湖羊IGF-1基因5’侧翼区多态性与羊毛弯曲度性状的关联分析

为探寻湖羊IGF-1基因5′侧翼区多态性及其对羊毛弯曲度性状的影响,选用128只湖羊作为实验材料,对IGF-1基因5'侧翼区进行扩增、测序和PCR-SSCP检测,探讨IGF-1基因5′侧翼区的遗传特征,寻找与羊毛弯曲度性状相关的遗传标记,为湖羊羊毛弯曲度标记辅助选择提供理论依据。结果表明:湖羊IGF-1基因5'侧翼区突变位点有AA、AB、BC三种基因型,基因型频率分别为0.609 4、0.093 8和0.296 8。AB型与AA型相比,在外显子1前的第649 bp有一处G→A突变,BC型与AA型相比,在外显子1前的第651 bp处发生G→C突变,在外显子1前的第649 bp有一处G→A突变。卡方独立性检验结果表明,不同基因型个体羊毛花纹类型和基因型之间不存在显著相关关系(P>0.05)。该研究初步认为,IGF-1基因5'侧翼区多态性与羊毛弯曲度性状之间没有显著关联(P>0.05)。     

黄羽肉鸡IGF-1基因单核苷酸多态性与生长性状的相关研究

本试验将类胰岛素生长因子1(IGF-1)作为研究肉鸡生长的候选基因,以海门京海集团的第二世代黄羽肉鸡为试验材料,根据鸡IGF-1基因DNA序列设计引物,采用PCR-SSCP方法进行SNP检测和基因型分析,探讨IGF-1基因多态性与鸡生长性状之间的关系。于IGF-1基因外显子1上发现一处突变。这个突变产生的不同基因型与鸡生长性状进行的统计分析结果表明,个体的1日龄初生重、4周龄、12周龄及300日龄成年体重在不同基因型之间均存在显著差异(P<0.05)。AA基因型1日龄初生重、4周龄、8周龄及300日龄成年体重均显著高于BB基因型个体(P<0.05)。推测可以将IGF-1基因应用于鸡生长的标记辅助选择育种实践。     

京海黄鸡IGF1R基因Alu Ⅰ、Hin1 Ⅰ多态位点的发现及其与生产性状的相关性

根据GenBank发表的鸡IGF1R基因序列针对外显子2和3设计2对引物,采用池DNA测序和PCR-R FLP技术,对京海黄鸡IGF1R基因的AluⅠ、Hin1Ⅰ位点进行多态性检测,并与京海黄鸡的生产性状进行相关性分析。结果表明:AluⅠ位点AA基因型个体在8周龄体重显著低于BB型个体(P<0.05),AA和AB基因型个体在12周龄体重显著低于BB型个体(P<0.05)。Hin1Ⅰ位点CC、CD基因型个体的初生重显著低于DD基因型(P<0.05),CC基因型个体的300日龄体重显著低于DD基因型(P<0.05)。研究结果初步显示,IGF1R基因可能是影响京海黄鸡生长性状的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的一个标记。     

鸡胰岛素样生长因子1受体基因G26336A、C111014A多态位点的检测及其与生产性状的相关性

根据GenBank发表的鸡胰岛素样生长因子1受体(insulin-like growth factor 1 receptor,IGF1R)基因序列针对外显子2和3设计2对引物,采用DNA池测序和PCR-SSCP技术,对鸡IGF1R基因的G26336A、C111014A位点进行多态性检测,并与鸡的生产性状进行相关性分析。结果表明,G26336A位点AA基因型个体56日龄体重显著低于BB基因型个体(P<0.05),AA和AB基因型个体在84日龄体重显著低于BB基因型个体(P<0.05)。C111014A位点CC、CD基因型个体初生重显著低于DD基因型(P<0.05),CC基因型个体在300日龄体重显著低于DD基因型(P<0.05)。研究结果初步表明,IGF1R基因可能是影响鸡生长性状的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的一个标记。     

Genetic Effects of IGF-Ⅰ and IGFBP-1 Genes on the Growth Traits in Jinghai Yellow Chicken

旨在对IGF-Ⅰ和IGFBP-1基因部分SNPs与鸡生长性状进行关联分析.试验以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测2个候选基因的单核苷酸多态性(SNPs),采用一般线性模型(GLM)分析基因型与生长性状的遗传效应.结果表明,IGF-Ⅰ基因外显子3序列的60 bp处有A→G的点突变,在京海黄鸡中检测到AA、AB、BB 3种基因型,A等位基因频率为0.613,B等位基因的频率为0.387;IGFBP-1基因外显子2序列的21 bp处有A→T的点突变,104 bp处有T→C的突变,在京海黄鸡中检测到CC、CD和DD 3种基因型,C等位基因频率为0.558,D等位基因频率为0.442.IGF-Ⅰ基因BB基因型个体4周龄体质量显著高于AA和AB型个体(P＜0.05);IGFBP-1基因DD基因型个体8周龄体质量显著高于CC基因型个体(P＜0.05),4、12和16周龄体质量差异极显著(P＜0.01).因此,推测这些SNPs对京海黄鸡生长性状具有一定的影响,应用于鸡育种过程中的标记辅助选择可以加快育种进程.     

德州驴NCAPG-DCAF16基因区域多态性与生长性状的关联分析

旨在探讨NCAPG-DCAF16基因区域在德州驴群体中的遗传多态性以及与生长性状的关联性,进而得到显著相关的遗传标记,为德州驴的分子标记辅助选择提供理论基础。本研究采用DNA混池测序技术对NCAPG-DCAF16基因区域的多态性进行检测;基于DNA混池测序结果,运用质谱分型技术对227头德州驴群体中的SNPs位点进行基因型检测,分析基因型与初生、3月龄、6月龄3个时期相关生长性状的关联性。结果表明:1)通过DNA混池测序发现,NCAPG基因上的SNPs位点包括第9内含子上rs1(T>C),第11内含子上rs2(A>G),第19内含子上rs4(C>G),第8内含子上rs5(C>G);DCAF16基因第2外显子发现一个同义突变,即位点rs008(A>G)。2)初生时期的关联分析显示,rs1位点基因型CC个体的平均尻长显著高于CT型个体(P<0.05);3月龄时期各基因型的表型平均值无显著差异(P>0.05);在6月龄阶段,基因型为TT个体的平均胸宽与CC个体相比差异极显著(P<0.01),TT和CT基因型个体的平均管围均显著高于CC个体(P<0.05)。3)rs4位点的关联分析揭示了GG基因型个体在初生时期的平均胸深显著高于GC基因型(P<0.05),3月龄时期各基因型之间的平均表型值无显著差异(P>0.05);CC基因型个体6月龄时期的平均胸宽和管围显著高于GG基因型(P<0.05)。4)rs008位点关联分析结果表明,各基因型之间初生时期的表型值无显著差异(P>0.05);AA、GA基因型个体3月龄时期的体重、体高和尻高都显著高于GG基因型(P<0.05);AA、GA基因型个体6月龄时期的体高和胸围都极显著高于GG基因型个体(P<0.01),GA基因型与GG基因型个体间的胸深、尻高的差异达到极显著水平(P<0.01),GA基因型个体的尻宽显著高于GG和AA基因型(P<0.05)。5)根据连锁不平衡分析结果,rs1、rs2、rs4和rs5的组合基因型在德州驴群体中有5种。关联分析结果揭示了TTAACCCC组合基因型个体6月龄时期的平均胸宽显著高于CCGGGGGG组合基因型(P<0.05)。综上,德州驴群体中NCAPG-DCAF16基因区域5个SNPs位点对生长性状均有显著影响,特别是rs008位点与德州驴体重、体高等重要生长性状极显著相关,可用于德州驴的分子标记辅助选择,提高德州驴育种效率。     

京海黄鸡IGF-IR基因外显子3多态性及遗传效应分析

结合PCR-SSCP与PCR-RFLP技术,检测分析了京海黄鸡母鸡IGF-IR基因第3外显子SNPs的特点及其对京海黄鸡母鸡生产性状的遗传效应。结果在该段序列检测到2个点突变:P1(G11 0996C)、P2(C11 1014A),2位点均表现出3种基因型,其中P1位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态。最小二乘方差分析表明,P2位点AA型个体初生重显著高于CC、CA型个体(P<0.05)。联合基因型分析表明,GC/AA基因组合型母鸡开产较晚但开产蛋重较高;CC/CA型个体,其12周龄、300日龄体重极显著低于CC/AA型个体(P<0.01),初生重、4周龄、12周龄、16周龄和300日龄体重显著低于其他基因组合型个体(P<0.05);CC/AA型个体12周龄、300日龄体重极显著高于GC/CC、CC/CA型个体(P<0.01),16周龄体重显著高于GC/CC、GC/CA、GC/AA、CC/CA型(P<0.05)。利用基因组合型GC/AA、CC/CA、CC/AA与生产性能间的关联特性指导京海黄鸡,能够为利用分子标记加快京海黄鸡的保种和育种进程提供有益参考。     

IGF-1和Pit-1基因多态性与淮猪新品系生长性状的相关性分析

以淮猪新品系Ⅱ系一世代（190头）、二世代（244头）为试验材料,采用PCR-RFLP方法分别检测IGF-1基因的HhaⅠ酶切位点、Pit-1基因的RsaⅠ酶切位点的多态性,并与生长性状进行相关性分析。结果表明：30~90kg平均日增重、达90kg校正日龄在一世代、二世代、两个世代合并中,IGF-1基因的AA型个体均有优于AB、BB型个体的趋势,但差异都不显著（P＆gt;0.05）;Pit-1基因的DD型个体均有优于CD、CC型个体的趋势,但差异都不显著（P＆gt;0.05）。虽然IGF-1基因、Pit-1基因的不同基因型个体在一世代、二世代的达90kg校正背膘厚的趋势不一致,但是在两个世代合并中以IGF-1基因的AA型个体、Pit-1基因的DD型个体最薄,但差异不显著（P＆gt;0.05）。若将IGF-1基因、Pit-1基因作为生长性状的遗传标记用于淮猪新品系的选育,需要在淮猪新品系Ⅱ系后续世代中扩大样本含量并进行进一步的验证。     

苏太猪抗F18+大肠杆菌病基础群FUT1基因多态性及其与生长发育的关联分析

本研究采用PCR-RFLP方法对苏太猪F18+大肠杆菌抗病育种基础群α-(1,2)岩藻糖转移酶基因1（FUT1）M307位点多态性进行了分析,并探讨了其与部分生长发育性能的相关性。苏太猪F18⁺大肠杆菌抗病育种基础群FUT1基因M307位点经Hin6Ⅰ酶切后,产生AA、AG和GG 3种基因型,频率分别为0.235、0.609和0.156,群体极显著的偏离了Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.01)。总体上AA基因型的个体生长发育优于AG和GG基因型的个体,其中AA基因型个体的60 kg体长显著高于AG和GG基因型的个体(P<0.05),断奶重显著高于GG基因型的个体(P<0.05),体高和后躯宽显著高于AG基因型的个体(P<0.05)。试验结果表明,苏太猪抗病育种基础群中FUT1基因第307位点的AA基因型不仅对仔猪断奶后水肿病和腹泻病具有抗性,而且具有较高的早期生长发育性能。     

猪WNT4基因多态性及其与产仔数的关联性分析

本实验旨在研究猪WNT4基因的多态性对猪产仔数的影响,以期寻找到与猪产仔数相关的分子遗传标记,为猪的早期选择提供依据。本实验利用PCR-PFLP技术分析WNT4基因外显子多态性,并与产仔数进行关联分析。结果表明:在第1外显子73 bp处发现1个突变,有3种基因型。对于第1胎,CC型个体的总产仔数(TNB)比AA型个体高出2.28头(P<0.01);产活仔数(NBA)比AA型个体高出1.89头(P<0.01);对于第2胎,CC型个体的总产仔数(TNB)比AA型个体高出3.31头(P<0.01);产活仔数(NBA)比AA型个体高出3.53头(P<0.01);对于所有胎次,CC型个体的总产仔数(TNB)比AA型个体高出1.94头(P<0.01);产活仔数(NBA)比AA型个体高出1.78头(P<0.01);对于第3~6胎,3种基因型个体的TNB及NBA之间差异不显著(P>0.05)。综上,该多态位点CC基因型相对于AA型是优势基因型。     

京海黄鸡IGF-Ⅰ基因与生长和屠体性状的关联分析

实验将类胰岛素生长因子Ⅰ(IGF-Ⅰ)作为研究鸡生长、屠体性状的候选基因,以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP技术对京海黄鸡的IGF-Ⅰ基因5′非编码区和第1外显子进行SNPs检测和基因型分析,探讨IGF-Ⅰ基因的多态性与鸡生长、屠体性状之间的关系。在IGF-Ⅰ基因5′端非编码区上发现1个突变,统计结果显示:活重、腿肌重、半净膛重和全净膛重在不同基因型之间均存在显著差异(P<0.05),AA基因型显著高于BB基因型个体。结果表明:该基因可能调控鸡生长、屠体性状或与控制生长、屠体性状的主基因连锁。由此推测,可以将IGF-Ⅰ基因作为鸡生长、屠体性状的辅助标记。     

Myf-5基因对滩羊生长性状的遗传效应分析

利用ABI3730测序仪对宁夏盐池地区196只滩羊的Myf-5基因进行了基因型判定,共检测到AA、AC、CC 3种基因型,频率分别为0.116 5、0.131 7、0.751 8;应用SAS软件对滩羊Myf-5基因与其4个生长性状之间的关系进行了关联分析。结果表明,AC基因型个体的3月龄体重、6月龄体重极显著高于AA、CC基因型个体（P〈0.01）;AC基因型个体的9月龄体重显著高于AA、CC基因型个体（P〈0.05）;不同基因型个体之间的初生体重无显著差异（P〉0.05）。     

杜洛克FUT1基因多态性及其与产仔性能的关联分析

采用PCR-RFLP方法对杜洛克FUT1基因多态性进行分析。结果发现:杜洛克FUT1基因开放阅读框307位点经Hin6Ⅰ酶切后,检测到AA、AG和GG3种基因型,AA基因型的频率为0.157,A基因的频率为0.353。分析这3种基因型与杜洛克产仔性能间的关联性。结果表明:抗性纯合子AA基因型的个体1～5胎每个胎次的产仔数均值均高于AG和GG基因型,且第1胎和第4胎的产仔数均值显著高于AG和GG基因型(P<0.05),AA基因型对产仔性能而言是有益基因型。     

IGF-I与IGFBP-1基因对京海黄鸡生长性状的遗传效应分析

旨在对IGF-I和IGFBP-1基因部分SNPs与鸡生长性状进行关联分析。试验以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测2个候选基因的单核苷酸多态性(SNPs),采用一般线性模型(GLM)分析基因型与生长性状的遗传效应。结果表明,IGF-I基因外显子3序列的60bp处有A→G的点突变,在京海黄鸡中检测到AA、AB、BB 3种基因型,A等位基因频率为0.613,B等位基因的频率为0.387;IGFBP-1基因外显子2序列的21bp处有A→T的点突变,104bp处有T→C的突变,在京海黄鸡中检测到CC、CD和DD 3种基因型,C等位基因频率为0.558,D等位基因频率为0.442。IGF-I基因BB基因型个体4周龄体质量显著高于AA和AB型个体(P<0.05);IGFBP-1基因DD基因型个体8周龄体质量显著高于CC基因型个体(P<0.05),4、12和16周龄体质量差异极显著(P<0.01)。因此,推测这些SNPs对京海黄鸡生长性状具有一定的影响,应用于鸡育种过程中的标记辅助选择可以加快育种进程。     

四种黄羽肉鸡IGF-1多态性与生产性能相关分析

采用PCR-SSCP技术测定了4个黄羽肉鸡品种IGF-1基因2个SNP位点,并分析了它们对不同周龄体重及产蛋性状的遗传效应.结果显示,2个SNP位点分别发生了T→A、G→A的单碱基突变,各有3种基因型,京海黄鸡P1位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.01).最小二乘方差分析表明,京海黄鸡、江村黄鸡从型个体具有较高的300日龄产蛋量,与AB、BB型间差异显著(P<0.05),江村黄鸡从型具有较高的12周龄和300日龄体重,石岐杂鸡AA型300日龄体重显著高于BB型(P<0.05),表明A为产蛋及体重增效基因;不同黄鸡品种均表现出CC型个体具有较高的300日龄体重和产蛋数(P>0.05).     

MyoG基因SNP检测及与藏羊体尺性状的关联性分析

利用PCR-SSCP及DNA测序技术,对632只河南县欧拉型藏羊、祁连县高原型藏羊和贵南县黑藏羊的MyoG基因exonⅠ多态性进行检测并分析多态位点与体尺性状的相关性。结果表明,MyoG基因exonⅠ109位存在A→C的碱基突变,存在CC、CA、AA3种基因型,该突变导致MyoG基因exonⅠ37号位谷氨酸(GAG)→丙氨酸(GCG)的错义突变;该位点在3个藏羊群体中均处于中度多态;最小二乘法分析表明,河南县欧拉羊群体中CC基因型个体的体重、体高和体长均显著高于AA基因型个体(P0.05),祁连县高原型藏羊群体中CC基因型个体的体重显著高于AA基因型个体(P0.05),贵南县黑藏羊群体中CC基因型个体的体长显著小于CA基因型和AA基因型个体(P0.05)。     

长顺绿壳蛋鸡雌激素受体1基因SNP与蛋品质性状的相关性研究

为加快贵州长顺绿壳蛋鸡选育与开发利用,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对124只长顺绿壳蛋鸡的雌激素受体1(estrogen receptor,ESR1)基因进行多态性分析,并与其蛋品质性状进行关联性研究。结果表明,长顺绿壳蛋鸡ESR1基因中出现AA、AC和CC 3种基因型,其由于A(-999)C 1个SNPs所导致,经χ²适合性检验,基因型分布偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。基因型与蛋品质性状关联性分析结果显示,3种基因型个体间的蛋重、蛋形指数、蛋黄比率、蛋白比率、蛋壳重差异不显著(P>0.05),而AA与AC基因型个体的蛋壳厚度差异显著(P<0.05),在不影响其它性状的情况下,选择AA基因型个体可得到良好的蛋壳厚度,从而增强蛋品质。     

雪山鸡THRSPα基因5′-侧翼区SNPs与肌肉品质关联性

通过MALDI-TOF-MS技术对雪山鸡甲状腺激素应答蛋白Spot 14(THRSP)α基因5′-侧翼区候选SNPs位点进行扫描,对SNPs的存在与否进行进一步验证,并对其与肌肉品质进行关联分析。结果表明:雪山鸡THRSPα基因5′-侧翼区中存在G637A突变,得到3种基因型,G、A等位基因频率分别为0.567和0.433,适合性检验处于遗传平衡状态;不同基因型个体间在pH值、肉色和嫩度等常规肉品质指标并无显著差异;但GA型个体胸肌肌内脂肪含量显著高于GG和AA型的个体(P0.05)。GA个体腿肌的C16∶0含量、C18∶1n9c含量、C18∶2n6c含量均显著高于GG和AA型的个体(P0.05),GG和AA型个体之间差异不显著。初步可以认为THRSPα基因应是肌肉脂肪性状含量的候选标记。     

MyoG与Myf5基因与京海黄鸡生长性状的相关分析

以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测MyoG和Myf5基因的单核苷酸多态性(SNPs),并分析基因型间的互作以及基因型对生长性状的遗传效应。结果表明,MyoG基因外显子3上存在一个T36C突变,形成了AA、AB和BB 3种基因型;Myf5基因外显子1上存在一个A1313G突变,形成了CC、CD和DD 3种基因型。对生长性状的最小二乘分析结果显示,BB型个体的2~16周龄均显著或极显著的高于AA型个体(P0.05或P0.01)。CD型个体仅在初生体质量上显著优于CC型个体。基因互作分析结果显示,互作效应对6、8周龄体质量的影响达到了极显著水平(P0.01)。本试验为京海黄鸡生长性状的标记辅助选择提供了参考依据。     

新扬州鸡IGF-1基因5′调控区PstI位点多态性与繁殖性状关系的研究

采用PCR-RFLP技术,对207只新扬州鸡的胰岛素样生长因子-1(IGF-1)基因的5'端调控区进行遗传多态性研究,发现该调控区的扩增产物经PstI酶切后出现AA、AB和BB3种基因型。χ2检验的结果表明:新扬州鸡在IGF-1基因PstI位点上均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。分析基因型与产蛋性状的关系时,发现基因型对新扬州鸡开产蛋重、第30周和40周蛋重以及40周产蛋量有显著影响(P<0.05),而对新扬州鸡30、40、50和60周产蛋数、开产体重、开产日龄、开产胸骨长、开产胫长和蛋壳重影响不显著(P>0.05)。在所研究的指标中,新扬州鸡的BB基因型效应均大于AB和AA基因型。