SSR标记在宁波地区水稻品种DNA指纹图谱构建及纯度鉴定中的应用

利用农业行业标准NY/T-1433-2007、NY/T-1433-2014中推荐的53对SSR引物,对宁波地区34个水稻品种进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析。53对引物在研究材料中共获得183个等位基因,每对引物得到的等位基因数为1～7个,平均每对引物可获得3.5个等位基因。遗传相似性和聚类分析结果表明,34份水稻品种在遗传相似系数为0.5处可分为籼粳两个类群,其中,甬优系列籼粳杂交组合、6个常规粳稻及3个糯稻归为粳稻类群,6个常规籼稻和5个杂交籼稻归为籼稻类群。用RM590和RM3331对19个甬优杂交稻系列品种进行100粒种子的纯度鉴定,仅甬优2640和甬优50检测到1个单株的混杂。结果为SSR标记在宁波水稻品种的纯度和真伪鉴定方面的应用提供了一定的技术支撑。     

太湖流域粳稻地方品种的微卫星分析

 采用45对SSR引物对224份太湖流域粳稻地方品种进行遗传多样性分析,共检测到162个等位变异,每个位点等位基因数的变幅为2～7,平均为3.6。各位点Nei基因多样性指数变异较大,为0.009（RM169）～0.663（RM444）,平均为0.197。青稻、黄稻、红稻和白稻各传统生态型均具较低的遗传多样性。分子方差分析表明,SSR遗传变异绝大部分存在于传统生态型内。青稻与红稻间、青稻与白稻、红稻与白稻、红稻与黄稻间遗传分化显著。太湖流域粳稻地方品种SSR多样性较低,稀有类型等位基因较多。这对科学制定太湖粳稻地方资源的保护和利用策略具有指导意义。     

大麦基因型间SSR标记的多态性及其亲缘关系分析

为了解大麦种质资源的遗传多样性,利用位于大麦7条染色体上的42对SSR引物对42个大麦种质多态性及其亲缘关系进行了分析,结果表明,42对SSR引物在42个大麦品种间均有多态性,共检测到112个等位基因,每一对引物的等位基因个数在2～5之间,平均为2.591个。42对SSR引物的多态性信息含量(PIC)变幅为0.321～0.857,平均为0.433。聚类结果表明,这些大麦基因型间的遗传相似系数分布范围较小,为0.321～0.857,在遗传相似系数值0.550水平上,这些品种聚成4大类。SSR标记揭示多数二棱啤酒大麦和多棱饲料大麦品种分别聚在不同类群中,表明其遗传距离较远,遗传基础较广泛;同一类品种(系)间的分布范围相对较近,表明其遗传基础较狭窄;大麦地方品种遗传背景相对复杂。     

利用SSR分子标记分析云南陆稻品种遗传多样性

 利用24对SSR引物对云南131个陆稻品种进行遗传多样性分析。共检测到195个等位基因。每个位点的等位基因数平均为8.125个,范围在5(RM55)～13(RM218、RM241)之间;平均表观杂合度为0.0014,平均期望杂合度为0.6545;平均Shannon Weaver指数(I)为1.381;Nei基因多样性指数(H)平均为0.6543,变幅为0.2073(RM235)～0.8689(RM218)。不同地区间陆稻种质资源遗传多样性比较分析表明,滇西南和滇南地区存在丰富的遗传变异,是云南陆稻品种遗传多样性的分布中心。藏缅语族和孟 高棉语族所种植的陆稻品种遗传多样性最丰富。AMOVA分析表明陆稻的遗传变异主要存在于地区内品种间(82%),只有3%遗传变异存在于地区间,品种内的遗传变异占15%。聚类分析显示Nei遗传相似系数为0.22时,云南陆稻品种分为籼粳两个类群,主坐标分析与UPGMA聚类结果基本吻合,并将类群Ⅳ的4个偏籼品种从粳稻类群中重新划归到籼稻类群中,校正了UPGMA聚类的误差,但是不能区分地理组。     

石斛兰亲缘关系的SSR分析

利用SSR标记分析石斛兰品种遗传多样性及亲缘关系,为合理利用石斛兰种质资源、培育观赏价值高的石斛兰新品种提供依据.从22对SSR引物中筛选获得11对多态性引物,对28个市场流行石斛兰品种的基因组DNA进行扩增.共获得158条多态性位点,平均每个引物产生14个多态性条位点.材料间遗传相似系数变化范围为0.04～0.85,根据SSR标记的结果,采用UPGMA法进行聚类分析,在相似系数0.295处将28份石斛兰种质分为5类.结果表明,石斛兰品种具有丰富的遗传多样性,遗传基础较宽;SSR标记技术很好地从分子水平上揭示石斛兰品种的遗传背景、亲缘关系.     

中国西南地区小麦品种(系)遗传多样性的SSR分析

为了给中国西南地区小麦新品种选育以及杂种优势研究提供依据,采用微卫星分子标记(SSR)对2005～2006年西南地区参加国家小麦区试及预试的33个小麦品种(系)进行了遗传多样性分析,筛选出24对扩增谱带稳定的引物,共检测到126个等位基因变异,每对引物检测等位基因3～11个,平均5.25个.33个品种(系)之间的遗传相似系数为0.373～0.794,平均为0.597.品种间遗传相似系数变幅较大,表明西南麦区小麦品种(系)间存在着不同程度的遗传多样性差异.用UPGMA法可将33个品种(系)分为6个类群,聚类结果在一定程度上反映了它们之间的亲缘关系.     

中国西南地区小麦品种（系）遗传多样性的SSR分析

为了给中国西南地区小麦新品种选育以及杂种优势研究提供依据,采用微卫星分子标记（SSR）对2005～2006年西南地区参加国家小麦区试及预试的33个小麦品种（系）进行了遗传多样性分析,筛选出24对扩增谱带稳定的引物,共检测到126个等位基因变异,每对引物检测等位基因3～11个,平均5．25个。33个品种（系）之间的遗传相似系数为0．373～0．794,平均为0．597。品种间遗传相似系数变幅较大,表明西南麦区小麦品种（系）间存在着不同程度的遗传多样性差异。用UPGMA法可将33个品种（系）分为6个类群,聚类结果在一定程度上反映了它们之间的亲缘关系。     

南方主要两系不育系遗传多样性分析及指纹图谱构建

分析水稻两系不育系遗传多样性和构建指纹图谱,可为两系不育系选育与组合选配、品种真实性和纯度鉴定提供理论依据。以目前中国南方广泛应用的11个水稻两系不育系为研究材料,利用分布于水稻12条染色体上的48对SSR引物,结合荧光毛细管电泳检测方法,进行遗传多样性分析,并构建指纹图谱。结果表明,48对SSR引物在供试材料中共扩增出122个多态性片段,平均每对引物可检测出2.54个等位基因,平均PIC值为0.412,平均有效等位基因数为1.96;11个不育系间的遗传相似系数变幅为0.45～0.93,平均为0.64,遗传背景趋同,亲缘关系较近;以遗传相似系数0.58为阈值,将供试不育系分为3个群:株1S及其衍生系聚为Ⅰ群,广占63S单独为Ⅱ群,其他不育系聚为Ⅲ群。选用12对多态性较高的SSR引物构建的指纹图谱能区分11个两系不育系。     

东南亚与南亚稻属AA基因组种间的遗传多样性差异

选用36对水稻微卫星（SSR）引物,对稻属428份东南亚及南亚AA组种进行遗传多样性分析。试验结果显示选取的SSR标记均具有多态性,多态性位点百分率（P）达100%。36个多态位点共扩增出311个等位基因,每个位点3～17个,平均8.6。Nei基因多样性指数（He）平均为0.650,变幅为0.337（RM455）～0.865（RM169）。东南亚稻属AA组的SSR多样性大于南亚,两地区又以普通野生稻的多样性指数（He）最大。种（类型）间遗传分化东南亚小于南亚,其中以尼瓦拉野生稻与亚洲栽培稻的遗传分化程度最大。特异等位基因的数量、涉及的位点数及频率均表明东南亚及南亚稻属AA组间具有较大的遗传差异,而某些特异位点（如RM161）等位基因所显示的较高频率,则表明该位点较高的鉴别效率。     

云南省不同地理位置水稻品种遗传多样性分析

在云南省的6个试验点收集了160个生产上使用的水稻(Oryzasativa)品种,用24对SSR引物对其进行遗传多样性分析,结果显示,24个标记都具有多态性,共检测到324个等位基因,每个多态位点检测到的等位基因数为7～20个,平均13.46个,总群体平均香农指数为2.0356,平均期望杂合度为0.8353。160个品种在相似系数0.101～0.996之间存在显著的遗传变异。AMOVA分析表明,水稻的遗传变异主要存在于地区内品种间(54%),只有7%遗传变异存在于地区间,品种内的遗传变异占39%。各试验点水稻品种遗传多样性分布不均匀,由高到低依次为:永德>元阳>石屏>保山>玉溪>石林。本研究结果表明,云南省水稻品种具有丰富的遗传多样性,但不同地理位置的水稻品种遗传多样性差异较大,这也为有效进行水稻种质资源的收集保存和利用模式提供了理论基础。     

大麦DUS测试标准品种的遗传多样性分析及指纹图谱的构建

为对大麦种子的真伪进行有效监控,防止假冒伪劣品种进入市场,也为新品种登记测试以及种质资源遗传多样性分析提供参考,采用SSR标记技术对29个大麦DUS测试标准品种进行了遗传多样性分析和指纹图谱的构建.利用筛选出的28对有多态性的SSR引物共扩增出125个等位基因,每对引物可扩增出3～7个等位基因,平均4.46个等位基因,每对引物在29个品种中的PIC值为0.25～0.81,平均为0.62.聚类分析表明,29个大麦DUS测试标准品种可聚成4类,具有较远的亲缘关系,这些材料首先按照穗棱型进行聚类,表明不同穗棱型品种间存在较大遗传差异.构建了29个大麦DUS测试标准品种在28个SSR位点上的指纹图谱.     

法国甘蔗种质资源遗传多样性的AFLP分析

甘蔗种质的遗传多样性研究，能为种质的杂交和创新利用提供参考。本研究对43份法国甘蔗种质开展遗传多样性分析，用10对AFLP引物总计扩增出1 222条带，多态性条带为891条，多态性条带比率为72.91%。43份法国甘蔗种质间的相似性系数平均为0.809,最小是0.721,最大是0.880。每个位点的多态信息量是0.182,有效等位基因数是1.304,多样性指数是0.283。聚类结果显示在相似性系数0.78处切割时，可划分为2个类群，第Ⅰ类群包括‘FR97-047’、‘FR93-1066’、‘FR96-245’、‘FR97-053’、‘FR93-910’、‘FR93-316’、‘FR97-164’和‘FR93-697’;第Ⅱ类群有35份种质。43份法国甘蔗种质亲缘关系较近，遗传多样性并不丰富。     

部分常用水稻品种的指纹图谱构建和遗传多样性分析

以不同类型的90份常用水稻品种为材料,利用筛选的19对SSR多态性引物构建了其指纹图谱,并分析了其遗传多样性。结果表明,19对SSR引物在90份水稻材料中共扩增出71个多态性片段,每个SSR位点可检测到2~7个等位基因,平均为3.74个;多态信息含量(PIC)值在0.228 3~0.790 6之间,平均值为0.542 1;Shannon信息指数(I)在0.244 9~1.796 1之间,平均值为1.021。聚类分析表明,90份材料的遗传相似系数在0.59~1之间,以遗传相似系数值0.66为阈值,可以将供试材料分成5个群,聚类结果较好地体现了各品种之间的亲缘关系。     

用SSR分子标记研究茶组植物种间亲缘进化关系

本研究利用50对来自茶系的SSR引物对41份茶组资源进行PCR扩增,研究不同类型SSR引物的通用性和多样性指数。研究结果表明,茶系的SSR引物在茶组植物中的通用性高,其中EST-SSR通用性多态位点的比例达到60%。另外,利用SSR标记技术对茶组材料的遗传多样性进行分析。不同位点在种间的等位基因数为2～6个,平均每个位点4.21个等位基因。通过UPGMA方法构建了茶组12个种的遗传进化关系图。     

33个育成花生品种遗传多样性分析

利用75对SSR标记引物对33个育成花生品种进行遗传多样性分析,结果表明,其中有10对标记引物扩增出多态性,共检测到33个多态等位点,每对引物分别检测出4～8个等位点变异,平均为6.0个,33个花生品种间的遗传相似系数在0.242～1.000之间,平均为0.621。聚类分析结果表明33个参试花生品种在遗传相似系数0.600处分为2个类群,亲本来源相近的品种优先聚在一起。     

贵州地方水稻品种的SSR遗传多样性分析

利用21对SSR引物对74份贵州"禾"水稻品种及6份国际上常用的典型籼稻和粳稻品种进行遗传多样性研究。共检测到92个等位基因,每个位点的等位基因数变幅为2~9个,平均4.381个;平均Shannon信息指数为0.935,变幅为0·2793~1.8732;期望杂合度为0.5145,范围在0.0988~0.8313;品种间遗传相似系数为0.64~0.98。UPGMA聚类分析表明,在相似系数为0.682处可将"禾"品种分为4大类,大部分材料被聚类到典型粳稻的附近,品种间的亲缘关系与地理来源关系不大;主坐标分析结果与UPGMA聚类结果基本吻合。SSR检测结果表明,贵州省水稻地方品种——"禾"的多样性程度较低,且大多数属于粳稻。     

火龙果主要商业品种SSR指纹图谱构建和遗传多样性分析

为了准确鉴定火龙果主要商业品种和评估其遗传多样性,本研究利用20对火龙果SSR核心引物对58个火龙果品种进行遗传多样性分析,采用毛细管电泳技术进行多态性位点检测,共检测到116个多态位点,平均每个位点等位基因数（Na）为5.8个,有效等位基因数（Ne）为2.0519,观测杂合度（Ho）为0.3318,期望杂合度（He）为0.4603,多态性信息含量指数（PIC）为0.417。基于遗传相似系数聚类结果,将火龙果主要商业品种分为3大类群。依据20对SSR引物在58个品种中扩增的特异带型组合,选取其中9对引物采用引物-带型组合法构建了58个火龙果品种的指纹图谱,品种鉴定的置信概率几乎为100%。研究结果可为火龙果种质分类、品种鉴定和品种权保护提供重要的理论依据与技术支撑。     

SSR标记马铃薯育成品种的遗传多样性分析

分析65份马铃薯(Solanum tuberosum L.)育成品种的遗传关系,为主食化马铃薯新品种选育中亲本的选配提供理论依据。采用轮筛法从100对马铃薯SSR引物中筛选出条带清晰、重复性好、多态性较高的引物。利用筛选出的25对SSR引物对65份马铃薯品种的遗传多样性进行扩增分析,用NTSYS-pc 2.1软件分析供试材料的遗传关系。25对SSR引物共扩增出145个位点,其中多态性位点145个,占总扩增位点的100%。供试材料间的遗传相似系数为0.60～0.93,表明供试材料间遗传差异相对较大。UPGMA聚类结果表明,在遗传相似系数为0.60时,供试材料被分为两大类,‘华恩1号’单独聚为第一类,其余64份材料聚为第二类;在遗传相似系数为0.61时,第二类又分为两个亚类,‘农天1号’、‘甘谷紫’、‘天薯9号’、‘五龙洋芋’、‘天薯10号’聚为第一亚类;其余59份材料聚为第二亚类;在相似系数为0.64时,第二亚类又分为2个亚亚类:第1亚亚类为‘天薯11号’、‘青薯10号’、‘青薯6号’、‘甘谷红’和‘秦州红’,其余54份材料聚为第2亚亚类。结果表明,供试材料中部分品种间亲缘关系较远,但同一育种单位育成的品种遗传差异较小,育种中可以充分利用遗传关系较远的马铃薯品种作为亲本材料。     

西双版纳糯玉米地方品种遗传多样性分析

利用SSR标记对西双版纳的36个小糯玉米地方品种和2个对照品种进行遗传多样性研究。从800余对SSR引物中筛选出100对多态性好、稳定性高的SSR引物。结果表明, 这100对SSR引物在36个糯玉米地方品种中共检测出353个等位基因, 每对引物检测出2～8个, 平均为3.53个, 平均多态性息量(PIC)为0.53, 平均标记索引系数(MI)为2.00。聚类分析表明, 糯玉米地方品种聚为6个类群, 与对照品种相比, 地方品种独立成群。     

长江流域主要常规双季早籼稻的遗传相似性分析及指纹图谱构建

【目的】构建常规早稻品种的指纹图谱以及分析其遗传相似性,为早稻品种鉴定、育种者有效选配亲本提供参考依据。【方法】以2000年以来长江流域双季稻区通过省级以上审定的常规早稻品种为材料,利用50对多态性高,稳定性好,且均匀分布于水稻12条染色体的SSR引物,建立常规早稻的SSR指纹图谱。利用NTSYS PC Version 2.10e软件、UPGMA法进行聚类分析。【结果】50对引物共检测到多态性位点154个,每对引物检测到的等位基因数为2~6个,平均3.08个;引物多态信息含量(PIC)值为0.03~0.75,平均值为0.36。62份材料的遗传相似系数变化范围为0.66~1,并且在相似系数为0.73处可分为浙江省内品种及省外品种2组,各组间差异不大。【结论】结合系谱关系发现,本研究中所用早稻品种的遗传背景较为狭窄。