3个苹果新品种病毒病的发生状况及ASSVd序列分析

【目的】近年来，苹果病毒病的发生日趋严重，对产业的健康发展造成了严重影响，但是其在苹果新品种瑞阳、瑞雪、瑞香红上的发病状况尚不明确。【方法】在2021—2022年采用RT-PCR方法对白水地区198份新品种样品进行病毒病检测，并对感染苹果锈果类病毒（apple scar skin viroid,ASSVd）植株的果实症状进行了调查和基因克隆、测序。【结果】检测结果显示白水地区新品种潜隐性病毒的感病率显著高于非潜隐性病毒，其中苹果褪绿叶斑病毒（apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV）的检出率最高，达到了91.72%，其次是苹果茎沟病毒（apple stem grooving virus,ASGV）和苹果茎痘病毒（apple stem pitting virus,ASPV），检出率分别达到了77.16%、37.13%，苹果坏死花叶病毒（apple necrotic mosaic virus,ApNMV）的检出率为30.31%，苹果锈果类病毒和苹果凹果类病毒（apple dimple fruit viroid, ADFVd）的检出率接近10%；通过对新品种...     

通辽市塞外红苹果中3种苹果潜隐病毒的检测及变异分析

【目的】明确通辽地区塞外红苹果（Malus pumila ‘Saiwaihong’）中苹果褪绿叶斑病毒（ACLSV）、苹果茎痘病毒（ASPV）和苹果茎沟病毒（ASGV）3种苹果潜隐病毒的普遍率和遗传多样性。【方法】从通辽市开鲁县8个乡镇随机采集了96份塞外红苹果枝条，采用RT-PCR法对样品进行3种苹果潜隐病毒检测。对检测为阳性的样品进行病毒基因克隆、测序，并进行序列一致性分析和系统发育分析。【结果】检测结果表明，被检测的塞外红苹果中3种苹果潜隐病毒均有不同程度的发生，并且存在2种或3种病毒的复合侵染。基于CP基因对病毒一致性和变异情况进行分析，结果表明，来源于塞外红苹果的29个ACLSV分离物的核苷酸序列一致性为78.1%～99.9%，与其他15个已知的ACLSV分离物的一致性为69.1%～93.6%；来源于塞外红苹果的12个ASPV分离物的核苷酸序列一致性为83.6%～99.7%，与其他15个已知的ASPV分离物的一致性为75.4%～91.5%；来源于塞外红苹果的21个ASGV分离物的核苷酸序列一致性为96.4%～100.0%，与其他已知的40个ASGV分离物的一致性为89.9%～...     

苹果茎痘病毒RT-PCR检测及分子变异分析

利用RT-PCR技术对采自6个苹果品种和7个梨品种的33个样本中的苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus, ASPV) 进行了检测, ASPV感染率为63% ( 19 /33) 。对6个ASPV中国分离物外壳蛋白(Coat protein, CP) 基因进行了扩增、克隆和测序, 测序结果显示CP基因全长为1 191 nt, 编码397个氨基酸。中国分离物与GenBank中其他分离物核苷酸序列同源性为70.2% ～91.7%。系统进化分析显示不同ASPV分离物分为3个大的类群, 呈现一定的寄主相关性, 并未呈现明显的地理相关性。第一和第三大类群的寄主皆为苹果, 第二大类群包含6个梨分离物和2个苹果分离物。不同ASPV分离物的抗原指数差异较大, 推断可能由于序列变异引起抗原表位变异, 从而引起血清型差异。     

利用Y2H筛选西方烟中与苹果茎痘病毒CP互作的蛋白

苹果茎痘病毒（apple stem pitting virus,ASPV）是苹果和梨树上普遍发生的潜隐病毒之一，西方烟（Nicotianaoccidentalis）是其重要的草本寄主之一。在本研究中，构建了酵母双杂交诱饵载体pGBKT7-CP(CP-BD)，并从西方烟cDNA文库中筛选与ASPV CP互作的蛋白。经通过酵母双杂交回转验证和NCBI BLAST比对，获得30种可能与ASPV CP互作的西方烟蛋白质，为研究ASPV侵染致病的分子机制及CP在侵染过程中的功能打下基础。     

苹果茎痘病毒TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立一种检测苹果茎痘病毒（Apple stem pitting virus,ASPV）的TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法,根据ASPV外壳蛋白基因（coat protein,cp）保守序列设计了特异性引物和TaqMan探针,以体外转录的RNA为标准品构建标准曲线,并对该方法的特异性、灵敏性、重复性进行检验。建立的标准曲线决定系数达0.996,扩增效率为99%;该方法特异性好,与苹果茎沟病毒（ASGV）、苹果褪绿叶斑病毒（ACLSV）、苹果锈果类病毒（ASSVd）均无交叉反应;其最低检测限为1.31 × 102 copies ? μL-1,灵敏度比常规RT-PCR高100倍;批内和批间变异系数均小于1.85%。该方法具有特异性强、灵敏度高、重复性好等优点,适用于田间样品中ASPV的快速定量检测。     

3种苹果潜隐病毒多重RT-PCR检测体系的建立

 研究建立了能同时检测苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus, ASGV) 、苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus, ACLSV) 和苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus, ASPV) 的多重RT-PCR方法。以复合感染3种病毒的苹果‘望山红’组培苗为试材, 对影响多重PCR的反应条件进行了一系列的调整和优化。多重RT-PCR体系灵敏性测验显示, 最低能从RNA总量187.5 ng的样品中检测3种病毒的存在。多重RT-PCR产物的序列与报道的病毒序列有较高的同源性, 12个田间苹果样品的多重RT-PCR检测结果与单一PCR的结果一致, 初步证明了多重RT-PCR检测的准确性。     

苹果茎痘病毒内蒙古分离物基因组序列和生物学特征研究

利用RT-PCR结合RACE技术获得了苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)内蒙古‘金红’苹果分离物(ASPV-NM)全长基因组序列(登录号:MK239268)。该分离物基因组除去Poly A尾共有9 286个核苷酸,与17个已经报道的ASPV分离物全长基因组序列核酸一致性为70.6%～79.2%;基于全长基因组、RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependentRNApolymerase,RdRp)基因和外壳蛋白(Coatprotein,CP)基因分别将分离物ASPV-NM划分到组Ⅲ、组Ⅲ和组Ⅰ;在ASPV-NM基因组中检测到1个显著的重组事件;将ASPV-NM摩擦接种到西方烟37B上,可引起显著的褪绿黄化症状,利用透射电子显微镜可以观察到典型的病毒粒子。     

苹果茎沟病毒吉林沙果分离物全基因组序列分析

通过RT-PCR结合RACE技术扩增到苹果茎沟病毒（Apple stem grooving virus,ASGV）吉林沙果分离物（ASGV-JLSG）全长基因组（登录号：FM616381）,共含有6 496个核苷酸（nt）,编码两个彼此重叠的开放阅读框（Open reading frame,ORF）。ORF1（37 ~ 6 354 nt）编码1个241 kD的多聚蛋白,含有甲基转移酶（Methyltransferase）、木瓜蛋白酶（Papain-like-protease）、解旋酶（Nucleotide triphosphate-binding helicase）、RNA依赖的RNA聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase）和C端的外壳蛋白（Coat protein,CP）等结构域。ORF2（4 788 ~ 5 750 nt）编码1个36 kD的运动蛋白（Movement protein,MP）。ASGV-JLSG分离物与GenBank公布的29个ASGV分离物全基因核苷酸序列一致性为79.20% ~ 86.60%。系统发育分析结果表明,30个ASGV分离物分成2个组,分离物间没有表现出寄主专一性和地理分布规律。重组分析发现,ASGV-JLSG分离物是苹果茎沟病毒黄花梨分离物（ASGV-HH,JN701424）和柑橘碎叶病毒满头红分离物（CTLV-MTHK,C588948）的重组体。本研究中获得的ASGV-JLSG分离物基因组是来源于中国东北地区的首个ASGV基因组序列。     

利用3′和5′RACE克隆新疆梨树苹果茎痘病毒末端序列

采用RACE技术对库尔勒香梨苹果茎痘病毒进行研究,获得了梨树苹果茎痘病毒5′和3′末端序列。研究结果表明,本试验采用的3′和5′末端快速扩增技术（3′RACE和5′RACE技术）能很好地扩增苹果茎痘病毒的末端序列,分别获得了长度为329 bp和367 bp的片段,通过与 NCBI 核酸数据库中已经发表的序列NC_003462进行比对分析,发现梨树ASPV 3′末端含有131个核苷酸非编码序列,具有 poly(A)尾,5′末端含有34个核苷酸非编码序列,其同源性与已发表的序列分别为78%和84%,为获得梨树ASPV病毒全长基因组和基因组功能结构分析奠定了基础。     

利用3''''和5''''RACE克隆新疆梨树苹果茎痘病毒末端序列

采用RACE技术对库尔勒香梨苹果茎痘病毒进行研究,获得了梨树苹果茎痘病毒5'和3'末端序列.研究结果表明,本试验采用的3'和5'末端快速扩增技术(3'RACE和5'RACE技术)能很好地扩增苹果茎痘病毒的末端序列,分别获得了长度为329 bp和367 bp的片段,通过与NCBI核酸数据库中已经发表的序列NC_003462进行比对分析,发现梨树ASPV 3'末端含有131个核苷酸非编码序列,具有poly(A)尾,5'末端含有34个核苷酸非编码序列,其同源性与已发表的序列分别为78%和84%,为获得梨树ASPV病毒全长基因组和基因组功能结构分析奠定了基础.     

采用RT—PCR技术检测苹果病毒

研究建立了危害仁果类果树的苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)、苹果茎沟病毒(ASGV)和苹果茎痘病毒(ASPV)的RT—PCR检测体系。其检测灵敏度高,专一性强,为仁果类果树的病毒检测提供了一种分子生物学检测方法。应用该体系对田间的苹果树携带上述三种病毒的情况进行了调查,发现单独感染率和复合率均很高,达84.2%～100%。     

两步多重RT-PCR快速检测苹果潜隐性病毒

【目的】为建立检测3种苹果潜隐性病毒更为快速准确的方法,【方法】以携带苹果茎沟病毒(ASGV)、苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)和苹果茎痘病毒(ASPV)的成龄苹果树韧皮部为试材,根据基因库中苹果茎痘病毒(Apple stempitting virus,ASPV)的外壳蛋白基因序列,设计合成了2对特异性引物,分别与合成的苹果茎沟病毒(ASGV)引物和苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)的引物组合配伍,筛选出最佳的引物对组合。对cDNA的合成所用引物和总RNA模板进行遴选和量化,对PCR过程中cDNA的用量、引物对的终浓度、退火温度等主要影响因素进行优化。【结果】结果表明,反转录引物为Oligo(dT)18、总RNA 0.1～3.0μL时,可以得到较好的cDNA;ASPV-FR与ASGV-Pch、ACLSV-Pch引物组合优于ASPV-Pch,并且筛选出4组最佳的终浓度处理组合;cDNA用量为2.0~4.0μL、退火温度为50.0~52.9℃、循环数为35时,扩增效果较好。采用优化的多重RT-PCR体系对采自陕西和山东两省的样品进行检测,并用3种病毒的单重RT-PCR体系进行验证。【结论】结果呈现高度一致性,充分印证了该多重RT-PCR体系的准确性,适用于大量样品的快速检测。     

苹果花脸症状相关基因差异表达的分析

【目的】苹果花脸病主要由苹果锈果类病毒（apple scar skin viroid,ASSVd）引起，是一种严重危害苹果产量和果实品质的病害，通过分析苹果花脸症状相关基因表达，探索花脸症状形成的潜在机制。【方法】削取无症状且无ASSVd侵染的果皮和表现花脸症状的弘前富士苹果果皮，提取果皮总RNA，通过高通量测序并进行转录组数据分析。【结果】利用RT-PCR方法从表现花脸症状的苹果果皮中得到两条ASSVd序列，其基因组长度分别为331 nt和330 nt，与已公布的ASSVd山东烟台苹果分离物SDYT-1(MW302328.1)和SDYT-3(MW315909.1)完全一致。转录组测序结果表明，与无症状果皮相比，表现花脸症状的果皮中共有差异表达基因6938个，其中有3331个基因显著上调，3607个基因显著下调。通过差异表达基因功能注释分析，表明这些差异基因参与到植物激素（茉莉酸、水杨酸和生长素）合成和信号转导、苯丙烷生物合成等代谢途径。此外，转录组数据分析发现与植物防御反应相关转录因子的编码基因，如MdWRKY18-like、MdWRKY71、MdNAC29、MdWRKY70等在表现...     

苹果茎沟病毒侵染对嘎拉苹果果实品质的影响

为了明确苹果茎沟病毒（apple stem grooving virus,ASGV）侵染对苹果果实品质的影响,以单一接种ASGV的嘎拉苹果盆栽树为材料,测定果实单果重、纵横径、硬度、维生素C、可溶性固形物、糖酸组分、花色苷组分以及香气物质含量等。结果表明,与健康植株相比,感染ASGV植株的果实纵横径无明显变化,单果重、果实硬度、可溶性固形物含量和可溶性糖含量显著降低,有机酸含量增加,香气组分占比发生改变,果皮中4种花色苷的含量均显著降低。     

番茄黄化曲叶病毒石家庄分离物的分子鉴定及序列分析

根据番茄黄化曲叶病毒（Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV）基因组序列的复制酶保守区设计1对引物JC1,对石家庄具有典型番茄黄化曲叶病毒症状的番茄样品进行检测,经PCR扩增得到626 bp的片段,序列分析比对表明其为TYLCV的一部分。根据上述序列设计1对特异引物QC,通过PCR分离石家庄的TYLCV全长序列并进行测序。同时利用已报道的DNA-B的通用引物CR01/CR02进行PCR扩增。结果表明石家庄分离物只含有DNA-A组分,全长为2 781 bp（GenBank登录号：KF612971）,命名为TYLCV-Shijiazhuang。基因组序列比较发现,该分离物与TYLCV-Israel株系相似性为99.0%。基因组序列系统进化分析表明,石家庄病毒分离物与北京分离物TYLCV-Beijing3（GenBank登录号：GU983859）、山东分离物TYLCV-SDSG-XC（GenBank登录号：KC999851）序列相似性很高,均属于TYLCV-Israel分支。     

云南苹果产区苹果茎沟病毒(ASGV)的发现及其分子变异

【目的】为了查明云南省苹果产区的苹果茎沟病毒病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)的侵染情况和不同来源分离物间的分子变异情况,【方法】以云南昭通、丽江、昆明、曲靖等地采集的325份苹果病毒样品为试材,采用RT-PCR技术对其是否携带ASGV进行检测,运用DNAMAN6.0、MEGA5.0对实验获得的6个分离物和GenBank上已登录的34个分离物进行序列比对分析。【结果】ASGV在云南各大苹果产区的发病率高达48%。序列比对结果显示,这些分离物的核苷酸序列相似性为87.3%～93.8%,氨基酸序列相似性为90.7%～98.7%。系统发育树显示,云南的6个分离物聚为一簇,而陕西省苹果分离物YL06与云南省分离物ZT1、TJX1亲缘关系比较近,聚为一支;ASGV苹果分离物要明显区别于ASGV梨分离物和CTLV柑橘分离物。【结论】云南省苹果产区苹果树的ASGV带毒率高达48%,推测可能是一种发生率比较普遍的病毒病,这是云南省发现的首次报道。系统发育树显示:本研究获得的6个苹果分离物明显区别于其他寄主分离物,并且与其他地区的分离物具有一定差异,推测在我国,ASGV的分子变异与寄主/地域来源存在着一定的相关性。     

猕猴桃病毒A和B的RT-PCR检测及分子变异初步研究

为明确猕猴桃病毒A（Actinidia virus A,AcVA）和猕猴桃病毒B（Actinidia virus B,AcVB）在中国猕猴桃（Actinidia sp.）上的侵染状况和分子特性,采用RT-PCR技术对151份猕猴桃样品的AcVA和AcVB进行检测,检出率分别为15.2%和17.9%,所收集的6种猕猴桃样品中均检测到一种或两种病毒。发现AcVA的ORF1、ORF4和ORF5扩增片段序列存在较大分子变异,不同分离物的269 bp片段（ORF1）核苷酸序列相似性为77.3% ~ 99.3%。在基于各扩增片段核苷酸序列的系统进化树中,AcVA分离物聚为2 ~ 3组。采用引物AcVB5F/5R扩增获得20个AcVB分离物的342 bp或338 bp的ORF5片段,核苷酸序列相似性为81% ~ 100%,与新西兰AcVB分离物TP7-93B相应片段的核苷酸序列相似性为83.9% ~ 99.7%,在系统进化树中聚为3组。     

四个苹果砧木和品种苹果潜隐性病毒的变温热处理脱毒效果分析

以同时携带ASPV、ACLSV、ASGV 3种潜隐性病毒的"八棱海棠"、"小金海棠"、"华红"和"JAZZ"组培苗为试材,分别采用2种变温热处理方式结合茎尖培养的脱毒方法,运用RTPCR技术对组培苗内病毒进行跟踪检测,研究了不同苹果品种和砧木对变温热处理结合茎尖培养脱除苹果潜隐性病毒的反应以及脱毒苗的适宜检测时机。结果表明:变温热处理条件不同,病毒脱除效果不同。同一热处理条件下,不同苹果基因型其病毒脱除率也不同。"小金海棠"脱毒率最高,"JAZZ"和"八棱海棠"次之,"华红"最低。同时,不同病毒种类的被脱除率存在差异,ASPV最容易脱除,ACLSV居中,ASGV最难脱除。脱毒完成后180d,病毒总检出率最高;220d,3种病毒均有检出,检出顺序为ASGV最先,ACLSV次之,ASPV最晚。因此,对脱毒苗进行多次跟踪检测十分必要。     

豇豆轻斑驳病毒海南分离物全基因组序列测定及分子特征

从海南采集疑似感染豇豆轻斑驳病毒（Cowpea mild mottle virus，CpMMV）的豇豆病叶，采用RT-PCR 结合测序获得其全基因组序列，CpMMV 海南分离物（KY420906）基因组全长8 193 bp，与其他CpMMV 分离物的同源性为63.00%～83.22%。系统发育分析结果表明，CpMMV 海南分离物单独聚为一个亚簇；重组分析结果表明，CpMMV 基因组有一个重组事件，断点为3 212～3 592 bp。     

云南省蝴蝶兰上凤仙花坏死斑病毒的鉴定

2008 年对云南省主要花卉基地进行调查,获得症状表现为环斑、坏死,疑似番茄斑萎病毒属（Tospovirus）病毒的蝴蝶兰样品。应用生物测定,结合现代电镜技术、免疫试纸条检测技术初步确定为番茄斑萎病毒属的凤仙花坏死斑病毒（Impaliens necrotic spot virus,INSV）,通过设计的4 对引物进行RT-PCR扩增和测序,获得核壳体蛋白（Nucleocapsid protein）基因核酸长度为886 nts,RNA M 编码的非结构蛋白（Nonstructure protein,NSm）基因核酸长度为681 nts,依赖于RNA 的RNA 聚合酶（RdRp）基因核酸长度为1 048 nts,测序结果在NCBI BLAST 网络数据库中比对,同时应用生物信息软件DNAman 比对,其与INSV的同源性都达90%以上,都证明分离到的病原物为凤仙花坏死斑病毒（INSV）。