29个梨品种SSR特征指纹数据表的构建

【目的】为便于果树种质区分鉴定,资源交换、管理和利用,新品种特异性、一致性和稳定性(DUS)测试,以29个梨品种SSR指纹数据作为基础数据,演示了一种二倍体果树品种SSR特征指纹数据表的构建方法。【方法】经过SSR位点基因型数目统计,SSR位点排序,供试品种排序区分和数据标示,表格优化等数据整合处理步骤,构建了29个梨品种SSR特征指纹数据表。【结果】12对SSR引物中,CH04h02和NAUpy65d 2对引物能将供试的29个梨品种全部区分开,可作为鉴定这29个梨品种时的核心引物加以利用。【结论】该方法简便易行,特征指纹数据表数据信息展示全面直观,品种区分关系一目了然,便于交流共享和指纹图谱数据库共建。     

80个梨品种SSR特征指纹数据表的构建

【目的】通过鉴定80份梨种质资源SSR指纹数据,构建梨品种指纹图谱数库表,为实现梨种质资源鉴定及新品种DUS测试的可视化和简便化奠定数据基础。【方法】利用荧光标记技术检测SSR位点,并对SSR位点基因数目进行统计,SSR位点排序,并对供试品种进行排序区分和数据标示,构建了80个梨品种的特征指纹数据表。【结果】12对引物中,可利用NH039A、NH007b、NAUpy97a、NB105a、NB141b、NAUpy82r 6对引物区分所有供试品种,可作为区分这80个梨品种的核心引物。【结论】筛选出了区分供试80个梨品种的核心引物,为梨指纹图谱数据库的共建和共享提供了数据基础。     

利用SSR荧光标记构建92个梨品种指纹图谱

 利用SSR荧光标记技术筛选出的10对SSR荧光标记引物,构建中国建国以后选育的92个梨品种的SSR指纹图谱。10对SSR引物共扩增出132个等位基因,位点的杂合度在0.2421 ~ 0.8632之间。10对引物的扩增带型为8 ~ 44个,平均为29.7个。利用其中5对引物KA16、NH009b、NH013a、CH02b121和CH05d04可区分所有供试品种。92个梨品种10个SSR位点的遗传多样性和多态性信息含量的变化范围分别为0.4886 ~ 0.8810和0.4537 ~ 0.8707,平均值分别为0.7920和0.7732。92个梨品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种特定的图谱,为品种鉴别提供依据。     

利用TP-M13-SSR标记构建苹果栽培品种的分子身份证

以国家果树种质兴城梨、苹果圃保存的314份来自19个国家的苹果栽培品种为试材,利用TP-M13-SSR标记,基于TP-M13-SSR指纹图谱构建苹果种质分子身份证。16对SSR引物在供试种质间共检测出等位基因357个,平均每对引物检测到22.3个。根据引物扩增等位基因数和Shannon’s指数,从1对引物开始逐步增加引物数量筛选可将供试材料全部区分的引物组合,最终确定6对核心引物可以区分全部供试苹果种质。基于供试苹果种质在6个SSR位点的指纹图谱,将等位基因编码成字符串获得分子身份证,利用条码技术其进一步转化成可被机器快速扫描的条码分子身份证,使每份种质具有可辨的分子身份证,达到利用最少、最特异引物区分最多苹果种质的目的。     

双孢蘑菇种质SSR分子身份证的构建

分子身份证是作物品种数字化的DNA指纹.本文采用从100对SSR引物中筛选出的8对引物、对从国内外收集的80份栽培及野生双孢蘑菇(Agaricus bisporus)种质的扩增谱进行分析,合并同类型菌株后得到29份代表菌株,再根据不同代表菌株对8对SSR引物产生的不同扩增谱型构建出这29份不同双孢菇菌株的分子身份证,可为区分和鉴别双孢蘑菇的品种提供参考.     

葡萄种质遗传多样性的SSR分析及指纹库构建

以取自郑州果树研究所的45个葡萄品种为试材,利用SSR标记技术对其进行了遗传多样性分析.结果表明:利用19对基本核心引物对位于不同染色体上的SSR位点进行PCR扩增,共扩增出76条带,其中包括74条多态性条带.每对引物可检测到等位位点数为2～5个,多态率为66.7％～100％.通过聚类分析结果表明,在遗传距离为0.41处,45份葡萄材料可分为三大类群.对供试葡萄品种的不同引物的扩增产物进行检测,得到了每个品种在一组位于不同染色体的SSR位点上的基因型图谱,从而初步建立一个供试葡萄品种的SSR基因型指纹库.这为利用SSR标记鉴定葡萄品种或品系提供了基础数据.     

中国红皮砂梨品种的SSR标记分析

采用SSR (Simp le sequence repeat) 标记技术对29个砂梨品种或类型(主要为红皮型) 做了鉴定, 并对其亲缘关系进行了分析。6对SSR引物(BGA35、KU10、BGT23b、NH004a、NH011b和NH015a)均扩增出了较多的等位基因。NH004a位点的等位基因数、有效等位基因、杂合度和香农多样性指数都较高,显示了良好的品种鉴定能力。除3对品种或类型可能为同物异名或芽变类型无法区分开外, 6对引物组合可以成功地鉴定其它品种。聚类分析可以将29个砂梨品种(类型) 明显分成4个组。第Ⅰ组全部来自云南, 其中包括2个绿皮砂梨品种, 其余为红皮砂梨, 说明该组内红皮砂梨的祖先可能与这些绿皮砂梨亲缘关系很近。在第Ⅱ、Ⅲ组中, 来自四川会理的红梨品种和云南的红梨品种交叉组合, 可能是两地间品种交流的历史反映。第Ⅳ组中来自四川会理的‘香酥梨’、‘栽秧梨’, 原产云南弥渡的‘弥渡香酥梨’以及原产云南丽江的‘长水火把梨’相互间及与其它梨的亲缘关系均较远。分布在云南各地的火把梨可能有不同的起源。     

梨栽培品种SSR鉴定及遗传多样性

应用SSR技术对梨41个栽培品种进行遗传多样性分析, 12对SSR引物扩增出114个等位基因, 平均每个位点915个。位点杂合度在0.1517～0.7079之间, 遗传多样性指数为0.4630。用两对引物(BGT23b和CHO2D11) 即可区分除芽变品种之外的全部供试品种。系统聚类分析将41个梨品种分为2大类, 即西洋梨和东方梨。原产中国的秋子梨、白梨和部分砂梨品种归类相互交错; 库尔勒香梨和其他新疆梨聚在一起; 我国砂梨品种宝珠梨、德胜香, 日本砂梨品种新世纪、丰水以及韩国砂梨品种黄金梨聚在一起。秋白与蜜梨, 南果梨与满园香、秋子、八里香相似系数高, 分别属于同一品种群。金花梨与金川雪、苍溪雪起源演化相关。     

秋子梨基于SSR荧光标记的分子身份证构建及亲缘关系分析

以国家果树种质兴城梨、苹果圃保存的53份秋子梨种质为试材,利用位于梨基因组17条染色体上多态性好的17对SSR荧光引物构建秋子梨分子身份证,建立每份种质的条形码标识,并探讨种质之间的亲缘关系。结果表明,17对SSR引物在53份秋子梨种质中共检测到267个等位基因,平均每对引物检测到15.7个等位基因。引物NAUpy45b检测到的等位基因数最多,为23个;NAUpy54b检测到的等位基因数最少,为10个。所有引物的香农信息指数平均为2.311,其中,NAUpy45b的香农信息指数最高,为2.673;NAUpy86c的香农信息指数最低,为1.493。聚类分析将53份秋子梨划分成2个组,与地理相关:长白山及小兴安岭的秋子梨野生资源单独聚类,与栽培品种亲缘关系较远。"热梨"和"白八里香"可能为同物异名品种。所选SSR标记可以区分芽变品种,可用于梨种质资源鉴别和保护。     

甜樱桃品种SSR指纹检索系统的开发及遗传多样性分析

用SSR技术开发了甜樱桃( Prunus avium ) 指纹检索系统并进行遗传多样性分析。18对樱桃、桃和杏的引物在19份甜樱桃及2份草原樱桃( P. fruticosa) 品种中共扩增出83个等位位点, 每个 SSR位点的等位位点数2 ～8 个, 平均416 个, 多态性信息量( PIC) 变化范围为0.38 ～0.80, 平均为 0.64。7个甜樱桃品种具有特殊位点或特殊带型。利用UDP98-414、UDP98-406、UDP96-001及PMS40等4 对引物开发的指纹检索系统, 可以区分18个甜樱桃品种。根据遗传距离进行聚类分析, 19个甜樱桃品种 分成2组, 甜樱桃品种间的聚类结果基本反映了供试材料之间的亲缘关系。     

基于LFY2int2和SSR的浙江云和梨种质鉴定

【目的】明确浙江云和梨地方品种的遗传背景,为优良品种选育提供科学依据。【方法】基于低拷贝核基因LFY2int2的DNA序列和SSR对16份云和梨种质进行了分子鉴定。【结果】供试样本中共有4种LFY2int2拷贝(a,b1,b2和c),除了‘真香梨1’(c/b2)和‘云和红梨’(b1/b2)外,其余样本均为a/b1。基于LFY2int2的系统发育树表明‘真香梨1’与所有中国砂梨(Pyrus pyrifolia)样本分开独立成支;12对SSR引物在供试样本中分别扩增出了2~6个等位基因,UPGMA聚类结果显示‘真香梨1’和‘云和红梨’分别以0.45和0.70的相似系数与其他云和梨样本分开,而其余样本可分为2组,其中‘老雪梨4’和‘薄皮雪梨2’一致,‘老雪梨3’和‘老雪梨10’一致。【结论】基于LFY2int2和SSR的分析结果表明‘真香梨1’与中国砂梨亲缘关系远,它可能是砂梨和西洋梨(P.communis)的杂交后代;‘云和红梨’与典型云和雪梨起源不同;此外鉴定出了2组可能为同物异名的种质。     

石榴品种SSR指纹图谱构建及杂种父本鉴定

以枣庄市石榴国家林木种质资源库中收集的168个石榴品种为材料，利用SSR分子标记技术构建了石榴品种资源指纹图谱，并基于指纹图谱信息，应用最大似然值法(LOD)对品种‘秋艳’和‘会理青皮软籽’的自然授粉实生苗进行了杂种筛选及父本初步鉴定。22对SSR引物从168个石榴品种样品中共扩增到76个等位标记位点，其中多态性位点58个，多态性为76.3%。平均等位位点数(N_a)、有效等位位点数(N_e)、观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e)分别为3.455、2.269、0.362、0.538,Shannon’s信息指数(I)平均值为0.897，多态性信息含量(PIC)介于0.330～0.692之间，平均PIC值为0.462。利用22对SSR引物可将166个石榴品种区分开，另有‘大满天红甜’和‘小满天红甜’2个品种未有效区分，有同物异名的可能；在此基础上构建了166个品种的特异指纹代码及指纹图谱二维码。基于指纹图谱信息，利用SSR标记从‘秋艳’的30个自然授粉子代实生苗中筛选到1个真杂种Q-1，疑似父本为‘峄城丰...     

基于基因组重测序数据高效筛选梨SSR标记多态性引物

【目的】基于重测序数据开发一种快速筛选样品间SSR标记多态性的方法。【方法】通过基因组重测序技术对2个砂梨品种'早生新水’和'秋水’、1个西洋梨栽培品种'早红考密斯’以及3个梨属野生种豆梨、川梨和杜梨进行重测序,对已报道的446对梨SSR引物和新开发16对引物进行多态性测试,使用Magicblast匹配测序产生的Reads到上述SSR位点序列,获得SSR两侧保守序列之间的长度,筛选出多态性的引物。使用荧光PCR对部分筛选出的多态性引物进行验证。【结果】单个SSR位点在不同样品间获得匹配的平均Reads数能够超过16条,每个样品均获得了220个以上位点的信息,380对引物在不同样品间能够获得多态性的片段。精确分析了梨LG3早熟候选区域29个SSR位点在'早生新水’和'秋水’中的扩增情况,共鉴定出9个多态性表现好的位点。荧光PCR验证结果显示,通过预备筛选的引物表现出良好的多态性。【结论】本研究的方法一次能够筛选多对SSR引物,在常规PCR前可以预先获得不同引物的多态性信息,从而提高引物筛选效率。本方法不仅能应用于梨重测序数据快速筛选SSR引物,对其他动植物上的类似研究同样适用。     

砀山酥梨及其芽变新品种SSR分析鉴定

以砀山酥梨及其变异品种、砀山县及淮南市的梨品种为试材,从14对SSR引物中筛选出适用于砀山酥梨变异鉴定的核心引物5对,以此建立基于SSR分子标记的砀山酥梨变异DNA指纹图谱和聚类分析,鉴定出砀山酥梨变异"03-16"在DNA水平上出现了变异。     

基于SSR标记的42份樱花品种的聚类分析及DNA指纹图谱构建

通过14对SSR引物基于UPGMA法对42份樱花品种进行聚类分析，并采用引物和基因型组合法构建DNA指纹图谱。结果表明：14对SSR引物共检测出187个等位基因，每对引物平均13.36个，有效等位基因平均6.10个，观察杂合度平均0.31，期望杂合度平均0.80,Shannon’s信息指数平均2.01，多态信息含量平均0.77；共检测出219个基因型，平均15.64个，平均区分率为22.11%。在Dice遗传相似系数约为0.18处时可分为3组，A组主要是山樱系、豆樱系和江户彼岸樱系的品种，B组是钟花樱系的品种，C组中只有尾叶樱；当Dice遗传相似系数约为0.37时，除八重红枝垂樱外，A组又可以分为6个小组。采用引物和基因型组合法构建了42份樱花品种的DNA指纹图谱，为今后樱花品种资源的分子鉴定提供依据。     

茎瘤芥(榨菜)主要品种SSR分子标记差异性研究

选取6个茎瘤芥品种为试材,在芸薹属SSR公共引物中初筛获得引物的基础上,选择9对条带清晰、表现稳定的多态性引物,利用SSR荧光标记技术开展了茎瘤芥品种SSR分子标记的差异性研究,初步构建了品种的分子身份证。结果表明,共筛选到7对多态性引物,检测到20个等位位点,平均每对引物2.2个;扩增得到20个带型,平均每对引物2.2个,扩增片段长度在126～397 bp;构建了6个茎瘤芥品种的分子身份证,并进行了合理区分;在分子水平上,浙江品种间差异最为显著,浙渝两地品种差异次之,重庆品种间差异最小,但各品种均拥有独立身份代码,研究结果为茎瘤芥品种资源的鉴定、亲缘关系分析、遗传基础研究等各项工作提供了依据。     

大白菜品种鉴定的SSR核心引物筛选及其应用

为筛选出一套大白菜（Brassica rapa L. ssp. pekinensis）简单重复序列（Simple sequence repeat,SSR）的核心引物,以54份大白菜骨干自交系为材料,从已发表的2 129对白菜SSR引物中,初步筛选出分布于白菜整个基因组、具有唯一扩增位点、扩增稳定性及重复性好的多态性SSR引物51对。进一步根据引物的多态性信息量（PIC）、等位基因数量、位点的物理位置和主成分分析（PCA）等分析结果,确定了一套包含28对SSR引物的核心引物组合。比较核心引物组合、51对多态性SSR引物和123个标记（72个SNP标记与51对多态性SSR引物）对54份大白菜骨干自交系的聚类分析结果,三者具有较高的一致性;该套引物可将262份大白菜高代自交系区分开,具有较好的鉴别能力。利用这套核心引物构建了242份大白菜品种的指纹图谱。该研究获得的28对SSR引物可以用于大白菜的遗传多样性分析和品种核酸指纹库构建等研究,可为大白菜新品种的特异性、一致性、稳定性检测体系的建立和新品种保护提供技术支持。     

‘巍山红雪梨’和‘美人酥’叶绿素、花色苷和类黄酮的动态变化分析

【目的】探究云南红梨果实各部分(果皮、果肉和种子)花色苷、叶绿素和类黄酮的动态变化规律,力求为优质红梨的生产提供理论依据。【方法】以云南境内主栽的‘美人酥’和‘巍山红雪梨’2个品种为试材,取其不同发育期的果实,将其果皮、果肉和种子分离,对花色苷、叶绿素和类黄酮含量进行测定。【结果】‘美人酥’各部位花色苷含量为0.395~0.896 g·L-1;‘巍山红雪梨’各部位花色苷含量为0.047~0.854 g·L-1。‘美人酥’各部位叶绿素含量为0.011~0.132g·L-1;‘巍山红雪梨’各部位叶绿素含量为0.023~0.203 g·L-1。‘美人酥’各部位类黄酮含量为0.689~2.564 g·L-1;‘巍山红雪梨’各部位类黄酮含量为0.182~0.974 g·L-1。红色砂梨各部位类黄酮含量花色苷含量叶绿素含量。花色苷在果实成熟过程中各部位含量都呈上升趋势而叶绿素含量呈下降趋势,类黄酮的含量在果皮中先升后降,在果肉中呈降—升—降的趋势。【结论】果实花色苷的变化规律有异于类黄酮和叶绿素,而类黄酮和叶绿素的变化规律相似。     

4个石榴基因型的SRAP鉴定

为了便于对生产上主要推广的4个石榴(Punica granatum L.)基因型进行苗木纯度检测,维护育种者和果农的利益,用225对SRAP(Sequence Related Amplified Polymorphism)引物组合对其幼嫩叶片DNA进行了分析。结果发现其中19对SRAP引物组合的23个差异迁移位点的扩增条带稳定、清晰,可以将4个石榴基因型完全区分开,作为其鉴别的标记。将这些条带进行数据化记录和分析,发现仅用ME8/EM11和ME9/EM18位点的共计3个差异迁移位点的数据即可将供试的4个材料区分开。将这些数据输入Excel数据表格,获得了由系统自动生成的4个石榴基因型"分子身份证"号码,可作为这4个石榴基因型间的鉴定依据。     

利用SSR荧光标记构建七十二个莲属荷花品种指纹图谱

以72个荷花品种为试材,采用荧光标记SSR结合毛细管电泳的方法,研究了不同荷花品种的遗传多样性,并构建了指纹图谱,以期为荷花种质资源的收集和分类鉴定提供依据。结果表明:利用9对SSR荧光引物,通过毛细管电泳技术对72个荷花品种进行检测,共检测到51个多态位点,多态位点数平均为5.67;多态性信息含量PIC值变化范围为0.34～0.76,平均值为0.56。利用其中6对引物CL04、SSR449、SSR412、CL01、CL16和CL10可区分72份供试品种。利用引物扩增带型组合法,构建了72个荷花品种的指纹图谱并进行聚类分析,在遗传相似系数0.535处供试荷花材料可分为三大类群。该研究结果可为荷花种质资源鉴定和分子育种提供参考依据。