基于高通量测序技术检测草地贪夜蛾病毒多样性

为探索草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda病毒的多样性,通过宏转录组和小RNA测序技术手段分析鉴定了自云南省采集的草地贪夜蛾田间自然种群携带的病毒类型。结果显示,宏转录组测序数据分析可比对得到14个病毒科,包括5个昆虫相关的病毒科,5个植物病毒科和4个细菌病毒科。昆虫相关的病毒分别属于杆状病毒科Baculoviridae、呼肠孤病毒科Reoviridae、分体RNA病毒科Partitiviridae、传染性软腐病病毒科Iflaviridae和弹状病毒科Rhabdoviridae,其中传染性软腐病病毒和分体RNA病毒为首次在草地贪夜蛾中报道。同时利用小RNA深度测序技术从草地贪夜蛾样品中检测到鳞翅目杆状病毒、分体RNA病毒和传染性软腐病病毒的序列,进一步验证了宏转录组的分析结果。表明利用高通量测序技术可初步揭示存在于草地贪夜蛾自然种群的昆虫病毒多样性。     

油茶炭疽菌携带病毒种类鉴定及多样性分析

 炭疽菌是重要的植物病原真菌,能够引起多种植物炭疽病。真菌病毒广泛存在于植物病原菌中,侵染炭疽菌属真菌的病毒资源有待挖掘。本文利用宏病毒组测序技术,对分离自我国南部6个省份不同油茶园的40株油茶炭疽菌中的病毒进行了鉴定。经过同源比对分析,发现10种基因组类型均为正义单琏RNA的新病毒。它们分属于减毒病毒科(Hypoviridae)、裸露病毒科(Narnaviridae)、线粒体病毒科(Mitoviridae)和葡萄孢欧尔密病毒科(Botourmiaviridae)。本研究是我国南方油茶炭疽病菌携带病毒的首次报道。研究结果丰富了炭疽菌属所携带的病毒基因组信息,可为深入分析炭疽菌真菌病毒的多样性和分子特性奠定基础。     

稻瘟菌双分病毒MoPV2特性研究

稻瘟病是稻瘟菌引起的一种世界性病害,每年造成水稻大幅减产。真菌病毒是指能够在真菌体内进行复制和繁殖的病毒,可以作为生物防治的资源。本实验从发病的水稻叶片上采用单孢分离的方法获得纯化培养的稻瘟菌菌株YC13。菌株YC13携带多条dsRNA片段,其中片段F1与Magnaporthe oryzae virus 2(MoV2)的Coat Protein(CP)和RNA-dependent RNA polymerase(RdRp)的氨基酸序列均具有99%的同源性,确定为MoV2的基因组;片段F4、F5序列与双分病毒Penicillium stoloniferum virus F(Ps V-F)的RdRp和CP的氨基酸序列分别具有69%和63%的同源性,命名为Magnaporthe oryzae partitivirus virus 2(MoPV2)。MoPV2的基因组含有2条dsRNA:dsRNA 1编码RdRp,dsRNA 2编码CP。根据MoPV2的RdRp编码的氨基酸序列将MoPV2归属于双分病毒科(Partitiviridae)G ammapartitivirus属,是一种新的真菌病毒。通过病毒粒子转染,将MoPV2转到稻瘟菌菌株RB11。与菌株RB11相比,带毒菌株RB11T25的分生孢子产生量显著减少,并且对大麦活体的致病性也有所降低,但其他生物学特征均无明显的影响。本研究在稻瘟菌中发现了一种新的真菌病毒,该病毒能够使稻瘟菌致病力下降,为稻瘟病的防治提供了潜在的病毒资源。     

水稻条纹病毒中国分离物和日本分离物RNA1片段序列比较

 首次测定了我国水稻条纹叶枯病常年流行区的云南楚雄(CX)及病害暴发区的江苏洪泽(HZ)的RSV 2个分离物RNA1片段的全长序列,这2个分离物RNA1片段的全长序列均为8970 nts。同源性分析结果表明,HZ与日本T分离物的亲缘关系较CX与T分离物的亲缘关系更为接近。通过对纤细病毒属病毒RNA1编码的依赖于RNA的RNA聚合酶(RdRp)氨基酸序列分析的结果表明,该蛋白除了具有RNA聚合酶特征的基元序列结构外,还存在mRNA的转录过程中所采取的加帽起始机制的保守性结构域位点,这表明,纤细病毒属病毒和布尼安病毒科病毒及甲型流感病毒一样,都是采取加帽起始机制进行转录的。     

寄生蜂RNA病毒研究进展

本文概述了寄生蜂体内RNA病毒的研究进展。迄今,在寄生蜂中已鉴定获得17种RNA病毒,分属7个科、3种基因组型,其中冠状病毒科、传染性软腐病病毒科、双顺反子病毒科和杯状病毒科等属正义单链RNA病毒;弹状病毒科和尼亚玛尼病毒科等属负义单链RNA病毒;呼肠孤病毒科属分段双链RNA病毒等。就不同寄生蜂RNA病毒的形态与基因组特征、传播途径以及与寄生蜂及其寄主间的相互关系作了比较,并就RNA病毒在寄生蜂成功寄生中的作用以及对寄生蜂的致病性等作了探讨,旨在为促进寄主-寄生蜂-病毒三者互作机制研究以及用于害虫协同防控提供参考。     

我国甜菜褐斑病菌的PCR快速检测

由甜菜尾孢菌Cercospora beticola引起的甜菜褐斑病(Cercospora leaf spot, CLS)是甜菜生产中危害较重的叶部真菌病害,导致甜菜产量和含糖量下降。由于CLS早期症状不易识别,传统病斑形态目测诊断法易错过最佳防治时期,因此分子检测方法对于CLS的准确监测十分重要。迄今为止,国外已报道的分子检测法主要有基于甜菜尾孢菌 rRNA-genes的actin gene编码区和ITS区结合限制性酶切的分子检测法、基于 rRNA-genes的ITS区结合测序的检测方法和基于大量尾孢属真菌RAPD多态性分析而设计的特异引物Cebe2检测法。目前,我国对甜菜尾孢菌的分子检测工作尚未见报道,为此,本试验对甜菜尾孢菌上述3种主要分子检测方法进行了比较,并进一步验证了特异引物Cebe2的可靠性,初步确立了我国甜菜尾孢菌的快速分子检测技术体系,为我国CLS的早期准确检测和有效控制提供技术支持。     

利用小RNA测序技术鉴定吉林省甘薯病毒

在吉林省7个主要甘薯种植区共采集85份甘薯叶片样品,利用小RNA深度测序技术对混合样品进行检测,经RT-PCR和测序验证,鉴定出样品中存在10种病毒,包括6种RNA病毒和4种DNA病毒。分别是马铃薯Y病毒科马铃薯Y病毒属的甘薯羽状斑驳病毒Sweet potato feathery mottle virus (SPFMV)、甘薯潜隐病毒Sweet potato latent virus (SPLV)、甘薯G病毒Sweet potato virus G (SPVG)、甘薯C病毒Sweet potato virus C (SPVC)、甘薯2号病毒Sweet potato virus 2 (SPV2);长线形病毒科毛形病毒属的甘薯褪绿矮化病毒Sweet potato chlorotic stunt virus (SPCSV);双生病毒科菜豆金色花叶病毒属的甘薯曲叶病毒Sweet potato leaf curl virus(SPLCV);玉米线条病毒属的甘薯无症状1号病毒Sweet potato symptomless virus 1 (SPSMV1);花椰菜花叶病毒科杆状DNA病毒属的甘薯杆状DNA病毒B Sweet potato badnavirus B (SPBV-B)和甘薯隐症病毒Sweet potato pakakuy virus (SPPV)。     

甜菜坏死黄脉病毒(BNYVV)RNA4基因组的克隆与表达

 以甜菜坏死黄脉病毒内蒙分离物(BNYVV-NM1) RNA为模板,通过反转录和PCR扩增得到含有全长RNA4基因组的cDNA克隆pGBF6。序列分析结果表明。     

侵染大豆的花生斑驳病毒公主岭分离物基因组测序及分析

本研究利用小RNA深度测序法在大豆叶片上检测到1株花生斑驳病毒Peanut mottle virus (PeMoV),根据小RNA深度测序结果和GenBank公布的PeMoV基因组序列设计引物克隆了PeMoV公主岭分离物(PeMoV-Gongzhuling)的基因组序列.测序结果经拼接后获得了PeMoV-Gongzhu...     

侵染月季的香石竹潜隐病毒属新病毒鉴定及其全基因组序列分析

 2019年7月,在北京市月季叶片上观察到了黄色斑驳症状,高通量测序(High-throughput sequencing,HTS)显示在感病样本中存在一种新的正义ssRNA病毒。该病毒全基因组序列除去3′末端poly(A)后由8 393个核苷酸(nucleotide,nt)组成,含5个开放阅读框(open reading frame,ORF)。其依赖于RNA的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)在氨基酸水平上与已知乙型线状病毒科(Betaflexiviridae)成员具有35.87% ~ 46.74%的序列一致性。系统发育分析表明,该新病毒与香石竹潜隐病毒属(Carlavirus)的杨树花叶病毒(poplar mosaic virus,PopMV)亲缘关系最近。发生率调查显示该新病毒在北京地区分布较为广泛。根据Betaflexiviridae的划分标准,该病毒是Carlavirus的一个新种,暂时命名为月季C病毒(rose virus C)。     

2021年湖南省草地贪夜蛾迁飞路径及虫源地分析

为明确2021年湖南省草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda的迁飞路径与虫源地,基于2021年湖南省60个县（市、区）的高空测报灯诱集数据及性诱捕数据,通过HYSPILT分析平台分析其迁飞轨迹及虫源地,同时使用NCL气象软件分析2021年草地贪夜蛾迁飞期间的天气背景,获得草地贪夜蛾在湖南省的迁飞路径。结果表明,2021年3月下旬最早在湘西南（怀化市）发现草地贪夜蛾,4月下旬至5月中旬进入草地贪夜蛾大规模迁入期。草地贪夜蛾主要经西、中、东3条路线迁入湖南省,西线以贵州省为主要虫源地,中线以广西壮族自治区为主要虫源地,东线则以广东省为主要虫源地。草地贪夜蛾迁出路径由湘西南迁向湘东北直至迁飞出省,最远可达江苏省沿海地区。结合迁飞轨迹与水平风场分析发现,由东太平洋以及孟加拉湾的热带及亚热带暖湿气流提供的运载气流是草地贪夜蛾迁飞的重要条件。2021年湖南省草地贪夜蛾的迁飞路径整体表现为由西南向东北,虫源地主要分布在贵州省和广西壮族自治区,小部分分布在广东省。     

基于DNA条形码技术的湖南省柑橘主产区实蝇幼虫分子鉴定

为明确湖南省柑橘主产区的实蝇入侵为害现状,从该省7个市(自治州)22个地点收集柑橘蛆果中的幼虫,利用DNA条形码技术对其进行分子鉴定,并以DNA条形码序列作为分子标记探究橘大实蝇Bactrocera minax的20个中国地理种群(湖南省6个组群共16个种群、其它3省市4个种群)以及1个印度地理种群间的亲缘地理关系,分析橘大实蝇在我国的遗传进化关系。结果表明,仅采集自邵阳市城步苗族自治县柑橘蛆果中的5头幼虫被鉴定为蜜柑大实蝇B. tsuneonis,其余21个地点采集的595头幼虫均被鉴定为橘大实蝇。21个橘大实蝇地理种群的平均单倍型多样性为0.75,核苷酸多样性为0.0032,核苷酸差异数为2.13,中国所有地理种群均具有较高的遗传多样性;单倍型网络进化图显示湖南、重庆、贵州种群共享的单倍型H3为原始单倍型,表明其为比较原始的种群;AMOVA分析结果显示种群内个体间遗传变异占总体变异的59.04%,是遗传变异的主要来源;遗传分化结果表明湖南省6个组群间均出现了中度至高度的遗传分化,FST在0.0521～0.7795之间。表明DNA条形码技术可用于蜜柑大实蝇和橘大实蝇幼虫的分子鉴定及其种群遗传进化分析。     

Host Range Studies for Tomato chlorosis virus, and Cucumber vein yellowing virus Transmitted by Bemisia tabaci (Gennadius)

The Bemisia tabaci (Gennadius) biotype B transmitted host range of Tomato chlorosis virus (ToCV), genus Crinivirus, Family Closteroviridae, and Cucumber vein yellowing virus (CVYV), genus Ipomovirus, Family Potyviridae, was studied. New experimental hosts were identified for each of these viruses. Seventeen species in eight plant families were assessed as potential hosts for ToCV. Infection in asymptomatic Anthriscus cereifolium (chervil) test plants by ToCV was confirmed by using a Real-Time PCR assay designed for ToCV. The presence of readily transmissible, infectious ToCV virions in A. cereifolium was confirmed by re-isolation of the virus via whitefly-transmission from A. cereifolium to Lycopersicon esculentum and A. cereifolium. This is the first report of the experimental transmission of ToCV by B. tabaci to a species within the Umbelliferae. All other hosts assessed for the presence of ToCV were found to be uninfected. Ten species in five families were assessed as potential hosts for CVYV. The CVYV host range identified included some important crops and common weeds, such as L. esculentum, Nicotiana tabacum, A. cereifolium, Datura stramonium, Nicotiana benthamiana, Nicotiana clevlandii and Cucumis sativus. Symptoms were present on D. stramonium, N. benthamiana and C. sativus control plants. The presence of infectious whitefly transmitted CVYV virions was confirmed solely for D. stramonium and N. tabacum, following re-isolation of the virus via B. tabaci transmission from all infected species to C. sativus. This is the␣first report of experimental CVYV transmission by B. tabaci to non-cucurbitaceous crop and weed hosts belonging to the Solanaceae or Umbelliferae.     

西藏飞蝗研究进展

西藏飞蝗Locusta migratoria tibetensis是为害小麦Triticum aestivum、青稞Hordeum vulgare等禾本科作物及牧草的重要高原害虫,具有发生面积大、繁殖能力强和为害重等特点,在西藏自治区雅鲁藏布江沿岸、青海省玉树藏族自治州和四川省甘孜藏族自治州等地均有过多次暴发的历史记录,给当地农牧业造成了严重的经济损失。为全面了解西藏飞蝗的发生规律及其相关研究进展,本文主要综述了西藏飞蝗的地理分布、形态学特征、生物学特性、生态学特征和防治措施等内容,同时对西藏飞蝗未来的研究方向以及综合防控进行了展望。     

基于转录组测序解析草地贪夜蛾对溴氰虫酰胺的解毒代谢分子机制

为阐明草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda对溴氰虫酰胺的解毒代谢分子机制,通过LC₅₀的溴氰虫酰胺诱导草地贪夜蛾3龄幼虫后,利用酶活测定和转录组测序鉴定解毒代谢相关基因,并采用实时荧光定量PCR技术对细胞色素P450单加氧酶(cytochrome P450 monooxygenase,P450)基因进行验证分析。结果表明,经LC₅₀的溴氰虫酰胺处理后,草地贪夜蛾3龄幼虫体内3种解毒代谢酶活性较对照均有所升高,但仅P450活性较对照显著升高,而谷胱甘肽S-转移酶和羧酸酯酶与对照无显著差异。经LC₅₀的溴氰虫酰胺处理后草地贪夜蛾3龄幼虫转录组中共筛选到1 408个差异表达基因,其中上调表达的基因有935个,下调表达的基因有473个。药物代谢-细胞色素P450通路、药物代谢-其他酶通路及细胞色素P450对异生物质的代谢通路中有超过20个基因存在差异表达。在草地贪夜蛾转录组中筛选鉴定到121个P450基因,其中,属于CYP2、CYP3、CYP4以及Mito家簇的基因分别有9、45、58和9个,而经LC_5...     

上行效应与下行效应在番茄潜叶蛾防控中的应用

番茄潜叶蛾Tuta absoluta源自南美洲,是一种具有恶性入侵性、暴发性和毁灭性的害虫。该害虫自2017年入侵我国新疆维吾尔自治区伊犁哈萨克自治州,目前已在我国云南、贵州和四川等近20个省（区）相继发生,对番茄等茄科类作物造成严重威胁,亟需开展害虫综合治理研究与田间应用。该文基于土壤-作物-害虫-天敌互作系统中上行效应与下行效应的生态学原理,综述土壤氮素、根际微生物、作物抗性、作物和非作物多样性以及天敌昆虫在番茄潜叶蛾种群控制中的作用,对番茄潜叶蛾综合防控进行展望。     

沃尔巴克氏体感染对黑腹果蝇头部转录组的影响

为明确沃尔巴克氏体Wolbachia对果蝇神经行为影响的分子机制,采取转录组测序技术对感染沃尔巴克氏体和未感染的黑腹果蝇Drosophila melanogaster头部样本进行转录组测序、组装、注释,筛选感染沃尔巴克氏体wMel和未感染黑腹果蝇头部转录组间的差异表达基因,并选择差异表达基因中差异倍数较大或与神经行为相关的基因进行qPCR验证。结果表明,感染沃尔巴克氏体wMel和未感染黑腹果蝇头部差异表达基因有679个（差异倍数≥2,P<0.05）,其中,由于感染沃尔巴克氏体wMel而上调表达的基因有566个,下调表达的基因有113个。GO功能注释分析显示,差异表达基因与代谢过程、催化和结合功能相关。KEGG通路注释分析发现,差异表达基因主要富集在蛋白消化与吸收、内分泌、神经活性配体-受体互作以及激素合成等通路中。从差异表达基因中筛选出11个基因进行qPCR验证,有9个基因的表达趋势与RNA测序结果一致。表明沃尔巴克氏体可广泛影响果蝇头部基因的表达水平,暗示可能由此影响宿主的神经行为。     

异色瓢虫与七星瓢虫细胞色素P450、抗菌肽和溶菌酶基因的鉴定及表达分析

为探究异色瓢虫Harmonia axyridis环境竞争力的来源,以七星瓢虫Coccinella septempunctata为对照,采用同源比对法对两者细胞色素P450（cytochrome P450,CYP450）、抗菌肽和溶菌酶基因进行鉴定,并对差异表达基因进行分析和荧光定量PCR验证。结果显示,在异色瓢虫中共发现89个CYP450基因、25个抗菌肽基因和18个溶菌酶基因;在七星瓢虫中共发现127个CYP450基因、17个抗菌肽基因和9个溶菌酶基因。异色瓢虫编码抗菌肽和溶菌酶的基因较七星瓢虫存在明显的扩增,而CYP450基因的扩增少于七星瓢虫,表明抗菌肽家族在异色瓢虫环境竞争过程中有着更重要的作用;通过转录组的差异表达分析以及荧光定量PCR验证,发现大部分抗菌肽和溶菌酶基因在脂肪体中高表达,据此推测脂肪体为2种瓢虫抗菌肽等免疫因子的主要合成场所。     

Identification,incidence and characterization of <Emphasis Type="Italic">Fusarium proliferatum</Emphasis>on ornamental palms in Spain

During a survey conducted from 1998 to 2002, Fusarium proliferatum was found associated with young and adult palms belonging to the genera Chamaerops, Phoenix, Trachycarpus and Washingtonia showing symptoms of wilt and dieback. The fertility and toxicological profile of 36 strains representing different locations and hosts were studied. All of them except two, which were infertile, belonged to mating population D. Both mating types (MATD-1 and MATD-2) were isolated from the same host species, showing a high potential of genetic recombination in the field. Additionally, eight strains were fertile once crossed as female. Toxin analysis showed differences in the ability of strains to produce fumonisin B₁, moniliformin, beauvericin, fusaric acid and fusaproliferin. Only 17 of them produced all the toxins analyzed. Pathogenicity tests were conducted on Phoenix dactylifera and P. canariensis using nine F. proliferatum Spanish strains and two reference strains from Saudi Arabia. Eight months after inoculation all strains caused disease, with palms showing lesions on the bases of leaves and development of wilt symptoms similar to those originally observed in affected plants. This is the first report on the occurrence of F. proliferatum on P. dactylifera in Spain and also the first report of this pathogen on C. humilis, P. canariensis, P. reclinata, T. fortunei, W. filifera and W. robusta.