猪差异表达EST的组织表达谱分析

表达序列标签是一种快捷、高效的揭示基因组信息的方法。本研究以蓝塘猪与大白猪差异表达的5条EsT在各组织中的表达情况为目的．采用大白猪、蓝塘猪为实验材料，从成年种猪的10个组织中提取总RNA；运用RT—PCR方法分析，结果显示5条EST在猪的多数组织中均有表达；同源性比对后发现，在5条差异显示cDNA中，EST1、EST2与已知序列无同源性；电子表达谱分析表明EST1、EST2、EST4及ESt5在骨骼肌、肝脏组织中有表达。这为进一步研究该EST的功能奠定基础。     

基于中国明对虾不同组织EST数据的基因表达差异分析

对前期获得的中国明对虾头胸部、血液、眼柄、卵巢4种组织的EST测序数据进行了生物信息学挖掘和分析.4种组织的原始EST序列分别为10 446条、2 690条、1 067条和1 282条,通过聚类拼接得到unigene 3 454条、1 053条、406条和544条,对其进行了NR、GO、KEGG等数据库的功能注释,并在此基础上进行了组织差异分析.通过同源比对的方法找出了各组织特异的转录本,并根据注释信息将其进行了GO功能分类.结果显示,血液组在细胞杀伤、迁移和节律等功能分类上特异性富集;眼柄组在色素生成、信号传递和生物学调控等功能分类上特异性富集;卵巢组在营养贮存运输、繁殖和定位等功能分类上特异性富集.拼接时聚类到一起的EST数目在一定程度上可以代表基因的表达量,据此对各组织的高表达基因进行了分析.结果显示,peritrophin、elongation factor 1-alpha、thrombospondin和arginine kinase 4个基 因在组织中分布较为广泛且表达量高,提示其可能参与对虾多种重要的生物学过程.而在血液组中注释到的高表达基因还包括penaeidin、cytochrome c oxidase和14-3-3 like protein基因,在眼柄组中注释到的高表达基因还包括arrestin和rhodopsin基因.此外,为了解各组织共有基因的差异表达情况,对peritrophin和peroxiredoxin进行了分析,发现了peritrophin基因的多形式和高表达现象.     

克氏原螯虾EST同工酶的组织特异性研究

以克氏原螯虾为材料,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳方法,分析了肌肉、眼球、肝胰腺和心脏4种组织或器官中酯酶(EST)同工酶的表达情况.结果发现,眼球和肌肉中各表达2条带,在肝胰腺中表达出4条带,而在心脏中表达出3条带.EST同工酶在肝胰腺中表达最强,眼球中次之,肌肉中表达最弱,表现出明显的组织特异性.     

EST及EST-SSR分子标记应用

EST是对cDNA文库随机挑取的克隆进行大规模测序获得的序列,长度一般为150～500bp。EST携带信息量较大,含有潜在的表达序列信息,与一些已知和未知的功能基因连锁。EST中SSR结构及分布广,不仅可以存在与内含子,也存在于编码区、非编码区和调控区,数量庞大的SSR在基因组中分布均匀,可代表整个基因组。综述了EST-SSR标记的开发过程及在动物及动物寄生虫上的应用。     

基于EST序列的鲤鱼生长相关SNP发掘

以本研究室454测序获得的EST序列和公共数据库中下载的共255,768条鲤鱼EST序列为源序列,鉴定出与生长相关的EST序列5,375条;采用QualitySNP软件,在31个EST重叠群中检测到69个可信度高的与生长相关的SNP,SNP发生频率为0．29／100个碱基。其中包括转换型35个,颠换型30个和缺失型4个。非同义SNP为46个,同义SNP为23个,二者比值为2．0。对所鉴定的SNP进行注释表明,这些包含SNP的生长相关基因归为20类,数量最多的为血纤维蛋白溶酶原基因4个、其次是载脂蛋白基因和磷酸甘油醛脱氢酶基因分别为3个。本研究所开发的SNP将促进鲤鱼生长性状的分子基础研究,为鲤鱼分子育种服务。     

脊尾白虾血细胞ESTs的生物信息学与微卫星序列特征分析

对前期测序得到的脊尾白虾血细胞2853条EST序列进行了生物信息学和微卫星序列特征分析。EST序列拼接得到1053条Unigenes,包括329条Contigs和724条Singlets。BLAST分析表明,593(56.3%)条Uingenes与数据库中已知基因具有相似性。KEGG代谢途径分析表明,181条Unigenes映射到120条代谢途径。通过EST-SSR分析,共得到416条微卫星序列,检出率为14.58%。其中,两碱基重复序列374条,占89.90%,AG重复类型最多;三碱基35条,占8.41%,AAT重复类型最多;四碱基7条,占1.68%,AAGT重复类型最多。本研究可为脊尾白虾功能基因资源挖掘及分子标记筛选提供有效数据。     

乌鳢和斑鳢EST序列微卫星信息分析

乌鳢(Channa argus,♂)、斑鳢(Channa maculatus,♀)是杂交鳢"杭鳢1号"的亲本。利用高通量测序技术对乌鳢和斑鳢的肝脏进行转录组测序获得大量EST序列后,利用MISA软件进行微卫星信息分析,结果表明,通过转录组测序获得乌鳢EST序列59 959条,长度45 mb,发现15 428个SSR,出现频率为25.73%;获得斑鳢EST序列44 337条,长度27 mb,发现8 439个SSR,出现频率为19.03%。在乌鳢和斑鳢EST-SSR中,重复单元以1~2碱基重复为最多,并以长度小于16 bp的短重复序列为主,间隔SSR和复合SSR的EST序列RPKM均值要低于单纯型SSR的EST序列RPKM均值,且在单纯型SSR中SSR长度越长,其RPKM均值则越低。     

毛蚶同工酶组织表达差异研究

采用聚丙烯酰胺凝胶垂直板不连续电泳,对毛蚶的肝胰脏、斧足、外套膜、闭壳肌、鳃等5种不同组织进行了6种同工酶(EST、LDH、MDH、α-AMY、POD、CAT)的电泳研究,并对各种酶的同工酶位点及酶谱表型差异进行了分析.结果表明:毛蚶的同工酶系统具有明显的组织特异性,并对同工酶的组织特异性分布及其生理意义进行了讨论.     

精子顶体相关基因DKKL1在正常人和男性不育患者睾丸组织中的表达差异

Dkkl1基因在哺乳动物睾丸发育和精子发生过程中扮演着重要角色,然而其在龟鳖类动物中的研究十分有限。为探索龟鳖类Dkkl1基因的潜在功能和作用机制,克隆了中华鳖 (Pelodiscus sinensis) Dkkl1基因的cDNA片段,分析其序列特征、表达模式以及对外源性激素处理的响应。克隆获得的Dkkl1基因cDNA序列长度为823 bp,其中3'-非编码区(UTR)为67 bp,5' UTR为90 bp,开放阅读框为666 bp,共编码222个氨基酸。中华鳖Dkkl1蛋白是一种稳定性较差、亲水性较强的碱性蛋白,其二级结构和三级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主。氨基酸序列同源性比对结果显示其与中华草龟 (Chinemys reevesii) Dkkl1蛋白的相似性较高 (81%),与棱皮龟 (Dermochelys coriacea) Dkkl1蛋白的同源性较低 (70%)。通过RT-PCR和RT-qPCR分析发现,中华鳖Dkkl1 mRNA在 3 冬龄成体精巢中极显著性高表达 (P<0.001),而在其余体组织中几乎不表达。并且随着年龄的增长,中华鳖精巢中Dkkl1基因的表达量逐渐上升,并在3冬龄时达到顶峰。此外,17β-雌二醇 (E₂) 和17α-甲基睾酮 (17α-MT) 处理均可显著抑制成体中华鳖精巢中Dkkl1基因的表达 (P<0.05)。研究表明,Dkkl1基因可能在中华鳖睾丸发育和精子发生过程中起着重要作用。

     

文蛤金属硫蛋白基因的克隆与分析

金属硫蛋白是一种普遍存在于生物体内的低分子量、半胱氨酸含量丰富、易于被外界刺激诱导的金属结合蛋白。采用表达序列标签（EST）法,首次获得了文蛤金属硫蛋白（Mm—MT）的全长eDNA序列,序列全长657bp,开放阅读框长度为231bp,可以编码76个氨基酸。编码的氨基酸中半胱氨酸含量丰富,达27．6％,含有软体动物等无脊椎动物金属硫蛋白的特征序列。序列特征分析表明,该序列具备金属硫蛋白的典型特征,是金属硫蛋白家族成员。     

斑马鱼性别决定相关基因的表达分析

本研究选择一些可能参与斑马鱼性别决定相关的基因（cyp19a、cyp19b、gata4、dmrt1和wt1）,通过RT-PCR和实时荧光定量PCR技术分析各个基因在斑马鱼发育不同时期（64细胞期(2h)、256-512细胞期(2.5h)、囊胚球体期(4h)、30%外包(4.6h)、50%外包(5.2h)、75%外包(8h)、胚孔封闭期(10h)、10-15体节期(15h)、成型期10-20 (32h)、孵化期(60h)、幼苗期(120h)、7天、10天、12天、14天、16天、18天、20天、22天、24天、26天、28天和30天）的表达情况。结果显示：cyp19a与cyp19b基因随着胚胎的发育表达量逐渐增加,在28天-30天达到最高;gata4基因在胚孔封闭期表达量最高随后降低;dmrt1基因在30%外包期表达量最高随后逐渐递减;wt1基因在10-15体节期表达量最高随后逐渐递减并保持稳定的表达。     

半定量RT-PCR在基因表达方面的应用

RT-PCR是一种常用的具有很高灵敏度和特异性的基因表达检测方法。它有定量RT-PCR和半定量RT-PCR法。半定量RT-PCR法因其对试验条件的要求不高,费用低、普通实验室容易做到而被经常使用。本文从半定量RT-PCR的原理、技术、操作步骤及注意事进行了综述。     

北京市政策性生猪保险调查分析

基于对北京市生猪养殖场（户）调研所得的第一手数据资料,从养殖场（户）的角度对2007年以来政策性生猪保险的实施情况进行深入分析,得出结论认为,养殖场（户）对政策性生猪保险的评价普遍较好,影响养殖场（户）投保的一个重要因素是对政策性保险的认知,经营规模对投保没有显著影响;商品猪投保率相对种猪较差,影响商品猪投保的另外一个重要因素是养殖场（户）对商品猪保险的评价。最后提出加强对政策性生猪保险、尤其是商品猪保险的宣传;适当提高商品猪保险金额,区别对待不同品系和代际的种猪,提供多样化的保险供给;鼓励小规模户和散养户加入生猪专业合作社,适当降低散养户投保的存栏量条件,提高小规模户和散养户的保险覆盖面等政策建议。     

Characterization and genomic annotation of polymorphic EST‐SSR loci in Litopenaeus vannamei shrimp

In the present work, EST‐SSR (expressed sequence tag‐simple sequence repeat) loci were obtained by screening 45 000 ESTs from the Pacific white shrimp Litopenaeus vannamei, which was available in a database of the ShEST (Shrimp EST Genome Project) consortium. Fifty‐two of 600 EST‐SSR loci were selected. From this total, 21 EST‐SSRs were polymorphic among 40 individuals and had their gene products ascribed. Two to 20 alleles per locus were detected and the observed heterozygosity ranged from 0.15 to 0.86. Eight loci presented a significant heterozygote deficit after the Bonferroni correction, which was attributed to null alleles. Seven loci were able to have their protein products, molecular functions and biological processes determined. Our results are promising for future studies that relate the levels of these gene polymorphisms with different biological responses to stress in aquaculture.     

人工选育池蝶蚌的EST和MDH同工酶分析

采用聚丙烯酰胺梯度凝胶电泳的方法, 对人工选育池蝶蚌的3 个世代的8 种组织( 心、肝、肾、外套膜、性腺、鳃、斧足、闭壳肌) 的酯酶( EST)和苹果酸脱氢酶(MDH )进行研究, 比较了不同组织的相对迁移率及酶活性大小。结果表明, 池蝶蚌的EST 和MDH 同工酶具有明显的组织差异性, 不同世代间没有明显的差异性, 表明其经人工选育后已初步成为一个纯系, 遗传性状趋于稳定。     

牙鲆抗菌肽hepcidin基因在成鱼组织和不同发育时期胚胎中的表达分析

抗菌肽hepcidin是由hepcidin基因编码产生的小分子多肽,是机体天然免疫的重要因子。本文利用RT-PCR的方法分析表明,抗菌肽hepcidin基因在牙鲆成鱼不同组织和不同发育时期胚胎中普遍表达,但是表达水平存在着明显的差异。