京海黄鸡翅重性状的全基因组关联分析

试验旨在揭示京海黄鸡翅重性状的遗传基础,寻找可用于京海黄鸡翅重性状改良的分子标记。本研究以京海黄鸡核心群母鸡为基础,测定了屠宰时的单侧翅重,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联研究(GWAS),检测与翅重相关的SNPs位点。结果表明:共检测到7个与翅重相关的SNPs位点,其中,rs2011502599、rsz26128672、rs1830645和rs475641139 4个SNP位点达到全基因组显著水平(P5.5E-07),rs476249085、rs475679707和rs473712263 3个SNP位点达到全基因组潜在显著水平(P1.1E-05);筛选每个显著SNP周围1Mb区域内的基因,共找到7个可能的候选基因,分别为PGO2、SMARCA2、ZNF302、QDPR、FBXL5、LDB2、PPARGCIA 7个基因;使用G0数据库对7个候选基因的细胞组分、分子功能和参与的生物进程进行分析发现,4个SNPs集中分布在4号染色体上的73.71~76.25Mb的区域内。表明PGO2、SMARCA2、ZNF302、QDPR、FBXL5、LDB2、PPARGC1A 7个基因和4号染色体73.71~76.25Mb区域可能为影响京海黄鸡翅重性状的重要候选基因和区域。     

京海黄鸡LYZ基因SNPs检测及其与生长、产蛋性能的联系

旨在探讨溶菌酶(lysozyme,LYZ)基因与生长和产蛋性能的关系。本研究以京海黄鸡育种场培育的慢速J+和常速J-两个品系F2代育种群为试验材料,对鸡LYZ基因外显子进行了SNP检测,分析了LYZ基因与生长和产蛋性能的关系。结果,在京海黄鸡LYZ基因外显子1和2上发现了3个突变位点(G111A、T1426C、C1492T);统计分析表明,AA基因型个体12、16周龄体质量显著高于GG和GA基因型个体,开产日龄小于GG和GA基因型个体(P0.05);TT基因型个体4、8周龄体质量和开产体质量显著低于其他基因型个体,而TN基因型个体4、8周龄体质量和开产体质量显著高于其他基因型个体(P0.05);不同单倍型在4～16周龄体质量和开产体质量差异显著(P0.05);群体遗传学分析表明,3个突变位点的基因型在两品系间差异显著(P≤0.05)。初步推断鸡LYZ基因可能是控制京海黄鸡生长发育的主基因或与主基因紧密连锁。     

IGF-I与IGFBP-1基因对京海黄鸡生长性状的遗传效应分析

旨在对IGF-I和IGFBP-1基因部分SNPs与鸡生长性状进行关联分析。试验以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测2个候选基因的单核苷酸多态性(SNPs),采用一般线性模型(GLM)分析基因型与生长性状的遗传效应。结果表明,IGF-I基因外显子3序列的60bp处有A→G的点突变,在京海黄鸡中检测到AA、AB、BB 3种基因型,A等位基因频率为0.613,B等位基因的频率为0.387;IGFBP-1基因外显子2序列的21bp处有A→T的点突变,104bp处有T→C的突变,在京海黄鸡中检测到CC、CD和DD 3种基因型,C等位基因频率为0.558,D等位基因频率为0.442。IGF-I基因BB基因型个体4周龄体质量显著高于AA和AB型个体(P<0.05);IGFBP-1基因DD基因型个体8周龄体质量显著高于CC基因型个体(P<0.05),4、12和16周龄体质量差异极显著(P<0.01)。因此,推测这些SNPs对京海黄鸡生长性状具有一定的影响,应用于鸡育种过程中的标记辅助选择可以加快育种进程。     

京海黄鸡4个肉质性状的全基因组关联分析

肉质性状对于家禽产业来说非常重要。为了获得影响鸡肉质性状的SNPs以及候选基因,本研究使用Illumina公司的鸡60K SNP芯片,对京海黄鸡的4个肉质性状(FLM、FBM、PLM、PBM)进行全基因组关联分析。结果表明:共鉴定出9个与肉质性状显著关联的SNPs位点,其中,有2个SNPs达到5%Bonferroni全基因组显著水平(P1.8E-6),7个SNPs位点达到5%Bonferroni全基因组潜在显著水平(P3.59E-6)。9个SNPs定位于LOC101747478、CBLN2、HPGDS、SETD2、ANKRD46、ZFPM2和GRM4 7个基因的附近或内部,该7个基因可能为影响京海黄鸡4个肉质性状的重要候选基因。构建5 650种单倍型,单倍型分析表明,只有一种单倍型与FLM性状显著相关。以上结果显示,本研究发现的9个SNPs和7个基因可能为影响京海黄鸡4个肉质性状的重要候选标记和基因。     

京海黄鸡新城疫和传染性支气管炎抗病性状的全基因组关联分析

旨在寻找影响京海黄鸡新城疫和传染性支气管炎抗病性状的SNP位点。本研究采用简化基因组测序的方法,检测京海黄鸡基因组的SNP位点,并对这些位点与新城疫和传染性支气管炎性状进行关联分析。结果表明:在基因组水平上有1个与京海黄鸡新城疫抗病性状显著相关的SNP位点,7个与该性状潜在显著的SNPs位点,并将这些位点定位到5个基因上,分别为EEA1、CARS2、SCML2、GRP20以及TOMIL2基因,这些基因均可能影响或调控机体的抗病及免疫能力,可以考虑作为京海黄鸡新城疫抗病性状的候选基因作为后续研究。没有发现与京海黄鸡传染性支气管炎显著相关的SNP位点,该性状可能是复杂性状,受到多种因素的影响。因此,本研究发现的几个标记位点可能对京海黄鸡的新城疫抗病性状存在一定的影响,可以作为候选基因,为京海黄鸡抗病育种过程中的标记辅助选择提供参考资料。     

Genetic Effects of IGF-Ⅰ and IGFBP-1 Genes on the Growth Traits in Jinghai Yellow Chicken

旨在对IGF-Ⅰ和IGFBP-1基因部分SNPs与鸡生长性状进行关联分析.试验以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测2个候选基因的单核苷酸多态性(SNPs),采用一般线性模型(GLM)分析基因型与生长性状的遗传效应.结果表明,IGF-Ⅰ基因外显子3序列的60 bp处有A→G的点突变,在京海黄鸡中检测到AA、AB、BB 3种基因型,A等位基因频率为0.613,B等位基因的频率为0.387;IGFBP-1基因外显子2序列的21 bp处有A→T的点突变,104 bp处有T→C的突变,在京海黄鸡中检测到CC、CD和DD 3种基因型,C等位基因频率为0.558,D等位基因频率为0.442.IGF-Ⅰ基因BB基因型个体4周龄体质量显著高于AA和AB型个体(P＜0.05);IGFBP-1基因DD基因型个体8周龄体质量显著高于CC基因型个体(P＜0.05),4、12和16周龄体质量差异极显著(P＜0.01).因此,推测这些SNPs对京海黄鸡生长性状具有一定的影响,应用于鸡育种过程中的标记辅助选择可以加快育种进程.     

MyoG与Myf5基因与京海黄鸡生长性状的相关分析

以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测MyoG和Myf5基因的单核苷酸多态性(SNPs),并分析基因型间的互作以及基因型对生长性状的遗传效应。结果表明,MyoG基因外显子3上存在一个T36C突变,形成了AA、AB和BB 3种基因型;Myf5基因外显子1上存在一个A1313G突变,形成了CC、CD和DD 3种基因型。对生长性状的最小二乘分析结果显示,BB型个体的2~16周龄均显著或极显著的高于AA型个体(P0.05或P0.01)。CD型个体仅在初生体质量上显著优于CC型个体。基因互作分析结果显示,互作效应对6、8周龄体质量的影响达到了极显著水平(P0.01)。本试验为京海黄鸡生长性状的标记辅助选择提供了参考依据。     

MC3R基因对京海黄鸡屠体性状的遗传效应分析

本研究以MC3R基因为鸡屠体性状的候选基因,旨在探讨其对京海黄鸡屠体性状的影响。运用PCR-SSCP方法结合测序技术,检测了MC3R基因在京海黄鸡群体中的多态性,并采用一般线性模型(GLM)分析基因型与屠体性状的遗传效应。结果显示,MC3R基因CDS序列检测区内,引物MR2、MR3和MR8扩增的片段具有多态性,其中引物MR2和MR3扩增片段均存在2个SNP位点,分别形成AA、AB、AC 3种基因型和EE、EF、FF、EH 4种基因型,引物MR8扩增片段只存在1个SNP位点,形成了KK、KL和LL 3种基因型;检测到的5个SNPs位点分别为CDS区C160A、G192T、C273T、G310A、G762A突变。关联分析结果显示,MR2位点对京海黄鸡各屠体性状(除腹脂质量)均有极显著影响(P0.01);MR3位点各基因型(排除个体数少于3的基因型)屠体性状间差异均不显著(P0.05),推断MR3位点对京海黄鸡屠体性状影响不显著(P0.05);MR8位点对京海黄鸡屠体质量、胸肌质量、腿肌质量、全净膛质量、半净膛质量有极显著影响(P0.01),对活体质量和腹脂质量有显著影响(P0.05)。对MR2和MR8 2个位点的效应进行联合分析,结果显示,2个位点组合基因型对所有屠体性状均有显著或极显著影响(P0.05或P0.01),其中AB/KK基因型组合为有利基因型组合,AA/LL基因型组合为不利基因型组合。因此,本研究可为京海黄鸡分子标记辅助育种提供依据,有利于加快对京海黄鸡屠体性状选择的育种进程,同时通过本研究可推测MC3R基因对家禽的屠体性状具有很大的遗传效应,为家禽育种工作提供理论依据。     

欣华鸡DRD2基因多态性及其与蛋用性状的关联分析

试验旨在研究多巴胺受体D2(dopamine receptor D2,DRD2)基因多态性及其与欣华鸡蛋用性状的相关性,寻找可用于欣华鸡蛋用性状选育的分子遗传标记。应用Primer Premier 5.0软件设计4对引物,利用PCR-RFLP技术对欣华E系鸡群的473个个体进行基因型鉴定,使用SPSS 19.0软件将欣华鸡的蛋用性状与DRD2基因多态性进行关联分析。群体多态性分析结果表明,存在4个SNPs位点:A-16105G(SNP1)、G-12510T(SNP2)、G+3360A(SNP3)和T+5042C(SNP4),其中SNP1和SNP2位点符合哈代-温伯格平衡(P0.05),且杂合度较低,但SNP3和SNP4位点显著偏离哈代-温伯格平衡(P0.05)。关联分析表明,DRD2基因4个SNPs位点与欣华E系鸡群体蛋用性状存在关联,其中与产蛋性状关联结果:SNP1与开产日龄显著关联(P0.05),SNP2与33周龄产蛋数、300日龄产蛋总数极显著关联(P0.01),SNP3与开产体重(P0.05)、300日龄产蛋总数(P0.01)、平均连产(P0.01)和最长连产(P0.05)关联,SNP4与开产日龄极显著关联(P0.01);与蛋品质关联结果:SNP1与蛋形指数(P0.01)、蛋黄颜色(P0.01)和哈氏单位(P0.05)关联,SNP2与蛋黄重显著关联(P0.05),SNP3与蛋壳强度极显著关联(P0.01),SNP4与蛋黄重、蛋清重和哈氏单位显著关联(P0.05)。单倍型分析发现,DRD2基因4个SNPs位点的不同单倍型组合与欣华鸡的最长连产长度呈极显著相关(P0.01),与哈氏单位呈显著相关(P0.05)。组织表达谱分析发现,DRD2基因主要在欣华E系鸡垂体中表达,在58周龄鸡胸肌中有较高表达,在36周龄鸡脑中有少量表达。结果表明,DRD2基因可作为候选基因辅助用于欣华E系鸡群体蛋用性状的遗传改良。     

京海黄鸡体组成性状的全基因组关联分析

为了获得影响京海黄鸡体组成性状的SNPs标记及候选基因,为京海黄鸡的进一步遗传改良提供新的方法,本研究使用Illumina公司的鸡60KSNP芯片,对京海黄鸡13个体组成性状进行全基因组关联分析。共筛选出13个与体组成性状达到5%Bonferroni全基因组显著相关的SNPs(P1.8E-6),130个达到5%Bonferroni全基因组潜在相关的SNPs(P3.59E-5)。13个显著SNPs位于GRIK1、NCAPG、KCNIP4和CACNA2 D2等12个基因的附近或内部,其中6个SNPs位于4号染色体上一个1.6Mb区域(74.3~75.9Mb)。130个潜在显著的SNPs中,有25个集中分布在4号染色体上的一个7.4Mb(71.5~78.9Mb)的区域内。共构建了5 650种单倍型,其中,14个与京海黄鸡6个体组成性状显著相关,14个单倍型中,9个位于4号染色体74.3~75.9Mb区域内,该区域内包括LCORL、QDPR、KCNIP4、LDB2和FAM184B在内的多个功能基因。本研究结果表明,位于4号染色体的71.5~78.9 Mb区域以及该区域附近的GRIK1、NCAPG、KCNIP4、CACNA2 D2、LCORL、QDPR、KCNIP4、LDB2和FAM184B基因对京海黄鸡的体组成有重要影响。