内蒙古绒山羊褪黑激素受体1a基因外显子1 克隆及序列分析

参考GenBank上已发表的绵羊(登录号:15U14109)、人(登录号:U14108)、牛(登录号:U73327)、鼠(登录号:U52222)等物种褪黑激素受体(melatonin receptor 1a,MTNR1a)基因 cDNA序列设计引物,以内蒙古绒山羊基因组DNA为模板进行PCR扩增,得到257 bp的基因片段,将扩增产物进行克隆测序后与GenBank数据库进行序列同源性比较。结果表明,绒山羊MNTR1a基因外显子1序列与已发表的绵羊和牛该基因序列同源性分别为99%和96%,说明所得到的序列为绒山羊MNTR1a基因的外显子1序列。利用DNAStar软件分析,得到该基因序列的257个核苷酸。该序列包括5''UTR 23个核苷酸、翻译起始密码子ATG和N端78个氨基酸编码序列。     

蓝狐与银狐褪黑激素受体1A基因的克隆及序列分析

根据其它物种褪黑激素受体（melatonin receptor, MTNR）1A基因核酸序列的同源性设计引物,PCR扩增蓝狐和银狐MTNR1A基因的546 bp DNA序列,GenBank登录号分别为EU170442和EU170443。蓝狐和银狐MTNR1A基因DNA序列同源性为99.1%,编码的氨基酸同源性为99.4%,与人、鼠及绵羊MTNR1A基因同源性为84%~86%,与鸡MTNR1A基因同源性为74%。     

中国新吉细毛羊LHx2基因cDNA克隆与序列分析

以供试羊皮肤组织中提取的总RNA为模板,根据Gen Bank中登陆的绵羊LHx2基因序列设计引物,通过PCR方法扩增RT-PCR合成的LHx2基因编码区第一链c DNA,回收、纯化反应产物,将目的基因与p MD18-T载体连接、转化,获得阳性重组质粒,成功克隆新吉细毛羊LHx2基因c DNA序列,测序长为1 215 bp。基因同源性分析结果显示各物种间同源性均在80%以上。该基因编码405个氨基酸残基,蛋白同源性分析结果显示各物种间同源性差异较大;蛋白二级结构分析显示LHx2蛋白为疏水性蛋白、柔韧性较高;蛋白结构域分析结果表明克隆的基因较为完整。研究结果为深入研究新吉细毛羊LHx2基因提供理论基础。     

蜜蜂残翼病毒RT-PCR检测及衣壳蛋白VP1基因的序列分析

为了研究蜜蜂残翼病毒(DWV)的遗传变异特点,试验从吉林某地蜂场疑似蜜蜂残翼病的病蜂中初步分离得到1株DWV毒株,采用RT-PCR技术扩增VP1基因并对其进行检验分析。结果表明:基因测序结果与Gen Bank中的DWV毒株衣壳蛋白VP1基因序列同源性为99%左右;将此分离毒株DWV的VP1基因核苷酸序列与Gen Bank中的10个序列进行系统遗传进化树分析,证实其与AB070959.1、NC_005876.1的同源性最近,而与HM067437.1、KJ437447.1的同源性最低。     

羊口疮病毒湖北株F1L基因克隆与遗传进化分析

为了分析羊口疮病毒湖北株(ORFV-HB-YX株)F1L基因遗传变化规律,参照Gen Bank公布的ORFV-F1L基因序列设计特异性引物,对ORFV-HB株F1L基因进行PCR扩增、克隆、测序以及遗传进化分析。结果显示:F1L基因PCR扩增产物大小为999 bp,编码333个氨基酸,系统进化树显示HB-YX株与Gen Bank参考毒株的核苷酸序列同源性为95.0%~98.0%,与福建FJ-GO株同源性高达98%,亲缘关系最近,属于同一分支。     

湖北地区猪瘟病毒流行株E2基因的序列测定与分析

为分析猪瘟病毒湖北流行株(CSFV-HBWH-2017株)E2基因遗传变化规律,参照Gen Bank公布的CSFV-E2基因序列设计特异性引物,对CSFV-HBWH-2017株E2基因进行PCR扩增、克隆、测序以及遗传进化分析。结果显示,E2基因PCR扩增产物大小为1 489 bp,编码496个氨基酸,系统进化树显示HBWH-2017株与Gen Bank参考毒株的核苷酸序列同源性为86.0%~96.0%,与湖南HNLY-2011株同源性高达96%亲缘关系最近,属于同一分支2.1c亚型,表明2.1c毒株已经成为湖北地区流行毒株。     

蒙古绵羊Bcl-2基因cDNA的克隆及序列分析

为扩增蒙古绵羊bcl-2基因全序列,根据Gen Bank上已公布的牛的序列,设计了3条引物。从蒙古绵羊脾中提取总RNA,采用RT-PCR,技术扩增出bcl-2的c DNA,并重组到p Blueselect T载体,经限制性内切酶谱分析和DNA序列测定,证实所克隆的c DNA为bcl-2,因为该c DNA包含由687个碱基组成的开放读码框(ORF),该ORF编码229个氨基酸。经比对,与牛的核苷酸序列和氨基酸序列的同源性分别为95.5%和93.4%。     

3个日本血吸虫新基因的克隆和分析

为获得新的可表达保护性抗原分子的编码基因 ,以重复感染兔血清为探针 ,筛选日本血吸虫成虫 c DNA文库 ,对获得的阳性克隆进行 PCR鉴定并测序后 ,通过互联网将测序结果进行同源性分析 ,并对新基因的编码阅读框及其编码蛋白质的结构及功能进行预测。 3个日本血吸虫新基因 IR1、IR2、IR3在 Gen Bank的登录号分别为 AY1 70 31 3、AY1 73930、AY2 5 1 4 81。 BL AST分析结果表明 ,它们与 Gen Bank中其他基因无显著的同源性。其中 IR3为全基因 ,含897个碱基 ,编码 2 99个氨基酸 ,推测等电点 ( p I)为 6 .0 9,相对分子质量约为 331 90     

蒙古绵羊bcl-2、Bax基因部分cDNA的克隆与序列分析

为扩增蒙古绵羊bcl-2基因和基因,根据Gen Bank上已公布的牛的序列,设计了4条引物。从蒙古绵羊脾中提取总RNA,采用RT-PCR技术扩增出bcl-2和Bax的c DNA,并重组到p Blueselect T载体,经限制性内切酶谱分析和DNA序列测定,证实所克隆的c DNA为bcl-2和Bax,其c DNA分别包含由160bp和134bp。     

陆川猪瘦素基因的克隆及序列分析

为了研究广西陆川猪瘦素(Leptin)基因编码区序列(CDS)的组成,并为下一步开展Leptin基因表达与陆川猪优质肉质形成的相关性研究提供科学理论依据,试验以11月龄陆川猪背最长肌总RNA为模板,根据Gen Bank中已公布的猪Leptin基因序列(登录号为GQ268936)设计1对PCR引物,利用RT-PCR方法扩增Leptin基因c DNA序列,扩增得到的目的片段经过纯化、连接p MD 18-T载体,然后转化大肠杆菌DH5α感受态细胞并测定序列,应用PMP生物分析软件进行蛋白质二级结构预测分析。结果表明:成功克隆获得陆川猪Leptin基因编码区长504 bp,与Gen Bank公布的巴马小型猪的基因同源性为99.2%,与藏猪的基因同源性为99.0%;陆川猪Leptin基因CDS与其他猪种相比,存在第73位点的T→C,碱基C为陆川猪所特有,导致色氨酸突变为精氨酸。由Leptin基因系统进化树构建结果可知,广西陆川猪与藏猪的遗传距离最近,其次是弓头鲸,最远是小鼠;陆川猪Leptin蛋白质二级结构包含有4个α-螺旋和2个β-折叠。说明Leptin基因可作为研究陆川猪脂肪沉积的主要候选基因之一。     

锦州地区一例蜜蜂残翼病的RT-PCR诊断与蜜蜂残翼病毒的鉴定及同源性分析

为确诊锦州某蜂场蜜蜂大量死亡病因,本试验采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法,收集病死蜜蜂提取总RNA,进行反转录,获得c DNA。然后,以c DNA为模板,利用检测常见蜜蜂病毒的引物进行PCR扩增。结果表明,从蜜蜂病料中扩增出编码蜜蜂残翅病毒Helicase蛋白酶的基因片段,大小约702 bp,将分离毒株命名为DWV-JZ。测序结果通过BLAST比对以及与Gen Bank中获得的7个序列进行遗传进化分析,证实DWV-JZ与Gen Bank中的DWV-JL1(KP096414.1)同源性达到95%,亲缘关系最近。     

MTNR1a基因在内蒙古绒山羊卵巢中的表达

从内蒙古绒山羊卵巢中提取总RNA,根据已发表的相近物种MTNR1 DNA序列设计引物,利用RT-PCR技术对内蒙古绒山羊褪黑素受体基因MTNR1a进行PCR扩增,结果在内蒙古绒山羊卵巢中检测到了MTNR1基因的表达.     

鸭胚中鸭坦布苏病毒的分离与鉴定

从山东省某种鸭场送检的鸭胚中分离到1株鸭坦布苏病毒(TMUV),命名为SDBZ株。根据Gen Bank上已发表的TMUV NS3基因序列设计一对引物,利用RT-PCR对该分离株NS3基因扩增并测序,将获得的SDBZ株NS3基因与Gen Bank中的11株TMUV及10株其他黄病毒属病毒基因进行对比分析。结果表明,该分离株NS3与Gen Bank上已发表的TMUV-WZDu、SDLY、JS804的同源性可达98.9%,与其他黄病毒属病毒基因同源性较低,为53.7%~77.2%。该研究结果为证明TMUV垂直感染提供了流行病学依据。     

猪传染性胃肠炎病毒TH-98株的遗传变异分析

猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)TH-98株是1998年在黑龙江省哈尔滨市郊区疑似感染TGEV的猪场中分离出来的高致病性毒株。采用RT-PCR以及RACE技术扩增出TGEV的全基因组序列并上传至Gen Bank,将TH-98株同Gen Bank中其他13株TGEV进行比较。结果表明14株TGEV Nsp1~Nsp16、S、ORF3a、ORF3b、E、M、N和ORF7氨基酸序列同源性分别为98.0%~100%、97.3%~99.8%、91.2%~100%、27.0%~100%、93.8%~100%、99.6%~100%、97.3%~100%和92.3%~100%。与已发表的13株TGEV毒株相比,TH-98株Nsp1~Nsp16、E、N及ORF7基因均无缺失或插入;与Miller M60的M基因相比,TH-98株有6nt的缺失。不同的TGEV株的突变、缺失、插入主要发生在ORF3b和S基因中。进化树分析可知TGEV TH-98与Purdue株亲缘关系较近,同Miller株拥有共同的祖先。TH-98株同近几年分离出的毒株JS2012、TGEV-HX、SHXB全基因序列同源性分别为98.6%、98.8%、99.8%。研究表明,TH-98株与目前流行的TGEV毒株相比没有发生明显的变化。     

和田青驴线粒体DNA中CO1基因的PCR扩增与序列分析

为了获得和田青驴线粒体DNA中细胞色素氧化酶(CO1)基因序列,试验采用PCR技术及BLAST在线平台方法对和田青驴血液线粒体DNA中CO1基因进行扩增与序列同源性分析。结果表明:DNA核苷酸序列与AJ009780.1的同源性为99.0%,与KC763190.1、CR388000.2、AB033487.1同源性为98.0%,确认是试验所需要的目的基因。     

山羊Wnt6基因克隆及组织表达分析

为了研究Wnt6基因在简州大耳羊不同器官组织中的表达水平,试验采用RT-PCR方法克隆山羊Wnt6基因序列,采用荧光定量PCR技术检测该基因在各器官组织中的表达情况。结果表明:获得山羊Wnt6基因序列1 120 bp(Gen Bank登录号为KU950833),其中CDS为1 098 bp,5'UTR16 bp和3'UTR 6 bp,编码365个氨基酸,存在1个信号肽剪切位点,跨膜序列为7~29位氨基酸。氨基酸同源性比较发现,山羊Wnt6与绵羊和牛的同源性最高达99%;山羊Wnt6基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、脂肪、背最长肌、股二头肌、臂三头肌中存在广泛表达,且在脂肪组织中的表达水平极显著高于其他器官组织(P0.01)。     

辽宁绒山羊BMP-2基因的克隆及序列比较分析

根据GenBank上绵羊的BMP-2基因序列设计特异性引物,以辽宁绒山羊基因组DNA为模板,利用聚合酶链式反应,成功克隆了常年长绒型和季节长绒型辽宁绒山羊BMP-2部分基因片段,丰富了绒山羊BMP-2基因序列。经与绵羊、牛、鼠、猪和人的BMP-2基因进行的比对结果表明,季节与常年长绒型辽宁绒山羊的BMP-2基因同源片段的同源性达到99．7％,二者与绵羊同源性为98．2％和98．4％;与牛同源性为98．2％和97．9％;与鼠同源性为86．3％和86％;与人同源性为88．1％和88．1％。结果表明,辽宁绒山羊BMP-2基因部分核苷酸序列与其他哺乳动物同源性很高,与绵羊、牛的同源性高达97％以上,这与它们的种属关系相近一致。与人、鼠的同源性也在86％以上,说明BMP-2基因在不同物种之间具有较高的保守性。     

口蹄疫病毒3ABC基因的克隆与测序

参考 Gen Bank中发表的猪源 O型口蹄疫病毒 3 ABC的基因序列 ,设计一对特异引物 ,以猪源 FMDV/ O/ CC株基因组 RNA为模板 ,RT-PCR扩增 3 ABC基因 ,并克隆到 p MD1 8-T载体中。测序结果显示 ,FMDV/ O/ CC株 3 ABC基因 c DNA长 1 2 81 bp,编码为 42 7个氨基酸残基组成的多肽。核苷酸序列和推导氨基酸序列同源性比较发现 ,FMDV/ O/ CC株和 FMDV/O/ TW/ 99株 3 ABC基因亲缘关系密切。核苷酸同源性为 97% ,推导氨基酸序列同源性为96.3 %。     

蒙古绵羊Bcl-2基因5′端cDNA的克隆及序列分析

为扩增蒙古绵羊bcl-2基因5′端,根据Gen Bank上已公布的牛的序列,设计了2条引物。从蒙古绵羊脾中提取总RNA,采用RT-PCR技术扩增出bcl-2的c DNA,并重组到p Blueselect T载体,经限制性内切酶谱分析和DNA序列测定,测出5′RACE产物434个核苷酸序列,该序列包括C端144个氨基酸编码序列、翻译起始密码子ATG。     

H9N2亚型禽流感病毒三重RT-PCR诊断技术的建立与应用

为建立H9N2亚型禽流感病毒三重RT-PCR诊断技术,参考Gen Bank登录的H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的HA、NA、M基因序列,利用Primer Premier5.0软件设计3对可扩增HA、NA、M基因的特异性引物以及反转录引物。3对引物扩增的c DNA片段大小分别为1 742、1 410、1 027 bp。结果:通过对多重RT-PCR扩增条件的优化,建立了H9N2亚型禽流感病毒三重RT-PCR诊断技术,与目的片段大小相符的片段,经测序均正确,且与其他常见禽病病原不存在交叉反应。该方法对HA基因的最低检出量为10-2μg/μL c DNA,对NA基因的最低检出量为10-2μg/μL c DNA,对M基因的最低检出量为10-3μg/μL c DNA。通过对30份H9N2阳性病毒液进行三重PCR,均可同时扩出HA、NA、M基因。结果表明,本试验建立了H9N2亚型禽流感病毒三重RT-PCR诊断技术,为提高H9N2亚型禽流感病毒HA、NA、M基因序列分析的效率奠定基础。