基于MiSeq高通量测序方法研究酵母壁多糖对断奶仔猪盲肠菌群结构的影响

本试验旨在探讨饲粮中添加酵母壁多糖对断奶仔猪盲肠菌群结构的影响。采用单因素试验设计,选取180头遗传背景相同、胎次相近、体重接近的21日龄断奶仔猪,随机分为4个处理,每个处理5个重复,每个重复9头猪。4个处理分别饲喂0%酵母壁多糖饲粮(对照组)、0.15%酵母壁多糖饲粮(0.15%组)、0.30%酵母壁多糖饲粮(0.30%组)和0.45%酵母壁多糖饲粮(0.45%组)。试验期为21 d。取盲肠内容物提取细菌DNA,PCR扩增获得16S r RNA基因V4标签片段,进行Mi Seq高通量测序。结果表明:当酵母壁多糖添加量达一定程度时,仔猪盲肠菌群多样性会发生改变;在不考虑群落中每个物种丰度的前提下,0.30%酵母壁多糖组仔猪盲肠菌群最丰富;仔猪盲肠优势菌群为拟杆菌门、厚壁菌门、螺旋体门和变形菌门;与对照组相比,添加0.30%酵母壁多糖能降低仔猪肠道拟杆菌门含量(P0.05),添加0.30%或0.45%酵母壁多糖能显著增加盲肠厚壁菌门含量(P0.05),添加0.45%酵母壁多糖还能提高仔猪盲肠软壁菌门含量(P0.05);酵母壁多糖具有降低盲肠变形菌门含量的趋势(P=0.066);普氏菌属为仔猪盲肠优势菌属,酵母壁多糖能显著提高仔猪盲肠厌氧弧菌属、瘤胃杆菌属、粪球菌属和考拉杆菌属的含量(P0.05),显著降低链球菌属的含量(P0.05)。由此可知,当酵母壁多糖添加量达到一定水平时,短期添加可提高断奶仔猪盲肠厚壁菌门以及瘤胃杆菌属和粪球菌属等优势菌群的含量。     

采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性

本试验旨在采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性。选取30窝同日出生、胎次相同和平均窝重相近的健康新生仔兔,于14日龄开始补饲,断奶当日(30日龄)从30窝仔兔中选取48只体重相近的健康幼兔作为试验兔,饲喂不添加抗生素的基础饲粮。分别于断奶当日及断奶后1、2和3周随机选取6只健康幼兔屠宰,无菌采集盲肠内容物,从中选取3个样本提取微生物基因组总DNA,采用Illumina MiSeq测序技术检测其中的微生物群落多样性。结果显示:1)健康幼兔盲肠微生物群落α多样性指数指标(ACE值、Chao1值、Shannnon值)随日龄的增长有升高的趋势(P0.10)。2)不同日龄健康幼兔盲肠微生物各菌门的相对丰度差异不显著(P0.05),且均主要由厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和疣微菌门组成;在科水平上,厚壁菌门主要由瘤胃球菌科和毛螺旋菌科组成,拟杆菌门主要由拟杆菌科和紫单胞菌科组成;在属水平上,拟杆菌属、Barnesiella、Akkermansia、普雷沃氏菌属和4种未知菌属为优势菌属;拟杆菌属和Parabacteroides在断奶当天的相对丰度较高,且与其他日龄组差异显著(P0.05)。3)健康幼兔盲肠中均存在乳杆菌属,且相对丰度在各日龄组间差异不显著(P0.05)。由此得出,断奶时健康幼兔盲肠微生物区系已基本建立,相对丰度最大的优势菌属为拟杆菌属,但断奶后随着日龄的增长,微生物组成趋于复杂。     

基于16S rDNA测序分析柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响

为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上,与对照组相比,感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物...     

阿拉善马鹿冬季肠道菌群组成的性别差异

肠道菌群对于动物消化及健康有着至关重要的作用,但在性别差异上的研究仍然有限。本研究通过高通量测序技术对贺兰山阿拉善马鹿(Cervus elaphus alashanicus)的20个粪便样本进行多样性分析,雌雄各半,并讨论性别因素对肠道菌群的影响。结果表明,阿拉善马鹿雌雄肠道菌群的多样性及结构均存在差异,且雌性肠道菌群的多样性更高。菌群构成的门水平上,雄性肠道菌群的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes 49.47%)和疣微菌门(Verrucomicrobia 14.21%),雌性肠道优势菌门为厚壁菌门(54.47%)和变形菌门(Proteobacteria 54.41%)。在属水平上,雌雄肠道菌群的优势菌属都为孢杆菌属(Sporobacter),含量为(雌性:6.79%,雄性:7.97%),拟杆菌属(Bacteroides),含量为(雌性:3.87%,雄性:4.42%),NMDS分析及LEfSe分析表明,性别因素对阿拉善马鹿雌雄肠道菌群的影响存在显著差异(P<0.05)。本研究表明性别因素对阿拉善马鹿冬季肠道菌群的多样性及构成存在影响,可为深入研究性别因素对阿拉善马鹿肠道菌群的影响提供依据。     

德州驴盲肠菌群测序分析

旨在研究健康德州驴盲肠菌群分布及代谢功能。以健康德州驴盲肠内容物为检测样品,提取细菌总DNA,通过Illumina MiSeq高通量测序分析德州驴盲肠中菌群分布特点,结合PICRUSt基因预测方法分析菌群代谢功能。测序分析结果表明,在3份检测样品中共得到176 869条有效序列和39 566个OTU。Alpha多样性指数分析结果表明,3份样品的Shannon指数均大于7,样品中菌群多样性水平较高。菌群分类学组成分析结果表明,在门分类水平上相对丰度排名前10的细菌门为厚壁菌门、拟杆菌门、疣微菌门、螺旋体门、纤维杆菌门、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门、TM7菌门、柔膜菌门、蓝藻菌门。此外,在相对丰度排名前20的菌属中与纤维分解与代谢相关的菌属所占比例达到了35%。菌群代谢功能分析结果表明,盲肠菌群参与机体多种代谢活动,其中参与碳水化合物代谢、氨基酸代谢、能量代谢的菌群丰度相对较高。研究结果为探索德州驴肠道菌群分布与消化特点之间关系提供了理论依据。     

酶解青蒿联合地衣芽孢杆菌对肉仔鸡生长性能和盲肠菌群的影响

本试验旨在研究酶解青蒿联合地衣芽孢杆菌饲喂肉仔鸡对其生长性能和盲肠菌群的影响。选取1日龄科宝(Cobb)肉仔鸡480只,随机分为4组(每组6个重复,每个重复20只):对照组饲喂基础饲粮,抗生素组、试验Ⅰ组和试验Ⅱ组分别在基础饲粮中添加20 mg/kg抗生素(主要成分为维吉尼霉素)、1 g/kg酶解青蒿以及1 g/kg酶解青蒿+200 mg/kg地衣芽孢杆菌。试验期42 d。结果表明:1)与对照组相比,试验Ⅱ组肉仔鸡平均日增重显著提高(P0.05),抗生素组和试验Ⅰ组平均日增重分别提高5.18%和7.49%(P0.05);试验Ⅱ组肉仔鸡终末体重显著提高(P0.05),抗生素组和试验Ⅰ组分别提高6.94%和6.94%(P0.05)。各组肉仔鸡平均日采食量和料重比差异不显著(P0.05)。2)对肉仔鸡盲肠菌群进行alpha多样性分析发现,抗生素组和各试验组盲肠菌群多样性均有所提高(P0.05)。对4组肉仔鸡盲肠菌群组成进行分析显示,在门水平上,优势菌门主要为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和软壁菌门(Tenericutes)。与对照组相比,抗生素组和各试验组厚壁菌门相对丰度显著提高(P0.05),试验Ⅰ组和试验Ⅱ组拟杆菌门相对丰度显著降低(P0.05)。在属水平上,与对照组相比,抗生素组和各试验组拟杆菌属相对丰度显著降低(P0.05),试验Ⅰ组和试验Ⅱ组粪杆菌属相对丰度显著提高(P0.05),试验Ⅱ组瘤胃球菌科UCG-014菌属相对丰度显著提高(P0.05)。由此得出,酶解青蒿用于肉仔鸡饲粮具有替代抗生素的潜质。饲粮单独添加酶解青蒿具有改善肉仔鸡生长性能的趋势,酶解青蒿和地衣芽孢杆菌联用可通过改善盲肠菌群结构,提高肠道菌群多样性,以及提高厚壁菌门与拟杆菌门相对丰度的比例来提高肉鸡生长性能。     

不同孵化方式对仔鸡盲肠菌群多样性的影响

为了探究孵化方式是否会影响仔鸡盲肠菌群的多样性,本研究将种蛋随机分为两组,分别采用孵化机孵化(J组)和母鸡孵化(M组)两种方式进行孵化。采集出壳前1 d、出壳后7 d和14 d的仔鸡盲肠内容物,基于高通量测序分析菌群多样性的差异。结果显示:出壳前1 d的仔鸡盲肠内均未检出菌群。出壳后7 d和14 d的仔鸡盲肠在门水平上,两个日龄的所有样本具有5个门的菌群,其中优势菌门均为厚壁菌门;而J组厚壁门的丰度均显著高于M组,M1组Campilobacterota门显著高于J1组,M2组变形门显著高于J2组。在纲水平上,所有样本具有9个纲的菌群,优势菌纲为梭菌纲;J1组的梭菌纲极显著高于M1组,而弯曲菌纲极显著低于M1组,M2组有3个菌纲显著高于J2组。在目水平上,共检测到12个菌目,J组的乳杆菌目均显著高于M组。在科水平上,共检测到18个菌科,均检测到丰度较高的毛螺旋菌科、瘤胃菌科,且M组的螺杆菌科、乳杆菌科、肠杆菌科的丰度显著高于J组。在属水平上,J组Ruminococcus_torques_group是优势菌属,M组的粪杆菌属是优势菌属。在种水平上,J组的优势菌种是uncultured_bacterium_g__Ruminococcus_torques_group,M组的优势菌种是uncultured_bacterium_g__Faecalibacterium,且在M组中检测出幽门螺杆菌和志贺氏菌。可见,不同孵化方式会影响仔鸡肠道菌群的多样性,母鸡孵化的仔鸡肠道菌群丰富度和多样性高于孵化机孵化。     

野生和室内饲养高原鼠兔肠道菌群多样性的比较

肠道微生物在宿主的生理活动、免疫调节以及健康方面均有重要的作用。尽管已有报道表明高原鼠兔肠道菌群和食物、环境有关,但对于野生和室内饲养条件下,取食不同食物的高原鼠兔肠道菌群是否存在差异尚不清楚。本研究利用16S rRNA基因高通量测序技术比较夏季野生和室内饲养高原鼠兔的肠道菌群发现,与野生鼠兔相比,室内鼠兔有更高丰度的拟杆菌门(Bacteroidetes)和螺旋体门(Spirochetes),更低丰度的变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)。野生和室内饲养的鼠兔肠道共有的操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)有50.1%是重叠的,而49.9%的OTUs是各自特有的。野生和室内饲养肠道菌群的组成和群落结构(β多样性)有显著性差异。因此,室内饲养鼠兔不能有效反映野生状态下高原鼠兔肠道菌群的情况。     

鸭不同肠段内菌群结构分析与拟杆菌分布研究

旨在分析健康鸭十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物菌群组成、多样性特征以及拟杆菌分布。本研究选择健康高邮鸭20只,公母各半,70日龄时无菌采集十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物,提取肠道内容物细菌基因组,利用IonS5TMXL平台进行高通量测序,分析肠道内容物菌群结构与丰度特征以及拟杆菌的分布。结果表明,十二指肠、空肠内容物菌群丰度显著高于回肠和盲肠内容物（P<0.05）,回肠内容物菌群多样性最低;十二指肠和空肠内菌群群落结构较为相似,与回肠,特别是盲肠的相似度较小。健康鸭肠内优势菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和梭杆菌门（Fusobacteria）,上述菌门在各肠段内容物中相对丰度不同;不同肠段内容物中定植了不同差异微生物物种,十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物中差异菌门分别是变形菌门、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门和拟杆菌门。鸭肠道中共分析到28种拟杆菌种,其中B.acidifaciens、B.barnesiae、B.caccae、B.caecicola、B.coprocola、B.sp和B.luti在盲肠内容物中显著聚类,且B.caecigallinarum、B.plebeius和B.barnesiae在鸭盲肠中优势定植。结果显示,鸭肠段空间显著影响了其内容物中菌群丰度与多样性,不同肠段内定植了差异的优势微生物物种,这可能与肠段小环境以及功能一致,在盲肠内容物中优势定植拟杆菌,推测可能与鸭盲肠生理生化功能相关。     

断奶前马驹与母马粪便菌群多样性分析

试验旨在探究断奶前马驹和母马粪便菌群多样性,为丰富此阶段马驹肠道菌群多样性提供依据。选取5匹5岁(2胎)、平均体重(453.34±54.23)kg、健康的纯血马母马,以及母马所生的5匹马驹,出生日期相近(±5 d),平均体重(185.65±9.54)kg,3公2母。母马和马驹在相同环境下饲养,母马日粮组成及营养水平相同,马驹除哺乳外采食的粗饲料和精料补充料相同。马驹6月龄断奶,在断奶前1周用灭菌收粪袋采集母马和马驹的粪便样品。结果显示,母马粪便中菌群α多样性Chao1和ACE指数显著高于马驹(P0.05),分别比马驹高18.94%和15.62%;母马与马驹共有的菌种数为1 399个,母马与马驹特有的菌种数分别为150和68个;在门水平,母马与马驹粪便中排在前十的菌分别是厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门、广古菌门、疣微菌门、螺旋体菌门、Unidentified_Bacteria、纤维杆菌门和无壁菌门,母马粪便中厚壁菌门丰度显著高于马驹(P0.05);拟杆菌门母马比马驹高33.93%,差异不显著(P0.05)。由此可见,母马粪便菌群多样性显著高于断奶前马驹;母马与断奶前马驹粪便主要菌是厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门,母马粪便中厚壁菌门和拟杆菌门丰度均高于断奶前马驹。     

基于高通量测序研究罗布麻对滩羊肠道菌群的影响

试验旨在探究罗布麻饲料对滩羊肠道菌群的影响。将12只滩羊随机分为4组(A、B、C、D),每组3只,分别饲喂不同比例的罗布麻饲料,60天后取新鲜粪便样本,通过Illumina高通量测序技术测定肠道菌群结构及组成。结果表明:共检测到12个菌门,50个菌科,150个菌属。厚壁菌门(Firmicutes),拟杆菌门(Bacteroidetes),疣微菌门(Verrucomicrobia)为优势菌;C组OTU最多;且肠道菌群丰富度和多样性均高于其他组;罗布麻饲料促进肠道菌群在多种能量代谢途径中发挥更大的功能。10%的罗布麻饲料提高了滩羊肠道菌群的相对丰度,促进有益菌增殖,为滩羊养殖及饲料开发提供了参考。     

类志贺邻单胞菌感染对鲟鱼肠道菌群多样性的影响

采用人工肌肉注射类志贺邻单胞菌(Pseudomonas shigella)后,以针对细菌16S rRNA基因高通量测序技术进行感染鲟鱼肠道菌群组成和多样性分析,结果显示:感染组鲟鱼肠道菌群多样性指数(Chaol、ACE、observed_species、 Shannon和Simpson)均显著低于对照组(P<0.05);感染组和对照组鲟鱼肠道优势菌群均为梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteriodia)和厚壁菌门(Firmicute),但感染组鲟鱼肠道拟杆菌门细菌丰度显著小于对照组(P<0.05),而变形菌门(特别是邻单胞菌属)细菌丰度显著大于对照组(P<0.05)。结果表明,类志贺邻单胞菌感染能导致鲟鱼肠道菌群物种多样性和丰度显著变化,为鲟鱼细菌性疾病防控提供了科学依据。     

灌喂石榴皮瓤提取物对小鼠盲肠菌群结构及多样性的影响

试验旨在研究石榴皮瓤提取物中的鞣花酸对小鼠盲肠菌群多样性的影响,为深层次研究鞣花酸调控肠道菌群的生物学作用提供理论依据。试验选择平均日龄50 d、体重相近(37.31±5.57)g、健康良好的SPF级雄性昆明小鼠30只,随机分为2组,每组15只,分别为对照组和试验组。在相同基础日粮条件下试验组小鼠灌喂1.5 g/(d·只)石榴皮瓤粗提物,对照组小鼠灌喂相应体积的蒸馏水,进行为期21 d的灌喂试验。试验结束当天,屠宰全部试验小鼠,采集盲肠内容物并检测相关指标。试验结果显示:①在门水平菌群变化中,试验组小鼠肠道中拟杆菌门丰度显著高于对照组,比对照组提高了65.00%(P0.05),且降低了厚壁菌门/拟杆菌门的比值;显著降低了放线菌门的丰度(P0.05)。②在科水平菌群变化中,显著增加了理研菌科的丰度(P0.05);减少了毛螺菌科的丰度,试验组比对照组降低了41.65%(P0.05)。③在属水平菌群变化中,显著增加了拟杆菌属,试验组比对照组增加了96.84%(P0.05);且肠杆菌属试验组比对照组有所减少(P0.05)。④试验组小鼠Shannon、chao1和ACE指数都高于对照组(P0.05);试验组LEfSe分析有差异细菌物种10种,对照组3种。因此,给小鼠灌喂石榴皮瓤提取物能够显著改变小鼠肠道菌群的种类和丰度,并提高物种多样性。     

酵母发酵饲料对瘤胃菌群数量及多样性的影响

本试验研究日粮中添加酵母发酵饲料对蒙古绵羊瘤胃菌群数量及多样性的影响。选用10只安装永久性瘤胃瘘管且体重约40 kg的14月龄蒙古羯羊,分为对照组和试验组,每组各5只。对照组饲喂基础日粮,试验组饲喂基础日粮+酵母发酵饲料(13.37%)。预试期15 d,正试期5 d。于正试期晨饲后0、3、6、9、12 h依次采集瘤胃液,每天采集一个时间点,共采集5次。实时荧光定量PCR(探针法)检测9种瘤胃菌群的数量,并用16S rRNA高通量测序技术分析菌群多样性。结果表明:试验组溶纤维丁酸弧菌、黄色瘤胃球菌、产琥珀酸丝状杆菌、埃氏巨球型菌、牛链球菌和栖瘤胃普雷沃氏菌数量均高于对照组(P<0.05),反刍兽甲烷短杆菌数量低于对照组(P<0.05),嗜淀粉瘤胃杆菌和白色瘤胃球菌在两组间差异不显著;试验组中菌群多样性低于对照组(P<0.05),拟杆菌门、纤维杆菌门、密螺旋体门含量升高,厚壁菌门含量降低(P>0.05);理研菌科_RC9菌属含量升高,克里斯滕森菌属_R-7含量降低(P<0.05)。综上,酵母发酵饲料能够影响瘤胃菌群数量,改善瘤胃菌群结构,降低瘤胃菌群的多样性。     

采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术分析小熊猫胃肠道菌群的多样性

本试验旨在研究小熊猫胃肠道菌群多样性。采用聚合酶链式反应(PCR)-变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术结合条带的克隆测序、聚类分析和主成分分析(PCA)检测小熊猫胃肠道菌群结构及多样性。结果表明:1)PCR-DGGE图谱显示小熊猫胃肠道中有大量菌群,且不同部位的菌群结构存在一定的差异,相邻肠段菌群结构具有一定的相似性。结肠和粪便样品的菌群多样性较高,其次为胃和直肠样品,而空肠和回肠样品菌群多样性较低。2)小熊猫胃肠道菌群PCR-DGGE图谱中测序的条带大多数归为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroides)、变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia),共性条带主要是未培养拟杆菌门细菌(uncultured Bacteroidetes bacterium)、粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、未培养梭状芽孢杆菌(uncultured Clostridium sp.)、乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)和食窦魏斯氏菌(Weissella cibaria),其中厚壁菌门为优势菌群;特异性条带主要是丛毛单胞菌(Comamonas sp.)、梭菌属(Clostridium sp.)和Akkermansia。由此可见,小熊猫胃肠道中栖息着大量菌群,且其多样性按照胃肠道由前至后的顺序呈现高-低-高的趋势。     

枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响北大核心CSCD

本试验旨在研究枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响。选用180头80日龄的健康育肥猪,随机分为2组,每组6个重复,每个重复15头猪。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加1‰的枸芪多糖,试验期为3个月。采集育肥猪盲肠内容物,提取样本中细菌基因组DNA,进行16S rDNA基因高通量测序。结果显示:1)试验组肠道菌群的Ace指数、Chao指数和Shannon指数均显著高于对照组(P<0.05)。2)在门水平上2组的两大优势菌均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),对照组梭杆菌门(Fusobacteria)及梭杆菌属(Fusobacterium)的相对丰度显著高于试验组(P<0.05),互养菌门(Synergistetes)及互养菌属(Synergistes)的相对丰度显著低于试验组(P<0.05)。3) 2组在属水平上的优势菌均为拟杆菌属(Bacteroides),试验组巨单胞菌属(Megamonas)和螺杆菌属(Helicobacter)的相对丰度显著低于对照组(P<0.05)。由此得出,饲粮中添加枸芪多糖可提高育肥猪肠道菌群的丰富度和多样性,通过促进有益菌厚壁菌门、互养菌门与抑制有害菌变形菌门、梭杆菌属和螺杆菌属的增殖优化肠道菌群平衡,建立更健康的肠道菌群结构。     

鸭肠炎病毒感染对鸭肠道菌群多样性的影响

为揭示鸭肠炎病毒(DEV)感染对鸭肠道菌群多样性的影响,本研究采用16S rRNA基因高通量测序和Illumina Hiseq 2500高通量测序技术对DEV感染后鸭肠道菌群多样性和丰度进行分析。结果显示:与对照组比较,感染组鸭肠道菌群Alpha多样性指数均呈先升高后降低趋势,尤其是在DEV感染96 h和120 h后,鸭肠道菌群Beta多样性(Weighted Unifrac指数)距离越远,相似度越低;DEV感染后鸭肠道优势菌群主要分布于厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门和梭杆菌门,梭菌纲、丙型变形菌纲、拟杆菌纲和梭杆菌纲,梭菌目、肠杆菌目、拟杆菌目和梭杆菌目,肠杆菌科、消化链球菌科、拟杆菌科和梭杆菌科,大肠杆菌志贺菌亚属、拟杆菌属、梭菌属和Turicibacter属,尤其是产气荚膜梭菌和坏死梭杆菌呈先下降后升高趋势,这可能与DEV感染所导致的肠道病变存在一定的关联性。本研究结果为DEV致病机理及其所致疾病的防控研究奠定了基础。     

大熊猫肠道菌群年龄演替规律分析

本研究旨在探究不同年龄段大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)肠道菌群多样性、结构及功能的演替规律。于秦岭大熊猫研究中心采集16只不同年龄段大熊猫的新鲜粪便，基于16S rDNA高通量测序技术及层次聚类方法分为5个年龄组进行分析。结果表明，不同年龄段大熊猫共有优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes, 60.44%)和变形菌门(Proteobacteria, 38.69%),且随年龄增长，厚壁菌门的相对丰度逐渐增加，变形菌门的相对丰度逐渐降低；共有优势菌属为埃希菌属-志贺菌属(Escherichia-Shigella,57.35%)和狭义梭菌属1(Clostridium＿sensu＿stricto＿1,15.17%),且性别差异对大熊猫肠道菌群结构影响不大。不同年龄段大熊猫的肠道菌群Alpha多样性存在显著差异(P<0.05),呈现随年龄增长先增加后降低的趋势，在18～22岁达最高；Beta多样性结果表明，组间差异大于组内差异，不同分组对样品差异的解释具有可信度。13～14岁成年大熊猫特有的优势菌属——魏斯菌属(Weissella,9.975%)为肠道益生菌，34...     

宁都黄鸡粪便基因组DNA提取方法比较及盲肠微生物组成分析

要获得高质量的测序结果,一个重要的前提是提供高质量的DNA样品。该研究旨在比较4种样本预处理方法和目前国内通用的3种试剂盒对于盲肠内容物基因组DNA提取的质量,并通过扩增子测序结果分析宁都黄鸡盲肠菌群组成及其多样性,为进一步探索肠道微生物在宁都黄鸡生长中的作用,乃至未来禽微生态制剂的研发奠定基础。结果表明:QIAGEN、BioTeke或BIOMIGA公司试剂盒提取的基因组DNA用于扩增子测序,所得肠道微生物菌群Beta多样性分析结果无显著差异(P0.05),而Shannon指数和Simpson指数组间差异显著(P0.05),提示采用不同试剂盒可能对高通量测序分析结果产生影响。宁都黄鸡肠道微生物组成丰富,共检测到21个门、50个纲、80个目、134个科、268个属,相对丰度较高的菌群是拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、广古菌门(Euryarchaeota)和变形菌门(Proteobacteria),相对丰度较高的前3个属分别是甲烷杆菌属(Methanobrevibacter)、理研菌科RC9肠菌群(Rikenellaceae RC9 gut group)和拟杆菌属(Bacteroides)。宁都黄鸡盲肠菌群组成特征再次证明了宿主系统发生地位对肠道菌群结构起到的重要影响作用。     

山谷型藏羊公羊瘤胃和粪便微生物多样性研究

为了研究青藏高原山谷型藏羊公羊胃肠道微生物组成结构,试验采集了10只放牧+补饲饲养方式下的周岁山谷型藏羊公羊的瘤胃和直肠内容物(指粪便),分别提取其基因组DNA,采用16S rDNA V3～V4扩增子高通量测序技术分析了瘤胃和粪便样品微生物门和属水平组成结构、标志微生物、α和β多样性及微生物功能。结果表明：山谷型藏羊瘤胃和粪便样品共得到5 383个分类操作单元(operational taxanomic units, OTUs),其中2 144个OTUs为瘤胃样品所特有,1 860个OTUs为粪便样品特有,1 379个为二者共有。瘤胃微生物优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和浮霉菌门(Planctomycetes),相对丰度分别为53.2%、34.9%和3.1%;优势菌属为理研菌科＿RC9＿肠道菌群(Rikenellaceae＿RC9＿gut＿group)和普式菌属＿1(Prevotella＿1),相对丰度分别为13.5%和12.0%。粪便微生物优势菌门为拟杆菌门、厚壁菌门和疣微菌门(Verrucomicrobia),相对丰度分别为47....