象因素与发病间的关系,提高预测能力,避免严重的损失,利用化州市2006—2014年的气象数据与南方水稻黑条矮缩病田间实际发生数据,采用逐步回归和通径分析研究了南方水稻黑条矮缩病发病率与气象因素的关系。结果表明：6月中旬至7月上旬降水日数、6月下旬至7月上旬相对湿度和8月上旬平均最高气温等3个气象因子对南方水稻黑条矮缩病发病率影响最为关键。利用气象因子建立了南方水稻黑条矮缩病发病率回归模型为：y?＝-531.9999-4.4850x1+1.0238x2+3.6891x3+7.0837x4+1.0286x5-2.8431x6,利用该回归方程对历史资料的拟合效果非常好,预测能力强,适宜于化州本地乃至粤西地区。     

新城疫病毒La Sota株HN基因的克隆与序列分析

旨在从分子生物学角度进一步研究新城疫病毒La Sota株HN基因,探究NDV La Sota HN基因的遗传变异情况。研究以试验室冻存的p NDV-HN为模版,根据Gen Bank中登录的NDV La Sota株序列设计引物扩增HN基因,将其克隆到pMD18-T载体后进行鉴定,对鉴定正确的重组质粒p MD-NDV-HN进行测序分析。应用生物信息学软件对新城疫病毒Lasota株HN基因进行系统进化树分析、氨基酸序列同源性分析、糖基化位点、蛋白结构跨膜区分析及磷酸化位点预测分析。核苷酸序列测定结果表明:HN基因的序列长度为1743bp,该基因的开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)总长为1716 bp,编码571个氨基酸。生物信息学表明:试验获得的HN基因具有6个潜在糖基化位点及12个半胱氨酸残基,第5个潜在糖基化位点(508-510 aa)发生缺失及第123位半胱氨酸残基被色氨酸残基取代。La Sota株HN基因编码的蛋白质中有29个丝氨酸、10个酪氨酸和16个苏氨酸可能成为蛋白激酶磷酸化位点。将试验获得的La Sota株HN基因序列和推导的氨基酸序列与新城疫毒株的HN基因相应序列比较后发现,它们的核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性最高均可达到99%,表明HN基因在种属间具有较高的保守性。研究为新城疫病毒的分子病毒学研究奠定了基础。     

产蛋异常蛋鸭H9N2亚型禽流感病毒的分离鉴定

从表现产蛋异常的蛋鸭中分离到1 株病毒, 经血凝抑制试验（HI）和聚合酶链反应（PCR）方法鉴定为H9N2亚型禽流感病毒。在GenBank中,BLAST分析扩增的该病毒3个基因片段表明,该株病毒与96年我国山东鸡H9N2亚型禽流感病毒(A/chicken/Shandong/6/96(H9N2))各相应的基因片段同源性最高,均为99%,所扩增的3个片段均为禽源H9N2亚型禽流感病毒的相应基因片段。对HA基因的遗传进化分析表明,该病毒与参考毒株（A/CK/BJ/94）处于同一进化分支上。     

桑花叶型萎缩病病原的检测与序列分析

旨在获得安康地区桑花叶萎缩病病原序列,为桑花叶萎缩病的防治提供更多的信息。用RT-PCR技术对安康地区染花叶型萎缩病病株的病原进行了分离,克隆测序并在Mfold网站预测其二级结构。该病的病原为桑花叶萎缩类病毒MMDVd-201110151（GenBank登录号：JQ809700）,核苷酸长度357 bp,GC含量50.7%,219 bp后38个碱基与樱桃小圆形类病毒样核糖核酸具有约85%的一致性。Mfold网站预测二级结构有58.3%的碱基配对,两端为分枝状结构。成功分离到安康地区桑花叶型萎缩病病原。     

禽流感病毒H9亚型HN31株NS基因

为克隆和分析禽流感病毒（H9亚型）HN31株的NS基因的分子特征,通过RT-PCR方法扩增其NS基因,PCR产物与载体pMD19-T Vector连接,转化大肠杆菌DH5α,经蓝白斑筛选,调取阳性菌落,摇菌过夜,提取质粒进行PCR鉴定和酶切鉴定,送阳性重组质粒测序。结果显示RT-PCR产物大小为919 bp,HN31株的NS基因长度为890 bp;其与H6、H9亚型的A型流感病毒的亲缘关系比H5、H7、H3、H1亚型流感病毒更近。     

辣椒Arf GAP基因的克隆与表达分析

ADP核糖基化因子(Arf) GTP酶激活蛋白(GAPs)能够促使束缚于Arfs的GTP水解为GDP,通过转化具有活性的GTP束缚型为非活性的GDP束缚型从而达到调节Arfs的作用。本研究从辣椒幼苗叶片cDNA文库中筛选获得一个阳性克隆。核苷酸序列分析表明该基因编码一个含有408个氨基酸残基,分子量约为43.98 kD,含有一个保守的Arf GAP结构域,与葡萄、大豆中的AGD8-Like基因的同源性分别为73%和71%,与拟南芥AtAGD8同源性为65%,命名为CaAGD8。实时荧光定量PCR检测表明,与对照相比,CaAGD8基因的相对表达量在辣椒茎、叶、花及果实中表达量升高。