核桃属种质资源的EST-SSR标记研究

 用18对EST-SSR引物对核桃属（Juglans L.）中的6个黑核桃组（Sect. Rhysocayon）样品、14个核桃楸组（Sect. Cardiocaryon）样品、28个核桃组（Sect. Juglans）样品和山核桃属（Carya Nutt）中的4个长山核桃（C. illinoinensis Koch.）样品进行了PCR扩增。在18个EST-SSR位点上共获得110个等位基因,每个位点扩增等位基因3 ~ 10个,平均6.1个;各位点的观察杂合度为0.057 ~ 0.574,平均为0.323;各位点PIC值在0.3723 ~ 0.8795之间,平均为0.6890。18对EST-SSR引物在长山核桃、黑核桃组、核桃楸组、铁核桃和核桃样品中,EST-SSR位点平均有效扩增率分别为87.5%、96.3%、98.8%、100%和99.8%,说明核桃EST-SSR在种、属间具有良好的通用性。聚类分析表明：在属间和核桃属内组间的聚类清晰,结果与传统分类一致。在核桃种内,参试样品可分为新疆、华北和西藏3个地理生态型,来自陕西的核桃样品与来自北京、山东、河南的样品混聚在一起,表明陕西核桃与华北核桃应属于同一地理生态型。在铁核桃种内,‘金沙江铁核桃1’、‘金沙江铁核桃2’与‘永平铁核桃1’聚为铁核桃种。‘三台’和‘丽江铁核桃1’铁核桃样品,还有‘丽江核桃1’与西藏核桃聚在一起,说明‘丽江核桃1’应属于西藏核桃地理生态型,并且部分铁核桃与西藏核桃的亲缘关系较近。这可能是由于铁核桃与核桃混生,自然杂交使一些铁核桃后代含有了核桃基因。     

利用苹果SSR引物分析山楂属植物遗传关系

SSR引物在不同物种间具有通用性,从141对苹果属(Malus spp.)SSR引物中筛选出10对适合于山楂属(Crataegus spp.)植物的SSR引物,并对8个种37份山楂种质资源的遗传关系进行了分析。10对SSR引物共检测到91个多态性谱带,每个位点的等位基因数为3～13个,平均为9.1个。位点杂合度为0.432～0.790,平均为0.688。10对SSR引物可以将20份山楂资源区分开,17份不能区分的资源分为3组,第1组为3个伏山楂品种,第2组和第3组分别包括大果山楂的2个和12个品种。基于SSR标记构建的聚类树状图将供试37份山楂资源分成2个类群,第1类群包括6个山楂野生种,第2类群包括供试的所有伏山楂、山楂和大果山楂资源。该聚类结果与传统形态学分类一致。     

苹果属种质资源亲缘关系的SSR分析

应用SSR技术对59份苹果属材料进行基因组的多态性分析,从20对引物中筛选出12对SSR引物扩增出176个等位基因,平均每个位点14.7个等位基因。位点杂合度为0.4039～0.7412,遗传多样性指数为0.6156。用3对引物(CH02a04、CH02g04和CH01f03b)即可区分全部供试材料。NTSYS软件进行相似系数计算,UPGMA法聚类分析将59份苹果属材料分为3大类群,即栽培品种、地方品种和新疆的野生苹果、野生种或其变种。栽培品种中具有相同亲本起源的品种被紧密地聚到了一起,相似系数较高;地方品种与新疆的野生苹果的聚类相互交错,呈现出新疆的野生苹果作为东亚基因中心的起源种与中国各地方品种在起源演化上的相关性;各野生种及其变种类型均聚到了一起,与传统的系谱基本一致。     

山西梨属植物资源的SSR遗传多样性分析

以50份野生梨属植物资源为试材,应用SSR分子标记技术对其进行了遗传多样性分析,以探索山西省梨属植物资源的遗传多样性。结果表明:筛选的40对SSR引物扩增得到236个等位基因位点,平均每对引物扩增得到5.90个等位点。不同样品间遗传多样性指数为0.276 2~0.431 9,检测位点杂合度为0.335 0~0.775 0,多态信息含量变化范围在0.236 8~0.431 2,表明4个遗传多样性参数均表现出较高的遗传多样性。聚类分析结果显示,50份样品相似系数的变化范围在0.444 9~0.944 9,样品在相似系数0.57处被分为四大类群,类群I为豆梨类,类群II、III、IV为杜梨类;其中,类群II、III集中了大部分白家山和绛县地区的样品,类群IV的样品全部来自太谷,表明山西梨属植物资源的聚类结果与样品的地理分布基本吻合;发现大果、绿皮杜梨野生资源。     

基于SSR标记的核桃种质资源遗传多样性与遗传结构分析

以58份核桃品种(优株)为试材，利用荧光SSR分子标记方法评价了58份种质资源的群体遗传多样性，分析其遗传结构特征，构建NJ聚类图，以期准确了解58份核桃种质的遗传背景和亲缘关系，为核桃属种质资源的合理利用、遗传资源的保存以及开发合理的育种方案和策略提供参考依据。结果表明：1)试验筛选出的15对SSR引物具有较高的多态性，共扩增出109个多态性等位基因(Na),平均每对引物的观测等位基因数(Na)为7.267,平均有效等位基因(Ne)3.069,平均观测杂合度(Ho) 0.519,平均期望杂合度(He)0.653,平均多态性信息量(PIC)0.603 5,平均香农指数(I)1.327。2)58份核桃品种(优株)间遗传距离范围为0.181～0.742,变幅为0.561,品种间遗传距离≥0.5的比例为44.19%,≥0.6的比例为13.5%,遗传基础较宽广，遗传信息丰富，遗传多样性水平较高。3)基于Nei遗传距离聚类分析，58份核桃品种(优株)可聚成3个类群，聚类结果与表型性状、亲缘来源有关，与地理位置相关度不大。4)群体遗传结构分析中，Q>0.6占比81.03%,基因混合来源比例较...     

野生二倍体草莓的SSR分子标记开发及核心种质的构建

用MISA程序搜索森林草莓（Fragaria vesca L.）基因组获得106 829个SSR位点，比对森林草莓等8种二倍体草莓的基因组获得唯一且共同的SSR序列5778个，其中单、二、三、四、五、六核苷酸类型以及复杂重复类型分别为3461、1223、999、57、7、5、26。在26个复杂重复类型中，有18个SSR位点在森林草莓、中国草莓（F. chinensis Lozinsk）、东北草莓（F. mandshurica Staudt）、黄毛草莓（F. nilgerrensis Schlecht.）、西藏草莓（F. nubicola Lindl.）、峨眉草莓（F. emeiensis Jia J. Lei）、五叶草莓（F. pentaphylla Lozinsk）和绿色草莓（F. viridis Duch.）等8个二倍体种的176份资源重测序数据中具有较高的覆盖度，通过检测获得了444个等位基因，平均有效等位基因数为7.899,Shannon信息指数在0.836～3.362之间，观察杂合度在0.006～0.477之间，期望杂合度在0.324～0.953之间，多态信息含量（PIC）介...     

四川干旱干热河谷核桃资源遗传多样性分析

利用AFLP-银染技术,对四川干旱半干旱河谷流域的4个核桃居群和干热河谷流域的2个铁核桃居群共46个样品进行遗传多样性与亲缘关系分析。选择EcoRⅠ/MseⅠ酶切组合,选用多态性高、分辨力强的引物组合E32/M48、E32/M61、E33/M61、E33/M62、E35/M74、E41/M48分别对供试材料的基因组DNA进行选择性扩增,共扩增出475个遗传位点,其中332个多态位点,多态率为69.89%;核桃群体所检出的位点平均有效等位基因数Ae、Nei’s基因多样度H、平均Shannon信息指数I分别为1.2972、0.1745、0.2629,而铁核桃群体分别为1.2758、0.1616、0.2422;从种级水平来看,2物种内部居群间的遗传分化系数Gst分别为0.3794,0.2252,表明核桃群体与铁核桃群体的变异主要存在于居群内,分子方差分析(AMOVA)的结果与以上分析结果一致;主成分分析(PCA)结果与聚类分析的结果相符;从Nei’s遗传距离和遗传一致度分析了各供试资源间的亲缘关系;经SPSS分析表明居群间的遗传距离与地理距离之间存在极显著相关性(R2=0.847**)。从研究结果可得出以下结论,物种的繁育系统、居群间的基因流、地理隔离是该区域核桃及铁核桃居群遗传结构形成的主要原因。     

辣椒种质遗传多样性分析

采用SSR标记方法,应用20对多态性SSR引物对311份国内外辣椒种质的DNA进行扩增,统计电泳检测结果,使用Powermaker 3.25软件计算等位基因数和变异范围,采用Neighbor-Joining法应用DARwin 6.0软件进行聚类分析,STRUCTURE 2.3软件进行群体遗传结构分析。结果表明,20对引物共扩增出263个等位基因,每个位点的变异范围为2~16个,平均每位点13.15个等位基因,每个位点PIC值变异范围为0.12~0.91,平均为0.823;基于Neighbor-Joining聚类方法将311份辣椒种质分为3组;进一步群体结构分析可将种质划分为3个群体,不同群体间的界限十分明显,且群体间的基因渗透较高。     

化州橘红种质资源的SSR标记分析

利用核基因组简单序列重复（Simple sequence repeat,SSR）DNA标记,对11份化州橘红及其相关种质的遗传多样性进行了研究。结果表明：6对SSR分子标记引物共扩增出32个等位基因,每对引物可扩增3～8个等位基因;11份种质在SSR位点上的PIC值介于0.1763到0.4400之间,平均为0.2761。聚类分析表明,在Nei s遗传相似系数0.85处,可将所研究的种质分为6组,其中有5组分布有化州橘红种质,表明化州橘红不同种质间有较大的遗传差异。     

榧树转录组SSR信息分析及其分子标记开发

【目的】基于‘细榧’(Torreya grandis‘Xifei’)和‘圆榧’(T.grandis‘Dielsii’)种子转录组数据,开发SSR分子标记,为榧属植物遗传多样性研究奠定基础。【方法】利用MISA软件对筛选得到的1 kb以上的Unigene做SSR分析,利用Primer 3.0设计引物,随机选择49对引物进行多态性扩增。【结果】在22 976条评估数目中,包含SSR位点5 458个,共鉴定出6种类型的SSR。单核苷酸重复、三核苷酸重复和二核苷酸重复分别占SSR总数的64.9%、18.56%和14.77%。对5 458个SSR位点设计出4 633对SSR引物,随机选择49对在10份榧属植物中进行多态性扩增,其中16对引物表现出多态性,各个位点的等位基因数为2~6个,平均等位基因数3个,多态信息含量PIC、观测杂合度Ho、期望杂合度He的平均值分别是0.464 4、0.283 7和0.500 6。【结论】榧树转录组测序数据能够提供丰富的SSR位点,用于快速高效地开发SSR引物。所开发的引物能为榧树遗传多样性研究、品种指纹图谱构建和分子标记辅助选择育种提供标记选择。     

西藏林芝地区核桃表型特征研究

通过对西藏林芝地区核桃表型特征进行研究,以期为西藏核桃的选育提供参考。依照核桃的性状调查方法,研究了林芝地区4个居群8个核桃家系:朗县(LX1-4)、米林县(ML7-8)、林芝县(LZ5-6)和2个铁核桃家系:波密县(BM9-10)的叶型、不同居群核桃表型特征以及坚果特征。结果表明:顶叶长与宽之比LX2最大,ML7最小;复叶长与宽比例LZ5最大,BM10最小;复叶最长的为ML7,最短者为BM10。坚果质量:BM>LX>ML>LZ;仁坚比:LX>ML>LZ>BM;壳厚:BM>LZ>ML>LX。坚果纵横径比值最大的为BM9,最小的为LX1。林芝地区朗县核桃可作为优良家系进行繁殖,波密的铁核桃保持着较高的遗传多样性,是选种和育种的优先资源。     

云南早实早熟杂交核桃新品种——云新90303号的选育

核桃新品种云新90303号,亲本为三台核桃×新早13号(新疆早实优株)。经过10余年在不同生态条件地区比较试验,该新品种果实为椭圆形,外观好,平均单果质量13g,最大果质量16g,仁色白,壳厚0.9mm,出仁率59.40%,含油率68.2%,食味香纯。昆明地区9月上旬成熟,早实、丰产,质优、抗寒、树体矮化。     

普通核桃(Juglans regia)3个群体遗传结构的SSR分析

以新疆伊犁野核桃、喀什实生核桃及部分栽培品种共80份种质材料为试材,利用来自黑核桃的7对SSR引物进行群体遗传结构分析。结果显示,7对引物多态性带比率为92.3%～100%,均具有较高的多态性;伊犁野核桃、喀什实生核桃及栽培品种3个群体的期望杂合度分别为0.2325、0.3085、0.305,香农系数分别为0.3361、0.4669、0.4646,多态性带百分率分别为56.52、95.83、86.84%,表明3个核桃群体具有较高的遗传多样性水平,3个指标均显示喀什群体的最高、伊犁的最低;从3个群体中随机选出10个株系或品种进行聚类分析,所有参试株系或品种相互交叉,说明伊犁野核桃、喀什实生核桃和栽培品种之间存在基因渗透和交流(基因流Nm=2.0934);讨论了伊犁野核桃、喀什实生核桃和栽培品种的亲缘演化关系,研究结果为"我国是世界栽培核桃的起源中心之一"的论断进一步提供了分子证据。     

核桃新品种‘云林3号’

‘云林3号’是从云南省鲁甸县深纹核桃实生群体中选育出的新品种。坚果扁圆球形,三径均值3.41 cm,坚果单粒质量11.69 g,壳面光滑,壳厚0.87 mm,内褶壁退化,取仁易,能取整仁,仁质量7.01 g,出仁率59.99%,核仁饱满饱胀,内种皮黄白色,味香无异味。种仁含油率为71.4%,蛋白质含量为16.8%。丰产、优质,能避开晚霜危害。     

核桃砧木新品种‘中宁强’

核桃砧木新品种‘中宁强’是由美国引进的魁核桃(Juglans major)与河南省洛宁县核桃(Juglans regia L.)杂交选育而成。具有树干通直,根系发达,分枝力强,生长速度快,抗干旱,耐瘠薄,嫁接亲合力高等特点,年胸径生长量1.7 cm,为核桃的1.7倍。嫩枝扦插生根率85%,作砧木嫁接核桃品种的枝接成活率90%以上,芽接成活率95%,嫁接的核桃品种表现出生长势旺盛,坚果仁更加香甜。适宜在华北、西北、华东和西南核桃主产区应用。     

西藏核桃种质资源研究

核桃是我国的重要果树,也是西藏重要的木本油料作物.种质资源是核桃品种选育的基础,为了科学利用西藏丰富的核桃种质资源,为育种提供基础资料,研究了西藏核桃的起源、历史,详细介绍了西藏核桃的分布、种质资源分类、核桃群落类型划分、命名以及品种选育工作.结果表明,西藏的核桃主要有3个分布区域:雅鲁藏布江流域、怒江流域和澜沧江流域...     

不同采收期对核桃种子生命能力的影响研究

以早实核桃辽核1号、香玲、中林5号为试材,分别于2008年8月82、12、5日和9月16、日采样后带青皮直播。研究对发芽率、苗木生长等生命指标的影响。结果表明:不同采收期核桃的种子成熟度存在明显差异,9月上、中旬是核桃种子生命能力较强的最佳采收期,过早采收影响种子的生命能力。     

云南核桃不同套种模式根际丛枝菌根真菌多样性

以云南省昌宁县5种不同套种模式的十年生核桃为试材,按照丛枝菌根形态学的研究方法,研究了不同套种模式下核桃根系中AMF侵染情况和根际AMF群落组成和多样性,以期为核桃种植园中AMF自然潜力的充分发挥以及菌根技术的应用提供科学参考依据。结果表明:5种套种模式的核桃园中,核桃均与AMF形成了典型的丛枝菌根共生体,根系中AMF的总侵染率在64.63%~91.81%;从5种处理的核桃根际土中共分离到6属15种AMF,其中近明球囊霉是共有的优势种;5种处理AMF的孢子密度介于86~1 442个·(50g)^-1土。统计分析表明,5种不同处理核桃根系中AMF总侵染率和根际土壤中AMF孢子密度差异显著,其中套种茶树的种植园中AMF总侵染率和孢子密度最高,显著高于其它4种处理,而套种豌豆的种植园中AMF总侵染率和孢子密度最低。不同套种及相应的耕作方式对AMF的种类组成和多样性影响较大,该研究得出在土壤翻耕扰动较少的种植园,核桃根系中有较高的AMF定殖率,根际土壤中的孢子密度也较大。套种茶树较有利于核桃园AMF繁殖以及AMF数量和多样性的保持,是核桃林下一种较理想的种植模式。